5P60A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 261
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p60A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p60A01
3BVAA 5OYVA 3OUAA 4EJDA 5P7KA 5APRE 3VYDA 5P0MA 2AOCA 1PPLE 2OHQA 1FG6C 5T4SA 4EQJA 2OHLA 3T11A 1BDRA 5P8GA 5ENKA 5P4FA 4HZTA 3MSLA 4DFGA 3CKPA 5KQFA 4ZSQA 4Y4UA 5P0XA 5P4RA 3BUGA 3CIBA 3FNTA 5P0IA 1RL8A 5P3QA 2BPYA 1HEFE 1XDHA 4B77A 4TRWA 5DQ2A 5P00A 3BRAA 5P0LA 3PEPA 5P8IA 1W6HA 2EWYA 4GIDA 5OZTA 5P44A 5AH7A 2FIVA 2P3AA 2R8NA 3B80A 3WB5A 1LYWB 3SPKA 2O4KA 3OGQA 3G70A 3QRMA 3Q3TA 5F00A 4Y3NA 5P4WA 5P4TA 5P7TA 2A4FA 3QRSA 4Y4XA 2ER9E 4J0YA 1F34A 5P8LA 1HPOA 3OTYA 3DCKA 2OHRA 3AUPA 5P6JA 4FM8A 3ER5E 4Y3LA 2AZ8A 3EBZA 1AM5A 4Y5NA 5P73A 3EM6A 5IE1A 5P68A 2IL2A 3Q5HA 5P0ZA 2ANLA 4GJ5A 5P1JA 4Y4JA 5P39A 5OZ7A 5P2SA 3UQWA 5HU1A 3SA7A 2H6SA 1LEEA 1NPVA 3EKWA 3KYRA 4YHQA 5P2XA 5P2RA 3LIZA 4ER4E 4DJVA 5P1RA 4Y5LA 4U7VA 5DQCA 2OHUA 3UCBA 3T6IA 4K4RA 1MRWA 5P2KA 4UPJA 5P2HA 4DVFA 2QMPA 5P3MA 2P3CA 5KQXA 2AQUA 3KFRA 1IVPA 3T7QA 5BRYA 1UH9A 2AVMA 3OWNA 5P8VA 4Y48A 3S53A 1HTEA 5P2CA 5SY2A 3IN3A 2QI7A 1HOSA 4DPIA 4CKUA 5HDUA 5P85A 2P4JA 2VNNA 3R1GB 1HBVA 5P35A 5P3TA 1TZSA 2WF1A 3PSUA 3I7EA 1EBZA 2ER0E 3MXDA 4J55A 1APWE 4FM7A 4Y3HA 4N00A 2G1OA 2I4DA 2G24A 5OZYA 4Y39A 5OZ6A 4E43A 1XL5A 4LXKA 1SH9A 5P4SA 1Z1RA 1ZSFA 4DJRA 4LXMA 5P8BA 5P1OA 3UDKA 1BXOA 3HZCA 5P01A 5P0BA 2I4QA 1GVTA 1IIQA 5P2WA 4TRYA 5P0DA 2ZJIA 4ZSRA 4HA5A 5OYYA 5J25A 4I0IA 3WSJA 5P66A 5P1YA 2IEOA 1T6EX 3LZVA 4HLAA 4WTUA 4D85A 1RPIA 4J1EA 2WF0A 2VIYA 5P7VA 5P5EA 2PSUA 2FLEA 1SIPA 4Y56A 2QU2A 5P2JA 3HDKA 1W5VA 3TL9A 2O4SA 1D4YA 2ASIA 1QS8A 5P5PA 3S7LA 4J0ZA 1OEXA 2OHNA 4Y3EA 2NTRA 3LZYA 5P3FA 5P52A 3FIVA 5P4IA 