5P6CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 273
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6cA01
1BWBA 5AH6A 5P7WA 3TL9A 3BGCA 3KDBA 3DV5A 5P3NA 1MT7A 3PWWA 5P32A 2P4JA 2BPVA 2V12C 4DI2A 4TVGA 5KR1A 3SFCA 3PSGA 5P63A 1EC2A 2QI7A 1W6IA 5P1VA 1LF2A 3O99A 5P4VA 2PYMA 3OQFA 4TRZA 5P23A 1LZQA 1IIQA 1ZSFA 5P78A 4EXHA 1META 4EWOA 2FS4A 4XKXA 5P1EA 5P7BA 1PROA 4J55A 4PPHA 4TRYA 5P2HA 5P8KA 4H3FA 5P1SA 4YBIA 5OZXA 4DV9A 5HCTA 1OD1A 5P4FA 2P3CA 3PWMA 4LHHA 1FG6C 1IVPA 3NDXA 1FF0C 3G6ZA 1BBSA 3EL9A 3QBFA 5P44A 1BWAA 2F3FA 2O4PA 1QRPE 4Y53A 1IZEA 1EPQE 1SP5A 1LYAB 2I4XA 5OZ5A 5OZBA 5P8AA 3TPLA 4A6CA 5P5RA 3VV7A 4LBTA 2WJOA 5AGZA 5P4AA 3OUAA 4HDFA 4HZTA 4YDGA 1QDMA 3OY4A 2QNNA 3WSJA 3MSLA 1E82E 5IVRA 1HVHA 3VEUA 2XFKA 5C9DA 3TKGA 3NU6A 3R4BA 5P5QA 3HZCA 3LIZA 4Y3AA 5P7KA 5ER2E 2AZBA 5OZ2A 4APRE 1T7IA 3HAWA 3I7EA 5P67A 4DQBA 4EYRA 1G35A 3IXKA 5OZ4A 2A4FA 5P4YA 5B18A 1SH9A 3QRSA 4RVIA 3OAGB 4WTUA 5P2MA 3LZSA 3PLLA 1PSAA 5BRYA 1BILA 1HTRB 2HPEA 5P38A 3VLAA 1RL8A 3PMYA 4RYGA 3PSUA 4XXSA 1GNNA 4U7VA 5P2XA 4S1GA 4I0GA 4GIDA 5FIVA 3OUDB 6FIVA 3NDTA 2AVMA 2BKTA 4QJ9A 5I3XA 4I0EA 3OQ7A 1XL5A 3LPIA 1WKRA 3MXEA 3UQXA 1ODYA 1FGCC 4Y4ZA 3OXVA 5DQ2A 4HE9A 5P1MA 1BV9A 2PWRA 4Y3NA 1M0BA 4DFGA 1APUE 3Q6YA 1EBKC 1LF4A 4Z22A 5P58A 4Y5AA 1ME6A 1LYWA 5P0TA 3HDKA 2QMDA 1FFIC 5DGWA 4BFDA 1MT8A 3VYDA 4L7HA 4ZSQA 2AOJA 5P3ZA 4DJXA 4PHVA 3APRE 5HDVA 5P0KA 3NR6A 2FLEA 3T11A 5P1GA 3ZKQA 4B0QA 5P48A 2WEAA 3D3TA 1LV1A 5P5IA 5P87A 2Z54A 4LXMA 4F73A 4J1CA 1EPNE 3A2OA 5PEPA 1UPJA 1LYBA 3QVIA 4DJRA 5P7FA 1RQ9A 1MESA 3CKPA 4FS4A 3VFAA 3ZKXA 5P13A 3L38A 2F8GA 2UY0A 5P8IA 5P1AA 2OHPA 5OZYA 5OZVA 4NPUA 5OZUA 3EL4A 4JP9A 5OYUA 1FFFC 1T7JA 5P34A 4APEA 5P7ZA 3ZPSA 1HVRA 1Z1RA 1TCWA 5P7MA 5P4IA 3UFNA 1NPWA 2ZE1A 2ZJNA 3GGXA 4RRNA 4Y3FA 5OYZA 4R95A 2HIZA 5I3VA 5HD0A 3IXOA 2VIEA 2BPZA 4YCTA 3BXRA 2FNSA 3OHHA 4DJUA 5P5EA 4F74A 4OBJA 1UH8A 4NJSA 1K2BA 1FQXA 4B05A 