5P5RA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 252
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5rA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5rA01
3UDYA 3BC4A 4I1CA 3LZUA 2IGYA 3O9FA 1EEDP 5OZ2A 4NJUA 3EKVA 5OZ5A 3HDKA 3OK9A 2IGXA 4YCKA 1T7KA 1HVCA 4FL8A 1E80E 5P0LA 2BQVA 2HS1A 2AZBA 4RLDA 5P8RA 5P25A 3WB5A 2IQGA 3GGUA 4R91A 5OZKA 3INFA 3OUDB 4I10A 3VFAA 4EJ8A 1HXBA 2ZHSA 4DJXA 3MXEA 3D3TA 2OHLA 5AHCA 5OYSA 1FB7A 5P6DA 2ZJIA 5P2YA 2BPYA 4B77A 4AA9A 2G1OA 3PB5A 1HVHA 3PI5A 5HDZA 3ER3E 3I25A 2ER6E 4Y3TA 2HPEA 3URJA 1AVFA 1XDHA 3VV8A 2NTRA 5P0JA 5P03A 5P6JA 5P51A 5I3WA 1Z1RA 5OZDA 2WEBA 5P4FA 2P3AA 5P53A 5ISJA 2NR6A 2ANLA 3O9BA 2G24A 5P27A 3DV5A 5P22A 3QRSA 2XFJA 4LBTA 5OZ4A 2I4WA 1FKNA 2P8HA 5DQ5A 1J71A 4Y58A 5P3KA 4Y45A 3K5CA 5HDXA 3QROA 1OD1A 3VF5A 2OHPA 5OZFA 3PI0A 5P1IA 2JJJA 4FM6A 2BKSA 5P3HA 2AODA 3M9FA 5P6OA 5P2GA 3APPA 3O9LB 3PWRA 5P4VA 1GNNA 4CPUA 1IZIA 4Y37A 4RVXA 5I3XA 3KDDA 3LITA 3MXDA 2QI1A 5HCOA 5P8IA 5P89A 3NU5A 1AJVA 5P44A 4TVHA 2Q54A 1RPIA 3FNTA 4APRE 1APTE 3CICA 4H3GA 5P8EA 3TPPA 3SKFA 4CPTA 1UH8A 1SH9A 5C9BA 5P7QA 5P3PA 3MSJA 4L7HA 5P2BA 4B1EA 2BPVA 4DJQA 3C9XA 1BILA 1CPIA 4OD9B 3OADA 4ZPEA 4FRSA 5P08A 4Y54A 1BXQA 1LYWB 5HE7A 5ER1E 4FRJA 3IVHA 1EPME 4J0YA 5P79A 4DQHA 4KE0A 2P3BB 5OZGA 3OQFA 3LHGA 3HAWA 4CPSA 5JODA 3KT2A 5P7CA 2ER7E 2I4QA 5P49A 1ZPKA 3IAWA 2FXEA 2I4VA 3ZKSA 5DGWA 5P11A 2QZXA 4Q1XA 3ZPTA 1LV1A 1QBRA 1MIQA 4D88A 2ER0E 2R43A 3NU9A 4MC9A 4RYGA 5HVPA 5P0NA 3TKGA 1EPQE 2R9BA 5I3VA 3EMYA 1FIVA 3DM6A 4J1CA 4R92A 3EKYA 1W6IA 5P57A 2XYEA 1PSNA 5P00A 4XX4A 3F9QA 5DPZA 2G20A 5P1UA 1MT9A 1HRNA 5P1QA 4Y3QA 4D83A 1MPPA 4QJ6A 5P3AA 5P5SA 5P5JA 5C9DA 5P8LA 4Y50A 4FRKA 5P13A 3LIZA 5CONA 4L7GA 1D4IA 4Y47A 2WKZA 4ZPGA 5P7TA 3PEPA 1HVSA 5P3XA 4L1AB 3NR6A 5P6UA 2PK5A 1A9MA 3OXCA 4B1DA 3PHVA 5P3YA 2AZ9A 4H3JA 4QJ9A 5DQ1A 5I3YA 2P3DA 4I0IA 2AOJA 1D4LA 1B11A 3U6AA 2OHMA 1HBVA 2V12C 1IZEA 5OZCA 