5P5XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 258
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5xA01
4NJTA 4FSLA 1TCWA 1HVJA 1XN2A 3O9BA 3VF7A 1GNMA 4RCDA 3S54A 3VLBA 1EPRE 3UDMA 4Y3EA 5HCOA 4Y6MA 5BS4A 4PHVA 3TTPA 1BWBA 4Y51A 4ZPFA 4A4QA 1KJ7A 5P80A 3SM2A 4Y3FA 4Y4UA 1FG6C 3SM1A 1DAZC 3L58A 1ENTE 1FB7A 3EBZA 3Q6YA 3TKWA 2BPZA 4J0PA 2NMYA 5P3PA 1SGZA 4DJQA 3NDTA 1VIKA 4Y4AA 2CEJA 2P3AA 5P4JA 2XFJA 4QJ8A 3SO9A 3TPJA 1K1TA 3OADA 4A6BA 2G21A 3M9FA 1EPLE 4L6BA 7HVPA 4FAFA 3PJ6A 3NU6A 5P1XA 2HM1A 4Y38A 5P3TA 2B7ZA 5P1AA 5P0LA 5BWYA 2AOJA 1CZIE 3S56A 5P6QA 5F00A 5AHAA 2I4DA 3PCWA 4RYGA 4Y5EA 4JP9A 1TW7A 2QZLA 3NUOA 3GGAA 1AM5A 3OUDB 5COKA 5P3XA 5P8AA 5P7AA 5P0TA 3ZKXA 4R93A 4Y3SA 5P88A 4Q1YA 5P55A 4QJ2A 4Y4WA 5P44A 2VKMA 5P3MA 5AH9A 5P5WA 2J9KA 1A9MA 1MTRA 4KE0A 5P3HA 1C6YA 4Y3ZA 2QAKA 5P3NA 3LZYA 3QRVA 5P0NA 5P2BA 3OXVA 4LXAA 1HIVA 2R8NA 4Y3WA 4NKKA 2V11C 2IEOA 5DR1A 4Y3TA 1KJHA 4H3GA 1NPVA 1GKTA 3RU1A 3TOGA 2ER0E 1D4HA 3EM6A 3LPIA 3NLSA 4Y58A 4D89A 4Y44A 3ZKSA 5P1FA 3ZPTA 5ER2E 1MSMA 1QDMA 2OHRA 2P3BA 4Y54A 1XS7D 3CICA 1ODYA 2P83A 5P83A 2PWRA 2AQUA 5OZGA 1HXBA 5P0FA 5P5TA 3BXRA 5P5EA 3VF3A 2NXMA 5HDVA 3S45A 4DH6A 3IXOA 5P0DA 1TCXA 1B6KA 5P4UA 1HVLA 5P4MA 4R95A 5P1EA 2FS4A 4HDBA 5HU0A 4J0VA 1ZBGA 1Z1HA 3HAUA 4APRE 5P7ZA 3S53A 5OZYA 3R4BA 3AUPA 5OZCA 3Q5HA 5AGZA 3QRSA 5P24A 4Y45A 2P3BB 5OZRA 1PFZA 3LINA 5KR8A 1E81E 2IDWA 4J0ZA 5OZFA 2QHZA 3EL1A 4KB9A 3MWSA 5OYVA 5P59A 3IVHA 5PEPA 3L5DA 4NJVA 1E80E 4ZIPA 2AVSA 2OHSA 1RQ9A 4X2LA 2QP8A 2AVOA 5P7HA 4LP9A 1IVPA 1NH0A 3RSVA 4DVFA 3QBHA 1ME6A 1EEDP 3VYEA 5HCTA 5P7RA 1SDTA 4J1HA 5P20A 4DJRA 5P2JA 2Z54A 3SLZA 3BGCA 5IVRA 5P1OA 2IL2A 5P7UA 4Y41A 2QNPA 3T3CA 4RVJA 4J1IA 