5P7I | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4178712556396897__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4178712556396897__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P7I/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4178712556396897__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4178712556396897","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P7I/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4178712556396897__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	82
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p7iA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p7iA01

3LIQA 4GJ6A 1BVGA 5DR3A 3S85A 5P3LA 3QBHA 2BPWA 2VJ9A 3VUCA 2R43A 2BPYA 1OD1A 5B18A 3TPJA 3WZ8A 4Y3AA 5I3VA 2AVOA 1QBTA 3PSGA 5P08A 3SQFA 2FXEA 3UDYA 1K6TA 1XL2A 2AVQA 2QZWA 4U7QA 4NJUA 4YDFA 1GNOA 3EL9A 1IZDA 3TH9A 2BPXA 1CPIA 2QMFA 3LNKA 4L7GA 5P4LA 1EPME 5P18A 5IVSA 4Y4WA 2VJ6A 3BUHA 5P8RA 1MRXA 3I2LA 1D4LA 5JFPA 1YM2A 3ST5A 4B1DA 1FQ8A 3KDBA 5P44A 4XX3A 3QROA 5P0EA 1FQ4A 1LYWA 3BXSA 6FIVA 5OYSA 5BS4A 4DJYA 2I4DA 2QI0A 2R5PA 1MT8A 4K8SA 5IVQA 4Y5GA 3SA8A 3OUCA 5P7XA 5P5CA 3OXWA 2XFJA 3RU1A 1GVXA 2WJOA 5HDUA 3BC4A 2F3KA 3G70A 5P7CA 1BAIA 4Y9WA 5P56A 3T7XA 2PSGA 2ZGAA 2AZBA 4LHHA 5P4AA 4Y43A 5P66A 5P3DA 4B1EA 3VYEA 1XN3A 1EC2A 5P4KA 5P36A 2PSVA 1B6KA 2ANLA 5P3NA 2RENA 4Y5MA 1W5YA 4B1CA 4DJWA 2ER0E 3BXRA 1HPOA 3PGIA 1C70A 4HDBA 4KUPA 4Y4DA 3D3TA 1NPVA 1LF3A 5P5WA 3IXOA 5P6UA 5IVRA 4YD6A 2R38A 4LXMA 3SA5A 1BDLA 2WF2A 4Y58A 3UFNA 4Z2ZA 5DR0A 5P3OA 5P0LA 2OHKA 5P6JA 4YD7A 3EKYA 4BEKA 2Q3KA 5P2DA 5P4EA 1OEWA 5OYUA 4L7HA 4QLHA 5J25A 4Y48A 2ZJJA 3OUDA 4HEGA 2WF0A 3EKTA 3R2FA 3TKGA 5P80A 4YCYA 4I11A 2ASIA 5P6EA 2B8LA 1XN2A 5HTZA 2VS2A 5P5TA 5P5BA 4FSLA 5P1UA 5P10A 3UCBA 5P4IA 5OZIA 5P37A 3OY4A 3HAUA 5P7UA 4Y5KA 2PH6A 4AA9A 1ODXA 3Q70A 1HPSA 3OQAA 2WL0A 4RCEA 5P24A 1QDMA 3OK9A 5F01A 4J0TA 5P3KA 1AM5A 3ER3E 4LXKA 3ZPUA 5P1TA 4I8ZA 4R91A 5P0HA 5P7SA 4GYEA 5P6BA 5P2JA 2WEBA 4Y54A 2BKTA 5ER2E 3NU6A 2R3WA 1W6IA 4J0PA 1ER8E 4QJ2A 4R95A 5P1KA 1PSAA 2J9KA 4H1EA 3DJKA 5OZPA 1AAQA 2OHRA 2VKMA 5P1GA 2IQGA 4GJAA 4XX4A 5HU0A 2MIPA 5P02A 3SA4A 4J1HA 3LITA 2OHLA 5P8PA 4OBHA 5P50A 5KR2A 5E5JA 2QD7A 5P19A 2PYMA 3B80A 1MVPA 2ZHUA 4APRE 5OZ4A 1J71A 1K6CA 5P22A 1ZTZA 5P5LA 5P2KA 5P1DA 1XL5A 1SBGA 