5P76A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 303
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p76A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p76A01
4J0YA 5P2OA 2NNKA 4H3JA 5AHBA 1HSGA 3QI1A 3N3IA 5OZNA 4Y3GA 5EZZA 4WY6A 4RRNA 1OEXA 2AOJA 5P0EA 5P03A 3NWQA 1RL8A 4Y58A 2B60A 1XS7D 2QI4A 4Y3HA 2ZHSA 5IVSA 5P7GA 3PWWA 3INFA 2XFIA 4H3GA 1FFIC 2BB9A 2QD8A 1QBRA 3LPIA 1BXQA 3EM6A 3UFNA 2VNMA 1C6ZA 3NUOA 5P7XA 3EBZA 3VV8A 4Y53A 5UPJA 4H3IA 3L5EA 1XN2A 4YA8A 5P24A 1EPME 4U8WA 5P62A 4OC6B 4Y5EA 2ZGAA 5P0GA 3TPPA 5P7IA 5P4AA 5B18A 5P6AA 5P09A 1HRNA 3OU1B 3FKTA 2PWRA 5P14A 5OYYA 5P8KA 1EPQE 5OZVA 2CEJA 3L59A 5P68A 3T7QA 5OZDA 4A6CA 4KE0A 4GJ7A 3QPJA 5P2GA 5P3EA 1NSOA 3WB4A 3DCKA 4Y4XA 2OHPA 4PYVA 4B78A 2FXEA 4YD4A 2NMZA 4LXKA 5P45A 4CP7A 3NDUA 5P2LA 3EKXA 1D4JA 5C9DA 4X7IA 2IGXA 5P65A 5P5SA 5P8VA 2V0ZC 4QLHA 5P25A 3TOGA 3EMYA 1LYWA 4Y41A 1OHRA 2I4WA 1CPIA 3ZPUA 2CEMA 3LHGA 1YT9A 3QVCA 3SM2A 5BRYA 4HDFA 1SP5A 2P4JA 2F3EA 2ZJMA 4J54A 2PC0A 2HB3A 1AJXA 4I0DA 4YHQA 3NU9A 5P89A 2Q3KA 1MRWA 2HB2A 1APWE 5P0XA 5COPA 5P8BA 3HBOA 2QI5A 2OHUA 5OZMA 4J5JA 3KMXA 2IS0A 5P28A 4EJKA 2IGYA 3HW1A 4J1FA 2J9KA 3LZYA 5P6CA 1EEDP 3L5BA 3JVYA 2V10C 2AZ8A 1EPNE 4Y3DA 4NJSA 4OBZA 4BFBA 5P3JA 5P1TA 2OHQA 1WBMA 2QAKA 4F74A 2ZYEA 3D3TA 4PEPA 3QIHA 2BJUA 5P49A 5P3KA 2EWYA 3KA2A 2QZWA 1AXAA 1B6LA 1LV1A 1RNEA 2VA6A 4R91A 5P1IA 5P2FA 4DJPA 4J0PA 2VJ9A 3KYRA 5P2DA 3VYEA 2XFKA 2P3BA 2WL0A 3D20A 1EPPE 2O4PA 2PSUA 5P2YA 3O9FA 1PSNA 1BDRA 1T6EX 1GVXA 2RSPA 3URLA 5P6WA 2FNTA 3LIXA 1SGZA 4ZPGA 4J1HA 4OBKA 2O4LA 1BAIA 5P1DA 4ER4E 2WF1A 1FMBA 1BWAA 3TPLA 5ISJA 4Y5BA 4DJYA 2ZHRA 5JFPA 1LYWB 5T4SA 3SM1A 4JPEA 1YG9A 4FGXA 5P57A 5P4KA 5OZCA 1ER8E 5P2UA 5DR0A 