5P5SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 253
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5sA01
1D4JA 3OU3A 1FLHA 5P05A 5P2UA 5TOLA 5P4IA 3SO9A 4YBFA 5P1OA 3LIZA 5P5YA 4Y3GA 3TKGA 3O9HA 2JXRA 5COPA 2JJIA 4CKUA 2EWYA 1BIMA 2Z4OA 5P84A 4B05A 2P3CA 2AZ8A 1ZP8A 2V0ZC 2F3KA 4FSLA 2OHLA 3VUCA 4QGIA 5KR2A 3RU1A 3PMUA 1ER8E 2IL2A 1PSAA 2NXLA 3T7XA 3QS1A 3QPJA 3O9IA 5P8IA 2WF3A 5HDXA 5P56A 4EXGA 5P2NA 3ZL7A 2WECA 3DJKA 5ENMA 2G1NA 5P36A 1XN3A 3LHGA 7UPJA 3D1YA 5P6XA 5KQZA 3NDUA 1LYAB 2I4QA 3HZCA 4I0EA 4KE1A 5P8CA 4I0GA 1HVJA 2P4JA 2UXZA 1BV9A 3TPRA 2R3TA 3TH9A 2RSPA 1EPNE 3MWSA 5AHCA 5P3JA 5OYYA 3K5GA 5HE5A 5P8EA 1EPRE 2WL0A 5P7MA 1AJVA 3OUDB 4R91A 3EKTA 4CPRA 1UH9A 5P3HA 2JJJA 1FFIC 4GJ6A 2BPZA 4UPJA 4RVJA 5P7ZA 3OXCA 1ZSRA 5F01A 3Q3TA 4Y3SA 5AHBA 1GVWA 5AH7A 4DUSA 3INDA 1KJHA 1U8GA 5BWYA 1UH8A 4YD4A 2V13A 3KMXA 4HA5A 2HC0A 4H3IA 1HPXA 5ENKA 5OZJA 2VIJA 4RRSA 3UFNA 3WZ6A 4K4RA 1MESA 4EJDA 1HEGE 4J17A 3VYDA 3PI5A 1DIFA 4IVTA 5P1PA 8HVPA 4FL8A 5P8NA 5P34A 4DH6A 5P48A 5OYUA 3D91A 3KFNA 5P50A 2ZE1A 1OHRA 4J0YA 5P0GA 4L7JA 2V16C 3T3CA 5P7UA 1MTBA 5P61A 3TPPA 4Y3ZA 2AOIA 4BEKA 4Y4EA 4NJVA 5P80A 4Y54A 2V11C 5P7FA 1OEWA 2Q3KA 4WY6A 5P35A 1Q9PA 2WJOA 5OZXA 3LZVA 3QBHA 5OZWA 3PSUA 3UDRA 3PWMA 3ZMGA 1VIJA 5P3CA 3EKVA 5OYZA 5B18A 2PSUA 4EJ8A 5P2ZA 4Y4AA 5IVRA 5OZ8A 4B1CA 5P1NA 5P2WA 5P7AA 4Y5CA 3KT5A 3ZPTA 4MC9A 3Q5HA 5P6RA 5I70A 1TW7A 1EPOE 2BKTA 3VFBA 3S56A 4F75A 5P47A 1IIQA 3EKQA 4EHCA 3UQPA 3ER3E 3UFLA 5OZMA 5P2VA 4D88A 4KUPA 5KR8A 3OHHA 2VA7A 4ZE6A 5P81A 3S54A 2I0AA 2AZBA 3FX5A 1E80E 4HDFA 1IVPA 1HWRA 1CMSA 4Z4XA 5P6JA 2FNTA 4XKXA 4APEA 3OTSA 2HB3A 2J9JA 3L5DA 4EXHA 4A6BA 2AZCA 2QP8A 3VLBA 4Y3NA 4D83A 2O4SA 5P66A 