5P6AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 271
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6aA01
1J71A 3VLBA 5P02A 3SA6A 4RGHA 5KOQA 5P8KA 3QVIA 5P5MA 2BPWA 3CYXA 4I0DA 1JLDA 5P2UA 2R8NA 5P5FA 5P47A 5P0ZA 5P3UA 3FKTA 3BGCA 5B18A 1MTRA 3R0YA 5P8IA 4CKUA 5P3HA 1HXWA 5P5CA 1TZSA 5P42A 2PSVA 5KR0A 5AHAA 5OZ8A 5P7WA 1FQ5A 3TPJA 1BVEA 3EL4A 2WF1A 3I2LA 1RV7A 3FIVA 4DJOA 5OZRA 5DR4A 5T4SA 2H6TA 2ASIA 3EKTA 3OGPA 3SO9A 1UH7A 4B1EA 1XL5A 3QAAA 3KT5A 4D85A 3SA7A 4EPJA 2AVQA 4Y4JA 3PVKA 3OUBA 4GJ5A 5P8EA 5P40A 3VYDA 5P2GA 3KYRA 3SQFA 5P19A 3C9XA 2QZKA 1HVIA 3B7VA 5P1IA 5P6KA 2HM1A 4PEPA 3SACA 2RENA 4YE3A 5P7HA 1BDRA 5KR1A 3UDNA 3S45A 1GNOA 2ER7E 5P7OA 4I1CA 5P33A 4RROA 1BWAA 5P7RA 2I4DA 1W6IA 2OHUA 4GYEA 3EBZA 4ZSPA 4ZSQA 5KR8A 2RKFA 1FQ4A 5UPJA 5OZ2A 4D89A 2WEBA 3D1YA 5KQFA 5P50A 5P61A 4GJDA 4PZXA 4I0HA 2IDWA 1FMUA 4Y3GA 4HDBA 2IL2A 3K1WA 2Q5KA 3KFNA 5P5YA 4A6CA 3GI5A 4LXMA 5P4VA 3EL0A 7UPJA 1E5OE 1QRPE 4HVPA 2AOEA 2NXMA 3LPIA 5P3DA 3G70A 3CKPA 1K1TA 1XL2A 1ME6A 5BWYA 3O9DA 4J1CA 5P6FA 5P22A 5P1AA 5P6RA 5P0IA 4DQEA 5P78A 5P3OA 4J1FA 3NUJA 2NNPA 2ZJKA 3K5FA 3TPRA 5P59A 5P87A 4Y4DA 1LF3A 2J9JB 5P5AA 5AGZA 5P5XA 5SXNA 2NNKA 5P3CA 1EC0A 2I0DA 4Y4UA 5P6IA 5P8LA 4TRYA 5P8NA 3KMXA 5P51A 5HVPA 2WF0A 3SM1A 3PJ6A 3JVYA 5HE7A 5P2IA 2G1NA 1FQXA 3ZPSA 2BPVA 2WF2A 5P3NA 5OZKA 4Y9WA 1BWBA 2WKZA 5KQXA 3WB4A 3PWWA 3VG1A 1T7IA 5OZZA 4QJAA 2QNNA 5P3QA 5P5KA 3TNEA 5IVQA 5CLMA 1Z8CA 2HS2A 3BUGA 5IVTA 1ZLFA 5P6LA 3D3TA 4K8SA 4Y3SA 2Q64A 5P2FA 5P7DA 1QS8A 4OBZB 1HOSA 5P7IA 2FXEA 4Y3LA 4FL8A 3L5BA 1ODWA 2VIZA 2FIVA 4F75A 3PI5A 3L38A 5JFUA 2XYEA 4Y3YA 5HTZA 1HPSA 2Q11A 3O9CA 7HVPA 4Z50A 2G1RA 2QZLA 4B00A 4DQBA 5P63A 4Y4WA 2PH8A 3S7LA 