5P7DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 310
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7dA01
2QMDA 2O4KA 1CMSA 2F80A 2RSPA 4XXSA 4FLGA 1C6YA 1IBQA 5P03A 2R43A 6UPJA 1SDTA 3UQXA 2MIPA 1HTRB 4Y3JA 1SGZA 3RTHA 2PWCA 2OHRA 2I1AA 2QI5A 3D91A 5P6UA 5P8SA 4Y3GA 4Y5PA 2P3DA 5DQ2A 5AHCA 2IL2A 1KZKA 1M43A 2J9JB 4I12A 5DPZA 5P4RA 4JOOA 4QJ7A 3HVGA 4YD4A 4MC1A 3UDJA 1GVXA 4NPTA 3GGVA 4DQHA 1QDMA 4MC2A 5P8CA 5P76A 3Q4BA 2BKSA 2XYEA 4ZSPA 3SACA 5P69A 1FB7A 5P4NA 1SGUA 5P5QA 4Q1YA 2APRA 3VLBA 1DMPA 4U8WA 3EL4A 1T7IA 2PK5A 5OZ9A 1PSAA 1YG9A 3T7XA 5P4LA 4OBZA 5P54A 2QAKA 3WZ6A 1W50A 4DJQA 3R0YA 4K8SA 5F01A 1W6HA 4J55A 2B7FA 2Z4OA 5FIVA 1DAZC 7UPJA 5P48A 3MXEA 1FG6C 3VYFA 4FAEA 4DQBA 1HPVA 5P5OA 1SH9A 2ZJKA 4YD7A 2QZWA 4DUSA 1BXOA 5P67A 5P5PA 3MSKA 3NXEA 5P0SA 4XX3A 1XE5A 2VJ7A 2HB3A 4QLHA 5P34A 2HC0A 3BUFA 3SA5A 4LBTA 3IVHA 1NPAA 2AOHA 1D4IA 3I2LA 5OZTA 3BXRA 5P52A 4RZ1A 4DJXA 5OYYA 3BUGA 5P3XA 4FM8A 2HB4A 3IGBA 1T6EX 3VYDA 2Q54A 1RL8A 5P79A 4R92A 5P55A 1XS7D 3RSXA 3ST5A 1BIMA 2VA6A 4BEKA 5P01A 2QHZA 2HS2A 1YTHA 1YTGA 3U7SA 5T4SA 5P7AA 3INEA 4Y4AA 1B11A 3QBFA 4Y53A 4DV9A 5P1XA 5C9BA 5OZCA 4Y4EA 3ZPSA 4GZFA 2IKOA 3EL5A 4RROA 1C6ZA 1RQ9A 5P83A 5OZWA 4CPUA 1B6LA 5P04A 5P1IA 3OADB 3OGPA 5P25A 1T7JA 3R1GB 4K9HA 3SPKA 4KE0A 5AHAA 1LYAB 1IDBA 5OYXA 2ER6E 3NU6A 5P32A 3S85A 3TLHA 5P8AA 1K6CA 5OZMA 1ZLFA 5P8OA 5JODA 2BPYA 4H3JA 2ZGAA 1KJHA 2PWRA 1WBMA 4MC6A 4ZSQA 3OAGA 2QU3A 1T3RA 5P02A 3CKRA 1ODYA 5P6XA 5P4SA 1SDUA 4DQCA 5P7SA 3L5DA 4FRIA 4LXMA 5KR8A 2IDWA 5OZPA 3VV7A 3TPPA 4R93A 5OYUA 5P2EA 5P5WA 5P05A 2F3EA 4GJ7A 4Y39A 3BGCA 4Y3WA 5APRE 4RRNA 3U6AA 3NUJA 4PPHA 4DJPA 1ODWA 2IQGA 3ZKGA 1K2BA 2AVQA 5P6SA 5TOLA 5OZDA 2A1EA 