2J9JA 3BHEA 1SBGA 5P36A 2PMAA 3FSMA 3LPJA 3SPKA 3KDCA 5OZ0A 3NXEA 3APPA 5P45A 4CKUA 2OF0A 5P5WA 1A8KA 5P00A 2HB4A 1K6TA 3K4VC 5UPJA 1FEJC 1DW6C 1IZDA 4B1CA 5P26A 4Y3YA 3LHGA 4J1FA 5DQ4A 4EQJA 1YT9A 2VJ9A 5P6LA 1AIDA 4I0HA 1PFZA 1C6XA 2APRA 5OZRA 5P7NA 3SO9A 4EJLA 5P82A 5ISJA 5P5FA 4RRSA 5P33A 3RSXA 4CPRA 5P2SA 3SA5A 5AHBA 2QI1A 2OHKA 2QI6A 2G1YA 2VA7A 4I12A 5KQFA 4Y3JA 1BAIA 5P4MA 4Y5CA 1MT9A 5HDUA 1KZKA 4Y4AA 4H3IA 4XX4A 3TOHA 4K9HA 5P8UA 1YG9A 5P4KA 3LIXA 2J9KA 4PYVA 1GVUA 5P0NA 4Y4XA 5AH9A 6UPJA 5OZ7A 1C6ZA 4YD4A 2ZJIA 4NJUA 4Y58A 3O9CA 4RYCA 2I1AA 3OTYA 5P83A 1W5VA 2Q5KA 2UXZA 3MWSA 4I11A 5P1RA 5P16A 3BUHA 4Q1YA 5P3HA 1HTFA 5P70A 5SXNA 5P8JA 3DK1A 3QRMA 5OZ9A 5OZ6A 5OZHA 2JYSA 2JJIA 4Y4TA 1YTJA 1EPME 4F75A 3VFBA 2HC0A 3UFLA 4EP3A 5P89A 5DR0A 3O9IA 2V0ZC 4GZFA 5OZWA 2BPWA 5P6PA 5P25A 2ZJJA 3PCZA 3H5BA 5P3YA 5P31A 4N00A 4CPTA 4I0JA 1OHRA 1HPSA 3OU1B 5OZIA 2AVSA 5P05A 1APVE 3CYXA 2OHUA 2BB9A 4Q1XA 4YD5A 4FRKA 1IDAA 5P1UA 5HU1A 1HPOA 3PSYA 2ZGAA 1E80E 2QD7A 5SY3A 3U71A 5OZDA 2AODA 1T3RA 2OHTA 3GI4A 5P68A 3EL5A 3WZ8A 3NWXA 5P09A 3N4LA 1EAGA 5ISKA 3SKGA 1FQ6A 1W51A 5P6SA 2XYFA 3O9DA 2F80A 1RNEA 4ER4E 3T7XA 5P8EA 3S54A 2IKUA 5P8OA 2F3KA 5P0VA 3UQRA 4YD7A 1EPOE 5P7VA 5P06A 5P6EA 2IRZA 5OZ3A 3NU4A 4D8CA 1DPJA 5P0XA 5HE4A 4H1EA 3KDDA 3PI5A 3ZKIA 1D4IA 3NXNA 4Y3LA 6APRE 3K5GA 4B70A 4L7JA 3VV8A 1EBWA 3OQDA 5P8CA 2BPYA 1GNMA 4OBZA 5P5TA 3TTPA 4Y5PA 1YTHA 2P3AA 1HIHA 4MC2A 5P3WA 5P6IA 1HRNA 1IBQA 2ASIA 1SMEA 5P3UA 4ZIPA 2PH6A 3LZUA 2WKZA 5P5SA 1MIQA 2R5QA 2G24A 3BRAA 5C9BA 4CPXA 2IGXA 3M9FA 3R1GB 5P6KA 4R93A 1XN2A 5P4JA 5P7PA 2WEDA 5P4DA 5P4SA 5P88A 4OBGA 5P65A 4TRWA 2HM1A 4GJAA 1XL2A 1B5FB 1B6KA 4Y5MA 5P1DA 1T6GA 3JVWA 1OEWA 1ZSRA 2VIZA 4JPCA 5P3EA 1QBTA 2PC0A 2FXEA 3ER3E 2WF1A 2ZJHA 2VIJA 5OYWA 5P04A 4K8SA 4Y35A 5P84A 5P62A 3UCBA 3GW5A 2VJ6A 3BXSA 1NPVA 5P5MA 2QHCA 2FIVA 2B8VA 4Y50A 1MEUA 4OD9B 2PSUA 5P2GA 5ENKA 2XFJA 4DJWA 4XX3A 1HTEA 1A9MA 