5IVSA 4ZSMA 1T7JA 5P7DA 4YCTA 5HE5A 2I4UA 4TVGA 5P29A 4B1CA 1RL8A 2VJ6A 2Z54A 4J17A 3L38A 5OZAA 4PPHA 4Y5KA 4DJWA 2QD6A 3L5FA 1GVUA 3R0WA 3EC0A 4CMSA 2PWCA 1HWRA 3OUCA 5P3VA 1W5WA 4DJOA 3EL5A 3D20A 2A1EA 1D4KA 4FM8A 2OHNA 5P19A 1WBMA 4I0FA 2O4LA 1D4JA 5P47A 3IN4A 3LPIA 5P15A 5P7FA 5OZOA 2QI6A 5P7AA 5P5QA 2QCIA 3NDUA 5ER2E 4EJKA 5P6WA 4GJCA 4APEA 2F80A 2PC0A 5P3QA 1EPPE 4Y3YA 5P17A 2F8GA 5P5FA 1EAGA 3RTMA 4CP7A 1TQFA 4WY1A 4Y3JA 3TNEA 4GJ8A 5P8SA 4A6CA 3UQPA 2F3EA 5TOLA 3Q5HA 4Y56A 4WY6A 4Y4GA 5P82A 4KB9A 3TOHA 3LPJA 2G1NA 3SA6A 4DUSA 1B5FA 1PROA 1LYAA 1E81E 3UDNA 3VV7A 4Y36A 5P8KA 3FKTA 5P7YA 3PLLA 2G94A 2ZJMA 2V0ZC 3D1ZA 2JYSA 5P2CA 2P3CA 5OZJA 2AVVA 5OYYA 1HPSA 5P4QA 3OAGA 5P24A 1SGZA 3OU1A 1YTIA 2G1SA 5P0IA 3D1YA 5P66A 1G35A 1EBWA 2AQUA 3O9IA 2G22A 5P1HA 3OHFA 5OZ8A 2QU3A 5P5BA 3BGCA 5P4SA 4A4QA 5P6MA 1FQ5A 3PBZA 4I0DA 3HAUA 2QI5A 4R5NA 3U7SA 5P4DA 4JP9A 1ME6A 5EZZA 3ZKNA 3VG1A 3UFLA 1VIKA 5P62A 4DJYA 3INEA 3O9GA 2CENA 5P75A 5SY3A 3L59A 5P8MA 5P0QA 5P1YA 3QVCA 1LEEA 1ODXA 2AVOA 4EXGA 2HB2A 4FAFA 4Y9WA 2VA5A 5P2MA 1E5OE 5P5TA 4NPTA 7UPJA 2QMPA 5P05A 4YD6A 1QS8A 2G1RA 3UDPA 2FIVA 3OOTA 3EL9A 1FLHA 4DJUA 1HEFE 1HTEA 1HVRA 1SGUA 4Y38A 5IS4A 5P6YA 2NXMA 4HA5A 3KA2A 3WZ8A 3UQUA 5P60A 5DGUA 3NUOA 3UQXA 2F81A 5P7ZA 2ASIA 1NH0A 4YE3A 5P8OA 5OZNA 1EBYA 3OXVA 5B18A 3ZKIA 5J25A 3NWQA 3SA3A 4B00A 2WF2A 4GJAA 1HSGA 5OZ7A 5P20A 4TRZA 3OXXA 5P0XA 1UH9A 5P0SA 5P2ZA 1SBGA 5P4ZA 2G21A 3SQFA 3WB4A 5HU0A 3HLOA 3R1GB 1CZIE 2J9KA 2WF3A 5P3WA 4OBZA 4WTUA 4DQCA 3K5DA 5P1SA 1M43A 1HVKA 4OBJA 4YDFA 5P5RA 1LF4A 5P0OA 4HVPA 2IENA 3SACA 5P2UA 5P2OA 1D4HA 3GGVA 4OBGA 1MEUA 3URLA 3VYEA 2WEAA 2ZHUA 3FSMA 3KMYA 2PYMA 5P3JA 4Y4TA 4Y48A 2IRZA 1YTHA 4Y4XA 5P5VA 2ZGAA 4DQFA 4Y4DA 3BGBA 1DW6C 3OTSA 1RQ9A 3UFNA 5P55A 4LP9A 5OZTA 5P69A 1K1TA 4FLGA 4Y4UA 3OY4A 5KQYA 1APUE 3PWWA 4BELA 4DV9A 2XFKA 5P0TA 1K6TA 5P01A 5BS4A 2O4PA 4DFGA 1FMBA 1ZPAA 2OHKA 3EL4A 4HDBA 5P3UA 