5P67 | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1638969618378261__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1638969618378261__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P67/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1638969618378261__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1638969618378261","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P67/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1638969618378261__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01946bbcdc1fe050fc7ec0/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01946bbcdc1fe050fc7ec0/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01946bbcdc1fe050fc7ec0/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01946bbcdc1fe050fc7ec0/pdb.gz): 287 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p67A02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p67A01

1DP5A 4YDFA 5P12A 1FQ5A 1DAZC 4JECA 4L7GA 1XN3A 1YTGA 4MC6A 4R93A 2PYNA 2OHRA 3FSMA 3S53A 1MRWA 1NPWA 2IDWA 3CMSA 5P1ZA 3ZOVA 5P6EA 2O4KA 4Y4JA 1Z1RA 1HVCA 3OQAA 3RU1A 1KJ4A 5P6CA 5P3QA 2NXLA 5COOA 4Y35A 1Q9PA 5P2BA 3MXDA 4WY6A 4B70A 3F9QA 5P11A 1EPQE 5P5KA 3K4VC 5P8BA 1EC1A 1BBSA 2I4VA 2R38A 5HD0A 3ZPUA 4QJ2A 3PBZA 1B6LA 1GKTA 2A1EA 4PHVA 1BDLA 5P07A 2QHYA 3MSJA 1META 5P6DA 2AOHA 1ZPKA 1UPJA 3BHEA 5P5XA 5P7CA 4I0EA 3UDQA 4Z50A 2QZXA 1IVQA 2CEJA 2NXDA 2QI6A 4EP3A 3FX5A 5P57A 4J17A 1ZSFA 2QNNA 5P5UA 4KB9A 3URLA 3OU1B 5AHCA 5P1IA 1BVGA 2AODA 2PC0A 2ZE1A 3NWXA 3LINA 2G1NA 4M8YA 4RZ1A 5OZ2A 3OQ7A 3WB4A 2QD8A 5OZ7A 1LYAA 2XYEA 4GJCA 4LXMA 1FFFC 2ZYEA 5P3DA 5P7FA 5P8AA 5P8VA 3FKTA 5P8SA 3OADA 2FDDA 4Y41A 1AM5A 2UPJA 5P5NA 5P0QA 2G27A 4EJ8A 4I8WA 5OZOA 4FRJA 2ASIA 2PSUA 4U7VA 5P7OA 5HTZA 1MTBA 5P66A 3OOZA 3OXCA 3R4BA 5P8LA 1HPVA 1W5YA 4EJDA 7UPJA 4K8SA 2A4FA 2QMPA 3GI0A 1GVXA 3PGIA 2JYSA 5P35A 4RYGA 4DJXA 3OUAA 1RV7A 5P5RA 3UDRA 1TSUA 5JG1A 1IZHA 3BVBA 4CPQA 5P8HA 2P3BB 5P2RA 3RSVA 3VV7A 3TKWA 1AJXA 4DJRA 4Y3FA 4FL8A 2HC0A 4JP9A 4HE9A 5P5JA 3EKPA 1IVPA 1HSIA 3D1YA 4DJOA 5P4VA 1EBWA 5P62A 5P0RA 2Q11A 1MRXA 5P2SA 4OBHA 1D4YA 4GJ9A 5P7GA 3D20A 3MWSA 1PSOE 4Y37A 4ZE6A 5P1AA 2QI3A 1MPPA 5P20A 4Y3QA 5DGUA 2QNPA 3UDHA 5I3YA 5P72A 3TOFA 1G0VA 4I0IA 2VA7A 5KR8A 5P3BA 3O9DA 3JVWA 3DM6A 