3NWXA 3QPJA 4FRSA 3NLSA 1LF3A 4FSLA 3S7MA 3UQUA 4Q1NA 5OYZA 4HDBA 3LIQA 9HVPA 3OGQA 1HVIA 3O9IA 3OUDA 2ZJHA 4CPSA 1GVUA 2OHPA 2I4VA 5OZXA 5ER1E 2V13A 3EMYA 1ZPKA 3QBHA 5P1JA 4TVGA 1B6PA 3Q70A 2VNMA 5COOA 5P2BA 5P4XA 3RU1A 3UDPA 3ZL7A 4Y4XA 4RYGA 3O9DA 3QVCA 4DVFA 4I0ZA 4B1EA 5P1VA 3K5GA 2ZJLA 1K6PA 4ER2E 3UQWA 3TOHA 4X2LA 3EL1A 1BBSA 1LF2A 1B6KA 5DGWA 5P7RA 1LYBB 1W5WA 1EPME 4DJWA 2IGXA 3FKTA 3KMXA 2VIJA 1CZIE 2Q15A 3Q6YA 5P39A 4B1CA 4D8CA 3I25A 5P84A 5OZGA 5P71A 4WTUA 3CIDA 4FE6A 4Y5NA 4R95A 4OBFA 4I0JA 3S56A 2R5QA 4Z4XA 2JJIA 3PSUA 5P0EA 4ER4E 1U8GA 5P35A 3U71A 3EKYA 4Y50A 5P2IA 4Y3XA 1PFZA 2AVSA 3CYXA 5P5DA 4A6CA 1GVWA 3S2OA 1YT9A 3MSJA 4Y57A 2I4WA 2AVOA 1HOSA 5P1ZA 3IVIA 3D3TA 2QZXA 2OHLA 1MESA 2B7ZA 2HS1A 1ER8E 3PCZA 1Q9PA 3APRE 1E82E 5P1QA 5P44A 3PVKA 1BV7A 2ZJMA 5P87A 2AZBA 3SA7A 2QI6A 1VIKA 5P6PA 3DK1A 4I0FA 5P68A 3KYRA 2WEAA 5BWYA 2BPZA 3LIXA 6FIVA 2CENA 3S43A 2OAHA 3OTSA 4Y3AA 2IKUA 4J0VA 3LZVA 5P7WA 4Y4WA 4EPJA 1JLDA 4Y3NA 4L1AA 4OBKA 5C9FA 1HVCA 4KB9A 5P7UA 4YCKA 1FFFC 3HZCA 5OZ5A 3K4VA 5P2QA 5OZ4A 4I0DA 5P86A 4RCFA 2FLEA 3URIA 5P8LA 5P5YA 5P5FA 1AXAA 2ZE1A 3IN4A 3PJ6A 2H6SA 4ZPEA 4ACXA 3INHA 3DJKA 1LV1A 3WSJA 5P0ZA 4D89A 2G26A 3GI6A 5PEPA 1ENTE 5DR8A 5P11A 5P6RA 2WF4A 3R2FA 4Y4JA 4NJUA 4QJ8A 4B00A 4GJ5A 2VIEA 2QHCA 4QJ9A 4DQEA 5P6CA 1BVEA 5P1FA 2BPVA 4I8WA 5KR2A 3PI5A 5DQ5A 3T7QA 3A2OA 3I6OA 3K4VC 3LPIA 4Y4TA 5UPJA 1APWE 5JFPA 2QI4A 1HSIA 4YDGA 3EC0A 5DR3A 3PMYA 4HE9A 5P4OA 5JG1A 5P2WA 5P3NA 1FQXA 2WHHA 1BWBA 3OQKA 5OZ8A 3GI4A 1APUE 4YHQA 1LF4A 1E5OE 4COEA 4AA9A 1MUIA 4GJAA 5P2GA 1D4KA 5KQFA 3OUDB 4YCTA 5AH6A 1PPKE 1DPJA 4Y51A 5C9DA 1Z8CA 5P7GA 5F00A 3MWSA 2IGYA 2WF2A 4E43A 1B5FB 2QNQA 3NU9A 4FAFA 1M0BA 4DQGA 