5P6N | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__44537143301073__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__44537143301073__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P6N/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__44537143301073__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"44537143301073","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P6N/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__44537143301073__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0193c4bcdc1fe050fc7e8a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0193c4bcdc1fe050fc7e8a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0193c4bcdc1fe050fc7e8a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0193c4bcdc1fe050fc7e8a/pdb.gz): 144 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p6nA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p6nA01

1XN3A 5P2FA 2AOFA 3RTNA 5P1KA 1XE5A 5HVPA 1KJFA 4AA9A 1SH9A 1FQ4A 3RU1A 2J9KA 1HBVA 3I25A 3H0BA 5P6GA 5OZVA 5P7BA 1DW6C 4OC6B 3EM6A 2JE4A 5P4AA 4Y37A 3PSGA 4XKXA 1E81E 1NPWA 5SY2A 4GJ7A 3UHLA 3PLDA 5P4JA 4BELA 4DQCA 3LITA 5OZZA 2P3BA 3G6ZA 3SA8A 3INFA 4RRSA 4K4RA 1FLHA 1SIVA 2R8NA 5P1TA 1ZSFA 5P0FA 4EXHA 4BFBA 1FQ6A 5P7HA 1F34A 3SLZA 1EAGA 2WEBA 4ZPEA 3I2LA 5P0NA 5P26A 3LIYA 2OHMA 2ZHVA 3EKYA 5P6HA 4HEGA 1QBSA 3EM3A 2QI3A 4QJ6A 5P22A 3D3TA 5CONA 3KFPA 4H3JA 4I0GA 2IDWA 1ZAPA 3OHHA 5KOSA 5P5EA 1C70A 1M0BA 4JPCA 5DPZA 2ZJKA 5P1GA 5COKA 4I10A 2Q5KA 1T3RA 3CKPA 1IVQA 2B8LA 4EHCA 3SKGA 1GKTA 5P0GA 5P19A 1FF0C 4ER1E 2B42A 2Q15A 5P8CA 3C9XA 1MSMA 4RZ1A 5OZHA 4D89A 3GGAA 3S7LA 2WEAA 3NDUA 3O9EA 1G6LA 3UDRA 5P43A 5P2HA 2B7ZA 4M8XA 4I8WA 1UH9A 1BV7A 5P64A 4J1CA 1FGCC 1YM4A 2ER9E 5SXNA 4YHQA 3FNSA 2Q55A 3MWSA 3FSMA 4TVGA 4CMSA 3U7SA 5IVTA 3EM4A 1LEEA 4R95A 2I1AA 4Y3RA 1XS7D 4Z50A 4K9HA 1YT9A 4Y5PA 1IVPA 5P5SA 3GGUA 4KE0A 5P86A 4RLDA 4DH6A 2JJIA 5P5MA 2Q3KA 1LYAA 4PYVA 1K2BA 3UDMA 1IBQA 4H1EA 2BPZA 3NU3A 2V10C 5P0LA 3FNUA 5P7WA 4LBTA 5P6OA 2QMDA 5OYSA 5P1EA 5P53A 5P6MA 3APPA 3EKXA 1BV9A 