3OAGA 5P18A 2AZBA 5P0TA 1ODWA 5ER1E 5P5FA 4J5JA 5AHAA 1IZIA 1FFIC 5P1YA 5P4DA 1MESA 1XL2A 2O4NA 2V00A 3L38A 1HEFE 4D89A 4R5NA 5E5KA 5IVRA 3UQUA 2QD7A 1AZ5A 4ACUA 3TLHA 4K9HA 1HWRA 1B6JA 4TRYA 2AZ9A 3K5DA 4LAPA 4XX3A 5P1VA 4RYCA 2QZLA 1A8GA 3LZUA 1ODYA 3APPA 1M4HA 4Y5GA 5P6OA 5P8GA 2Q63A 5P5ZA 3EKQA 3R2FA 3MSKA 5P4EA 3KA2A 5P5VA 1W50A 3NU5A 4J1EA 1BIMA 3FIVA 5P5TA 1QBTA 4Y3JA 3HD8A 4PZXA 5P4XA 5OZXA 4Q1YA 5KQFA 1LYBA 3OUCA 5P2IA 1SGZA 5P2GA 2QCIA 3QIHA 4PZWA 4B00A 4H3IA 3I6OA 3O9IA 4Z4XA 3WSJA 2JXRA 4QGIA 2IGYA 1LYWA 3WZ6A 4APRE 4CPUA 2FNSA 1SMEA 4DJQA 3S43A 3OY4A 4H3JA 4R91A 3VF3A 5OZPA 3QRSA 4FM6A 5OYVA 5P0ZA 3NU6A 4H1EA 3ER3E 5P3IA 5P1SA 5P5LA 3U7SA 4MC1A 3IXJA 3QBFA 2Q55A 3VUCA 5P0LA 2JJJA 2MIPA 3I7EA 3LHGA 2ZHVA 4Q1XA 4APEA 4GJDA 1FMXA 1EC3A 3KM4A 3IXKA 5P17A 1ZJ7A 5OZ4A 4DQEA 5OZIA 5DQCA 3EC0A 2F80A 4PYVA 5P6GA 3PVKA 3NXNA 5P1PA 5P22A 5P0FA 3HVGA 3Q4BA 4B77A 2FLEA 2CENA 5P38A 5P1DA 2QD6A 5P48A 4R8YA 5P8EA 1LF3A 2QHCA 5OZ9A 1HVLA 2VIYA 3OU4B 4Y3PA 3HZCA 3ST5A 4Y5EA 4Y3RA 5P4FA 3PHVA 4L7JA 1FQXA 3PI5A 5P00A 1PPLE 5P1MA 2P3CA 3EM3A 3NLSA 2I4QA 2ZHUA 3O9BA 3Q6YA 2WEDA 5P4WA 4DJPA 2BJUA 3INEA 1PPKE 3SA8A 9HVPA 3FNUA 2QU2A 5P76A 4IVSA 4RVJA 5P54A 2QI7A 3URJA 4L1AA 3EL5A 5HU0A 2ZJMA 3SAAA 4NJUA 5ISJA 4LC7A 4D83A 5P6VA 2P83A 4ZEAA 2QI0A 5P1HA 5OYQA 3QAAA 3ZKNA 4J0PA 3TL9A 4ACXA 3RTHA 4I1CA 3IN4A 5OZJA 3FV3A 5P7VA 5HDVA 2ZGAA 6APRE 1D4KA 5OYSA 2OAHA 2ZJIA 1IIQA 2ER0E 3IN3A 1YTHA 2HAHA 5OZLA 2HPFA 5P2EA 5IS4A 5J25A 3OK9A 5AGZA 4Y3YA 2G1YA 1HIHA 5P43A 5OYYA 4HDFA 2ZHSA 2Q64A 3ZPSA 4Y5KA 2B7FA 2AOGA 3PCZA 3FNSA 1BVEA 2AOIA 2HS1A 4B78A 4Q1WA 5OYTA 2XYFA 1QBRA 1W5VA 4CPSA 3ZMGA 2OHPA 4AA9A 4Y6MA 5P47A 5P2TA 1HXBA 2G22A 2G21A 3PLLA 3G70A 2P3AA 3K4VA 2NTRA 5P2HA 1NSOA 4B1CA 3QRVA 4LL3A 5DR1A 3TPLA 4J0TA 4Y3DA 1W5XA 4YOBA 4HDBA 5P0PA 3H5BA 5OZ1A 4Y5PA 4LBTA 2HB2A 4MC9A 5BS4A 3OQDA 3PWWA 3SKFA 4YE3A 1IDBA 4CPRA 2IL2A 1HVRA 2XFIA 5P4CA 2NMYA 3RTNA 5ISKA 4OC6A 3JVYA 4PEPA 1PSNA 1QRPE 3LIVA 1RL8A 5P8CA 2BPVA 3K5GA 3PJ6A 4GJAA 1IBQA 3S8IA 5P15A 4FS4A 5P08A 2ZHRA 4RVXA 5EZZA 5P7DA 5P4UA 3OXWA 2AZ8A 4K4RA 3RSXA 2FXEA 4B05A 4XKXA 3TTPA 5P04A 2WL0A 2FGVA 1APWE 3CKTA 4Y3LA 1N49A 3K1WA 5P6JA 3SA9A 5APRE 4HLAA 5OZCA 3EL4A 2R43A 2VA5A 5P73A 4YD7A 4TVGA 1K6VA 2PK5A 3WZ7A 1SGUA 5OZKA 1D4LA 2QI4A 