2NPHA 5P8SA 2HIZA 2WL0A 5IS4A 4Y6MA 4Z4XA 1IVQA 5KAOA 4U7QA 5P3SA 5OYTA 4NJUA 2AOFA 4Y56A 1ODXA 5P76A 4D83A 5DQ4A 5P4MA 3IVHA 2QU3A 2QMFA 9HVPA 4Q1NA 3OAGA 5OZBA 4CPQA 4AUCA 2G22A 5P6JA 5P0TA 5P00A 3KFPA 1IZHA 3DCRA 5DPZA 5P25A 2FDEA 1IZIA 2OHKA 5P35A 2I0AA 5P3PA 5HE4A 3DV5A 5P56A 2ZJNA 3I25A 3BVAA 4DJQA 5P53A 4Y58A 1K6VA 4GJCA 4HEGA 4PHVA 1W5WA 2I4XA 2ZJIA 1MT8A 5P4UA 4KB9A 1EPOE 5P3EA 3BC4A 3NUOA 3EKXA 3BUHA 4COEA 3VF3A 1B6MA 3VLAA 5P2CA 1EBKC 4AMTA 1NPVA 1SGZA 2AOIA 2NMYA 3OU1B 4OD9B 4Y37A 1C6XA 5P15A 3Q6YA 5AHCA 2AOJA 4FSEA 5P3FA 2ZYEA 1MRXA 1KZKA 1F7AA 4PYVA 3NDWA 1U8GA 4Y3EA 4J5JA 3CIBA 2ZHTA 3LIYA 5AH8A 5BS4A 5OZ3A 1LS5A 4L7GA 1SMRA 3GGAA 1BIMA 3OU4A 2PYMA 4CPRA 1PSOE 5P75A 1HEFE 1ZPKA 1LV1A 2AVSA 2QAKA 3PCWA 1MPPA 4L1AA 3IVIA 2QZWA 5P0JA 5HU1A 3PWRA 5P6BA 3QBFA 5OZ6A 2V11C 2IQGA 3OHHA 2ZGAA 2P3CA 1FEJC 5P5QA 4EJKA 5P2KA 4BFDA 2IKOA 5OZXA 3HD8A 4Y3MA 4YDFA 2FLEA 2R3WA 5OYYA 4QGIA 5P8QA 5P4SA 3DCKA 2QI4A 5P27A 2XYFA 2P3BB 4YD3A 1VIJA 3CKRA 3RTNA 5P7XA 4DJPA 5P34A 4EJ8A 3MSJA 3UQRA 4K4QA 3PSUA 3VCMA 5DGUA 5HE5A 4LL3A 4LXKA 2G1YA 6APRE 3CICA 2JJIA 2Q15A 4FM8A 2VA7A 5JODA 1SIPA 3NU5A 4I11A 4RVXA 5OZQA 5P37A 3U71A 4TRZA 5AHBA 4YOAA 4DVFA 5OZSA 1HSIA 3AUPA 3NSHA 5DQ1A 3OHFA 2G94A 1ZBGA 3S43A 1WBKA 1LF2A 3S7MA 1YTIA 3S8IA 5P38A 4QJ8A 3KDCA 3SA4A 4K4PA 3IGBA 3HVGA 4E43A 5HDXA 3GGVA 2V16C 3TOGA 3NYGA 4I0FA 4Y38A 2PYNA 1UPJA 1BV7A 5P3KA 1RPIA 3URJA 3OQDA 3EM6A 4B72A 4Y43A 1FGCC 1QBRA 3ZMGA 4AA8A 2QK5A 2HS1A 3PMYA 4JPEA 5HDZA 2HB4A 2VA6A 5DR3A 5P58A 1HVCA 4ZEAA 5P86A 4CPXA 4K4RA 2B7FA 2PH6A 3VF7A 5I3XA 3FNSA 4CPWA 5ENMA 3QVCA 4J0ZA 5P1LA 4QLHA 4YD6A 4Y39A 4Y4EA 5P2MA 4EJLA 3B80A 3UDMA 5P06A 5P03A 1LZQA 5DR1A 1E80E 2QMPA 3O99A 