5P6L | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__304524252435724__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__304524252435724__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P6L/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__304524252435724__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"304524252435724","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P6L/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__304524252435724__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d019400832c0da8dbc84453/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d019400832c0da8dbc84453/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d019400832c0da8dbc84453/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d019400832c0da8dbc84453/pdb.gz): 279 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	84
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p6lA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p6lA01

3Q3TA 1SMRA 1UH9A 2QI5A 4HEGA 5P2XA 1W6HA 4Y3SA 5P7MA 1META 2V12C 5P41A 2PYMA 2QZWA 5P10A 1Z8CA 4Y4XA 3NDXA 4D8CA 5P28A 1GVVA 2O4NA 3TPRA 1ME6A 3K5FA 2BPWA 3OGQA 1UPJA 1YG9A 5P6XA 3NYGA 5ER1E 4LXMA 4RVIA 4YDFA 4I0GA 4TRYA 4FCOA 2ER9E 3LZYA 4TRWA 3NU6A 4ZE6A 3KMXA 3GGVA 1IZIA 3LZVA 4AMTA 2BPYA 4Z4XA 4OBZA 5P0OA 5P4YA 5P64A 3TL9A 5OYUA 5DR8A 5P4UA 4FRKA 1QBUA 1GVUA 3PWWA 4D89A 3INFA 1G0VA 3O99A 1PPKE 4Y4DA 1LYBA 1MERA 5P73A 4CMSA 5P5PA 3EM3A 4GJ7A 5P8BA 3INHA 3HW1A 3VSXA 3KDCA 5P1UA 5IE1A 4EJLA 5DGWA 5KQXA 1QS8A 5P4HA 1VIKA 3DM6A 1C70A 4Y45A 3UDQA 3VYDA 1E81E 4DJVA 5P2VA 5P4SA 4DVFA 5P02A 5P6YA 3CKPA 5P56A 2QD6A 4Y5CA 1IDBA 5P7BA 3KT2A 1B6KA 5P6AA 2HPFA 3HD8A 2IGYA 2OHPA 5P7PA 2I4VA 5P33A 4Y5EA 5P0QA 2AZ9A 3IN3A 1T3RA 1HVJA 3INDA 2PSVA 5OZGA 5OZWA 3BXSA 2BPXA 4DQCA 3IA9A 5P5JA 5P8VA 5P4ZA 5ER2E 3SACA 5OZMA 3RTNA 4U7VA 3TOGA 5P5BA 5P8QA 1GVWA 2OHQA 1MPPA 3B80A 1MT9A 4Y58A 2I4WA 1LYWA 2H6TA 3KFNA 5OZ5A 5P5HA 1EC2A 1IIQA 2FGVA 3PSUA 2I4UA 3ZKQA 4K8SA 5P31A 5OZXA 4EWOA 5OYQA 3S43B 1T7KA 5OZUA 1BV9A 2AODA 4CPQA 5P53A 2CEMA 3EKPA 4PEPA 3WZ6A 3OQDA 4J1IA 4WY1A 2AQUA 3OU4A 1IBQA 5P80A 5P03A 2BKTA 4YBIA 3BVBA 2AOGA 4OBHA 1B6LA 3GI4A 3L5EA 3O9AA 4I0FA 4CPRA 3VFAA 3INEA 1BDRA 1LF4A 3B7VA 5P7FA 2NMYA 2VS2A 3QVIA 5HTZA 4RLDA 3K1WA 5P67A 4MC6A 5P4JA 5OYWA 4HA5A 1EPPE 2UXZA 1J71A 1C6XA 1NH0A 3FX5A 1HTFA 4K4PA 2NXLA 3OAGB 5P7NA 3Q6YA 4Y5AA 3L58A 4Y4UA 3CYXA 5P6DA 4ZPGA 3RVIA 4Y3RA 2BKSA 3IXJA 