5P6Y | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__09123108468182428__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__09123108468182428__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P6Y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__09123108468182428__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"09123108468182428","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P6Y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__09123108468182428__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d019447bcdc1fe050fc7eb4/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d019447bcdc1fe050fc7eb4/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d019447bcdc1fe050fc7eb4/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d019447bcdc1fe050fc7eb4/pdb.gz): 585 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p6yA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p6yA01

1NPAA 3TPLA 3ZKNA 2BB9A 7UPJA 1FMUA 1LYAA 4R92A 5P71A 1XL2A 4Y3WA 4DV9A 3PBDA 2BQVA 3PSGA 4RZ1A 4Y4GA 4NJTA 4PZWA 3OXWA 4YOAA 5P2IA 3EL1A 5DGUA 5P3LA 2AOHA 1A30A 2NMYA 2G22A 5HTZA 1E82E 2BPVA 1AXAA 3OU4B 1SGUA 4N00A 4NJUA 3NXNA 3URLA 5P3YA 2ASIA 5P10A 4MC9A 5HDVA 4I0FA 2QK5A 5P2GA 5P69A 3FSMA 3VUCA 5P3PA 2ZHSA 5P1HA 4Y5EA 1IDAA 2Q11A 5OZCA 1W51A 1LF4A 2ANLA 2AZ8A 4B77A 2JYSA 5P64A 1DIFA 1MRXA 1PPLE 1QBUA 3L5EA 1APVE 4Y9WA 3TNEA 3TPJA 2IL2A 5OYYA 1LYWB 5P79A 1HHPA 2NXMA 3I25A 4RROA 4L7JA 2WF2A 5P4KA 1SDVA 5P3GA 5EZZA 5P0SA 2BPXA 5P1JA 5P74A 5OZJA 1G6LA 2PC0A 5OZAA 3IN3A 2OHNA 5P0UA 1GNNA 1J71A 5P3TA 3S85A 1ZPAA 3NU5A 4A6CA 4I10A 1D4IA 5P6RA 4HZTA 4J0ZA 4NKKA 1TSQA 4NPUA 3SABA 5P75A 3RTMA 5P8RA 2HPFA 4K4PA 2P4JA 5P36A 3TKGA 1BBSA 5P6KA 3I6OA 1FEJC 5IVQA 2Z4OA 5J25A 4Y3EA 5OZ7A 1QDMA 3ZPUA 5ER2E 4Y5NA 5P5OA 4Y58A 4EJKA 3NXEA 4DQBA 4EHCA 5P4VA 3LHGA 3S53A 4EQJA 3QBHA 4YD4A 4CPSA 4Y3SA 2G27A 2PSUA 5I3WA 4EJDA 2IGYA 5P7TA 2F3FA 4LBTA 3KFPA 3OUDB 1HSHA 5DR7A 3IN4A 2HB2A 1HWRA 5P5NA 5P7QA 5P6QA 5P5SA 4F74A 3O9LA 5DQ5A 5P5XA 2WF4A 3C9XA 3QVIA 3IA9A 4RVJA 3TOFA 5P4HA 5P4XA 3S8IA 5P0IA 