5P6UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 291
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6uA01
3O9GA 5AHCA 4WY6A 5P3KA 4FS4A 3OQKA 4OBGA 4RCEA 4FAFA 3NR6A 4Q5MA 4LL3A 3APPA 2ER6E 2UY0A 1T3RA 5P2HA 1ZLFA 2Z4OA 5P4LA 3O9IA 4Z4XA 5P05A 4RZ1A 5OZFA 4TVGA 3LZYA 2ZYEA 2QD7A 3K5FA 3PBDA 1K6VA 5P1LA 5P0NA 1PSNA 5P27A 2RSPA 4RRSA 5DR8A 5P2EA 1AZ5A 5P36A 5TOLA 5P2JA 4EWOA 3NDWA 1HOSA 5P1RA 5P7ZA 3L5DA 4OBZB 1T7KA 5P2QA 1B5FB 4J54A 3BVBA 3IVIA 5P84A 5OZDA 4JECA 4Y4DA 1APUE 5P1BA 4L7HA 5OZ7A 1GKTA 4Y3EA 2ZDZA 2AIDA 2WF3A 1APWE 2UXZA 1Q9PA 5P49A 4KE1A 3OUCA 2F80A 2Q54A 3SO9A 2AVQA 1UH9A 2O4NA 3PGIA 4ZSPA 5HU0A 1MRXA 3VG1A 1ZJ7A 5P5HA 2VIYA 4J17A 5P8GA 4GJCA 1FFFC 2MIPA 5OZRA 3WZ7A 5JFUA 3VUCA 5OYYA 2FS4A 5P3NA 1A94A 4JPCA 9HVPA 2P83A 4AUCA 1W6IA 3EBZA 1T7IA 1W51A 4H1EA 3OHFA 5P0XA 3WZ8A 2P3AA 2IQGA 5P2FA 4I0FA 5OZWA 5P45A 5P73A 5CONA 5P8TA 5P5UA 3PSUA 5P42A 1BAIA 3VSXA 1G6LA 1Z1RA 4Z2ZA 1MUIA 3IAWA 5I3VA 1VIKA 5P1IA 3OU1B 5DR4A 2R8NA 4CPUA 4GIDA 3Q4BA 1MT9A 4FM7A 5P61A 4RVJA 1HIIA 3NU5A 5P3TA 3O9DA 4PPHA 5HDZA 4PZWA 5P7PA 5P58A 4CPTA 2J9JA 5DPZA 3VV8A 3EM6A 3PEPA 4NPTA 2AZ8A 4QJAA 4TVHA 5DQ5A 4Y3RA 1GNOA 4YD7A 3EC0A 1HVSA 5P14A 4DJWA 2G1OA 3DV1A 3RU1A 2V0ZC 3BUGA 1OHRA 4NJTA 5P13A 4L1AA 3FNTA 1HIVA 5P5VA 3T11A 4Y5LA 3ER5E 5P0HA 4Y45A 5P5KA 3UQUA 1LYWB 5P2VA 2HM1A 5P8NA 5P6VA 3IXKA 1FGCC 2Q11A 4OBJA 4COEA 5P09A 4WY1A 3IVHA 1HTEA 2RMPA 3KT2A 5P82A 4DI2A 4I12A 3APRE 5P78A 4FCOA 1RL8A 5OZBA 2BPXA 3HW1A 2PC0A 5P5LA 3QRVA 4AZYA 1APTE 1SBGA 3U71A 5P10A 4J1HA 2PH6A 4DFGA 2R5QA 4RCFA 4R5NA 1FG8C 2AOGA 5P7QA 5P65A 6UPJA 5JG1A 2CEJA 3EKQA 5P08A 4EP2A 4RRNA 5OYXA 3BRAA 2QI6A 1MTBA 5P4YA 3QPJA 5P59A 3VV7A 2VIZA 3GI5A 2AOCA 