1E5OE 3BXSA 4Y3TA 4KB9A 2G69A 3IXKA 5P1ZA 3ZKQA 1EBKC 1K6VA 4ACXA 4AUCA 4JPEA 4OBKA 1HXWA 5P8PA 2ASIA 1VIKA 2WHHA 4QJ7A 3HDKA 5P6SA 3BXRA 1ODYA 2QMGA 4MC1A 1DMPA 3KFPA 1A94A 2QZXA 4I8WA 4Y3JA 3NDTA 3SA3A 4ZEAA 2IDWA 2IRZA 2WEDA 4Y3WA 1WBKA 5P8RA 2PK6A 5P4GA 1PPME 5P0MA 2ZHUA 5P3PA 3CKTA 2ZHRA 2ZDZA 4ZSMA 3OOTA 5P2TA 2R9BA 2FNSA 3URLA 5P14A 3FIVA 2FXDA 4RGHA 4DQCA 5P16A 5AH6A 5P4LA 5P7TA 3VSWA 5P3UA 4PHVA 4Z2ZA 3VEUA 1BAIA 5P8BA 3PMYA 4QJ6A 1NH0A 5DQ2A 4GB2A 2QZWA 5P0HA 2FGVA 5P40A 4R5NA 5P0BA 5P3XA 5P2SA 2MIPA 5P5PA 1GVTA 3L3AA 3O9LB 5P3BA 2PH6A 2NR6A 5P3GA 1YM2A 3WB4A 4GJ9A 5P5CA 1ZLFA 1GVVA 3O99A 1GVXA 2WEBA 1D4HA 5KOQA 3SABA 1UH7A 3ZKGA 3VSXA 4CMSA 3LZUA 5P3QA 5E5KA 1APUE 5P7EA 4CPTA 4H3GA 3PBDA 5P0VA 5IVSA 5OZ2A 4DJXA 3CKRA 5P0QA 5P4JA 4XXSA 1B6MA 3TNEA 1QS8A 4J1FA 3R4BA 5P1KA 2P3DA 2XFJA 1APWE 5P4DA 4RVXA 4RLDA 5P4SA 5P4UA 3S2OA 1RV7A 4OC6A 1IZIA 5P0IA 5P1BA 3BC4A 3O9BA 5P43A 3L5EA 5OZNA 4JP9A 4FE6A 4LXMA 4ER4E 4B70A 3O9GA 4OBFA 1T7JA 4YA8A 3PCZA 2FS4A 5P85A 4Y5MA 4PPHA 2OF0A 5P1VA 5P1UA 1AVFA 3UTLA 9HVPA 1XE6A 5OZ6A 5OZEA 2AVQA 5P87A 1BWAA 1LEEA 5P3NA 5P7IA 5OZOA 1AZ5A 1SDUA 2F3EA 1E82E 2QD6A 1W5WA 1BXQA 1FF0C 2Q63A 5P68A 2WF0A 1LYBB 1MPPA 1B5FA 4WY1A 5P5QA 5P4CA 3RTHA 3MSLA 3UDMA 1XL2A 5P52A 4GJBA 3KM4A 4EQJA 1MRWA 4R95A 2BPYA 3NU3A 6FIVA 5OZGA 2P83A 4TVGA 5SY2A 5SZ9A 7HVPA 2Q54A 3L58A 4QLHA 1K6PA 5P8GA 3OUBA 4B78A 3CMSA 4NPTA 5P73A 3GW5A 4HVPA 5P0WA 1QRPE 5P53A 3RSVA 4I11A 2P8HA 5P8KA 5P4QA 5P6QA 5P37A 2O40A 3KFRA 3OADA 5OZRA 3DV1A 5P1IA 2WF1A 3S53A 1DW6C 1HPOA 4NKKA 4YDFA 5P1YA 3VYFA 3O9FA 3URJA 1QDMA 3NWXA 2ZGAA 2QI1A 3EKPA 3UQUA 5DR1A 5P6IA 2R38A 3S7LA 4MC6A 4I8ZA 1LV1A 1BWBA 4ZPGA 2CEMA 1APVE 1YT9A 3OXVA 1YX9A 