5P6X | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__965929594517628__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__965929594517628__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P6X/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__965929594517628__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"965929594517628","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P6X/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__965929594517628__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0194c3832c0da8dbc844a3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0194c3832c0da8dbc844a3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0194c3832c0da8dbc844a3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0194c3832c0da8dbc844a3/pdb.gz): 164 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	84
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p6xA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p6xA01

5OZAA 1APUE 1BAIA 5P12A 5P69A 5P7IA 5P43A 3URJA 5P3IA 5P3ZA 2I4DA 2B60A 2I1AA 2V00A 1W5YA 2NMZA 1AIDA 5P1IA 2I4QA 4K4QA 1HWRA 3QPJA 3EL0A 1EEDP 3SQFA 2P3BA 1E82E 3D1XA 5KR2A 4L7JA 5SY3A 5JFPA 1W6IA 1D4SA 1GVXA 3CIBA 1U8GA 5P7DA 4F74A 5OZ6A 4XXSA 5P28A 1UH9A 4EQ0A 1MSMA 1B6MA 1XN2A 1TSUA 3OQDA 5SY2A 4ACUA 1FEJC 2IKOA 1Z1HA 4Y45A 3EL1A 3KMYA 2I4VA 5P48A 1LYAA 5P51A 5P80A 4ZPGA 5OYZA 1ZPKA 5P44A 5P75A 3OXVA 3O9AA 5P0BA 5P5SA 4GJCA 3KFSA 4Y3DA 3L5DA 5P07A 3O9HA 3NYGA 3VCMA 4Y44A 5P7XA 3K4VA 1HIVA 5DGUA 1K2CA 4XX3A 2QZKA 1EC1A 5SXNA 1HVIA 2AZCA 1KJ4A 3VYDA 1C6XA 2PSGA 4DQHA 3OXCA 1HXBA 3R4BA 4ZPFA 1BILA 1IBQA 4Y3EA 2CEJA 4PHVA 2ER0E 4EP2A 5OZ3A 5AH9A 1HVJA 3ZKGA 4RCFA 2QI0A 3NU5A 5P3EA 5P4KA 1T7JA 5TOLA 4J5JA 5P40A 1RL8A 3IXKA 2PH6A 3VF3A 1A8KA 5P1YA 5OZOA 4I0HA 2ER9E 5P2UA 1D4HA 4GJBA 4B70A 3QRMA 1YX9A 5P0TA 4S1GA 5P3WA 4NJSA 1MVPA 4OBJA 3SABA 4B78A 4GMIA 3OQKA 5P5MA 5DR7A 5COKA 5P1DA 3PM4A 2QI5A 2BKTA 5P8HA 4ER2E 5P4LA 1T3RA 3DJKA 3G6ZA 4Y5BA 1HPOA 4MC6A 1NPWA 2O4LA 5P41A 5P8IA 2APRA 5P0GA 1W6HA 2CEMA 4ZLSA 4B1DA 4Y54A 5P8JA 3CMSA 3OU1A 