5P35A 4L7JA 1XS7D 4EXHA 5EZZA 5P6SA 5I3WA 5P5AA 5BWYA 3QVCA 4FIVA 5P7OA 2AZCA 2VNNA 4B1DA 2QZLA 4NJVA 5KOQA 1D4LA 2J9KA 4Y3FA 4CPWA 3R2FA 3EM3A 1QBRA 3PLDA 5P2WA 4FAEA 1F34A 4YHQA 5P3UA 5P19A 2QI1A 4Q1XA 3CKRA 2WF0A 5P46A 1OEXA 3KT5A 4GJAA 3UF3A 4Y5BA 4OBFA 4Y3JA 5P5PA 3SA7A 2VIJA 5P0KA 2QCIA 3RVIA 5P4IA 3O9EA 4Y4GA 5P64A 3OXCA 3T3CA 1HXBA 2P8HA 3HAWA 5P2ZA 4ZPEA 3BGBA 4DQBA 4CPXA 4Q1NA 1B6JA 3OTYA 1HBVA 5P29A 5P6OA 2ASIA 4PEPA 1E82E 2FIVA 3UDMA 4S1GA 3UTLA 2ER0E 5KR0A 3D91A 3KFSA 5P1TA 2PYNA 4YCYA 1UPJA 5P3HA 5OZPA 3FIVA 2VJ6A 5SY2A 4K4RA 4QJ2A 1K2BA 5P7MA 3BGCA 5P6ZA 5DQ4A 5HE7A 1D4YA 2O4KA 5P3PA 5P6BA 3S43A 2BPWA 4OBKA 4A4QA 3ZKIA 3EL5A 2ER9E 4GJ8A 2AVOA 2QI3A 4J0YA 4Y5GA 4GZFA 3LINA 5P0CA 3NU4A 5P7CA 2G20A 3RSXA 3TLHA 5OZYA 3BUFA 3OGPA 3NUJA 4BELA 5P0OA 2O4LA 4ACXA 3S45A 5P40A 2WEDA 5P2KA 3LIYA 5KQFA 4Y54A 3U7SA 2SAMA 2G27A 4N00A 2WHHA 5P0QA 3O9AA 5P6HA 3OXWA 2NXMA 1HVJA 5OZZA 1HVLA 5P5TA 5P7HA 3G70A 5KR1A 1ODWA 1TCWA 3U6AA 3TKWA 4YCKA 4I1CA 4LBTA 1PFZA 5P6CA 5P4NA 1IZIA 4I8ZA 4Y5AA 3K1WA 1E81E 1XL5A 3ZPUA 4I0HA 4Y3YA 2ZHSA 5P4KA 1FKNA 1XE5A 2JYSA 3VFBA 2QHZA 5P33A 1YTGA 3ZPTA 4CPQA 2XYEA 1LF4A 3NU6A 2ZJKA 2IL2A 4TRYA 4Y4WA 4J0TA 5P17A 1B11A 5COOA 3INHA 5P6RA 4Y3HA 4J5JA 2NMZA 3N4LA 1K6TA 3PSGA 1HIHA 3NU3A 5P37A 5P5SA 2VIEA 5P71A 3INEA 4Y38A 1KJ4A 4GJ7A 2QZKA 4LXAA 5P6XA 5P75A 1LF3A 5P48A 5P1QA 1FEJC 5OZGA 5OYSA 5P6PA 5P74A 3D1ZA 5OZSA 1SP5A 2VKMA 4YE3A 4R8YA 5OZ1A 5KQYA 2AQUA 2B7FA 2FNTA 3UHLA 2UPJA 1RV7A 5P4HA 5P32A 4APEA 3S7MA 1HHPA 3EM4A 1W5XA 1AM5A 3QAAA 4WTUA 3BXRA 5P52A 3DCRA 5P00A 5P47A 2AOEA 3QROA 5P4SA 4Y48A 2QD6A 3OY4A 3SABA 1DAZC 2IGXA 4D83A 3OU3A 4D8CA 2VJ7A 4Y50A 5P1HA 2QZWA 3NSHA 3VSWA 3QIHA 4AA8A 3OU4B 