5ENKA 4K9HA 2BJUA 2ZJJA 5P2RA 5OZZA 2WEZA 2HS1A 4RVIA 2Z4OA 5P1HA 3NDXA 5P26A 2G22A 5T4SA 3K5FA 2RSPA 1VIJA 3OUCA 3Q4BA 3UHLA 5P2SA 3LIVA 1EBZA 1BXQA 1RPIA 2QU3A 1OEWA 5P8VA 3S7MA 5P34A 3DUYA 4HDFA 2QZXA 5P46A 5P62A 4FRIA 1MPPA 5OYYA 4ACUA 5E5JA 1AJXA 1EBYA 4YOBA 3KFSA 5P6VA 3S43A 5P4PA 1HTGA 3UCBA 4DJXA 2O4LA 1KJ4A 5P5YA 4Y36A 5P49A 3H0BA 5P3EA 3NUJA 1BV7A 1LYAA 3L5EA 1IDAA 5IVQA 4FE6A 2H6TA 5DQ2A 5OZDA 3LIXA 4MC1A 4BFDA 4FRKA 4S1GA 2UXZA 5P7WA 5OZ5A 4RROA 2FXEA 2AZ9A 3VLAA 5AH6A 5OZ2A 1BDRA 2QD6A 3HZCA 5P08A 3HBOA 1ER8E 4IVTA 5P1CA 4GJAA 4ZLSA 5P1YA 5P6EA 3R0WA 1EPME 5P7MA 4LBTA 3APPA 5HD0A 2NR6A 3S43B 5P2DA 2H6SA 6FIVA 5J25A 2XFKA 1LYBA 1GNOA 3PM4A 3ECGA 4PPHA 3NXNA 3SFCA 4YBIA 4Y53A 4ER4E 4AUCA 1EC3A 2P3CA 4JPEA 4U8WA 1BXOA 5P1LA 4OBDA 3O9CA 1W6IA 5P5NA 1QBTA 2AODA 5P41A 3DV1A 2I0DA 3EKVA 5P4WA 4B1DA 1APTE 5P5XA 5P6LA 1PSAA 5P04A 3PHVA 3PWRA 5P4QA 1OHRA 1KZKA 5P15A 1SH9A 1HVHA 5OZOA 1WBKA 3JVWA 3PBDA 3R1GB 3EL4A 4B72A 5P0XA 3ZPSA 4Y4BA 5P2NA 3URLA 1YX9A 2ZYEA 2VA6A 3KA2A 5P5SA 5P0PA 4EHCA 3T7PA 3PSGA 3DK1A 3OUBA 5P2TA 1FQ8A 5EZXA 5P0IA 3GW5A 2RENA 3T7XA 5P8KA 4Y3QA 2I4UA 2B60A 1SIVA 4Y4DA 3PVKA 3TLHA 1HPVA 2Q55A 5P6MA 2QHYA 3OTSA 3U71A 4Y5BA 5DQ5A 5P75A 4JOOA 3B80A 5KAOA 3O99A 2G26A 3NSHA 2WL0A 5P6WA 1K6PA 5OYSA 2F80A 5P6HA 5OZ4A 5P4FA 2PSGA 4FIVA 4FAEA 5IVTA 4RVXA 2R3TA 3S7LA 3HDKA 5P8FA 5OZEA 5P8OA 3K1WA 5P7BA 1IVQA 5P57A 5P18A 5TOLA 5OZNA 3U6AA 3WB4A 4NJSA 2WF1A 2Q3KA 3JVYA 3S85A 2HC0A 5P2LA 3GGVA 5P8UA 2QD8A 1FIVA 3BUFA 2P4JA 4Z4XA 5P68A 1ZSRA 1HEGE 5HU1A 5P0ZA 1HWRA 5OZ6A 4CPUA 4NPTA 5P23A 3VG1A 5I3WA 1HHPA 5DR7A 3UDKA 5P1GA 4J0TA 2AOFA 3UDQA 4OBFA 4BEKA 4M8XA 4Y35A 2J9JB 5P3LA 4Y39A 2JYSA 5P1PA 5P7OA 3ZMGA 5OZSA 