5P6VA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 292
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6vA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6vA01
3TPRA 5P65A 5AH6A 2WJOA 2ZJIA 2AVQA 2SAMA 4Y5MA 5P7WA 3SABA 1IDBA 3IXKA 3VEUA 3OXWA 1EC1A 5TOLA 3PGIA 5BRYA 4K9HA 5P0MA 1MT9A 4Z4XA 3ZMGA 3TTPA 2VIYA 3S45A 5P0SA 3IAWA 4Y3DA 5P2AA 5P4TA 3ECGA 5P7KA 4GB2A 1HXBA 3BGBA 1HSHA 1B6KA 4PPHA 3SQFA 3PWRA 3NUOA 4QJ9A 5P34A 1BXQA 1XE6A 3CIDA 2I4QA 4R95A 3LIXA 3NXEA 2Z54A 1FFFC 1ODXA 5P5VA 7UPJA 3SAAA 4I10A 1YG9A 2B42A 4R93A 1XL5A 2XFJA 3CYWA 3HLOA 1YTHA 1GNMA 1NSOA 1FB7A 3PBDA 5OZ2A 5P5FA 2AOIA 4AUCA 5DR7A 3QRMA 4B1CA 1HEFE 4Y3FA 1T3RA 5P87A 2BB9A 3OADA 5P50A 4F76A 5OZUA 2WECA 3PCWA 4RYCA 3IXOA 4J0VA 3EKPA 1HSIA 1PSOE 3DJKA 1XL2A 5P24A 3OXVA 1MEUA 2Z4OA 5P8SA 4DJOA 2ZHVA 1FEJC 3EKVA 4PZWA 4OD9B 2NXLA 4DJUA 4FRSA 5DPZA 5P0YA 3AIDA 5OZKA 4EQJA 3H0BA 4Y4WA 4EXGA 3L5DA 1A9MA 2HPEA 4YE3A 4L7JA 2NXMA 3TPJA 5P11A 4B78A 1LZQA 2NNKA 5P1YA 3CKPA 5P53A 5SXNA 3OOTA 5OYSA 4GJ7A 1AZ5A 4IVSA 5OZWA 5P5MA 3HBOA 2PSVA 1BWBA 2OF0A 3ZPTA 3JVWA 2BBBA 5P2NA 1EBYA 2WL0A 5P5ZA 5P4IA 3S7MA 4JPEA 2BQVA 1RQ9A 3R0WA 5P2VA 4FLGA 4ACUA 5P8QA 3FNUA 1A30A 1HTGA 3GW5A 5P7XA 3LIZA 5HE5A 4FS4A 2WF4A 2ZJKA 3B7VA 1BBSA 4J1HA 4DQCA 2QAKA 1FGCC 2BKTA 1HIIA 3EKWA 5DQCA 5OZYA 5P2BA 3LINA 5T4SA 3VSXA 1YX9A 2QHCA 1W51A 4Z22A 2ZE1A 4ER4E 3TH9A 5P3KA 5P7UA 1MUIA 4CP7A 4UPJA 1LF4A 5P52A 4CKUA 3BVBA 5P89A 2ER7E 3OQAA 2G26A 5P8PA 5JODA 1EBKC 4Y3EA 2R5PA 4LC7A 3EKTA 3LIYA 5P6AA 1HWRA 2VJ6A 4HEGA 2F3KA 3WSJA 4Y3XA 2HB2A 5P1JA 5P19A 3LHGA 4L6BA 1MT7A 2QD8A 4H3GA 1SDVA 4Y3RA 4Y4TA 5P1TA 3GGVA 5P75A 1FG8C 2G69A 4J0YA 4FRJA 2NNPA 3EM4A 5P2EA 5P4VA 3Q4BA 5P4DA 2VKMA 1HVSA 