5P7XA 3KFRA 4PZXA 5P7KA 1G35A 3OHHA 4RGHA 5P5WA 5OZTA 5P62A 5KQZA 4M8XA 2VA6A 5JODA 5P12A 1E80E 2ZJNA 3GGUA 5DQCA 1LYBB 2B60A 3OOTA 1LYAA 4L6BA 3EL0A 4K4PA 2NNPA 1SDVA 4RVXA 4Y3NA 1SGUA 1YT9A 3PI0A 3AUPA 1W5WA 1QDMA 2QI4A 3CKTA 3OWNA 4YOBA 3URJA 2ZHRA 4KUPA 2V16C 3UDKA 4PHVA 2F3KA 5P0FA 4GB2A 3PCZA 1IZEA 5BRYA 1HPXA 3LZUA 5P5EA 2OHTA 1FMUA 5OZ0A 1AIDA 4B78A 1ZBGA 5P7WA 3PMUA 3L38A 2I4DA 2NMYA 4GJ5A 3G72A 5DR0A 1IVPA 5P7NA 4DV9A 3UDYA 2G1SA 4YD5A 1ODYA 4ZEAA 5OYTA 5P2XA 4F76A 5ENMA 4FRKA 2FGVA 3SA5A 3QBFA 4YBIA 4D88A 5HCTA 5P80A 5P63A 5P4QA 2HAHA 1F7AA 3BHEA 2FDEA 2V00A 3GI6A 2CEMA 3EKWA 5OZAA 5IVTA 5OZJA 3UDQA 5J25A 3WSJA 3H0BA 2XYFA 2NR6A 4EQJA 1HTRB 3GI0A 4ACUA 3LIZA 4MC2A 3VF7A 2G1NA 1DW6C 3CIBA 1D4SA 3UDHA 3UFLA 1PPKE 5P0MA 3I6OA 2I4UA 3VYFA 5P7LA 2AVMA 5P83A 1J71A 5P1AA 3SA3A 2WKZA 5BS4A 4Y4BA 3JVWA 3OGQA 3L5FA 1ZAPA 1A30A 4MC9A 3RTMA 4Y43A 5P3BA 3S85A 2QZXA 1DMPA 1HXWA 4I0DA 1SIVA 1IZHA 5DR3A 5OZOA 2IEOA 3OTSA 4NJUA 3DCKA 3OXVA 4I0ZA 4FRSA 4OBZA 3LZSA 3TL9A 4J1FA 5P8IA 5OYQA 3ST5A 3WB4A 4MC6A 2WF2A 3IN4A 3QS1A 5P8BA 4RROA 3S53A 1QBTA 4J0PA 1Z1HA 5F00A 4DUSA 1FQ4A 4PYVA 4AA9A 3OOZA 5P1OA 2HS2A 2P3DA 5P67A 3DUYA 5OZLA 4Y53A 2JJIA 2O4PA 2J9JB 3KDBA 2JE4A 5P0JA 3JW2A 4GMIA 1FQ5A 5F01A 2QNQA 1UH8A 5P34A 1MIQA 2V12C 2PMAA 4LXKA 4YA8A 1BVEA 1QBUA 5P0AA 5P5XA 2WF4A 1BDQA 3INFA 3PHVA 4NJSA 3ZL7A 1EPRE 5P8EA 4L1AB 2O40A 1BDLA 1EEDP 1EPOE 1NPVA 5FIVA 5KR8A 4LP9A 5P0EA 2BKSA 4KE0A 2QNPA 1E5OE 5P4BA 5HE4A 5P3FA 1PSAA 3SA6A 3R0YA 4DJQA 3WB5A 4EXGA 3QBHA 3RTNA 4Y47A 4Y36A 5P11A 2BJUA 3PWMA 2HS1A 5SZ9A 3EL9A 4R93A 5OZ6A 2NXLA 3TH9A 4EJKA 1HEFE 5P50A 5P8RA 4YOAA 1OD1A 5P1UA 4DVFA 3HD8A 2P3CA 5P4AA 4J0ZA 5P4UA 1RPIA 2ZJIA 4TRWA 2R38A 