3OU1B 3PM4A 2QCIA 5OZFA 4D83A 2AOGA 4Y43A 5P4FA 3HW1A 5P45A 5P7KA 1KJ4A 2WECA 1AM5A 5P8KA 4Y6MA 5BS4A 5P5SA 4XX4A 1ZP8A 4GB2A 3CIBA 4LXAA 4HEGA 4AUCA 4I0EA 2I4QA 5P0CA 5OZRA 1EEDP 4JP9A 4X7IA 4Y36A 5P28A 3KFPA 5P51A 1DIFA 3UPJA 5P2NA 5P43A 5P4UA 4DJYA 3NWQA 3BXSA 2XFIA 3SQFA 3SA3A 2PYNA 2FDPA 1KJGA 5P3SA 5OYSA 2NXLA 3RSVA 1YTIA 2NXDA 1HIVA 1SIVA 1K6TA 4RLDA 3BVAA 1HXWA 3O9EA 3VV8A 3LIVA 4L6BA 1C70A 3HDKA 3KFNA 5P70A 2ZHUA 2HAHA 5P46A 3KM4A 5P2MA 5P8GA 3JW2A 5P7MA 2BJUA 5P0XA 1RPIA 4H3IA 3I8WA 1LYAA 5KAOA 3OQDA 5P24A 1W5YA 3O99A 5P4YA 5P12A 3ZMGA 1RV7A 1EC2A 5P6TA 3CKPA 2AIDA 2FIVA 4Y56A 2PH8A 4NJTA 5P2DA 4RVXA 1FIVA 5P2UA 1FQ8A 2WEZA 5ISKA 5I3VA 4APEA 4Y4DA 5ENKA 5OYWA 4FIVA 1TCXA 3KA2A 3O9BA 3ZKMA 5P1PA 4L1AB 3OQ7A 4ZEAA 1GNMA 2WEBA 4AZYA 2VIZA 2AODA 5I3WA 5P78A 5P2HA 5P4HA 4U7VA 5P22A 1F34A 5P0AA 1BILA 3ZKXA 3BHEA 4Y3FA 5P23A 5P1LA 5OZHA 1A8GA 4FCOA 1IDAA 2VA5A 4DJVA 4MC9A 3K1WA 1DP5A 5OZQA 3KF0A 5P5RA 2PSUA 3TPRA 1ZPAA 5P61A 4OBDA 5HDZA 1OHRA 4J1KA 2FDEA 2NNPA 3SM1A 3VF3A 3QI1A 4QJAA 3RTNA 3NYGA 4J54A 3PCWA 2EWYA 4HVPA 5EZZA 2NXMA 5P2VA 3UDYA 2V11C 5P85A 2PC0A 4LC7A 1E80E 4F75A 3DV1A 2G1NA 3UTLA 1IIQA 4Y54A 1RNEA 5P0LA 4R5NA 5P15A 4DH6A 1TCWA 2O4NA 5P6KA 4F73A 1AAQA 5P66A 2WL0A 4RGHA 3QS1A 4QGIA 3L5FA 2QZKA 4U7QA 1LYBA 4D88A 2QD8A 4YCYA 3PWRA 1LZQA 4B72A 3DOXA 2G1SA 1AJXA 1D4SA 3PWWA 5KOQA 5J25A 4EWOA 3NR6A 4EHCA 1GVTA 3ZKNA 2ZHVA 2HPFA 1LS5A 3KT5A 2OF0A 3IXKA 3WB4A 3S45A 4FM6A 3LPJA 4Y3YA 1D4LA 1BDQA 4GIDA 1GNOA 5P8EA 5P4IA 4WY6A 2BB9A 3L59A 5ENMA 2AZ9A 2G94A 5P17A 5P6VA 2VS2A 5P82A 2AOEA 2ER7E 2F8GA 2AOJA 5P0JA 2QD6A 3T7PA 5P10A 3EKPA 5OZZA 5P1KA 4OBGA 5P3EA 3WB5A 4Y44A 5AHBA 5P6DA 1ZJ7A 5AH8A 3EKWA 2AVMA 5P3DA 2QI0A 