5P5SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 253
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5sA01
3RU1A 5P6FA 1EPPE 2WEAA 2IKOA 5OZ1A 2ZHSA 4PEPA 2V16C 5P3MA 4LL3A 5P3FA 3URJA 5P2RA 4K4QA 3NU9A 5P3TA 5DGWA 1HIVA 1D4SA 2P3BB 2F8GA 2AZ9A 4EQ0A 1APTE 1KJGA 5JG1A 1OD1A 3PSYA 3KF0A 4OBKA 1IDAA 5BS4A 5P7FA 5OYWA 4EXGA 3JW2A 1NPWA 5OYYA 5P2DA 2QI5A 4B72A 4HDFA 3TTPA 4RCFA 4ER1E 2QI0A 5DQ1A 3OHFA 3UDKA 3VV8A 5P12A 2RKGA 4J1EA 3OU1A 5P6JA 5P0OA 5P7UA 4CPSA 3UDPA 4B70A 2WEDA 2B8LA 1MTRA 1MIQA 5P8NA 5P7QA 5P67A 4Z2ZA 2Z54A 5OZWA 4Q1XA 3SA8A 5P1XA 3SABA 3HAUA 4Y35A 5P13A 4Y54A 3K1WA 2AIDA 3D1XA 3WB4A 1GVXA 4DQEA 3OQAA 3SKFA 5OYXA 1FLHA 1AIDA 2HS1A 2QNNA 5P32A 4WY6A 1XE5A 2V12C 4I10A 2QNPA 5P0TA 3PSGA 4L6BA 1SMRA 2EWYA 5P4GA 3UF3A 3NU3A 4I8WA 2O4NA 5P18A 2XYFA 2ZJLA 3NR6A 5P0PA 5P0EA 1MPPA 3NU6A 4FGXA 1DAZC 1LV1A 3CIDA 3F9QA 2B42A 4TRZA 3TNEA 5P0VA 5P5OA 2HIZA 5P5BA 3QBHA 5OZHA 5P26A 4AUCA 4HE9A 4H3JA 1EAGA 1PSOE 1RQ9A 3PCWA 1ODXA 3ZMGA 5P5VA 4QJ2A 4Y39A 2P3DA 2WECA 1LEEA 3KMXA 4LP9A 1BXQA 2Q5KA 1MERA 3R4BA 1B6LA 5P1BA 4Y3LA 5P50A 5P3IA 5IVTA 6APRE 4Y56A 4Y4JA 5P58A 2OHKA 3INEA 3OOZA 5OZKA 5P5HA 1APWE 2IGYA 1GVUA 3OXWA 3FNSA 1SGUA 3HZCA 4GIDA 4PHVA 4Y9WA 1BWBA 5P2YA 1K1TA 4H1EA 2VIEA 3OUCA 5P81A 5P4SA 1OEXA 4MC2A 5P2BA 3RVIA 3ECGA 5P6HA 4Y4GA 5P00A 3L5FA 2ANLA 5P61A 1SGZA 4Y3GA 5OZLA 1BDRA 3L3AA 2F3EA 3KA2A 4OBHA 5P10A 5P14A 1FEJC 4XKXA 1G35A 3OUBA 1RV7A 1C6YA 1ZJ7A 5P53A 3IN3A 4NPUA 4DJQA 2HPEA 4FAEA 2V10C 3OXCA 5P84A 5E5KA 5OZMA 4DI2A 2O4KA 3UDMA 3RSVA 1ZBGA 1MSNA 5P6RA 4D89A 3APRE 4YA8A 1F34A 4FRSA 5P4NA 3QROA 4Y3MA 2OHQA 3QVIA 2ZE1A 3IVIA 7HVPA 2IL2A 2NMYA 4YDGA 5I3VA 3CYXA 5P37A 5HE7A 2QMFA 4BFDA 5P4EA 5OYVA 