5P0RA 5P14A 1N49A 4DQHA 4RZ1A 4XXSA 2I4VA 5P6TA 1HVKA 3O9LA 3OOTA 5P8BA 5TOLA 1EC3A 2AVOA 1FF0C 3HAUA 2VKMA 5OZNA 3SA8A 5P3GA 3UF3A 3NU4A 3UPJA 5P57A 5OZTA 4Y3WA 5P4DA 1A30A 3APRE 4Y3FA 5SZ9A 5P3WA 5P41A 3O9AA 1TCWA 4NPTA 3QIHA 3SAAA 5P2LA 5F01A 2QI0A 2VA5A 4GJ8A 5P2NA 4H1EA 4Y3AA 1Z1RA 5P5VA 5P17A 5P0LA 2O40A 1WKRA 5P60A 5P6WA 1HSGA 3EKVA 2OHQA 4AA9A 1DAZC 2ZDZA 5P1GA 5P26A 3T7XA 5P43A 3ZPTA 3LZUA 4Q1WA 3N4LA 3I6OA 4FS4A 4ER1E 5P82A 4Y3QA 3TPLA 1MT9A 1SMEA 4GIDA 2IS0A 5I3VA 5P5DA 5P7FA 3UFLA 5IVRA 5OYRA 1KJ4A 3QRMA 2JE4A 2QD6A 5P3IA 3OADA 4OBHA 3HDKA 4R5NA 4OC6A 4B1DA 3DOXA 1BBSA 4YCYA 3ZKIA 5P1HA 1EC1A 2WHHA 5P1NA 5OZYA 3OQFA 1HTGA 4Y5CA 5OZGA 1IZEA 2EWYA 5P6YA 5OZ7A 1M4HA 5P28A 4Q5MA 1ZPAA 2R5PA 5P5OA 3EL1A 5P0SA 4DJUA 3L5DA 1IIQA 1ZSRA 4Y53A 5HDVA 3ER3E 3S54A 3OUDB 5P45A 1PPKE 3VV7A 3CYWA 3VFBA 1D4LA 1B5FA 2PC0A 3LPJA 4Y45A 5E5JA 2PSGA 4TVGA 4B05A 2A4FA 5P31A 5P5RA 5P1VA 3QS1A 4I10A 5DR8A 5P0PA 3D1ZA 1UH9A 5C9DA 5P0OA 4DFGA 5P8GA 1T3RA 1QBTA 5ISKA 2AQUA 5P09A 5KQZA 2HB2A 4Y5PA 2I4WA 5P6NA 1EPME 2VNNA 3OGQA 5P7JA 3TPPA 1FFIC 3ZKGA 1HTFA 4Y3XA 4F74A 4Y50A 1MT7A 2HPEA 3T7QA 3O9IA 3NDXA 2O4NA 2QI3A 3OXWA 4RVJA 5P67A 4X7IA 4J1KA 1W5XA 4WTUA 2Z4OA 4EWOA 1Q9PA 1SDTA 4Y3PA 3SPKA 3F9QA 4DQGA 4NPUA 3HW1A 1YX9A 3T6IA 4RLDA 5PEPA 1MRWA 2PK6A 3HBOA 4HLAA 5P6GA 4AZYA 3L5FA 3S85A 5P0QA 1LYWB 3ZKMA 3UDHA 5P04A 1RQ9A 5F00A 3RTHA 2R3TA 5OYQA 4JECA 2VJ9A 3L5EA 3TLHA 3KF0A 2QI1A 5P6HA 4Y3ZA 1FG8C 3GI0A 4GJ6A 2G69A 2QMGA 1DPJA 5HDUA 1HPVA 3PB5A 2OHMA 5P2JA 3IXOA 1KJHA 2F3EA 2BB9A 4UPJA 4XX3A 3VSXA 5OZCA 3ER5E 2XFJA 5P3AA 5KQYA 4Y57A 5P2BA 5OZ4A 3SFCA 1BDLA 2OHLA 4OBJA 3INDA 3QPJA 4D8CA 4YD4A 1APUE 1OEWA 4B78A 5OZDA 4RRNA 1BV9A 3KT2A 4APRE 