5P6HA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 278
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6hA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6hA01
2OHLA 4Y44A 2G27A 1YM2A 4A6BA 5P2IA 4DJYA 4D83A 3LIXA 4QJ7A 3TKGA 5P68A 1BVEA 1DAZC 5P87A 5P1DA 3EL0A 1MRWA 2IGXA 3RTMA 4CPQA 2BKSA 1K1UA 3DUYA 4NPTA 1XN2A 1EC0A 5P86A 2HS2A 5P0CA 5P65A 5P14A 2ER7E 4DQGA 4TRYA 2IDWA 5ISKA 3VYEA 4KE1A 5DPZA 5P29A 5P3VA 5OZXA 3SPKA 3D1ZA 5P3RA 1AVFA 5IVRA 4DJOA 5P6OA 2OHMA 5COKA 5P4PA 4F74A 5P2AA 5P3KA 1A9MA 4UPJA 4Y4JA 5ENKA 5P4WA 5OYRA 3KFNA 4KE0A 3O9GA 2QZKA 4Y58A 4ZLSA 1OEXA 2WKZA 2FGUA 4YCYA 3OAGA 4Y35A 3PI5A 4B78A 4Z4XA 3OQ7A 1K1TA 4Y45A 5P6EA 5P3JA 2FDPA 4Y3SA 3NDUA 2XFIA 4FRSA 3GI0A 6FIVA 3S2OA 3K1WA 4HEGA 3Q5HA 5P1HA 5P36A 3UDNA 3BUGA 2QP8A 5P0BA 4Q5MA 3TLHA 3LZYA 4GJ7A 2F81A 5P45A 3PCZA 1HTEA 1LEEA 1Z1RA 1SDVA 1AJXA 3T7PA 5P7FA 1W5VA 2BKTA 2Z54A 4H3FA 5KR0A 4Y9WA 3FNTA 4AA8A 2ZHRA 3KDBA 4F75A 4DFGA 5P10A 5E5JA 4Z50A 4OBFA 3MSJA 4TVGA 3EXOA 5P02A 5TOLA 4DH6A 4MC9A 2I4DA 4RGHA 5P7NA 4Q1WA 1EPPE 4Y39A 3NDWA 3SA5A 3TTPA 5P39A 5SXNA 7UPJA 4B00A 3TPJA 2OF0A 2V13A 2A1EA 5P0EA 5P2NA 4ACXA 1C6XA 4RZ1A 4EJDA 5P8UA 2I4WA 5P7DA 2ANLA 5P8FA 1U8GA 3ZKMA 2NTRA 1FMBA 1AAQA 4Y3LA 5OZNA 3LITA 5P5UA 5P5LA 1T7KA 3TNEA 3KT2A 1HSIA 5OZ8A 4BEKA 3UDYA 4PZWA 5KQXA 4Y3RA 3UPJA 2QMPA 3OU4B 5OYQA 1DMPA 2VS2A 5P1ZA 4Y38A 4YOBA 5JODA 5P7PA 2J9JA 5OZOA 3DV5A 3S56A 4Z22A 5P82A 4Y43A 5P3PA 3UQRA 1HVRA 1MEUA 1WKRA 5P0OA 1QBSA 3QVIA 3TOFA 4LXMA 1DPJA 4YCTA 4OC6B 3IA9A 4OBHA 3VF5A 4QJ8A 1D4KA 5P0HA 5I3XA 5P77A 3NLSA 1IZDA 5P1MA 4B1EA 3GI6A 5P7MA 2OHQA 2Q5KA 4DV9A 3OWNA 5P07A 2NNKA 2G1SA 1KJGA 5P0VA 5OZPA 3UFLA 5P1KA 3DV1A 4Y3TA 4X2LA 5P7WA 1QBRA 1RQ9A 