5P66A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 267
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p66A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p66A01
3TPRA 2OAHA 2CEMA 1T7JA 3GI5A 1XL5A 2FGVA 4ACXA 4I1CA 5P3ZA 4PZXA 4FRJA 4EXGA 2OHUA 3O9CA 4Y38A 3T11A 3PSYA 4YCYA 1B6JA 4R92A 3IXKA 4R5NA 1APTE 4Z22A 4Y3DA 5P82A 1LYAA 2BPZA 2QD8A 3B7VA 5P6KA 1UH7A 4RGHA 4R95A 5P8KA 3NYGA 5OZGA 1B11A 3OAGB 3WSJA 2BB9A 5P1TA 5P0ZA 2V11C 1HRNA 1WBKA 1IZHA 4QJ8A 3N3IA 5OZKA 4NJVA 4LC7A 3UDKA 1XL2A 1MEUA 5P3CA 3SKFA 2AVOA 4J55A 4ZSRA 2PQZA 5P5UA 1PSAA 4Y4ZA 4Y9WA 2QNNA 2I1AA 3JW2A 3NU3A 5P7VA 1BIMA 1ZLFA 4DUSA 5P7XA 1SDTA 3QN8A 5P69A 1XE5A 1LYWA 4Y4GA 3GI4A 5P2EA 4F74A 5P63A 3S56A 5APRE 5P52A 5P68A 3NR6A 4Y5KA 5P5BA 3NDUA 3PGIA 1K6CA 4Y3HA 2O4PA 1GVVA 4RCFA 5P5PA 1SH9A 2O4SA 4I11A 5P80A 4FM6A 4AMTA 4Y4EA 1Z1HA 5P0TA 5P1YA 5P7MA 4K4PA 1GVUA 1YTIA 3EM6A 5P3XA 2VNMA 4H3GA 1F7AA 5P6AA 5P7FA 6UPJA 1FKNA 5P1LA 5ISKA 2BPYA 4FL8A 5P1RA 1RNEA 4TRZA 5P83A 1HPSA 5P4GA 5KOSA 3R0WA 1A8GA 5P4OA 3KT5A 4ZIPA 4Y5GA 2F3KA 5OZOA 3QRSA 3TKGA 5P1KA 5P28A 3SAAA 3QPJA 3NU5A 1BWAA 5P00A 3OADA 3RSVA 4CMSA 1EPRE 3INHA 4AA9A 5E5JA 4B1CA 4QJ9A 1BBSA 5P32A 4K9HA 3IA9A 2PC0A 3EM3A 3KMXA 4NKKA 1CPIA 1YG9A 3SA4A 5P7HA 3SA9A 4FM7A 4KE1A 3OU4A 1AVFA 3S43A 3PMYA 3PWRA 3VSWA 4DQGA 2NXMA 5HDUA 2QAKA 3OUDB 5P6CA 3EC0A 5DR7A 1VIKA 3SO9A 3URIA 4GB2A 4YD6A 1YM4A 3WZ7A 5C9FA 1K1TA 1SGUA 1HPVA 5B18A 1MSNA 5P2LA 6FIVA 1ER8E 1MIQA 2FDPA 5P4CA 5P53A 1BDQA 1RPIA 5OZAA 3URJA 2APRA 5P1QA 4I0HA 4ER1E 5DR0A 1IZIA 3UFLA 4EPJA 5P5GA 3SA6A 1HSGA 1XDHA 2OHRA 5P57A 4YBIA 3NDXA 4FRKA 5P72A 3TH9A 2F3EA 2FIVA 1PSOE 2AOEA 5P0JA 4Y4BA 5P6GA 5IE1A 5IVQA 4Y57A 5KQFA 3OU4B 2AIDA 3VFAA 1DAZC 