5P65A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 266
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p65A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p65A01
2P3DA 3C9XA 4Y4XA 5P1MA 1HOSA 5P7EA 2VIZA 3EKVA 3D1YA 5P00A 1T6EX 3WZ6A 1OD1A 2G26A 5P41A 1FQ4A 4YD6A 5OZ2A 1BILA 1TSUA 1HVRA 3EL4A 4LXMA 5P86A 2BPVA 3S8IA 5KOSA 2G24A 5P37A 3BXSA 5P7FA 5HD0A 1BVGA 2OHPA 5P4GA 5BS4A 5P29A 2QP8A 2XFJA 5OYVA 5OZCA 2WEBA 1FQXA 2CEMA 3QVIA 5P08A 2AOGA 3G6ZA 5P2UA 4RGHA 1F7AA 5P0TA 3T7QA 4Y4AA 5P4DA 5HU0A 3LNKA 1WKRA 3IXKA 1ODXA 3EM6A 3UDPA 3BVBA 4WY6A 5P3JA 5KQXA 3NDTA 2WF0A 3ZKIA 4B77A 3BUFA 2P4JA 4Y3EA 1G0VA 5P11A 3OUDB 4Y5KA 5ISJA 2PSGA 3GGAA 4TRYA 5P58A 2Q64A 4MC9A 3OHFA 1EPLE 5P27A 1AXAA 2AOCA 3TOFA 3LIQA 2B7ZA 2PC0A 2B42A 5P62A 4HDFA 4GIDA 2F80A 4M8YA 4YA8A 5P2DA 5P88A 3NWQA 4Y4DA 5P1OA 2Z4OA 3BXRA 3AUPA 2OHLA 5P6YA 3HBOA 5P0BA 2QHYA 3PSYA 2NMYA 5P3QA 2ZHVA 4GYEA 3RSVA 5P3CA 3OXCA 1BDQA 4YD4A 1IBQA 5P0LA 4FM8A 1UH9A 3VYDA 5IVRA 2I4WA 4J1EA 1HXBA 2P3BA 5P3XA 1W5WA 1B5FA 5P6VA 3HAWA 4COEA 2AODA 1HTGA 3O9IA 1QBTA 1GNNA 4I0FA 5P48A 5HVPA 4J1HA 3RSXA 1YM2A 3APPA 1HXWA 4Y4ZA 3LPJA 4ZPFA 3OADB 5P52A 1QBUA 5P5EA 4J1CA 7UPJA 2B8VA 3D1XA 4FSLA 4Y3RA 1DAZC 4Y3FA 1W6IA 5P0VA 5P4IA 1DPJA 4F73A 5SY2A 4QLHA 5OZYA 3OTYA 2Q54A 1NPAA 3GW5A 3NLSA 5P8DA 5SY3A 3L5FA 3URJA 2QMDA 2XYEA 3VCMA 5P2FA 4IVTA 4B00A 5P8FA 3VF7A 2G1RA 3LPKA 3OU3A 5DR4A 5P6UA 4Y3DA 5P0CA 1G35A 3S56A 5P57A 2WHHA 4KUPA 5P0WA 4AA9A 5UPJA 5OZXA 5P6AA 5P0XA 2G1SA 5JG1A 1FIVA 3OUBA 2WJOA 4RVIA 5P1GA 3UFLA 1MUIA 4K4PA 2IGXA 2WEAA 2AOJA 5P30A 5P13A 2JYSA 3QPJA 3IN3A 3KMYA 2BKTA 4ZPGA 4EP3A 5P5XA 3OTSA 3OU1B 3FV3A 4B05A 3VFAA 1BV7A 3H5BA 4DVFA 3BHEA 1GKTA 3NU6A 5OZBA 2Q63A 5P6CA 