5P68A 2RENA 4Z4XA 3Q3TA 3T7QA 5P7DA 4FLGA 3SAAA 4EP3A 3L5EA 1IZEA 5DQ5A 2QI4A 1K6CA 1LYWA 1YTIA 1HVJA 1G6LA 5P63A 5P54A 5P2JA 5P2SA 5P80A 4OBGA 2WL0A 5P8JA 5P3SA 2P3AA 4J1FA 2FNTA 2CEMA 4F75A 4Y53A 4MC6A 5KQZA 1E5OE 5HE4A 1XL2A 3S8IA 1SDUA 3PBZA 2ZHRA 5P78A 3UCBA 4XX3A 2QHZA 5P6CA 1FQ7A 3LIZA 3GGXA 4TRYA 1RNEA 1BDLA 1AXAA 4K9HA 4NJSA 5OZSA 3NU5A 5OYRA 2ER9E 2QHCA 3IVHA 5P0JA 3R1GB 1SBGA 4FS4A 3BRAA 4HEGA 5P5ZA 5P1TA 3DV5A 1HTGA 5P1PA 2WF0A 3EL1A 4NJUA 4CPRA 2I4DA 4XX4A 2PC0A 5P1RA 1KJ4A 5P6LA 2F3KA 3T7PA 1FGCC 3LZSA 3OTYA 3HAWA 3INDA 3LHGA 5P87A 3BUHA 5P5IA 4HVPA 1E81E 2VJ6A 3NSHA 1MTBA 5ER1E 5P2ZA 2A1EA 3FX5A 3KN0A 2VNNA 3EM6A 5P7BA 4J0VA 1VIJA 5P51A 5P2TA 4Y5NA 5P1DA 5P3WA 3INHA 5TOLA 4Y3SA 4Q1WA 4RCEA 5KAOA 5P59A 4R91A 3MSLA 1D4KA 3IA9A 1HPSA 2BKTA 3L59A 2I4VA 4U8WA 2BPWA 3HVPA 4Y58A 3ZPSA 1HVCA 3PJ6A 4HDBA 1HTFA 1SIPA 2BPVA 3BHEA 1B5FA 3VV7A 3OU4A 2ZJJA 2G26A 3DCKA 3DOXA 2PWRA 2PK5A 4OBZB 3R2FA 5HCOA 5P1AA 5IVRA 4QJ7A 1XL5A 2ZJMA 2P3BA 2WF4A 5P28A 1LYAB 3OXXA 5P0GA 5DR3A 1NH0A 3WB5A 4NPTA 4DQGA 3K4VC 4RZ1A 3U6AA 4TRWA 4L1AB 2NXLA 2QMDA 4S1GA 2NR6A 4TVGA 4RCDA 3JVYA 5P4AA 2J9JB 5P8GA 4FE6A 4EJDA 4Y3AA 5P2FA 3VF3A 3H0BA 5OZZA 4RVJA 4RROA 4PZXA 2G1RA 1GKTA 5P8CA 1HWRA 5OYUA 4B05A 5BRYA 2FIVA 5P1MA 5P82A 4H3GA 5P5SA 2HB3A 3EL9A 4J1IA 5P1LA 3L38A 1MSMA 5P6UA 4L7JA 1T3RA 4B1EA 5P06A 2FGVA 3KDCA 4OC6B 5P31A 3OQDA 3VV6A 4YOAA 5P5MA 1MT8A 2MIPA 1IZHA 4APEA 1ZPAA 4I12A 1E80E 5AH7A 2HB2A 2AZBA 3PRSA 3VSXA 5P8DA 3LPJA 3S56A 2XFIA 3S85A 5P2HA 4J0ZA 5P6KA 3OGQA 4DJYA 1QBTA 2G1NA 5P3PA 5P0FA 1W5XA 1TW7A 5P86A 3K4VA 1U8GA 2HC0A 5CONA 3NDWA 3NYGA 4KUPA 3ZKGA 3NDTA 1EPRE 3SLZA 1BBSA 1QBUA 5AH6A 3TPRA 4DQHA 3EKTA 4OBFA 3NU4A 3QRSA 1HPOA 