5P73A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 300
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p73A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p73A01
4ZSRA 2ER0E 1SMRA 4I0JA 5P71A 2NMYA 3UPJA 2OHKA 4I0FA 5P3LA 1QBTA 4Y3JA 3UFLA 1EPME 4Y3DA 6FIVA 5P4QA 4Y41A 1NH0A 3QPJA 1IIQA 3SA5A 1IZHA 2PSUA 5P2WA 1BV7A 3JVWA 4I11A 4GJ6A 3OWNA 3T6IA 1HVRA 3EC0A 4GJ7A 3LIYA 5OYSA 2O4LA 5P3YA 1TSUA 5F00A 5P1ZA 5P3HA 5P17A 2FNSA 5OYXA 2P3BB 4AUCA 1SH9A 2OHRA 5P0QA 2WF0A 4MC1A 5KQXA 3PMYA 2IDWA 5P5CA 4FGXA 5OZQA 3HAUA 2QZKA 5P8TA 3OGPA 1EC2A 4GB2A 4YOBA 3SFCA 5C9BA 1SP5A 5P4NA 5P5EA 2QD8A 1XL5A 4ER1E 5P52A 5OYTA 5P16A 4BFBA 4J1IA 2PC0A 5P1MA 5BRYA 4DPFA 3H0BA 3LIZA 5P6ZA 1RQ9A 5KR8A 2ZJLA 3D91A 3R0YA 3UDNA 4DH6A 1YG9A 3CIBA 3T3CA 4K8SA 5P7JA 2HC0A 1SDVA 3VV6A 3CKRA 1K6TA 5P6MA 5KOQA 4DJPA 4R95A 1XN2A 3OU4B 1LYAB 2WF4A 1YTIA 3IXKA 5P22A 1K1UA 4RCDA 3L58A 3BGCA 4ZSQA 4OBJA 5HE5A 3MXEA 2XFKA 5SY2A 3QVIA 1C6YA 1APVE 4Y57A 3BHEA 3BRAA 2UPJA 3PSGA 4RLDA 2NMZA 5P1QA 2ASIA 5P7ZA 5P6SA 5OYVA 1BDRA 2NTRA 2V11C 3BGBA 3VV8A 5OYZA 4ZPEA 5F01A 5P3CA 3UDRA 3PSUA 2F8GA 5E5KA 4J0YA 5P35A 5P1WA 1D4LA 2QP8A 2IS0A 5P81A 4TRYA 5P8EA 4DQBA 1APUE 2ZHSA 5P1CA 2OAHA 3OQKA 4I0HA 4DJWA 1BWBA 1AVFA 3EM6A 2WF2A 3SLZA 5AHBA 5P00A 5I3XA 5P2JA 2IKUA 5P7KA 1LF3A 4I0EA 5P2LA 3T7PA 5P6FA 1XE6A 5P4XA 4R92A 3D1ZA 4A6CA 2OHLA 3EL0A 5HD0A 5OZ3A 3OQFA 1YM2A 4OD9A 4BELA 4DJYA 5P2GA 5DPZA 2JJIA 2P4JA 1PSOE 2Q11A 5P7PA 5P3UA 3LZYA 3OU1B 2ZJHA 3HDKA 3BUHA 3O9FA 4J1FA 4Y4EA 5P57A 3IA9A 5OZPA 3LIXA 4Y3YA 4RGHA 2QZLA 5P1OA 4I10A 4GJCA 4R91A 4ZPGA 2CENA 5P11A 1QRPE 1NPVA 4YDGA 5P80A 3LNKA 3O9HA 5C9DA 4B00A 1QBUA 3JVYA 3IVHA 2F3KA 3H5BA 1EPQE 1RL8A 2PWCA 4FM6A 5OYUA 1APTE 