5HCOA 5P16A 3VSWA 2VJ9A 5P6JA 1GNOA 4I11A 5OYVA 2WF3A 5HU0A 1PPKE 4H3IA 5ISJA 1HHPA 3VF7A 4YCKA 2H6SA 2A4FA 5OZVA 5OZPA 5P80A 5P2FA 3DK1A 4L1AB 5AHCA 5P3MA 3OXXA 4I0HA 5SY3A 4Y54A 4J54A 1D4IA 3BUHA 3DUYA 1EPME 3ZKSA 3T7PA 2A1EA 5P29A 2P3CA 5KQZA 1LS5A 3LZSA 1MPPA 2XYFA 3KFNA 3AUPA 2VJ7A 3OU1A 1F34A 1HVRA 2PQZA 2JJIA 4OBDA 4R5NA 5AH8A 2ER9E 5P5WA 1NH0A 5SZ9A 3KDDA 5P8MA 4I0IA 4ZSRA 3SM2A 4JOOA 6FIVA 2RKFA 5P1LA 3ZKIA 5JFPA 2V16C 3NLSA 4H3JA 3RSXA 3FIVA 5P45A 1D4JA 3HD8A 4DJRA 4D88A 5OZGA 4Y3ZA 5IS4A 1TZSA 3EMYA 1MESA 5P23A 3NU9A 4RZ1A 1GVTA 1Z1HA 2OHTA 3T6IA 4J1EA 2O4LA 4YDFA 1K1TA 5P4YA 3O99A 5P17A 1HOSA 4NPTA 4GJAA 3Q70A 5P0BA 1FF0C 1NPAA 3BUFA 5P3UA 4Y50A 3OK9A 2BKSA 2QNPA 2PYNA 3S8IA 5JG1A 4LXKA 3OUAA 2ER0E 2NMYA 4Y5CA 4DFGA 5P44A 1BILA 5P3PA 4LHHA 3VV7A 4GMIA 4I12A 4HZTA 1SGZA 5P06A 3L5CA 5P1QA 3HW1A 4B0QA 3SA5A 4FE6A 5KQXA 2IEOA 5P6DA 3VUCA 3I25A 4OBZA 4CPWA 5P36A 2QI5A 3O9LB 1SMRA 4DQGA 3SKGA 4KUPA 3WZ8A 2HS1A 1M4HA 1ODYA 4QGIA 4ZLSA 4XX3A 4Y37A 3UDNA 3KF0A 5BS4A 1FFIC 5P35A 5P0DA 1FMXA 1HIVA 1YTJA 3NXNA 3ST5A 3FKTA 1IZDA 1ZAPA 2G21A 5P2HA 5P7CA 1GKTA 1EPQE 3G72A 4L7GA 3PSGA 2QZXA 4B70A 1MTRA 2AVVA 2BPZA 5P66A 5P0KA 1D4LA 2UY0A 5P3VA 5P3YA 3IA9A 5P0WA 4JPCA 1FQ7A 5P3GA 4Y4BA 3APRE 3UDYA 4Y3QA 1JLDA 1IZEA 1PPLE 1W5VA 2OHRA 4Y3SA 2WF0A 5I3VA 1T7JA 5CONA 5P5YA 2QI4A 3R0YA 2HB3A 1EPRE 5P8DA 3I6OA 5P2LA 3T7QA 4ZPGA 2I4WA 4GIDA 1LEEA 1TCWA 3IN4A 4Y5BA 1MERA 4FL8A 4Y3NA 5P79A 1W5WA 5P20A 4Q1WA 5P2OA 5KAOA 4Z50A 3TKWA 5P8GA 1F7AA 3FX5A 2IL2A 3VYFA 2ZHSA 3KT2A 3D91A 5DR1A 5OZ8A 2Q63A 4YBIA 5KQYA 5P4ZA 1C6ZA 4FSEA 1M0BA 1OEWA 3T3CA 5P7DA 2R43A 3B80A 3VYDA 3SA8A 1E80E 2FXDA 3ER5E 5HDVA 5P1BA 1D4YA 3LZVA 4ZE6A 5EZXA 1DP5A 2ZJLA 4FRKA 1APVE 