5P70A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 297
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p70A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p70A01
4I0ZA 2WEZA 3NLSA 3LZVA 3NXNA 4FM8A 4A4QA 1EBZA 3T3CA 5OZ8A 3SA8A 3U6AA 5P0UA 2QHZA 5P7UA 3QIHA 2Q11A 3OY4A 3TPPA 5P0HA 3I2LA 2WF4A 3OOTA 4Y41A 3FSMA 5HE7A 1BBSA 3L38A 5P8HA 5KR8A 3DCKA 3FNTA 1PSNA 1AXAA 3R0WA 3S7MA 4ER2E 5P4DA 5HE4A 3GGVA 3JVYA 3SQFA 3PWMA 1EAGA 4JOOA 2PWRA 4OBFA 5P5DA 2OAHA 4J1IA 3IXJA 2PSGA 3UFLA 1KJFA 5P00A 5OZFA 4J54A 1PSAA 2JJIA 3EKYA 5P5EA 1C70A 4RCFA 4NPUA 2WF3A 5P4HA 4L7HA 5P46A 2MIPA 4J1KA 2WHHA 1YTIA 5C9BA 4QJ2A 5P3TA 2ANLA 1BDQA 5P2VA 5OZ3A 4DQGA 4GJ9A 3OAGA 5P35A 5P6VA 4MC1A 5P88A 5P8JA 2QK5A 2PWCA 2RENA 5P8IA 3UQUA 1YX9A 1HXWA 1EPNE 1EPLE 3INDA 2NXLA 3ZKIA 5E5JA 3BGCA 4LC7A 1B5FA 2HB3A 3NDWA 5P2SA 1QBUA 5P5FA 4Y3ZA 2I4XA 5AH6A 4IVSA 1OD1A 5P4NA 2P4JA 1MTBA 4Y39A 3PLLA 1MERA 2Q5KA 4Q1YA 1MSNA 3SM2A 3BUHA 1HTRB 5OYUA 2QU3A 5P41A 3LZYA 4Y3EA 4DJQA 5P86A 5P0ZA 4KE0A 1HSIA 2QZKA 4TVHA 1XE6A 1ODYA 1LZQA 3OU3A 1CMSA 5OZVA 1T7IA 3JW2A 3VV8A 1WKRA 4B72A 3R0YA 1B5FB 4QJ6A 1K6CA 4BELA 4Y50A 4D8CA 1HIHA 5P3WA 5P15A 4ZPFA 1HVSA 2Q15A 5P3AA 4H3FA 4QJ7A 2QI7A 4J5JA 2R5QA 3UHLA 2QMPA 1F7AA 1KJ7A 3I6OA 3OUDB 3TL9A 1BAIA 5P5VA 1TCXA 4J0VA 3VV6A 3L5BA 5P8RA 2HAHA 5IS4A 2PK5A 3T7PA 4HEGA 5P5GA 2OHTA 4GJCA 3TPLA 6APRE 3NWQA 5P30A 4Y5BA 4J0TA 3C9XA 3R2FA 1FQ5A 4F76A 4RYGA 5OYQA 4WY1A 3OXXA 1FQ7A 4D88A 1HVRA 1IZEA 3HBOA 5P74A 5OZNA 5P1ZA 5KAOA 2AVOA 4NJVA 4EQJA 5P7JA 4HDFA 5P0SA 5OYVA 4Y58A 4GMIA 4I0JA 5P3OA 4Z4XA 3GGUA 5COPA 4I10A 4FM7A 2G69A 5P6KA 1QBRA 3EM4A 3L5CA 4KUPA 4Y47A 5HCTA 5P3LA 1BV7A 5P4EA 5I70A 2ZJIA 3OOZA 5P6AA 4I0GA 5DR3A 3CIDA 5P3BA 