3VFBA 1LYWB 5P68A 1ZBGA 3ST5A 2VIEA 3OUDB 5P0DA 4Y5MA 1MERA 2B60A 1QBSA 4EJLA 5P6JA 4HVPA 1W5WA 2RKGA 2ZDZA 5P3JA 1Z1HA 3O9LA 4GYEA 2BKTA 1A9MA 2G27A 5ER2E 5P2DA 1YTJA 2OHQA 3S53A 4AA9A 2OHMA 5P3PA 2JJJA 3PBDA 4K4PA 1ZAPA 4Y6MA 2ZE1A 1IZEA 4H3IA 2G1YA 2QI3A 2WJOA 4DPIA 3LPIA 5P5YA 2QI6A 2V12C 1MT8A 2IKOA 3I7EA 1M0BA 2V10C 5P1VA 2NNPA 2B8VA 1PSAA 2RSPA 5P8CA 4EP3A 3SA8A 3CYXA 3Q5HA 5P6VA 5P6WA 5P7AA 5P8VA 2OHTA 1UPJA 3OOTA 3S8IA 2R43A 5OZVA 3TLHA 4PHVA 4PZWA 4DV9A 5OZ6A 4Y4UA 2PYNA 1GNMA 3K5GA 3LZVA 2V00A 5HDUA 5P3AA 5DGUA 1G2KA 5COKA 3TOHA 5BWYA 2NXMA 2G21A 2UY0A 5P2VA 3O9GA 5P1EA 2AVVA 3ZKGA 4RVXA 4UPJA 5I3WA 2NXDA 2H6TA 5P0RA 4CMSA 5TOLA 5P3SA 4Y3LA 1EPNE 4Y4TA 1W50A 3VFAA 5P2EA 5P2CA 3MSKA 1DIFA 3T7QA 4JPCA 2BB9A 1A94A 4DQEA 5P31A 4L1AA 2HS1A 4R8YA 5P4LA 4GJAA 2IEOA 5P3QA 5P5HA 2VA6A 3EL5A 2B42A 1FFIC 5P4DA 3VSXA 1PPKE 3KM4A 1HVLA 2CEMA 4YHQA 2AZCA 4LBTA 5P0MA 4I8WA 3NSHA 5P1BA 5P67A 3G72A 5P73A 1W6IA 3OAGB 1GVVA 1XS7D 1HSIA 1YX9A 4B1EA 4OC6A 4EXHA 3PI5A 4DJXA 2G22A 5P86A 5P04A 2VIZA 3K4VC 5P2HA 2NR6A 2Q15A 2QZWA 5P7LA 4EP2A 3I2LA 1MRXA 3HD8A 1BDQA 2BPZA 5KQYA 2WF1A 5P20A 3PM4A 4YCYA 5P2NA 1FMXA 5OZ1A 3NXNA 3RTNA 5P2MA 1XE5A 3ZPSA 5P8BA 5P7QA 3K5CA 3Q70A 1MTRA 4Y4WA 3EKTA 4Y4AA 3GI6A 5ISKA 3VYFA 5P44A 4QJ7A 1HWRA 1SBGA 3ZKQA 5P82A 1GNOA 5OZ8A 3CKPA 5P7RA 1BIMA 4A6BA 3L5BA 2VJ7A 4DJRA 1C6ZA 3LIVA 2A4FA 3PWWA 5P0WA 1OHRA 1F34A 4Y3ZA 3PLDA 1T7IA 5P3NA 1ZPAA 3RVIA 5P6KA 4M8YA 3HVPA 1EC1A 3DCKA 3EM3A 5P8HA 2P3AA 3FNSA 3KT5A 3QI1A 4Y36A 5P49A 4L7JA 3T7XA 5P53A 2FLEA 3BC4A 5P8IA 2R9BA 3S56A 3VF3A 5P2AA 3FIVA 5ENKA 1DPJA 4Y5EA 5P26A 5P0KA 4BEKA 3LPKA 4ZPFA 5P6LA 2XFJA 3UHLA 5P0OA 4J1HA 3G6ZA 4XXSA 5P83A 5P7GA 4FRKA 5P5TA 5P0AA 3WB5A 2ZHTA 