5P2WA 3D1XA 5P05A 5P29A 3CKTA 1TCWA 4B1CA 4Y56A 1HXWA 5P0RA 4Y48A 5P7WA 1GVTA 3EL0A 3G6ZA 5P1KA 3DK1A 5P1FA 1K6TA 4NPUA 2AOIA 5P8GA 2PSVA 3EXOA 5DR1A 5P5MA 1J71A 3URIA 5P85A 4AMTA 4Z2ZA 5P8LA 2OHSA 5OYRA 3CIBA 3GI0A 4Y43A 1D4YA 4OBGA 5P4DA 3G70A 2ANLA 2ZJLA 1MIQA 3TOHA 1ODYA 5HDZA 2Q5KA 1SIPA 4OBZB 2OHKA 3ZKIA 4I10A 1NPVA 4FRJA 2R3TA 5P4MA 1BDLA 5P6ZA 1SMRA 5SY3A 3UDMA 3HAWA 1HBVA 1GKTA 1HVRA 4Y3RA 3FNTA 2QNNA 3QRSA 3IN4A 3T11A 2IDWA 1YTJA 4DJWA 2VIZA 5P5OA 1MRXA 4MC6A 3INEA 5P3SA 4A6BA 3KN0A 2P3BB 5P16A 1TZSA 5P3LA 5P7TA 2R8NA 4CPSA 4DJRA 1UH8A 5P8JA 5KR8A 5P0VA 3IXKA 5P8RA 4RCFA 3OGPA 3TOFA 3ZOVA 4RGHA 3GI5A 1KJ7A 5JG1A 5P2VA 4JOOA 5P3BA 5P3OA 3DOXA 4OBDA 3K4VA 2Q54A 1W6HA 2AOHA 3PCZA 4FM8A 2QHZA 1HVCA 3NLSA 5OZKA 5P8MA 3ZL7A 4EJ8A 4GJ9A 5P0CA 5ISKA 1ODXA 5P8PA 5P51A 5P71A 4YDFA 3EKTA 2Z4OA 4OBHA 1HTFA 3EM4A 5P0KA 2WJOA 1G0VA 3VLAA 4MC1A 4Y3FA 1EC1A 2OHTA 4B70A 3NSHA 5P63A 2HB4A 4TRYA 5OZPA 3K4VC 3CIDA 4OD9B 4Y35A 4Q1XA 3KF0A 1FFFC 2P83A 3L3AA 3L5CA 4APEA 1IZDA 3D91A 5P74A 3PBDA 4Q1WA 2F3FA 3HAUA 1HTGA 5HDXA 5OZQA 5P53A 3S8IA 1B11A 5P2JA 1EPRE 4GIDA 2BPZA 5P1EA 5P17A 1DPJA 4DJXA 1FQ6A 3TL9A 5C9BA 2RKGA 2QI0A 1TSQA 4Y4DA 4CPTA 4Y6MA 4YD5A 4LXAA 5P7DA 1AJVA 3EM3A 4Y4JA 3S43A 3PWMA 3NU4A 3VF5A 3VEUA 2ER7E 2WECA 5KR1A 3O9HA 5P84A 4ZPFA 1QDMA 3K1WA 4FL8A 3I8WA 3B7VA 4DQEA 3S7MA 4HDPA 1XN3A 2QK5A 3NXEA 1Q9PA 5P8EA 3MXEA 3CYXA 2AOFA 5P1WA 1QBUA 4ZPEA 1AAQA 2I0DA 1BV7A 5HU0A 1LYAA 3DV5A 3K5DA 5P0ZA 1HPXA 5P11A 1LF2A 3FNUA 3URJA 2XYFA 3IAWA 4Y5PA 5P77A 2P3AA 2FMBA 4YDGA 1MERA 1C6XA 1MT9A 5DQ4A 4B72A 2VKMA 3GI6A 5HU1A 5OZ2A 1RQ9A 4I1CA 1XDHA 3SKGA 4CPRA 1EBYA 5P1OA 3OAGB 2G1SA 6UPJA 5OYQA 5P3IA 4Y3AA 4KE1A 1FLHA 5P70A 4DQGA 1T3RA 5P22A 5DR4A 