5P63A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 264
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p63A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p63A01
2Q11A 4Y53A 4QJ8A 4NJVA 4B0QA 2R8NA 3PB5A 1QBSA 1UPJA 4JPCA 3BGCA 4Y54A 5P81A 2QI3A 4YBFA 5P1AA 3BHEA 5P8IA 5P4YA 5P3EA 3QPJA 4R8YA 3KFRA 4UPJA 1A8GA 2B8VA 4QJAA 2VS2A 4Q5MA 1HTRB 5P0MA 4TVHA 3HZCA 1T7IA 2QD7A 3PWRA 4CPRA 5P7IA 3IVIA 3UCBA 3G70A 5P5DA 4Y3AA 4YCYA 1LYBA 3LIQA 3QVIA 5P04A 3O9DA 2AVVA 4LXAA 5P4GA 5P6XA 1DW6C 1LS5A 4FRKA 1YTHA 4U7QA 5P1KA 2G1YA 7HVPA 3FSMA 5P2LA 5HE7A 5P19A 2O4SA 5OZXA 5P89A 1DP5A 1HSIA 3LZUA 4YD7A 1FIVA 6APRE 4J0ZA 1HXBA 1Z1RA 1JLDA 5P3RA 3O9HA 2OHPA 2AOHA 3IVHA 2H6SA 5OYVA 1AJVA 1MSNA 1FFIC 1GNNA 4ZEAA 3TTPA 4R92A 1TQFA 5KQYA 1GVXA 4BFBA 1YM2A 2FDEA 3PWMA 3O9CA 5P41A 5P5BA 1EAGA 4KE1A 2F3KA 3ST5A 4K8SA 5I3YA 2QNPA 5P0QA 3PLLA 4DJYA 2NTRA 3NXEA 5P1IA 1EC3A 3S85A 5OYRA 5P3CA 3JW2A 3SACA 2BPXA 5P5GA 4J54A 4CP7A 1LYAA 1D4JA 3S56A 2QP8A 5P26A 2B60A 4F73A 2R43A 2NR6A 1ODYA 5DR3A 1APVE 2V11C 3O9GA 5P8GA 3EKYA 5P1YA 2IEOA 5P0SA 5P7NA 4HDPA 2UXZA 3NUOA 4IVTA 5SY2A 1AXAA 3IXKA 4N00A 1AJXA 2QI6A 3TLHA 1K6TA 4R93A 5ENMA 2B8LA 4NJTA 1QBUA 4GJBA 2VIYA 4B1EA 3R0WA 2BJUA 3L58A 5P71A 2APRA 5OZ1A 2OHNA 4ZLSA 3QRMA 3EKWA 5P5PA 4XX3A 4Z22A 5P7AA 5P28A 5DQ1A 1HSGA 3KT2A 4YOAA 5KAOA 5P6VA 3RVIA 5OZRA 4DJXA 3IN3A 3UFNA 1W5VA 3IGBA 5B18A 1C6ZA 5OYUA 5SXNA 2WL0A 4AUCA 2WHHA 3BXSA 4LC7A 1E80E 2HB2A 5P6LA 5P45A 3FKTA 3D1ZA 5OZLA 1TSUA 1XE5A 2BKSA 3UF3A 4HA5A 5P2BA 5BS4A 4LBTA 3EMYA 5COKA 2BBBA 5P7DA 2AOFA 3ER3E 3UDRA 4Y3EA 2F81A 2VKMA 3ZKMA 4MC6A 2QU2A 4J1IA 3Q6YA 4YA8A 5P8CA 1M0BA 4FSLA 1HHPA 5SY3A 5P4OA 5P02A 1LYAB 3C9XA 1AAQA 4GJ6A 5P56A 2FXEA 4YBIA 5OZMA 5P8HA 3SA4A 2CEMA 4Y3MA 4OBHA 4DJOA 1EBYA 5OZ4A 3KDBA 5P00A 1MEUA 2CENA 1FG6C 2EWYA 2OAHA 2AZBA 4GMIA 2QI4A 5P3ZA 2I4WA 3TPRA 4FRIA 2R38A 2FIVA 3HVPA 2QMFA 5P1OA 3ER5E 3EKQA 2QZWA 2VJ6A 4EP3A 5OYSA 