5P71A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 298
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p71A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p71A01
1OEXA 1XE6A 5P2TA 5P0AA 5P0IA 3NU9A 2B8LA 3VYDA 1A94A 4DJRA 3OHHA 2OHRA 3MSLA 5P8KA 4YOBA 5OZ8A 3O9HA 3URIA 7HVPA 4GJBA 1W6HA 5P5TA 1MEUA 5P5JA 1D4YA 1B5FA 3O9IA 5DGWA 5P4TA 3EM3A 5P5MA 4Y3NA 2G24A 5KOSA 4OBDA 5P80A 3O9FA 4DQFA 5P3SA 5P1XA 1B6KA 3PBZA 1TQFA 1FG8C 4EXGA 5OZHA 5DQ2A 4RCFA 4RCEA 2UXZA 3EL4A 3OXXA 2RSPA 4J55A 2R9BA 2AOHA 5P2IA 1HVLA 1MSNA 1APTE 2AOEA 3AUPA 3ZOVA 3OADB 4Y4UA 2AVSA 1BDRA 3SACA 2Q63A 1HXWA 3EKVA 5P03A 5SY3A 5P8AA 5P2KA 1K6VA 3QI1A 2P3CA 3EKPA 3IVIA 4B05A 3Q3TA 2OHUA 4Y3XA 4LL3A 4Y36A 1ZBGA 4DPFA 2ZDZA 2ZGAA 2R38A 2ZJJA 4KUPA 3OQAA 5P0CA 1FGCC 5P82A 2AOCA 1LYWB 1FKNA 2P3BB 4Y3MA 2XYEA 5IVSA 5DQ5A 4GJCA 4I0ZA 1EPNE 2G21A 1HEGE 3EL0A 3ECGA 2QI6A 5P25A 4Y3HA 4DVFA 5P7RA 3GW5A 1FQ6A 3JVWA 3GGUA 3UQPA 4NJTA 5P3KA 4B1DA 2B8VA 4S1GA 4Y3PA 3CIDA 1BBSA 2NMZA 1APVE 1SDVA 2R8NA 4ACUA 3UQRA 5P0RA 3R1GB 5P54A 3KMYA 5P40A 1PFZA 2ER0E 1EBKC 2XFJA 5HCTA 5P84A 1MRXA 5P7YA 1ENTE 3O9GA 4YOAA 3O9EA 4WY1A 3BUHA 3KT5A 1FB7A 5KR8A 5P7FA 5CONA 3SA6A 1YX9A 4A6BA 2G1SA 3S54A 3O99A 3NDXA 1YTGA 1RPIA 1G0VA 5P4MA 5P6EA 4FM7A 4Q1XA 5P1FA 5P6TA 3UDKA 1IIQA 2XFKA 3PI5A 3NU6A 4J17A 5AH9A 3NWXA 5IS4A 2QI5A 5OZ9A 3BHEA 5P78A 5DQ4A 2HPFA 4FM8A 5P3HA 3O9LB 2V0ZC 3Q70A 4OBKA 4CPSA 5HE4A 2WKZA 3H5BA 2HB2A 3TPJA 3OQ7A 5P3BA 2VA7A 3UDYA 4EWOA 4YD3A 5P3LA 3GI4A 1HHPA 1UPJA 1C6XA 2Q64A 4I0FA 4E43A 1E80E 4QJ2A 5AHBA 4AMTA 1T7JA 2Q15A 1A8KA 2BPZA 2HS1A 1IVQA 4B1EA 5I3YA 2Q54A 5P2FA 3PMYA 5P5NA 2QNNA 2QD8A 1GNOA 5P5HA 3VLAA 1B6LA 1K6PA 3GI6A 5P4OA 1KJFA 4D89A 5P70A 2ZJMA 6APRE 2VKMA 3APRE 5P4SA 1META 5P01A 4EJLA 4R5NA 2QNQA 3PMUA 1HVKA 4ACXA 2OHNA 3G70A 1HPXA 5P26A 4HDFA 3HAWA 3BVBA 3CKRA 5F00A 4L7GA 2VJ7A 4DV9A 5P1CA 2WEZA 4R91A 4Y53A 3RSVA 2BKSA 3FX5A 5P7JA 3Q6YA 2PSVA 1LS5A 