4HEGA 1VIJA 4I12A 2IDWA 2OHTA 5P70A 5P5BA 1QBRA 5P73A 3OAGB 1D4KA 5P2CA 4NJUA 3KFSA 2QD6A 3O9BA 2FS4A 2FDPA 5P2KA 4ZSRA 5P1EA 2NNKA 2ZJIA 4YDFA 5P5LA 5P04A 5P8QA 5P0PA 5OZUA 5P6HA 3TPJA 4K8SA 5KR0A 3G70A 5I70A 5P18A 5OYQA 1SIPA 2IGYA 5P7XA 2QI5A 4RVJA 3NUJA 3MXEA 4YBFA 5P7AA 1GVWA 4RZ1A 4DQBA 5OZIA 3ZKNA 4YCYA 1T7IA 3PBDA 3TH9A 2BJUA 1GNOA 5ENMA 5P74A 4JP9A 3N3IA 5OYUA 4DFGA 1SDTA 4RCEA 2WF2A 5P5VA 3SFCA 1ME6A 5OZGA 5OZAA 5P7MA 5P2WA 4J1FA 4Y3XA 2NR6A 4U7QA 2JJJA 3Q6YA 4QGIA 2FDEA 4Y3SA 5P2YA 4RLDA 5EZZA 4GJBA 4ER4E 1B11A 5P78A 5TOLA 1FQ6A 5P67A 1YM4A 3OXXA 5EZXA 2I4QA 2AOIA 6FIVA 3SA8A 5P71A 5P1DA 5P8RA 5P2HA 3O9FA 4FRIA 4R95A 2ZE1A 2BB9A 2WEDA 3CICA 3LZYA 2B7FA 5P10A 2QD8A 5HE5A 3SA3A 5P28A 3KFNA 5P7KA 4QJ2A 5P0AA 2OHRA 3H0BA 5P82A 3NXNA 4QJAA 3BVAA 4RCDA 1YTGA 4ACUA 2QHZA 2VJ9A 3LIZA 5HDXA 5OZ7A 1XE6A 4YBIA 2ZJNA 1GVXA 4Y54A 2QI6A 4Y45A 2ZGAA 5P5UA 3VSWA 5OZ8A 5P1SA 3FNTA 4OBGA 5JFUA 3Q70A 3HZCA 3OUDA 3SA9A 3EBZA 2P3BB 5P4WA 3ST5A 2HPEA 3EKXA 2I4VA 1RPIA 1HEFE 5P2SA 5P5IA 4J1KA 5P4YA 3QAAA 2R38A 1A8GA 5F01A 4QJ9A 5P39A 2XFKA 5P2TA 2P3AA 3LPIA 5P4KA 1HVLA 3ZKMA 1D4JA 2B60A 4OBFA 5P09A 2FGUA 5P6GA 1DIFA 1T6GA 2ER6E 5P7HA 2ZJHA 3ZLQA 3U6AA 5JFPA 5OYXA 3K5GA 1EC1A 1XDHA 1LF3A 5P4AA 4Y5PA 1HPVA 5P33A 5P6JA 1U8GA 3OXWA 4Y3JA 4Y5EA 5C9BA 2F3FA 3ZOVA 2G21A 2AZ9A 1K1UA 1KZKA 1B6PA 5P3MA 2PK5A 1LS5A 5P7IA 4DJRA 2VNMA 5OZPA 3WSJA 5DGWA 3PMUA 3UDKA 3UDMA 3LIVA 4Y48A 2WECA 5OZQA 5AGZA 5P5WA 3L58A 4HZTA 5P1YA 5DQ4A 3T11A 3OQAA 5P4TA 5I3WA 3NDUA 3K5CA 2PWRA 1RV7A 3OADA 4Y4BA 3OQ7A 3GGXA 1EC2A 5P6DA 1SDVA 1EEDP 1KJ4A 5P5AA 5P0HA 3PM4A 4DJUA 5OZ0A 3OUCA 3KDCA 2SAMA 1HPOA 2QAKA 3SKGA 5P3RA 1IVPA 1C6ZA 5P5MA 3UDRA 4QJ7A 3ZKXA 3PSUA 2QCIA 4NPTA 5OZKA 