1EC0A 1A30A 4QJ9A 1FMXA 3PWRA 3FIVA 2FDEA 5P4JA 5OZJA 3MSJA 2B8VA 5F00A 4QJ7A 3NR6A 2PQZA 1WKRA 3HZCA 3UQRA 1BWBA 3H0BA 4UPJA 4F73A 4DQCA 3VF7A 3ZKNA 5HDVA 1HOSA 5P1BA 2AIDA 2Q64A 2IEOA 5F01A 4DH6A 1YTGA 5P4UA 4QJ2A 3ZMGA 3TNEA 1XE5A 3S43B 4D83A 5P00A 1EBWA 5OYUA 3SAAA 2JJIA 1ZP8A 2ASIA 1SIVA 3OTSA 4FRIA 4NJTA 1PSOE 4XX4A 4EJLA 4RZ1A 3R0WA 4I0EA 5P8TA 5P37A 3NDTA 1T7KA 3HVPA 5P7YA 3OU1A 3S85A 3Q4BA 3I7EA 5HCTA 3PCWA 3CICA 3EL5A 5P26A 5JODA 4ZLSA 2O4SA 1HVHA 1FKNA 3UDKA 1HTEA 5OZHA 4FIVA 5HVPA 5P3PA 2FIVA 2ZHVA 1UH9A 5P6OA 1MSNA 2V16C 5IE1A 4GJBA 5P1JA 1EC2A 3Q5HA 5P1GA 3HLOA 4HEGA 1HHPA 3TTPA 3VUCA 1B6PA 3ZKQA 1ENTE 1GNNA 5DR3A 3UQUA 3RVIA 5P61A 3WZ8A 8HVPA 2QZKA 1ZSRA 4RROA 3NXNA 3KMYA 3LZVA 3CYWA 3IXJA 5P5HA 4ZEAA 2R38A 2HS2A 5OYZA 5P04A 5P4ZA 5P5LA 5JFUA 5OYSA 3OQDA 5P7FA 3KM4A 4X2LA 1SMEA 5P5YA 2QU2A 1RPIA 2WHHA 4Y5KA 2FDPA 4ZIPA 5OZ5A 1EAGA 3QRVA 2P3DA 2WEBA 2G22A 4Y9WA 1BILA 4D8CA 5PEPA 2G1OA 3UQWA 3VSWA 5DPZA 5P4XA 2FGVA 3VV7A 4HDBA 1T7JA 4Q1NA 3WZ7A 4K4QA 3QAAA 1N49A 5P67A 2AVMA 4B77A 3DUYA 5P87A 2QNPA 3MSLA 3RTHA 5P0MA 3MWSA 4NPTA 4DJOA 5P3UA 4PZXA 3T7PA 3U6AA 3OOTA 1W50A 4DJVA 3T3CA 1MT7A 3EL9A 4Y4UA 5P82A 4LL3A 1ME6A 2Q15A 5OZFA 2RKFA 1DP5A 1GVUA 2WF4A 2PK5A 2WEAA 4F76A 2QMDA 1W5YA 5P8UA 2QI6A 3O9GA 5P38A 3EKPA 4ZSMA 1LS5A 2AODA 1DMPA 5P2EA 5P80A 2SAMA 2O4NA 1ZLFA 2I4XA 2R43A 3PI0A 1B5FA 3R0YA 1E80E 1W5XA 3OTYA 4Y5GA 1QRPE 1XE6A 3IVHA 2Q11A 5DR7A 5P4RA 1B6JA 2I4QA 2PSGA 3SACA 3OY4A 5AH8A 1IZEA 3SA9A 5OZEA 3S45A 2JE4A 4QJ8A 3KDBA 1T6GA 2WF3A 4ZSRA 3OQKA 4Y4EA 2APRA 5P4BA 5P35A 5P1YA 5P0JA 1LYBA 3D1ZA 5P0YA 3EL1A 1PSAA 4OBFA 2BBBA 5OYTA 3ZPSA 3I25A 5P3CA 5P2IA 4Y3WA 5P66A 4I0FA 2Z54A 1FEJC 3CMSA 4EYRA 5AH6A 1K2CA 4Y4AA 1K2BA 