3OUDA 4Y9WA 5P15A 4I0JA 5P89A 4DQHA 4Y57A 1ZPKA 4JOOA 1YTJA 1AXAA 1VIJA 3INDA 3KM4A 1HTFA 5P2NA 1B6KA 1HTGA 4DPIA 4F73A 3PCWA 4TRZA 3TNEA 4Z50A 3VYDA 5P6FA 2PYMA 3KDCA 4QGIA 4Y44A 5P77A 1MRWA 1HVRA 5P7SA 4A6BA 1Z8CA 2A4FA 1LYWA 4EHCA 5P3QA 3TPJA 5P57A 3ZKMA 5SY3A 3VLAA 2B8VA 4YDGA 5HU1A 2AODA 5P1EA 2G94A 5P5MA 3OQAA 5HE5A 3OK9A 5P7RA 1RNEA 3SA4A 2Z54A 5P0UA 3HDKA 4H3GA 4ZLSA 1MEUA 2Q5KA 3O9CA 5P22A 5P6MA 5P6UA 1MT7A 3GI4A 4CPSA 1HSHA 4A6CA 1EPNE 4OC6A 5P8KA 5P0BA 3D1YA 1SH9A 5P06A 2A1EA 3PB5A 1WBMA 2QMGA 2WECA 5P1ZA 1FF0C 3SPKA 4B1CA 3EL1A 5HDXA 4FL8A 4EJDA 5P3MA 1BILA 4Y3PA 1PPME 1XN2A 3T7QA 1EBWA 1MESA 1GVVA 5P7FA 2B42A 8HVPA 4H3FA 4Y5MA 3SFCA 5P70A 1PSOE 5P55A 2G26A 1FMBA 5P5IA 4CMSA 4Y3ZA 1SDUA 1T7JA 3S43B 1EPPE 3UDJA 3SKGA 4QJ7A 3LPIA 3SM2A 3JVYA 3GW5A 4YD4A 3NXEA 5P1FA 1EAGA 5IE1A 1QS8A 2V13A 3R0WA 1IVQA 2PWCA 2IENA 2QI5A 3SLZA 2PWRA 1HWRA 5DR7A 3T7XA 5COKA 4JP9A 1OEWA 2I4WA 2IGYA 2HPFA 1EPLE 5P3IA 1MSNA 5IVRA 1TW7A 4K4QA 1KJGA 2HC0A 3BUHA 4I0IA 1EBYA 5P4GA 4DJVA 5P1CA 3SAAA 3BC4A 3BXSA 1LZQA 4GJDA 5P04A 4XKXA 5OZEA 5P2DA 5T4SA 1W50A 5P31A 1WKRA 4B05A 5I3YA 3ECGA 1W5VA 1M0BA 1BV7A 4CKUA 3OADA 4H3IA 3KMXA 4IVTA 1MERA 2BB9A 1D4IA 1MVPA 2WEZA 3S56A 1LS5A 2AOHA 3VYEA 4EYRA 5P8OA 4OBDA 3RSVA 1C6ZA 2B7ZA 1BVGA 4Y3SA 2JXRA 4RLDA 5P03A 5P1KA 5P4EA 3SA8A 2PSUA 3UDRA 4Y5EA 1SGZA 5I3XA 5P3ZA 2WF1A 4HZTA 2PSGA 2IDWA 5P4FA 4Y4XA 3PVKA 4DH6A 2APRA 2WEBA 5P81A 5P6GA 2H6TA 3PJ6A 3KYRA 5P56A 4EP3A 1DP5A 4FLGA 1GVXA 3Q5HA 5P8LA 4U8WA 5P8PA 5P0VA 1EPQE 1K2CA 5P3OA 4I0EA 5P5NA 2V11C 3KF0A 2G22A 4K9HA 5OZCA 2PQZA 4ER2E 1ZSRA 3MSKA 3QP0A 4K8SA 1BWBA 3EKXA 5P3YA 2NNKA 2FXDA 4Y5NA 5HDVA 2Q55A 5P38A 3TPLA 5P7AA 3D20A 3G6ZA 5P53A 5P20A 5KAOA 