1G2KA 5DR1A 4GJ7A 5P66A 3PWRA 4MC2A 2ZDZA 3L5CA 5T4SA 4EP2A 5P8LA 2V00A 2Q64A 4KE1A 2ZJIA 3PSUA 4QJAA 4EJ8A 5JG1A 5P02A 4Y50A 2O4KA 3BXSA 3Q4BA 3UQRA 3I2LA 1BXOA 2FS4A 1T7KA 4PZXA 5P1VA 5P4JA 2IQGA 2FDDA 2R9BA 5OZ2A 3ZOVA 5OYUA 4Y3TA 4WTUA 1FGCC 4OD9A 3KFNA 4Y5KA 5P0PA 1Z8CA 3OTSA 1FQ7A 4J1EA 5P8FA 1F7AA 3VV7A 1ZSRA 1META 5P6YA 3EMYA 3UF3A 2PH6A 2FLEA 1HPOA 3RU1A 4R91A 3ZPSA 1HRNA 2F8GA 1VIJA 5P3JA 4YE3A 4CPWA 2CEJA 5P84A 5P1DA 5OZBA 5P8AA 5P3UA 5P8GA 3DM6A 4OBDA 3PSYA 1HIIA 2BPYA 4A4QA 4Y57A 5P4QA 1G0VA 2ZJLA 3NU9A 4RVIA 5P6XA 5P1UA 4ZE6A 3BRAA 1C6XA 4ACUA 1EPRE 3MSJA 3VV8A 2V0ZC 3LZVA 5OZYA 1D4JA 5OZUA 1HXBA 3QS1A 2VIEA 4LHHA 2BPZA 4FRKA 4I12A 3T7PA 1HSGA 3FX5A 3T3CA 2VA6A 4DJOA 5AHBA 5P05A 5P4MA 2P3CA 3F9QA 4Y3PA 1ZAPA 2B8VA 5HU1A 2NMZA 1XE6A 3FIVA 3EC0A 3QIHA 4CPXA 1HTEA 3B80A 1XDHA 2WF1A 2AVSA 4CPQA 3WB4A 5F00A 5CLMA 2OF0A 3UQPA 5P0LA 3D20A 5BRYA 4I1CA 5P8JA 3VLBA 2AOGA 2QNNA 2UXZA 3BHEA 4OBZB 5P5RA 5AGZA 2I4UA 2B8LA 3INEA 1HPXA 3O9AA 1B5FA 4RCEA 1EBKC 4I0EA 4BFDA 4XKXA 4U8WA 4IVSA 4DJPA 3VSWA 2F81A 4RRSA 4XXSA 3QVCA 4Y3HA 3LIVA 5P4LA 3OAGA 1G35A 3ZMGA 2CENA 2F3KA 5P2ZA 3VYEA 1TW7A 4AMTA 4B1CA 5OZPA 4Y54A 3OQKA 1XE5A 4FGXA 3OXXA 4H3IA 1HTFA 4Y3MA 5P3VA 5P00A 5P5EA 5P50A 3H5BA 5COPA 5OYSA 4J1IA 3IGBA 4DQFA 2AVMA 5HE4A 3VF7A 3HW1A 1MSNA 5P49A 2XYFA 5OZEA 1HVSA 3BC4A 3BUGA 4IVTA 5P3WA 1B6PA 5HCOA 5P3ZA 1VIKA 1HTRB 2QD7A 3EKVA 4X2LA 1T7JA 5P31A 5OZRA 5P3NA 5P7YA 4YCYA 1QBRA 3HLOA 1MTBA 1ZTZA 2QD8A 5APRE 3K1WA 4ZLSA 1BVGA 5P0CA 3FNTA 2ZJNA 4YD7A 5P2NA 1LYBB 4R95A 5P3EA 3OY4A 3EBZA 3FKTA 5P4FA 2AOJA 2RKGA 5P5YA 3OUCA 5P8VA 5DR4A 2V13A 2A1EA 1KZKA 3MSLA 2OHKA 2AOIA 1B11A 2G1YA 1HIHA 1MSMA 5P33A 5P7MA 5P8MA 1RQ9A 5P53A 5P6VA 3KMXA 5P7PA 1ODXA 2ZJKA 2JJJA 3L38A 1DW6C 3S2OA 2HM1A 4Y56A 1D4YA 2HC0A 2NNPA 4DQHA 4D89A 4R93A 2NPHA 4Y37A 5OYQA 5P7WA 4B70A 3FNSA 5P4IA 5OZMA 3BGCA 3HVGA 5P6EA 1ER8E 2IRZA 4QJ9A 4Y41A 4ZSRA 5P15A 4J0PA 4QJ8A 5P1PA 5P68A 5P5PA 3GI0A 3I7EA 1AIDA 5DPZA 2BPWA 1FQ4A 5P06A 5P19A 4LC7A 3OXCA 3TKWA 3T7QA 5BS4A 1TZSA 4Y4EA 2RENA 5P5BA 1E80E 2P83A 2HAHA 4OBKA 2WHHA 3O9LB 5P2FA 