3ER5E 5P3WA 2O4KA 1LZQA 5OZFA 1BXOA 5OZIA 2WEAA 5P1GA 4R92A 1QBTA 4J0ZA 5E5JA 5P5AA 2ANLA 3OXWA 3KDCA 5P2EA 1SGUA 3T6IA 3N3IA 4LXKA 5P8MA 5P6MA 1GVUA 2RENA 1Z1RA 5HD0A 5HE7A 1G0VA 2B60A 1FQ4A 5P4VA 5COKA 1YTHA 3VLAA 2I4VA 3CYXA 1ODWA 5P5VA 2VKMA 2XYEA 1AXAA 1MERA 2OHQA 5OZKA 4Y3MA 2G1RA 2BPVA 4YOAA 3ZOVA 3EKXA 2AOGA 3FNTA 4ZIPA 2QCIA 4Y39A 4D89A 2R3WA 1CZIE 5DQ5A 3FSMA 3QRSA 5P5FA 3GGXA 3INEA 5P0TA 1GNMA 3QIHA 4Y4ZA 3D3TA 1UPJA 3QAAA 1C70A 5OYQA 1G6LA 1BVEA 4ER1E 3AIDA 5P3LA 5DQ1A 6UPJA 1W5YA 4U8WA 3QVIA 4I12A 4YBIA 3AUPA 4DPIA 4DI2A 1B6PA 5IVTA 4I10A 5P0SA 1A8KA 2P3BB 3HVPA 4RYGA 5FIVA 1D4KA 3BUGA 3TLHA 3I8WA 4OBZB 2VS2A 5P7BA 1MRXA 5P0PA 2QI6A 3ZKNA 4Y4UA 3WSJA 3UDKA 3DV5A 2QD7A 5P7CA 2J9KA 4Y3YA 2G24A 4RCFA 4Y45A 5IE1A 2P3AA 3G70A 3BUHA 3GGAA 3S7MA 3SM2A 3UHLA 3VG1A 5HCOA 5P5GA 5P0RA 3BHEA 3ZKXA 4Y5GA 3T7QA 3HAWA 5P6NA 1HSHA 5OZ4A 5P6DA 3LNKA 4M8XA 1ZBGA 4Y43A 5P55A 4L1AA 5P5EA 4EQ0A 2QK5A 5P5IA 2F81A 5P32A 4HEGA 2BPXA 3I6OA 3VV6A 3CYWA 4BFBA 3RVIA 5P71A 5P51A 1MT7A 4FS4A 5P00A 4HLAA 3B7VA 5DQ4A 3SA5A 4GIDA 5P7LA 2VIZA 1SMEA 5COOA 5P4RA 3NU9A 1EBZA 5KAOA 1XL5A 4U7QA 4DJYA 1FB7A 5P54A 4AA8A 4OD9A 4Y51A 3NDXA 3EBZA 4J1KA 3JVWA 2PYNA 5P0YA 3D1XA 3KF0A 1W5VA 4U7VA 5P7HA 5CLMA 2QMPA 4DJRA 1HEFE 1IDBA 5OZ9A 1YTIA 4GMIA 3SKGA 5P26A 1M43A 1EAGA 2HM1A 2VNMA 4HDBA 4YD5A 1LYAA 2FMBA 1K1UA 5P2OA 3TOFA 3JVYA 1EC1A 3TPJA 2AOJA 2A1EA 2G1OA 2Q15A 4GJ7A 1HSIA 5P4AA 5P88A 5OZCA 1HXBA 5P0AA 5P30A 5OZVA 1FQ6A 3KDDA 2FIVA 4EPJA 5P8QA 3DOXA 3RTNA 5P0FA 5P3SA 5P7VA 2PSVA 4RYCA 4Y3LA 5P7GA 5P38A 5P7NA 3FV3A 4COEA 3EL1A 2QZLA 2PWCA 2G20A 5P8DA 5OZZA 5P72A 5P04A 4DQGA 4M8YA 5P74A 1APTE 3LIVA 5KQXA 4YD7A 1G35A 3MSJA 1RPIA 3UDHA 3QP0A 1PFZA 2VA5A 