3O9FA 4DJPA 4J1FA 5P3TA 2JJJA 5AH7A 2AZCA 5P56A 4Y4GA 2FMBA 4Y5NA 5P57A 1FIVA 2UXZA 2RMPA 2F80A 5P81A 1DPJA 1ZPAA 3ZKMA 2AOHA 1Q9PA 1E81E 1E82E 2QMGA 5C9BA 4I0FA 5P58A 5DQ1A 2O40A 4H3FA 5P64A 3EKQA 3CKTA 5P6RA 1K6CA 1MRWA 4FM8A 5ER2E 2G1OA 4TVGA 2QP8A 5P1AA 5IVRA 5IVQA 5P18A 2F3EA 4GJCA 4ZSQA 1UH8A 5P2SA 5C9FA 1NPVA 4Y5KA 4NPUA 4GJ9A 3GI6A 3EC0A 4J0TA 4RCEA 5P83A 1SBGA 5P2RA 2B8LA 3GI4A 1YM4A 2XFIA 5P0HA 4Y3JA 4Y4DA 3TOHA 3IVIA 3PCZA 2WHHA 5P63A 4ACXA 3OUBA 5HDXA 5P0XA 2FGVA 4J1CA 4KE1A 5P0GA 5P0ZA 4MC2A 1W5YA 2FXEA 4I0DA 4OBKA 1EBWA 4DV9A 3DCRA 5DR3A 3KFSA 5OZHA 2QNQA 1SDTA 5P3FA 4Y3WA 5OZ9A 1LYBB 5EZZA 3O9CA 5P55A 4XX4A 1HVCA 1HEGE 1GVXA 1B5FB 5BWYA 2PWRA 3KA2A 4Y51A 1OD1A 5P4RA 5P1DA 3INDA 1HVLA 4DQHA 4LXMA 4YA8A 1MTBA 3K4VA 1WBKA 3OXCA 3OUDB 3L5FA 1ZSRA 5P5TA 5P59A 5P2JA 2PSGA 4CPQA 1SIVA 4RGHA 5DR8A 5CLMA 1ZBGA 5P2DA 4WY1A 4ZPEA 5OZCA 5SY2A 2OHKA 4YOBA 3HAUA 4A4QA 4DVFA 2PMAA 5P3DA 2AZ8A 3IVHA 2I4DA 4AA9A 4WTUA 5OYUA 5P5GA 5P76A 1FKNA 3PM4A 7HVPA 2CEMA 5P12A 4I1CA 2V12C 5P5RA 1FQXA 4L7HA 3LPKA 2BPWA 4COEA 4AZYA 1BDLA 1HVHA 4PHVA 4DJXA 5P3HA 1APUE 3NU3A 2OHSA 5JFUA 5P7VA 1KZKA 3QAAA 2WEDA 5P08A 1QDMA 2VIJA 4L1AA 4ER1E 3QRSA 1N49A 3L5EA 5P8KA 5P3EA 1A94A 1E5OE 5P51A 2AOJA 5J25A 3D20A 3QP0A 5P1MA 5P0RA 2ZDZA 2H6TA 3FSMA 3HVPA 5P5EA 4DPIA 3KDCA 2B60A 1BDQA 2IGYA 2Q54A 2ZJHA 4OC6A 4BFDA 4J0ZA 1T7IA 1B6LA 4Y3HA 3A2OA 5OZZA 2ASIA 5E5KA 2AIDA 4Q1YA 1ODWA 5KR8A 3DM6A 3PLLA 1ER8E 5P5QA 5P5NA 5P60A 4HLAA 3NU6A 2JE4A 3I2LA 3SKFA 4ZIPA 3OOZA 5P67A 3TPPA 5OYYA 4GJ5A 1SP5A 5P2GA 3PLDA 2BJUA 4B72A 4FSLA 3EL9A 1CMSA 4B05A 5P4PA 3ZKGA 1TSUA 4RVJA 5P8VA 1EPLE 2BPYA 5COKA 2FGUA 3I8WA 2R8NA 4Y3AA 4TRZA 5OZAA 5P5IA 4HDBA 5P38A 5P1IA 5P2WA 4B77A 1RPIA 