5P6XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 294
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6xA01
2P3BB 3NDWA 4FRIA 3SQFA 4PZWA 1D4SA 1ER8E 5OZZA 5IVTA 1AJXA 5P2RA 1LYWB 5KQFA 5COKA 1FQ6A 2AOFA 1XE5A 3CYXA 4Y3ZA 1G0VA 2QD7A 1LF4A 5P8JA 4J1EA 5P6VA 4OC6B 1U8GA 5BS4A 1PPKE 2O4KA 1YT9A 4HZTA 5P0DA 3T7XA 3EMYA 3LITA 1PSAA 2R8NA 5P18A 3VSXA 1ZP8A 2AZ9A 2QZLA 5P6DA 4ER2E 4HDFA 3G6ZA 1B6MA 3SA6A 4DQHA 2NXDA 1EPPE 5P6PA 5OZOA 5P2GA 5P3XA 1HVCA 1ZSRA 5P2OA 5OYYA 1IDAA 2Q15A 4I12A 5P1FA 5P5FA 5P79A 1EC1A 4H3GA 2OHNA 5PEPA 3DCRA 5P8EA 4DQGA 2I4VA 5P0RA 4Y45A 1MTBA 3S7MA 3FSMA 4TVGA 3VEUA 5OZ2A 5P63A 4ZLSA 1C6XA 5OZGA 1IIQA 5I3WA 5P8VA 3TPLA 4Y3QA 2ANLA 1HPXA 2QAKA 3IN4A 4A4QA 5P6QA 3OQFA 5P08A 1HVHA 2ZYEA 4Y6MA 1HBVA 5P7TA 1B5FA 1KJHA 1GVUA 5P8AA 5P7OA 5P0NA 5P2ZA 3S85A 3IXOA 3SKFA 5DR0A 3ZPTA 5HE4A 4K4RA 5P1JA 3Q4BA 2QI1A 5P3CA 3OQKA 2Q54A 4R5NA 2AODA 4NPUA 5P5WA 3ZKMA 1EBYA 5P4BA 3R0WA 3S8IA 4EQ0A 4JPEA 5P2TA 4AA8A 5KR1A 4YOAA 5P09A 4YD7A 5P2VA 1HVRA 1PROA 5P8QA 1ZPAA 3UPJA 3EL0A 2I1AA 1LS5A 3OHHA 2R5PA 3EKQA 1BDLA 1TCWA 3Q5HA 5P0QA 1G2KA 4JECA 3KYRA 4S1GA 2HIZA 1MRWA 1Z1HA 4LAPA 5AHCA 1AXAA 5P7RA 4D85A 4Y3SA 3ZPUA 3NLSA 5P4ZA 2CEMA 1M4HA 3SAAA 3OXCA 1C6ZA 4NJTA 5P5TA 5P1EA 3O99A 3PWMA 4HVPA 5P1VA 1XDHA 5P2CA 4DJUA 1BAIA 4Y39A 4I0GA 1FLHA 1EEDP 2V16C 4TRYA 3UQUA 1IVPA 1YX9A 3HVGA 3B80A 4DI2A 3ZKXA 4X2LA 3QROA 4EJLA 3G70A 5OZBA 4YDFA 2OHSA 4DJVA 4HEGA 2FLEA 2ZJMA 2HB4A 3EL4A 4F74A 4Z22A 3PI5A 2QNQA 2Q3KA 1AJVA 1MIQA 1Z8CA 5P4YA 2AOIA 3NDXA 5P0ZA 1K2BA 3NR6A 2QI0A 5P4NA 3UHLA 5OZUA 5P23A 2QI4A 3G72A 3VV7A 1HVLA 2AVOA 2G1OA 4RCDA 3DM6A 4FIVA 4GJDA 3R4BA 5P5NA 1BIMA 1FKNA 2G1RA 3PSYA 5P39A 2I4UA 5P73A 1HIIA 1KJ7A 