1YTJA 5P86A 1BWAA 3LIVA 3K1WA 5KR0A 3S45A 4Y3DA 3KM4A 3C9XA 5P4ZA 5OZFA 2Q54A 5KQZA 2H6TA 3HVGA 3OOZA 3H0BA 1ODYA 5P4QA 2AODA 3NDWA 2ZHRA 5P69A 4L1AA 3KDCA 4YOBA 5P4YA 4JPCA 4OBZA 2NXDA 5P7CA 4Y3JA 3NUOA 2QCIA 4NJSA 3KMXA 5COPA 4LBTA 3PB5A 3LPIA 5P02A 2VIJA 4TRZA 3M9FA 5JFUA 5P4XA 4DQBA 1XE5A 5P24A 4YA8A 1HIHA 3FNSA 2B7FA 3O9DA 4A4QA 4B0QA 4YBIA 4NJTA 2I0AA 3EKXA 5OYXA 1D4HA 4F73A 4D83A 1LF4A 3TTPA 2QI0A 3IXOA 1OHRA 2UPJA 5P5LA 3NU6A 2IDWA 5KR1A 3K5DA 4RLDA 1AVFA 3UPJA 3T7XA 3IA9A 4Y51A 1K6VA 1W5YA 3PRSA 3TOFA 4J17A 5P58A 2P3DA 2VIEA 3KA2A 2XYEA 5P4PA 5UPJA 3ZKSA 2J9JA 1RQ9A 1SGUA 1F7AA 5E5KA 1FF0C 5P3XA 3DV5A 2Q63A 3BGCA 4FAEA 3BXSA 2AVQA 3LHGA 4H3FA 1FEJC 4GJ9A 1GNNA 5P4HA 3UDJA 1IDBA 1HIIA 4OD9A 3UQXA 2BPWA 4Y5GA 4DPFA 5P7DA 3L5EA 3NXNA 3OQKA 5P1EA 4YD5A 4NJUA 5IVRA 3ZPTA 5P3NA 5P0TA 5P76A 5P8MA 5P38A 1HSGA 1MT7A 9HVPA 3NDXA 3D1ZA 1ZP8A 1EC2A 5P6NA 4I11A 1VIKA 1BAIA 5JG1A 3HAWA 3VFAA 3D20A 1PSAA 1GVWA 5P32A 5P67A 2R5QA 1T7KA 2P3BA 1A30A 1FMBA 3Q4BA 4QJ6A 3RU1A 5B18A 5P4VA 2V00A 2UY0A 4Y3RA 5AH6A 4D88A 5P1MA 4I1CA 4Y4DA 5P53A 2JYSA 1NSOA 2V10C 5AHAA 2VA7A 4L6BA 2JJJA 5P3SA 5P75A 2QI4A 5P0EA 2IS0A 5F01A 2QD6A 4DJYA 1BV7A 1TSQA 3O9EA 5P1BA 1K1UA 4M8XA 2R9BA 3OQDA 1APTE 4FE6A 2VIZA 4I0EA 2ER6E 1MEUA 1T3RA 1W50A 2WF3A 3QVIA 5P4OA 2VS2A 3O9IA 5OZVA 4J1HA 3D3TA 3LPKA 4GB2A 4L1AB 2PK6A 5OZSA 4OBZB 5P6BA 2QMDA 1MSNA 3O9LA 4RRSA 4FRJA 3SM1A 4FAFA 1DIFA 4R5NA 2IKUA 2AZCA 3HAUA 3L59A 3PCZA 3NWXA 5P6MA 4LC7A 5P87A 3NLSA 5P8FA 2FNSA 3K5CA 4YCYA 3UQPA 5P27A 1K2BA 3I2LA 3EM3A 2Q11A 1E82E 5P0YA 5P4EA 1NPWA 1QBUA 5P2FA 4KE1A 5OYRA 4Y43A 2A1EA 1HSHA 3RSVA 4EXHA 4PYVA 3OUBA 1NH0A 3IXKA 4H1EA 3OXVA 5AH8A 5P0WA 2BKSA 3NWQA 5P0KA 2WEAA 2G20A 1LYBA 3G72A 