5P73A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 300
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p73A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p73A01
3QN8A 1MTRA 2HS2A 1BWAA 1K6PA 4QJ8A 2AZ8A 4AA8A 5P66A 3G6ZA 5OZGA 4Y3HA 5OZ5A 2I0AA 1HSHA 2FXEA 5P1ZA 1G0VA 5P6RA 4Y4BA 5P2VA 2G24A 3OGPA 4DJWA 2Q15A 4EQ0A 3CYXA 1GVUA 2R9BA 4Q1XA 1XL2A 2QI1A 2AQUA 5AH6A 5P11A 4FAEA 3LNKA 5P03A 4JP9A 1W5VA 1MSMA 3SLZA 4QLHA 3IVIA 2OHRA 5P8QA 5IS4A 1MSNA 5HDUA 1HSIA 2ZJNA 4DPIA 1E81E 5P30A 1C6YA 1HIHA 1MPPA 5T4SA 5P3XA 3NU9A 4LBTA 2Q55A 3IN3A 1B11A 1IZEA 3DCRA 5P06A 4Y3YA 4GB2A 4ZLSA 4OBZB 4RCFA 5P41A 1APUE 3IXKA 5P6LA 4IVTA 2QK5A 4PYVA 4DJXA 4HZTA 4DFGA 4Y3TA 2JXRA 4Y43A 4EWOA 3TH9A 5P2RA 3NUJA 1PPKE 3KFPA 5HDZA 3WZ6A 3QRVA 1IDBA 4TVHA 5P7RA 5COPA 4YBIA 2ZJJA 4Y3DA 5P07A 5DGWA 3DUYA 4ZSPA 1AM5A 3OOZA 3ST5A 5P0TA 2JJJA 3NYGA 3OUDA 4FM6A 5OYUA 5P05A 5P3MA 1AJXA 1ODXA 3PI0A 5P01A 2CENA 4KE0A 2OHQA 5P8JA 5P26A 1PFZA 2ZE1A 1ODYA 3DK1A 4Y4DA 2F81A 2AVSA 4FE6A 5SY2A 1NPAA 5P3OA 4CPSA 2QI7A 3LINA 4I0GA 1D4KA 3LPIA 1RNEA 1EC1A 1B5FA 2O4KA 5P6YA 3ZPSA 1NPWA 2AOFA 3CKTA 5I3XA 5JG1A 1FQ7A 1AIDA 3HD8A 1HPVA 3EXOA 5P87A 5OZAA 1Q9PA 5DQCA 5P57A 4NPTA 5HE5A 7HVPA 4D85A 1BXQA 5ENKA 3KDDA 3PBZA 1AXAA 2IEOA 3OWNA 3BUGA 3TPLA 1SBGA 3VYEA 4ZSQA 3O9DA 5P35A 1UH9A 5P1DA 5AHBA 5P47A 5P0IA 2QNPA 3UQXA 1TCXA 5P2UA 1SGUA 3CMSA 5P69A 5P0UA 3L5EA 4Y3LA 3GI0A 2P3AA 2V11C 3HVPA 5P1MA 3RU1A 4FRKA 3B80A 5P08A 3D1ZA 2VJ7A 3OXCA 5P34A 2QD6A 5C9FA 5P63A 5P7WA 3S8IA 3URLA 2IQGA 2QP8A 5OZ0A 5IVRA 4HE9A 3T3CA 5P7SA 1HSGA 2UPJA 3DV5A 4Y4ZA 2VA5A 5IVSA 4YHQA 1FQ4A 1KZKA 5P8VA 4OD9B 1PROA 3EKPA 5P2FA 4Y5EA 1T7JA 2OHLA 5P61A 5P1YA 1DMPA 1FQ5A 5JFUA 4J54A 4OBFA 5P5JA 5OZHA 5P8EA 3S53A 5P0DA 3K1WA 4Y3JA 2OF0A 5P44A 5OZJA 3OADA 2G1NA 4Y6MA 1PSNA 3CICA 3UDRA 3IAWA 3U7SA 5P6UA 3EKXA 1TCWA 5P6OA 5APRE 3ZLQA 5KR1A 3KM4A 2NMZA 2OHTA 3OHHA 5P4CA 5P65A 5P43A 5P2CA 3D20A 4EJ8A 5P58A 