5P6SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 289
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6sA01
3PHVA 3BXRA 2G20A 3URJA 4J17A 5P3SA 1FQ5A 4Y51A 4YOAA 4D89A 5P53A 2FNSA 1W5XA 2AVOA 1DMPA 3EKWA 3O9EA 4JOOA 3HBOA 4NPUA 2PSVA 5P28A 1LYWA 3UDNA 3S45A 5P16A 4FCOA 5BRYA 5I70A 2RSPA 5P3YA 2AOCA 4GIDA 1T3RA 1TQFA 2OHTA 3L5CA 3ZLQA 3ZPUA 5P0FA 4Y3TA 1W5VA 4Y53A 1MT9A 2V13A 5DPZA 5IVQA 5P1RA 1ZPAA 2AIDA 4FAFA 5P27A 5BWYA 2IDWA 2FS4A 3OXCA 4ZSRA 1AJVA 5P17A 2QNQA 2ZJKA 4J0TA 2PC0A 4Y5EA 5COKA 4DQCA 5T4SA 3OUDA 4YCYA 1RV7A 5P8CA 2P3BA 3SPKA 3T7PA 1IBQA 3UFLA 2AVVA 3KA2A 1MRXA 3BUGA 4Y3RA 1LYAA 2WL0A 3GW5A 4X2LA 4OBDA 5J25A 1HVKA 2ZGAA 4TRYA 3T3CA 3O9IA 3S2OA 3SLZA 3IXKA 5OZFA 3PSUA 3ZOVA 1IZEA 4ZLSA 5DR0A 5P66A 4EJLA 5P4UA 2PMAA 2BPWA 3HAUA 3FSMA 1LF4A 5P2UA 5OYRA 2Q3KA 1IVPA 1QDMA 3DUYA 3LIVA 5P6LA 3K5DA 1AVFA 3LIXA 4QGIA 2FMBA 3TKWA 5P86A 5P8DA 4B00A 4J1EA 2WKZA 3KDBA 4RVXA 4R95A 1MT8A 4J0YA 3U6AA 2AZCA 1XE6A 3VLAA 1GVVA 5HD0A 4RRSA 3EM3A 4AUCA 4WY6A 5P83A 1JLDA 1TCWA 1DW6C 2ZJHA 1G0VA 1HPOA 3R4BA 1D4SA 5P7GA 5SZ9A 1C6XA 5P1NA 1EBYA 5P15A 5P7HA 2AZ8A 2ER9E 4K4QA 5P2LA 3OU4A 5P4VA 5P02A 3SKFA 4OD9A 4TRZA 5P38A 4APRE 4QJ6A 3TOGA 4WY1A 1HVRA 5P13A 5P4YA 2OHQA 5ISJA 5P1UA 5OZ7A 5P2FA 5ER2E 4JPEA 1APWE 1ME6A 3QBFA 1QRPE 2G21A 1OHRA 4B1DA 3TKGA 4Y43A 6UPJA 2WF2A 3IN3A 3ZKNA 4Y4DA 2IGXA 4IVTA 5IVTA 5P09A 1GVXA 4DJYA 2O40A 2FXEA 2PWRA 5OZ6A 2BQVA 1HVLA 4GB2A 4NJUA 4Y3YA 5P6NA 2I1AA 1FMUA 5P1ZA 3L59A 5EZZA 4I0GA 5P4NA 2BPZA 3QS1A 5P41A 4U8WA 4GJ6A 1IDBA 2VIJA 3PWWA 4J1IA 2QI6A 5P24A 1PSAA 1SGUA 5P8BA 4NJVA 1SP5A 2J9KA 5P39A 2WF1A 1IZDA 1OD1A 5P5EA 4ZPEA 3OADB 5P4TA 5P1OA 3EL9A 4Y5LA 3VYDA 2QHZA 1W50A 3CKRA 5P6RA 5P1CA 2OHSA 3EMYA 2G22A 2QI3A 1ODYA 5I3WA 3PEPA 5P3DA 1ER8E 1EPPE 4Y57A 3NSHA 4Y4WA 4QJ7A 5P3PA 4GMIA 5P3EA 5P4GA 5P7JA 1WBKA 3VF5A 3M9FA 3PLDA 5P71A 1K6PA 2R5QA 3NWQA 1LS5A 1HVIA 4EJDA 5KOQA 1ZTZA 4Y3GA 5P1WA 5P2BA 