5OZJA 3SA9A 3R2FA 3S53A 1W50A 2UPJA 4DH6A 2AOGA 3OOZA 5P2AA 3WB5A 5APRE 5P64A 4HA5A 4CPTA 2PSUA 1IDAA 5P6DA 1MTBA 2WF3A 4HDPA 1BAIA 1HXBA 3K5DA 2QI7A 5P8UA 1TCXA 5P5NA 1AM5A 4FSLA 1LYAB 5P6PA 3ZKQA 4Y5BA 5P0CA 4JPCA 3O9BA 1HRNA 3D91A 4Y4ZA 1BVGA 1FB7A 3UQPA 1A8GA 4CPSA 3INHA 4Y5GA 3FSMA 1K2BA 5P3MA 3TKGA 2G1SA 5P1PA 5P5SA 4R91A 1F34A 5P23A 3DJKA 3D1XA 2V12C 5DR7A 3T7PA 5P2QA 4ACXA 2ER6E 1EPPE 2FNTA 1B6PA 1BXOA 5P3YA 5P1JA 5P70A 5P0XA 4TVHA 4J55A 2BPZA 3GI6A 3K4VC 4ZPFA 5P3XA 4J0VA 5ENKA 5ISJA 3FX5A 1FQ7A 2OHPA 3ZKNA 2AZBA 2R5QA 3L58A 1M0BA 5P44A 5P2SA 5P7KA 1DW6C 2ZHRA 5P5HA 1G35A 5P4YA 3GGXA 4QJ9A 4NKKA 5DQ2A 5P1ZA 1MSMA 1D4KA 5P0YA 3OUAA 1PROA 4RVIA 5P4ZA 4ACUA 5JFPA 4B70A 5P6EA 1HBVA 2QNPA 5P18A 1SP5A 1RL8A 4Y5LA 3VUCA 1HVLA 3G6ZA 5DQCA 4FRIA 5SY2A 1YTGA 2ZJHA 4I0ZA 2B60A 5I3YA 5P46A 2VJ6A 2IENA 3KA2A 5P3TA 3U7SA 1A8KA 2J9JA 5P0WA 5OZIA 3L3AA 3U6AA 2Q3KA 3T11A 3WZ8A 4YCKA 2VS2A 4KUPA 4Y3TA 4YHQA 1TSUA 5IE1A 1NPAA 2F3FA 5OZOA 5P8VA 4LP9A 4A4QA 4J1HA 5P49A 3M9FA 2ZJLA 1YM2A 3S56A 3ZL7A 5P8PA 2WEZA 5KR2A 1GVTA 4FM7A 1ENTE 2BKSA 2QD7A 2QHZA 3UTLA 3LNKA 5FIVA 3MXDA 5EZXA 2FDDA 5P0BA 4FLGA 5P10A 3UDQA 3BUFA 3MSKA 1UH8A 1AZ5A 3NWXA 5OZFA 4Y44A 3Q4BA 1DMPA 3BHEA 4ER2E 2O4KA 3MWSA 1G0VA 4OBZA 3OK9A 2V13A 3QN8A 4Y5MA 1AAQA 3QRVA 5CONA 5P66A 1SIVA 1GVUA 2AODA 5COKA 4DJXA 1YG9A 2JYSA 4J1EA 3WZ6A 3LIQA 2XFIA 3LZYA 5COOA 5P2HA 4KE1A 1TW7A 5IVSA 2NMZA 3PRSA 4FRKA 5AH9A 2ZHSA 3S2OA 3H0BA 2RSPA 5P8HA 2BJUA 5P81A 2G21A 4R93A 3QI1A 4GJ7A 4FM6A 5OZHA 1A94A 1KJFA 2AIDA 3FNUA 2B8LA 5HD0A 4H3IA 5P5UA 2J9KA 1GNNA 5P0UA 4BEKA 3JVWA 2PWRA 3WSJA 5P16A 3NU3A 4A6BA 1BILA 4Q1XA 1YT9A 4H3FA 3K5CA 3PBZA 3NXEA 4ER4E 2MIPA 4L7JA 4LAPA 3VV6A 2WJOA 3OQAA 