5P79 | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__94533639223352__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__94533639223352__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P79/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__94533639223352__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"94533639223352","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P79/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__94533639223352__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p79A02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p79A01

5P38A 5OZMA 4APEA 3JVYA 4Y4GA 5P06A 5P55A 4GIDA 3QBFA 1OD1A 5P18A 2OHMA 3SQFA 3PI0A 5OZ1A 1BBSA 2FGVA 3PI5A 4Y4XA 4B1CA 2O4KA 4ZSRA 3HZCA 5P07A 1LYBB 4TRYA 5P1MA 3PBDA 1W5VA 5P5KA 5P3WA 2F81A 3FKTA 2PH6A 4YBIA 5P5ZA 1IVPA 4FRSA 4Y3NA 1T6GA 4D88A 3LZVA 2B7ZA 2HS1A 5DQCA 2ER9E 4Y3FA 4Y47A 4EWOA 3QI1A 3JVWA 5P8PA 2Q54A 1LYWA 4RVIA 1RV7A 3ZPTA 4PHVA 1HHPA 2BPZA 2BKTA 2IGXA 1MT7A 4KB9A 3NDXA 3S43A 3ECGA 5P7IA 3AUPA 3KFSA 2F8GA 2QNQA 3OU1A 2VJ9A 3APRE 1HEGE 1D4HA 3DV1A 4J1IA 4PZWA 4Y4UA 4FSEA 1MSMA 1M43A 1IVQA 1BV7A 2HPEA 5OZYA 3EM3A 2G27A 2HC0A 5P6GA 1HTFA 2VIEA 4OBFA 3R4BA 2IKUA 3LPKA 5P0MA 2BB9A 3Q3TA 5DGUA 1UH7A 2V11C 3U7SA 3HAUA 2XFKA 3O9EA 1HWRA 5IVTA 4NPUA 5DPZA 2AVVA 1N49A 1C70A 1YG9A 4TVGA 5OZNA 1GVWA 5KQFA 4X7IA 1NPVA 3O9IA 4Y5PA 5P8HA 4APRE 1D4LA 5P4FA 3PM4A 3Q6YA 5P37A 5P3EA 3CIBA 1HVIA 4GJ5A 4JPCA 5I3YA 5AHAA 3CKPA 3RSVA 3HAWA 2BBBA 5P1PA 5P88A 5SZ9A 5P3XA 3HW1A 2NTRA 5P4BA 5DQ2A 4AMTA 1XDHA 2QI6A 3PCWA 2WF3A 2ZJKA 4MC2A 4QLHA 5OYQA 2OHSA 5P72A 3LZUA 3MSKA 4OBJA 5P02A 5P0PA 4Q5MA 1WBMA 2QU2A 3I6OA 1LV1A 3QIHA 5P1HA 5P79A 1PPLE 3OTYA 3TPRA 4J0YA 5P4AA 3HVPA 4ZSPA 4B70A 1DPJA 1FG8C 2Z54A 3TPLA 1LYBA 2H6TA 1APWE 1K6TA 5KOQA 2ER0E 5HE4A 3U6AA 1KJGA 3RSXA 5OYZA 3UCBA 3K1WA 5DR4A 5P2DA 4YD6A 3ER3E 4I8WA 5P8RA 4I11A 1BDQA 5P2RA 5P3BA 4B78A 2Q3KA 3O9LA 1APVE 3K4VC 2BJUA 5P2CA 4Y4EA 5P6SA 3K5CA 5P1IA 5P8TA 5P1NA 5P42A 1K2CA 4PEPA 5AH7A 4TRWA 5P27A 5OZJA 1IDAA 4B05A 2P4JA 3QROA 4HLAA 5HU1A 4I0ZA 1W5WA 4FRKA 5P5RA 2I4DA 3VG1A 4Y5CA 2VKMA 2HB4A 5P85A 5P1OA 2QMFA 5P0UA 5P82A 