3L3AA 5P6HA 3KN0A 5P8HA 3NU5A 3Q5HA 2R3WA 5OZBA 1LZQA 5P8QA 1FQ4A 4I0JA 5OZAA 5P4ZA 4Y3QA 1HTGA 3NUJA 4Y3NA 3KM4A 5P72A 5OZ8A 3DOXA 5HCOA 5OYXA 4GJ7A 3TLHA 1PPLE 4GYEA 5P40A 4KUPA 2AODA 2RMPA 4ZIPA 1G35A 2AOGA 5P7YA 3LPJA 4Y48A 5P7IA 3K4VC 3VEUA 3Q4BA 5P75A 1SIVA 2QD7A 5ER1E 1ZAPA 2QAKA 4Y3XA 4A6CA 5OZLA 2AOEA 5P6OA 5P29A 4OBKA 2B60A 5PEPA 2G69A 5P0XA 3RVIA 1EC0A 5P65A 3AIDA 3OAGA 2QD6A 4QJ8A 4APEA 2P8HA 3O9AA 1BVGA 1FF0C 5HCTA 2A1EA 3R0YA 5OZDA 4COEA 3OQFA 4GJ5A 4XX3A 4Y4TA 5P1YA 3QVCA 3LHGA 3UDMA 5P2EA 5OZ0A 2PYNA 1T6GA 3G70A 4J0ZA 3VYFA 2BB9A 4NPTA 1HVSA 1M43A 4DJUA 5P5GA 4A4QA 5P3RA 2ZHRA 3K1WA 2NNKA 5DGWA 4M8XA 3ZPTA 3T7QA 4K4RA 5P3JA 5KQXA 5OZNA 4DV9A 5P7UA 5P12A 2AOHA 5P7ZA 5UPJA 4Y41A 5P67A 5P1TA 3D1XA 4ZEAA 1GNMA 3EKVA 3NYGA 5P6ZA 4Q1YA 1BAIA 1E80E 5P6GA 5P8NA 3UDKA 4DJOA 3LZVA 3RSXA 4Z50A 1QBSA 5P8VA 1HBVA 1FQXA 2VS2A 3OUBA 2F81A 3N3IA 4AA8A 3LIYA 4Y36A 3S43A 4FRIA 4YBIA 5P4IA 5TOLA 3LZYA 3S7MA 2VNNA 2G1YA 3GGXA 5P8LA 3U71A 1YT9A 5IVRA 4HE9A 1EPNE 3VG1A 5P1VA 1U8GA 4CMSA 5OZ9A 1ZSRA 4LXKA 4NJTA 5P2MA 5P57A 3I2LA 3OHFA 4GJ8A 5AH7A 5AH8A 1FG8C 1RPIA 4RCFA 2Q63A 5OYWA 4YBFA 1B6JA 4B72A 4OBGA 2ZHVA 4FGXA 4I1CA 3OOTA 3OGQA 2F3FA 5P3VA 5P4OA 2NNPA 3EM4A 1SGZA 3MXDA 5P8GA 1T6EX 5P3CA 5P0IA 1ZPKA 5P49A 1MSNA 2HM1A 4YD3A 2Q55A 1C6ZA 4YA8A 2WEBA 2G24A 2QMGA 5KQZA 2F3EA 1NSOA 2UPJA 5P4KA 5P64A 3IVHA 3TH9A 4Y3JA 5P1FA 4B1CA 3OK9A 3JW2A 4J1KA 5P46A 5P5XA 4DQBA 1XE5A 5P6PA 5P0GA 5P1QA 5P2WA 2O4LA 5HDZA 3IA9A 2IQGA 5P2SA 2G94A 1W6HA 2OHKA 1YX9A 3S54A 1A8KA 2APRA 4ZPFA 1YTHA 1BV7A 1LYWB 3CIDA 2XYEA 3NXEA 1B6PA 1W6IA 5P1XA 4HEGA 4R91A 1FQ7A 4FL8A 5P0WA 2OHRA 2CENA 1DPJA 4D85A 4YOBA 5P5WA 1B11A 5P34A 4B77A 4EP3A 4DH6A 5P1LA 5P7MA 5P77A 3WZ6A 1PPME 3R2FA 1HVCA 5KAOA 3TNEA 3OUDB 2VKMA 3LITA 3GI5A 5P0SA 5P3LA 2P3BB 5P3FA 4F73A 3SA4A 2I4XA 1W51A 4Z22A 4Y4EA 5CLMA 5OYUA 4RLDA 1MERA 2H6SA 1M0BA 1GVTA 5HVPA 5OZQA 5P63A 4CPQA 4DPIA 1B5FA 1LYAB 