5P66A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 267
Total Genus 83
5010015020025030001020304050607080
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p66A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p66A01
3RSXA 2BBBA 5P1TA 5HD0A 5P83A 1EPNE 7UPJA 5P69A 4PEPA 5P36A 1RNEA 1QDMA 5OZJA 4CPRA 5DQCA 2A1EA 2XYEA 3BRAA 5P8CA 3UF3A 3CIBA 3LPIA 5P8UA 4FM7A 3QP0A 2B8VA 4EPJA 5OZUA 2UPJA 5OZDA 4FCOA 2F3KA 4NJSA 4NPUA 3S56A 2G22A 1ZPKA 5P88A 5OZHA 2B7FA 1GNMA 3SA8A 5OZ1A 1EPLE 2PK6A 4AA8A 4Y3JA 2G24A 3EL4A 5P0ZA 2APRA 3EKPA 4Y3NA 3QRVA 3ZLQA 3GGVA 2B7ZA 4Y48A 1DMPA 4B77A 5KR8A 4DJVA 4PZXA 3NUOA 3OAGA 1TSUA 3S54A 4Y5GA 4I0JA 1IZHA 1FMBA 1FMUA 4Y45A 5P31A 3PLDA 3K4VA 2NTRA 2WEAA 4DQCA 5P8SA 1B6LA 1U8GA 5P6EA 3TPPA 1LYWA 2QI1A 1ZJ7A 2RKGA 4B70A 2IGYA 1SDTA 3O9CA 1AVFA 3D91A 3PSUA 1E80E 3OY4A 3GW5A 3UPJA 3PVKA 1AZ5A 3Q5HA 5KOSA 5P7LA 3L59A 2I4XA 3DCRA 5P7FA 4DI2A 4FAFA 4DPIA 4JPEA 4OBHA 4FL8A 5P7SA 5P0XA 3T7XA 1MPPA 4PHVA 5OZRA 5HDXA 5P6GA 5P1IA 4DQBA 1BVEA 5P4TA 1HIIA 1MRWA 1EPQE 3F9QA 2VA5A 5P61A 5P5DA 1BBSA 2HS1A 3IXJA 3TKGA 5DR3A 3TPRA 4XKXA 5P1KA 3VV6A 4CPQA 2ZHRA 5OYXA 4ER2E 3UDQA 4HLAA 4A6BA 3RU1A 5HTZA 1W6IA 1FQ5A 3TNEA 5P76A 3LIQA 3O9HA 5P5HA 5IVRA 2VIEA 4Y47A 2AIDA 4DV9A 4EP3A 1ZSRA 4Y5PA 2QD8A 4Y4UA 2P3BB 5P4HA 4ZSRA 2G20A 3ZKMA 5JODA 5ISKA 3RSVA 3UQUA 3K5FA 2QI6A 4GJCA 4TVHA 5P32A 3KDBA 5P4VA 4OBJA 4Y4EA 5E5JA 3GGUA 4FRSA 5TOLA 5P1BA 3WZ7A 1PROA 1YM2A 4DJRA 1HPSA 1VIKA 5P6LA 5KQZA 4YD7A 5OYSA 4FRKA 3KFPA 2OHKA 3UTLA 1OHRA 1SH9A 4JOOA 3UHLA 4R92A 1FEJC 2WF2A 4DPFA 4I0IA 5P3IA 3VEUA 5P3PA 2J9KA 2QMGA 5P1RA 3LPJA 4NJTA 4ZIPA 5CONA 5OZYA 4OBFA 1HPXA 5P0EA 2RENA 5P3DA 3LZSA 5DQ5A 5P3RA 4AA9A 4DUSA 1MESA 3S7MA 2PK5A 3C9XA 3OUCA 