5P08A 1HHPA 5C9DA 2ZJLA 4I0HA 5P0ZA 3UDQA 3K4VC 1HVKA 4Y4TA 5OZPA 5P8AA 2B42A 3R2FA 5OYRA 3PCWA 5P18A 2ZYEA 3CIDA 1KJGA 5P5ZA 5P6AA 1YM4A 5P4HA 3SFCA 2NXMA 1FFFC 2JE4A 4B77A 4K4PA 5P6LA 3IVIA 3DCRA 4PZWA 5P7RA 1B11A 1MT9A 5P1SA 5OYWA 1HPSA 2I4XA 2RMPA 4Y5LA 1FQ5A 4J0TA 5P4MA 1HVHA 4QJAA 4EYRA 5CONA 5P0UA 5P58A 2IEOA 2PH8A 1HVLA 2H6TA 2AVMA 3UDJA 4APRE 2AVOA 3NDWA 5P2JA 2IKOA 2HB4A 3TL9A 2R8NA 3KMYA 3SA8A 1FIVA 4YHQA 5P4PA 4Q1WA 2G22A 4J55A 3NU6A 5P8OA 2CENA 1BDRA 5P0DA 5PEPA 2OHNA 5P2XA 3OWNA 4Y3AA 3S43B 1T6GA 2WEZA 1XDHA 3HLOA 1GKTA 2WKZA 1K2BA 1DPJA 3L5FA 1K2CA 2OHSA 4DQBA 1G2KA 3PSYA 5OZHA 1K1TA 2AVSA 5P24A 1FG8C 3K5CA 5P46A 4J5JA 4YD6A 2O4PA 4H1EA 3OXXA 1AJXA 5DR7A 4FRSA 2F8GA 4DJVA 4ZSRA 5P49A 4OC6B 1HVCA 3L5CA 5P0LA 3OU4A 1HTRB 2OHUA 5P15A 4R93A 5P3FA 3OQAA 5ISJA 1MSNA 5P89A 4I0IA 5P5LA 4RRNA 2ZJHA 3OGQA 3INHA 1MT8A 3NUOA 3OQ7A 5P5MA 5KR1A 5I3WA 4Y41A 4Z22A 2AOFA 3OGPA 4BFDA 2WF2A 5P65A 4J54A 4LP9A 5P1HA 5P1LA 4Y47A 2PQZA 5P1XA 5KR0A 4Y37A 1BDQA 2QMFA 2VJ7A 3VF7A 2IGYA 4Y38A 4Q5MA 1FMXA 5P7SA 1TQFA 5P13A 1RNEA 2QNQA 4F76A 4NPUA 1NSOA 3APPA 4Z50A 3O9CA 5APRE 4D8CA 1EBWA 2ER0E 5P6KA 1Z1HA 1BILA 2HS2A 3NR6A 4RVIA 3O9LA 1DP5A 1KJFA 4Y44A 1EPME 5P77A 5DR3A 2VJ9A 3LPJA 2VIYA 1Z8CA 4GJ5A 5OZSA 1IZDA 4A4QA 3EM4A 5P0EA 5P4KA 5P6EA 5P79A 4Y4JA 3PSGA 1SMRA 3NYGA 1OD1A 5P2DA 4PZXA 5P6ZA 3OADB 5I3VA 5P8SA 2HAHA 4ZPFA 2G26A 2HS1A 2G1SA 4Y57A 1EBYA 5P2KA 2HIZA 5P83A 5P6PA 4ER2E 5ISKA 2QZKA 5KQFA 5P2YA 4Y3HA 3OUAA 5OZDA 4XX3A 5P2IA 4FAFA 3H0BA 2AVVA 3IN3A 3EKWA 3ZKMA 3QN8A 4WTUA 1AAQA 1FG6C 1AM5A 1T7IA 4X7IA 4CPSA 1A8GA 2UPJA 3I7EA 1K6CA 2G27A 5P1RA 4HDPA 1FQ8A 3GI6A 3I2LA 4Y53A 2FDEA 5P42A 5P4WA 5P33A 4Y4WA 3TOHA 3KA2A 5AH8A 4FSEA 