5OZAA 5JODA 4Z2ZA 3QBFA 5P8NA 3HLOA 5P2QA 4XKXA 3S43B 5DGUA 3LIVA 1MRWA 4Y3TA 3O9BA 1QBUA 4FCOA 4Q1NA 1HTRB 2BKTA 1YG9A 4Y5EA 4FRKA 4Y3ZA 3UCBA 1SP5A 3NDWA 5P0KA 4ER4E 1BVEA 5P3CA 5HD0A 5OZ2A 2NR6A 3LPIA 3NDUA 2AVVA 1EPQE 3LPJA 3M9FA 5P6RA 5P0EA 1W5XA 4QJ8A 5OZRA 4CPRA 4Y3GA 1QBSA 3WZ8A 1FQ4A 5P1IA 4U7QA 3UDMA 3ZKIA 3PSGA 4ZIPA 2ER6E 1TSUA 1A30A 4OBZB 3OUCA 4K9HA 4AA9A 4Y5BA 4IVTA 1OD1A 5JFPA 3PWMA 1PSAA 2IDWA 4K4QA 3OOTA 2I4XA 4GB2A 2SAMA 2QMGA 4RVJA 4DJPA 3NWQA 3OK9A 2FMBA 5P2VA 1AIDA 1MT7A 1W5VA 5P38A 2AZCA 4Y5GA 4HEGA 4OD9A 4FL8A 2FXDA 3SPKA 5OZOA 4LHHA 4Y45A 1G2KA 2ER9E 5P16A 4JPCA 4PZXA 4Z22A 4IVSA 1G6LA 5P3WA 1HVCA 1DW6C 4DJWA 3IXJA 1AXAA 1HIIA 1XE5A 5B18A 4X2LA 3GGVA 1MVPA 1KJ7A 2BPYA 3OAGA 3TPPA 5IVRA 2IS0A 4Y5PA 4D88A 4Y5AA 3IGBA 5P7LA 4Y5MA 5P7GA 5P2ZA 4KE0A 3L58A 4TVHA 1HIVA 2QI7A 1ODWA 5P0SA 4Y4EA 1DIFA 5P77A 1NH0A 4GYEA 1TCWA 2PSGA 1B5FB 1RV7A 1ER8E 5P4NA 1MT9A 1FEJC 5P4CA 5P4GA 5KR2A 2ZHRA 1NPWA 3UDPA 3R2FA 4Y5KA 5HDXA 4LBTA 3KDDA 4TRYA 4PZWA 1WKRA 3SA5A 4D83A 4FAFA 5OZ0A 3A2OA 3L5EA 2B7FA 3K4VC 3OY4A 5P3EA 4COEA 2H6TA 4Q5MA 3D1ZA 2P3AA 1Q9PA 3FIVA 5CLMA 3QVCA 5P6MA 1T6EX 4OBHA 1ODXA 4Y5NA 4JOOA 5E5JA 4FGXA 3OHFA 3KN0A 1BDLA 3QRVA 1FMXA 1HSHA 3URLA 5AH7A 5OZ6A 2BPWA 2XYFA 4XX3A 4B0QA 1HWRA 4DUSA 1OHRA 3OTSA 2OHQA 3HVPA 3QN8A 4PEPA 2WF3A 1WBMA 2R3WA 4J0TA 3DM6A 5OYVA 5P64A 5P6VA 5KQYA 3UHLA 5P50A 5P0UA 3NUOA 5P4DA 2I4QA 4GJ5A 5P8PA 5JFUA 2G94A 5P3YA 1A8GA 3MSJA 4Z50A 3S85A 2VA5A 5P7VA 5P5VA 5P7EA 4U7VA 5P4AA 5P8JA 1LF2A 3TKGA 4BFDA 3T7PA 1B11A 1OEWA 2RENA 5OZBA 2QHYA 2VJ6A 4BELA 4GJ8A 5T4SA 4I0GA 5OZFA 3IXOA 3LIQA 3OQKA 3NU5A 2QU2A 3I8WA 2G1RA 5AH6A 5P5KA 5P0ZA 4B78A 4LP9A 5P3FA 4FRJA 2WJOA 1XS7D 5P7XA 1BWAA 4H3JA 5P1BA 2F81A 4H3GA 3RVIA 5P7BA 4BEKA 4OBJA 5P42A 4FS4A 4QGIA 2HPEA 4EJKA 1PPKE 4F76A 4J1IA 4Y3EA 1F34A 1ZP8A 4YD7A 5P3GA 2IKOA 5P2OA 3EKQA 3K5GA 4EPJA 2FLEA 5OYXA 4Y56A 5OZXA 5DR8A 3IVHA 1EPRE 2FS4A 3MWSA 