2PMAA 1BXOA 2R3WA 5P7HA 5P46A 3OUCA 5DQCA 2IGYA 4ZPEA 5P0AA 5P0PA 4DFGA 3KMYA 1SIVA 2QI5A 4YHQA 6APRE 3GW5A 1ZBGA 5OYRA 3K4VC 4FSLA 5OYXA 1GVTA 2R3TA 2Q64A 2CEJA 1IVQA 1VIKA 5P4IA 3UDKA 1E5OE 2FDEA 2WJOA 3SA8A 3DK1A 4ZE6A 3CICA 2J9KA 5OZRA 5P6FA 5OYZA 3SABA 5P7VA 1FMBA 5P8PA 3QI1A 4Q1NA 5P4JA 2WECA 4GYEA 5P5MA 5P58A 3PJ6A 3SA9A 3MSLA 4JP9A 5P5OA 2ER7E 5P1LA 3O9HA 4FAEA 5J25A 5P7BA 5P29A 4GJ8A 2BB9A 2J9JA 3NYGA 2F80A 5P47A 3L5DA 4FRJA 5P1WA 5IVQA 4AZYA 4I1CA 3PWWA 5OZWA 1LYAA 2V12C 3LZYA 5OYQA 4BFBA 1ZJ7A 5OZSA 2O4PA 2WF1A 1HVSA 4ZSQA 3T11A 3LPJA 3CIDA 3RSXA 3IN3A 4Y4TA 3IXJA 3O9EA 3NDTA 5OZTA 5P3QA 3PWRA 5P3MA 5DQ5A 5P8MA 4JPCA 5P5SA 3TTPA 3O9FA 1JLDA 1SGUA 5E5KA 4GZFA 1EBZA 3S43A 5P6MA 4BEKA 2G24A 2AOCA 5OZJA 1HTGA 5P3UA 1PSNA 4YBFA 4Y3XA 1ODYA 5P53A 2B42A 3OQDA 2H6TA 4Y5EA 1B11A 2SAMA 4Y5GA 1D4YA 1HVIA 5P4SA 5OZ5A 5HTZA 3UQPA 3L58A 3S7LA 5P8GA 3UDJA 1YG9A 2O40A 4EWOA 2HC0A 3ZKQA 5OYVA 4DPIA 3D20A 3DUYA 3QS1A 2OHQA 2UPJA 3KF0A 3QRMA 4EYRA 3IGBA 5P7IA 2RENA 1FEJC 1FQ8A 4L7HA 5P1RA 5ER2E 3FNSA 1OHRA 2RMPA 1BWAA 5P2FA 1QBSA 5KR0A 1T6EX 1E80E 2AQUA 5P7PA 5P8IA 5P1TA 2V10C 4ZEAA 2QI3A 3UDYA 5P60A 5OZHA 4YD5A 1W5WA 1RNEA 5P06A 1HPSA 2FNTA 2QNPA 2PSVA 4F75A 1EC0A 1FF0C 2IS0A 1W51A 1TSUA 4U7VA 5JG1A 2WKZA 4Z4XA 3O9LA 1E81E 3OADA 4Y4BA 1B6LA 3OWNA 5P0EA 3BUGA 4Y38A 5KAOA 4APEA 1DIFA 3VFAA 3K5GA 4QGIA 4Y5KA 2OHUA 1SIPA 3QRVA 4FM8A 5DR4A 2Q5KA 1MVPA 3NXNA 5JFUA 5OZ4A 3RU1A 2WEZA 4QLHA 5P6AA 2OHLA 4GJ9A 3ZOVA 3VYDA 4ER1E 5OZEA 1EPME 4J1FA 3B7VA 5OZFA 5P17A 5P0OA 5P1UA 5OZAA 6UPJA 3PMUA 4YA8A 1FQ7A 4RRNA 4EHCA 3O9AA 2ER0E 2QP8A 5P1CA 3CKPA 3OU1B 1HSGA 4CPQA 2Q63A 2Z4OA 5P51A 4Y3YA 3PCZA 3HDKA 3PHVA 3D91A 3OGPA 2BKTA 5P11A 3GGAA 2I4XA 