4J1IA 1MTRA 5P15A 5OYQA 4NPTA 4B1EA 2IS0A 1B6LA 4R92A 5EZZA 1FLHA 2OHNA 1ZP8A 3RTMA 4DQCA 2ZHTA 2NXMA 3OUCA 3ZPUA 3D20A 1MUIA 2UPJA 4U8WA 4EHCA 2NXLA 5P55A 4E43A 3DCRA 1EPLE 1AZ5A 5P4LA 1A94A 3VCMA 2ER0E 1SDVA 3T3CA 3K1WA 3O9GA 3O9LB 5P8MA 2ZDZA 4ZSPA 5SY2A 1BVEA 3QPJA 5P5NA 5P3DA 3S85A 2PH8A 5P81A 1BVGA 4BFBA 3OU3A 3ZKGA 2QK5A 4Y5KA 5P1CA 2AIDA 2G20A 4LAPA 5DGUA 3BUFA 5P7LA 4AA9A 1XE6A 3PCWA 4FM8A 3OGQA 5P11A 1FQ8A 5P2LA 5P47A 1SGUA 3TPRA 3U7SA 4Y5EA 5P1FA 5APRE 2B8LA 1ZBGA 5P4GA 2AVVA 4Y3ZA 1TW7A 5P27A 5P7DA 3UDPA 5P6AA 3S8IA 1K6VA 4FIVA 3SM1A 4DPFA 4FGXA 5COPA 5P6NA 3OU4B 4CPUA 3IXJA 3WB5A 5P18A 3EKVA 5P7CA 5CLMA 2VJ7A 3S43A 3QAAA 2RMPA 5P0DA 4EQ0A 3NWQA 3OK9A 5AHCA 5OZ1A 3URLA 3LPKA 5JG1A 4RGHA 3UDNA 1C70A 3KT2A 5P5VA 2QZXA 4YA8A 4U7QA 2FMBA 3VG1A 2RENA 4ZPGA 5AH8A 1ENTE 2QZKA 3F9QA 1T7KA 3OADB 1SIVA 4LL3A 1MSMA 1J71A 5P3KA 2ER7E 3ER5E 3PM4A 4Y44A 2OHQA 1HXBA 4X2LA 3BC4A 2I0DA 5P3MA 2H6TA 4J1KA 1GVXA 4KB9A 4Y3TA 3UQWA 2ANLA 2AOIA 2I0AA 5DR4A 4YHQA 1G0VA 2QMFA 4OBDA 3UDQA 5P4UA 1UH9A 3OXXA 5KOSA 2G1SA 4J1EA 2WECA 1KJ4A 3OQAA 5KR2A 2G26A 3D1XA 1CZIE 5P6QA 4Y4DA 4Y47A 3LITA 4HDPA 2BQVA 2FGUA 1FQ4A 5OZJA 2CEJA 2WL0A 2QAKA 3CIDA 5P7SA 5C9FA 2QCIA 5P29A 1ZLFA 1EPPE 4FL8A 4OC6B 4QGIA 5P42A 2P3DA 5P8FA 3Q70A 4I0IA 5KR8A 4J0PA 1D4SA 2CENA 3OGPA 4DJOA 4GJDA 5E5JA 4HVPA 5CONA 2AZ8A 1XN3A 3MSJA 5P07A 4RVXA 2WEZA 3SA3A 3INEA 1C6YA 4D88A 5P1NA 3PJ6A 2P3BB 1FMXA 4L1AA 1EBYA 2PYNA 3R2FA 2AOCA 3SAAA 3I8WA 2QP8A 3INDA 3SM2A 3Q5HA 3L5CA 3KN0A 5P2WA 4K4RA 3L58A 1AM5A 5P46A 5P4XA 4Z4XA 2V13A 5P74A 5P5XA 5P7HA 4BELA 2O4NA 2AOFA 3L5FA 3ZPTA 2BKSA 4Y3PA 5P0HA 5P1XA 5P2NA 5P2EA 3URIA 2PK6A 5P01A 5P76A 2VA6A 3LIYA 5P1HA 5P0GA 3OQKA 5DR3A 3KMXA 5OZFA 4DQGA 1KJ7A 4YOBA 3VF5A 5P3PA 1ODXA 2Q54A 4DJPA 2FNTA 1HPVA 5P60A 1HXWA 1T6EX 5P6MA 4YDFA 4IVTA 2G94A 1PSNA 3CKRA 4Y57A 2Z4OA 4GJ5A 3GGUA 5P8HA 3QS1A 3TOFA 3DV1A 4GB2A 2AVQA 1BV7A 1HVIA 4YD6A 1FMUA 5OZNA 