5P2RA 4Y51A 5IE1A 1SIVA 5KQXA 1HPSA 2OF0A 2BPWA 1FFFC 3HAWA 2QI3A 2ER6E 4HA5A 5P0AA 2J9KA 3H0BA 3TLHA 4B1CA 1TZSA 3KA2A 5P1RA 3SLZA 4X2LA 2CENA 4FAFA 4GYEA 2AIDA 3G6ZA 2NPHA 3OXWA 3INHA 5HD0A 5KQZA 3M9FA 3EKQA 4B0QA 4ZPEA 1HVCA 4OBJA 4FAEA 3SA7A 5P4TA 2QNNA 4YOBA 1MRWA 2FDEA 5P5TA 2I0AA 1QRPE 2VA6A 5P1VA 4DJXA 1GVVA 4AMTA 4GJ7A 2FGVA 5OZHA 5P11A 5P0PA 1QS8A 3VG1A 1ODXA 1SP5A 4B1EA 1HBVA 5P6NA 4RCEA 4A6CA 3F9QA 2QZXA 4Y4UA 1EPME 5P22A 4YBFA 4Z50A 3O9AA 4APRE 3ZPTA 1DW6C 2P3AA 2P3DA 1HOSA 5P8UA 3BXSA 4Y3QA 2IEOA 2RMPA 4EJKA 5OZIA 4Y4JA 4Y45A 2AOEA 5P8NA 3T6IA 5P2CA 5P7RA 5P1LA 2WF1A 3ZKXA 1HPVA 1KJGA 3NYGA 4HDBA 2PH6A 3GGXA 2G1OA 5P5AA 3DV1A 2PH8A 5P6EA 3EKVA 4Y54A 5ISKA 2QZWA 3KMYA 2FNSA 3EXOA 5IVQA 3R4BA 3BC4A 4BFDA 3PCWA 4CPXA 2QI4A 2PQZA 5P44A 4YCTA 5P3GA 4XX3A 4YE3A 4RRNA 2BB9A 3KT2A 5HDZA 4L7GA 1UH9A 5P2HA 5P0QA 5P7MA 4Y5CA 3L5FA 5OZ5A 3NUOA 3PEPA 4RYCA 5P01A 4GJ6A 5P77A 3NDXA 4RCDA 4B77A 4RVJA 2BJUA 2H6TA 1TCWA 2V16C 1ZAPA 3QBHA 4M8YA 3UQRA 3URIA 4I1CA 4Y3RA 3QN8A 1B6KA 1D4IA 7UPJA 3G72A 5P42A 4PZXA 5P7GA 7HVPA 2IDWA 3O9FA 2UY0A 4DJRA 4TRYA 4YD6A 5P6PA 5P0BA 3EL9A 1PPME 1JLDA 1YTJA 5P1PA 2WEAA 5P7CA 1M43A 5SZ9A 1GVUA 2UXZA 4R8YA 1F34A 5P57A 3JVWA 4B1DA 2PC0A 1NPAA 3B80A 4ER1E 5OZLA 5P55A 3TOHA 1DMPA 2A4FA 3PGIA 2B8VA 4I8ZA 1META 1NH0A 2V12C 5P8MA 1HSGA 3LIZA 4MC6A 1BWBA 3PMUA 5HDUA 4MC2A 5OYRA 3VF5A 3VLAA 5P0YA 5P45A 5P67A 2VA5A 5P24A 2RSPA 3KT5A 4YD3A 5P2UA 5P66A 5P3IA 2IS0A 2AOGA 2I1AA 5P7NA 2RKGA 4Y4AA 5P51A 3TPJA 3VLBA 1KJ4A 2P3CA 4Y4ZA 5P8QA 1TQFA 5P6FA 2VA7A 3TKWA 4F74A 2HPEA 5OZPA 5P64A 3EKWA 3KDDA 2PSVA 3FNUA 4I0EA 4B78A 1APWE 5P0JA 3FV3A 5P6BA 4S1GA 3UDKA 5P0MA 3MSLA 5JG1A 4DUSA 5P2XA 1HVLA 5P8DA 5JFPA 5P3KA 2ZJMA 4XKXA 