3SLZA 3ZOVA 3D1XA 4J1FA 3H0BA 4EP2A 5OZ5A 3LPKA 3L5EA 3PBDA 4APEA 4NPUA 2Z54A 3FNUA 5P4SA 5P61A 5P7RA 5CONA 4B00A 2ER6E 3O9GA 5P0VA 5P31A 5OYXA 3PMYA 1IDAA 2QMGA 3L5DA 2ZJKA 5C9BA 1LYAA 3B7VA 5P5ZA 3Q5HA 1LYWB 3OXCA 2PWCA 5EZXA 4Y36A 5P32A 4Y4AA 4QJ8A 3QVIA 1UPJA 4ER1E 2P3BB 4Y4XA 2PC0A 3ZKQA 4Y41A 5P7GA 4I0EA 5P4OA 3LZSA 2PK6A 1G6LA 4FRIA 4KE0A 3UFLA 1SIVA 2PMAA 5P67A 1APVE 3BUGA 4Y3WA 4LC7A 1A94A 2WEZA 5P7HA 5OYQA 5OZFA 5P86A 3D20A 3OXXA 1BWAA 3WSJA 5P69A 1HPXA 4D88A 3VLBA 1TSQA 5P3RA 1FMBA 1LYBB 5P4UA 4RRNA 1KJHA 2BPVA 1LV1A 1XDHA 5HE5A 1K6PA 4QJAA 3KMXA 3O9AA 5ER1E 3S54A 3D1ZA 4R93A 9HVPA 5P6XA 2PSUA 3TLHA 4F74A 1B6MA 5OZUA 2QI1A 5P60A 4D8CA 4I0ZA 5P5AA 5HVPA 4X2LA 3L5CA 4XKXA 5P30A 2V11C 4ZSRA 4GJCA 3OUBA 4L1AA 5F00A 5KR0A 2H6TA 2O4PA 4DFGA 4OBFA 4J0VA 5P06A 5P2FA 2AZ9A 1SDVA 4WY6A 3IXJA 3ZKMA 5OZTA 2CEMA 5P5KA 3R1GB 1MT7A 2HB4A 1IDBA 5P4BA 4FLGA 5P3EA 4EJDA 1BILA 3O9IA 5P1RA 5P5SA 3SFCA 3WB4A 3O9BA 4EXHA 5P0MA 3SPKA 1B6PA 1YTGA 2FMBA 3DV5A 3IVHA 5OZZA 3OU1A 4Y3LA 3UDKA 4LL3A 3DUYA 4Y3FA 1HVCA 5DGWA 3I6OA 5P3UA 5P35A 5P17A 3CICA 1U8GA 3QRVA 1FQ5A 3PWRA 1B6JA 1FG6C 1W51A 3SKGA 4EYRA 3QS1A 4NPTA 3VF5A 4I8WA 3UQWA 3ZKSA 2B7ZA 4Y3TA 2UPJA 2ZHRA 1ODWA 2JYSA 3NR6A 5OYTA 3EL5A 3C9XA 5P6WA 5P8KA 4FM6A 1D4JA 4HZTA 3TNEA 4RLDA 5P0BA 3NDXA 3SA9A 2UXZA 5P42A 2RKGA 3UDRA 4RGHA 3PBZA 4B05A 5ENMA 5P6OA 2H6SA 1Q9PA 5OZ0A 3HZCA 1HSHA 5OZGA 2JXRA 4YBIA 2QD6A 3Q3TA 5OZBA 4J0ZA 3I8WA 3LPJA 4FAFA 5P5GA 4CPXA 2HB3A 5P74A 5P5PA 5P6FA 5P6ZA 2I4VA 5P11A 5P26A 5HE7A 2ZE1A 5P8EA 3K1WA 2BJUA 2F3FA 5P8OA 1M0BA 3U6AA 3CIBA 1META 4DV9A 4LXAA 4EJKA 5P1AA 2NXLA 4RVIA 5P8JA 5P45A 1D4IA 3D91A 5P33A 5P0UA 3HLOA 4Z4XA 5OZRA 2OHTA 5P25A 5P3IA 1K1TA 4Y4ZA 2PQZA 2F8GA 1NH0A 5P7JA 5P2HA 1BXQA 1EAGA 5P1ZA 5P81A 1ZJ7A 3VG1A 4L7JA 2B8VA 3NDWA 5P0XA 5P82A 1W5XA 4ZIPA 3S7LA 5P41A 4RVJA 4D83A 1G35A 1ENTE 3K5CA 3VYFA 3ZPSA 2F80A 3OAGB 5P76A 3LINA 3HVPA 4ER2E 2VJ7A 4DQGA 5P3PA 4ACXA 2J9JB 4TRYA 3IAWA 5P2EA 2NXDA 4TVGA 1HRNA 1Z1RA 4PZWA 4GJ9A 2Z4OA 3EM3A 2OHSA 5P8SA 2PYNA 1FMXA 2ER9E 4I10A 5P1QA 4YBFA 3ZMGA 5P4WA 3U71A 1HVHA 4K9HA 3KA2A 3TKWA 3NYGA 2G1SA 2VIZA 4IVSA 4YCKA 1PFZA 2QHZA 5P0ZA 3PJ6A 3CIDA 2I0AA 1RNEA 3N3IA 3QRSA 3S53A 3M9FA 4Y4GA 4PZXA 2VIJA 1FGCC 5P85A 1ODYA 5P0YA 5P5NA 3IA9A 1GNNA 5OZ9A 5OZ8A 1W5VA 4D85A 4FAEA 2WHHA 1DMPA 3EM4A 3S43B 