3OGPA 3OTYA 5SXNA 3ZKIA 1D4YA 1B6LA 4DQGA 3AIDA 3IN3A 5P6SA 5SY3A 1U8GA 3OQAA 5P38A 4B00A 5P1RA 4DUSA 5P2HA 2O40A 1HSGA 2OHTA 4WY1A 5SZ9A 1HPOA 4Y5LA 3GGXA 4EJKA 1FQXA 5P29A 3TPLA 2R43A 4I8WA 4DI2A 3OAGA 3T11A 5P1ZA 5P6ZA 4DQHA 2RKFA 2PH8A 1FFIC 3INHA 2QI5A 2IS0A 5UPJA 5HDUA 5OYWA 5P6TA 4ZPEA 5P0SA 3WZ6A 2B42A 1YTIA 2VNMA 5P7VA 3KF0A 4YDFA 5P0VA 3PMYA 4Q1WA 5OZLA 1A8GA 1MEUA 1UPJA 2G24A 3KMYA 3TPPA 2QCIA 5OYZA 3EC0A 3K5GA 4D8CA 4ZSRA 2QNNA 1SP5A 2BPXA 2QMFA 2WKZA 3OAGB 5P86A 2V13A 1AZ5A 1GVUA 2AOIA 3SAAA 2OHLA 1HSIA 1HBVA 2I1AA 2F81A 4TRZA 3NU9A 5OZJA 3CIBA 4Y48A 5P2GA 5P5PA 1AVFA 1J71A 1ZAPA 3SQFA 1ODXA 2I4WA 1XN3A 5P2ZA 1N49A 3OUDA 2WHHA 2QD7A 4CMSA 3UQPA 5P89A 3OU3A 5P07A 5P4AA 5P35A 5P4XA 4J5JA 2VIEA 4FCOA 3KM4A 1IDBA 8HVPA 1UH8A 1D4JA 1HTEA 5P16A 4E43A 3TPRA 2BB9A 3KFNA 2PH6A 5P6AA 1M43A 5P4RA 3SA6A 3O9DA 3OHFA 3FNTA 4Y3AA 2QK5A 2AOEA 5P65A 5P5AA 3QN8A 1FQ5A 2QI4A 5P4IA 5P87A 2PK5A 1NPAA 2AOCA 3PB5A 3VCMA 3VV7A 3EM4A 4K8SA 1C6XA 3VYDA 2I4QA 1Z8CA 4JECA 2B7FA 2WF4A 4CPRA 4EYRA 4J1FA 3LNKA 5P36A 2P3DA 5P8RA 3HLOA 3SACA 4RCFA 2AVMA 1KJGA 4UPJA 4EXGA 1LYWA 5P2WA 3O9EA 5HE5A 4I0GA 1FMUA 4Y3YA 3QI1A 1TSQA 4TVGA 5P77A 5P1IA 5DQ1A 5P05A 4B70A 4H3JA 1FFFC 5P69A 3KFPA 2Q11A 5P5UA 2AOGA 3I2LA 5P5VA 2VJ9A 4AZYA 5P3RA 2QMPA 5P4TA 5OZQA 3L3AA 2G27A 2VA5A 3CMSA 5P3UA 4QLHA 1SMEA 4FGXA 4J1KA 4L1AB 5P58A 4RRSA 3OU4A 5I3XA 4FM7A 5P71A 2XYFA 3BGBA 3IVIA 3D91A 2OHNA 4LAPA 5P6KA 4LL3A 1EC0A 2OHPA 1IBQA 2AZBA 1D4SA 2ER6E 1FQ7A 3SPKA 1LYWB 1G6LA 5P6OA 4Q5MA 1SGUA 1HVKA 2ZJNA 4I0EA 1AXAA 3WZ8A 4DQCA 5P2MA 3TH9A 2BQVA 3LIQA 1EPQE 5P5OA 3UDYA 3CYXA 5KQXA 1LEEA 2QZWA 4Y4TA 4LC7A 5OZUA 5P27A 5CONA 3FX5A 5OZVA 4K4PA 1LF4A 3OU4B 3UTLA 5P7NA 3DOXA 