5P7DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 310
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7dA01
1AJXA 4OBZA 2BPVA 2JJJA 5P0MA 4OBGA 4B0QA 3LNKA 4RGHA 1ZAPA 2V10C 3SA5A 1D4HA 2VIEA 5I70A 5P45A 1HEFE 5P0YA 5P8BA 1UH9A 3OUAA 4K9HA 4Y38A 4R92A 4YDGA 2AZBA 5P5QA 2ER6E 5P15A 5P3GA 5DPZA 4HEGA 4S1GA 5P41A 3N4LA 5P1GA 5P0QA 5P7GA 2QU3A 3L5DA 1GVTA 2QU2A 3PGIA 2BPYA 1XN3A 5P7FA 1KJHA 2WF4A 4Y4UA 2PSVA 2WJOA 4A6BA 3RU1A 4GZFA 2BJUA 2QMGA 5AHCA 4Y3MA 1Z8CA 5P6PA 5P17A 1LYWA 5P2FA 5OZSA 2ZJIA 3LPKA 1XE6A 3LZSA 3O9FA 3PWRA 3FNTA 2RKGA 3UTLA 4HA5A 4CMSA 5P5XA 3O9BA 3UQWA 5P8LA 3QRSA 1SDVA 3PM4A 4ZSQA 1B5FA 1FQ8A 3S56A 4Y47A 5P61A 4FM7A 3WB5A 5P3PA 1BDRA 5AHBA 4PHVA 2OHRA 5HE4A 3NXEA 4Y3AA 5P8MA 3KFPA 1D4KA 4RROA 5OZZA 3VV8A 4ZIPA 4ACXA 2A4FA 4RCFA 5P7EA 3I25A 4PZWA 3OAGB 2QAKA 3LZUA 1ER8E 3LITA 2NNPA 3OK9A 2PSGA 3O99A 1IDAA 4Z50A 5P2XA 3NDWA 4MC9A 5OZJA 1T3RA 5OZ3A 1A94A 3F9QA 3GGXA 4Y48A 3JVWA 3OADB 3IA9A 2QCIA 4QJ8A 5PEPA 5P6EA 3VEUA 2P3CA 4EPJA 1NH0A 1U8GA 5BS4A 4B1DA 5P5UA 4AA8A 2BPWA 3S43A 1FMBA 1XS7D 3INFA 1D4LA 5OZTA 2P3DA 4EP2A 3T7QA 5P6GA 1W50A 1W5YA 1QDMA 2P83A 4CKUA 1BDQA 3N3IA 4YD4A 1SDTA 5P1ZA 7UPJA 3OUDA 3R0WA 4AZYA 3H5BA 4OBFA 5P2NA 2R9BA 5P5KA 4Y5GA 4FRJA 2AVVA 5HDXA 2OHTA 4IVSA 2QD7A 5P7RA 1HPXA 1FQXA 2AOEA 4RVXA 4DH6A 3FV3A 4EQJA 2BKSA 3LZYA 5P4CA 1IDBA 4LXKA 2PK6A 3L5EA 3OU1A 2VIJA 1YTIA 4Y43A 5P3BA 3ZKXA 3ZKSA 5P5TA 3GI6A 4U7QA 3GGVA 2PH8A 4LC7A 2QP8A 2RKFA 4NPUA 5P0ZA 3MXDA 5P7IA 3OTSA 1FQ5A 3DJKA 4EWOA 5P88A 3K5GA 3PVKA 4Y3GA 5KOSA 5P5WA 4Y41A 1PSOE 1JLDA 2OHLA 3VCMA 4CPSA 5P56A 3URLA 5HU0A 5P4DA 1GNOA 2O40A 1HIVA 1EPLE 5P26A 4ZSRA 3D1ZA 1HVCA 5CLMA 4Z22A 3GI5A 4HVPA 3OQFA 1IIQA 4H3JA 5P2QA 