1FQXA 2VJ6A 3QBFA 2FGUA 4YCYA 1W5XA 1LZQA 3OAGB 4HE9A 3CKPA 3EL4A 5P0UA 4DJOA 5P59A 2FXDA 3MXEA 3SPKA 5P6XA 2AZ9A 2R3TA 5P1LA 2QP8A 1YM2A 1K6VA 5P3AA 3UTLA 3UDHA 1BXOA 4I10A 5P0QA 4YA8A 4R92A 5P2JA 1K6TA 3UDYA 3S43B 3QVCA 2UXZA 1KJGA 4DQGA 1D4JA 2B8LA 4EXGA 3PLLA 5P4YA 4Z22A 1MPPA 2WEDA 3Q70A 3INFA 1K2BA 5P76A 3UQWA 5P2HA 5P7TA 4F75A 5P2CA 3H0BA 3CYWA 3INDA 5ISJA 3EKTA 1GVUA 1FKNA 5P2OA 3KM4A 5KOSA 1FMUA 3NU4A 5OZBA 3S2OA 5OYTA 5P1AA 1FGCC 2OF0A 2PK5A 5P8PA 5P68A 4I8WA 1HOSA 2ASIA 2WHHA 3Q5HA 3VLAA 2Q5KA 5P5QA 4APEA 3FNSA 3KMXA 5P18A 1FLHA 4EJDA 3TOHA 5P7MA 4Y4XA 2R43A 3OK9A 5ER1E 4FRSA 1APTE 5P5ZA 5OZLA 5P7ZA 5P0FA 3S53A 1EAGA 3EKYA 5P6VA 2FDDA 4QGIA 3KDBA 4APRE 5P6NA 5DGWA 2WEAA 3SAAA 3LIXA 2BPZA 3OY4A 1DIFA 1ODYA 1PPME 1HTFA 5F01A 2IGYA 1XL2A 2PH8A 2AOCA 3ZPSA 2R5QA 2OHQA 3OHHA 3IAWA 1LF2A 1Z1RA 5P6ZA 4Q1XA 2BPWA 5P4RA 5P3MA 4KE0A 3OQFA 1FQ8A 4TRWA 3FKTA 4WY6A 5KQFA 3VYFA 5DQCA 2WEBA 3BUGA 5P3GA 1OD1A 4R91A 3IA9A 3BGCA 4Y4ZA 5P13A 4LAPA 4ZSMA 5C9FA 4DH6A 3CICA 4YD3A 5AH7A 1A30A 2WJOA 2G24A 5OZCA 1ZP8A 4YCKA 2WKZA 3PGIA 5P72A 5OZNA 5P0VA 1G2KA 1MERA 4OC6B 3DUYA 3FV3A 5OZEA 5P67A 5P5XA 5HTZA 4QJ8A 5OZWA 1HIIA 5AHCA 5HDXA 3TPJA 4EHCA 5P4QA 2JE4A 2FNSA 1DPJA 4J1CA 4XX4A 2ZJMA 3O99A 3OUAA 5FIVA 1IVPA 4QLHA 3GI6A 5P1TA 3VV8A 3QP0A 3K5FA 2HPFA 4X2LA 1TQFA 2NNPA 2Q3KA 1OEWA 5P5FA 3HD8A 3TL9A 4OBZB 2QNQA 1D4IA 3VSWA 2A4FA 5P7UA 4B0QA 5P20A 3OXWA 2VIJA 5P7GA 4BELA 2AZ8A 3VFAA 3EM6A 4I0ZA 5P4OA 3OQ7A 5OZGA 2QZLA 3UDJA 4Y3NA 5P23A 3LZUA 4H3JA 4Y43A 4UPJA 5I70A 2G1NA 3OAGA 4LL3A 4F73A 2ZJIA 5AGZA 1FB7A 5COPA 5P6LA 2A1EA 4Y3AA 1F7AA 4JECA 1NSOA 2QHCA 3A2OA 5P04A 5P01A 3OXXA 4HVPA 5P30A 1MTBA 5KOQA 1D4KA 5P4PA 2P3CA 2PYMA 5P35A 5P63A 5P11A 3QVIA 5P8CA 3S43A 1YTJA 3SKGA 2ZJLA 5P2AA 5OZMA 5OYXA 1ODWA 5P1OA 4FIVA 4FM8A 4J1HA 1TSQA 1FFIC 4PZXA 1LS5A 5P66A 1KJ7A 3MSKA 1UPJA 2NNKA 3ZKNA 2QZWA 3DCRA 4J0PA 4FRJA 5P4JA 2QU2A 3URIA 5P3BA 2P4JA 5P54A 1HIHA 4CMSA 5P5NA 4ACXA 1ZSRA 5P6BA 5P5GA 1E81E 1HTGA 4CPTA 2CENA 2AODA 4Y5CA 5P1XA 3R0YA 1K1TA 1BDLA 2OHTA 1HVLA 2IKUA 5P4WA 3VEUA 4Y4UA 2R9BA 4BEKA 4Y39A 1HVKA 