5P1TA 5P7OA 5OZ2A 5P6EA 1D4SA 3DOXA 3VG1A 2G1SA 3KFPA 3TPPA 5DR8A 1GNNA 4TRZA 2Z54A 4EWOA 2F81A 4AA8A 4HDFA 5P5FA 5P8OA 3UCBA 2ANLA 1HVIA 4S1GA 1OEXA 4Y3RA 2XFIA 3I25A 4MC6A 5DQ2A 1FB7A 5DQ4A 3ZMGA 5P6HA 4U7QA 3LHGA 2WHHA 2WF3A 4GZFA 3UDMA 1W5VA 2FMBA 3UF3A 5C9FA 1ODYA 2VNNA 4YOAA 4Y9WA 4FRIA 3KYRA 4DJOA 2QMFA 4B0QA 3INEA 2ZJMA 4D85A 2RENA 2WEDA 3OADA 3VSWA 3LINA 5P5PA 2NXLA 2AVOA 2QD7A 3SKFA 4YD6A 1PSNA 1BVEA 5P7WA 1HOSA 3L3AA 2WEAA 4HLAA 5AHAA 5P5JA 4HZTA 3N3IA 2FXDA 4H1EA 5P3OA 4Y5NA 2Q54A 4X7IA 2I4XA 5P4OA 5OZKA 5P3WA 4EJDA 2IENA 5HE4A 2FDEA 3NDXA 4HA5A 5P1HA 2HM1A 3D1XA 3WZ6A 2AZBA 2BPVA 2I4VA 4AMTA 3RTMA 4OD9B 5T4SA 5P02A 1Q9PA 1META 3MXDA 5P8QA 3S54A 2HS2A 1OD1A 3ECGA 5P3KA 1G6LA 4Z2ZA 1BAIA 1W5YA 2AIDA 3D1YA 1MSNA 1RPIA 1D4HA 4Y5CA 5P7HA 4NJTA 2RKFA 3URIA 3K5DA 1MTBA 1UH9A 5P7XA 2IRZA 4OBHA 5COOA 5P56A 3DM6A 4U8WA 5OZRA 4Y48A 1K1TA 2OF0A 5P7UA 2QNNA 1HHPA 5P69A 5P5WA 3ZKNA 3DV1A 2G1RA 1E81E 3FV3A 1AJXA 1TQFA 3OQAA 5P58A 1K6CA 3OTYA 2AZ8A 5P72A 5AH7A 1ZTZA 4YA8A 2JXRA 3K4VA 2Q63A 4Y5KA 4I0GA 5IVQA 3HVGA 3O9LB 3KFSA 4DVFA 3INFA 3ZOVA 3DUYA 5JODA 3ER5E 4Q1WA 3L5CA 4U7VA 3TKWA 3QRVA 2J9JA 1PFZA 5P7BA 4D89A 1DW6C 1M43A 5P51A 5P0IA 2V0ZC 1W6HA 3O9DA 4I0ZA 3HZCA 2BKSA 4NPTA 5P70A 5P6IA 5P4ZA 3M9FA 5P8DA 3TKGA 1BILA 1EPRE 3AUPA 5P45A 4QJ6A 4WY1A 5OYQA 5AGZA 1HXBA 5P1SA 5P34A 2Z4OA 2JYSA 1MUIA 4OBFA 4FM7A 5CLMA 5P88A 4NKKA 3ZPTA 4J1CA 1IDBA 5P5ZA 4I12A 5OYRA 3UTLA 2PWRA 3UDQA 1TZSA 4HDPA 2PK5A 3SPKA 5OZTA 4EPJA 5P2ZA 3QIHA 4Y3WA 3KN0A 5OZLA 2BBBA 1MPPA 5P30A 2AVMA 1JLDA 1ZSFA 3QRSA 4RROA 9HVPA 4QJAA 3PB5A 4Y3NA 3TPRA 5I3VA 5DR7A 4X2LA 5AH8A 5AH9A 5P2XA 4Y5AA 1APWE 1HIVA 1N49A 1MIQA 2QI7A 3HLOA 3LPJA 2AZ9A 4B72A 1KJ7A 4D8CA 3APPA 5OZCA 