4RRSA 4DJYA 5OZ7A 3RTNA 4I0JA 5P0QA 1UH7A 5P1ZA 5P3XA 3HW1A 6FIVA 2QI4A 2V12C 5COPA 4Q1YA 3BUGA 3EC0A 1HEFE 1TSQA 4FSEA 1SMRA 4OBGA 5OZLA 3TL9A 5HU0A 1IBQA 5SZ9A 1TCXA 1HVIA 3L5CA 4YCKA 5P3NA 1EC3A 2I0AA 4K4PA 4Y4WA 2G1NA 4Y4DA 5P07A 5KAOA 2AQUA 5P2DA 5P4WA 5P5CA 2H6SA 3S7LA 3VV7A 3WZ7A 5P19A 5P8OA 1IZIA 5P5EA 3O9DA 2QMPA 3OUAA 5P0WA 5P34A 3SABA 1SMEA 5P4VA 1YM4A 5HTZA 4Y5LA 3WB5A 2BB9A 1SIVA 5P05A 5P04A 5P4PA 4J1FA 3T3CA 3CKTA 3VCMA 2O4NA 5P8BA 3TPRA 2I4DA 3PLDA 5P0GA 5P5PA 2AODA 4EXHA 4F73A 3QP0A 5P5LA 2PWCA 3INDA 2G1YA 5OZYA 2NXMA 4FRSA 4AUCA 4Y3AA 1BIMA 4EP3A 3SM1A 4ZPEA 1EPME 5P5AA 1BV9A 1K2CA 5APRE 5P5IA 3B80A 4J1HA 2IENA 2HAHA 2QZLA 1FFIC 2G69A 2R3TA 1F7AA 2I4UA 4B77A 4A4QA 4I8ZA 5P3OA 3KFPA 3OUDA 1EC2A 1PPLE 3DV1A 5P75A 5P08A 4GJAA 2O4SA 1FLHA 3T6IA 5P6QA 3N3IA 3RU1A 5P8EA 2P83A 4B1CA 5P5GA 5P6IA 4I8WA 3GGAA 4FE6A 5P7DA 4Y3RA 4DQHA 2R5PA 2HM1A 4MC6A 1QRPE 2HS2A 4QJ7A 2APRA 4DH6A 4EQ0A 5P7MA 3TH9A 5OZ5A 1BWBA 3F9QA 3O9AA 4RZ1A 4GJDA 5DR3A 2VJ9A 3WSJA 3KF0A 5P2RA 1GNNA 3I7EA 4Y4ZA 3OU4A 5OYRA 5P6HA 5P7AA 1CMSA 5P6YA 4Y39A 3G72A 4I1CA 3IN4A 5DQ1A 1PSNA 3CMSA 3VFBA 5P8QA 5DR4A 5P69A 4EJ8A 5P2GA 2ZHVA 2JE4A 5AGZA 2PH6A 3QRMA 1A9MA 1HPOA 2Q11A 3SM2A 2NMYA 2V13A 3OTYA 3OAGB 3PRSA 4RROA 5P3DA 5P79A 1QBRA 5P87A 5P3IA 2V11C 5P52A 1Z1RA 1LYAB 2OHTA 2VS2A 1SH9A 3LIYA 1GVVA 3PVKA 5P48A 3LINA 5ER1E 3NSHA 3DCKA 1LEEA 5P1VA 1AM5A 4ZEAA 3K4VA 3PM4A 2ZJLA 2NPHA 5P43A 5P2MA 4M8YA 2PC0A 3OU1A 2VIYA 4AZYA 3DK1A 3FV3A 4HZTA 5I70A 2F3EA 5P2XA 3K5DA 3FNUA 1DPJA 4Z4XA 3S7MA 1CZIE 3D1YA 1HSGA 2G20A 5TOLA 5P6OA 1EBZA 5P46A 2FDEA 4YBIA 5OZNA 5P8IA 5OZJA 2QD6A 1EBWA 4QLHA 1HSIA 3I2LA 4KB9A 2ZHSA 5P8TA 5I3XA 3LHGA 5P6WA 5OZ1A 3U7SA 3PB5A 1MTBA 1M0BA 1HVRA 3OGQA 3L5FA 2QMDA 5HU1A 3KA2A 1KJ4A 2G27A 3UF3A 4J0YA 5P41A 4Y5CA 1AJXA 3PI0A 3KFSA 3EKXA 4BFBA 3GI5A 3PCZA 4Y57A 5P5SA 2FXEA 3RTMA 1EPLE 3S8IA 4XX4A 3PJ6A 4YD5A 3MXDA 5P1LA 3TOHA 4NPTA 5P5RA 2BJUA 4M8XA 