2Q15A 5P4SA 2HS2A 3UQWA 5P4ZA 5OZWA 3NDTA 2G1SA 1FMUA 3BXRA 5BS4A 4Y48A 3ZKGA 4EQJA 1K6VA 2FDEA 4U8WA 2QCIA 5P38A 5P8VA 3HAWA 5P5DA 5P6WA 3T3CA 4B78A 1EC1A 5P3TA 3URLA 2ASIA 5P2QA 5P59A 2IDWA 4I12A 4BFBA 3NU4A 4K8SA 4Y43A 5P7BA 3L58A 5F01A 4J0VA 3K4VC 1TQFA 4Y53A 2JJIA 2R5QA 4H3FA 3CKPA 3OOTA 4HDBA 5DR3A 3L3AA 2VIZA 5P6YA 3ER5E 5P4LA 5DQ1A 4U7QA 2NXLA 3VYFA 4JPEA 3OTYA 3KFSA 3EBZA 2AOGA 1EPQE 5P5RA 1VIJA 5DPZA 3ZKMA 4ACUA 5P2OA 5P05A 4CPXA 2ZHSA 5OZQA 1C70A 5P5FA 1FLHA 3DUYA 5DR4A 2NMYA 3AIDA 4LL3A 5DQ4A 2IKUA 4BELA 5P5IA 5P31A 5P3JA 4QJ2A 3HVPA 4Y39A 3BUFA 5P0GA 5ENMA 3IVIA 5P0BA 1GNNA 2QK5A 5OZSA 5P3EA 1HXBA 5P1MA 4GJAA 4XXSA 1K2BA 5P77A 2QMDA 4HDFA 4Y3TA 4YBFA 1YX9A 4MC1A 3CYWA 5IS4A 3EMYA 2OF0A 4Y5EA 2FNTA 5P0PA 5P75A 3O99A 1FFIC 2G69A 5P18A 1FFFC 5P0LA 3S7MA 5HTZA 5HU1A 4QJ6A 4Y44A 3Q6YA 2JE4A 3FX5A 5P61A 2AODA 5P8PA 2H6TA 2RKGA 4CPUA 4Y3EA 5JODA 5OYQA 4HZTA 2AZCA 5P2WA 5P2RA 4EWOA 2R8NA 1CZIE 1C6ZA 5P4FA 5P8EA 5P39A 2F81A 3IXJA 5P2BA 5HCOA 1WBMA 2ER7E 4Y5PA 1D4SA 5P6DA 4EYRA 3EL4A 3LZUA 2QNQA 4L7JA 3O9LB 5P2CA 1AIDA 5P7CA 4Y58A 5P0IA 1LF2A 4LAPA 5HE7A 5P08A 4F76A 4NJUA 1PPME 2F8GA 3KDDA 4J0TA 5P81A 5KR1A 3CIBA 4OBHA 2BBBA 4DJQA 4ZPGA 2RSPA 3UTLA 1G2KA 1W5VA 2Z4OA 4YE3A 5P11A 4N00A 1ZPKA 4GZFA 5P3MA 3RTHA 4R91A 4CPTA 5P6BA 4COEA 4RVXA 3L5FA 5P4KA 2FDDA 3DJKA 5P78A 5P4TA 2PH8A 3N4LA 4JP9A 2ZYEA 1MTBA 5HE4A 1MVPA 5P8DA 4L1AB 4CPQA 1HTRB 5I3YA 2P4JA 4I8ZA 1KJGA 3LINA 2RENA 3TOFA 3PMUA 5P02A 4GJBA 3TNEA 5P47A 3M9FA 1HOSA 1QS8A 5P5NA 1KZKA 1UPJA 3O9FA 1HIIA 5P14A 1WKRA 4I0FA 3ZKQA 3NU6A 5OZHA 4DJUA 3PBDA 4R93A 2OHMA 4Q1WA 5ER1E 4KUPA 1IZEA 5P8MA 5P2VA 5P5OA 1C6YA 1GVWA 4Y35A 4J17A 5P4NA 4HA5A 5P5LA 1RV7A 3VG1A 1Z1RA 1QDMA 5P7SA 2WF4A 