1EPNE 4DJRA 1GNOA 4L1AA 5P42A 3I6OA 5P3AA 5P3FA 2QZXA 3CKPA 2FXEA 4RCDA 5P37A 5P4KA 2JYSA 2O4PA 3SKGA 4DVFA 4MC6A 2QD8A 5P1QA 5P49A 3ER3E 4YDFA 1FQ8A 5P05A 4Y36A 1GNMA 3MWSA 3VF3A 2ER9E 4Y50A 1FQXA 1META 1EC3A 2VA6A 5P1RA 2P8HA 3EKYA 3UDHA 5P1JA 2ZJLA 6APRE 3NR6A 5P66A 5CLMA 5P57A 3ZPUA 4ZPFA 4GIDA 3UDMA 6UPJA 2QCIA 3D3TA 4M8YA 3UQUA 5BRYA 4EP2A 3L5BA 1Q9PA 1BV9A 5P33A 2R5QA 5C9BA 4Z2ZA 5P7SA 3M9FA 2BQVA 1ZLFA 5OZAA 3K5FA 5P70A 2OHRA 3CKTA 7HVPA 3MSLA 3VV7A 4I11A 4GJBA 4YD5A 5P6MA 5DR0A 4PZXA 5UPJA 3KDDA 3DM6A 1MT7A 5P3UA 3ZMGA 3PM4A 2AVVA 3CYXA 2A4FA 3OGPA 3TPRA 1WBKA 2NR6A 1FG6C 4J5JA 4YD7A 1DIFA 5P8BA 5P7KA 4J1CA 4J54A 5E5KA 2P3BA 5P73A 3R2FA 2WF2A 5OYZA 5P4SA 5OZBA 4MC1A 3O9HA 5P89A 1IVPA 3WZ8A 5P75A 2VNMA 3BRAA 4OC6A 4B05A 1E80E 1W50A 3ST5A 1HSGA 5P3QA 5P0RA 1MT9A 3NUOA 4Y4DA 3URJA 1PROA 5P2LA 2AQUA 3U7SA 4DPIA 2ZHUA 3QBFA 5P88A 4M8XA 1SBGA 2I1AA 3I2LA 5P8QA 3OK9A 3BXSA 5P31A 4EPJA 1FFIC 4U7QA 1D4SA 5P58A 4Y3WA 1WBMA 4DJPA 4X7IA 4Y5BA 3OXVA 5P6CA 2QHCA 3KF0A 4GB2A 5PEPA 1BIMA 1A8GA 5DQ2A 2PQZA 3T11A 5HE5A 3HD8A 3CIBA 4OBJA 3APRE 3IN3A 4D89A 1G6LA 2G21A 1HTRB 4RVJA 1E81E 5FIVA 3OADB 4YHQA 2PSVA 3S7LA 4RVXA 1HPXA 2QHZA 3QBHA 2CEJA 4Y4TA 3CICA 3OUDA 3K4VC 3VSWA 4R8YA 5OZLA 3KM4A 1K6TA 4YA8A 5AHBA 3DK1A 5P62A 5P61A 3PBZA 2B60A 2NMYA 4I0GA 4NJSA 4EWOA 3OTSA 1XL2A 4E43A 3T6IA 3PSUA 5HVPA 3EM4A 3QRMA 5P3DA 5P4IA 3UDKA 3UDPA 5P3ZA 5P1LA 5P4GA 5OYYA 2V11C 5HDZA 4DQEA 3RVIA 2H6SA 5JG1A 4GYEA 3EKPA 2QI3A 1NPVA 2BPXA 4Y37A 3FV3A 5DR3A 3SQFA 5I3WA 5P67A 5HDUA 5P1YA 5P5PA 2Q11A 5P63A 2AOIA 1B11A 5OZMA 1HPOA 4K8SA 2ZJIA 4WY1A 4ZPEA 5P2DA 1HTFA 3I7EA 5P3MA 2P4JA 3R4BA 1LS5A 5P2GA 3SABA 3IXKA 1D4LA 2BPYA 1W5XA 4OD9A 3NDXA 4LL3A 5P0JA 1K6CA 4ZSPA 