2I4UA 4H3GA 1YG9A 5OYXA 3EKTA 3GI5A 4YD4A 4F73A 1KJ7A 3DOXA 4Y4GA 1HXWA 1IZDA 1Z1HA 4YHQA 2WF0A 4L6BA 3FNTA 4OD9A 2VIEA 5JODA 5OZDA 2VNMA 3LIYA 5P0WA 1FG6C 3DCKA 3UDPA 4Y3WA 1U8GA 1B5FB 3PSYA 3NDUA 5P6RA 3OGQA 3ZL7A 5P4KA 5CONA 4J1IA 5P4GA 2OHNA 1FQ7A 4B1EA 1EPOE 5KQYA 1A94A 1HBVA 4QJ7A 5OZSA 4CPWA 1FQ6A 3D1ZA 1GVVA 1YTIA 3BRAA 5P7PA 1HTGA 5P3MA 1XN2A 3Q5HA 5P6PA 3QPJA 3SQFA 3GGUA 1E81E 4NPUA 2IENA 1ZSRA 3BUFA 5P2QA 5P7XA 5DQ2A 5P16A 4CKUA 4QJ8A 4RVIA 5P6LA 3ZKQA 5COKA 2Q54A 2OHQA 3K5CA 5DR8A 1TZSA 2QK5A 5P30A 3TKGA 1K2CA 2ZJLA 5P6IA 2V16C 1MUIA 2NMZA 3NWQA 4Y4TA 1HSGA 3KF0A 3S2OA 5P1NA 1FQ8A 5I3VA 3NSHA 3INHA 2I4WA 1LV1A 5KR2A 4IVTA 4H3FA 3L59A 3M9FA 5P01A 2J9JB 5OZFA 3DUYA 5P2ZA 3NR6A 4UPJA 5P1WA 5P44A 5P7WA 2AVQA 2AOEA 1T7KA 4RROA 4DQHA 3O9LB 3PLDA 5P5WA 5P02A 5P2DA 3TPRA 3N4LA 3SACA 2FDPA 1G6LA 2O4PA 4Z22A 3WB5A 1K1UA 3BC4A 3HAUA 3GI4A 5P1EA 2ANLA 3GGAA 5P83A 1RQ9A 2OHMA 3NU3A 4ZSPA 4B1DA 3NYGA 3UDNA 3EBZA 3QP0A 1E82E 2F81A 5P6QA 1E5OE 5P4SA 5DR7A 4ZSRA 5OZTA 4R95A 3S54A 3ZKGA 5P32A 2PSVA 1FG8C 2QU3A 4DV9A 3NDWA 3UDKA 5IVSA 1C6XA 5P55A 3UFLA 2APRA 2ZJNA 3T7QA 3VYDA 1XDHA 1K6PA 3L5EA 5HCTA 5OYUA 5P2KA 5BWYA 2O40A 1KJFA 1B6PA 5P8IA 2ER9E 1BWAA 4D8CA 1EC0A 5E5JA 4Y47A 5P4JA 5JFUA 1MIQA 4NJTA 4Y4ZA 1UH8A 3IVHA 3T7XA 4DJYA 5P0EA 4BFBA 3CICA 2AOFA 1LZQA 3OU1A 4K4QA 4Y38A 4YD3A 2P3DA 3CIBA 1HTFA 1BV9A 4KE0A 2G69A 1W51A 5FIVA 5P70A 5SY2A 5P0AA 5P5DA 2NXMA 2B60A 3INFA 3R1GB 4EYRA 4AUCA 1VIJA 3QRMA 4GJ6A 4K4PA 5AH7A 4EQ0A 3OUDB 3TNEA 4Z2ZA 2HIZA 2SAMA 3ZPTA 3UDJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5HE4 A;  5P7Y A;  3TH9 A;  2HB4 A;  3PSU A;  3OXX A;  5P8U A;  2BBB A;  4HZT A;  4Y50 A;  5P64 A;  5P0S A;  5DR4 A;  3LZS A;  1SDV A;  1HEG E;  2QP8 A;  5P1R A;  2ZJK A;  5P49 A;  3KN0 A;  2V10 C;  5P5H A;  4FLG A;  4OBG A;  4JPC A;  3EM4 A;  4DQG A;  4ER4 E;  3O99 A;  1EPP E;  5OZV A;  2Q5K A;  1BWB A;  2ZJH A;  3NU9 A;  5P51 A;  5P8Q A;  1C70 A;  5P5M A;  5P3U A;  5P1G A;  1HIV A;  3VLB A;  3WZ8 A;  5P3W A;  1QBS A;  4GID A;  1KJH A;  4OBF A;  2F3K A;  4I0H A;  4YA8 A;  2RKG A;  2BKS A;  2ZHT A;  2IEO A;  3ZKX A;  5P40 A;  4HDP A;  5P1J A;  1FIV A;  1HVI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P67A

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