5P70A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 297
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p70A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p70A01
4Y3AA 5P1JA 1EPQE 3TNEA 2F80A 4XX3A 3PHVA 1E80E 5P28A 4DJQA 5OYTA 5P3XA 5HU1A 4FRIA 2V11C 1AIDA 5P31A 2PWRA 1D4LA 3QPJA 1IZIA 5P4LA 2G20A 2R38A 5P6BA 3UDYA 3UQWA 5P5UA 1HXBA 4KB9A 5OZEA 4Q1WA 2VJ6A 3CICA 1AJVA 5OYSA 5OZ7A 3Q70A 5C9FA 5P7YA 2IGYA 5P34A 3PB5A 5P39A 5I70A 4IVTA 1K6VA 4Y50A 4CKUA 1T7IA 1W5WA 2FXEA 5UPJA 3HVPA 4Y4TA 1OHRA 2AVVA 5OZVA 5P5HA 5P73A 5P5PA 5OZ4A 4Y4XA 4LXAA 4YD7A 5P2JA 5P52A 4RCEA 4ACUA 5P2FA 3MSJA 2F3FA 3OY4A 5BWYA 5P05A 1MT8A 4DI2A 3QS1A 5P55A 3VUCA 4CP7A 3C9XA 3HAUA 3UFNA 5P10A 5P3YA 3PSUA 2A1EA 3TKGA 5KR2A 5OZZA 5P1VA 1MRWA 5P1IA 4Y4UA 4EJDA 4YDGA 1APWE 4BFBA 3S2OA 1HPXA 2IGXA 5P8NA 3PWRA 5P6UA 4Y9WA 3QP0A 5P4DA 2AZCA 2FDDA 5P3EA 2Q3KA 4R5NA 2BPZA 3O9BA 1NPVA 4U7VA 4Y4JA 4EJKA 1HVCA 1MRXA 4FGXA 4R95A 2AZBA 1N49A 1J71A 2AOIA 1ER8E 4D88A 1B6JA 4QJ9A 5P7MA 3I6OA 5OYWA 5AH8A 4I0HA 4L7GA 1PPLE 1FB7A 1HTRB 4TRWA 5P3LA 5DR3A 3QBFA 5P19A 2Z4OA 4TRZA 3OXWA 5OZWA 3GGUA 2HS2A 5P5YA 3F9QA 5P2YA 5P6GA 5OZ6A 4NJVA 2WHHA 1KJHA 4NJTA 5P68A 3NDXA 1EPPE 4TVHA 4NJUA 4FCOA 1HTGA 4GZFA 5OZ1A 5APRE 4B1EA 5HE5A 2I0AA 4AA8A 5F00A 3KDDA 4J1CA 3CIDA 4CPXA 5P6MA 1B5FA 3CIBA 4RRSA 3SA4A 5P6VA 2HS1A 3GI5A 3EKQA 3TPPA 4EQJA 5JODA 5P4PA 1M43A 4DQCA 5P4KA 3ZKSA 2SAMA 5KOSA 1MSMA 3O9LB 3UF3A 3IVIA 1MUIA 3RSVA 3NDUA 3TKWA 4AMTA 2NNKA 1BWAA 2B7ZA 3HDKA 1YTJA 5P4UA 4A4QA 1BV7A 4PHVA 3U6AA 3QRVA 1RNEA 5P4SA 2OHNA 4EPJA 4CPQA 1FFFC 5EZXA 5DQ1A 5P8GA 5OZHA 1PROA 5OZRA 2G94A 3OWNA 2QMFA 5P1WA 5P53A 5P5IA 2R5QA 3UQUA 3NDTA 2O4NA 4Y3SA 2O4SA 1ODWA 1ZJ7A 5P86A 3D20A 3BGBA 