5P59A 2PYNA 3PMUA 5P2KA 1W5WA 5OZ0A 3SKGA 2RMPA 3EL4A 4RGHA 5P1TA 3EM4A 4J1FA 1YTHA 4AUCA 5P0WA 4Y43A 3CICA 5BWYA 4QJ7A 3OOTA 4HDFA 3B7VA 1IBQA 4RVXA 2ZJHA 3N4LA 1YG9A 3GI4A 2XFJA 4HEGA 2Z54A 4J54A 5DQCA 4Y51A 4YCTA 1MIQA 1BV7A 1HPSA 2Q3KA 1LV1A 4J1HA 1BWBA 4GMIA 5P1IA 4Y4DA 3RSVA 3A2OA 1AAQA 1KJFA 4Y5PA 2PQZA 1U8GA 5P3QA 4GJAA 5P6LA 4GJ5A 5DR3A 5I3VA 4FM7A 3QBFA 1PSNA 1CPIA 3QRVA 3D1ZA 2QI7A 5P8HA 4XX3A 5P5QA 1WKRA 3EKTA 4J1CA 5OZXA 2QI4A 2WF3A 5P7ZA 5OZSA 5IE1A 4FIVA 5P4BA 5E5JA 5AH6A 3Q5HA 3OUAA 1W6HA 5P37A 1MEUA 3UDYA 4B72A 3EXOA 3TL9A 1MT7A 3VG1A 3D1YA 4FAEA 5P2VA 3NWQA 3KDCA 4MC6A 2Q63A 3CYWA 4L7GA 2OHMA 3DUYA 3T7XA 5KOQA 1APTE 1CMSA 2V10C 3L3AA 3SQFA 5P11A 2AOCA 1LZQA 5P0GA 4DJVA 3L59A 3R1GB 5P5DA 3AUPA 2OHQA 2PK6A 3NUJA 5OZ1A 3IXJA 2FNSA 5FIVA 5P34A 1M0BA 3OOZA 5HDUA 3HZCA 4LXKA 5P43A 5P8CA 4M8YA 2ZGAA 4L6BA 5OYRA 5P03A 1AJVA 4HVPA 3ZKIA 4H3FA 3VYDA 4EWOA 4GB2A 1HVLA 1YX9A 1A8GA 5AH8A 2ER9E 3EL0A 4KB9A 4LL3A 3LIZA 2HS2A 2JJIA 2RKFA 4ZSMA 2A4FA 1N49A 3KN0A 4PEPA 5KOSA 5P07A 2FNTA 4Y3YA 3ZKSA 1B5FB 5P4OA 1IDBA 3KFRA 5JFPA 5OZHA 1YM4A 5P1KA 2P3BA 1ODYA 1CZIE 3LPIA 3OAGB 1SIVA 4B05A 1K1TA 1XS7D 2R3WA 5DR8A 3PB5A 1E81E 5P0MA 2AOEA 4Y4ZA 1BAIA 3R2FA 3SLZA 4YD5A 2FGVA 3UDNA 1D4KA 4Y39A 3OXVA 3UDMA 4FL8A 1K6CA 3KA2A 1M43A 5P2WA 5OZLA 1RPIA 3LNKA 3AIDA 5P6BA 5P48A 5P3MA 1HTGA 1PPME 3O9BA 5P2XA 3NU3A 5P1RA 1A8KA 2VJ9A 4R8YA 2QNQA 4GJ6A 1IZHA 3PWWA 2CEMA 1HBVA 5JODA 4J5JA 1FB7A 4GIDA 4DJRA 4Y4AA 3O9CA 3DV1A 5P2QA 1IZDA 2BKTA 1PROA 4FSLA 1IIQA 3QPJA 5P5TA 5AH9A 2MIPA 7HVPA 3INFA 3O99A 1UH9A 3SPKA 5P89A 5ISKA 4WY6A 3VFAA 5P6UA 5OZWA 3TTPA 1PFZA 3BVAA 5COOA 3U7SA 5F01A 5P2EA 2ZJJA 5P3KA 5P58A 4Y53A 2G1NA 3EM3A 2HB4A 5P7EA 3S7LA 4EQ0A 5P87A 5I70A 2O4SA 4OBFA 3UDPA 4FSEA 2F3EA 2QAKA 4FRIA 4DJUA 1TQFA 4YD6A 5P5IA 2R8NA 5P30A 2VS2A 1EEDP 2J9JA 4NJSA 5P0OA 2QI5A 3D1XA 5P04A 3SA9A 1Q9PA 5P4ZA 2J9KA 3UFLA 4NPTA 3L58A 3VYFA 5P77A 4ZSQA 1TCWA 5KR1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4KUP A;  5P81 A;  2V16 C;  2PK5 A;  4GJ8 A;  3PVK A;  2XYE A;  2FDE A;  3VSX A;  1EBY A;  1W5V A;  4I0J