5P3MA 4EXGA 5P73A 3OU3A 4FE6A 5IVQA 2QD7A 4FRSA 5P2RA 5P07A 3PSUA 4HA5A 3S54A 1LEEA 5P81A 4B0QA 6FIVA 3G72A 4RCEA 3RSVA 3UQPA 4IVTA 4YD7A 3LITA 4YCTA 3LIVA 5P5EA 3BXRA 1G35A 5P4OA 2VJ6A 4U7QA 5DQ2A 5P01A 4K8SA 1G2KA 3KT2A 4AA8A 3IGBA 5P0HA 1BXOA 5ER1E 5P75A 4CPWA 4XXSA 4Y51A 4YD3A 5P2TA 3SO9A 3O9AA 1B5FB 5P8CA 3VSXA 4JPCA 5P6LA 2ZJJA 2BPYA 2NNPA 4E43A 3PEPA 2B7FA 3T6IA 5OZOA 3NWXA 3O9LB 1FIVA 5HDUA 5P36A 5HE5A 3RTMA 2JJJA 1W5VA 4J55A 4Y3QA 4TVGA 3TPJA 4QJAA 3S53A 5BWYA 1IVQA 1LYBB 1FQ4A 4Z22A 3VFAA 4OBJA 2G1NA 3FV3A 5P1QA 3INDA 3DM6A 1ZTZA 5P5ZA 2QU3A 1YM4A 5P4QA 5P5GA 4EP2A 4DPFA 1MT8A 2NR6A 3BXSA 4FRKA 2Q55A 5P5AA 5P4YA 3ER5E 3S2OA 3L5FA 3EKWA 4OD9A 4K9HA 1GNMA 2XYEA 5BS4A 3A2OA 5OYWA 3SKFA 3T7XA 5P4GA 4CKUA 4YOBA 2QI7A 2QMPA 4HVPA 4R93A 5P7OA 3S7LA 2I4VA 5P72A 5P6EA 1XL5A 2R5QA 3SA7A 2AZ9A 1BBSA 2BPWA 3DJKA 5P4IA 1OD1A 5P5KA 2BKTA 2FGUA 4DPIA 5P5QA 6APRE 3EC0A 3CKRA 5P5BA 5P33A 2PYNA 5P5PA 3K5GA 3OK9A 4D88A 3PMUA 4Z50A 2ER9E 3OQFA 2NPHA 2ZJKA 5P1UA 2AQUA 2ER0E 7UPJA 1MEUA 4K4RA 3ZKGA 2G1RA 5OZ3A 5OZUA 4GYEA 3APPA 2CENA 5P7VA 5P27A 2VIJA 5P0OA 1C6YA 3SA3A 3LPJA 3TKGA 1KZKA 5P69A 1HSHA 3QBFA 3LZUA 3VV6A 4J1KA 5HE7A 5P7AA 1M43A 4Y47A 1SBGA 5P42A 2WEZA 4Y3PA 4M8XA 2MIPA 3ZPTA 5P7EA 2AOCA 5P2CA 3Q70A 5KQZA 5OZLA 1B6KA 1HPVA 5P5VA 4Y37A 3GI4A 3UDRA 3NU6A 5OZSA 4ZSQA 4DJQA 4CPXA 3OAGA 5P0LA 4B00A 5P7RA 4I11A 3EKQA 3GGAA 2NTRA 3C9XA 1UPJA 4Y4WA 2FLEA 2QZLA 4TRZA 3O9DA 4YD6A 3OXVA 3Q6YA 4Y3XA 5P6JA 5KOQA 1YTHA 5P4SA 1BDQA 2B42A 2HC0A 4EJDA 4ZSPA 5P54A 2QMFA 5P8NA 1EPLE 1TSUA 4M8YA 4Y3ZA 4DQHA 4L7HA 5DQCA 5P64A 5COKA 5HCOA 4HZTA 5KR0A 1W6IA 4MC2A 1HVJA 2ZHUA 1ODWA 4J0ZA 3KT5A 1NH0A 5OZIA 2HIZA 2V12C 5P6DA 5P8SA 3K5CA 3LIZA 5P6GA 2HPEA 4DUSA 