1D4LA 3D20A 2QNPA 2BKSA 4Y9WA 5OYYA 1EC1A 1HVRA 3OXCA 2QI0A 3HVGA 3MSLA 5P55A 4NPUA 4Y51A 2XFIA 5P3IA 5P4IA 5HE5A 3LPIA 4Y5NA 2UY0A 5P2LA 4Y4WA 5P31A 5OZ4A 5P5KA 5DQCA 2P83A 5SY3A 3CICA 3N3IA 1WKRA 3HBOA 5P08A 3UDNA 1TSUA 2BKTA 3TOGA 3KYRA 2QI4A 5F00A 5P0KA 3VF7A 6FIVA 3MSJA 5P5JA 3OUCA 2G20A 2JJJA 3OU1B 5I3WA 5P68A 4Y4XA 1DMPA 3VV7A 1FB7A 1BBSA 4UPJA 2QU3A 3UQUA 2P3CA 2QNNA 5P3UA 1ZSRA 1QBRA 1AAQA 1FEJC 3BHEA 5HDVA 3OHFA 4OBHA 4LAPA 3EBZA 2NPHA 3URIA 1BDLA 3NU6A 4JOOA 3OQFA 2ZYEA 2G21A 3QVCA 4L1AB 4Y3GA 3UCBA 1MERA 5P74A 4DJQA 2WF2A 5P3ZA 1FQ7A 5P6IA 3NLSA 4YBIA 1PPLE 5AGZA 3ZKIA 5P27A 1T7KA 3BGBA 1FFFC 4Y4UA 5OYZA 5C9FA 1GVXA 5P0OA 3ECGA 4EJLA 1QBTA 5P8EA 3ST5A 3UF3A 1HWRA 3EKVA 4ER2E 2V00A 1B5FB 5OZQA 2IGXA 2ZJJA 5P69A 2PH6A 2BPYA 2NR6A 1WBMA 4AUCA 5P38A 3CYXA 3R2FA 2I4WA 1PPKE 1EBYA 5P1CA 3KMYA 3LZUA 2G1NA 1DAZC 1XN2A 1MEUA 3TKGA 5P7RA 1HPOA 4R93A 1W5WA 2Q64A 4YDFA 2WKZA 1A8GA 5P8BA 5P71A 4Y48A 5IVSA 5AH8A 1GNMA 2CEMA 5P8JA 3OU4B 4NJSA 3OU3A 5P4FA 4I0IA 2OHSA 4EP2A 5P0YA 3PSUA 4Y3TA 2QCIA 1MESA 3UQRA 1LF3A 4LHHA 3SFCA 5P5XA 5P1QA 3TPJA 4Y3QA 3QN8A 5KAOA 2NTRA 2A1EA 3LIXA 4J0PA 2WF3A 3IVIA 3GI6A 5P2TA 3APRE 5P6JA 4YE3A 3PMYA 5P87A 4Y47A 2AQUA 1E5OE 2QI1A 2JYSA 5OZMA 2ZDZA 3OQKA 4R91A 4YA8A 5P1LA 4B0QA 5APRE 5P63A 1T6EX 2WF1A 4IVSA 2QZKA 3NU9A 5P2JA 3ZKNA 2B7FA 5P7NA 1IIQA 5P6YA 4Q1YA 3HDKA 1D4HA 1ZBGA 1AJVA 5P2BA 4Y53A 1EEDP 1HIVA 5COPA 2UXZA 3WB4A 4H3GA 3UDKA 4DUSA 3K4VA 5P75A 5KR0A 3I6OA 1KJ7A 3SM1A 3WZ8A 2NNPA 4DJVA 4JECA 5P0WA 4QJAA 5P5PA 3EXOA 1APVE 2O4SA 5P7QA 4ZSRA 4QLHA 5P0IA 2RSPA 4RYCA 3LNKA 5P6QA 5P80A 3PVKA 3WSJA 2ZJHA 5OZPA 1LYWA 3EL0A 5ISKA 5AHCA 2F80A 5FIVA 3EKPA 2QMPA 1MPPA 3NDWA 1AXAA 5P20A 5DQ1A 2XYFA 1QBUA 3NSHA 5HD0A 2O40A 5OZJA 5P3BA 5P88A 4DJOA 3ZL7A 5P54A 3L58A 4Y3FA 5OZOA 1W5XA 5P8LA 5P4KA 2FLEA 5P1XA 3UQXA 5P7SA 5P5LA 5P29A 4Y3WA 2AOHA 3PRSA 4RROA 4YD3A 5OZBA 5AHBA 1RV7A 5P37A 3O9DA 2WEDA 4EYRA 4DI2A 5P8MA 3L5FA 4Y4JA 4J1HA 5P85A 4GMIA 5P3GA 5P47A 3B7VA 3JVWA 4D85A 1G35A 5P67A 4LC7A 1EBWA 2VIJA 4RVJA 2H6TA 3HW1A 1W6HA 5P0ZA 2F3FA 