4JECA 1MT8A 1META 4R92A 1SBGA 3K5DA 4RROA 1E5OE 2QNPA 3ZL7A 5P20A 1G2KA 4QJ6A 2Z54A 4Y51A 5P0IA 2I0DA 4CPQA 5P5GA 5KOQA 1UH7A 3HDKA 5P5ZA 4DI2A 2I4UA 5OYSA 2BPWA 1APUE 1HBVA 4PPHA 3VSXA 2NXDA 4FLGA 3R4BA 5C9DA 2FXDA 4Y47A 3NR6A 4D85A 2WEZA 4JPEA 3GI6A 1EPQE 3OU1A 5P2GA 3PCWA 2OHUA 5IVQA 1HIHA 3GGUA 2AVMA 1XL5A 5P4XA 1MSNA 5P8EA 3I6OA 5P19A 2ZHUA 5P2BA 2OHKA 2IS0A 3PLDA 3OAGA 5E5JA 3SM1A 4HDBA 5P7GA 2IKOA 4R91A 4Y35A 1EC0A 3IXJA 4J54A 5P3LA 2AOFA 1IZIA 5HCTA 4TVHA 5P6SA 2QMGA 3FNSA 5HE4A 2FIVA 4H3FA 5P69A 5P8CA 5P06A 3SA7A 5P8VA 5T4SA 2AZCA 3WZ8A 1MRWA 5AH6A 3UDNA 3VUCA 2O4NA 2J9JB 2ASIA 4GJAA 5F00A 1MT9A 4LBTA 1ZP8A 2QNNA 2EWYA 3S85A 4Y4GA 3MSKA 1K6VA 4FE6A 5P8GA 2RKFA 5OZEA 2QMPA 5B18A 4Y5MA 1HRNA 2PYMA 5P5OA 5DGUA 5HDVA 2J9KA 3DCRA 5P8LA 4EHCA 1HWRA 4BFBA 3Q4BA 5KAOA 3HW1A 2F3EA 3CIBA 2HPFA 5DR0A 1KJHA 2VKMA 1K6CA 1FG8C 4EXGA 3LZSA 1GVVA 3PWRA 3B7VA 5P4UA 1HEGE 5P3HA 3INDA 2R43A 4I0IA 5DQ5A 2UPJA 3LITA 5P50A 2HB2A 3RTHA 4Y3WA 5AHAA 5P3BA 5P54A 5DR7A 1D4IA 3L38A 3S54A 3DM6A 3L59A 5P45A 1FF0C 4I8ZA 5P8KA 4Y5GA 1FMUA 3R0WA 1F34A 4Y50A 3ZPUA 5KQZA 1EPME 1FQ7A 1PPKE 1YTJA 2G1YA 2OHMA 5P8NA 1AIDA 5P40A 3ER3E 1A9MA 4B70A 3SA6A 3O9GA 5BWYA 1GNMA 2WKZA 5P4VA 4J1IA 1ZAPA 3CIDA 3EM4A 2I1AA 1MIQA 2FXEA 3SA4A 3LIYA 3SAAA 2ZJKA 4GJ5A 1IIQA 2VA5A 4FAFA 4MC6A 3SO9A 3PHVA 5P42A 3OU4B 6APRE 3KFRA 5P64A 3S7LA 2V00A 1SGUA 4Z4XA 5P6RA 4B1EA 2IKUA 2I4DA 4Y3TA 3SPKA 1K2CA 4CPUA 3KF0A 1NSOA 2RSPA 2G20A 3JVYA 1C70A 4I11A 4CPSA 3APRE 3ZKGA 1TSQA 5P81A 3KDDA 1D4LA 2P83A 4B0QA 4CKUA 5APRE 2JE4A 5P26A 1XE5A 2OHSA 5P6WA 4AMTA 1EAGA 4I10A 4LXKA 4RVXA 2A1EA 5P49A 3TKGA 4NJTA 4Y58A 3EXOA 4CPRA 2OHNA 2V0ZC 2V13A 5P8JA 3FKTA 2FNSA 5P3SA 3S53A 1FLHA 5P35A 3PJ6A 4RYGA 