5E5JA 2VA7A 5P4GA 1HBVA 5P32A 5P40A 3TOGA 4LC7A 1GNNA 3EL1A 4QJ6A 1APWE 4Q1YA 5P60A 1FG6C 4JECA 5P0AA 4DQHA 4GJ5A 1FQ6A 4Y38A 5P3ZA 1K1UA 1HVKA 4ZEAA 3OUBA 3SKGA 5KOQA 5P62A 4I8ZA 4Y3RA 5AH9A 5P5MA 4I0EA 2APRA 1A8GA 1QDMA 5OZ4A 3UTLA 2WEDA 5P1OA 3HLOA 4AA9A 5P5SA 4HDPA 2G1OA 2IS0A 3R0YA 3FNTA 5P1HA 5P1CA 4FCOA 5P88A 4CKUA 1QBUA 1MIQA 5HU0A 1KJ4A 2V0ZC 5P50A 5P16A 4Y5CA 5P5FA 5P1BA 5P2IA 1EPRE 3OUDB 4F75A 3PLDA 5P6BA 1CMSA 3EL9A 5P6XA 3K4VC 5ER2E 5P2HA 5P00A 5P5XA 1EPQE 4LXMA 3IVHA 5P3LA 3R2FA 4J0ZA 5OZ2A 2ZGAA 3EBZA 3I6OA 5P04A 4Y4AA 1XN3A 5P6CA 1HTFA 1OD1A 5P7PA 1PSAA 4M8XA 2OHNA 3KMXA 3B7VA 2ANLA 1M0BA 2BPXA 3BGCA 4A6BA 1B5FB 5P2EA 4GMIA 4R92A 4XXSA 3S54A 4B78A 5P28A 5P1QA 4EJLA 1APVE 2VA6A 5P6ZA 4U7QA 1T3RA 5P48A 3OXVA 2OHKA 1NPVA 3TTPA 5P1JA 5F00A 4D88A 5P1IA 3ZKGA 5P2YA 3I25A 1QBTA 2HB4A 5P7MA 3PSUA 4Y3FA 2AZ9A 1LS5A 2PSUA 3O9GA 5P4XA 1OHRA 4EXHA 3NU4A 3APPA 5P3PA 3SM2A 5P0OA 4B00A 2WEZA 1IBQA 2JYSA 3INHA 2PYMA 5P09A 4DJYA 2HB3A 2WHHA 4PPHA 1XN2A 1A8KA 3K5GA 4I0FA 5P2KA 4Y36A 1EBKC 3UPJA 5P8SA 4CPQA 2HS1A 2PQZA 2XFKA 3UDQA 4RVIA 1FEJC 5P0BA 2PSGA 1IVPA 1C6XA 2F8GA 1TZSA 1SDUA 4CMSA 3WB4A 3EKWA 2QCIA 5OZNA 2FDDA 2VKMA 3FNUA 4Y4JA 5DQ4A 2AVOA 4L7GA 2QZWA 3G72A 4Y3GA 2O4NA 1EPOE 2QMGA 5P6GA 2AOEA 4LP9A 4I1CA 1BV7A 2VS2A 2IGXA 5P4DA 1EC2A 4I0IA 5C9DA 5P3IA 5P7TA 4Y51A 2R8NA 3UDHA 4I12A 1B6KA 4RYCA 5P6NA 4Y5BA 4DH6A 5OZRA 1FMUA 2HIZA 5P7OA 3S7LA 3OADB 4GJ6A 2WKZA 4AZYA 3EM3A 2P8HA 5OYRA 3VEUA 3GI6A 1J71A 4XX3A 4COEA 2XYEA 2OHSA 3PCZA 5P4BA 3MSKA 5P2DA 5P5TA 3O9HA 3UQRA 5P52A 4HDFA 2ZDZA 3KT5A 5P3VA 3UF3A 5OZXA 5P8TA 5P0ZA 3NU5A 1B6LA 3GW5A 1IZHA 3PBDA 1KJFA 5OZPA 3RSXA 5P2ZA 2FGVA 5P3BA 3PRSA 4QGIA 1LV1A 4FRJA 5P3JA 3OHFA 4HA5A 1KJ7A 4CPWA 1GKTA 3HBOA 1G6LA 4J1FA 5P0VA 2AZBA 4Y56A 4ZPGA 5P4MA 1DIFA 3S56A 1E82E 1QBSA 3NXNA 4YDFA 5P2MA 5KQYA 4LXKA 1D4YA 2IKOA 1B6JA 4Y50A 4PEPA 3PI5A 1ZTZA 2Q11A 5IVQA 2Q3KA 4FS4A 3ZOVA 3T7QA 3KYRA 5P4LA 1K6CA 