1LYBA 1TZSA 4Y38A 3TOFA 5HD0A 4PZWA 5P2QA 4J1HA 2Q3KA 3URIA 2NXMA 1HSHA 5OZPA 2WJOA 5P4WA 3I7EA 3K5CA 4Y3PA 1FQ6A 3PMYA 3TPPA 2P8HA 1K1UA 2PSVA 3HBOA 3KFSA 4OBDA 1QS8A 5P5FA 3OUDB 4WY1A 5P02A 3PWRA 5C9BA 5ISKA 2NTRA 3CICA 1HVSA 4RVXA 4I0JA 1K2CA 1WBKA 4DFGA 4LAPA 2O40A 2PSGA 3I8WA 3VYFA 4DJPA 1GVVA 2I0AA 1SP5A 4B00A 4FM8A 1EC2A 5HDUA 3FKTA 3FV3A 5P30A 4F73A 2PSUA 5OZDA 4EYRA 3S54A 4Y3HA 3KFPA 4Y4XA 5P4JA 5KQYA 1T7KA 3S7LA 2PH8A 5DQ2A 2BBBA 1EPLE 5HU0A 2Q55A 4CPQA 5DPZA 5P7HA 3SA3A 5AH9A 4HDPA 3O9GA 5DQCA 5P3UA 1MT9A 1W51A 3G72A 3IGBA 5P70A 1HOSA 2VJ7A 3GGVA 4Y5CA 4DUSA 3K5GA 3OHHA 5P40A 1W6HA 5HTZA 2WEBA 2RKFA 5P5UA 4DJXA 3TOGA 1BIMA 3KFNA 1SIVA 4D88A 3KM4A 4YD7A 1ZAPA 5P1QA 4R8YA 3NLSA 4OD9B 4BFBA 1PPLE 2G1OA 1G0VA 1NSOA 3TKGA 1UH9A 2G69A 2ZJKA 5OZ4A 3Q70A 4OBJA 5FIVA 5P4QA 4COEA 5P7CA 3VF5A 5P62A 5DR7A 1B6MA 3GGAA 4B78A 3LZUA 5P2XA 3BUGA 3OUAA 4Q5MA 3CYWA 3VLAA 1AJVA 5P7TA 2FDDA 1KJHA 3S45A 5OZXA 5P1UA 2B8VA 4J5JA 5P2MA 3NWXA 4NKKA 1EBYA 3SA9A 5UPJA 4Y51A 4J54A 5P4KA 5P27A 4DQBA 3I6OA 2AVVA 3LIXA 4ZE6A 4BELA 3O9IA 4Y4BA 1ER8E 2ZJNA 5P1KA 3M9FA 2QMGA 5OZAA 2HAHA 1META 1AM5A 1PPME 2OHLA 5P7WA 4ZSRA 1D4HA 3VYDA 1HEFE 3OY4A 5ENMA 3PWWA 5OZOA 5P3NA 5P6EA 3S43B 2QMPA 4I0ZA 4KB9A 5P0WA 5KQFA 3SA5A 2V11C 3VF7A 3DM6A 3EKVA 4CPXA 1ZPKA 4GJ9A 4U7VA 1D4LA 3QPJA 4EJKA 2APRA 2VKMA 5OZVA 1DW6C 1BDQA 2R43A 4LBTA 2HB4A 5P3GA 5P6SA 3OQKA 4RRSA 2IGXA 2PMAA 4L7HA 5P74A 2WHHA 5P60A 5OZ3A 5F01A 5P5GA 2F3FA 1QDMA 4Y5KA 1GNOA 5P38A 3TKWA 5P2AA 1K2BA 4Y41A 4R5NA 2ZDZA 3HLOA 3O9LB 4QJ8A 1OEWA 1APUE 4Y36A 1FQ8A 5P6BA 3ZKNA 4CP7A 1HXBA 5P44A 6FIVA 5P8HA 4YCTA 4I11A 5P6VA 4Y5PA 2V00A 2I0DA 3BXRA 4GJDA 2QZXA 3O9CA 4R93A 5P1FA 5P5YA 3SFCA 5OZJA 2J9JA 