3UDNA 3OXCA 3IVHA 5P5YA 2IKUA 4CPQA 3NXEA 5P19A 5UPJA 2QCIA 5P1YA 3OTSA 5P20A 5P52A 3ZKMA 3B7VA 4OBGA 4CPRA 5OZEA 3S45A 1ZLFA 1UPJA 1HSHA 5P7PA 3D91A 1SMRA 4LXKA 3QVIA 5P3JA 4L6BA 4DFGA 2R38A 3D20A 4Q1NA 5DR1A 3AUPA 5P33A 2QI6A 4LXMA 2PK6A 2Q3KA 4K4PA 3UDMA 3Q5HA 3O9LA 5P5PA 5P6XA 5KR1A 3KDBA 3RTMA 4YBIA 2G20A 2G22A 4PYVA 2APRA 2QZLA 5P2ZA 5P8VA 4JECA 1FGCC 1E5OE 3KM4A 5P48A 2JYSA 2VIEA 5P6LA 2O4KA 1FF0C 5P5IA 5P61A 5B18A 4WY6A 2PMAA 5OYWA 3S53A 4F75A 3EL5A 3OTYA 2ASIA 3O9LB 3EM3A 5P1NA 5HDVA 5P50A 4FRKA 5AH8A 5AGZA 5P6MA 3VSWA 4U7QA 4I0IA 4TRWA 4YDFA 5P60A 1AAQA 3VEUA 1K6PA 5OZJA 4Y57A 4ZIPA 3FNSA 2VJ6A 3T7QA 4HDPA 4J1EA 4YOAA 3O99A 5P4ZA 2OHUA 5DQ1A 3BUGA 4CP7A 5OZOA 2WF0A 3VUCA 1EC1A 3PJ6A 2PSUA 4LP9A 3ZL7A 4LHHA 5OZTA 1MT9A 2AOJA 4AUCA 3L5DA 2FIVA 2B8LA 4YA8A 4Y3HA 4NPTA 1BIMA 1D4JA 1Z1HA 5P4QA 3VF7A 1RV7A 4ACXA 2QD6A 5P2LA 4QJ8A 3DJKA 4ZSPA 6FIVA 5P2QA 2QMGA 4DPIA 1LS5A 4L1AA 3QP0A 2V13A 5P1SA 5OZYA 2NMZA 5DQ5A 1B6PA 4DJUA 2IL2A 1GNMA 3NU5A 4X7IA 2FXEA 1AVFA 1FKNA 5P7SA 2NXDA 5P1XA 3INFA 2ZGAA 4H3JA 1A8KA 4NJTA 1NPWA 4BFBA 1Q9PA 5OZ1A 1HIIA 4R5NA 3ZOVA 5P6CA 4QGIA 2RKFA 5P14A 4L1AB 5P4VA 1EPRE 3DCRA 3TTPA 1GVTA 4HLAA 5OZBA 3I25A 3L3AA 2H6SA 1XS7D 3VFAA 4CPTA 5P85A 2O40A 1MESA 1ZPKA 3FKTA 1OHRA 2VIYA 3LPJA 2ZJJA 2ER0E 1ZSFA 5P4WA 3CKRA 3QBFA 4ZE6A 4I11A 2OHMA 3CMSA 4E43A 5P5JA 4FSEA 4R92A 3EKXA 4Y4DA 2P83A 3OQFA 5P1GA 5COOA 4I12A 5APRE 1BDRA 5P7IA 3OUDA 5P4LA 2ZE1A 1BXOA 4FRJA 2AOFA 5T4SA 3L5EA 1DP5A 2Z54A 2ER9E 2F3EA 4QJAA 3ZPUA 4PEPA 4Y3MA 5P3FA 5P6YA 4Y36A 1A30A 3KFRA 4HE9A 1B6LA 4Y48A 5P32A 3UF3A 5P4FA 5P6QA 1ODWA 1HRNA 4FE6A 4Y38A 5DR4A 5P10A 3EL0A 5P2NA 5P89A 3LZSA 4K8SA 3RSXA 2R9BA 4AA9A 5P38A 2HS2A 4RLDA 5P3PA 5TOLA 4M8XA 