5P51A 5OYZA 3O9IA 4YDFA 5P6XA 1HVLA 5P5WA 5P8GA 3KF0A 1D4LA 4ZEAA 4OBZA 3KM4A 5P2ZA 2G22A 5P0HA 4Y47A 4DJVA 5P3OA 4J1HA 5P74A 3VYDA 5P3UA 5P5ZA 4A6BA 2I4WA 5OZ0A 5P6JA 4ER4E 1YTHA 4FRSA 1T3RA 1KJ4A 4PPHA 5P0YA 4NJTA 4B1DA 4DQFA 5P85A 1EBZA 1HWRA 4B00A 2JJJA 5AHBA 4BFDA 3G6ZA 5P2HA 1W50A 4Y3NA 3PHVA 1TSUA 4EP3A 3MSKA 5OZTA 5P4QA 3GW5A 2Q11A 3PEPA 4Y51A 2RMPA 1HHPA 4Y5LA 5P87A 4Y3QA 1IIQA 3PVKA 4Y4JA 4PZWA 5P5JA 3U6AA 1D4YA 5P1VA 5JG1A 4AA8A 2WEAA 5TOLA 4TRYA 5P8TA 1LV1A 4I0DA 1UH9A 3PM4A 3GGUA 2G24A 5COOA 4Q1NA 5P37A 5HDVA 1A94A 4NPTA 1U8GA 1A8KA 1EPLE 3PWMA 1HPXA 1KJ7A 3BRAA 3FKTA 4R8YA 2Q64A 3ST5A 2WECA 1FF0C 2BQVA 1D4IA 5P42A 3ZL7A 2IENA 1HPOA 5JFUA 5OZUA 1T7KA 1AZ5A 5P16A 1LS5A 4X7IA 5P7TA 3EKVA 5P2IA 1BDRA 3LZVA 3GGVA 4APRE 1ENTE 3PCZA 5KQYA 3KA2A 3VEUA 2V12C 4RVIA 1MESA 2NR6A 2VJ6A 1EBYA 3DCKA 3OU3A 5AH9A 5P29A 4OBKA 5SZ9A 1APVE 3DV1A 3UDPA 4DJOA 3UDQA 4L7GA 1W5WA 5P5MA 5P4BA 2XFKA 5P6RA 4OBDA 5P0WA 5P1PA 1MPPA 4WY1A 4ZPEA 5P67A 5P5QA 1HBVA 3LIYA 4Q1YA 5P3LA 5OYWA 3D20A 3ZPSA 2NXDA 3UDHA 1D4KA 5OZPA 5EZZA 3OQAA 5P8QA 3PJ6A 3K4VA 3L5BA 4LHHA 5P76A 1SDVA 2O4LA 2QD6A 4FGXA 3LIZA 5P35A 2SAMA 5P88A 4D8CA 1BDLA 1W5XA 1D4JA 4DFGA 2OHLA 3SM2A 2PMAA 5P7IA 5ISJA 5P8HA 5P70A 2A1EA 4LXKA 4J1EA 1EC0A 1LYAB 2P3BA 5PEPA 3VF5A 5P1JA 5P7NA 5DQCA 5P56A 2R38A 2I4DA 5P3VA 3CMSA 3KFNA 3EXOA 2QD7A 5P3HA 2G26A 4B05A 5P3FA 2ZJKA 2NMZA 4EJ8A 3KFPA 1GNMA 3LIQA 2I4XA 3UQRA 2V16C 2ER9E 2AVSA 4MC9A 5P13A 2PYMA 5AH7A 5HE5A 4FAEA 1AJVA 3OOZA 4ZSMA 2QI5A 5P06A 3SPKA 1LF4A 5P19A 1LYWB 5I3WA 1XN2A 5DGUA 4ZSPA 3C9XA 3S54A 3FIVA 5P2AA 4CPSA 3SKGA 5P7UA 1J71A 3D1ZA 5P7DA 1MERA 4FSEA 3TOHA 5P8LA 4YDGA 3VFBA 2ZJIA 3CKRA 2BJUA 4GMIA 3NXEA 5P8UA 5P89A 5OYXA 3S53A 5AH6A 