2R8NA 4DQBA 1B6PA 4Y35A 5OYSA 5T4SA 4Z50A 4EJ8A 3ZKMA 5OZ1A 2NXMA 5HU1A 3NU3A 2G69A 1HPXA 5P3JA 5P5CA 4D89A 4NJVA 1C6ZA 1LYWA 5P7WA 5OZ7A 3T6IA 3FNTA 5P49A 5P0AA 3S7MA 3G70A 4Y3TA 3TKGA 1T7KA 4I12A 2F3FA 5DR3A 3LITA 2F81A 1BBSA 2IS0A 5HE4A 2J9KA 2VJ7A 2FGVA 5P0CA 1A9MA 2J9JA 2QD6A 4Y4DA 3NDUA 7UPJA 4RCEA 2XFJA 2V10C 3OU4B 4I0GA 5DQ1A 4D8CA 5IS4A 5P45A 5P5IA 2JJIA 4FRKA 3SA3A 4I1CA 5P8SA 3ZOVA 2ZHUA 5P2WA 5P4TA 2NTRA 1SIPA 4Y3QA 3OTYA 2V0ZC 1DW6C 3BGBA 4NPTA 4L7HA 5AH8A 5BRYA 2HS1A 5P34A 5COOA 5P5BA 2QHYA 3QROA 4Y5AA 4FSLA 1ZJ7A 3L38A 3S8IA 3WZ6A 4Y3WA 4J1IA 2O4PA 5KQXA 3VV6A 3LHGA 4J0YA 1PPKE 2XYFA 2ZJJA 3R1GB 5P19A 4K4RA 1Z8CA 3PHVA 4DV9A 5P7OA 3NLSA 1HXWA 4Y5GA 2HB3A 1FG8C 5P8EA 3S85A 2XYEA 4A6CA 3LPKA 2PK6A 2G20A 1B6JA 5JG1A 5P60A 3K1WA 2FDPA 3UDNA 2QU3A 5P3UA 1FFFC 2O4KA 1HEGE 2QMPA 5P0RA 1ME6A 3HZCA 5P09A 4B1CA 5SZ9A 3I8WA 1OHRA 3U7SA 2NXLA 4J1KA 3PI0A 1SDVA 4HEGA 1SIVA 1LYBA 3PMUA 3SKFA 4DJUA 1D4YA 3R0WA 5P3FA 5OZVA 4EPJA 5P8UA 3HAUA 1EBZA 3BXSA 2B7FA 1BXQA 2VIYA 1XE5A 1HVHA 2AOFA 1FMBA 3KT2A 5P3YA 4J0VA 4J17A 5OZHA 5P77A 4R93A 4Y48A 3S54A 3JVYA 5P53A 3VF5A 4RYGA 1EPNE 3JW2A 3VLBA 4R95A 3NUOA 2QNNA 3EXOA 4XKXA 4U7VA 5P87A 3HW1A 5OZ9A 5P8AA 5P5OA 2IL2A 5UPJA 2ZYEA 3PMYA 5P8BA 4RLDA 5P22A 5P1KA 5P86A 3NR6A 5OZ0A 2F3EA 3Q6YA 1QS8A 1PFZA 4LP9A 3UFLA 5P79A 2BQVA 4Y3ZA 4Y4GA 3UDPA 3OU3A 3PWMA 4YE3A 4J0TA 4EJKA 4B77A 2HB2A 1EBKC 3MWSA 1LF4A 5DPZA 5P10A 3FNUA 5P2DA 5P02A 1C70A 3D20A 5P85A 1T6EX 3TPLA 3PRSA 4L1AB 1GKTA 5EZXA 4U8WA 1UH8A 5P1VA 5I3WA 5P5VA 4Y4WA 1SDTA 2IEOA 5P3QA 2QMDA 1RQ9A 5P14A 1B6LA 4DPFA 4E43A 5P2RA 5OZKA 1NPAA 3KFRA 5P4GA 5HE5A 5P8RA 3SFCA 5P2YA 3RTNA 4Y9WA 3SA5A 3VSXA 2IENA 3O9LA 5AHBA 5HDZA 3QS1A 1LF3A 3SM1A 5P6DA 5OYWA 4J0ZA 2H6TA 3FSMA 3MSLA 4QJAA 5P7NA 3GW5A 1HVCA 5OZZA 4Y3JA 1HVSA 3M9FA 5P5TA 2VIZA 2G1RA 4F76A 5CONA 3UQRA 5P1EA 5HE7A 5DR0A 5P33A 3O9CA 3L3AA 4Y6MA 4K4PA 2PMAA 2AVVA 3DV1A 2OHKA 3PWRA 3VFBA 5P7KA 4RYCA 3KFPA 4H1EA 4Y3PA 3DOXA 1K1UA 4Y3SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P6XA

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