3F9QA 4RVJA 3UHLA 1HRNA 5AGZA 5P2JA 3L59A 5OZEA 2G94A 3OTSA 4L6BA 5P3WA 2FDPA 1LV1A 3I8WA 1LZQA 2FLEA 5P66A 3VF5A 4L7GA 2VIJA 2QZXA 4Y5MA 5P4XA 5P2LA 4TVHA 4RYCA 4LXKA 5P0PA 1AZ5A 5P6WA 5P4WA 4RZ1A 3GGXA 5P3GA 6APRE 1K1TA 4R5NA 5P6RA 2R5QA 3EKVA 5OZRA 1HVSA 1IVQA 3I2LA 4I0HA 2QMFA 1AAQA 4Y3HA 3BGCA 3VF3A 1DP5A 1XN2A 3G70A 5P7SA 3K5GA 3OUAA 3OU1A 2ANLA 5P27A 1HEFE 4YCYA 3OUDA 5P6FA 2XYEA 5ENMA 5P88A 1EPQE 4YHQA 1YX9A 5SY2A 3UDKA 1MESA 1BXOA 2HB3A 5P0MA 5P13A 5P7VA 2PWCA 3D3TA 5AHBA 5APRE 5P8MA 5P4IA 2AZBA 2PK6A 3LPIA 2WF1A 3O9EA 1YTIA 3U71A 3CMSA 2AVSA 3ZKXA 5P59A 5DPZA 5P2KA 5OZFA 1W5YA 3KFPA 2B8LA 3APRE 4OBZB 4KE0A 3EKQA 2QMGA 3PCZA 5OYZA 5I3VA 4DJRA 4YOAA 5IVSA 3QRVA 3PSGA 2IGXA 4Y3TA 5P5LA 5P7KA 3EL5A 2HPEA 2F3EA 1NSOA 2HM1A 5OZDA 4Y44A 4J0PA 4HZTA 3NUJA 5IS4A 3O9IA 5P6CA 3N4LA 5P3OA 3NSHA 3NUOA 5P0WA 4Y3AA 3K5CA 1WBMA 2AZCA 2UPJA 3S53A 2I4XA 4RRNA 4DJXA 3MSJA 4FRJA 4UPJA 2PQZA 1OEWA 5P06A 5CONA 3RTMA 3OQKA 2NPHA 2ZJMA 1HVRA 4B00A 2Z54A 1CZIE 1PROA 5P4KA 3QBFA 3NU4A 1QRPE 2IS0A 4WY6A 3TPPA 3ER3E 4I10A 3H0BA 3ST5A 3BGBA 4DPIA 3NU5A 3OTYA 2AOFA 4B0QA 4Y4ZA 5DQ2A 3HAUA 4M8YA 5KQYA 5P35A 5P51A 1T7IA 1IZEA 5P0XA 3APPA 4CP7A 3QROA 5P3PA 1KJ4A 3CIBA 4OBDA 3O9LA 1D4SA 2FMBA 4J0TA 4Y3GA 4IVSA 3UQWA 2BBBA 2RENA 4Y3YA 1HVKA 2OAHA 2QI6A 3GGUA 5P24A 4H3JA 5P3AA 2NXMA 4ER1E 5P1MA 5P2WA 2QI3A 1MSMA 5P05A 1EEDP 5P5GA 1MUIA 1FGCC 4R91A 2G27A 3BVAA 3IAWA 3OXCA 2IRZA 2PK5A 5P76A 5P3LA 1YT9A 3O9FA 5P8TA 5P89A 5P8SA 5HE5A 2ZGAA 4OD9B 4ZLSA 4Y4EA 5P07A 1RL8A 5P6NA 3MXDA 4WTUA 1HOSA 4ZPEA 3OOTA 1GVXA 1AJXA 5P5VA 5B18A 3AIDA 5P8KA 4NJSA 1NPWA 4B1CA 5P6JA 4Z2ZA 5P8CA 4RGHA 5HU0A 5P2QA 5P2DA 3FSMA 4BFBA 5P1JA 2I0AA 4YD7A 5P5WA 5P86A 5JODA 3G72A 3PI0A 5P2YA 5P1VA 2BQVA 5SXNA 2Q15A 5P52A 4B78A 4JECA 4LBTA 5C9BA 3UFLA 3PM4A 5P3SA 3RTHA 1CPIA 4DFGA 5P2EA 5P3IA 2P3AA 5HE7A 4GJAA 5P6UA 4BEKA 3URIA 3EM6A 2NNKA 4DJOA 3ZKIA 1QBSA 1FFIC 1FKNA 4B77A 5P1HA 4EPJA 4EJDA 3TNEA 4LAPA 5P3CA 3LPJA 5P2HA 4GJ9A 1U8GA 3OUDB 5P5YA 3OXXA 1PFZA 4EXHA 1MRXA 5P3ZA 5P5QA 3Q70A 4CPUA 2V0ZC 5OZ1A 4K4RA 3IVHA 3DV5A 2VIZA 4Y3NA 5P6GA 4FM7A 5P5CA 5P1TA 5DQ1A 4J17A 4F73A 5P0BA 5P5EA 1W51A 3SM1A 3KA2A 3WZ7A 5OZJA 1T7JA 3T7XA 3UQUA 2A1EA 1D4KA 5P3JA 3VF7A 5P68A 5OZBA 3TPJA 5HDUA 3PWRA 2WL0A 4RVXA 2SAMA 4D88A 3RSVA 5P2RA 5P50A 2IENA 4Q1YA 4FGXA 2G1YA 3OQFA 4Y41A 5C9FA 3T7PA 5P72A 2FNSA 4B1EA 5P4AA 2ZJLA 3VEUA 1ER8E 3PI5A 5P7JA 4PZWA 4Y57A 2A4FA 4FRSA 2AVVA 3HDKA 1B6MA 3ZPUA 5F01A 5P6QA 