3RTMA 3KM4A 5P0MA 5P8UA 4NPUA 5P7LA 5J25A 2AOJA 3SQFA 5JG1A 1CPIA 1YTGA 5P30A 5DQ5A 5P2AA 1T7KA 4DJYA 3VYDA 5P2BA 4FIVA 1A30A 3INDA 3QROA 5P0TA 2HAHA 5T4SA 3EL5A 5P6CA 2JJJA 2G22A 5P2IA 4Y37A 3VLAA 1YM2A 5AH7A 3D1ZA 5P1FA 3BUHA 5P3CA 5I3XA 1SDUA 4Y3TA 5P23A 5P2OA 2QD6A 1RPIA 5P5OA 4K8SA 4YD3A 2WKZA 5PEPA 5P84A 4ER2E 2AVSA 1T6GA 5ER1E 4DJWA 5P6PA 3OAGB 1LF2A 5P2VA 5P6DA 3ZPTA 1FQ7A 4U7QA 4YCYA 7UPJA 1BXQA 3T11A 3UFLA 5OZAA 2BBBA 4HDFA 2ER6E 3OTSA 1YTIA 3IVHA 4J54A 5P7HA 3WZ6A 1AXAA 2R43A 1MVPA 4YHQA 5P8HA 3KT5A 4J55A 4PPHA 4L1AB 1XDHA 5P44A 2I1AA 3G6ZA 3LPJA 1Z8CA 4EP3A 5P72A 4NJSA 1BVGA 2PSGA 1ODYA 3ZMGA 1C70A 2V10C 1AM5A 5P3AA 3TH9A 3SA7A 3PJ6A 5P5BA 1HSHA 4TVGA 2CENA 1G2KA 3EC0A 2OHPA 3LIVA 4LHHA 3MXEA 4Q1YA 1MSNA 2UXZA 3K1WA 5P5XA 3Q5HA 3KFSA 4B78A 1HIIA 1OEXA 3S7MA 4YCTA 5P2QA 2AOGA 4D8CA 4H3IA 4ZSMA 5P24A 1LYBA 3UCBA 4GB2A 5OZ2A 1B6MA 1BWBA 5OZQA 3ER3E 3KFPA 3GGXA 3FNTA 5P58A 4H3GA 3URLA 4EQ0A 1LF3A 5P2LA 5KQFA 1BBSA 1XN3A 2IENA 5P45A 5P4WA 1IDAA 4JOOA 2FNTA 5OZSA 3O9HA 5P54A 2BPYA 3HAWA 3T3CA 2WF4A 4J1HA 4GJ7A 1HEGE 1BVEA 5C9BA 4OBKA 2P3BA 4J1IA 3TOHA 5P5TA 4Y4BA 4ER4E 1FKNA 2XFIA 1ZPAA 5HU0A 3L5BA 5P0KA 5KR0A 3O99A 1SP5A 5P70A 3QBHA 5P8BA 2OAHA 1G35A 1GVUA 3AIDA 4MC9A 3UDKA 3OOZA 1HEFE 3EMYA 5DPZA 2F3KA 4DJRA 1PPKE 3FV3A 3R0YA 4DQFA 4APEA 4Y54A 3S43B 5P2EA 3SPKA 4J1EA 1DP5A 3UPJA 3ECGA 2I4UA 4Y5BA 3SA5A 2ASIA 4L7HA 1D4YA 3LHGA 3OADA 4RVJA 1EPRE 1BDQA 4RVIA 5P78A 3LZVA 3MWSA 5P29A 3GGAA 5P4OA 5P7TA 3APPA 4OC6A 5P38A 4ZE6A 4LP9A 3QAAA 5OZYA 2QK5A 5P37A 4FE6A 4DPIA 4ZLSA 3OHFA 2ER7E 3NYGA 2FLEA 2PYNA 5OZGA 3RTNA 2V0ZC 4Y3EA 2V16C 5OZ5A 5P4HA 3UDQA 1TCXA 5P5FA 4L7JA 5P81A 4ZSRA 5P2TA 1U8GA 1HPVA 1IDBA 1B6PA 5OZ9A 5OYZA 3PSYA 3DCRA 