4X2LA 1U8GA 2HPFA 3CMSA 3VUCA 5P03A 3TOFA 2OHMA 2V00A 5COOA 2BPVA 1FQ8A 5HTZA 3INFA 4CKUA 3S43A 5P3IA 3UHLA 2R3WA 3O9EA 1UH8A 1D4KA 4J1CA 5P5HA 1DAZC 3VV8A 5OZ0A 5P3BA 3UDJA 3OQAA 2FMBA 5P8RA 1CPIA 5T4SA 4Y3DA 1EC0A 2R5PA 2QU3A 5P5MA 1SH9A 2P3BA 3B80A 3O99A 5OYWA 4IVSA 5P1XA 1KJHA 4GJCA 4J17A 4ZSRA 4B1DA 3TNEA 5HCTA 4DJQA 1MSMA 2QD6A 2G1SA 5OZGA 2OHUA 5P44A 3FX5A 4YOBA 5P6CA 5P2VA 3UQUA 5P80A 2QHCA 4LXKA 5P08A 5P3SA 5I3WA 3TOGA 2Q3KA 4RCEA 1IIQA 2FNTA 3L5EA 2AOEA 3OK9A 1IZEA 2A1EA 1FQXA 4M8YA 2Q5KA 5HCOA 1ME6A 1SDUA 5C9FA 3KFPA 4KB9A 5HDZA 5P3OA 5P7BA 1B6PA 2IDWA 5OZFA 4GZFA 1HVSA 3DK1A 3R0YA 2MIPA 5P8UA 3KFSA 5P4BA 5P85A 3S43B 4Y5LA 3UDHA 2PWCA 1WBMA 4RVIA 4Y38A 3I25A 1HPSA 4Y3QA 4D88A 5P5ZA 5P0GA 5P31A 5P83A 4Y9WA 5P7WA 1HVHA 5P43A 1K2BA 2ER0E 5P67A 4Y47A 5P2DA 4BEKA 3OQKA 4XKXA 3INDA 4CMSA 4FSEA 5P52A 3VLBA 2XFIA 2Z4OA 1MT9A 3A2OA 3VV6A 2WEBA 2P3BB 4I0GA 5P62A 5P3JA 4PYVA 5P0KA 3CKRA 5P3YA 5P2FA 3HLOA 4GYEA 1EPLE 3ECGA 2O4LA 4GJ9A 2VNNA 5KOSA 1BILA 5OZ5A 5P7LA 4NKKA 4JP9A 5P4PA 5HD0A 3CICA 2WEZA 1EEDP 2VA6A 1LF3A 5I70A 5OZOA 4COEA 3OUBA 1ZSRA 4GIDA 3PSUA 5P1WA 5KR2A 4XX4A 2P4JA 3WZ6A 2AVMA 2WF0A 5P4VA 2NPHA 5KR1A 1SMRA 4HDBA 1NPVA 3CKTA 3SLZA 4Z50A 4NPTA 3VF3A 3NDTA 4FM8A 3QP0A 3VFAA 4B1CA 3PRSA 3EBZA 2PH8A 3D1YA 3F9QA 5P3QA 1BVEA 4YD4A 5P2HA 5OZ6A 4BELA 2BKTA 3SO9A 3DCKA 5P27A 4J1FA 3L3AA 4U7VA 2Z54A 5P07A 1EBZA 1KJFA 2PC0A 5P6DA 5OZ2A 2NXDA 3LPIA 3ZKSA 2FDDA 4EXHA 5P2RA 5P4MA 5P33A 2I4UA 2JYSA 2QHZA 5JODA 3NDUA 3EM4A 5P7KA 1SIPA 1TZSA 1BXQA 3SA6A 5P0UA 1EPQE 3PM4A 3L59A 3CYWA 5P6UA 4Y3SA 3RTHA 3L5CA 1SDTA 5P61A 5P0YA 3O9AA 3SA9A 4RLDA 5C9DA 3B7VA 2G69A 4I8ZA 1SGUA 3KDCA 5P76A 3EKXA 5P11A 5P84A 4L7HA 3LIYA 3QI1A 3H0BA 3SAAA 2BPWA 5KQFA 4LL3A 4Y3PA 3NDXA 1MERA 4Z4XA 1QBTA 1HRNA 1IZIA 3KT5A 1LF4A 1E5OE 4PEPA 3OTSA 2NNKA 1SDVA 2OHSA 1OEWA 2QZXA 1QRPE 5P4HA 4RYCA 5P23A 4Y4DA 5P1VA 5P35A 1G35A 3RTMA 1FGCC 3HD8A 4RRSA 4GJDA 3OU4A 