3QP0A 2QMGA 5P3AA 2G21A 1MRXA 1ZBGA 3N3IA 5P5TA 3UDHA 5P1YA 1MRWA 4Y58A 1HVHA 5P1WA 4Q5MA 2B8VA 2Z54A 1FG8C 5P0UA 5OZKA 4YD6A 3F9QA 5OZUA 1XL2A 3FSMA 3KDDA 3ZKIA 5P7TA 1HSGA 5P6EA 2JJJA 4R91A 5P4PA 1BVGA 1SIPA 5OZSA 1SMRA 4QJ6A 1AIDA 3DM6A 1W5XA 4UPJA 2G69A 2ZDZA 2HB2A 2NNKA 5HCTA 1PROA 4Y4ZA 4PHVA 5P0KA 4Y5MA 4B0QA 5P08A 5I70A 4J1CA 5KOSA 4GJ8A 3URLA 5P2XA 5P3KA 1HVSA 4Y4BA 2R38A 3EXOA 3S53A 4OD9B 5P3HA 1GKTA 4BFBA 1D4JA 1XL5A 5P7CA 3K5DA 1OEXA 1VIJA 3PLLA 1HVJA 5P0TA 2V00A 5P06A 2R3WA 5P2SA 4ZSMA 5CONA 4QJ2A 5P81A 4RVJA 1YM4A 2V10C 7HVPA 4J0YA 1HVKA 3EKVA 5P3JA 3RVIA 4TRWA 4H3GA 4N00A 1B5FA 3KN0A 3OU1A 2QHYA 2OHUA 3EL9A 5OZIA 1ZSRA 2F81A 1NSOA 2I4DA 4LL3A 2RKGA 5P5BA 3TNEA 4K4PA 5OZNA 5P2KA 3RTMA 3B7VA 2QI7A 3OXCA 5P3OA 4L7GA 1B6JA 4Y3SA 3TKWA 1EBKC 4J17A 1HTEA 4OC6A 4JPEA 5P8TA 5P6WA 5P89A 5P3TA 5OZBA 3T3CA 1W51A 1ZAPA 2AOCA 4I8ZA 2FDDA 5OZ2A 5P4MA 5COPA 5P5UA 1FMUA 3UHLA 1HWRA 2ER9E 4KUPA 1K1TA 1YTJA 5P7XA 1IZEA 3TL9A 3NDTA 1HVLA 5P7HA 1K2CA 4Y4UA 5SY3A 2O40A 2I0DA 5P2FA 5P57A 3SA6A 1G2KA 3OOZA 3BGBA 4GJ9A 1XDHA 3FNTA 5HE5A 1FMBA 1EBZA 3UDNA 1C6XA 1XN3A 1N49A 5P1TA 3GGXA 5P4BA 5KQXA 3QN8A 4GYEA 4FRKA 2FGVA 4Y3QA 2ASIA 1BDRA 3L5BA 5OYRA 1MSNA 3OTYA 3IN3A 5P18A 1LEEA 3L38A 1FQ7A 1HTGA 5P0QA 3KFRA 4TRZA 4ZPFA 3NDXA 2OHKA 5P1BA 3QROA 5P8RA 5P7FA 4M8XA 3PMUA 4CPQA 5HDUA 1HEFE 4EQ0A 5P8HA 4OBHA 1LYWA 3PLDA 1G6LA 5P6QA 5P29A 1SDVA 5P4TA 5OYTA 4XKXA 3Q5HA 3CYWA 5JFUA 1TSQA 1HEGE 2Q5KA 3DV5A 5P8NA 3KMYA 4Y41A 5HTZA 1UPJA 3O9LA 5P49A 3OUAA 2R8NA 2AQUA 4J1IA 5SZ9A 4YDFA 2VJ9A 4Y3PA 1EPNE 2QD7A 4F76A 4PYVA 5P0IA 5P30A 3NU4A 5OZVA 5P1EA 5P5JA 5P37A 5P6HA 3L5EA 5P4AA 4EXGA 4A4QA 2Q64A 4YD5A 3OUCA 2V12C 4FGXA 3VUCA 4CMSA 4Y35A 1EPQE 