4OC6A 5P0FA 4YCYA 5P6XA 5P23A 4L6BA 5P2WA 4MC2A 2VIJA 2QHCA 2UY0A 5AHAA 1LYBA 3HVGA 4DQCA 3L38A 5P3RA 4Y4BA 3S56A 4NJVA 3KFNA 4D8CA 5P1HA 1EEDP 1SDUA 5P7CA 1NPVA 2P3BA 4ZSRA 3FNTA 3NXEA 5P33A 3VYEA 5P8LA 4CKUA 3VFAA 3VSXA 3LZUA 2VA6A 5P88A 1DAZC 4APEA 5P30A 5P3VA 3UQWA 2F8GA 2O40A 3SA7A 3OWNA 5P6ZA 5P66A 2ER7E 4DQBA 3URJA 2OHMA 2CENA 3EKYA 3APPA 5P7HA 3KFRA 1BAIA 2QHZA 3BC4A 3SKGA 3PCWA 4GJ9A 5OZWA 1FFFC 3SA8A 3BUFA 4RRNA 4Y4TA 5P7PA 3LZVA 5P2NA 3QS1A 2NTRA 1FIVA 4OBFA 3KDBA 4B72A 1MESA 2PYMA 4JECA 5P4UA 2QU3A 3EM4A 3PGIA 5E5KA 4HE9A 2A1EA 5P0MA 1UH9A 5HE7A 5P59A 1EPPE 5OZSA 5P3MA 5P7UA 4YBFA 5P10A 4TRWA 5P2YA 1W5YA 5P4FA 5P11A 2QZWA 2WEAA 1NSOA 4RLDA 5P6JA 5KR0A 1T6GA 2O4PA 3SFCA 4WY6A 2J9KA 4YCTA 1D4HA 5P44A 1XL5A 5P7QA 4GZFA 4DQGA 5P1NA 5OYZA 5P85A 1SIPA 5P1EA 5P7NA 2AOIA 2IGYA 5P1DA 4L7HA 4Y50A 4RYCA 1B6PA 1VIKA 1K1TA 1XDHA 4ER2E 1HBVA 3ZPTA 1HPVA 3SA9A 1FMBA 5P2AA 4J0PA 3EKTA 4Y54A 1MSMA 5P7TA 3L5BA 4FAEA 4AA8A 1KZKA 2VIEA 3NR6A 5P2HA 3UDNA 4Y35A 5P28A 4CPTA 3GI0A 5P57A 3H0BA 1EAGA 3KM4A 3MXEA 2QZXA 3QBHA 5I3WA 3CYWA 3OXWA 3TKWA 5OYSA 4LXMA 3UTLA 1IVPA 5OZGA 5P58A 4ZSQA 5P5BA 4HDPA 3NDTA 4Y38A 1APWE 4I0DA 4Y37A 5P1QA 3OUDB 1HTGA 4Y43A 5P06A 5P6UA 1IZHA 2AOJA 3QRSA 1RL8A 3DUYA 1IZDA 2QNPA 1IDAA 5OZPA 3OUBA 3S43A 3IA9A 3MSKA 5EZZA 3NU3A 1ZSRA 1BXQA 1XN2A 4LXKA 5P51A 1AAQA 3KMXA 3I25A 1MTRA 1YTHA 4Y4XA 4I0EA 4L1AA 5P1SA 2V10C 4Y6MA 5P0VA 1ZPKA 1W6IA 4YD6A 3TOGA 2RKFA 3LIZA 5P4KA 3SKFA 4YHQA 5OZEA 2P3DA 5P0XA 1UH8A 5HVPA 2AVQA 3ER5E 1RQ9A 5P63A 2JJIA 1K1UA 3OU4B 2B7ZA 1SGZA 2ZJHA 1D4LA 5P17A 4MC1A 3VSWA 5P71A 5EZXA 3N4LA 5DPZA 5P4EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OEX A;  1XE6 A;  5P2T A;  5P0A A;  5P0I A;  3NU9 A;  2B8L A;  3VYD A;  1A94 A;  4DJR A;  3OHH A;  2OHR A;  3MSL A;  5P8K A;  4YOB A;  5OZ8 A;  3O9H A;  3URI A;  7HVP A;  4GJB A;  1W6H A;  5P5T A;  1MEU A;  5P5J A;  1D4Y A;  1B5F A;  3O9I A;  5DGW A;  