1SH9A 1A30A 2PSGA 1PPKE 1D4LA 3GI4A 4TRYA 1EPQE 3BUFA 5OZYA 5HE4A 3OU1B 5DR8A 2G21A 4NJUA 5P3OA 3ST5A 2ZJKA 3ZPSA 5P8HA 5P4YA 4DQEA 4B1EA 5OZ5A 4Y4GA 3M9FA 5P5WA 5P69A 5P41A 1LYBA 5P06A 5P02A 3OTYA 3BVAA 3BGBA 5P3VA 5JG1A 2QU3A 1PSNA 1EC3A 4K8SA 4RROA 3GI0A 3B80A 1ZPAA 5OYSA 1FMUA 5P2CA 4Y5EA 4YOBA 3IN4A 2IKUA 4EWOA 3K5DA 5P7YA 3PJ6A 4NJTA 3S8IA 5HDVA 3GGVA 2ZJNA 1B6LA 2F3FA 5F00A 5P1MA 2QNNA 2XFIA 1ZPKA 3PWRA 2Q64A 3R0WA 2APRA 4NJSA 2ZHTA 3UDYA 3OAGA 3ZPUA 1HVSA 4DQFA 4YDGA 1FKNA 3QROA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D4J A;  3OU3 A;  1FLH A;  5P05 A;  5P2U A;  5TOL A;  5P4I A;  3SO9 A;  4YBF A;  5P1O A;  3LIZ A;  5P5Y A;  4Y3G A;  3TKG A;  3O9H A;  2JXR A;  5COP A;  2JJI A;  4CKU A;  2EWY A;  1BIM A;  2Z4O A;  5P84 A;  4B05 A;  2P3C A;  2AZ8 A;  1ZP8 A;  2V0Z C;  2F3K A;  4FSL A;  2OHL A;  3VUC A;  4QGI A;  5KR2 A;  3RU1 A;  3PMU A;  1ER8 E;  2IL2 A;  1PSA A;  2NXL A;  3T7X A;  3QS1 A;  3QPJ A;  3O9I A;  5P8I A;  2WF3 A;  5HDX A;  5P56 A;  4EXG A;  5P2N A;  3ZL7 A;  2WEC A;  3DJK A;  5ENM A;  2G1N A;  5P36 A;  1XN3 A;  3LHG A;  7UPJ A;  3D1Y A;  5P6X A;  5KQZ A;  3NDU A;  1LYA B;  2I4Q A;  3HZC A;  4I0E A;  4KE1 A;  5P8C A;  4I0G A;  1HVJ A;  2P4J A;  2UXZ A;  1BV9 A;  3TPR A;  2R3T A;  3TH9 A;  2RSP A;  1EPN E;  3MWS A;  5AHC A;  5P3J A;  5OYY A;  3K5G A;  5HE5 A;  5P8E A;  1EPR E;  2WL0 A;  5P7M A;  1AJV A;  3OUD B;  4R91 A;  3EKT A;  4CPR A;  1UH9 A;  5P3H A;  2JJJ A;  1FFI C;  4GJ6 A;  2BPZ A;  4UPJ A;  4RVJ A;  5P7Z A;  3OXC A;  1ZSR A;  5F01 A;  3Q3T A;  4Y3S A;  5AHB A;  1GVW A;  5AH7 A;  4DUS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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