1YTIA 5P8DA 4Q5MA 5P37A 1XE5A 3FIVA 1A8GA 2HB3A 4RZ1A 5P6YA 2NPHA 1WBKA 1HIVA 4CPQA 4FSLA 4FCOA 1MTBA 1E5OE 5P61A 3PBZA 1BDQA 3IN4A 3L5EA 3C9XA 3FKTA 3PBDA 5OYVA 1HVJA 4Y3DA 3ST5A 2ZHVA 4TVHA 3KMYA 4J5JA 3S56A 3B7VA 5P5LA 1XS7D 3INHA 2PK5A 4MC1A 4AUCA 5P7RA 2G1RA 2WF3A 5P6FA 5P1OA 2NMYA 1DMPA 5P0PA 1EBZA 2BPXA 5P4WA 5P6JA 1HVSA 5OYSA 1W50A 2QI4A 5I3WA 1B5FA 3PGIA 5P2YA 3UDKA 5P6RA 2VIYA 4HLAA 1YTGA 5P75A 5P39A 5P3BA 4JECA 2PWCA 1AVFA 5P0RA 5P66A 3L3AA 2HS1A 3O9EA 5P56A 2R38A 4M8XA 2VA5A 3PHVA 1B6JA 3MSKA 1E81E 3K5CA 5P72A 5P2ZA 1GNOA 2WF4A 3EBZA 3RTHA 3LINA 4OBHA 3KFPA 4ER1E 5OZQA 2VNNA 3O9FA 1B11A 5IVSA 5P3CA 5P1QA 1NSOA 4B78A 5P2DA 4J54A 5HE7A 5P30A 5T4SA 4WY1A 2QZLA 1RV7A 4GJ7A 5P08A 3INFA 3JVYA 4COEA 4HA5A 2H6SA 2NTRA 5P19A 5P7YA 3O9LA 4Y4BA 2AZCA 5HDXA 1LYBB 5DR7A 4GMIA 4Y48A 5P6VA 2ZYEA 4YOAA 3Q4BA 1A30A 2P83A 4RVJA 3PB5A 3FNSA 1K1UA 3NDUA 3PEPA 5P5GA 1QBSA 4ZEAA 5P0WA 5P7JA 3KFRA 3EC0A 3IA9A 3DJKA 5P40A 5P5KA 1G2KA 2ZJMA 4Y3EA 5P2TA 1FB7A 5OZ8A 5P0BA 4UPJA 4GYEA 2QHYA 3UHLA 5P4CA 4ZLSA 1BDLA 3T7QA 5P12A 4ACUA 5P0YA 3QVCA 3VSWA 3SA6A 4Y4GA 1FG8C 5KQZA 3QI1A 3EKPA 5P4TA 4A4QA 5KAOA 2BJUA 2J9JB 2R5PA 2SAMA 5P1TA 3RU1A 1LYAA 3D1ZA 4QJAA 2HAHA 5P6WA 1Z8CA 5P7TA 4B72A 3ZKSA 2WF0A 4F76A 5F00A 5P7QA 2JE4A 2Q64A 1D4JA 5HVPA 4Y4WA 1MERA 4BEKA 3EM6A 4J17A 3L5BA 5E5KA 5P8RA 4Y51A 1KJHA 3I25A 3OXWA 3OADA 3WZ6A 4Y3SA 3KF0A 5P2KA 2FDDA 4AA8A 3UDYA 3TLHA 3IVIA 5DR1A 1W5XA 2Q63A 4Y43A 3FV3A 3KA2A 4Y4JA 5OZLA 2OHSA 3HBOA 3VYFA 1PPKE 1MVPA 3RTNA 2ZHUA 2RKGA 2NNKA 2CEMA 3OAGA 3EKXA 3GI5A 4K4PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BWB A;  5AH6 A;  5P7W A;  3TL9 A;  3BGC A;  3KDB A;  3DV5 A;  5P3N A;  1MT7 A;  3PWW A;  5P32 A;  2P4J A;  2BPV A;  2V12 C;  4DI2 A;  4TVG A;  5KR1 A;  3SFC A;  3PSG A;  5P63 A;  1EC2 A;  2QI7 A;  1W6I A;  5P1V A;  1LF2 A;  3O99 A;  5P4V A;  2PYM A;  3OQF A;  4TRZ A;  5P23 A;  1LZQ A;  1IIQ A;  1ZSF A;  