5P1LA 3EL4A 4D89A 4DJWA 3VCMA 4FRKA 3UDMA 4YBFA 2J9JB 5P71A 5P31A 3OY4A 3WZ6A 5P19A 1KJHA 1EPME 3MWSA 3U7SA 3MSJA 4Y3XA 4TVGA 4K9HA 1HXBA 3INFA 5P8PA 4J0PA 3IGBA 3JVWA 4OD9B 2IENA 4Y3PA 3GGUA 1M43A 5P2UA 4RVIA 5AH9A 3GI5A 3IVHA 1MT9A 4OBFA 3BC4A 2QZKA 3EKTA 4Y3WA 1HWRA 2Z54A 4KE0A 5P60A 2G21A 1HVSA 3APPA 3UDYA 2FGUA 1C6YA 2ZJJA 4Z22A 4WY1A 5P1UA 5P43A 4DQCA 1TCWA 5P7MA 4JPEA 2HM1A 5P7BA 3EMYA 5P5MA 5OZOA 5P7UA 6APRE 4OC6B 2JE4A 4EJ8A 3O9FA 2ZYEA 3SM2A 4ZSPA 2P3BB 4BELA 5P89A 4LL3A 5P3PA 2Q55A 3EL0A 3PI0A 5KQYA 5BS4A 2Q3KA 1HIVA 2G1NA 4RCFA 3L5BA 5OYZA 5P65A 2VA5A 2QP8A 4PHVA 4Y4AA 2Q5KA 5KR8A 2WHHA 5ISKA 4ZPGA 1EEDP 3TOGA 5P6LA 1BDLA 2AOEA 4CPWA 5P72A 2OF0A 3K4VA 5P0NA 2HB2A 3UQRA 1YT9A 3N3IA 3LZSA 5P5FA 5P5VA 4MC1A 2NNPA 5P6YA 4HE9A 3K5GA 4YCTA 3NU4A 5OZKA 4Y44A 2WF2A 2WL0A 1YTIA 5P3BA 4APRE 5OZ4A 1QDMA 3K5FA 5P1HA 4AMTA 2I0DA 3PLDA 4Z4XA 3O9LB 1PSNA 4NPUA 5FIVA 4U8WA 5DGWA 1SDUA 5OZCA 1LF2A 3EKYA 5HE7A 5DGUA 5P61A 3HLOA 4ZLSA 2PMAA 5P8UA 3LIYA 2AVOA 3SKFA 5P1AA 2BPXA 4J1FA 5P54A 3LIXA 2AVVA 5P8DA 1LYAA 2I4XA 1FQXA 3DJKA 4FSEA 3PLLA 4LP9A 3O9CA 3UFNA 5P7SA 3QP0A 4Y37A 1A94A 5P7JA 5OYWA 4J1IA 4L7HA 1SIVA 3VEUA 4RGHA 5P45A 5P8EA 1MVPA 1LYBB 5OZDA 3QI1A 5I3VA 1BXQA 5P6XA 3SKGA 3L58A 1RNEA 2AIDA 5P5WA 2V13A 3BUFA 2QZLA 4QJ8A 5P47A 3UF3A 1K2CA 1EC1A 2PSVA 4DQFA 1HVJA 4Y3GA 5PEPA 5P1FA 3SAAA 1SBGA 4NKKA 1EBYA 1MTRA 2P83A 2PYNA 1OD1A 5P4NA 3RSXA 3NDTA 3NYGA 5P6GA 3OQAA 3RTNA 2VJ6A 4GMIA 1KZKA 1HEGE 5IS4A 3D91A 3WB4A 2OHTA 3TPJA 2F3KA 4QJ7A 5P63A 1GVUA 1FQ8A 1HHPA 1AIDA 1PFZA 2BPVA 5P1ZA 1DAZC 1CPIA 5P41A 3GI4A 3IVIA 3AIDA 1WBMA 2F80A 3EM4A 3SA4A 1SGZA 2FNTA 1MT8A 3NU3A 2JJIA 4EXGA 4RCDA 4Y5AA 1U8GA 4ZIPA 5P0CA 5P4LA 3INEA 2NNKA 4FIVA 1B6JA 