5OZ5A 4CPTA 2AZ9A 1HSGA 3TNEA 2I4VA 2VA7A 3PB5A 4Q1NA 4B1EA 3U6AA 4APRE 3SO9A 4RRNA 1HVKA 3VFBA 5HDUA 3NUJA 3TOGA 5P4MA 2IDWA 5P1GA 5P22A 3EBZA 3KFPA 1META 1MIQA 4YD3A 2PH6A 3QROA 3CIBA 3OQ7A 3SFCA 4GJ6A 1FG6C 2QI0A 3LIVA 3O9LA 5P2YA 5P2TA 4DUSA 2WKZA 5P3IA 5OZJA 5P8OA 2VS2A 1YT9A 2FS4A 5P0TA 4BEKA 5P4GA 1AIDA 1FQ5A 3VV6A 5P77A 2WF2A 4Y57A 4GJ8A 3APPA 5P0FA 3VV8A 3GGXA 3S7LA 4R8YA 5OZ7A 5P7PA 3EKYA 4JECA 4J1IA 4Y3MA 5P48A 2G22A 5P0UA 2NXDA 3OQKA 3OTYA 3R2FA 2PC0A 2WEBA 5P6LA 3UQXA 3N4LA 4CPUA 3R1GB 4Y39A 5P0AA 2O4NA 2V11C 2QMDA 5OYZA 3IGBA 2IGXA 2FNSA 2FIVA 5P3XA 5P4FA 5KR0A 5P0VA 1EPNE 5P3WA 4R91A 4QJ6A 3RU1A 2G1YA 4Y9WA 5P68A 2ZGAA 5OZ3A 3EXOA 2FLEA 2F8GA 1PSNA 3F9QA 5P6WA 3S56A 3QVCA 3SM1A 5P1PA 2I0AA 2J9JB 2ZHRA 5P4BA 4XKXA 2ANLA 1B11A 1UH9A 3BXSA 5P2XA 5P13A 5P8AA 3WB4A 3BVAA 3O9BA 4HE9A 5P28A 5P6IA 2WEZA 3JVYA 2QI3A 3OADB 5P00A 1MT8A 4Y6MA 3S43B 1HTFA 5P72A 5P73A 4Y3LA 1B6MA 2EWYA 5P33A 3H5BA 4YCYA 1SMEA 3PMYA 3EL1A 5P5KA 1LYWB 4OBJA 5P8JA 2G1NA 2NMZA 3QBFA 5AGZA 4PYVA 5OYXA 2QI6A 3OTSA 2PSUA 5AH9A 3BXRA 5P04A 4K4RA 3NSHA 3NDXA 4Y5PA 1QS8A 5HDZA 2CEJA 4Y3TA 4D83A 4TRWA 1D4KA 4ER2E 4Y4XA 3MSLA 5P07A 1FMBA 2Q64A 3UFLA 1MSNA 3QIHA 3URLA 2FDEA 5HCTA 4M8YA 2R3WA 3D1XA 4CPXA 4FM6A 2ZJMA 4K8SA 1AJXA 4Y41A 2PK5A 5P4KA 5P4JA 3IN3A 5P40A 1WBMA 1EPOE 5AHAA 1LF3A 5KOSA 3TLHA 2RSPA 5P2QA 3CKRA 3MSKA 2I0DA 3UPJA 3UFNA 1HPXA 3O9DA 1YTGA 2QD6A 4EJDA 4MC9A 1EPPE 3ZOVA 1APTE 1HTRB 4Y36A 2G24A 4NJVA 3UCBA 1EEDP 4X7IA 4BFBA 3OWNA 2Q3KA 4WY6A 5P31A 1LYBA 2I1AA 5P7OA 4F74A 2ZJJA 3SACA 1CZIE 5P86A 4YD4A 4LBTA 1B5FA 3WZ7A 3KT5A 1LYAB 5P1RA 5P6MA 5P2CA 3HZCA 5P1KA 5P0QA 1D4SA 4RCFA 3KM4A 5P3ZA 3O9EA 3G6ZA 1FLHA 2QMPA 4Y53A 4RVXA 5P6BA 4Y4EA 2G27A 2HIZA 