4YDFA 5P59A 1HSHA 4WTUA 5P5MA 2SAMA 4JPCA 5P8NA 3MXEA 3PMYA 4I8ZA 3FNSA 3O9FA 4WY6A 5P8AA 3D20A 5P6OA 5P7IA 3SACA 3VCMA 1G2KA 1QBSA 1BDRA 2HB3A 4I11A 5I3VA 5P89A 2ASIA 1KJGA 5P2HA 5P8HA 4LC7A 5P2LA 5P65A 4FRIA 4Y3GA 1XS7D 4Y3AA 3URIA 1A30A 3BGBA 4YD5A 1YG9A 1HVIA 3KFSA 4Y3LA 1G35A 1XL2A 3APRE 3IN3A 3O9DA 3B7VA 1FQ4A 5P15A 4YHQA 4FLGA 1Z8CA 3UDYA 2NR6A 4R91A 1ODXA 5P5ZA 2OAHA 1AAQA 3BHEA 1MERA 1B11A 1TSQA 3EBZA 4FAEA 4Y6MA 2NNKA 5P4FA 4B1DA 2I4VA 4R5NA 3UCBA 3TTPA 4I0HA 5P06A 2IS0A 3INEA 5OZTA 5P8VA 2G69A 3L5BA 5ENKA 3IA9A 5P2OA 3NDWA 3BUHA 1M0BA 2WEZA 4RGHA 5P7KA 4CMSA 2PQZA 3VSWA 4U7QA 2QMDA 3O9LA 3DV5A 3EKYA 1YM4A 3OU3A 1ER8E 4Y3YA 1BWBA 1ZSFA 3NU9A 4QJ6A 5COOA 4Y3RA 4OD9B 1C70A 4J0ZA 1ZBGA 5P67A 3I25A 5P0RA 4RYGA 3RTNA 5AHBA 5P74A 1BAIA 3PI0A 4Y57A 3NDUA 4E43A 5P3GA 4ZSMA 2O4SA 5P5KA 3LZVA 5P3FA 5P7TA 4R93A 5P4KA 3QS1A 1OEWA 5P8KA 3OU1A 5P5RA 4S1GA 5P6KA 4K9HA 5P1GA 5P68A 2FGUA 3QBFA 1FF0C 1NSOA 3GI6A 5P00A 1W5YA 5P5SA 5P25A 1B6PA 3EM4A 2J9JA 1UH7A 4AMTA 3DUYA 5P1MA 1C6ZA 5HVPA 5P18A 4DQFA 5P29A 4J55A 1A94A 5P7EA 1LF3A 5P0WA 1TCXA 3PBDA 1HVKA 4YBIA 5OYZA 5DR4A 5P53A 5T4SA 5P2VA 1APTE 2P3AA 5P4RA 3SA4A 3OQAA 4CPXA 2Q15A 4NPTA 3DK1A 3HAUA 4Y37A 2QZXA 5P5EA 4I0ZA 5P09A 5P6HA 4FSEA 4DQEA 5P17A 3H0BA 5P0DA 3O9BA 1HVHA 1N49A 5P2WA 5P20A 2IKOA 4ER4E 5P1PA 4FS4A 2OHLA 2PYMA 1MTRA 3D1XA 3PWMA 2F80A 3OXWA 5SZ9A 4HVPA 2HS2A 3H5BA 1K1TA 2AVSA 5P5TA 3CIDA 4Y41A 2V12C 3NDTA 2AQUA 5P5FA 5P5QA 5P6BA 1B6MA 1MT7A 3WZ6A 3NSHA 1ME6A 3PMUA 5P3XA 3NR6A 1HRNA 1FMXA 3EKXA 4H3GA 1HBVA 5P8RA 2Z4OA 1IVPA 2JJIA 4GJ8A 3CYWA 4Y3XA 3QROA 1LF4A 2QCIA 5P4BA 4Q5MA 5P7HA 3IVIA 3SPKA 5OZMA 5P0UA 4GJ5A 5P3BA 5P70A 5P6WA 5AH7A 5P8EA 2F81A 2V16C 1DP5A 1FIVA 5DGUA 2ER7E 3GGXA 4DJPA 