1HOSA 3GGAA 5P0HA 2B7ZA 3UHLA 2G1SA 3PEPA 6UPJA 5P0JA 5P6KA 1HSIA 5J25A 1G6LA 5P65A 4QJ9A 4Y4DA 1J71A 4I11A 1D4YA 4PZXA 3EKPA 4FL8A 5P13A 3S7MA 6FIVA 5OZXA 5P55A 3SA3A 3EL0A 4Y3NA 4FRIA 4YD7A 3K1WA 3QS1A 1K2CA 1K6VA 5OZUA 3KDBA 3L5CA 3WB4A 4HDBA 5COPA 1WBMA 5P34A 3K5DA 4OC6B 4GJ8A 4WY6A 3OHFA 3TOGA 2WHHA 1AXAA 5P6SA 2WEDA 1SMEA 5P7WA 1EPPE 2CEJA 5P00A 3I6OA 3HVGA 4D88A 5P6HA 3S54A 1VIJA 4PYVA 2WL0A 3PBZA 2B42A 4Y54A 1GVXA 5P8IA 5P3MA 3LHGA 4IVTA 4Y58A 5P7XA 1MERA 4FAEA 5P76A 5I3YA 5P1XA 4GJ9A 5P3AA 1EAGA 3D3TA 4DJRA 5KR1A 5ISJA 5JODA 2BPXA 1EC3A 3FSMA 4Y5MA 1AVFA 1EBKC 2PC0A 5P8EA 4Y53A 3O9IA 4ZPEA 2ASIA 3SAAA 5P7SA 2G21A 5OZCA 5P1CA 4GJCA 3BC4A 1W6HA 3UFLA 1K1UA 5P3JA 1K2BA 3VFBA 2G1YA 5P0IA 1HBVA 5OYTA 5P2KA 1GNMA 4R93A 2FIVA 3EXOA 5P0GA 4DQGA 1FG6C 4Z2ZA 3VG1A 2QI1A 4Y57A 5P2BA 4ER1E 1E81E 5P68A 5IVSA 4OBJA 5P04A 2I4WA 3NDTA 2RENA 2OHUA 4X2LA 4AMTA 3BVBA 1A8KA 3R4BA 3FNSA 3TNEA 1FQ7A 3ECGA 1FGCC 4Y4AA 4Y3LA 2V00A 3NU4A 3Q4BA 5P4OA 3VUCA 4DPFA 3SA6A 1HEGE 3D1XA 5DR1A 1LYBA 3PHVA 3APPA 4Y3JA 2ER9E 1HVSA 2OHMA 5P1YA 2V12C 4BEKA 3KFSA 5P37A 2FGVA 2VIZA 2V13A 1PROA 3INHA 1DIFA 2APRA 5P38A 5P7DA 1G2KA 2ZHUA 2Q11A 4JECA 1BBSA 2VJ7A 4LXAA 5P05A 5P5EA 2JYSA 4MC6A 4I10A 3G72A 3H0BA 3G70A 4J0VA 1KJ7A 1OHRA 5P4FA 3UF3A 5P16A 2IKUA 2G26A 1ZPAA 3NU9A 3O9CA 2NMYA 4NPTA 5P1HA 1MVPA 2BBBA 5P46A 5P7KA 5P4MA 5P1JA 2XYFA 2WEBA 5P71A 5P50A 5P8SA 1IZHA 1PSAA 4B1EA 1M0BA 4ER4E 4RLDA 3CKTA 5P48A 5P6BA 1TCWA 4Y45A 4TRWA 5DGUA 3R2FA 3O9LB 5P29A 4FS4A 4K8SA 3BUGA 2ZHSA 2F3EA 3NYGA 5OYVA 1HRNA 1EPQE 2HB3A 3HD8A 1HTEA 5ER2E 3K5FA 7HVPA 3EMYA 5P28A 5KR2A 2JE4A 5OZIA 4EYRA 3KDDA 2QZWA 4ER2E 1APVE 3Q5HA 5P52A 3VYFA 3L38A 1HSHA 5KAOA 5KOQA 1TCXA 4GJ6A 