5HDVA 1KZKA 3NDWA 5P1MA 1DAZC 3KT5A 5P7SA 5P0BA 5P88A 5KQYA 1FQ8A 2VNMA 5P6CA 2AZBA 5P2YA 4L7HA 5P56A 4QJAA 1ZP8A 6APRE 3I6OA 4GJDA 4DI2A 4YD7A 2QI1A 5P0JA 1K2BA 1BXOA 1T7IA 4MC9A 4EWOA 4F75A 2ZJJA 2J9JA 3IXJA 3BUHA 3SQFA 2HAHA 3EKQA 5HDXA 5P7TA 3QIHA 4FRKA 4DJVA 2VJ9A 3NDXA 2HPFA 5P7RA 5P1SA 5P6IA 1VIJA 1XN2A 3HZCA 5P4DA 4YDFA 4FSLA 4Q1XA 5P2TA 4Y47A 1IZIA 4ZSQA 5P8MA 4M8YA 1UH9A 5C9DA 4FM8A 5ENKA 4PEPA 2IL2A 5DQ2A 4E43A 3RSVA 2I0AA 3OU4B 2ZDZA 1J71A 2VIZA 3PWMA 5AGZA 4OD9B 5P5BA 3SKGA 5P30A 3PBDA 3L5DA 3PVKA 4DJXA 3NXNA 2I4UA 3VF7A 5P8IA 5P89A 1ENTE 4Y37A 2EWYA 5P2IA 3OOZA 4PPHA 3SM2A 2QZLA 3ZKXA 2P3CA 1PSNA 3FNTA 2BKSA 4PZXA 1HVHA 2Z4OA 2FDPA 3OQDA 5P4BA 1MUIA 2IS0A 4Z2ZA 2MIPA 3INEA 3S56A 3TTPA 2IEOA 3WSJA 1E81E 2R43A 3CYXA 2BPYA 3GI6A 4CPXA 5P5FA 1HRNA 1F7AA 4Y54A 3R0WA 2NXMA 1W5WA 3NDUA 5DQCA 5P0ZA 5P25A 3I8WA 4RVJA 2Q54A 2NXDA 1GVWA 2NPHA 1D4HA 4Y56A 5P0UA 5P5IA 5P0TA 3SO9A 2I0DA 4RZ1A 3FKTA 4RCDA 3FV3A 5P1IA 5P2QA 1F34A 3TPJA 5OZWA 1TSQA 4LHHA 2ZJNA 1TSUA 3HW1A 5P0CA 4EXHA 5COPA 2JJIA 5P84A 4I8WA 4YE3A 5P10A 3KDDA 3KFRA 4OBZA 1Z1HA 4Y5MA 1PPKE 2XFKA 5DQ4A 3PBZA 1RQ9A 5P4HA 4EP2A 2I4DA 4FE6A 4Y35A 4KB9A 4F74A 5P2VA 2Q15A 1Z8CA 2VJ7A 5SXNA 2R38A 1B6KA 3ECGA 4Y5CA 1PSOE 1TW7A 2QZXA 1HTFA 1M4HA 2G27A 2P83A 3ZKQA 1PFZA 3DCRA 3HAWA 3OU1A 4LC7A 5P4WA 3JVWA 3IAWA 2HS2A 2IKUA 3D91A 2QNPA 2PH8A 2AVSA 3BVAA 3C9XA 3PSYA 1APVE 4EQ0A 3KT2A 3O9BA 4Y3EA 5P18A 3UTLA 4XXSA 3PMYA 5P35A 1VIKA 4FRSA 3UCBA 3UDJA 1BVEA 5P1DA 1ZJ7A 1HWRA 2QU2A 4Y3FA 1FG6C 1RL8A 1K1UA 4FIVA 2RKFA 2FGVA 3WZ8A 5P8UA 2O4PA 4WTUA 3UDRA 3QI1A 1BILA 4CPRA 1MEUA 4OBHA 3BC4A 3PRSA 5P32A 4L7JA 4I8ZA 5P62A 4Y5AA 1A8GA 5P4CA 3OWNA 3OAGB 3O9DA 4Y4JA 5P0MA 3MWSA 2BPXA 4QJ2A 3U7SA 3ZKGA 5P4SA 5I3YA 4Y3PA 1LF3A 3VFAA 4UPJA 2ZJMA 4Y5GA 5ISKA 3MSKA 3UDQA 4ZE6A 5P5UA 3D1YA 3O9FA 1QBRA 3PLLA 5P36A 5P7KA 2NR6A 5OYZA 4L1AA 5P5KA 3G6ZA 5P6BA 4J1HA 5P8AA 1BXQA 1BDLA 2QK5A 1B6MA 4OBJA 4YD5A 