5HU0A 4RVIA 4Y3EA 5P3LA 5P5YA 1Z1RA 3APPA 2VS2A 3SA3A 5P1HA 4LBTA 2FNSA 1G0VA 3BVAA 2R3TA 5OZXA 1LYBB 3OWNA 5P64A 1A9MA 1RV7A 4Y3WA 1HVLA 1FKNA 5P0TA 3KDCA 5P6SA 5P03A 2V11C 3UQPA 5P2DA 5P44A 1QBUA 3FKTA 5P6YA 3OU4B 2FGVA 1XE6A 5P86A 4OBZB 1HEGE 2VIYA 5P5UA 3ZKQA 3UDHA 4HDFA 4RZ1A 3SA5A 5KQFA 4J54A 3PLLA 4GB2A 5P7VA 4DQHA 2QNQA 6UPJA 4BELA 3TLHA 2O4PA 5IE1A 5DQ4A 1IZEA 5DGWA 2G94A 2V13A 4CPWA 3OTSA 1A8GA 5P1DA 1HTEA 5P6PA 1E81E 3IGBA 3G6ZA 5COPA 4YCYA 2AZCA 2FXDA 3AIDA 5P7WA 1DAZC 5P0SA 4XXSA 3CICA 3BUGA 5P4OA 5P4UA 5P1OA 1APWE 4X7IA 1EC2A 4Y44A 3GGAA 3OK9A 1UPJA 2I4QA 5P2ZA 5ISJA 4Y50A 4LP9A 5IVQA 5P85A 5P43A 1ZPAA 2BPYA 3I7EA 3NXEA 2IRZA 4I0EA 5P6QA 5P6CA 5OZSA 5OZQA 3OQDA 2PH8A 5P8OA 3NWXA 3Q4BA 2QMPA 3LIVA 5P2TA 2ZJMA 5P8QA 3GI4A 2BQVA 5HCOA 4YD6A 3U71A 5P6XA 5P14A 1M4HA 3QVCA 1SMRA 5P3OA 5P5VA 3NYGA 5C9FA 5C9BA 1SMEA 2AVQA 3K4VC 5P1ZA 5P3ZA 3VF5A 2FMBA 3Q70A 3T7PA 2Q63A 1Q9PA 5P0KA 3ZPTA 6APRE 4Y3FA 5P39A 3KA2A 4DVFA 4ZEAA 4EXHA 5P42A 1GNNA 3S7LA 3KF0A 1YTJA 4J1CA 2ZGAA 4GJ6A 5P1QA 4DH6A 2CEJA 2IEOA 1XL5A 2EWYA 4HZTA 3TOGA 3FSMA 4RCEA 2V0ZC 5OZKA 1MT8A 2QZWA 3OXVA 3OUBA 1B6KA 5HE5A 1FG6C 2R9BA 3EL9A 4BEKA 4RRSA 3WSJA 5AH8A 1QBRA 3INDA 3PRSA 3RVIA 3UQXA 5OZFA 5P7NA 5OZEA 2Q3KA 5SY3A 2B60A 3KYRA 4J0YA 3NU6A 4F73A 5P75A 4Y3TA 2G1YA 4ACXA 2P3CA 4Z50A 1D4SA 5P0NA 1J71A 3EMYA 4Y3QA 2ER0E 2UY0A 3KT2A 1KJFA 5P8LA 4Y4WA 2QD6A 4Y5AA 2QNPA 4CP7A 4QJAA 5P5AA 1CPIA 3OGPA 4Y3PA 3PWRA 1W5VA 2P3BA 2R3WA 5P26A 3K1WA 3K5GA 5P84A 2IGXA 5OYRA 4GJBA 5P2MA 3ZKGA 4I0FA 1NPVA 4FGXA 1Z1HA 4Y36A 1FQ8A 2JYSA 4EJLA 2ZJNA 1T3RA 3D1ZA 5OZWA 3U6AA 3KMYA 5P4AA 3TOHA 2VIJA 5DR8A 5P4IA 3OAGB 5P37A 3OUDB 4JP9A 5P72A 4GMIA 5P7AA 3O99A 3NU3A 2BPWA 5P78A 1PPME 2ER9E 2R5QA 9HVPA 