4YD5A 3D20A 1FLHA 4FGXA 5KR0A 5P58A 3UQUA 1HPXA 5P2WA 5P1LA 3LNKA 2Q5KA 1OEXA 4NKKA 5P16A 3O9FA 1DW6C 1NH0A 1D4SA 1CPIA 5OZQA 2WHHA 5P66A 3LHGA 5P7ZA 3OQKA 3QRSA 4N00A 1EBYA 1HPSA 5P05A 5P6IA 2AOCA 1EC1A 2QD7A 3IGBA 3Q70A 4DJRA 1SH9A 5ENKA 4Z2ZA 4QJ9A 5P2VA 2VNNA 4OD9A 3OAGB 1M4HA 1NSOA 4OC6A 3VFBA 5P71A 4TRZA 5DGWA 4YE3A 1XN3A 3BUGA 2F3FA 3IVIA 4I12A 3FSMA 3T11A 2G20A 3UQXA 3KYRA 2G26A 5P20A 4EXHA 3VUCA 2ZJIA 3INDA 5P4YA 4GJAA 2UPJA 1ZSFA 1CMSA 5P2LA 4KUPA 3OY4A 4Y3XA 4GB2A 4FS4A 4EYRA 4U7VA 2QHCA 3UQWA 2RKFA 1HIVA 1LF4A 1ZPKA 4ZPFA 2FS4A 3LIXA 5OYUA 5OZVA 1BWBA 2G1OA 4ZPGA 4LP9A 1NPAA 5P0JA 4I0HA 2VS2A 1EBKC 5P0IA 3B80A 1SDUA 5P1ZA 5P5VA 2AZCA 4Y4JA 5P7AA 1HBVA 2FIVA 2R3TA 5P0CA 3VFAA 1RQ9A 5P44A 2PWRA 3GGVA 4XKXA 1BAIA 4NJVA 2ZHRA 3QAAA 5P0ZA 5IVSA 1W6IA 2R5QA 4GJBA 5P17A 1ZPAA 4EQ0A 4DJVA 5P77A 2FDPA 4PYVA 4DV9A 3G6ZA 5P7XA 2V12C 4L6BA 1EPPE 5P6XA 4Z4XA 5P8JA 1YTJA 1RPIA 3T7XA 5P3TA 5P6JA 1PFZA 3NWQA 4GJ6A 4YHQA 2OAHA 5P4GA 4EXGA 2NXLA 5P8UA 1SMEA 5P3RA 5CLMA 5P1SA 2I4VA 2QZLA 5P1AA 2FLEA 9HVPA 5P22A 5P0FA 4QJ7A 3S2OA 3PLDA 1B5FA 1IIQA 2VIYA 4Y3JA 5AH6A 1YM2A 1B6MA 3TL9A 4J1FA 3OXXA 1FQ8A 5P1JA 4HDBA 4Y5BA 4Y3EA 3DOXA 5P5AA 2G24A 1PSOE 2PSGA 4NPTA 3EKXA 5P5BA 5P81A 4Y3AA 5P7OA 2BPVA 5OYRA 2PMAA 5P2AA 5HTZA 3TPJA 5P4EA 4I1CA 3MSLA 3IN3A 5P6VA 4L7JA 3EKYA 4F76A 2V13A 5P12A 3LINA 3PVKA 5P8OA 2EWYA 4Y3QA 2NNPA 5P8FA 2ZHVA 5JG1A 3UDMA 2A1EA 3PMUA 5P7DA 3TOFA 4HDPA 5P4PA 1SGZA 3LIVA 1EPOE 3TOGA 2FMBA 5P1BA 3BVBA 3PMYA 4K4RA 3FV3A 3PWMA 3S43B 1SDVA 5AH8A 5P3FA 3CKTA 2HM1A 3LPIA 4EJDA 5P0GA 4DH6A 4D8CA 3DCRA 1HVJA 5OZKA 1PROA 3URIA 1AM5A 2B8LA 4OBDA 1HSIA 5P8NA 2WKZA 1G2KA 3D1XA 5P4LA 5HD0A 2XFJA 5P32A 3LZYA 1IZIA 2JXRA 3PEPA 1EC3A 4NJSA 2G21A 5OZZA 3JW2A 5OZPA 5AGZA 5P6RA 3SKGA 5P7NA 4I0FA 1G6LA 2HAHA 5P39A 3UF3A 3U71A 3OXCA 4Y9WA 5IE1A 1K1UA 4GJDA 4Y48A 2F3EA 5P65A 5P5XA 4Y51A 5KAOA 4M8YA 5P2JA 5ISJA 5P8DA 1ZSRA 2IKOA 5P2UA 1MRWA 3ZL7A 5P33A 3VF3A 1A9MA 3EL5A 3OGQA 3PWRA 4QGIA 3K5DA 3UFLA 3GW5A 5P4XA 1XE6A 3ZKGA 2IGYA 2WF1A 2UXZA 4HZTA 3EKWA 3FX5A 5P73A 2O4LA 3BGCA 4Y39A 5P1TA 2QI4A 2ZJLA 3CIDA 5P5DA 1TCWA 3R0YA 2WEDA 4KE0A 4CKUA 2VJ7A 1K2BA 1A8KA 7UPJA 