5P0HA 4Y3HA 2QI1A 5DPZA 3OADA 1PFZA 4I0IA 5P3PA 4R5NA 1NPAA 1K2CA 1HVKA 3EKTA 6UPJA 4Y36A 3I7EA 1DIFA 1OEXA 3SPKA 4WY6A 5P65A 4E43A 3DCRA 1BXOA 2JJJA 4Y3FA 5P5AA 3PJ6A 4I0EA 1W50A 3LINA 1HPXA 3BUHA 5P47A 1GVWA 3OOZA 3KFNA 3LZVA 5P4UA 5P4EA 4Y43A 2AZ8A 5P22A 4RCFA 1BAIA 9HVPA 1ZTZA 5P79A 1HWRA 1RL8A 4B05A 3ZKXA 3O9BA 3LZYA 1HXWA 1EC2A 4DJVA 3LIVA 1PSNA 5PEPA 5CLMA 5DQCA 3ZLQA 3R4BA 1EPNE 4CPSA 3PGIA 1FQ4A 2IENA 1SBGA 7UPJA 5P6SA 3ZKNA 2IGYA 3OXXA 5P6YA 4FGXA 2PYMA 5IS4A 4EJKA 2G21A 1D4IA 4Y5EA 4Y4EA 2Q54A 3BGBA 1YX9A 2ZJLA 4B70A 1BBSA 2QNQA 3ZPSA 4Y45A 2AZ9A 3UPJA 3HAWA 5P7XA 5P1DA 1K1TA 3OU4B 4DJWA 4DFGA 1M43A 4DI2A 3OADB 3RSVA 4MC1A 4EWOA 5P7GA 5P6ZA 4Y50A 3VCMA 2Q64A 5ER1E 1K1UA 2QMPA 4Y5NA 4I0ZA 5OZ3A 5AH8A 2HM1A 4I1CA 1BV9A 3INHA 1GVVA 3NUJA 5P16A 1LYBB 5OZYA 1HVJA 3DV5A 4EJLA 1N49A 5P1LA 3O9LA 2OHQA 3T11A 5IVQA 4DH6A 2QNNA 1XN2A 1RNEA 5KR0A 4Y3JA 5P8NA 3SFCA 4EJDA 2RENA 4NJUA 2F8GA 5P0LA 2QCIA 2IKUA 5P2SA 4B72A 5P2NA 1PSAA 4DQGA 1MUIA 4ZE6A 4DQHA 3MXDA 1XN3A 4CPUA 4WTUA 5P5JA 1VIJA 1MPPA 3HDKA 4YCTA 5P34A 5DQ5A 5P73A 4FLGA 5P6NA 4ER4E 1SGZA 3S7MA 5P25A 1MT8A 4PHVA 1T6GA 3UQWA 4EYRA 3QBHA 3SKFA 4L7JA 3QROA 2HS1A 2V12C 4OD9A 5P8OA 3CIBA 3PWWA 5P5KA 5EZXA 2OHTA 5P5XA 2O40A 1PROA 3BVBA 1T7JA 4Y3GA 1RQ9A 2ER7E 2G26A 2ER6E 3LIZA 3GI6A 4HLAA 3HBOA 2Q63A 3AUPA 5OYXA 2QZKA 3WSJA 3INEA 5P40A 3S53A 4EJ8A 3UQRA 3S8IA 5P2XA 5P17A 4Y3YA 5P8MA 3VSWA 2AVQA 5P2MA 2AVOA 3VF5A 4RGHA 5P46A 2B42A 1APUE 4YE3A 3N3IA 3PMUA 3EM6A 4D83A 2AODA 1ODXA 1KJ7A 5P10A 2VA5A 2A4FA 5P4FA 5P3AA 1EPRE 3TH9A 3O9LB 4ZPFA 4QJ2A 2HC0A 4F76A 1FKNA 1XDHA 1HIVA 2R9BA 2VJ9A 2PSVA 3QVCA 4H3GA 1FQ5A 5P4IA 3VYFA 4OC6A 2QI5A 3I2LA 2AIDA 4RRNA 1ZLFA 2FLEA 1EPOE 2ZE1A 5P3WA 4FRJA 2XFJA 1KJ4A 2HS2A 3R2FA 5P8SA 3TPJA 2PYNA 1K6CA 1EPPE 5P6AA 4Y5KA 3OUCA 3IN4A 1HSHA 1BDLA 5P3UA 5P29A 1W5XA 4Y3ZA 4D89A 1Z8CA 5P05A 2VNMA 4OD9B 1TSQA 5OZ8A 5P87A 5P5VA 3OUAA 4ZSQA 3EC0A 5P8DA 1HBVA 5P8JA 