5P40A 3SA6A 1A9MA 2QMGA 2FXDA 1UH7A 4FM6A 1FQ5A 1HWRA 5P7JA 5OZ8A 5P6HA 4ACXA 5COOA 4FCOA 3U7SA 3NU5A 1T7IA 5OZ1A 5P7UA 5P6QA 2AOEA 3PB5A 1FQ8A 1PPLE 5OZYA 3CKPA 3ECGA 3OADA 1CZIE 2IKOA 5P2QA 5KR2A 3ZLQA 3BVAA 1AVFA 1M0BA 4I8WA 1FB7A 1MUIA 5ENMA 5P8DA 5P06A 5HTZA 2Q63A 4HLAA 4Y5CA 3HVGA 1APVE 5P8AA 5TOLA 3OXCA 5P6KA 4NJUA 4GJ6A 1IVPA 5P3FA 5AH9A 2G94A 4ER1E 1LZQA 3OU4B 5P2AA 3RU1A 1HVLA 1GVVA 2G27A 3O99A 5P5WA 5P39A 5P55A 1K6CA 4RVIA 3PLLA 4DV9A 1FQ7A 1MESA 4I0ZA 2BPXA 5P15A 3PM4A 2AZCA 3QP0A 4Y3MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J0Y A;  5P2O A;  2NNK A;  4H3J A;  5AHB A;  1HSG A;  3QI1 A;  3N3I A;  5OZN A;  4Y3G A;  5EZZ A;  4WY6 A;  4RRN A;  1OEX A;  2AOJ A;  5P0E A;  5P03 A;  3NWQ A;  1RL8 A;  4Y58 A;  2B60 A;  1XS7 D;  2QI4 A;  4Y3H A;  2ZHS A;  5IVS A;  5P7G A;  3PWW A;  3INF A;  2XFI A;  4H3G A;  1FFI C;  2BB9 A;  2QD8 A;  1QBR A;  3LPI A;  1BXQ A;  3EM6 A;  3UFN A;  2VNM A;  1C6Z A;  3NUO A;  5P7X A;  3EBZ A;  3VV8 A;  4Y53 A;  5UPJ A;  4H3I A;  3L5E A;  1XN2 A;  4YA8 A;  5P24 A;  1EPM E;  4U8W A;  5P62 A;  4OC6 B;  4Y5E A;  2ZGA A;  5P0G A;  3TPP A;  5P7I A;  5P4A A;  5B18 A;  5P6A A;  5P09 A;  1HRN A;  3OU1 B;  3FKT A;  2PWR A;  5P14 A;  5OYY A;  5P8K A;  1EPQ E;  5OZV A;  2CEJ A;  3L59 A;  5P68 A;  3T7Q A;  5OZD A;  4A6C A;  4KE0 A;  4GJ7 A;  3QPJ A;  5P2G A;  5P3E A;  1NSO A;  3WB4 A;  3DCK A;  4Y4X A;  2OHP A;  4PYV A;  4B78 A;  2FXE A;  4YD4 A;  2NMZ A;  4LXK A;  5P45 A;  4CP7 A;  3NDU A;  5P2L A;  3EKX A;  1D4J A;  5C9D A;  4X7I A;  2IGX A;  5P65 A;  5P5S A;  5P8V A;  2V0Z C;  4QLH A;  5P25 A;  3TOG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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