3L5BA 4CPUA 2WF2A 1FMUA 3C9XA 3AUPA 5P4TA 5P03A 4Y37A 3H5BA 2AODA 1EBZA 4ER2E 3R0WA 4FM7A 4Y3ZA 3ZPTA 1FQXA 1DIFA 2CEJA 1BILA 2P83A 2R5PA 1UH7A 4LXKA 5P49A 2BQVA 1HSGA 4X7IA 3UDRA 1CMSA 4YOBA 4EXHA 3KDDA 4WTUA 3OADA 5P8PA 2AZCA 1T6EX 3U7SA 3EBZA 3UDYA 4ZIPA 1DP5A 5P5QA 5P72A 3ZKMA 5P4OA 3O9HA 5P3DA 5P3XA 1HVLA 5OYSA 5P4IA 1ENTE 2BPYA 4I0EA 5P46A 3URLA 5P5KA 1FB7A 5P7JA 4Y5LA 5P1IA 2OAHA 3MWSA 1FMBA 5P34A 2B7ZA 5OYTA 2NMZA 4ZLSA 5P23A 1ODYA 4Y5GA 2AZ8A 4Y5BA 4GJ8A 5CLMA 5P4CA 1HIIA 2I4XA 4Y3NA 5OZNA 5SXNA 5P2UA 5IS4A 5P3HA 3TPJA 5P8IA 3RSXA 5P1OA 3CKPA 3CKTA 2I1AA 1PFZA 4DJOA 3LZYA 3GI4A 2R3TA 3VUCA 3PVKA 1IZIA 2O4PA 5P4ZA 5P4HA 1KJ7A 2ZHVA 5P2LA 2ZHUA 5DGUA 3D20A 1D4YA 2Q54A 5P7KA 3LIQA 3BVBA 4MC1A 1A8KA 4I0FA 3O9BA 2VA6A 4B1DA 4QLHA 3UQRA 5P8RA 1EBWA 3TLHA 1YG9A 2Q15A 3DV1A 4PYVA 3SQFA 2BB9A 5SZ9A 4E43A 5SY2A 4RYGA 5P89A 4YCKA 5P48A 2BJUA 1B6PA 5P7GA 3OAGA 4YHQA 4XXSA 4YBIA 4Y45A 3L5DA 5P0QA 4DQFA 5ENKA 5P4FA 5APRE 2B60A 3HW1A 4YE3A 2QP8A 5P8FA 1W50A 4Y4ZA 5P6PA 3DCRA 3GI6A 5AH8A 4M8XA 3TL9A 2QCIA 3QRVA 1EC1A 1EC3A 1LF2A 5AHCA 1ME6A 3CMSA 5P3QA 4M8YA 3FIVA 1YX9A 3IXKA 3VCMA 1NPAA 3B7VA 4KE0A 3ZOVA 1HPXA 4MC9A 1HXWA 2O4LA 1RL8A 4Y3XA 5P77A 5DR1A 1HHPA 4FCOA 3TH9A 5P22A 5P43A 1QBSA 1EPQE 2PH6A 3TOHA 3BUFA 5HDVA 4Q1YA 3G6ZA 1PSAA 5P5WA 2AVQA 5P6NA 1ZSRA 1EEDP 2VJ9A 5P52A 2FS4A 5OYQA 5P7XA 3Q6YA 3PGIA 4D8CA 3EKPA 3PM4A 1XE6A 3OU3A 5E5JA 2P4JA 1N49A 2XFJA 2XFKA 5P1VA 5P8UA 3PB5A 1HVKA 2AOHA 2HS2A 3KDBA 4YD4A 5P8KA 1HEGE 2FXEA 1Z1HA 5KR8A 1SMEA 2I4QA 4Y5EA 5KR1A 5P4MA 5P6WA 3KT2A 5P17A 1TCWA 4ZSQA 5P1CA 5P6XA 4JP9A 1K6TA 4FIVA 3K5FA 3T6IA 5P7ZA 2FLEA 5AHAA 1C70A 1B11A 5P8BA 2Q11A 1M43A 3BXSA 4A6BA 3A2OA 2OHRA 3WSJA 1F7AA 5P1SA 