3QN8A 3S2OA 3RSXA 2QU2A 5P5GA 4DJQA 2FNTA 3OUCA 4L1AB 4F74A 3QBHA 5OZ4A 3QBFA 1FIVA 3UQPA 1ZJ7A 4YD3A 2RMPA 3LITA 5P0ZA 1BBSA 4HEGA 1WBKA 5P4UA 4YD4A 3F9QA 1B6PA 5HDXA 4J0TA 1B6JA 1FQ7A 4R93A 1FQ8A 1FMBA 4YD7A 2QMGA 5P8GA 3IGBA 4DI2A 5OZAA 3AIDA 5P5QA 1BXOA 3OHHA 5OZFA 1E5OE 4EHCA 5OZMA 5P4KA 5P6XA 4J5JA 1MRWA 4I1CA 1IZDA 4RVIA 4OC6B 8HVPA 2WL0A 1HXWA 5P6PA 2O4NA 5P1KA 3ZPUA 5P46A 5P6BA 1KJGA 1T6GA 5P0HA 1KJHA 4F75A 5P10A 3QRMA 5P6GA 1IZIA 4LAPA 1A8KA 1IBQA 5FIVA 4Y4ZA 3C9XA 1QS8A 4H3JA 5IVSA 1MSMA 3UDHA 2CEJA 1DP5A 4QJ2A 3UDPA 1EPOE 5JFPA 5P5AA 5P3FA 4ZSMA 5P2TA 1HPVA 4JP9A 3OUAA 4LXKA 2QI5A 1IVPA 5P1GA 2VS2A 1J71A 3S7MA 5HDVA 2J9KA 3OXXA 5P37A 2QU3A 4COEA 2WKZA 5P1AA 3WZ8A 5JFUA 2Q5KA 2G69A 4DUSA 1ODXA 1EPPE 4GJ5A 5P2UA 5P27A 2I4UA 4B78A 3CYWA 4J17A 3OTSA 1HPOA 5JG1A 5P6NA 3EKWA 5P8SA 3OQDA 3UDKA 4Y53A 5P6UA 4B1DA 2FDDA 2R3TA 5P3GA 5COPA 1BDLA 1LYBA 4NJVA 4Y4GA 3HBOA 3IAWA 5P5SA 2AOJA 2OHUA 3IXOA 2V16C 4ZLSA 3EM4A 4DQHA 1LV1A 1D4YA 1K2CA 4JPEA 3G70A 1AJVA 5OZ0A 4J0PA 4Y5LA 2R3WA 4Y3HA 2VJ9A 3OGQA 5P6QA 2F3EA 3NDUA 3O9CA 5OZNA 1GVUA 5P3VA 5P1FA 5P3TA 3SACA 1E82E 3WZ7A 5P24A 2P3DA 2I4WA 5P1NA 5P3ZA 4L7GA 5P7FA 5P0NA 3TL9A 5P4EA 4N00A 5P87A 5P60A 2NNKA 1CPIA 4FE6A 4OBDA 1ME6A 3APRE 7HVPA 4YCKA 5P3BA 4KE1A 5KR2A 5P0JA 3PVKA 5P62A 3D20A 4RYGA 3O9BA 2HPEA 5P65A 4DFGA 4KUPA 3NU9A 3MWSA 1U8GA 3NU6A 3R2FA 4YDFA 1HVJA 2AOEA 3BVAA 5UPJA 3PEPA 4Z4XA 4QLHA 5OZ7A 3CIDA 4CPSA 1TCWA 4GJ8A 1B5FA 4B70A 1EBWA 4FCOA 3OADB 3URLA 1HVKA 4OBGA 4L6BA 5P5VA 3PLLA 4Y5GA 2WECA 5P4HA 5AHCA 6APRE 1HVHA 5OZBA 3UDJA 3ZL7A 3GGAA 4FL8A 1HBVA 1XDHA 5P66A 2QI0A 2ZYEA 1ENTE 4Y38A 5OZOA 5P4SA 1FQXA 3U6AA 4KB9A 3GI4A 4J54A 3NU4A 4Z50A 1SGZA 4FAFA 1FLHA 1FFFC 3S45A 1GKTA 