2QD7A 5P59A 1PPKE 2AZ9A 2BBBA 4DH6A 4BFBA 2SAMA 3TLHA 5P6PA 4FLGA 5OZHA 5KR2A 2PK5A 3DCRA 3LITA 3KFSA 5P3GA 3TOHA 4Y3AA 4OBHA 4RVJA 5P5XA 3VF5A 4OBDA 4K8SA 1J71A 5OZWA 3R2FA 4ER1E 5SZ9A 4XXSA 2FGVA 1SMRA 5P8OA 4Y58A 4Y41A 4B05A 2PH6A 4GJDA 4L7JA 5DR4A 1UPJA 5P3DA 5P16A 4H3JA 3SFCA 4GJ7A 5P3WA 2QAKA 1D4LA 3KN0A 3TNEA 4XKXA 2FS4A 5DR3A 2HIZA 2R5PA 5P12A 4YD6A 5P1DA 4RROA 3UFLA 1JLDA 2PYMA 4Y3MA 3UDNA 2HB3A 1LYAB 3QRVA 1ZTZA 1W51A 4X2LA 3VV6A 3LPJA 4OBKA 5OZAA 3VUCA 3OTSA 4EJKA 1FQ5A 3OQFA 5P4DA 2ZJHA 3JVYA 2B42A 4Y5BA 4A6CA 5OYSA 4I8ZA 1XE6A 5P51A 5P2OA 3OHFA 5P2NA 2G26A 4PZXA 2HS2A 4B70A 4PZWA 2QI1A 3UDRA 4PEPA 3UDHA 3KDDA 3S2OA 5P6SA 4DQGA 4Y4TA 1ZLFA 1MUIA 4Y5MA 4YD7A 3OOTA 5BWYA 4CPTA 4HDFA 1RV7A 1VIJA 1BILA 3L3AA 3GI0A 3URLA 2Q15A 2UXZA 1KJ7A 5P6RA 5P3IA 2CEJA 4GJ6A 5P7PA 3Q70A 1M0BA 4QLHA 5OZNA 2ZE1A 3I25A 3QBFA 5P36A 2WEBA 5P07A 5P1TA 3R0WA 5P62A 5P7QA 4JECA 2F81A 4Y4WA 3SA9A 3VFBA 4YDGA 2PWRA 4MC2A 1K6CA 5P06A 5P4KA 3TPRA 4Q1XA 1TQFA 4PPHA 1EPPE 1EPNE 3G6ZA 1FQ7A 3UDQA 5OZQA 4DV9A 3ER3E 1K1TA 1E5OE 2F3EA 4F75A 6FIVA 3OHHA 3VYEA 2QI5A 5OYQA 4GJAA 5HTZA 5P6DA 1D4JA 1DW6C 3LINA 1XS7D 1XN2A 5C9DA 1MERA 1IBQA 5P5RA 3VLBA 4F76A 1BV9A 3IN4A 1EC0A 1A8KA 5P3EA 2Z4OA 1G2KA 4I0GA 5P2GA 5P0OA 3QROA 5OZMA 1FB7A 5P2TA 4WY6A 4OC6A 3OGPA 1T7JA 3EC0A 5P37A 1MTBA 1W5XA 2XFJA 2QNPA 4Y4EA 2NXLA 2ER7E 5P20A 5P64A 5P3OA 5P4GA 5P2ZA 3L5DA 3UQUA 5P56A 5P1VA 1DPJA 5P8HA 2R3WA 1Z1HA 4HDBA 3T7PA 1PPME 2AOHA 2PQZA 3KF0A 2WJOA 5P4JA 3S85A 5DPZA 1KJ4A 1TSUA 5P5OA 4Y5PA 3NU9A 3SQFA 5SY3A 1DMPA 3ZL7A 3ZLQA 1ZJ7A 4Y4BA 5P1NA 5P1CA 3IXJA 2RKGA 5P1IA 4ACUA 1MPPA 5OZ2A 2R38A 1HTRB 2QI3A 3WZ8A 2HPEA 5HD0A 1XL2A 2B7ZA 2QZXA 5P3UA 2QNNA 3S54A 2FDDA 4DJXA 2QHZA 5P83A 