1M0BA 2UXZA 4NJVA 1TSQA 2R38A 3R2FA 4Y3XA 6FIVA 2RMPA 4Y3WA 2P4JA 3KDCA 3O99A 3O9EA 5P7SA 3T7PA 1HPXA 5T4SA 1C6XA 1YTJA 2OHUA 3PWMA 5P5MA 3OU4B 2QHZA 5P46A 1MT8A 4Y3ZA 4Q1WA 5DR4A 5P6GA 2B7ZA 2O40A 1KJHA 1M4HA 3MSKA 2FDPA 2B8VA 2IS0A 5P4IA 3OQDA 5P38A 5P35A 4FM7A 1W6HA 2NXLA 4BFDA 4UPJA 4Z50A 5HE4A 4Y5NA 2HC0A 3ZPUA 4I11A 4RRNA 4OD9A 3S56A 5IE1A 5P70A 1LYWA 3UDJA 3IN3A 2NXDA 5E5KA 3QPJA 1B6LA 5P3CA 5P6FA 1XL5A 2AOGA 5P7LA 3OTYA 1TCXA 2B7FA 2EWYA 4HDPA 2AVSA 3IXOA 7HVPA 5P2WA 1SIPA 2PWRA 4EQJA 1BWBA 5P41A 2HAHA 4F75A 5I70A 5P5LA 3WZ7A 5OZHA 2FMBA 4QJ7A 4LHHA 4NKKA 3OHHA 4Y43A 5OYTA 2VIYA 3TLHA 1KJ4A 3UDMA 1MT7A 1IDAA 4KUPA 3OWNA 3NWXA 1TSUA 3BUFA 5P7PA 4RCFA 5P3MA 3O9HA 4QJ8A 2QZLA 3QS1A 4Y51A 5P2LA 2PMAA 5P5UA 5P8TA 3CIBA 1ZJ7A 1ZSRA 1N49A 3EL1A 5P5OA 4TRWA 5P1OA 5P7BA 5HTZA 1D4YA 1AAQA 3OXWA 2ZJNA 4EP3A 3PRSA 4F73A 3NU3A 3EKPA 1SDTA 3SPKA 5P6BA 3CYXA 1HTFA 3MWSA 4D85A 3ZOVA 1QBTA 2B60A 5P7EA 2HPFA 4MC6A 1YT9A 4BFBA 4F76A 3BXRA 4I8WA 4Y5MA 3PJ6A 1AM5A 4DJPA 5COPA 3EKQA 4ZLSA 5IVQA 5DR0A 2QI0A 1IIQA 4JPEA 5P0CA 4J0VA 4R93A 3S43B 5P7HA 5DQ2A 1BWAA 5AH6A 5P56A 4E43A 5ISKA 1NSOA 4RYCA 3B80A 3O9DA 5P1MA 6UPJA 3ST5A 1WBKA 4OC6B 5P5DA 5JFPA 4Y4JA 2HIZA 5P8VA 4B70A 4Y3FA 5P0HA 1OHRA 2RKGA 5P6LA 3S54A 5P86A 5OZQA 1QBUA 1D4SA 2FGUA 5P6IA 1C6ZA 5P3LA 3UQRA 5P5NA 3HBOA 4Q5MA 5P7GA 5P10A 5P1LA 2I4XA 5IVRA 1HIVA 5P02A 5P2QA 2NNKA 3L58A 5P72A 4K9HA 1AXAA 3TH9A 3KYRA 5P0UA 4ZSQA 2QMGA 1GNOA 4TRYA 5P4GA 2QU2A 4QJAA 1K2BA 3DCKA 4M8YA 2AOEA 1TZSA 2BPZA 3EKTA 2G1YA 4DPFA 4OBDA 2VJ9A 4IVSA 5P4OA 1HSHA 5P2KA 1F7AA 2FNSA 4Y3HA 3I8WA 5OZ9A 2Q55A 5P3BA 3PM4A 3Q70A 5AGZA 2Z4OA 3GW5A 5P67A 4Y57A 4I0HA 1YM2A 1SIVA 1G0VA 5P76A 1MSMA 2IEOA 5P7NA 2BKTA 1A8KA 1C70A 1C6YA 4L6BA 1FFFC 5OYUA 4DQBA 5P3IA 3APRE 5AH7A 5OZ1A 3L3AA 1TW7A 3MSLA 4HE9A 3VUCA 4XX3A 1Q9PA 3OUAA 4I8ZA 3SA8A 2MIPA 1FMUA 4EJDA 4HLAA 1BBSA 5OZEA 3T11A 2R5QA 5OZ3A 5P16A 5P3DA 5P5CA 4FE6A 2CEJA 3FV3A 