3TH9A 5OZEA 2PYMA 3UHLA 5P4ZA 4LXAA 1FF0C 2Q63A 2PYNA 3K4VA 3UTLA 3LIZA 5P4SA 2FXDA 3ZKSA 4K9HA 2CEMA 5P24A 3O9LB 3OOZA 3T6IA 1BXQA 3CICA 3OUAA 3D91A 5P47A 3VV7A 5P5CA 1MT9A 4LHHA 5P6MA 2VIZA 5OZUA 3MXEA 2ASIA 3NR6A 3URJA 1EC2A 2P8HA 1MUIA 1FQ7A 3HLOA 3EM4A 3OU4A 3Q4BA 5P26A 3S54A 4FM8A 3INFA 1IZEA 2Z4OA 3NUJA 5COOA 3G72A 4AUCA 4Y56A 2V10C 5P1DA 5P10A 1C6YA 4Y4WA 3VLBA 5P6OA 3SO9A 5P4DA 1ER8E 1M0BA 5P5SA 5P56A 3PCZA 4E43A 3HVGA 5DQ1A 2QI3A 1E82E 1RNEA 4YDFA 3NU4A 3A2OA 1F7AA 5P4JA 1SIVA 1QBUA 4R92A 2I4XA 5P0BA 3I25A 1ODXA 1PPME 4BFBA 4K8SA 3N4LA 2RSPA 4R95A 4EJ8A 1OHRA 4J5JA 5P2SA 3I8WA 5OZ9A 4Y37A 5P6TA 4Y5MA 3NDUA 4Y3YA 3WZ7A 3EKTA 1RL8A 4OD9B 2WF4A 4Y53A 3VSWA 5P7QA 3SABA 3APPA 4OC6B 5P8BA 5P35A 1LYAB 5OZLA 1T7IA 5P68A 2PSVA 1KJHA 2QNPA 2AVSA 2CENA 4DPFA 2H6SA 5P41A 5P4KA 3SM2A 2VA7A 4YA8A 4D89A 5P84A 3UDPA 2AZ8A 3WB5A 2B42A 4EJKA 4CPWA 5P7EA 5EZZA 4Y3GA 5HU0A 3K5FA 3O9BA 5P1RA 2I1AA 1C6ZA 1MTBA 5P7FA 5P8EA 4I8ZA 4UPJA 4FAFA 5P6HA 3LPJA 5P0VA 5P6DA 5P7UA 2I4WA 4LAPA 2VA5A 5P86A 2I0DA 4ZSQA 1META 3NU5A 3S45A 5OYXA 4GJ9A 4ER4E 5P1CA 1T6EX 3GGXA 3B7VA 5ISKA 5F00A 2OHLA 1TSUA 5P5PA 5P3HA 5P6UA 1AVFA 2PK6A 5P63A 2ZJJA 2V16C 5P6YA 3H5BA 1FFIC 1HXBA 4LL3A 5P3OA 5P6KA 3ZMGA 2JYSA 2B60A 1QBRA 3T7PA 3EBZA 4J54A 4TVHA 3EM6A 5P3MA 1KZKA 3IXOA 4F74A 3VV6A 1EPNE 5OZ4A 3LITA 4L1AA 2IS0A 2JJJA 3F9QA 3QP0A 5P7RA 2Q11A 4LBTA 3OQAA 4NJUA 5P0HA 5P0TA 2V0ZC 5P7GA 2FDEA 1W6HA 3QBHA 5OZGA 5P0KA 2ZDZA 5P3CA 4RZ1A 1W51A 4DJQA 2G1YA 2ZHTA 1WBKA 3WZ6A 5OYYA 5C9BA 4WTUA 2QZXA 5P6EA 5P5NA 4OBGA 1B5FB 1MT8A 4YOAA 5P04A 1HOSA 3ZPSA 5P2EA 2G69A 5P5FA 3UFNA 4XX3A 4M8XA 4B0QA 2R3WA 1LYAA 2WEZA 3PB5A 5P62A 2ZHSA 4HVPA 5P03A 1B6PA 3LIQA 1KJFA 5P13A 2HB3A 5P34A 2QI7A 4Y43A 5P0LA 6FIVA 5P2KA 5P1VA 4Y5GA 5IVQA 3OUCA 1CZIE 4X2LA 3INEA 4CMSA 1EBWA 5KR1A 3IA9A 1W5YA 5P1YA 4HA5A 1FB7A 2OHNA 4EP3A 2WF0A 5P57A 4Y4AA 5DR3A 1AAQA 1K6PA 2VA6A 3O9DA 2PWCA 2OHRA 2VIJA 4R5NA 5P0RA 4Y4DA 1K6VA 4Y3RA 1HTRB 5P6NA 3KMYA 5P8CA 3IXJA 3OQ7A 2RKGA 2AQUA 1A30A 3MXDA 5P80A 3RVIA 1LF3A 3D1ZA 5HDVA 4Z50A 5P8MA 2WL0A 1KJ7A 5P48A 3SKFA 3OUDA 5P3NA 4CPQA 3CKRA 5HE7A 1BIMA 3UDRA 2R9BA 1HXWA 3BUHA 3URLA 5P4QA 1ZBGA 