4CP7A 3SA9A 1QBUA 5P53A 1UH9A 1K6VA 3SA4A 5P3WA 1EC3A 4KE1A 4TRYA 2I4UA 2VIYA 4S1GA 1HTFA 3CICA 3H0BA 4B77A 3NDWA 1F7AA 5P33A 3QRMA 1EPPE 2UY0A 4RCEA 5P2OA 1E81E 2V0ZC 4B05A 5P62A 1MSMA 1FKNA 5COKA 5E5JA 4YA8A 4CKUA 3NU5A 4IVSA 5P8BA 2UXZA 3OK9A 5P5LA 3VFAA 5IS4A 3ECGA 4Q1XA 5IVSA 1FGCC 5P4DA 2P3BB 5IVTA 5P38A 3LINA 3OQAA 1T7KA 1HIIA 5KR1A 5DQ4A 4EQJA 3UDKA 2FXDA 2PMAA 4DJRA 3OY4A 5P16A 1AVFA 2CEMA 3URJA 5P26A 4OC6B 2WJOA 3M9FA 4H1EA 4CPRA 5P2LA 2ZJJA 3FNSA 4NPUA 2QP8A 4DJOA 4RVIA 3R4BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QMD A;  2O4K A;  1CMS A;  2F80 A;  2RSP A;  4XXS A;  4FLG A;  1C6Y A;  1IBQ A;  5P03 A;  2R43 A;  6UPJ A;  1SDT A;  3UQX A;  2MIP A;  1HTR B;  4Y3J A;  1SGZ A;  3RTH A;  2PWC A;  2OHR A;  2I1A A;  2QI5 A;  3D91 A;  5P6U A;  5P8S A;  4Y3G A;  4Y5P A;  2P3D A;  5DQ2 A;  5AHC A;  2IL2 A;  1KZK A;  1M43 A;  2J9J B;  4I12 A;  5DPZ A;  5P4R A;  4JOO A;  4QJ7 A;  3HVG A;  4YD4 A;  4MC1 A;  3UDJ A;  1GVX A;  4NPT A;  3GGV A;  4DQH A;  1QDM A;  4MC2 A;  5P8C A;  5P76 A;  3Q4B A;  2BKS A;  2XYE A;  4ZSP A;  3SAC A;  5P69 A;  1FB7 A;  5P4N A;  1SGU A;  5P5Q A;  4Q1Y A;  2APR A;  3VLB A;  1DMP A;  4U8W A;  3EL4 A;  1T7I A;  2PK5 A;  5OZ9 A;  1PSA A;  1YG9 A;  3T7X A;  5P4L A;  4OBZ A;  5P54 A;  2QAK A;  3WZ6 A;  1W50 A;  4DJQ A;  3R0Y A;  4K8S A;  5F01 A;  1W6H A;  4J55 A;  2B7F A;  2Z4O A;  5FIV A;  1DAZ C;  7UPJ A;  5P48 A;  3MXE A;  1FG6 C;  3VYF A;  4FAE A;  4DQB A;  1HPV A;  5P5O A;  1SH9 A;  2ZJK A;  4YD7 A;  2QZW A;  4DUS A;  1BXO A;  5P67 A;  5P5P A;  3MSK A;  3NXE A;  5P0S A;  4XX3 A;  1XE5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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