4R8YA 4KB9A 2FLEA 3SKFA 2WF0A 4H3FA 1W6HA 3EKQA 2IKUA 5J25A 4YD3A 4K4RA 3O9EA 2BKTA 5P8MA 3GGVA 2BQVA 2HPEA 2WF3A 3D3TA 3L38A 5ER1E 3PVKA 4HDBA 5P0SA 5OZFA 5P0FA 4FSEA 5AH8A 2Z54A 1YM4A 1Z8CA 3UFLA 2H6SA 4Y35A 3DCKA 4EHCA 1G35A 1QBRA 1UH7A 5P86A 5P5GA 5P7BA 5P8CA 2AVQA 4FM8A 2QNQA 2NXMA 2HAHA 5P5BA 5P12A 4DI2A 5OZLA 1ZLFA 4H3GA 4B72A 3FX5A 4OD9A 3CYWA 2IENA 3O99A 3WB5A 2G26A 1HVLA 4B1CA 1HEFE 3Q3TA 4FAFA 3L5CA 5P1SA 5P82A 2XFIA 4H1EA 1W50A 4GJ8A 5P3RA 2B8VA 5P4FA 5P1XA 5OZYA 3MSJA 2V13A 1LF3A 1BBSA 4L7JA 5OYQA 5B18A 3HW1A 4B70A 5DGUA 3CKRA 2G21A 3EM4A 1UPJA 1E80E 2I4DA 4R5NA 8HVPA 1XDHA 2O40A 1MUIA 3CKPA 3WZ8A 1HVSA 1BV9A 4K8SA 5P4JA 1YTJA 3F9QA 5P14A 3UQPA 3BVAA 3RSVA 3HAUA 5P10A 5P7NA 1K2CA 3K5DA 3OUAA 5P4UA 5DR7A 1BIMA 3TNEA 1ZSRA 3JVYA 4Y3AA 1YTHA 5AHAA 3NU3A 5OZDA 3S7MA 3LPKA 3Q4BA 3I7EA 4BFDA 4B77A 1HTEA 4DQEA 3VV7A 1AJVA 4I10A 3GGAA 5OZMA 5KQXA 3SA8A 1SP5A 5SXNA 4B1DA 1FFFC 3WSJA 3EL4A 3DV1A 2AOHA 2FDEA 2FGUA 5P55A 2EWYA 5P71A 4S1GA 3KDBA 1YG9A 4NPUA 5KQZA 4D83A 5P4IA 5P8LA 5P7GA 2QHCA 5P3SA 3ZMGA 5DR4A 4J0YA 5P2BA 5P83A 3O9AA 2R3TA 4FM7A 4J1CA 5OYZA 3HAWA 5P27A 5P8FA 2O4PA 2PSVA 5P7HA 3QRSA 4QJ2A 5P81A 3QIHA 2ER9E 3KA2A 1FGCC 4OBGA 4GYEA 2F80A 5OZSA 2PC0A 3OTYA 1HVHA 2P3DA 3INDA 1WKRA 2V00A 3VF7A 5P1TA 5HDXA 3UDJA 5P2NA 5P54A 3RVIA 3IXOA 4KE1A 3DOXA 1SMEA 4Y4TA 5HD0A 4DJRA 1HVRA 1LF2A 4Y4WA 1UH8A 1DW6C 2CEMA 5KQFA 5P77A 3T7XA 4LAPA 4DJVA 5P02A 3LPJA 5P3GA 3APRE 1K1TA 3SA7A 1RPIA 3QP0A 5P7VA 5CLMA 1ODWA 5P8IA 4OBKA 2QD7A 3IA9A 2RKGA 3PM4A 3U6AA 4Y3ZA 1XS7D 1FG8C 3SQFA 1EBZA 4ER4E 2ZHTA 4MC1A 2QI4A 2O4LA 3BUHA 5EZZA 4DVFA 1HXWA 3PWMA 4QJAA 5P18A 3ZPTA 3INEA 1LF4A 4Y3SA 1MT8A 2BPWA 5OZ9A 5JFPA 2BBBA 3PSYA 2FXDA 5P6TA 1GVXA 2BPZA 6APRE 5P33A 2V12C 2VIYA 3INFA 4WY1A 3LIZA 5P0XA 1TSQA 3R1GB 4DJOA 2J9KA 1W51A 3PEPA 3OAGA 4I0DA 1MRXA 5P6WA 5P6JA 5P4NA 5OZIA 5OZQA 1FLHA 3L5DA 5P5IA 3QVIA 5P6VA 2PK6A 1MRWA 3ZKNA 1LYAA 3OUCA 4Y4GA 4KUPA 3QVCA 2ZJIA 