5P1IA 3ZPTA 5P48A 4Y48A 5JFPA 3NU3A 3ZKQA 1HOSA 1GVXA 1M0BA 3TPLA 5P04A 4RYCA 4Y5CA 5P12A 3LZSA 1DP5A 3QI1A 4LP9A 3EMYA 4PEPA 1UH7A 4HE9A 4CKUA 3FKTA 1IZEA 3OXXA 4IVSA 4J0YA 1YM4A 1FMXA 5SZ9A 4HZTA 3G70A 1HSHA 5P5EA 3ZKGA 3OU3A 5P2KA 4XXSA 1G2KA 4YD4A 1LYAB 1XE6A 3CMSA 1Z1HA 2IGYA 3TPPA 5P1GA 2QMDA 3DJKA 5P2ZA 2UY0A 1XDHA 5P4EA 1BXQA 1RPIA 1DW6C 2PH6A 2AVSA 5P1NA 5P4CA 1HVKA 1HBVA 1LF4A 1FMUA 1M43A 3OY4A 3OADA 2IKOA 2I4VA 3S45A 2VIYA 1AJVA 3BGCA 5P13A 3RTNA 3URIA 4Y4WA 1VIJA 2WF1A 5P6UA 5P2SA 3OQKA 5P2MA 1YTIA 5BS4A 1QS8A 5P5MA 3PWRA 3HAWA 4ZPGA 3PMUA 1FF0C 5AHCA 2G24A 1SP5A 4CMSA 4Y47A 5COOA 2RENA 2PH8A 5EZZA 4HDPA 5P5WA 5P4YA 3GGUA 3VF7A 3SA8A 4Y5AA 1SDTA 5P0UA 2G22A 5OZDA 3RTHA 4DJQA 1K2CA 1JLDA 2JXRA 5P8SA 5F01A 5DR7A 4I0JA 4QLHA 4B77A 5KQFA 1APTE 3CIDA 4Y5LA 3ZKNA 1AXAA 4LHHA 1IIQA 5HE7A 3KMYA 3QS1A 5OZ7A 1HWRA 1K2BA 4DI2A 2IQGA 3G6ZA 3ZKIA 1FQ6A 4H3IA 1NPWA 1EPOE 3UHLA 5OZGA 3NYGA 5P3BA 3JVWA 3EM6A 3L58A 5P2YA 3S54A 3OHHA 5AH6A 4A6CA 3S85A 5P43A 4RRNA 5OZ2A 1KJHA 5P2TA 2HB4A 5P54A 5P8CA 5P0NA 4CPWA 3OHFA 1BVGA 5HDVA 5OYXA 2ZHTA 2F3FA 1ZAPA 3OXCA 4LAPA 2OHNA 2HC0A 5P53A 5P6TA 1LYWA 1HVIA 4Y4UA 1D4HA 5P6FA 5HD0A 1NH0A 1MSNA 4FM8A 5AH8A 3LIQA 3HBOA 3DCKA 1B5FA 5HE4A 5KOSA 2ASIA 3AIDA 4Y4GA 3QIHA 1FKNA 2R8NA 4YD3A 5P5BA 4Y3HA 5P3CA 5P5TA 1EPQE 3AUPA 4IVTA 5P0FA 5P4NA 3UDQA 3HDKA 5P25A 2FMBA 3IAWA 3K4VA 4RYGA 4DQBA 5C9FA 2VJ9A 4Y53A 1IDAA 5P74A 1T6EX 1QDMA 5P0TA 5P7QA 3O9AA 3VFBA 1QBUA 1PFZA 5P2WA 1BDRA 3BVAA 3IXOA 5P6GA 5P6JA 5P5YA 2G1OA 5P47A 4JP9A 3L38A 4FL8A 1ZSRA 3INEA 4B0QA 3NDTA 2FXDA 4I0HA 4DJXA 2QNNA 3TOGA 3QROA 1QRPE 3TH9A 4EJLA 1T7IA 3A2OA 5P3OA 3TL9A 5DR4A 5P23A 3QP0A 4Y4XA 5P0WA 3OU1B 2WF3A 4QJ2A 5P7GA 3UDJA 1M4HA 2FLEA 