4TRWA 1RL8A 3L5FA 2QI7A 4XX4A 3U71A 3KN0A 4DJRA 4Y3AA 3AUPA 4DJYA 1KZKA 1AVFA 2FMBA 2PYMA 3EBZA 5P5XA 1HVJA 3SA4A 1HPVA 3WZ7A 1UH7A 2HB3A 5I3VA 5P3NA 5P07A 4PPHA 1XL5A 2QHZA 4UPJA 3PEPA 4DUSA 4LXKA 1NSOA 3OQAA 5OZLA 2VJ9A 1OEWA 4DJQA 4Y5PA 4HE9A 4ZIPA 3KFNA 1APVE 5P1PA 1MTRA 5ENKA 5P0BA 4K4QA 4A6BA 4DJWA 4EJDA 5P41A 5E5JA 3KDBA 5AH7A 3GI6A 2IQGA 3EM6A 1SBGA 2F3EA 5OZ6A 3K5FA 3EKPA 5OZ9A 8HVPA 5P7KA 2ZDZA 2IEOA 3L5CA 3VF7A 3K5DA 5P33A 3VSWA 5P62A 1K6VA 3BXSA 4B1DA 5P70A 4J54A 1EPQE 3SPKA 4Y3PA 3UCBA 5P75A 1MSNA 3NU5A 1DPJA 1MT9A 4Y9WA 4Q1WA 5KQZA 2VA6A 4WTUA 5P69A 3VF3A 5P7CA 4QJ8A 2ZJHA 3EKXA 3OAGB 3OXWA 3EC0A 5P6JA 3QN8A 3WB4A 4Y3NA 5P1XA 5OZNA 5OYSA 5P2QA 5TOLA 3APRE 4J55A 2PSUA 1EPRE 2QZWA 4HDBA 5P7LA 5P3BA 4Y5LA 2HB2A 4I10A 2AVVA 2FGVA 4J0YA 3FIVA 2AVMA 5P86A 3HD8A 5P5QA 2FS4A 5P0WA 5OZCA 3S54A 3NWXA 4GJ6A 1PSOE 2ASIA 2V13A 1APUE 5P1AA 5JFPA 1AAQA 5P7AA 3HLOA 2IRZA 3DJKA 5P0JA 5P8FA 1TCXA 1IZIA 3EL5A 4HDPA 1QBRA 1YTJA 2QU2A 4WY1A 5P3HA 4Y4JA 2BPWA 4HA5A 4FM6A 4U7QA 5P3KA 2I0DA 2QHCA 3VFBA 3LPIA 2NNPA 5P2JA 3D1XA 5AH9A 5P1OA 5P38A 3NXEA 3VUCA 3S53A 1GVWA 3UQWA 2PSGA 5P8OA 3I2LA 3MXDA 5P7JA 1DP5A 1SGZA 2VA5A 3PRSA 2B7FA 3DCKA 5P2WA 2OHRA 2MIPA 2G94A 5P8KA 5P74A 3VF5A 5P16A 5P3EA 3I7EA 5P2BA 5P4VA 4Q1XA 5P4QA 5P5AA 3O9DA 5P43A 4YD4A 1A8KA 4I8WA 1MSMA 2VIZA 4AMTA 5P2HA 3RTMA 5P6HA 3ZKGA 5AH6A 4ACUA 5OZ0A 4LC7A 2QI6A 2PQZA 3T3CA 4B1EA 1BXQA 5B18A 1LYWA 2G27A 5P2EA 2ZHTA 5BRYA 5P4WA 2P3AA 4YOBA 1SMEA 4OC6A 3RTNA 3SFCA 4FSEA 4R95A 4GMIA 4PHVA 4FRSA 3URIA 3TH9A 3URJA 3SA5A 1ZAPA 5P7ZA 5P10A 5SZ9A 1XS7D 4L7GA 2OHTA 4F76A 4GJCA 5P3YA 1FQ4A 2PYNA 3UDHA 3F9QA 1PFZA 4X7IA 4YE3A 4Y43A 1K6TA 2JYSA 2ZJLA 1BWBA 3ZKSA 4DVFA 4ZSMA 4IVTA 