3OXWA 3OGQA 5P22A 1BDRA 2G69A 4PZXA 3DJKA 1U8GA 2AODA 1TQFA 5P5HA 5P3AA 5P70A 2J9JA 5P42A 1BVEA 3QI1A 3UCBA 4Y5MA 1FB7A 4Y53A 1F34A 3D1YA 3EL5A 5ISJA 5HTZA 4NKKA 5P2QA 4Y3MA 3C9XA 4R91A 3QROA 5DQ2A 3OQAA 2BKSA 4J17A 2MIPA 3UDKA 3TOHA 2UY0A 5C9BA 2HB2A 3BUFA 2V10C 4OC6B 3O9IA 4FGXA 5DQ1A 1W5YA 1BDQA 2ZJKA 4LHHA 4WTUA 3SO9A 5I70A 2I1AA 5OZ3A 3VV6A 2ZHVA 2P3CA 2VIZA 3O9FA 5AH7A 4J0PA 5P2AA 4Y3EA 4F73A 2OAHA 2RMPA 4QJ7A 4DQGA 4FL8A 5P0JA 5P79A 4Y3XA 1SH9A 2PYNA 5P1UA 3KDCA 3UQUA 2WEBA 5OZVA 3LIYA 1EBWA 5DR3A 3D91A 5P6DA 4AMTA 3ECGA 5P3KA 1MVPA 5P7IA 2UXZA 5P5QA 3MXEA 5SY3A 3Q5HA 3UFNA 2FIVA 4D8CA 2B7FA 4NJTA 4APEA 3R4BA 5P4RA 2AZCA 4MC9A 5COOA 1F7AA 5P0CA 3HDKA 3IXJA 5P7DA 2P3BA 1FMBA 4Y5NA 5P36A 4ZSMA 1RL8A 1MTBA 1EPPE 1BILA 2WF1A 4Z4XA 1IVQA 3URJA 2RSPA 5P17A 3OU1A 1HVCA 5P2LA 3L5BA 1GVWA 3KFRA 2PH6A 1DP5A 5P75A 4BFBA 5OZWA 4M8YA 4LL3A 1HPOA 2PK5A 3NLSA 3TPRA 5P7EA 4ZPFA 1Z1RA 5P23A 4ER2E 5P7JA 4N00A 5P1WA 1N49A 3OU4A 1JLDA 4Y4UA 3VG1A 2WECA 3EKTA 4ZSRA 1M43A 5OYWA 5P8UA 2AOIA 5P80A 1W5WA 1BWBA 4J1KA 5P5KA 1E5OE 2NR6A 3ZPUA 4GJBA 4TVGA 3LIQA 3MXDA 4PHVA 4GJ9A 5DQ5A 5P0KA 4Y3QA 3I8WA 3OAGB 4YD5A 2OHUA 3CIDA 5P7YA 5P2TA 3ZKQA 2Q54A 5P73A 3TL9A 1TSUA 5OZCA 5P1AA 2PH8A 4DQFA 4EXGA 5DR0A 2RENA 4Y4XA 5P3HA 1FFIC 1LYAB 5P3QA 3LITA 3KT2A 4Y3NA 3MWSA 3NDXA 3S43A 3L58A 2QMPA 3VSWA 5OZTA 5KR8A 1G2KA 3UDYA 1FF0C 4EYRA 1EPME 3OQKA 2J9JB 4FLGA 5P3YA 3BVBA 5OZKA 3OOTA 5HE7A 1EAGA 1GNMA 1B6MA 5P5ZA 3SFCA 1OEXA 4Z22A 1FQ8A 3OY4A 4I8WA 5OYYA 4F74A 5OYXA 2R38A 2QNNA 4J0TA 3VLAA 2G1YA 1YT9A 1D4LA 4YCKA 3ZKMA 1T7KA 1IDAA 4DUSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QN8 A;  1MTR A;  2HS2 A;  1BWA A;  1K6P A;  4QJ8 A;  2AZ8 A;  4AA8 A;  5P66 A;  3G6Z A;  5OZG A;  4Y3H A;  5OZ5 A;  2I0A A;  1HSH A;  2FXE A;  5P1Z A;  1G0V A;  5P6R A;  4Y4B A;  5P2V A;  2G24 A;  3OGP A;  4DJW A;  2Q15 A;  4EQ0 A;  3CYX A;  1GVU A;  2R9B A;  4Q1X A;  1XL2 A;  2QI1 A;  2AQU