3RTNA 3QRMA 5P19A 5KR2A 4K9HA 3S8IA 3GGVA 2VIEA 3PGIA 4X7IA 3NU6A 2FLEA 3OY4A 1T7KA 5P20A 4EJKA 1CMSA 1KJ4A 1RNEA 1IZHA 3CICA 3K5FA 2AQUA 2NXLA 3QP0A 5P48A 3GI0A 3S7LA 3CKTA 3VYEA 5P5JA 4Y6MA 4DQFA 5P6FA 5P0KA 5P5ZA 3NDTA 2WECA 1GKTA 4Y5PA 5OZMA 3NWXA 3S43B 4Y38A 5P6XA 4DQGA 2G1SA 1FFFC 3HVPA 1NPWA 4GZFA 1A30A 3A2OA 5JFUA 3PI0A 3H0BA 4Y4BA 1K6VA 3SM1A 3OU3A 5P6SA 2R8NA 5P6UA 4ZSMA 1HVJA 1NPVA 2ZHSA 3EL0A 5OZIA 2PQZA 1IVQA 3EKXA 1SDTA 3SABA 2OHNA 1YTGA 4I0IA 1LF2A 5SY3A 3D20A 5DQ1A 2QP8A 1K6CA 4I0EA 2HB4A 3I25A 1UPJA 1BWBA 2AZ9A 4KE1A 1NH0A 2AVMA 5HDUA 5P0HA 1MPPA 3CIBA 3DK1A 4Y5NA 5P7QA 2XYFA 5P00A 4RYCA 1IIQA 3EC0A 2PWCA 3BHEA 3EKYA 3N4LA 2B8LA 3NU3A 5OZVA 4Y4AA 1OEWA 5P3BA 3VV7A 3TPRA 2WF0A 3SAAA 1META 5HU0A 5JFPA 4HDBA 3L38A 3TL9A 2V12C 5DR3A 1GNOA 5P0OA 4PYVA 3IN4A 4DFGA 1YG9A 4D8CA 3UFNA 3KFPA 1W5YA 3KFNA 3SA8A 1C6YA 5P43A 4GJCA 5P6JA 3OXXA 4CKUA 4DJPA 2ANLA 2WHHA 3K5GA 5DR8A 1NPAA 4LAPA 5P23A 3B7VA 3VLBA 2V10C 1MTRA 4I0HA 4FM7A 5P1EA 3O9LA 5OZEA 2R5PA 5HE7A 1XL5A 5P2AA 1HPXA 2FDEA 1KJ7A 4U7QA 3OQ7A 5P50A 1HXBA 3K5CA 5P3GA 1EBZA 5P4JA 4GJ9A 1AXAA 2HPEA 3MXEA 2ZE1A 2F3KA 2ER6E 1FIVA 5KQFA 3EKPA 3Q70A 1HXWA 2FNTA 2WEAA 1AJXA 1AAQA 2AOJA 1SDUA 4OC6A 5P3UA 1K1TA 2I4QA 2V11C 4LXMA 2B42A 5P7DA 3EL5A 3OQAA 3SACA 5P4AA 5P0DA 4H3GA 1TCXA 3LZSA 3T7XA 4EYRA 4Y3DA 3INHA 2QI4A 3DJKA 4I12A 5P7PA 2PYMA 4FSEA 2OF0A 5P1PA 4KE0A 5DGUA 3VF3A 4EHCA 5E5KA 1GNNA 2CEJA 3APPA 3ZKMA 5OZXA 5P03A 5P70A 4JP9A 1XDHA 5P80A 3DCKA 4LL3A 4D88A 3KF0A 2J9JB 3SFCA 3PJ6A 5P37A 1HTRB 1AZ5A 5P73A 2QNNA 1AIDA 2V16C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PHV A;  3BXR A;  2G20 A;  3URJ A;  4J17 A;  5P3S A;  1FQ5 A;  4Y51 A;  4YOA A;  4D89 A;  5P53 A;  2FNS A;  1W5X A;  2AVO A;  1DMP A;  3EKW A;  3O9E A;  4JOO A;  3HBO A;  4NPU A;  2PSV A;  5P28 A;  1LYW A;  3UDN A;  3S45 A;  5P16 A;  4FCO A;  5BRY A;  5I70 A;  2RSP A;  5P3Y A;  2AOC A;  4GID A;  1T3R