3VYFA 3HLOA 5P43A 4Y4BA 4DQFA 6FIVA 3SLZA 5BS4A 1FQ8A 3O9HA 2F80A 2HAHA 3OOZA 4Y3JA 2MIPA 5P23A 2J9JA 3PMUA 4MC2A 2VA7A 5E5JA 1EBKC 2ZHTA 5PEPA 3Q4BA 5P4EA 8HVPA 4YCKA 2JE4A 3ZL7A 1EPOE 1SDUA 4Y48A 5P29A 5P3DA 4CPTA 2F8GA 2O4PA 5P5NA 3L5BA 2QZLA 4OC6B 3OXVA 4Y54A 2VKMA 4QJ9A 3LINA 3DCKA 2QK5A 1K2BA 3NXNA 1APVE 2I0DA 3O9LB 5P8EA 1EC3A 5P18A 2WF0A 3BUGA 5P5OA 3ZKNA 5P6IA 1UH7A 4QJAA 1LEEA 4Y3LA 1W5XA 4J1HA 4Y4GA 3OY4A 2ER0E 4PYVA 3SAAA 2P3DA 1LYAA 4LL3A 1ODXA 5OZSA 1YTHA 2V11C 5P14A 3O9DA 5P09A 4TRZA 5P4TA 3S56A 1G35A 2IL2A 4APEA 4DQEA 3QIHA 3R0WA 4Y37A 2V16C 4TVGA 2ER7E 4K4QA 4S1GA 1KJ7A 2OHLA 1JLDA 1ODYA 3UDHA 2FXEA 1HHPA 3ZOVA 1AJVA 3O9BA 2VNMA 5KR0A 4Y35A 1FEJC 4A6CA 3HVPA 5P81A 5KAOA 5CLMA 3OADB 1A94A 5P39A 5P5KA 5HCOA 1ZTZA 2QI4A 4RYGA 3AUPA 1RV7A 1FFFC 2XFIA 2R5PA 4K9HA 1GKTA 3WSJA 5P0EA 3HVGA 4Q1XA 1GVTA 1ZSFA 3EL9A 5OZ3A 1TZSA 5P2FA 1HSGA 2HB4A 5P0RA 5P25A 4X7IA 5UPJA 5KQFA 3UDNA 1ENTE 5JG1A 4KE1A 1BIMA 4PPHA 5P1OA 4Y3WA 1FQXA 2RMPA 3NDUA 2APRA 5P8RA 1SIVA 2G24A 4U7QA 5OZZA 2QI7A 3EMYA 3FNSA 3DOXA 3DV1A 5JFPA 3PLDA 2O4LA 4FAFA 2R8NA 5SY3A 2O4KA 5DR1A 4DQHA 4R93A 4RCDA 2AVOA 4L7HA 5P4LA 4OD9A 5DQCA 1HTRB 5P32A 4GMIA 4DUSA 4J1KA 3OHFA 5P0KA 4Y3EA 5BWYA 5P1DA 1MT8A 4DH6A 1E80E 1IZDA 4Y5LA 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1HPSA 4CKUA 5P6VA 1MTRA 1HVIA 3I6OA 3MSLA 5OZVA 1HXWA 5P60A 4OC6A 5KOQA 1OHRA 1SDVA 1K6PA 1W6IA 2WHHA 5P4FA 4ZSPA 5P7TA 5P08A 2WJOA 5P8OA 3K4VC 3IXOA 3PCWA 1G6LA 5COKA 5P7CA 4DJUA 3L38A 2OHMA 1FMUA 5P74A 1EC0A 2ZDZA 1ZLFA 3KT5A 3L3AA 3TOHA 1W50A 5FIVA 1EPME 2I1AA 5P0YA 5P17A 1BXQA 3UQRA 5P00A 2QAKA 3TLHA 3U7SA 1APUE 1ODWA 3T6IA 1B5FB 1FF0C 3O9CA 1DAZC 5P19A 1QDMA 5P78A 1ZPAA 3ZMGA 3RU1A 3TOFA 2FIVA 4ZSQA 1IDAA 4YD4A 2JJJA 4Y51A 4DQGA 3VUCA 2QNPA 6UPJA 2WF2A 5P2ZA 1TSUA 1GNNA 3OADA 2AVMA 5J25A 1APTE 5P7QA 3EKYA 2G22A 5OZKA 1RPIA 5P6TA 5HD0A 1HWRA 4FL8A 4DI2A 3SABA 5OZNA 3SA5A 4YDGA 4QJ7A 3IGBA 2Z4OA 5P82A 5ENKA 5OYXA 5P62A 3SM2A 5EZXA 3S7MA 2FGUA 3OQAA 3UQXA 3GI0A 2R43A 3OWNA 1TSQA 2H6SA 5I3WA 5OZ6A 1SGUA 3CIDA 5P1CA 2P3BB 3U6AA 4Y3XA 4Z22A 5C9DA 3KFRA 5P04A 3R2FA 5P2GA 5P4PA 5P7AA 2G21A 5ISKA 3BUFA 1QBRA 1SH9A 5P4GA 5P0HA 1DMPA 4KB9A 2ZE1A 3ER5E 5P7DA 3IVIA 2JJIA 3I7EA 5P71A 3TKWA 3TH9A 3D1XA 3UF3A 4J1CA 2QZKA 2OHSA 1DPJA 3ZLQA 5P7UA 1FQ6A 5P6SA 1K6CA 5P48A 3ZKMA 5P70A 3JVYA 1OEXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P6LA

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