4Y3PA 2B8VA 4DFGA 3PI0A 3TL9A 4RZ1A 5HE5A 4QJAA 2QMFA 2QNPA 4GIDA 2WECA 4GYEA 4LL3A 3IXKA 5P2OA 1E82E 4EJKA 3NDXA 4YA8A 5CONA 5OYUA 4Y6MA 5P7HA 4RYGA 1HWRA 5P2EA 2HS2A 1NPVA 2VA5A 2FMBA 1B6PA 3PSYA 4Y3HA 3VV6A 4EJLA 5P1NA 4CPUA 3VLBA 2HB2A 3OQ7A 4Y4GA 4X7IA 5P4RA 4XX4A 1M43A 1HVRA 2HS1A 5COOA 5P10A 3KYRA 5P60A 4I0EA 1QBUA 2AVOA 3T7PA 3UDRA 1LYAA 5P44A 5P0DA 1ODWA 5P0RA 5P0EA 5P67A 3FKTA 3VLAA 1LF2A 2PYNA 3ER3E 2OF0A 2CEMA 1GNNA 3ZKQA 4GJBA 3EL9A 5P5MA 3KMYA 2OHPA 4ZLSA 1ENTE 3OU3A 5DR7A 3TH9A 5P0TA 5P0WA 4I0DA 4J0ZA 5P0NA 4CPXA 4APRE 4EJ8A 4YE3A 2IQGA 2G27A 5P6IA 5P77A 1YT9A 4EHCA 1B6LA 3URIA 2IDWA 1ZPKA 4WTUA 4YOAA 1SH9A 3PLDA 4L7HA 2NXLA 1MT9A 5P4NA 5OZWA 1LYWB 2WEAA 4UPJA 4H3IA 3L5FA 3ZKIA 3INEA 5P2VA 5OZHA 5P1DA 5P6WA 2F80A 3LZVA 3GW5A 2Q54A 3MXEA 3IXOA 3SABA 5HCOA 1CMSA 1ZSFA 4AUCA 3SFCA 5P06A 1B5FB 5P30A 1IVQA 1PSNA 3PCZA 5P8OA 5P2MA 4BFDA 5P8JA 5P3UA 5P0UA 3Q3TA 4RVIA 5JG1A 5P5PA 1META 4I0ZA 3TLHA 4MC2A 2XYEA 1A9MA 5P47A 4L1AA 4DVFA 1BIMA 3T11A 4B70A 2J9KA 1HTRB 5KR0A 3VSXA 3RSVA 1IZDA 5P5JA 5OYQA 3SA9A 5P8VA 2FDDA 2ZJMA 1N49A 2VNNA 2FNTA 1WKRA 2G69A 3MSLA 3TPJA 2FDPA 3R1GB 4ZSMA 3UDMA 5P0SA 5P8CA 5P86A 3HDKA 5P4PA 3TKWA 4CPRA 4DJOA 5P49A 3UQRA 3BXSA 5HU1A 1K6TA 5EZXA 5P6FA 4FM8A 5P5ZA 2G24A 5P2AA 5P8HA 3RTNA 3S43B 5P8TA 4JOOA 1W5VA 4WY1A 5P3OA 4GJ5A 3MSJA 4I0IA 5SY2A 3PRSA 1ME6A 2FS4A 4J1IA 5P5RA 5P2YA 4EJDA 4FE6A 1FMXA 4OBKA 3QN8A 5FIVA 1BWAA 4Y5PA 1DMPA 2ZYEA 4B72A 1MSMA 2G1NA 3KF0A 4LXMA 1BDLA 3OUDB 3RTHA 2UXZA 4YDFA 5DR3A 2V16C 5DGWA 1EPME 3KA2A 4NJUA 2VA6A 5P7UA 5P64A 4DQCA 4ZSPA 5P59A 2ER7E 5P7QA 5P3NA 2AOFA 5P85A 1MRXA 5P72A 1YG9A 5AH6A 3LIXA 5DR8A 2R3WA 2SAMA 5P82A 3SM2A 1ZLFA 3OADA 2QHZA 8HVPA 2ZJJA 4J1FA 