2PMAA 2R3WA 5AHBA 5P3OA 5P8MA 3JVWA 4DFGA 2JXRA 2NXMA 3EM3A 4HDPA 1E81E 1XN2A 4FM8A 1XL2A 3SA3A 3S54A 5P8JA 2OHMA 1Z1RA 5P63A 3WB4A 1DW6C 5P20A 4Y5PA 2QI0A 4RCFA 1C6XA 5P08A 5AGZA 2I4WA 4FM7A 4ZSPA 3MXDA 3OQFA 1FMUA 5BS4A 5IE1A 2ZDZA 2JYSA 3ZOVA 5P2HA 5P3TA 3D1YA 3KA2A 3QVCA 5P04A 5OZPA 4MC2A 4Y5AA 5P3BA 5AHAA 5DR4A 1MERA 1MEUA 2HB3A 1FQ6A 4Y3DA 4ZPGA 5P6OA 5P5JA 3LITA 1MPPA 2O40A 1YT9A 3QRMA 3ZKQA 5SZ9A 1T3RA 1E5OE 2B8LA 3Q6YA 2H6TA 5OYUA 2FDEA 4RROA 1T7JA 3Q3TA 2WEAA 1G6LA 2WF2A 3H0BA 1HTFA 2FIVA 2P3CA 5OZBA 1ODXA 3UQPA 3ZKNA 3S56A 4I0DA 5IVRA 4DPFA 4YOAA 2PQZA 2EWYA 1MT9A 5P60A 5P3DA 3KDCA 4Z50A 1MESA 5P1YA 3SKGA 2QNQA 3OUBA 4JECA 1EC2A 1FQ5A 4YE3A 3OQKA 2QD7A 2QZKA 4RYCA 2QMPA 2QMDA 3IXJA 3PSGA 3HBOA 4DJXA 1IZDA 4I0FA 5P0AA 3NU4A 3IN3A 4I10A 2VA6A 4HLAA 1HVKA 4I1CA 3Q4BA 4YBIA 1QBRA 4PYVA 5P0RA 4J0ZA 4OBFA 2QAKA 5P0YA 5P7PA 4RZ1A 3VYEA 1SMRA 5P4VA 3EKYA 4Y3HA 3T7PA 2AOCA 1LF4A 1B5FB 1W50A 5P13A 2O4KA 3OOTA 4FSLA 5P7EA 1LYWA 4EYRA 5COOA 1EAGA 4R92A 3DV1A 3PEPA 5P0SA 2BJUA 3EKWA 3TOGA 3L5DA 5P1RA 1HVHA 3TOFA 1KJGA 4QJ8A 4B1DA 4Y5KA 3L38A 2JE4A 2PYMA 4QJ2A 2QZXA 5P36A 3VV6A 3ST5A 5P4FA 4FAEA 3BVBA 5HVPA 3O9DA 3SA9A 2NNPA 5IVTA 1FQXA 3ZPSA 1D4IA 3PMUA 4Y47A 2BPWA 5OZOA 3EKXA 4APRE 4Z2ZA 3QI1A 2I0DA 5P77A 3GW5A 4B70A 4LXMA 4YD4A 5P5ZA 3KN0A 3UDHA 1YX9A 3BRAA 5P2DA 5P1GA 1QDMA 4Y38A 1JLDA 2QI1A 1FG8C 3ZPUA 2B42A 2HPFA 5P6YA 3O9IA 3NXEA 5P6TA 1BILA 1VIKA 4B0QA 1W6HA 2WEDA 3GGVA 2AVMA 4DJVA 5P83A 4XKXA 5P0NA 5P0IA 2ER0E 1TSUA 5P6NA 4DQEA 3VFAA 3M9FA 2WJOA 5P07A 5OZMA 4Q5MA 2XFKA 5HTZA 4GJBA 3CYWA 3CYXA 5P15A 5P80A 2RKFA 5OZTA 5P8TA 2AOFA 3NLSA 5OZDA 1NH0A 4ZPEA 3KMXA 2BPVA 5P8CA 3PI0A 2AVOA 5P67A 4Y4ZA 5P16A 5P5DA 2VNMA 3SA6A 2RMPA 5P17A 