5P8GA 1E5OE 5P0DA 4FCOA 4H3GA 5P8LA 2ZHUA 1IZDA 4RRSA 4GYEA 1U8GA 3O9HA 3OXVA 3QN8A 3NWXA 1B6LA 5P7YA 3K5GA 2VNMA 3NYGA 1E80E 1T7JA 1HSHA 4HE9A 2JJIA 2ER6E 4FRIA 5P0YA 4Y4BA 5F01A 2QAKA 1Z1RA 4L7GA 4ZE6A 4D85A 3NLSA 1T7KA 3O9GA 5HVPA 3ST5A 1XL5A 2QCIA 2XYFA 3TTPA 2F80A 4Y3SA 3NSHA 3CYWA 4A4QA 1SBGA 2AOHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5OZ3 A;  3OTS A;  5P23 A;  1HVK A;  1A94 A;  5P7K A;  1HPO A;  2WEA A;  5P5W A;  4QJA A;  5P51 A;  5DR7 A;  2QD8 A;  2QHY A;  5P01 A;  3EL1 A;  3NU9 A;  4J1E A;  1EAG A;  4FLG A;  5P8I A;  1FFF C;  3KA2 A;  4KE1 A;  3OQD A;  5P3V A;  4J0T A;  5P2G A;  4Q1N A;  3BGB A;  1YM4 A;  1ZP8 A;  2AOE A;  2ANL A;  5P0N A;  4Y44 A;  5P70 A;  4J1K A;  3KN0 A;  1HTG A;  5P6C A;  3CYX A;  3BHE A;  5EZX A;  2AOJ A;  2NXD A;  2O4P A;  4FE6 A;  3EKP A;  5JFP A;  3NU6 A;  5P74 A;  4RCD A;  4DJP A;  2QP8 A;  2SAM A;  5P1W A;  5COK A;  1HRN A;  3OUB A;  5P0X A;  5P1F A;  3UDN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5P38 A;  5OZM A;  4APE A;  3JVY A;  4Y4G A;  5P06 A;  5P55 A;  4GID A;  3QBF A;  1OD1 A;  5P18 A;  2OHM A;  3SQF A;  3PI0 A;  5OZ1 A;  1BBS A;  2FGV A;  3PI5 A;  4Y4X A;  4B1C A;  2O4K A;  4ZSR A;  3HZC A;  5P07 A;  1LYB B;  4TRY A;  5P1M A;  3PBD A;  1W5V A;  5P5K A;  5P3W A;  2F81 A;  3FKT A;  2PH6 A;  4YBI A;  5P5Z A;  1IVP A;  4FRS A;  4Y3N A;  1T6G A;  4D88 A;  3LZV A;  2B7Z A;  2HS1 A;  5DQC A;  2ER9 E;  4Y3F A;  4Y47 A;  4EWO A;  3QI1 A;  3JVW A;  5P8P A;  2Q54 A;  1LYW A;  4RVI A;  1RV7 A;  3ZPT A;  4PHV A;  1HHP A;  2BPZ A;  2BKT A;  2IGX A;  1MT7 A;  4KB9 A;  3NDX A;  3S43 A;  3ECG A;  5P7I A;  3AUP A;  3KFS A;  2F8G A;  2QNQ A;  3OU1 A;  2VJ9 A;  3APR E;  1HEG E;  1D4H A;  3DV1 A;  4J1I A;  4PZW A;  4Y4U A;  4FSE A;  1MSM A;  1M43 A;  1IVQ A;  1BV7 A;  2HPE A;  5OZY A;  3EM3 A;  2G27 A;  2HC0 A;  5P6G A;  1HTF A;  2VIE A;  4OBF A;  3R4B A;  2IKU A;  3LPK A;  5P0M A;  2BB9 A;  3Q3T A;  5DGU A;  1UH7 A;  2V11 C;  3U7S A;  3HAU A;  2XFK A;  3O9E A;  1HWR A;  5IVT A;  4NPU A;  5DPZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P79A

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