2ZHRA 3SABA 4HZTA 3TKGA 2SAMA 3U7SA 5OZIA 3OXWA 5DR1A 5P4TA 4H3FA 5KR8A 5OYYA 4R95A 2UY0A 1B6LA 2J9JA 3GI5A 2AOIA 4I0HA 2BPYA 5OZKA 3K5GA 3LZSA 4TRYA 5P8VA 1ZJ7A 5P6WA 3NLSA 2WF4A 4YDGA 4JPEA 1AVFA 4K4RA 5P3TA 2FS4A 1TCXA 3UDKA 4Y5PA 5P7EA 5P7RA 5P1TA 1IZDA 1HOSA 5P86A 4DUSA 5P49A 5P6FA 4K9HA 1CZIE 1HIIA 4HEGA 4ZPGA 3SM2A 2ZJNA 5HDVA 2J9KA 4DPFA 2HAHA 3UDPA 4AA9A 5BRYA 4FRSA 1RPIA 2G1RA 2R5QA 5APRE 1MESA 4OC6B 4FM7A 5C9BA 3EKPA 1GVTA 3GI0A 4I8WA 5I3XA 5P0AA 1HTEA 3IA9A 3GW5A 4GJAA 4ZSMA 1IVQA 2FGVA 4QJ7A 4L6BA 5P5SA 5P1ZA 3KA2A 4J55A 1XL2A 5P8KA 4Y5CA 5P18A 5P7MA 5P3HA 1MIQA 5P7CA 2AQUA 5P2IA 1W5YA 5P1FA 5P2QA 1LV1A 4S1GA 5P60A 3O9IA 1PPME 5P4DA 2VA7A 5P4QA 3WB5A 1CMSA 5P8PA 3IXOA 3UFLA 5HE4A 2JJIA 5AH9A 4Y41A 5DR8A 4HVPA 2G24A 3FNSA 5ISJA 5P7YA 5P2KA 3VF7A 2ZHSA 5P0PA 2IGXA 5OZ7A 3VSXA 5IE1A 4Q1YA 2J9JB 5P6KA 1A8KA 4APEA 4FAFA 3OTYA 3O9FA 1EPME 5P1EA 3TKWA 2WKZA 2ZYEA 1APWE 2Q15A 4ER1E 3WZ7A 2O4PA 3CYXA 5J25A 5P68A 5P70A 2ZHVA 2NXMA 2BPZA 1FFFC 5P6GA 5AH7A 5TOLA 2RKFA 3Q4BA 3QIHA 2RSPA 4Y44A 5I3VA 3PI5A 4PPHA 3EM3A 4ZIPA 4QJ9A 3NU3A 1FLHA 4H3JA 4J1KA 5P2WA 1T3RA 3OHFA 2I4XA 5P1BA 4LXMA 4Y4JA 5P3FA 4D85A 5P0OA 5P06A 4ACXA 3VFBA 3PEPA 2PMAA 3KN0A 5P6OA 3EL1A 5P6QA 1WKRA 3KMYA 4OBJA 1NH0A 2V10C 2R3TA 3PVKA 2WEAA 3D91A 3SA5A 5P1UA 4XXSA 3EXOA 4QJ6A 4Y4UA 3K4VC 4A4QA 4H3IA 4I11A 3PLDA 3KF0A 3LPJA 4Y5MA 2ASIA 1EC1A 1ZPAA 2FXDA 4FL8A 3TL9A 3L38A 3GGXA 2VIJA 2RKGA 1C6XA 3LNKA 3OQFA 5P7SA 4RROA 1IZHA 5P6RA 4YDFA 1BDRA 1OHRA 5P8AA 2F3EA 5P5EA 3VYEA 2PWRA 3K5FA 5AHCA 1E82E 2IL2A 2NMYA 4FM6A 5JG1A 1B6KA 4Y39A 4Y4BA 1BWAA 1HVIA 4Y4ZA 5OZJA 5P4ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q11 A;  4Y53 A;  4QJ8 A;  4NJV A;  4B0Q A;  2R8N A;  3PB5 A;  1QBS A;  1UPJ A;  4JPC A;  3BGC A;  4Y54 A;  5P81 A;  2QI3 A;  4YBF A;  5P1A A;  3BHE A;  5P8I A;  5P4Y A;  5P3E A;  3QPJ A;  4R8Y A;  3KFR A;  4UPJ A;  1A8G A;  2B8V A;  4QJA A;  2VS2 A;  