3OU1B 3BXRA 2VNNA 4E43A 2NXLA 4Y57A 5AH9A 5OZXA 2OHUA 2OHRA 5P03A 4RVXA 5COKA 5P75A 2VS2A 2G69A 3L3AA 2NMZA 5P8DA 5P00A 3LZUA 4H1EA 2OHTA 3PLDA 1SIPA 2AQUA 3S7LA 5P5QA 1LS5A 5P6SA 2WF3A 4K4PA 4Y3MA 1TCWA 2IQGA 3OQAA 4J5JA 2ER9E 4I0EA 5HE4A 2Z54A 2QMGA 5P25A 2NR6A 1GKTA 3TL9A 2ZGAA 1K6PA 5P5MA 3VSXA 2OHSA 2V12C 5P6HA 3APRE 3O9FA 2NMYA 4XXSA 1DMPA 4JP9A 5IVSA 2QU3A 5P6KA 4RGHA 5P8OA 3OXVA 1IBQA 3OGPA 5P0HA 2VJ9A 4U8WA 2CEJA 2G1SA 5P0VA 2PK5A 3IXOA 5P5EA 2WF0A 5P2RA 1SH9A 2VKMA 4H3JA 4X7IA 4LL3A 5P6JA 2PSUA 5P7GA 1BDRA 3LPKA 5CLMA 1F7AA 5P7AA 2NPHA 5KQYA 1W5YA 1SGZA 4R93A 2F8GA 4COEA 4GYEA 3K5FA 5HCTA 5P7VA 4KUPA 1IIQA 5P7IA 1FIVA 2R5PA 4Q1NA 3NWXA 3IAWA 1GNOA 3UDPA 4M8YA 2P8HA 2V00A 5P65A 5P88A 2P3BB 2PH8A 5P3SA 3KT2A 5P7JA 3OU4B 4K9HA 2G21A 2R9BA 4DQBA 4ACXA 3LPIA 1ZLFA 1ZPKA 3EL0A 5P02A 3UTLA 4OBZB 3DV5A 5HDUA 4HEGA 3EKVA 5P0LA 2PH6A 3B80A 1OD1A 1D4SA 1QBTA 4OD9B 3NU5A 2V13A 1D4KA 1TW7A 3S8IA 5P4TA 4HVPA 1CMSA 4YOBA 4Y56A 5P4RA 4DH6A 4R91A 2MIPA 1QS8A 1IVQA 3URIA 3OUDB 5P4AA 2Q64A 5P1QA 3DK1A 2ZJJA 4GJ6A 4CPUA 4Y4EA 3VG1A 5P14A 5P8PA 4CMSA 5P43A 3LINA 5OYQA 3SLZA 6UPJA 2NXDA 5P1TA 2VIYA 1UH7A 5P4NA 2RKGA 1LZQA 3S85A 1C6YA 4ER1E 3VEUA 4PZWA 7HVPA 5P11A 1W5XA 2A4FA 2J9JB 2B8VA 2ZHUA 4NKKA 4K4QA 1XS7D 2AODA 5KR8A 3QN8A 5P1DA 3OAGA 4I0ZA 4QJAA 5P26A 2ZJKA 5P12A 2G1RA 5P2SA 5P6WA 5P2ZA 2ZJNA 5P1PA 5P27A 4EXHA 2P3AA 4LXKA 5P3NA 5P7BA 5HCOA 8HVPA 3G72A 3NUJA 4RRNA 5I3VA 2HB2A 1DAZC 2QI4A 2QZLA 5BRYA 3UDMA 1HVRA 4MC1A 4BEKA 5P6IA 4QLHA 5P1CA 3INHA 3NSHA 4FRJA 3RTHA 1FMBA 2IEOA 5P0UA 1HOSA 3S45A 1FGCC 2ZHTA 5OZLA 5P3WA 3VF5A 1META 1RV7A 2ZYEA 2FS4A 3VSWA 4Y3YA 3D91A 3SM1A 4AZYA 5P5SA 2QI3A 5P1AA 3SM2A 1W6IA 4Y5MA 3OQ7A 2XFJA 3FIVA 5P6EA 5P3KA 