5OZHA 4BELA 1BBSA 5P6IA 4GMIA 1FFIC 2I0AA 5P63A 2Q3KA 1A8KA 1E82E 4Y4JA 5P8BA 5P6TA 4ZPEA 3INFA 4YD5A 4GJ8A 4JPCA 1MERA 4GB2A 4RYCA 5P43A 5P8UA 5P55A 3DV1A 1ZLFA 1T7JA 5P7SA 3UDJA 3S7MA 4Y57A 3CYXA 5COPA 5P8SA 1TCWA 5AHBA 4APEA 4H1EA 5DR1A 4HVPA 4Y37A 5P7CA 5OZ6A 3NDWA 2O4SA 3N4LA 1MRXA 4Y5BA 4Y5NA 3INHA 2IEOA 2ZJJA 4EJLA 4OD9A 3EL1A 4Q1NA 1QS8A 3SA5A 5P8IA 1K6TA 5P3NA 1NPWA 5P0RA 4KB9A 4Y43A 4Y36A 1IZEA 1XN2A 2O4KA 1HVSA 3NYGA 1HSGA 2O4LA 1LYBA 1WBKA 3TLHA 4LAPA 3UHLA 2CENA 3L5BA 5COOA 5P5QA 1GVTA 3VYEA 1PPME 1CZIE 5P1CA 5P83A 4A6BA 5P0YA 3PVKA 1SGZA 4DPFA 2RMPA 1N49A 1XS7D 5P3AA 3URIA 5P1PA 5KR1A 5P32A 4PYVA 4DH6A 4ZIPA 3EKTA 3ZPTA 2FMBA 2HB3A 2VIJA 4Y6MA 5P6OA 4DQEA 5P1BA 3QRMA 3TPLA 1LF2A 2QU3A 1FGCC 5P2LA 3D1ZA 1AAQA 1EPOE 4Q1YA 2IQGA 3QP0A 4Z50A 3IN4A 4Y5AA 4HLAA 5P5CA 1LYAB 4KE1A 2R9BA 3O9HA 5DR3A 3RU1A 5P0EA 2R3WA 5P02A 3URLA 5P2QA 5P5KA 2J9JA 4IVSA 5OYYA 3TKWA 5P14A 4AZYA 4CP7A 3UQRA 1AVFA 5OZVA 3VEUA 1SMRA 4DJPA 3OGQA 3NDXA 1YTHA 5P1IA 3OQKA 5P1UA 1BXOA 3HD8A 3CKPA 1HVCA 3S43B 4F74A 3NU4A 1ER8E 5P7UA 3VFBA 1TCXA 1OEWA 3IA9A 3UFNA 2V16C 5P79A 4LHHA 3PWMA 4Y5CA 5P22A 5P7VA 3EMYA 4OC6B 1E81E 1MT7A 5DQ2A 4BFDA 3EKWA 2PMAA 5P7JA 3HVGA 2ZHRA 1RNEA 3QI1A 4Y9WA 5P6MA 5P23A 5P3IA 5P2ZA 2ZJLA 7HVPA 4Y44A 1EC3A 4L7GA 4J0PA 3WB5A 1W51A 1HVJA 2H6TA 1SP5A 4Y3ZA 1EBKC 2F8GA 5P4RA 3O9LB 1K6PA 1OHRA 3EL0A 5P31A 4B1CA 3DJKA 2G22A 5P6NA 3LINA 4L6BA 1K1TA 3K4VC 1PROA 2QZWA 2ER7E 1HVKA 2HM1A 3EM3A 5P2OA 4L1AB 2AVVA 5COKA 5OZ9A 5P3KA 2VIEA 3TL9A 2AZBA 5P5RA 4FL8A 5P3ZA 4ZEAA 5OZTA 5P4FA 1RQ9A 5P25A 4JOOA 5P2EA 1UPJA 1MPPA 5P3DA 4LP9A 2JJIA 1FKNA 4YD3A 3D91A 2HAHA 4GJ9A 4GZFA 2AOEA 3EKYA 3OQDA 1LV1A 2QI7A 1EPRE 5P1NA 1TW7A 1D4HA 5P3WA 5P7DA 4PZWA 