1APUE 4B0QA 1EBYA 1NPWA 3EM3A 1TQFA 3QBHA 2AZ8A 2P8HA 5P0LA 4MC1A 2I4UA 5P1YA 4D83A 4LHHA 5P87A 5P7OA 2WL0A 1OEXA 2RKFA 5P58A 4OC6B 5P50A 1HTGA 5P1VA 3BXSA 5P28A 4I8WA 1T7IA 4Z2ZA 4OBKA 1NPAA 2FDPA 2QI5A 2RSPA 4MC6A 2P83A 4Z4XA 2QMFA 5HU1A 1ZTZA 2HIZA 5OZBA 4DJUA 4Y5EA 3TKWA 2R38A 4MC2A 4TRWA 5P73A 3QRSA 5P5GA 2R8NA 4L7GA 3R2FA 5P2UA 5SY2A 2QK5A 4FE6A 5P48A 5P1CA 5P4LA 5DQ1A 4Y58A 5OZGA 1K6VA 3S43A 3IN4A 2O40A 3DOXA 1GVXA 3FIVA 3PWWA 4TRZA 1E5OE 3T7QA 2AOCA 5P46A 1MEUA 2I1AA 5P02A 3KFNA 4DJQA 1D4YA 3KDDA 3N4LA 1HSGA 5OYYA 5P2NA 2PSUA 1BXOA 1B5FB 1GVTA 2G1SA 5KQYA 3JVWA 5P56A 4BFDA 1LEEA 3UDRA 3VYEA 5COKA 1SBGA 5P3MA 2H6TA 1HVSA 5P0VA 5I70A 3SA6A 4D89A 3RTHA 3CKRA 3ZPUA 5OZLA 5P5NA 2NXMA 4EJ8A 5EZXA 4B05A 3OQKA 5F00A 4TVGA 5OYVA 2WECA 2QNNA 4N00A 5P2BA 1IVQA 3G70A 1CZIE 5OZ3A 5P6IA 2PMAA 4FIVA 5P13A 5P4EA 4Y4BA 3KM4A 3QAAA 4B72A 5IVSA 3WB4A 3HVPA 1FB7A 1ZP8A 2AOHA 3BUFA 5FIVA 3OQ7A 4Y43A 2IENA 3WB5A 1FQ7A 5P1LA 1ENTE 3KMXA 2AOJA 5P1SA 3OOZA 4EJKA 2PWCA 4HDBA 1TZSA 2FIVA 5P7DA 5P4GA 2QI0A 1AJXA 5P6TA 3EKWA 5P33A 1EAGA 5P2AA 3L5DA 4AUCA 2WEBA 5P0GA 1EC3A 2OHPA 2QHZA 4Y4XA 4Q1XA 3ST5A 4L1AA 3K5CA 1WKRA 3GI5A 3MWSA 3OHFA 2AOEA 2FDEA 4RCFA 2ZJHA 1HVRA 1EC0A 1F7AA 5DR7A 5P5CA 1T6EX 4Y35A 5P0PA 4HEGA 4Y4AA 2OHMA 4Y5LA 5P3JA 2I4DA 4RVJA 2QU3A 2A4FA 5PEPA 7HVPA 5P04A 5P41A 1SGZA 1LF2A 5P4XA 5P6RA 4HE9A 5OZCA 5P66A 3UFLA 3URLA 1RL8A 4U7VA 5P7YA 1EPME 1GKTA 1EPOE 4DJYA 2O4NA 5P3AA 5P8TA 3OXCA 1WBMA 5OYWA 2V10C 1W5XA 3O9LB 1QS8A 3ZKSA 2WJOA 5P0AA 3IXKA 2VIZA 4ZSQA 4HDPA 4M8XA 5P2YA 5P4ZA 5P3NA 5P7PA 4QJ7A 1IDAA 5P2EA 3QIHA 4H1EA 3SKFA 5P7UA 3VYFA 2FXEA 5P3EA 3UDJA 1K2BA 1YT9A 5P54A 5P63A 1W5WA 5OZ2A 5P7MA 4RCDA 4K8SA 3QRMA 5P2FA 5I3WA 2AODA 3UDMA 3OADA 