2WF0A 5P7JA 1BVEA 5P6RA 5OZAA 1ZBGA 5OZPA 4ZPFA 3HW1A 3CKRA 4QJ6A 2HC0A 5OZBA 2FXDA 1QRPE 5P8PA 5P79A 1B6MA 3VV7A 3EKWA 1EC2A 5JFUA 5P4KA 3I7EA 4FGXA 5P5FA 4H3GA 4Y36A 5P12A 4L7JA 4J1CA 1KJGA 4EXGA 3CYXA 4DJUA 2ZJHA 3U7SA 3PI5A 3VYEA 4DQFA 5P3DA 1FQ6A 1EC1A 2AODA 4Y3TA 5OZKA 4GJDA 4U7VA 5P4SA 1SDUA 4Y5NA 2ZJLA 1GVUA 2Z4OA 3EBZA 5P1TA 4LAPA 5P6UA 5P4ZA 2XFKA 2QNNA 5P4QA 3IN3A 2O4SA 4XKXA 1SBGA 5P6DA 4RCEA 1UH8A 4J5JA 4J0YA 5P36A 3OOTA 5P0VA 1HVKA 3KFRA 4YCKA 1HVHA 3TPLA 2P3AA 3D91A 2RSPA 1RL8A 3EKQA 5DQCA 2VA7A 5P19A 1YTHA 4J1EA 5P1UA 5P80A 3PB5A 1MPPA 5P89A 3WZ8A 5P63A 5P4JA 2O4PA 3NU6A 4MC1A 3L5BA 3B7VA 2O4NA 3ZPSA 2QD8A 2J9JA 2WKZA 4OBHA 3S7LA 3IVHA 1MUIA 1MT8A 3HZCA 5P0PA 3ER5E 1WBKA 3NDUA 5P78A 4NJSA 5P39A 2VNMA 3ZKMA 3NSHA 3WZ6A 5P2UA 4Y50A 4J0TA 3HBOA 4YD3A 1W6IA 2QI5A 5P08A 5AHAA 3VFAA 3LIZA 5P7MA 1AM5A 2NMZA 2B60A 4A4QA 1FKNA 4DJPA 5P0CA 5P1EA 3ZL7A 5P3VA 3WZ7A 1HPOA 3UCBA 1APTE 2I1AA 4Y4ZA 1NPAA 1LV1A 2ANLA 5P40A 4YBIA 5P69A 3EL1A 5KQZA 1W51A 2OAHA 4R95A 5P6MA 2P3BA 2F3FA 5P5SA 4I0JA 2I4VA 1K6CA 1FMUA 4FSEA 5P84A 4Y3FA 4I0GA 5P0LA 1D4JA 2VIYA 4RCDA 4HE9A 2NPHA 3EL5A 4HLAA 5P4LA 3JVYA 3KT2A 4KUPA 3S45A 1B6KA 3IXJA 3NWXA 5P27A 1EPOE 3O9HA 1EPRE 1ZJ7A 1RNEA 1QS8A 2ZHTA 1BXQA 4Y3QA 1AIDA 3O9GA 3OUCA 4A6CA 1HVLA 5P73A 3SA7A 5P6XA 3DUYA 5E5JA 5OZNA 4M8XA 5OZ9A 5P1SA 5OZGA 2QZXA 5P1IA 4DQBA 3TPPA 4BELA 4F76A 4Z4XA 4Y5CA 1FLHA 5P4TA 4DUSA 1B6JA 1AJVA 2OHSA 4QLHA 1DP5A 3TPRA 4RRNA 2R3TA 1ZTZA 3CICA 3HLOA 4TRZA 4B05A 5DQ2A 5P8NA 3UDNA 2Q55A 4I0HA 5P4HA 3OOZA 4U8WA 5P2TA 5OZFA 5P2HA 2H6SA 4FRSA 4OD9A 5OZMA 1LYBB 1K6PA 3EL4A 1A30A 5P2WA 4XX3A 4FAFA 3DK1A 1YM4A 2AZ8A 1HXWA 1ODXA 4B00A 2IL2A 5P3SA 3SKGA 2CENA 3I2LA 4EP3A 1SGUA 