3NU9A 4H3GA 4HDBA 1FFFC 5P0YA 3WZ6A 5OZ5A 2PWRA 4J1KA 4Y3ZA 2R9BA 3VYFA 3D1YA 1D4IA 2NXLA 5P4XA 5P8IA 5P1PA 4J1HA 5P6DA 5P8EA 1SH9A 3C9XA 4PPHA 2O4NA 5OZHA 5P5OA 3ZLQA 4GJ8A 3TKWA 4Y56A 5P0SA 2NMZA 4J0TA 3SM2A 3BVBA 2HPFA 4Y4BA 4Q1YA 2BJUA 2QAKA 1EPME 3NU4A 1FQ5A 3KT5A 3D20A 4L6BA 5P6SA 1MVPA 2FIVA 2QI4A 5SY3A 4GJDA 5OZ1A 1T7JA 2F3EA 3KDCA 3UTLA 3VUCA 3CKRA 3L5FA 2G1RA 3HW1A 3Q70A 2P83A 4FCOA 4FSEA 5P50A 5P28A 5ER2E 4ACUA 4J0PA 2OHUA 3PSYA 5P6QA 5OYVA 5P00A 5P8TA 5P8VA 5P5KA 4FGXA 1G35A 3EKTA 1BDLA 2Q54A 3O9EA 5OZWA 1E5OE 4FE6A 4Y3QA 2JJJA 4Y6MA 3BC4A 4I12A 2R3TA 4LC7A 1FQ4A 2PMAA 2XYFA 5P6KA 5DR1A 4D8CA 5DQ1A 3O9LB 5P7IA 5P2HA 3DCRA 4I0IA 5P7XA 4EYRA 1ODXA 4Y5KA 5P83A 5P5NA 4JOOA 2XYEA 3SA4A 5OZ9A 3GW5A 3Q4BA 5KQYA 1TZSA 2G69A 3BHEA 5P6XA 3RSXA 1ODYA 3UQPA 4FM7A 4QJ9A 1CZIE 5P51A 5P2JA 4L7GA 3S43B 5P3IA 1HIIA 2B7ZA 5P06A 3SM1A 1EC1A 2SAMA 5P0MA 2XFKA 4I0FA 1LYBB 4Q1NA 4GJAA 2VIEA 3O9BA 4R95A 2QU2A 5CONA 2QI0A 2IL2A 4XX3A 2IRZA 5P46A 2PSGA 3OU4A 4DJWA 5P8AA 3VV6A 5SY2A 5P8KA 4YD6A 4ZSQA 2Q63A 3LPJA 2R43A 2AZ9A 3OU1A 3WB5A 2R5PA 3PBDA 2FGVA 5P69A 5P4HA 5P6ZA 4AMTA 1PPLE 4Y3EA 1SGUA 5P1BA 4AZYA 3QPJA 1IDBA 5OZTA 1IVQA 1ZBGA 3SLZA 2B7FA 2PC0A 2Q55A 4Q1XA 3NSHA 3EL5A 4XX4A 1KJFA 1OHRA 3I25A 4DUSA 3OQAA 5KR2A 3NWQA 5P0DA 3PVKA 3HAUA 5HCTA 1CMSA 2AZCA 3IGBA 2AVOA 2RMPA 4PYVA 5DQ4A 5P01A 5P8DA 4APRE 1HXBA 3UFNA 5P85A 3EKVA 4Y3YA 1NSOA 2QHYA 4K4QA 5P59A 4BELA 3Q6YA 2B42A 3VLAA 5P8LA 4DPFA 2ZE1A 2UXZA 2QZLA 4FRJA 5P03A 4QJAA 5OZCA 4AA9A 4GJ6A 1XL5A 1D4JA 5P19A 5HTZA 3SA9A 5P4MA 5P17A 4I0DA 3VLBA 1BV7A 4OBZB 4LXAA 3GGAA 2AOCA 1ER8E 2FNSA 4FAEA 4WTUA 3H5BA 5P64A 3FSMA 5P8MA 3BGBA 5IVTA 2VKMA 2JE4A 3O9LA 3VYDA 2HB2A 5OZQA 4Y57A 1HPVA 1HEFE 5P52A 