3PMUA 4HZTA 5P8EA 5DGUA 4Y9WA 4BFBA 5KR1A 1YTHA 4Y3MA 4I0ZA 1W51A 1A94A 1HVRA 2PYMA 4Y3GA 4TRYA 2O4NA 3SABA 4Y43A 5P50A 1RL8A 1YTJA 4EP3A 1SBGA 4RRNA 1T7JA 1HPXA 4IVSA 9HVPA 1ZSFA 5P78A 5P66A 4N00A 4YE3A 1PROA 1QBRA 3OHHA 3O9GA 1YM4A 5P72A 4PYVA 1F7AA 3NU5A 4HE9A 1T6GA 2ER9E 2HPEA 5P8JA 4OC6A 5DR3A 5AH8A 3SA8A 3UQRA 5P6RA 4TVHA 5P7YA 5HTZA 4J55A 5P02A 4DJOA 2JE4A 5JFUA 1EAGA 5OZMA 3TOFA 4DJUA 5P2XA 2IENA 2ANLA 3EKTA 1WKRA 2AIDA 1ZPKA 5P8LA 5P0CA 2AZCA 2F3EA 3T7QA 4CPSA 2XFIA 1W6HA 5P84A 4Y50A 4ZPGA 4OBKA 3A2OA 2VIZA 3BUHA 3IXKA 4ER1E 5OYRA 5P19A 3Q70A 5P82A 3RSXA 3OK9A 3O9LB 2FIVA 2NXDA 4AMTA 3EKYA 4YDGA 4FRSA 2O4SA 3VUCA 3B7VA 5P3GA 4CPTA 4QJ6A 4I1CA 4FLGA 1DIFA 2FGVA 2R9BA 5P1SA 2NMZA 5P3OA 4OC6B 3D1ZA 2WF3A 3HVGA 5P73A 3HW1A 4H3IA 3EL5A 4I12A 5P1TA 4J1EA 1FKNA 4Y3RA 4U7QA 1UH7A 4K4RA 1ZTZA 4QGIA 4U7VA 3EKPA 1BILA 5P53A 2SAMA 2NNPA 3WB5A 3G6ZA 4DJWA 3L5CA 2ZGAA 5P5BA 3FNSA 4Y4ZA 3EMYA 5P1MA 4ZEAA 3FIVA 3UDJA 3G72A 1NSOA 1A30A 4DQBA 5OZKA 2ZHUA 5CLMA 2B8VA 3GGUA 4J0YA 5I70A 5OZ8A 1G0VA 1B6JA 4CKUA 4Y3PA 5OYTA 2V10C 1JLDA 3U7SA 3I6OA 3I25A 4I11A 1GVVA 3UDNA 3ZKNA 5P47A 5IS4A 5P3FA 3NWXA 1WBMA 3SA9A 1HVCA 5KR0A 4D83A 4HDPA 4DQEA 2OAHA 1B5FA 5P79A 3GI5A 5P5GA 4FSEA 4RYCA 4Y4GA 4OBZB 1T6EX 5P0HA 5P8SA 2PK6A 4GJ8A 3QROA 4EQJA 2BKTA 3OOTA 4Y4JA 4PZXA 3EKQA 5P61A 4YBFA 5AH7A 4LHHA 3Q3TA 5HDZA 4OBHA 3PSUA 4H1EA 4RZ1A 3RTNA 3VEUA 3IXJA 2QI1A 3PLDA 5P7JA 1MSNA 3UDHA 2WECA 3ST5A 1IIQA 1HPSA 5P7SA 1B5FB 3TOHA 4PZWA 3NDUA 2QI0A 2OHUA 2MIPA 5P6NA 3SKGA 2UPJA 2OHQA 3UQXA 3K4VA 3QPJA 4I0DA 3WSJA 2QI3A 5KOQA 3BHEA 5P7CA 1HOSA 4YD6A 2ZJIA 4KE1A 3EL0A 4Y5KA 1HRNA 2R5QA 3GI0A 1MT8A 1NPWA 3OQ7A 3QIHA 3IAWA 1SIPA 4MC9A 5P0AA 5JODA 5P39A 2PWCA 