5AHAA 2AZBA 3TOFA 1APTE 1EPNE 3R0YA 2NPHA 3VLBA 5C9FA 1TZSA 2QZXA 3OXVA 5P1NA 5DPZA 5P0KA 2AOHA 5P2UA 2HAHA 5OZYA 3EM4A 2EWYA 5P2KA 4Y4GA 5P35A 5P2AA 5P3PA 3BGCA 1GNNA 1LF2A 3PSGA 4D83A 3PLDA 5OZ7A 4FLGA 1XN2A 2VJ7A 4PZXA 4BFDA 3NUJA 5P89A 3LZSA 1HXBA 4Y56A 5P32A 5P5UA 3RVIA 5P3GA 5FIVA 2G26A 3N3IA 5P50A 5P2XA 2OAHA 1TW7A 2JXRA 4ZSPA 5P5LA 5P4EA 5P6KA 4I0EA 3TNEA 5P4XA 5JODA 1D4KA 3OXXA 5P42A 4Y36A 4L6BA 2ZJKA 3EM3A 2WF3A 4ZPFA 1C6YA 5P1IA 5OZ8A 2P3CA 4LL3A 5P59A 4F73A 4H1EA 2OHPA 2P4JA 3K4VA 5SY2A 1UPJA 1RV7A 4LXAA 1W5VA 2QMGA 2P8HA 4JOOA 1MT8A 2VS2A 1T6GA 2PWRA 3OU4B 5P37A 5P56A 1M0BA 4YBIA 5P7YA 5APRE 4Y3DA 5P52A 5P6NA 5P22A 3ECGA 1SP5A 1MESA 5P44A 1ZLFA 2BBBA 2ZHUA 2R38A 5P13A 4EXGA 4DJPA 5P19A 1PPME 1QDMA 3LINA 1FB7A 3OTSA 5P03A 1OD1A 5P84A 3HVPA 5KOQA 3BC4A 2WEAA 3PM4A 4R91A 1YM2A 2IKOA 3INFA 4OD9B 4K9HA 5P85A 5P00A 5P1BA 2OHKA 3UQRA 3EKTA 3SKGA 4Y4ZA 1N49A 2RKGA 4B0QA 3H0BA 3I8WA 5P7DA 2NMYA 3FV3A 1YM4A 4Y5NA 1HWRA 4DQBA 3BRAA 5P3DA 5P4AA 5ENMA 4GIDA 1AZ5A 5KR8A 4Y4EA 3BGBA 5P6GA 4OBDA 4Y5AA 3D3TA 5HE7A 3ZMGA 5OYWA 4EP2A 4RCFA 4GJBA 1ZTZA 1A94A 2VNMA 3GGUA 4NJSA 2WL0A 3R1GB 4Y4DA 2R5QA 4J17A 5P0GA 5HD0A 5P57A 2VKMA 3TL9A 3HAWA 5P4TA 5OZQA 5EZXA 1HEGE 4D88A 5P5BA 5KOSA 1Z1RA 2WF2A 3IAWA 3PVKA 5P81A 3PBZA 1QBUA 5HDZA 1YTGA 1BV9A 1FMXA 3EL1A 4QJ9A 4QJAA 4J1HA 5P8SA 3O9CA 4HLAA 2PC0A 4NKKA 2OHMA 5P0LA 5P0HA 1ZSFA 3TPPA 1EAGA 1SDVA 3BHEA 1FFIC 3INEA 3PMYA 5P5KA 2PH8A 3S45A 4I0IA 3SM2A 4CPRA 3URLA 5P4MA 1ODWA 2FGUA 3KDCA 5P02A 3NSHA 1MERA 2G69A 5P3IA 1FG6C 3VLAA 1GNOA 4OBZA 4RRSA 3LHGA 5OZIA 2PK5A 3OHFA 5HDVA 3OUDB 3UDPA 3NU3A 1IZDA 4Y51A 3LZVA 2AVQA 3PB5A 3WZ8A 2NTRA 3VV8A 4L1AB 1HTFA 2APRA 5P7EA 5ER1E 4FRKA 5P1HA 4XX3A 