2RMPA 5OZPA 1UH7A 2I4VA 5P25A 5P2IA 4RRNA 5P5BA 3ZPUA 2NXMA 1FMXA 5P2VA 4GYEA 2NMZA 5P55A 2IGYA 1SP5A 5P5QA 1T6GA 1WBKA 5P6VA 5P6WA 1HVCA 5P2BA 5P6OA 4YDFA 4NPTA 4HDPA 5HCTA 5OZBA 2ZJKA 1QBSA 4EQ0A 2Q64A 3Q6YA 2IQGA 5P0SA 3CKTA 4Q5MA 2PWCA 3SACA 2ZHVA 2G69A 5P0FA 4J1CA 5P0UA 5P34A 3VYFA 3PWWA 4FS4A 1ZPAA 2AOJA 3FSMA 3EKQA 1EPRE 5EZZA 5P1KA 5P80A 5P57A 3SLZA 1A8GA 5P8JA 3OUDB 1EBKC 1QRPE 3QS1A 1APUE 5P3RA 1FFIC 5P5HA 1A9MA 3DK1A 4Y5CA 5JFPA 3CMSA 4Y47A 2AOGA 1KJFA 4R8YA 1FQ6A 1IZIA 3VV8A 4EWOA 3PM4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BVA A;  5OYV A;  3OUA A;  4EJD A;  5P7K A;  5APR E;  3VYD A;  5P0M A;  2AOC A;  1PPL E;  2OHQ A;  1FG6 C;  5T4S A;  4EQJ A;  2OHL A;  3T11 A;  1BDR A;  5P8G A;  5ENK A;  5P4F A;  4HZT A;  3MSL A;  4DFG A;  3CKP A;  5KQF A;  4ZSQ A;  4Y4U A;  5P0X A;  5P4R A;  3BUG A;  3CIB A;  3FNT A;  5P0I A;  1RL8 A;  5P3Q A;  2BPY A;  1HEF E;  1XDH A;  4B77 A;  4TRW A;  5DQ2 A;  5P00 A;  3BRA A;  5P0L A;  3PEP A;  5P8I A;  1W6H A;  2EWY A;  4GID A;  5OZT A;  5P44 A;  5AH7 A;  2FIV A;  2P3A A;  2R8N A;  3B80 A;  3WB5 A;  1LYW B;  3SPK A;  2O4K A;  3OGQ A;  3G70 A;  3QRM A;  3Q3T A;  5F00 A;  4Y3N A;  5P4W A;  5P4T A;  5P7T A;  2A4F A;  3QRS A;  4Y4X A;  2ER9 E;  4J0Y A;  1F34 A;  5P8L A;  1HPO A;  3OTY A;  3DCK A;  2OHR A;  3AUP A;  5P6J A;  4FM8 A;  3ER5 E;  4Y3L A;  2AZ8 A;  3EBZ A;  1AM5 A;  4Y5N A;  5P73 A;  3EM6 A;  5IE1 A;  5P68 A;  2IL2 A;  3Q5H A;  5P0Z A;  2ANL A;  4GJ5 A;  5P1J A;  4Y4J A;  5P39 A;  5OZ7 A;  5P2S A;  3UQW A;  5HU1 A;  3SA7 A;  2H6S A;  1LEE A;  1NPV A;  3EKW A;  3KYR A;  4YHQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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