4LXAA 4OBZA 5P0JA 3NU5A 3GGVA 1IVQA 3OU4A 5OZMA 5P7RA 2BPZA 1EBZA 2NXLA 5I3XA 5P17A 5E5KA 4NKKA 3IVHA 3UQXA 2QNQA 5DQCA 3IVIA 2R8NA 1BIMA 4XXSA 5C9FA 3T7XA 4GJDA 5BRYA 4DV9A 3UDQA 2PSVA 3VF5A 3SLZA 1FB7A 1FG6C 2PYNA 9HVPA 5P4ZA 4HE9A 3RVIA 2G27A 3LZUA 3R0YA 3B80A 3EL5A 2G1OA 3BUGA 1FMBA 5DPZA 4OD9B 5P1JA 3EL9A 5P8OA 3NXEA 4I0HA 1OEXA 4NJSA 3TNEA 1FEJC 4TVGA 5P5JA 5I3YA 4L7HA 1AJXA 5P0GA 4Y3YA 3QRSA 2H6SA 3VYFA 1A94A 4I0EA 5P36A 4Y56A 5P2MA 3OWNA 1YTIA 1ZPKA 1MVPA 1LYBB 4MC1A 1M0BA 4DQCA 3GI4A 2VJ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3D A;  3C9X A;  4Y4X A;  5P1M A;  1HOS A;  5P7E A;  2VIZ A;  3EKV A;  3D1Y A;  5P00 A;  1T6E X;  3WZ6 A;  1OD1 A;  2G26 A;  5P41 A;  1FQ4 A;  4YD6 A;  5OZ2 A;  1BIL A;  1TSU A;  1HVR A;  3EL4 A;  4LXM A;  5P86 A;  2BPV A;  3S8I A;  5KOS A;  2G24 A;  5P37 A;  3BXS A;  5P7F A;  5HD0 A;  1BVG A;  2OHP A;  5P4G A;  5BS4 A;  5P29 A;  2QP8 A;  2XFJ A;  5OYV A;  5OZC A;  2WEB A;  1FQX A;  2CEM A;  3QVI A;  5P08 A;  2AOG A;  3G6Z A;  5P2U A;  4RGH A;  1F7A A;  5P0T A;  3T7Q A;  4Y4A A;  5P4D A;  5HU0 A;  3LNK A;  1WKR A;  3IXK A;  1ODX A;  3EM6 A;  3UDP A;  3BVB A;  4WY6 A;  5P3J A;  5KQX A;  3NDT A;  2WF0 A;  3ZKI A;  4B77 A;  3BUF A;  2P4J A;  4Y3E A;  1G0V A;  5P11 A;  3OUD B;  4Y5K A;  5ISJ A;  2PSG A;  3GGA A;  4TRY A;  5P58 A;  2Q64 A;  4MC9 A;  3OHF A;  1EPL E;  5P27 A;  1AXA A;  2AOC A;  3TOF A;  3LIQ A;  2B7Z A;  2PC0 A;  2B42 A;  5P62 A;  4HDF A;  4GID A;  2F80 A;  4M8Y A;  4YA8 A;  5P2D A;  5P88 A;  3NWQ A;  4Y4D A;  5P1O A;  2Z4O A;  3BXR A;  3AUP A;  2OHL A;  5P6Y A;  3HBO A;  5P0B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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