5P78 A;  4EXH A;  1MET A;  4EWO A;  2FS4 A;  4XKX A;  5P1E A;  5P7B A;  1PRO A;  4J55 A;  4PPH A;  4TRY A;  5P2H A;  5P8K A;  4H3F A;  5P1S A;  4YBI A;  5OZX A;  4DV9 A;  5HCT A;  1OD1 A;  5P4F A;  2P3C A;  3PWM A;  4LHH A;  1FG6 C;  1IVP A;  3NDX A;  1FF0 C;  3G6Z A;  1BBS A;  3EL9 A;  3QBF A;  5P44 A;  1BWA A;  2F3F A;  2O4P A;  1QRP E;  4Y53 A;  1IZE A;  1EPQ E;  1SP5 A;  1LYA B;  2I4X A;  5OZ5 A;  5OZB A;  5P8A A;  3TPL A;  4A6C A;  5P5R A;  3VV7 A;  4LBT A;  2WJO A;  5AGZ A;  5P4A A;  3OUA A;  4HDF A;  4HZT A;  4YDG A;  1QDM A;  3OY4 A;  2QNN A;  3WSJ A;  3MSL A;  1E82 E;  5IVR A;  1HVH A;  3VEU A;  2XFK A;  5C9D A;  3TKG A;  3NU6 A;  3R4B A;  5P5Q A;  3HZC A;  3LIZ A;  4Y3A A;  5P7K A; 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 3PSY A;  2ZGA A;  1E80 E;  2QD7 A;  5SY3 A;  3U71 A;  5OZD A;  2AOD A;  1T3R A;  2OHT A;  3GI4 A;  5P68 A;  3EL5 A;  3WZ8 A;  3NWX A;  5P09 A;  3N4L A;  1EAG A;  5ISK A;  3SKG A;  1FQ6 A;  1W51 A;  5P6S A;  2XYF A;  3O9D A;  2F80 A;  1RNE A;  4ER4 E;  3T7X A;  5P8E A;  3S54 A;  2IKU A;  5P8O A;  2F3K A;  5P0V A;  3UQR A;  4YD7 A;  1EPO E;  5P7V A;  5P06 A;  5P6E A;  2IRZ A;  5OZ3 A;  3NU4 A;  4D8C A;  1DPJ A;  5P0X A;  5HE4 A;  4H1E A;  3KDD A;  3PI5 A;  3ZKI A;  1D4I A;  3NXN A;  4Y3L A;  6APR E;  3K5G A;  4B70 A;  4L7J A;  3VV8 A;  1EBW A;  3OQD A;  5P8C A;  2BPY A;  1GNM A;  4OBZ A;  5P5T A;  3TTP A;  4Y5P A;  1YTH A;  2P3A A;  1HIH A;  4MC2 A;  5P3W A;  5P6I A;  1HRN A;  1IBQ A;  2ASI A;  1SME A;  5P3U A;  4ZIP A;  2PH6 A;  3LZU A;  2WKZ A;  5P5S A;  1MIQ A;  2R5Q A;  2G24 A;  3BRA A;  5C9B A;  4CPX A;  2IGX A;  3M9F A;  3R1G B;  5P6K A;  4R93 A;  1XN2 A;  5P4J A;  5P7P A;  2WED A;  5P4D A;  5P4S A;  5P88 A;  4OBG A;  5P65 A;  4TRW A;  2HM1 A;  4GJA A;  1XL2 A;  1B5F B;  1B6K A;  4Y5M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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