4AMTA 2NMZA 1WKRA 3VSXA 1RV7A 2QD7A 4Y35A 3FIVA 5OZLA 3INDA 2HS2A 1XS7D 2G27A 2R8NA 5P3TA 3SA4A 2QZKA 5AH9A 5P2FA 3T7QA 2FS4A 4PEPA 1APWE 1HHPA 4U8WA 5P8DA 1GKTA 5BWYA 5APRE 2ER9E 1CMSA 1IDBA 5P0GA 5P1JA 5P7JA 3SKGA 5P0PA 3HZCA 1W50A 2PSGA 5P8JA 3K4VC 4ZE6A 4J1HA 1G6LA 3VFBA 3TPRA 4HEGA 5P1XA 2G26A 4XXSA 3I6OA 1LYBB 4B05A 2ZJKA 2PH8A 3ZKGA 2AVMA 1MRXA 3SM1A 3KDBA 1QRPE 2ZJJA 5P4PA 2R3TA 2JXRA 3N4LA 3NSHA 3QRVA 5P0VA 5P4LA 4COEA 5P1AA 5P8NA 9HVPA 1T7IA 1KZKA 1K1UA 4YDGA 1LZQA 3D1XA 5P5PA 5P6TA 1EBZA 3GI6A 2VKMA 5P1EA 5COOA 2QMDA 4ER2E 5P2TA 5P2NA 3LIXA 3LIYA 2AOIA 3BHEA 2I1AA 4H3IA 5P40A 3RU1A 3A2OA 3GI0A 5OZIA 4LL3A 4J0PA 5IVTA 2P83A 2ZYEA 3LPKA 4RGHA 3LIQA 5P0AA 5P43A 5UPJA 1IZDA 4CKUA 4NJSA 1DIFA 3S45A 4YD5A 1DAZC 3CKTA 2V11C 5P09A 3NDTA 2Q11A 2ZHRA 3EKWA 3OOZA 1MESA 2QP8A 4GJDA 1EBKC 4NPUA 5KQZA 2WF0A 3U71A 1ER8E 2QI4A 4J1EA 2AOFA 4OBFA 1U8GA 3IGBA 3QRMA 3UDHA 3O9AA 4I0JA 1A94A 2VS2A 1XE5A 4Y3RA 4RVJA 3SO9A 5P85A 3ZKXA 5HU1A 2PSUA 2XYFA 4N00A 3R0YA 5P1RA 5P6EA 2VIJA 2PSVA 4YD4A 2ZDZA 3QN8A 3SA5A 2QNNA 1EPRE 5P0EA 1HVJA 2ZE1A 5AHAA 5DR1A 3TL9A 4Y3PA 4GJ6A 3NUJA 2HB4A 3OU3A 5P8AA 3PCZA 2A4FA 5P1GA 4EHCA 5P7KA 3VCMA 3S53A 2HM1A 2CEMA 2IKUA 4Y5CA 3G6ZA 5P4JA 3NYGA 4Q1YA 1T6GA 3BXSA 5P3GA 5OZZA 3R4BA 5OZWA 2FGVA 4FSLA 5P2SA 4JOOA 4Y39A 5P37A 3HW1A 5P07A 5P32A 5KAOA 2ZHTA 5DR8A 3KN0A 5P5IA 3URIA 3OU4A 4Y53A 3L5CA 5P34A 3UCBA 4I12A 2I0AA 3CKRA 4KE1A 4PZXA 3H0BA 1YX9A 1FF0C 5P1ZA 1PPME 2OHQA 8HVPA 1LF2A 3K1WA 3K4VA 1RNEA 5DR7A 5KR8A 4R8YA 2FNTA 5P8BA 1BVEA 1A8GA 3OUDA 4R95A 5P2EA 5P61A 1BAIA 1FG6C 4GB2A 3SLZA 5P7OA 1EC1A 1Z8CA 1BV9A 5P4EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDY A;  3BC4 A;  4I1C A;  3LZU A;  2IGY A;  3O9F A;  1EED P;  5OZ2 A;  4NJU A;  3EKV A;  5OZ5 A;  3HDK A;  3OK9 A;  2IGX A;  4YCK A;  1T7K A;  1HVC A;  4FL8 A;  1E80 E;  5P0L A;  2BQV A;  2HS1 A;  2AZB A;  4RLD A;  5P8R A;  5P25 A;  3WB5 A;  2IQG A;  