1EC1A 4FRJA 1BWAA 1KJFA 2AVVA 4DJPA 5P56A 5C9DA 1IZIA 1PPME 5P42A 1E5OE 4EWOA 5DR0A 5P8MA 3VYFA 1DPJA 1D4IA 3OXWA 5OZTA 5P5ZA 5P6YA 1G35A 5KR2A 4Y5GA 2J9JA 4GZFA 5OZWA 1K2BA 2CENA 1QS8A 2QMDA 2FMBA 5P6XA 5P5FA 3PSYA 5OYUA 3QP0A 5P3KA 1MESA 1Z1RA 4K4QA 3L38A 5P48A 5P2VA 5P0KA 5P52A 4Q1NA 1E82E 4Y4EA 2VA7A 5P03A 5P22A 5P01A 3D1YA 5I3VA 4Y3DA 1DW6C 5B18A 2WF2A 1LF2A 2QZKA 1AIDA 2PYNA 3QVCA 5P4GA 5OZ1A 1HXWA 1W5VA 4D85A 3S2OA 5P0JA 5P8DA 3BUGA 5IE1A 2AVQA 3NR6A 3UFNA 5P32A 4J17A 4BELA 5E5KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NJT A;  4FSL A;  1TCW A;  1HVJ A;  1XN2 A;  3O9B A;  3VF7 A;  1GNM A;  4RCD A;  3S54 A;  3VLB A;  1EPR E;  3UDM A;  4Y3E A;  5HCO A;  4Y6M A;  5BS4 A;  4PHV A;  3TTP A;  1BWB A;  4Y51 A;  4ZPF A;  4A4Q A;  1KJ7 A;  5P80 A;  3SM2 A;  4Y3F A;  4Y4U A;  1FG6 C;  3SM1 A;  1DAZ C;  3L58 A;  1ENT E;  1FB7 A;  3EBZ A;  3Q6Y A;  3TKW A;  2BPZ A;  4J0P A;  2NMY A;  5P3P A;  1SGZ A;  4DJQ A;  3NDT A;  1VIK A;  4Y4A A;  2CEJ A;  2P3A A;  5P4J A;  2XFJ A;  4QJ8 A;  3SO9 A;  3TPJ A;  1K1T A;  3OAD A;  4A6B A;  2G21 A;  3M9F A;  1EPL E;  4L6B A;  7HVP A;  4FAF A;  3PJ6 A;  3NU6 A;  5P1X A;  2HM1 A;  4Y38 A;  5P3T A;  2B7Z A;  5P1A A;  5P0L A;  5BWY A;  2AOJ A;  1CZI E;  3S56 A;  5P6Q A;  5F00 A;  5AHA A;  2I4D A;  3PCW A;  4RYG A;  4Y5E A;  4JP9 A;  1TW7 A;  2QZL A;  3NUO A;  3GGA A;  1AM5 A;  3OUD B;  5COK A;  5P3X A;  5P8A A;  5P7A A;  5P0T A;  3ZKX A;  4R93 A;  4Y3S A;  5P88 A;  4Q1Y A;  5P55 A;  4QJ2 A;  4Y4W A;  5P44 A;  2VKM A;  5P3M A;  5AH9 A;  5P5W A;  2J9K A;  1A9M A;  1MTR A;  4KE0 A;  5P3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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