5P4T A;  3EM3 A;  5P5M A;  4Y3N A;  2G24 A;  5KOS A;  4OBD A;  5P80 A;  3O9F A;  4DQF A;  5P3S A;  5P1X A;  1B6K A;  3PBZ A;  1TQF A;  1FG8 C;  4EXG A;  5OZH A;  5DQ2 A;  4RCF A;  4RCE A;  2UXZ A;  3EL4 A;  3OXX A;  2RSP A;  4J55 A;  2R9B A;  2AOH A;  5P2I A;  1HVL A;  1MSN A;  1APT E;  2AOE A;  3AUP A;  3ZOV A;  3OAD B;  4Y4U A;  2AVS A;  1BDR A;  3SAC A;  2Q63 A;  1HXW A;  3EKV A;  5P03 A;  5SY3 A;  5P8A A;  5P2K A;  1K6V A;  3QI1 A;  2P3C A;  3EKP A;  3IVI A;  4B05 A;  3Q3T A;  2OHU A;  4Y3X A;  4LL3 A;  4Y36 A;  1ZBG A;  4DPF A;  2ZDZ A;  2ZGA A;  2R38 A;  2ZJJ A;  4KUP A;  3OQA A;  5P0C A;  1FGC C;  5P82 A;  2AOC A;  1LYW B;  1FKN A;  2P3B B;  4Y3M A;  2XYE A;  5IVS A;  5DQ5 A;  4GJC A;  4I0Z A;  1EPN E;  2G21 A;  1HEG E;  3EL0 A;  3ECG A;  2QI6 A;  5P25 A;  4Y3H A;  4DVF A;  5P7R A;  3GW5 A;  1FQ6 A;  3JVW A;  3GGU A;  3UQP A;  4NJT A;  5P3K A;  4B1D A;  2B8V A;  4S1G A;  4Y3P A;  3CID A;  1BBS A;  2NMZ A;  1APV E;  1SDV A;  2R8N A;  4ACU A;  3UQR A;  5P0R A;  3R1G B;  5P54 A;  3KMY A;  5P40 A;  1PFZ A;  2ER0 E;  1EBK C;  2XFJ A;  5HCT A;  5P84 A;  1MRX A;  5P7Y A;  1ENT E;  3O9G A;  4YOA A;  3O9E A;  4WY1 A;  3BUH A;  3KT5 A;  1FB7 A;  5KR8 A;  5P7F A;  5CON A;  3SA6 A;  1YX9 A;  4A6B A;  2G1S A;  3S54 A;  3O99 A;  3NDX A;  1YTG A;  1RPI A;  1G0V A;  5P4M A;  5P6E A;  4FM7 A;  4Q1X A;  5P1F A;  5P6T A;  3UDK A;  1IIQ A;  2XFK A;  3PI5 A;  3NU6 A;  4J17 A;  5AH9 A;  3NWX A;  5IS4 A;  2QI5 A;  5OZ9 A;  3BHE A;  5P78 A;  5DQ4 A;  2HPF A;  4FM8 A;  5P3H A;  3O9L B;  2V0Z C;  3Q70 A;  4OBK A;  4CPS A;  5HE4 A;  2WKZ A;  3H5B A;  2HB2 A;  3TPJ A;  3OQ7 A;  5P3B A;  2VA7 A;  3UDY A;  4EWO A;  4YD3 A;  5P3L A;  3GI4 A;  1HHP A;  1UPJ A;  1C6X A;  2Q64 A;  4I0F A;  4E43 A;  1E80 E;  4QJ2 A;  5AHB A;  4AMT A;  1T7J A;  2Q15 A;  1A8K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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