5P1VA 4GZFA 2Q11A 3GGUA 4NJTA 3K5GA 3PEPA 2QK5A 4M8XA 2OHLA 5P0NA 4ZPFA 4QJ2A 1NPWA 1C6XA 1BV7A 3RTHA 3EKXA 3BGCA 1ZTZA 4A6BA 1HBVA 1K6TA 5P78A 4U7VA 2NPHA 1HRNA 5KR2A 5P0IA 1D4HA 1W6HA 4B00A 4K4QA 4YHQA 2VA6A 1OHRA 4DJQA 4OD9A 5P14A 5OZQA 3O9GA 1HPOA 3FNTA 2P8HA 2HS2A 3C9XA 3PMUA 1QBSA 1G2KA 5P7SA 4J17A 1QBUA 5OZ4A 2R9BA 3SPKA 2MIPA 2AQUA 5OZ0A 4YCTA 5P6FA 2OAHA 5P7YA 1APWE 5P6OA 5FIVA 5P8RA 1RV7A 5P4SA 3D1YA 4Y48A 4HVPA 4EWOA 3PBZA 2I4XA 3SA6A 5P27A 5P6NA 5P01A 4DQEA 5OZRA 4GJBA 3QPJA 5P41A 2IKUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TPR A;  5P65 A;  5AH6 A;  2WJO A;  2ZJI A;  2AVQ A;  2SAM A;  4Y5M A;  5P7W A;  3SAB A;  1IDB A;  3IXK A;  3VEU A;  3OXW A;  1EC1 A;  5TOL A;  3PGI A;  5BRY A;  4K9H A;  5P0M A;  1MT9 A;  4Z4X A;  3ZMG A;  3TTP A;  2VIY A;  3S45 A;  5P0S A;  3IAW A;  4Y3D A;  5P2A A;  5P4T A;  3ECG A;  5P7K A;  4GB2 A;  1HXB A;  3BGB A;  1HSH A;  1B6K A;  4PPH A;  3SQF A;  3PWR A;  3NUO A;  4QJ9 A;  5P34 A;  1BXQ A;  1XE6 A;  3CID A;  2I4Q A;  4R95 A;  3LIX A;  3NXE A;  2Z54 A;  1FFF C;  1ODX A;  5P5V A;  7UPJ A;  3SAA A;  4I10 A;  1YG9 A;  2B42 A;  4R93 A;  1XL5 A;  2XFJ A;  3CYW A;  3HLO A;  1YTH A;  1GNM A;  1NSO A;  1FB7 A;  3PBD A;  5OZ2 A;  5P5F A;  2AOI A;  4AUC A;  5DR7 A;  3QRM A;  4B1C A;  1HEF E;  4Y3F A;  1T3R A;  5P87 A;  2BB9 A;  3OAD A;  5P50 A;  4F76 A;  5OZU A;  2WEC A;  3PCW A;  4RYC A;  3IXO A;  4J0V A;  3EKP A;  1HSI A;  1PSO E;  3DJK A;  1XL2 A;  5P24 A;  3OXV A;  1MEU A;  2Z4O A;  5P8S A;  4DJO A;  2ZHV A;  1FEJ C;  3EKV A;  4PZW A;  4OD9 B;  2NXL A;  4DJU A;  4FRS A;  5DPZ A;  5P0Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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