1ZJ7A 4APRE 4Y3YA 2QD6A 1FKNA 4OBJA 5P2XA 5P8KA 4K4PA 3URJA 5P8AA 4A4QA 5P60A 4Y5GA 5P8NA 3DV1A 5KR8A 1MIQA 4F73A 3PI0A 5P4BA 3UQPA 1HTGA 4R8YA 4Y3XA 1ZTZA 3GGXA 3QPJA 3VEUA 2OHUA 5OYTA 2G1OA 5P7UA 5P49A 3O9IA 3OGPA 4FAEA 5P1NA 4WY1A 3HAUA 5P1DA 3IVHA 5P4RA 5P8HA 2AODA 3OXXA 2AZ9A 4X2LA 1J71A 3INHA 3KDBA 5OYXA 5P18A 4OC6A 1E82E 1MTRA 3OQDA 4HDPA 1CPIA 4YOAA 5P8GA 5P7CA 3A2OA 4QJ2A 5OZ1A 3FV3A 4ZSQA 2ZJMA 5P3HA 5DGUA 3L5BA 5OYRA 5P5FA 3TPPA 2PSUA 3O9HA 4J0TA 4FM7A 3PM4A 4GJAA 2PQZA 5P0AA 3UTLA 2QHYA 1PPME 5P5CA 3VSWA 3ZLQA 1AZ5A 4LXMA 1JLDA 5P0DA 5AHAA 3R0WA 2AZ8A 5OZFA 4Y5BA 1HSGA 5P3CA 5P6RA 3QI1A 3K5GA 4Y5CA 5P72A 4L7JA 2FDPA 4Y3PA 1HOSA 2HC0A 2WEZA 5P17A 5P36A 5P7EA 4CPWA 1M4HA 2HIZA 1ZPKA 1UPJA 5P2NA 5P1SA 5OZGA 3NYGA 4LXAA 5P6DA 3S54A 1LYBB 1AM5A 5E5JA 1EPRE 1YTJA 3SA9A 3EKQA 5P13A 4D88A 3EL5A 5IVQA 5P3RA 4OBFA 5P3DA 1W51A 3ZOVA 3ZKXA 1HXWA 4I12A 5I70A 4PPHA 1SMEA 4Y54A 3VLAA 2WF4A 4FL8A 5P0VA 1GNOA 5P7DA 4Y43A 4ZPFA 5OZ5A 5P7YA 4IVTA 5P01A 2I4QA 4FGXA 4I1CA 1TW7A 3OWNA 2OHNA 3OXVA 3T3CA 4GJDA 2AZBA 3S43B 4EJDA 1LZQA 2VA5A 2ZJIA 5P6UA 3LPKA 3NR6A 5HE4A 5P10A 4Y3ZA 3OUDB 5P24A 3VFAA 5P02A 1EPPE 2O4KA 2BB9A 2PWRA 1SDTA 2Z54A 2QI6A 1MTBA 3KDCA 4Y58A 2XFKA 3VUCA 2QD7A 3UDQA 1HVLA 1AJXA 5P2AA 4I0DA 5P7ZA 4CP7A 3OUBA 5P6XA 3R0YA 5JODA 3S2OA 3QAAA 2HB2A 2BPWA 4OBZA 4EWOA 3SAAA 4LXKA 4GB2A 3SA6A 4EJ8A 5JG1A 3VF3A 4RCEA 3QS1A 3ZPTA 5P7LA 2I4UA 3O9FA 3WB5A 1K6TA 3FKTA 1FMBA 2WECA 1SBGA 1M43A 3DK1A 3BC4A 3RVIA 3LZYA 2XYEA 1LF4A 2NXLA 1FG8C 1TZSA 5KQFA 3KN0A 3L5DA 4OBZB 2I0DA 3KFRA 5P6FA 3VG1A 2VIEA 5P30A 5OZWA 3QP0A 5P0UA 4JPEA 2P4JA 5P8VA 2AVVA 3OQAA 3ER3E 2ER0E 2IS0A 3IXOA 5P7PA 5P28A 3QVIA 4TRWA 5DQ2A 2J9JB 2FNTA 4ZLSA 3CYWA 4Y35A 5P61A 3TOFA 5P6WA 2A4FA 5P3QA 1HVHA 3TH9A 1K6CA 2Q54A 5P0CA 4DJUA 5P2GA 2P8HA 1LS5A 3MSKA 1K6PA 3DCKA 4Y3NA 2ZHUA 5P0TA 2QZLA 4RRNA 1K2CA 3OU1A 4AZYA 1HVJA 4PZWA 1ZLFA 2HB4A 3D1XA 2OAHA 4HLAA 2NNKA 2IENA 3RTMA 1BAIA 1EPME 5P2WA 3CIBA 5ENMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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