5P6YA 2IKUA 2G20A 5P25A 3WB5A 3SACA 3OUBA 1Q9PA 2R9BA 4H3FA 3K5CA 5P6EA 3I6OA 1EPOE 5OZXA 4QJ2A 2G22A 3OOTA 3EKWA 5P67A 3UDQA 5HCTA 5P71A 3OY4A 1HHPA 1BVEA 4Y3EA 4B1CA 4Y3LA 2FDPA 4OBFA 1NPVA 4J0VA 1GVVA 3R2FA 5P8BA 4FL8A 3QVCA 2ZGAA 5UPJA 1FFFC 5P45A 3FNTA 1HTRB 5AGZA 5P3WA 3PSUA 5KQYA 4A6CA 2BPZA 2QHYA 5P6ZA 1ME6A 5P64A 2G1SA 1A8GA 3HW1A 5P3FA 4XKXA 2I0AA 2UXZA 5P2MA 5P6OA 4OBHA 3OOZA 3PI0A 4LBTA 3KT5A 5OZMA 3NU9A 1FQXA 2WEBA 4B78A 3CIBA 4Y3TA 5P0CA 5ISJA 5P5VA 1SMRA 1FGCC 5DR1A 2O4NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3B B;  3NDW A;  4FRI A;  3SQF A;  4PZW A;  1D4S A;  1ER8 E;  5OZZ A;  5IVT A;  1AJX A;  5P2R A;  1LYW B;  5KQF A;  5COK A;  1FQ6 A;  2AOF A;  1XE5 A;  3CYX A;  4Y3Z A;  1G0V A;  2QD7 A;  1LF4 A;  5P8J A;  4J1E A;  5P6V A;  4OC6 B;  1U8G A;  5BS4 A;  1PPK E;  2O4K A;  1YT9 A;  4HZT A;  5P0D A;  3T7X A;  3EMY A;  3LIT A;  1PSA A;  2R8N A;  5P18 A;  3VSX A;  1ZP8 A;  2AZ9 A;  2QZL A;  5P6D A;  4ER2 E;  4HDF A;  3G6Z A;  1B6M A;  3SA6 A;  4DQH A;  2NXD A;  1EPP E;  5P6P A;  5OZO A;  5P2G A;  5P3X A;  1HVC A;  1ZSR A;  5P2O A;  5OYY A;  1IDA A;  2Q15 A;  4I12 A;  5P1F A;  5P5F A;  5P79 A;  1EC1 A;  4H3G A;  2OHN A;  5PEP A;  3DCR A;  5P8E A;  4DQG A;  2I4V A;  5P0R A;  4Y45 A;  1MTB A;  3S7M A;  3FSM A;  4TVG A;  3VEU A;  5OZ2 A;  5P63 A;  4ZLS A;  1C6X A;  5OZG A;  1IIQ A;  5I3W A;  5P8V A;  3TPL A;  4Y3Q A;  2ANL A;  1HPX A;  2QAK A;  3IN4 A;  4A4Q A;  5P6Q A;  3OQF A;  5P08 A;  1HVH A;  2ZYE A;  4Y6M A;  1HBV A;  5P7T A;  1B5F A;  1KJH A;  1GVU A;  5P8A A;  5P7O A;  5P0N A;  5P2Z A;  3S85 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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