4YD5A 4H3JA 5P4IA 4GJ9A 2IGXA 1YTHA 3KN0A 5P5JA 2NR6A 1DP5A 5P0GA 3G72A 1LYBB 1CMSA 5P1MA 1ZSFA 5P0EA 1MEUA 5P39A 4OBDA 3ZKXA 3BGBA 3PSYA 4BELA 4GZFA 5P5EA 1MERA 4Y4GA 3OWNA 5P13A 5P4QA 3L59A 4B77A 5P5BA 5P7YA 2FS4A 2OHNA 4M8XA 4YBIA 4HZTA 2PWCA 3OU1A 4OD9A 2B42A 5P5PA 3SM2A 5P6SA 2I4QA 4NJVA 5P3JA 1HVHA 5P4BA 3EKWA 1XN3A 3LIZA 5OZVA 5EZZA 3BXSA 5P7GA 6UPJA 1PFZA 2OHRA 4EP3A 2F3KA 5P80A 5P0KA 3OXCA 2OF0A 5P85A 3NU6A 5HCTA 3TKWA 2VIEA 4RRSA 5P5ZA 4PPHA 3KFRA 4Y5AA 4HE9A 4J54A 2NTRA 3IN3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1J71 A;  3VLB A;  5P02 A;  3SA6 A;  4RGH A;  5KOQ A;  5P8K A;  3QVI A;  5P5M A;  2BPW A;  3CYX A;  4I0D A;  1JLD A;  5P2U A;  2R8N A;  5P5F A;  5P47 A;  5P0Z A;  5P3U A;  3FKT A;  3BGC A;  5B18 A;  1MTR A;  3R0Y A;  5P8I A;  4CKU A;  5P3H A;  1HXW A;  5P5C A;  1TZS A;  5P42 A;  2PSV A;  5KR0 A;  5AHA A;  5OZ8 A;  5P7W A;  1FQ5 A;  3TPJ A;  1BVE A;  3EL4 A;  2WF1 A;  3I2L A;  1RV7 A;  3FIV A;  4DJO A;  5OZR A;  5DR4 A;  5T4S A;  2H6T A;  2ASI A;  3EKT A;  3OGP A;  3SO9 A;  1UH7 A;  4B1E A;  1XL5 A;  3QAA A;  3KT5 A;  4D85 A;  3SA7 A;  4EPJ A;  2AVQ A;  4Y4J A;  3PVK A;  3OUB A;  4GJ5 A;  5P8E A;  5P40 A;  3VYD A;  5P2G A;  3KYR A;  3SQF A;  5P19 A;  3C9X A;  2QZK A;  1HVI A;  3B7V A;  5P1I A;  5P6K A;  2HM1 A;  4PEP A;  3SAC A;  2REN A;  4YE3 A;  5P7H A;  1BDR A;  5KR1 A;  3UDN A;  3S45 A;  1GNO A;  2ER7 E;  5P7O A;  4I1C A;  5P33 A;  4RRO A;  1BWA A;  5P7R A;  2I4D A;  1W6I A;  2OHU A;  4GYE A;  3EBZ A;  4ZSP A;  4ZSQ A;  5KR8 A;  2RKF A;  1FQ4 A;  5UPJ A;  5OZ2 A;  4D89 A;  2WEB A;  3D1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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