1C6XA 3EL4A 3BUFA 1HEFE 3URJA 4RROA 4Y3YA 5P2YA 3RSVA 5P82A 1MUIA 2FGUA 3IA9A 3HD8A 4YD4A 5P87A 3WZ8A 3ER3E 2OHNA 5HDXA 3DK1A 3GI0A 4DQEA 4DQBA 3PBDA 1PFZA 2WECA 2WEDA 2JJJA 4Y5AA 5P58A 3MWSA 3KFPA 3HAUA 1BV9A 4Y56A 1HTFA 3BGBA 5P29A 3HDKA 3SA3A 3TNEA 1ZTZA 1HWRA 1GKTA 3ZKGA 2WF2A 5P54A 3OK9A 1LF4A 5AHCA 4D83A 1LYAA 2V0ZC 1TW7A 5DQ4A 5P1BA 3O9IA 1OEXA 1PPKE 2V10C 3CIBA 5P07A 5OZRA 3O9HA 5DQCA 3AIDA 3Q6YA 4LXAA 5P02A 2ER7E 3HLOA 2NR6A 4GJBA 4LL3A 1D4YA 2VJ7A 2QHYA 2V00A 3HVGA 2OHLA 2AVMA 2OHSA 2WJOA 3ECGA 1C6ZA 1FFIC 5P59A 2P8HA 5I3YA 2BKSA 3O9CA 3KFSA 3PI5A 1D4KA 5F01A 5P4SA 1BILA 1LYAB 5P3CA 3PWWA 3MSKA 3BVBA 2VIZA 3IXOA 5HE5A 3NU4A 3S56A 3KYRA 1EPQE 1UH7A 5P7XA 1K1UA 2QD8A 2IGYA 5P4BA 5JFUA 2AZCA 2F8GA 3Q70A 3GGAA 1M0BA 4NKKA 2AZ9A 1MRXA 5P05A 5OZ4A 3VCMA 2AOIA 3PRSA 5P1UA 5P7QA 1W6IA 5OZCA 3HVPA 3IVIA 5P72A 5P2DA 3UQWA 5P0RA 5P3VA 1G2KA 2WL0A 5CLMA 4UPJA 1FMXA 3PSUA 1RL8A 5P7ZA 3FIVA 3KFNA 3K4VA 4COEA 2CEMA 1EBWA 1SMEA 1WBKA 3NDTA 1W5VA 1AM5A 5P37A 4Y44A 1IZIA 1NPVA 4DJYA 3UDHA 1RQ9A 2ZHTA 4Y4EA 5COKA 2G21A 2I4DA 3IN4A 1K2BA 3SFCA 3PMYA 3MXEA 5P6TA 3FX5A 5P3YA 3SA5A 5EZXA 3OQKA 4YHQA 1MSMA 1YTGA 3WSJA 4EJ8A 2QU2A 4Y4BA 5P83A 4K4RA 2QAKA 3SM1A 1FB7A 1EBYA 1ZJ7A 5CONA 2OHPA 5SY3A 4H1EA 5KOSA 5P1JA 5DQ2A 4EQ0A 4CMSA 2Z4OA 4DH6A 1T3RA 4DQHA 5P0EA 2VS2A 1FG6C 3IN3A 1EC3A 5P2TA 1FQ4A 1K2CA 5P5BA 5P1WA 5BRYA 1KZKA 4FRSA 3UDPA 5P7OA 2BQVA 5IVTA 5KR2A 3PBZA 5P4PA 1LYWA 2I4VA 5OYXA 3RVIA 4EYRA 1Z8CA 5P0CA 4Y3FA 1UH8A 3UFNA 4F73A 3Q4BA 3N3IA 2NNKA 5C9FA 3OGPA 4N00A 1T6GA 2HM1A 3VYEA 5OYYA 5P8PA 4Q5MA 1XL2A 5P2BA 2IENA 5DR0A 1U8GA 3PVKA 2J9JA 5P6WA 4Y6MA 4MC9A 2OHQA 5P8LA 2ZJHA 3KN0A 5P8GA 2NMYA 4RZ1A 5OZUA 4AZYA 1FMBA 1APUE 4ZSMA 5P8TA 1MPPA 