A;  5P1X A;  1A9M A;  1LS5 A;  1C6Z A;  5OZQ A;  3ZL7 A;  1GVT A;  4I8W A;  5P0N A;  5P0A A;  1GVX A;  3GI5 A;  2ZE1 A;  3UQU A;  2ER7 E;  3CKT A;  5OYV A;  2P3A A;  3LZU A;  4I0G A;  1BDQ A;  1LYW A;  4TVH A;  2AVO A;  4LAP A;  4F76 A;  3WZ6 A;  1FQ5 A;  1MES A;  2P8H A;  5DGW A;  5P3A A;  5P45 A;  4GZF A;  3S43 B;  2EWY A;  5DQ1 A;  1YT9 A;  1NPW A;  3PI5 A;  5P2M A;  5ENM A;  4JP9 A;  4ZPF A;  5P5U A;  5P6H A;  3S54 A;  5P80 A;  4Z22 A;  1DPJ A;  1GVV A;  4D88 A;  2FDP A;  3U6A A;  3IXK A;  1FF0 C;  2WKZ A;  3OU1 B;  5P4T A;  4ZPE A;  1D4S A;  4FLG A;  5P29 A;  4DQG A;  5P35 A;  5P7A A;  3KFS A;  5P42 A;  4Y5L A;  2VA5 A;  3ZKG A;  5P6A A;  4EPJ A;  5KR2 A;  5P8S A;  4DVF A;  4CPT A;  4TRY A;  2I4X A;  4CPU A;  1WBK A;  2G1R A;  5OZT A;  3QRM A;  3MWS A;  3OUD A;  1YTG A;  1RL8 A;  1ZBG A;  1FLH A;  5P7V A;  3HAU A;  2AOD A;  5AHC A;  3VFB A;  1ZJ7 A;  5SY3 A;  3NWX A;  2G1S A;  5P4S A;  4QJ2 A;  3L5D A;  5P13 A;  5P5L A;  2G21 A;  5P65 A;  4DJY A;  3LIN A;  2ZHR A;  3SA6 A;  1FQ8 A;  5P5C A;  3BUF A;  5P61 A;  2QI6 A;  2PYM A;  1GNM A;  4GJC A;  1IZE A;  2PSG A;  4J1K A;  2OAH A;  1YM2 A;  5P3F A;  1EBZ A;  3DV5 A;  4Y48 A;  3VEU A;  5P82 A;  1MVP A;  3EKX A;  3G6Z A;  5OZZ A;  2AZC A;  4CMS A;  2PWC A;  1SBG A;  1FQ6 A;  4E43 A;  5HDX A;  5P3B A;  4ZIP A;  4FE6 A;  5E5K A;  5P4E A;  5P7G A;  1FIV A;  5SZ9 A;  3EKP A;  4FRJ A;  4M8X A;  3L5F A;  4J55 A;  2ZJM A;  5C9F A;  2Q55 A;  3IVH A;  4U7V A;  1NPV A;  2QU3 A;  4OBJ A;  1EC1 A;  1C6Y A;  1SP5 A;  5P4W A;  4Y3A A;  2AVV A;  5P5M A;  1HXW A;  2O4L A;  5P2B A;  3Q3T A;  2B42 A;  5P22 A;  5P5A A;  5P0X A;  3QI1 A;  4B0Q A;  4I0Z A;  1LF3 A;  2WED A;  5HE5 A;  2VA7 A;  3WB5 A;  4ER4 E;  3PGI A;  3HD8 A;  1HVK A;  5KAO A;  4Q1X A;  5IVS A;  5P2R A;  5P6F A;  5UPJ A;  4EYR A;  5P0D A;  1EPP E;  3OUB A;  3PM4 A;  3PLD A;  1EPL E;  3EKQ A;  3D91 A;  1E5O E;  3HAW A;  4QJ6 A;  4JEC A;  2R3T A;  1HEG E;  1ZSF A;  2IKO A;  4GJD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P6YA

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