1NSOA 3OGPA 4DJYA 5P3FA 5P62A 5P6LA 3TTPA 5P32A 2AQUA 5P5GA 4CP7A 4BFBA 5AGZA 3DCKA 1XDHA 1M4HA 5P02A 5EZZA 2ZE1A 1HSGA 2XFJA 5P6CA 1SIPA 3UQUA 5APRE 4J1HA 1TSUA 5KR8A 1LZQA 2G1RA 4QJ7A 3S53A 3OHHA 5P8GA 4Y5AA 3TOFA 5P1BA 1C6ZA 4YCTA 1PPLE 1IBQA 3OTYA 2Q15A 5OYXA 4DPIA 1OEXA 5P6YA 5P24A 2O4KA 4LHHA 5P58A 1OD1A 4GMIA 5P4AA 3S2OA 5IVQA 2OHNA 3EKYA 3T6IA 1SGZA 2FNSA 1W5WA 5P2IA 4NKKA 4J1KA 5KQFA 1KZKA 3VF3A 2HIZA 5P4BA 3LIVA 4DJXA 5DQ4A 5P2RA 5I3WA 5P07A 3OQDA 3ZPUA 2WF3A 4Y4EA 5C9FA 5P5IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1AJX A;  4OBZ A;  2BPV A;  2JJJ A;  5P0M A;  4OBG A;  4B0Q A;  3LNK A;  4RGH A;  1ZAP A;  2V10 C;  3SA5 A;  1D4H A;  2VIE A;  5I70 A;  5P45 A;  1HEF E;  5P0Y A;  5P8B A;  1UH9 A;  3OUA A;  4K9H A;  4Y38 A;  4R92 A;  4YDG A;  2AZB A;  5P5Q A;  2ER6 E;  5P15 A;  5P3G A;  5DPZ A;  4HEG A;  4S1G A;  5P41 A;  3N4L A;  5P1G A;  5P0Q A;  5P7G A;  2QU3 A;  3L5D A;  1GVT A;  2QU2 A;  3PGI A;  2BPY A;  1XN3 A;  5P7F A;  1KJH A;  2WF4 A;  4Y4U A;  2PSV A;  2WJO A;  4A6B A;  3RU1 A;  4GZF A;  2BJU A;  2QMG A;  5AHC A;  4Y3M A;  1Z8C A;  5P6P A;  5P17 A;  1LYW A;  5P2F A;  5OZS A;  2ZJI A;  3LPK A;  1XE6 A;  3LZS A;  3O9F A;  3PWR A;  3FNT A;  2RKG A;  3UTL A;  4HA5 A;  4CMS A;  5P5X A;  3O9B A;  3UQW A;  5P8L A;  3QRS A;  1SDV A;  3PM4 A;  4ZSQ A;  1B5F A;  1FQ8 A;  3S56 A;  4Y47 A;  5P61 A;  4FM7 A;  3WB5 A;  5P3P A;  1BDR A;  5AHB A;  4PHV A;  2OHR A;  5HE4 A;  3NXE A;  4Y3A A;  5P8M A;  3KFP A;  1D4K A;  4RRO A;  5OZZ A;  3VV8 A;  4ZIP A;  4ACX A;  2A4F A;  4RCF A;  5P7E A;  3I25 A;  4PZW A;  3OAG B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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