1D4SA 5P2QA 1AZ5A 5P4JA 3VV7A 3OU1B 3QP0A 1HVLA 3CMSA 5P5MA 3O99A 1KJFA 2VA7A 3ZKXA 6UPJA 5P5OA 5P7VA 1FQ6A 3KDDA 4Y3ZA 5P3YA 1MEUA 3OHHA 4RCFA 5P5QA 1DW6C 3INDA 1B5FB 5OYVA 3EBZA 5P38A 1CZIE 1NSOA 3NU5A 4Y35A 3GW5A 4Y3YA 3MWSA 2A4FA 1FLHA 2QAKA 1EC1A 2G1YA 2FDPA 4DPIA 3U7SA 3R0YA 2O4KA 4J1CA 4YA8A 5DQ1A 5AHCA 5P1MA 2ZHSA 2P3BA 3FNTA 5KR1A 2G21A 1HIIA 3O9DA 4WTUA 4YOBA 4CP7A 5P15A 5P8VA 1T7KA 4DJVA 4PPHA 4TRWA 4Y3EA 5COKA 4FSEA 4Q1WA 5P7TA 1E5OE 4Y44A 2B60A 4Y3PA 4Y3XA 5P40A 2FNSA 2FXDA 3EL0A 3NXEA 3BRAA 4GJ7A 1RL8A 1DAZC 5ISKA 2IL2A 5OYRA 3EC0A 5C9DA 5P4QA 5OZHA 1ZBGA 4QJ9A 5P55A 2HS2A 1FIVA 4UPJA 1LYBA 3VSWA 4FS4A 4K4RA 5P0SA 5P4DA 1XE5A 4F76A 5P1WA 4I0JA 4Z50A 4QJ6A 5P2ZA 5DR1A 5P0WA 5P73A 1WBMA 5P68A 1HIVA 1SMRA 1T7JA 3K5GA 2QCIA 4Y3QA 5P4GA 5P2RA 2I4XA 2AZCA 1A9MA 2IDWA 2XYFA 4J1IA 4FCOA 5P71A 5P8DA 2ZJNA 5P0RA 3R0WA 2P8HA 3HAWA 2B42A 3LHGA 5P7KA 5P2XA 2FGUA 1EEDP 1BXOA 1EPPE 3BGBA 3ZKNA 1FG8C 3INFA 2G1NA 3IN4A 5P05A 3OWNA 3VLAA 5P65A 2OF0A 3PI5A 2WECA 1RQ9A 5P6YA 4DJUA 4Y37A 1IBQA 1MIQA 4JECA 4OBJA 1GVVA 3OOTA 3PVKA 4DJPA 1M4HA 3AIDA 4OD9B 3NU9A 5P8BA 3TPPA 3CKRA 1EBKC 4A4QA 2APRA 1IVPA 3L59A 3MSLA 5P0IA 2WF3A 5E5KA 5P1EA 4OBZB 3TL9A 5OZOA 5OZAA 1HSIA 5P4NA 5P3MA 2ZJMA 5P4RA 3GI5A 3APRE 1HXBA 5ENKA 3OU3A 1TQFA 2HPFA 3OQ7A 4FIVA 4RYCA 1HBVA 1EC3A 3KN0A 4YD5A 5P6SA 4FL8A 3QIHA 4DJOA 3PMUA 3LZYA 3RSVA 2AZ8A 4DH6A 2IGYA 1HVIA 5P6QA 5P1OA 2EWYA 5P3GA 5P4TA 1MSNA 5P34A 1ZSRA 1NPAA 3T11A 5P8MA 4DVFA 5P7QA 4Y45A 1EPQE 1A8KA 1JLDA 1FQXA 1BV9A 1HXWA 4LAPA 4M8XA 2HAHA 3FNSA 1T6EX 3PHVA 2HB2A 5OZ7A 3OU4B 1CMSA 4R92A 5OZCA 5OZEA 2PWRA 3OGQA 5P6MA 5P57A 4Z22A 5I3YA 2PH8A 3UDQA 1EPOE 1C6XA 3OADA 2P3CA 4J1KA 5P75A 4K4QA 3EKQA 3SAAA 2NNPA 2ER7E 3PI0A 4Y6MA 5P49A 1QBSA 5P6RA 5P0FA 5P7DA 2FDEA 2JE4A 4Y47A 4LBTA 2G26A 5P54A 4A6CA 5P1SA 2WKZA 2OHNA 3AUPA 1IVQA 1D4YA 4GZFA 5P04A 3GGUA 2FS4A 5HE4A 2IEOA 3NU3A 4X7IA 1GKTA 5P7WA 2QP8A 4COEA 1OEXA 1FQ7A 3JVWA 3OAGA 5P59A 5JODA 2G22A 2I1AA 5P2AA 4GJDA 5P8LA 4ACUA 5P1JA 5P0PA 2J9JA 7UPJA 5OZKA 3O9HA 3CKPA 5OYYA 5P64A 1XE6A 5OZMA 3ER5E 5P6DA 4Y3MA 3RSXA 5P6NA 3IN3A 3SM2A 4HVPA 1F34A 5P52A 5DQ5A 1AXAA 3FX5A 5HCTA 3HBOA 5P5VA 2QZKA 1MPPA 1AJVA 4EQ0A 4AUCA 4J54A 2QK5A 1HTFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P7IA

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