4TVHA 3VF5A 2QZXA 3SKGA 3OU3A 3ER3E 2B7ZA 1HVCA 5P6RA 3UQWA 5P7DA 1FQ5A 2APRA 3MSLA 3EKVA 3RU1A 3NWQA 5KR1A 1K6VA 4CPUA 5P2OA 3BXSA 3B80A 4A4QA 1ZSRA 3L38A 3OXWA 5EZZA 3LZSA 3NXEA 1ER8E 5KR0A 5P2KA 5P5MA 3SQFA 5HE7A 1VIJA 5P33A 1D4KA 3S85A 5P03A 5P08A 3OOZA 3SAAA 3KF0A 3KDDA 5SY3A 4J0ZA 1HVSA 4TVGA 3HAWA 5HCTA 4CPRA 4JOOA 3URJA 2P83A 1MT9A 5CONA 5OZEA 3NU5A 4Y54A 4LL3A 2IGXA 4FIVA 4EQJA 1B6KA 1NPAA 5P79A 1YT9A 4LXMA 1B6MA 5OZHA 5P07A 3SA9A 4MC2A 1SDTA 3U7SA 4WTUA 1LZQA 5P4YA 2QMDA 1HSGA 2VIYA 4J55A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZSR A;  2ER0 E;  1SMR A;  4I0J A;  5P71 A;  2NMY A;  3UPJ A;  2OHK A;  4I0F A;  5P3L A;  1QBT A;  4Y3J A;  3UFL A;  1EPM E;  4Y3D A;  6FIV A;  5P4Q A;  4Y41 A;  1NH0 A;  3QPJ A;  1IIQ A;  3SA5 A;  1IZH A;  2PSU A;  5P2W A;  1BV7 A;  3JVW A;  4I11 A;  4GJ6 A;  3OWN A;  3T6I A;  1HVR A;  3EC0 A;  4GJ7 A;  3LIY A;  5OYS A;  2O4L A;  5P3Y A;  1TSU A;  5F00 A;  5P1Z A;  5P3H A;  5P17 A;  2FNS A;  5OYX A;  2P3B B;  4AUC A;  1SH9 A;  2OHR A;  5P0Q A;  2WF0 A;  4MC1 A;  5KQX A;  3PMY A;  2IDW A;  5P5C A;  4FGX A;  5OZQ A;  3HAU A;  2QZK A;  5P8T A;  3OGP A;  1EC2 A;  4GB2 A;  4YOB A;  3SFC A;  5C9B A;  1SP5 A;  5P4N A;  5P5E A;  2QD8 A;  1XL5 A;  4ER1 E;  5P52 A;  5OYT A;  5P16 A;  4BFB A;  4J1I A;  2PC0 A;  5P1M A;  5BRY A;  4DPF A;  3H0B A;  3LIZ A;  5P6Z A;  1RQ9 A;  5KR8 A;  2ZJL A;  3D91 A;  3R0Y A;  3UDN A;  4DH6 A;  1YG9 A;  3CIB A;  3T3C A;  4K8S A;  5P7J A;  2HC0 A;  1SDV A;  3VV6 A;  3CKR A;  1K6T A;  5P6M A;  5KOQ A;  4DJP A;  4R95 A;  1XN2 A;  3OU4 B;  1LYA B;  2WF4 A;  1YTI A;  3IXK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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