5P7CA 5P4LA 5P6VA 3ECGA 4S1GA 5ER1E 5P4AA 1YTJA 3WSJA 5P5DA 5P0GA 2BB9A 2WECA 1ZJ7A 4I0ZA 5P8PA 1APVE 1B6JA 4BFDA 3SFCA 5P71A 9HVPA 5COPA 3LIVA 5P38A 4Y5GA 5OZ6A 4APEA 1HVHA 3S43A 2WEZA 3QAAA 5P0QA 3IN4A 4GMIA 4J55A 2G1NA 4YOAA 5P3YA 5C9DA 5P41A 2G1YA 1ENTE 2IKUA 1NPAA 5P30A 3VCMA 1HEGE 3NU5A 3U71A 4CPSA 4RCFA 5P8HA 4HVPA 3SA3A 5P5VA 1FEJC 4RCEA 5P4DA 5P6BA 5P8GA 1BBSA 4RRSA 2O40A 2WEDA 1HIVA 2AOGA 1SMRA 3OAGB 3ER5E 4D88A 1MPPA 5P40A 2RKGA 3I8WA 5P76A 2QNQA 5P6NA 1MSMA 2QZWA 3H0BA 3LIZA 5DR8A 3SO9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHL A;  4Y44 A;  2G27 A;  1YM2 A;  4A6B A;  5P2I A;  4DJY A;  4D83 A;  3LIX A;  4QJ7 A;  3TKG A;  5P68 A;  1BVE A;  1DAZ C;  5P87 A;  5P1D A;  3EL0 A;  1MRW A;  2IGX A;  3RTM A;  4CPQ A;  2BKS A;  1K1U A;  3DUY A;  4NPT A;  1XN2 A;  1EC0 A;  5P86 A;  2HS2 A;  5P0C A;  5P65 A;  5P14 A;  2ER7 E;  4DQG A;  4TRY A;  2IDW A;  5ISK A;  3VYE A;  4KE1 A;  5DPZ A;  5P29 A;  5P3V A;  5OZX A;  3SPK A;  3D1Z A;  5P3R A;  1AVF A;  5IVR A;  4DJO A;  5P6O A;  2OHM A;  5COK A;  5P4P A;  4F74 A;  5P2A A;  5P3K A;  1A9M A;  4UPJ A;  4Y4J A;  5ENK A;  5P4W A;  5OYR A;  3KFN A;  4KE0 A;  3O9G A;  2QZK A;  4Y58 A;  4ZLS A;  1OEX A;  2WKZ A;  2FGU A;  4YCY A;  3OAG A;  4Y35 A;  3PI5 A;  4B78 A;  4Z4X A;  3OQ7 A;  1K1T A;  4Y45 A;  5P6E A;  5P3J A;  2FDP A;  4Y3S A;  3NDU A;  2XFI A;  4FRS A;  3GI0 A;  6FIV A;  3S2O A;  3K1W A;  4HEG A;  3Q5H A;  5P1H A;  5P36 A;  3UDN A;  3BUG A;  2QP8 A;  5P0B A;  4Q5M A;  3TLH A;  3LZY A;  4GJ7 A;  2F81 A;  5P45 A;  3PCZ A;  1HTE A;  1LEE A;  1Z1R A;  1SDV A;  1AJX A;  3T7P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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