3EKTA 3SAAA 3O9GA 5AHCA 5SY2A 5KAOA 5P51A 5P0FA 1LYAB 5P2WA 5ISJA 3DM6A 1M4HA 4JPCA 5DQ2A 3NU6A 1B6KA 5P85A 3TPRA 5P6LA 1EEDP 1IZEA 1CZIE 3K4VC 4Y3ZA 4X2LA 2PK6A 1UH9A 5FIVA 5P8SA 2PWCA 5P3JA 2VJ7A 1HVLA 5P8KA 4DV9A 4YCKA 3VCMA 1FLHA 2BKTA 5P0CA 1MTRA 2IL2A 3HZCA 5P1OA 3G70A 2BPXA 5P0JA 1HVSA 3OXCA 2F81A 1FFIC 3EM6A 4OBHA 5P7OA 3EL1A 1KJ4A 1SDTA 3BUFA 5SXNA 3R1GB 5F01A 5P2KA 1K6CA 5P79A 3IXKA 3TPLA 4Y5LA 5C9DA 5P7NA 4LAPA 2FGUA 3EKPA 2PSVA 3L58A 3N3IA 2P3DA 1YM4A 3NR6A 4Y3LA 1B11A 1LEEA 5P8VA 3R2FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3A A;  5P1J A;  1EPQ E;  3TNE A;  2F80 A;  4XX3 A;  3PHV A;  1E80 E;  5P28 A;  4DJQ A;  5OYT A;  5P3X A;  5HU1 A;  4FRI A;  2V11 C;  1AID A;  5P31 A;  2PWR A;  1D4L A;  3QPJ A;  1IZI A;  5P4L A;  2G20 A;  2R38 A;  5P6B A;  3UDY A;  3UQW A;  5P5U A;  1HXB A;  4KB9 A;  5OZE A;  4Q1W A;  2VJ6 A;  3CIC A;  1AJV A;  5OYS A;  5OZ7 A;  3Q70 A;  5C9F A;  5P7Y A;  2IGY A;  5P34 A;  3PB5 A;  5P39 A;  5I70 A;  4IVT A;  1K6V A;  4Y50 A;  4CKU A;  1T7I A;  1W5W A;  2FXE A;  5UPJ A;  3HVP A;  4Y4T A;  1OHR A;  2AVV A;  5OZV A;  5P5H A;  5P73 A;  5P5P A;  5OZ4 A;  4Y4X A;  4LXA A;  4YD7 A;  5P2J A;  5P52 A;  4RCE A;  4ACU A;  5P2F A;  3MSJ A;  2F3F A;  3OY4 A;  5BWY A;  5P05 A;  1MT8 A;  4DI2 A;  3QS1 A;  5P55 A;  3VUC A;  4CP7 A;  3C9X A;  3HAU A;  3UFN A;  5P10 A;  5P3Y A;  3PSU A;  2A1E A;  3TKG A;  5KR2 A;  5OZZ A;  5P1V A;  1MRW A;  5P1I A;  4Y4U A;  4EJD A;  4YDG A;  1APW E;  4BFB A;  3S2O A;  1HPX A;  2IGX A;  5P8N A;  3PWR A;  5P6U A;  4Y9W A;  3QP0 A;  5P4D A;  2AZC A;  2FDD A;  5P3E A;  2Q3K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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