4IVTA 1G2KA 4FRIA 5COPA 3HD8A 3NUOA 4CPWA 1SDTA 5OZ5A 3Q5HA 3DUYA 5P7SA 1HRNA 1KZKA 2P3CA 2NXDA 4AA9A 5P0DA 5P3RA 5J25A 2B7FA 1FQ5A 1ZP8A 4FM6A 4Y6MA 3UQWA 5SY3A 4AZYA 5P7MA 3ZKXA 3CKRA 8HVPA 5OZQA 4K8SA 4Y3EA 5P1GA 3INFA 3RTNA 5P0XA 3I25A 4YDFA 5P73A 4B1CA 1A30A 4ZPFA 5JODA 1APVE 4FSLA 2OHNA 1C6ZA 3NDUA 5OZ8A 5P3YA 1EPNE 5P42A 2A4FA 4DH6A 5OZUA 5P7EA 5I3WA 5P1NA 5P0IA 1MRWA 3BGBA 4J0TA 1YTJA 1BV9A 2BKSA 2IS0A 4I0GA 3VFBA 4DPIA 5P75A 5P1EA 5P01A 5P0AA 1PROA 5P66A 5P4UA 1FKNA 2H6SA 2AOCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RU1 A;  5P6F A;  1EPP E;  2WEA A;  2IKO A;  5OZ1 A;  2ZHS A;  4PEP A;  2V16 C;  5P3M A;  4LL3 A;  5P3F A;  3URJ A;  5P2R A;  4K4Q A;  3NU9 A;  5P3T A;  5DGW A;  1HIV A;  1D4S A;  2P3B B;  2F8G A;  2AZ9 A;  4EQ0 A;  1APT E;  1KJG A;  5JG1 A;  1OD1 A;  3PSY A;  3KF0 A;  4OBK A;  1IDA A;  5BS4 A;  5P7F A;  5OYW A;  4EXG A;  3JW2 A;  1NPW A;  5OYY A;  5P2D A;  2QI5 A;  4B72 A;  4HDF A;  3TTP A;  4RCF A;  4ER1 E;  2QI0 A;  5DQ1 A;  3OHF A;  3UDK A;  3VV8 A;  5P12 A;  2RKG A;  4J1E A;  3OU1 A;  5P6J A;  5P0O A;  5P7U A;  4CPS A;  3UDP A;  4B70 A;  2WED A;  2B8L A;  1MTR A;  1MIQ A;  5P8N A;  5P7Q A;  5P67 A;  4Z2Z A;  2Z54 A;  5OZW A;  4Q1X A;  3SA8 A;  5P1X A;  3SAB A;  3HAU A;  4Y35 A;  5P13 A;  4Y54 A;  3K1W A;  2AID A;  3D1X A;  3WB4 A;  1GVX A;  4DQE A;  3OQA A;  3SKF A;  5OYX A;  1FLH A;  1AID A;  2HS1 A;  2QNN A;  5P32 A;  4WY6 A;  1XE5 A;  2V12 C;  4I10 A;  2QNP A;  5P0T A;  3PSG A;  4L6B A;  1SMR A;  2EWY A;  5P4G A;  3UF3 A;  3NU3 A;  4I8W A;  2O4N A;  5P18 A;  2XYF A;  2ZJL A;  3NR6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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