2HS1A 4QJ7A 2VJ7A 3KDCA 1ME6A 2MIPA 5P5EA 2V0ZC 5P3YA 3OK9A 3T7XA 5OZJA 3OUAA 5OYYA 3EL1A 4GJ8A 3OWNA 4D85A 4Y56A 5P20A 2ZJNA 3QRMA 4I10A 2VA6A 1E81E 3KYRA 2ZHTA 2VA7A 1EEDP 1Z8CA 4J1CA 2ZDZA 5OZ8A 4PHVA 2VJ9A 3TLHA 3OADB 1FMBA 3CICA 2Q54A 5P0DA 2HB3A 3FV3A 4Y5CA 5P2DA 4YD3A 1SIPA 4TVHA 4D89A 2AOCA 5P6PA 5P1SA 5P1GA 2VKMA 5P6UA 4CKUA 3S43B 4H1EA 2AOHA 2QI7A 3CKTA 2CENA 5P7JA 2B8VA 1M4HA 1DW6C 4LP9A 4I0GA 3MWSA 1E5OE 3OY4A 3OHHA 2HPEA 2G27A 1XN3A 5P1NA 4RZ1A 4U7VA 3AUPA 4DVFA 5P5YA 1QBUA 1OHRA 5P8RA 3JVYA 2AVMA 5P1WA 5P36A 3HD8A 1NH0A 4Y3XA 2B7FA 3D1YA 3PI5A 2BPWA 3TPJA 2QZWA 3U71A 4NJSA 3GGXA 5P4VA 1QBSA 3ZPTA 2UXZA 1YM2A 3K1WA 5OZDA 4OC6A 4RVJA 2QMGA 1QBTA 4Y3WA 2IL2A 2HB4A 3EL9A 5P3GA 5P1EA 3BC4A 5P7AA 3VV7A 1TCXA 4ZSQA 5P0SA 3KN0A 3UQUA 5P84A 1ZPAA 2BPVA 3LZSA 2IEOA 1FGCC 2PWRA 3IXOA 3MXEA 3HAUA 5P0RA 2Q55A 4M8YA 5P0EA 4B1EA 4E43A 4EHCA 2QI0A 5P1BA 3QS1A 4Y6MA 4DJXA 7UPJA 5P0NA 3DCRA 4YOBA 2OHKA 5P65A 2QI1A 4DJPA 5P7KA 5P3BA 2QI3A 5I3VA 3OQ7A 3OGPA 2WEZA 5P8CA 1SDUA 5P07A 5P17A 4GJ6A 5P7RA 2O4NA 5ER2E 3PI0A 1YTGA 3Q3TA 5P6SA 3OUCA 4YOAA 1BILA 3UDJA 5I3XA 1SBGA 5P7GA 3OQKA 1RL8A 4HEGA 5P4IA 4Q5MA 1FEJC 4RLDA 1HSIA 3QROA 5C9BA 2QU2A 4CP7A 5P5HA 1AXAA 4Y5MA 4Y5BA 4A4QA 1YTJA 1ODWA 4DJRA 3A2OA 2FXDA 3HVGA 2I0AA 2PH6A 1E80E 5OZVA 3T7QA 1KJFA 5P3PA 1NSOA 4KB9A 3ZKIA 3KFRA 5P6NA 4Y5NA 5P43A 5P4UA 3ZPUA 1HVKA 5HU0A 4Y41A 2UPJA 5P12A 1MT8A 5P1DA 4Y4AA 3PCWA 4YD4A 5P48A 2WJOA 2QI6A 4JECA 2J9JA 2AZ8A 3UFNA 4RYGA 3PLDA 3ECGA 5KOQA 2ZJJA 1IDAA 2V00A 3S8IA 1FQ8A 3BUGA 5P6VA 2B8LA 5CLMA 3OUBA 5KQZA 2ANLA 5P7EA 2G1NA 8HVPA 1IZDA 3TPLA 9HVPA 4EQ0A 5OZXA 2G21A 4EXHA 2IGXA 1META 3SFCA 3INEA 3LIVA 3D3TA 2V10C 1F34A 5OZLA 5DR1A 1HVIA 4I0JA 4GJCA 5P3QA 