3GGU A;  4R91 A;  5OZK A;  3INF A;  3OUD B;  4I10 A;  3VFA A;  4EJ8 A;  1HXB A;  2ZHS A;  4DJX A;  3MXE A;  3D3T A;  2OHL A;  5AHC A;  5OYS A;  1FB7 A;  5P6D A;  2ZJI A;  5P2Y A;  2BPY A;  4B77 A;  4AA9 A;  2G1O A;  3PB5 A;  1HVH A;  3PI5 A;  5HDZ A;  3ER3 E;  3I25 A;  2ER6 E;  4Y3T A;  2HPE A;  3URJ A;  1AVF A;  1XDH A;  3VV8 A;  2NTR A;  5P0J A;  5P03 A;  5P6J A;  5P51 A;  5I3W A;  1Z1R A;  5OZD A;  2WEB A;  5P4F A;  2P3A A;  5P53 A;  5ISJ A;  2NR6 A;  2ANL A;  3O9B A;  2G24 A;  5P27 A;  3DV5 A;  5P22 A;  3QRS A;  2XFJ A;  4LBT A;  5OZ4 A;  2I4W A;  1FKN A;  2P8H A;  5DQ5 A;  1J71 A;  4Y58 A;  5P3K A;  4Y45 A;  3K5C A;  5HDX A;  3QRO A;  1OD1 A;  3VF5 A;  2OHP A;  5OZF A;  3PI0 A;  5P1I A;  2JJJ A;  4FM6 A;  2BKS A;  5P3H A;  2AOD A;  3M9F A;  5P6O A;  5P2G A;  3APP A;  3O9L B;  3PWR A;  5P4V A;  1GNN A;  4CPU A;  1IZI A;  4Y37 A;  4RVX A;  5I3X A;  3KDD A;  3LIT A;  3MXD A;  2QI1 A;  5HCO A;  5P8I A;  5P89 A;  3NU5 A;  1AJV A;  5P44 A;  4TVH A;  2Q54 A;  1RPI A;  3FNT A;  4APR E;  1APT E;  3CIC A;  4H3G A;  5P8E A;  3TPP A;  3SKF A;  4CPT A;  1UH8 A;  1SH9 A;  5C9B A;  5P7Q A;  5P3P A;  3MSJ A;  4L7H A;  5P2B A;  4B1E A;  2BPV A;  4DJQ A;  3C9X A;  1BIL A;  1CPI A;  4OD9 B;  3OAD A;  4ZPE A;  4FRS A;  5P08 A;  4Y54 A;  1BXQ A;  1LYW B;  5HE7 A;  5ER1 E;  4FRJ A;  3IVH A;  1EPM E;  4J0Y A;  5P79 A;  4DQH A;  4KE0 A;  2P3B B;  5OZG A;  3OQF A;  3LHG A;  3HAW A;  4CPS A;  5JOD A;  3KT2 A;  5P7C A;  2ER7 E;  2I4Q A;  5P49 A;  1ZPK A;  3IAW A;  2FXE A;  2I4V A;  3ZKS A;  5DGW A;  5P11 A;  2QZX A;  4Q1X A;  3ZPT A;  1LV1 A;  1QBR A;  1MIQ A;  4D88 A;  2ER0 E;  2R43 A;  3NU9 A;  4MC9 A;  4RYG A;  5HVP A;  5P0N A;  3TKG A;  1EPQ E;  2R9B A;  5I3V A;  3EMY A;  1FIV A;  3DM6 A;  4J1C A;  4R92 A;  3EKY A;  1W6I A;  5P57 A;  2XYE A;  1PSN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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