1SDTA 4YCTA 1FQ6A 3BVAA 4Y3DA 4Y3WA 2OHSA 5HVPA 1AAQA 5SXNA 5OZXA 3VV6A 5P43A 5P8HA 1KJHA 2R3WA 5P6DA 3S54A 2QHCA 1EC2A 5P0WA 3NXNA 4OD9A 4Y3QA 5IVQA 2BKTA 3PLLA 1CMSA 4DQEA 3UCBA 3N3IA 2OHNA 4J0VA 1NSOA 1U8GA 4ZSQA 3URLA 3OQFA 4HDFA 5P4JA 1W5YA 5P0GA 3CMSA 3L5EA 1LYAB 2FXEA 4HDBA 5P87A 2IKOA 5P4ZA 3B80A 3NDUA 4QJ9A 4Y5PA 3DK1A 3QVIA 1T6GA 2BPVA 5UPJA 2P3BA 5P1SA 3OAGA 5HCOA 5P2UA 5P4OA 4Y3XA 1HVKA 5AH8A 4I0GA 5P4MA 5P7IA 5P5OA 1EBKC 5P51A 5OZNA 5P2IA 5P6QA 4FSEA 4J1EA 2VS2A 3URIA 2QU3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9G A;  5AHC A;  4WY6 A;  5P3K A;  4FS4 A;  3OQK A;  4OBG A;  4RCE A;  4FAF A;  3NR6 A;  4Q5M A;  4LL3 A;  3APP A;  2ER6 E;  2UY0 A;  1T3R A;  5P2H A;  1ZLF A;  2Z4O A;  5P4L A;  3O9I A;  4Z4X A;  5P05 A;  4RZ1 A;  5OZF A;  4TVG A;  3LZY A;  2ZYE A;  2QD7 A;  3K5F A;  3PBD A;  1K6V A;  5P1L A;  5P0N A;  1PSN A;  5P27 A;  2RSP A;  4RRS A;  5DR8 A;  5P2E A;  1AZ5 A;  5P36 A;  5TOL A;  5P2J A;  4EWO A;  3NDW A;  1HOS A;  5P1R A;  5P7Z A;  3L5D A;  4OBZ B;  1T7K A;  5P2Q A;  1B5F B;  4J54 A;  3BVB A;  3IVI A;  5P84 A;  5OZD A;  4JEC A;  4Y4D A;  1APU E;  5P1B A;  4L7H A;  5OZ7 A;  1GKT A;  4Y3E A;  2ZDZ A;  2AID A;  2WF3 A;  1APW E;  2UXZ A;  1Q9P A;  5P49 A;  4KE1 A;  3OUC A;  2F80 A;  2Q54 A;  3SO9 A;  2AVQ A;  1UH9 A;  2O4N A;  3PGI A;  4ZSP A;  5HU0 A;  1MRX A;  3VG1 A;  1ZJ7 A;  5P5H A;  2VIY A;  4J17 A;  5P8G A;  4GJC A;  1FFF C;  2MIP A;  5OZR A;  3WZ7 A;  5JFU A;  3VUC A;  5OYY A;  2FS4 A;  5P3N A;  1A94 A;  4JPC A;  9HVP A;  2P83 A;  4AUC A;  1W6I A;  3EBZ A;  1T7I A;  1W51 A;  4H1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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