A;  5AH6 A;  5P11 A;  4FAE A;  3LNK A;  5P03 A;  4JP9 A;  1W5V A;  1MSM A;  3SLZ A;  4QLH A;  3IVI A;  2OHR A;  5P8Q A;  5IS4 A;  1MSN A;  5HDU A;  1HSI A;  2ZJN A;  4DPI A;  1E81 E;  5P30 A;  1C6Y A;  1HIH A;  1MPP A;  5T4S A;  5P3X A;  3NU9 A;  4LBT A;  2Q55 A;  3IN3 A;  1B11 A;  1IZE A;  3DCR A;  5P06 A;  4Y3Y A;  4GB2 A;  4ZLS A;  4OBZ B;  4RCF A;  5P41 A;  1APU E;  3IXK A;  5P6L A;  4IVT A;  2QK5 A;  4PYV A;  4DJX A;  4HZT A;  4DFG A;  4Y3T A;  2JXR A;  4Y43 A;  4EWO A;  3TH9 A;  5P2R A;  3NUJ A;  1PPK E;  3KFP A;  5HDZ A;  3WZ6 A;  3QRV A;  1IDB A;  4TVH A;  5P7R A;  5COP A;  4YBI A;  2ZJJ A;  4Y3D A;  5P07 A;  5DGW A;  3DUY A;  4ZSP A;  1AM5 A;  3OOZ A;  3ST5 A;  5P0T A;  2JJJ A;  3NYG A;  3OUD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XL5 A;  3TKW A;  3OU3 A;  2IL2 A;  3LZV A;  3KF0 A;  1HII A;  3TPJ A;  3SA3 A;  3IN4 A;  3S2O A;  2PWR A;  4Q5M A;  5I3V A;  1B6P A;  2QU2 A;  5ENM A;  4OBZ A;  5P7U A;  2VJ9 A;  6FIV A;  5DR8 A;  1HRN A;  5ISK A;  2JE4 A;  4Z2Z A;  3T11 A;  2QZL A;  2ZHU A;  5COK A;  3CIB A;  4I0J A;  1HOS A;  5P6K A;  5P1G A;  3QBF A;  2IDW A;  4GID A;  3NDW A;  5P4A A;  4K4P A;  5P0Y A;  2ASI A;  2F3F A;  5P2X A;  5P39 A;  1XE5 A;  2R5Q A;  2VIJ A;  3NDU A;  5P6S A;  1ZPA A;  3UQW A;  4A4Q A;  4FIV A;  4JOO A;  3BHE A;  3D1X A;  2Q63 A;  2B8L A;  4K9H A;  1HEG E;  4Y37 A;  5HCO A;  5P89 A;  5P6I A;  5P6F A;  5P31 A;  4GJC A;  5P4Y A;  3SA6 A;  2QI3 A;  2WL0 A;  5P5L A;  4EJK A;  4B0Q A;  2P4J A;  5P7F A;  1BXO A;  1HXB A;  2H6T A;  5P0E A;  5P0W A;  1NH0 A;  5P6Q A;  2NNP A;  1DAZ C;  4R95 A;  5P19 A;  1D4J A;  3GI5 A;  5P7L A;  3SAA A;  1OEW A;  4PZW A;  3EKV A;  2I4Q A;  5P1P A;  5P4E A;  3OK9 A;  7UPJ A;  4F76 A;  2OHP A;  1FQX A;  4RVJ A;  2QMF A;  3KMY A;  1MT7 A;  5OZ6 A;  4ZPE A;  3URI A;  2G1R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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