A;  1TQF A;  2OHT A;  3L5C A;  3ZLQ A;  3ZPU A;  5P0F A;  4Y3T A;  1W5V A;  4Y53 A;  1MT9 A;  2V13 A;  5DPZ A;  5IVQ A;  5P1R A;  1ZPA A;  2AID A;  4FAF A;  5P27 A;  5BWY A;  2IDW A;  2FS4 A;  3OXC A;  4ZSR A;  1AJV A;  5P17 A;  2QNQ A;  2ZJK A;  4J0T A;  2PC0 A;  4Y5E A;  5COK A;  4DQC A;  5T4S A;  3OUD A;  4YCY A;  1RV7 A;  5P8C A;  2P3B A;  3SPK A;  3T7P A;  1IBQ A;  3UFL A;  2AVV A;  3KA2 A;  1MRX A;  3BUG A;  4Y3R A;  1LYA A;  2WL0 A;  3GW5 A;  4X2L A;  4OBD A;  5J25 A;  1HVK A;  2ZGA A;  4TRY A;  3T3C A;  3O9I A;  3S2O A;  3SLZ A;  3IXK A;  5OZF A;  3PSU A;  3ZOV A;  1IZE A;  4ZLS A;  5DR0 A;  5P66 A;  4EJL A;  5P4U A;  2PMA A;  2BPW A;  3HAU A;  3FSM A;  1LF4 A;  5P2U A;  5OYR A;  2Q3K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1BWA A;  5AHC A;  2B7F A;  2I4W A;  1HSG A;  2FIV A;  4FLG A;  3PMU A;  3OAD A;  1MIQ A;  3UQU A;  4HDF A;  1XS7 D;  5P78 A;  5P7E A;  3F9Q A;  5OZ1 A;  2WED A;  5DR4 A;  5P82 A;  3T6I A;  1FMB A;  4TRW A;  1FB7 A;  2QCI A;  2VIY A;  3DV1 A;  2IKO A;  5P68 A;  4D83 A;  2JE4 A;  4OC6 B;  4NJS A;  5P2Z A;  4CP7 A;  2F80 A;  2PK6 A;  4H3J A;  5P4F A;  3OXV A;  3QBH A;  5P7V A;  4FM6 A;  4R93 A;  5ENM A;  4CPS A;  4OBF A;  5JG1 A;  3VSX A;  2ZHU A;  5HTZ A;  4Y4X A;  5P74 A;  3B80 A;  3DV5 A;  2QMF A;  3EL4 A;  2QMD A;  4YCT A;  4J5J A;  4QLH A;  5P22 A;  4YDG A;  5OZT A;  5P05 A;  5KR0 A;  3VFB A;  2ZJL A;  4QJ9 A;  5P2K A;  5P3X A;  5OZ5 A;  1B6L A;  3QRV A;  1ZSF A;  5P0Q A;  3BUF A;  4DQE A;  5P4Q A;  4B0Q A;  4N00 A;  3APR E;  2PSG A;  2HIZ A;  3UF3 A;  4FS4 A;  1Q9P A;  2G1N A;  5P11 A;  3PM4 A;  3HVG A;  1AM5 A;  2FGU A;  5P6A A;  5P5A A;  2QI0 A;  2WF3 A;  3FNU A;  5P0R A;  3ST5 A;  2ER0 E;  3UQP A;  1EC3 A;  1SIP A;  2JYS A;  3QAA A;  2ASI A;  5P5R A;  3BGC A;  5P0Y A;  5P6D A;  5AH6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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