4Q5M A;  1HTR B;  5P0M A;  4TVH A;  3HZC A;  1T7I A;  2QD7 A;  3PWR A;  4CPR A;  5P7I A;  3IVI A;  3UCB A;  3G70 A;  5P5D A;  4Y3A A;  4YCY A;  1LYB A;  3LIQ A;  3QVI A;  5P04 A;  3O9D A;  2AVV A;  4LXA A;  5P4G A;  5P6X A;  1DW6 C;  1LS5 A;  4FRK A;  1YTH A;  4U7Q A;  5P1K A;  2G1Y A;  7HVP A;  3FSM A;  5P2L A;  5HE7 A;  5P19 A;  2O4S A;  5OZX A;  5P89 A;  1DP5 A;  1HSI A;  3LZU A;  4YD7 A;  1FIV A;  6APR E;  4J0Z A;  1HXB A;  1Z1R A;  1JLD A;  5P3R A;  3O9H A;  2OHP A;  2AOH A;  3IVH A;  2H6S A;  5OYV A;  1AJV A;  1MSN A;  1FFI C;  1GNN A;  4ZEA A;  3TTP A;  4R92 A;  1TQF A;  5KQY A;  1GVX A;  4BFB A;  1YM2 A;  2FDE A;  3PWM A;  3O9C A;  5P41 A;  5P5B A;  1EAG A;  4KE1 A;  2F3K A;  3ST5 A;  4K8S A;  5I3Y A;  2QNP A;  5P0Q A;  3PLL A;  4DJY A;  2NTR A;  3NXE A;  5P1I A;  1EC3 A;  3S85 A;  5OYR A;  5P3C A;  3JW2 A;  3SAC A;  2BPX A;  5P5G A;  4J54 A;  4CP7 A;  1LYA A;  1D4J A;  3S56 A;  2QP8 A;  5P26 A;  2B60 A;  4F73 A;  2R43 A;  2NR6 A;  1ODY A;  5DR3 A;  1APV E;  2V11 C;  3O9G A;  5P8G A;  3EKY A;  5P1Y A;  2IEO A;  5P0S A;  5P7N A;  4HDP A;  2UXZ A;  3NUO A;  4IVT A;  5SY2 A;  1AXA A;  3IXK A;  4N00 A;  1AJX A;  2QI6 A;  3TLH A;  1K6T A;  4R93 A;  5ENM A;  2B8L A;  4NJT A;  1QBU A;  4GJB A;  2VIY A;  4B1E A;  3R0W A;  2BJU A;  3L58 A;  5P71 A;  2APR A;  5OZ1 A;  2OHN A;  4ZLS A;  3QRM A;  3EKW A;  5P5P A;  4XX3 A;  4Z22 A;  5P7A A;  5P28 A;  5DQ1 A;  1HSG A;  3KT2 A;  4YOA A;  5KAO A;  5P6V A;  3RVI A;  5OZR A;  4DJX A;  3IN3 A;  3UFN A;  1W5V A;  3IGB A;  5B18 A;  1C6Z A;  5OYU A;  5SXN A;  2WL0 A;  4AUC A;  2WHH A;  3BXS A;  4LC7 A;  1E80 E;  2HB2 A;  5P6L A;  5P45 A;  3FKT A;  3D1Z A;  5OZL A;  1TSU A;  1XE5 A;  2BKS A;  3UF3 A;  4HA5 A;  5P2B A;  5BS4 A;  4LBT A;  3EMY A;  5COK A;  2BBB A;  5P7D A;  2AOF A;  3ER3 E;  3UDR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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