5P4YA 1GVXA 1LYWB 1SDUA 1T6EX 4ER4E 2ZDZA 5OYSA 1PPLE 2QMFA 3O9BA 3K5GA 4LAPA 5P12A 3SA4A 1GNOA 5P39A 3OUAA 3NSHA 2J9JB 4J55A 4GZFA 4TRZA 3APRE 3QRMA 4EHCA 3UDRA 3NU9A 5P4CA 3TH9A 3IAWA 5DR7A 1DPJA 5OZKA 3QPJA 4I8WA 5P8EA 8HVPA 1LF3A 3DOXA 4YD5A 4U8WA 4CPWA 4FCOA 3K5FA 5P49A 2HS1A 4OD9A 5P4MA 2AZ8A 5P7WA 2I0DA 5OZZA 5AH7A 2VJ9A 3MXDA 2JXRA 4HVPA 5OZXA 3VYDA 2CEJA 2O4SA 4Y3GA 3OHFA 1WBMA 3L58A 3NR6A 1CZIE 3S85A 4OC6A 4Y5LA 5P6GA 2AQUA 5P75A 1MT8A 4Y3AA 1RNEA 2BPYA 4ZLSA 2BPXA 1AZ5A 1SGZA 4RRSA 4FSLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I0Z A;  2WEZ A;  3NLS A;  3LZV A;  3NXN A;  4FM8 A;  4A4Q A;  1EBZ A;  3T3C A;  5OZ8 A;  3SA8 A;  3U6A A;  5P0U A;  2QHZ A;  5P7U A;  3QIH A;  2Q11 A;  3OY4 A;  3TPP A;  5P0H A;  3I2L A;  2WF4 A;  3OOT A;  4Y41 A;  3FSM A;  5HE7 A;  1BBS A;  3L38 A;  5P8H A;  5KR8 A;  3DCK A;  3FNT A;  1PSN A;  1AXA A;  3R0W A;  3S7M A;  4ER2 E;  5P4D A;  5HE4 A;  3GGV A;  3JVY A;  3SQF A;  3PWM A;  1EAG A;  4JOO A;  2PWR A;  4OBF A;  5P5D A;  2OAH A;  4J1I A;  3IXJ A;  2PSG A;  3UFL A;  1KJF A;  5P00 A;  5OZF A;  4J54 A;  1PSA A;  2JJI A;  3EKY A;  5P5E A;  1C70 A;  4RCF A;  4NPU A;  2WF3 A;  5P4H A;  4L7H A;  5P46 A;  2MIP A;  4J1K A;  2WHH A;  1YTI A;  5C9B A;  4QJ2 A;  5P3T A;  2ANL A;  1BDQ A;  5P2V A;  5OZ3 A;  4DQG A;  4GJ9 A;  3OAG A;  5P35 A;  5P6V A;  4MC1 A;  5P88 A;  5P8J A;  2QK5 A;  2PWC A;  2REN A;  5P8I A;  3UQU A;  1YX9 A;  1HXW A;  1EPN E;  1EPL E;  3IND A;  2NXL A;  3ZKI A;  5E5J A;  3BGC A;  4LC7 A;  1B5F A;  2HB3 A;  3NDW A;  5P2S A;  1QBU A;  5P5F A;  4Y3Z A;  2I4X A;  5AH6 A;  4IVS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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