8HVPA 5P05A 4Y4ZA 5P8DA 2Q54A 4NJUA 3VLBA 5P3KA 4D85A 5P0QA 2B42A 4NKKA 3UDPA 5I3YA 2IKUA 4U8WA 5OZNA 1EPPE 2ZJJA 3PSYA 1MSMA 4YE3A 4Y3DA 5CLMA 2B8LA 4Z22A 5P5LA 5P1UA 3JVYA 1HTRB 4KE1A 4Y54A 5P0JA 1E82E 1QBTA 5P60A 3TPJA 4MC9A 5OYQA 3BXRA 5P22A 5P3WA 1HPOA 4XX4A 3SO9A 2G1RA 5P11A 1W50A 2G26A 5OZ5A 3QI1A 4F74A 4L7JA 2WKZA 3SQFA 3OHHA 5ER1E 2VA6A 4B1CA 1ZAPA 1VIJA 5P34A 4OBZA 3SABA 4Y4DA 5P6ZA 5P79A 5J25A 5P7RA 4H3FA 1HXBA 1AM5A 5P3SA 3SFCA 4H3IA 4COEA 1GVVA 1LYAB 3EKQA 4Y38A 2Q64A 4IVTA 5P38A 5P23A 4EQJA 2F8GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RSX A;  2BBB A;  5P1T A;  5HD0 A;  5P83 A;  1EPN E;  7UPJ A;  5P69 A;  4PEP A;  5P36 A;  1RNE A;  1QDM A;  5OZJ A;  4CPR A;  5DQC A;  2A1E A;  2XYE A;  3BRA A;  5P8C A;  3UF3 A;  3CIB A;  3LPI A;  5P8U A;  4FM7 A;  3QP0 A;  2B8V A;  4EPJ A;  5OZU A;  2UPJ A;  5OZD A;  4FCO A;  2F3K A;  4NJS A;  4NPU A;  3S56 A;  2G22 A;  1ZPK A;  5P88 A;  5OZH A;  2B7F A;  1GNM A;  3SA8 A;  5OZ1 A;  1EPL E;  2PK6 A;  4AA8 A;  4Y3J A;  2G24 A;  3EL4 A;  5P0Z A;  2APR A;  3EKP A;  4Y3N A;  3QRV A;  3ZLQ A;  3GGV A;  2B7Z A;  4Y48 A;  1DMP A;  4B77 A;  5KR8 A;  4DJV A;  4PZX A;  3NUO A;  3OAG A;  1TSU A;  3S54 A;  4Y5G A;  4I0J A;  1IZH A;  1FMB A;  1FMU A;  4Y45 A;  5P31 A;  3PLD A;  3K4V A;  2NTR A;  2WEA A;  4DQC A;  5P8S A;  1B6L A;  1U8G A;  5P6E A;  3TPP A;  1LYW A;  2QI1 A;  1ZJ7 A;  2RKG A;  4B70 A;  2IGY A;  1SDT A;  3O9C A;  1AVF A;  3D91 A;  3PSU A;  1E80 E;  3OY4 A;  3GW5 A;  3UPJ A;  3PVK A;  1AZ5 A;  3Q5H A;  5KOS A;  5P7L A;  3L59 A;  2I4X A;  3DCR A;  5P7F A;  4DI2 A;  4FAF A;  4DPI A;  4JPE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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