2Z54A 4OBJA 1JLDA 5DQ2A 5OZ1A 5P4MA 2P8HA 2NNKA 3ZKNA 2I4QA 2VA5A 3GGAA 3RU1A 4OD9A 4J0YA 3HDKA 4I0EA 3VV6A 4B72A 3NDWA 1HTFA 2FGUA 5HCTA 2WF0A 3L59A 1A30A 1HTEA 2R5PA 4Y50A 2J9JB 1HEFE 1LYBA 5P23A 5P0KA 1EPOE 3L5DA 1K6TA 2ER0E 5P6MA 3RSXA 5P73A 5C9DA 3R0YA 3FSMA 4OBGA 3LIXA 5P58A 4XX3A 2HB2A 4DI2A 5IVRA 1T6EX 3PSUA 4AUCA 3O9HA 3PLLA 5P1XA 1N49A 4B70A 4H3IA 2AZ9A 1EC3A 5HDZA 1D4HA 2AVQA 5P4HA 3CIDA 2Q3KA 4Y54A 2IKOA 1EPNE 2I4UA 5P0QA 3OU1A 5DQ5A 3UCBA 5OZ9A 5P0MA 5OYTA 1Q9PA 3S2OA 2HPFA 3NU9A 4YHQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TPR A;  2OAH A;  2CEM A;  1T7J A;  3GI5 A;  1XL5 A;  2FGV A;  4ACX A;  4I1C A;  5P3Z A;  4PZX A;  4FRJ A;  4EXG A;  2OHU A;  3O9C A;  4Y38 A;  3T11 A;  3PSY A;  4YCY A;  1B6J A;  4R92 A;  3IXK A;  4R5N A;  1APT E;  4Z22 A;  4Y3D A;  5P82 A;  1LYA A;  2BPZ A;  2QD8 A;  3B7V A;  5P6K A;  1UH7 A;  4RGH A;  4R95 A;  5P8K A;  3NYG A;  5OZG A;  1B11 A;  3OAG B;  3WSJ A;  2BB9 A;  5P1T A;  5P0Z A;  2V11 C;  1HRN A;  1WBK A;  1IZH A;  4QJ8 A;  3N3I A;  5OZK A;  4NJV A;  4LC7 A;  3UDK A;  1XL2 A;  1MEU A;  5P3C A;  3SKF A;  2AVO A;  4J55 A;  4ZSR A;  2PQZ A;  5P5U A;  1PSA A;  4Y4Z A;  4Y9W A;  2QNN A;  2I1A A;  3JW2 A;  3NU3 A;  5P7V A;  1BIM A;  1ZLF A;  4DUS A;  5P7X A;  1SDT A;  3QN8 A;  5P69 A;  1XE5 A;  1LYW A;  4Y4G A;  3GI4 A;  5P2E A;  4F74 A;  5P63 A;  3S56 A;  5APR E;  5P52 A;  5P68 A;  3NR6 A;  4Y5K A;  5P5B A;  3NDU A;  3PGI A;  1K6C A;  4Y3H A;  2O4P A;  1GVV A;  4RCF A;  5P5P A;  1SH9 A;  2O4S A;  4I11 A;  5P80 A;  4FM6 A;  4AMT A;  4Y4E A;  1Z1H A;  5P0T A;  5P1Y A;  5P7M A;  4K4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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