5P7KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 317
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7kA01
1Z1RA 1HVHA 5P88A 4I0FA 3NU5A 3I2LA 1GVUA 3IXJA 1T7KA 1BIMA 2G94A 2XFIA 3OUCA 3U7SA 5P1MA 6FIVA 5P05A 2G69A 5P8BA 5P4DA 4DUSA 2HM1A 2OHRA 1FFIC 5P0TA 4CPUA 5P2AA 3NYGA 5P1AA 1EPOE 3OADA 5P1KA 5P26A 3CKRA 4F73A 5P2OA 3LPJA 4Y4GA 4JPEA 2AODA 3EL4A 5OZFA 1K6VA 3LIQA 4FCOA 3QVCA 5C9FA 3OTSA 2Q63A 4K4RA 1BDQA 5OZUA 4Y4DA 4Y4TA 1UH8A 4MC1A 2G24A 3EL0A 2ZHSA 4J1IA 4HDPA 1EAGA 2BKSA 2NXMA 3ER5E 2AOEA 4GJ9A 4L1AA 4PHVA 4NJVA 2J9JA 4R95A 4ZEAA 3SO9A 4DJRA 2V16C 3QRMA 3OQFA 5P25A 3QIHA 5DQ5A 3HAWA 5DQCA 3Q5HA 3NU6A 5OZKA 5HE5A 4KE0A 5P0PA 1MRXA 1DIFA 3UDKA 4Y58A 2AOJA 4DJYA 1RQ9A 2CENA 5DR7A 5T4SA 3EKQA 1ZAPA 3FIVA 5DR1A 4Y56A 1HRNA 3KT5A 4QJ8A 2OAHA 3FNUA 3OQ7A 4I10A 1AJXA 5P6MA 3NU9A 4Y39A 1XE6A 5P41A 2AOCA 4DQHA 3GI6A 2HAHA 3LIZA 4RCDA 4Y43A 5P7XA 2F3EA 5EZZA 1HVSA 1ZJ7A 5P8DA 2VIJA 4DJWA 2HPFA 1FIVA 3EL5A 3G70A 5P4WA 4OBKA 1MSMA 2Z4OA 1BILA 2FDPA 2QZWA 5FIVA 5JODA 2O40A 5OZPA 2BBBA 5P54A 3OAGB 4TRWA 5DGUA 4DPIA 2Q15A 1C6YA 1FMXA 1FB7A 4I0JA 4ER1E 3R1GB 2QD8A 2VNNA 3MWSA 3AIDA 4LHHA 1EPPE 1VIJA 3PMUA 3M9FA 2ZHUA 4J17A 3JVWA 5P7BA 5P77A 3RU1A 1WBMA 5BRYA 1YTHA 3SPKA 5P09A 3KDDA 5P1CA 5KOQA 4J5JA 5P2FA 3VYDA 3MSJA 4Y51A 5P6WA 3RTNA 3SA5A 5P0MA 1FKNA 4Q5MA 4DVFA 5OZXA 5DQ4A 1A9MA 4D88A 3OU3A 2ZJKA 4Y3PA 5OZQA 2I4UA 5P6IA 5OYQA 5P2VA 3L3AA 5P5ZA 2FNSA 5P86A 4Y3GA 5OZ2A 5P3RA 5P3QA 2FLEA 3SA7A 5P85A 3SKFA 4TVGA 5P7HA 3QBHA 6APRE 5P6YA 5P7OA 4Y3MA 5P7SA 4OBZA 5P2EA 4YD7A 3LITA 5P3DA 3IN3A 5P76A 5P1UA 3RTHA 1A8GA 2WF4A 5P64A 2QCIA 1BAIA 3NLSA 1MT7A 4GJCA 1D4LA 2VIEA 4Y3XA 5OYZA 4FL8A 1XL2A 3ZOVA 2ZDZA 5OZNA 3KF0A 1HTFA 3S56A 5SY2A 4EP2A 1K6TA 3FKTA 1KJHA 4GJBA 1W6HA 5P8JA 1BDLA 5P1SA 5P3YA 5P8MA 2XFJA 3EM6A 5P5PA 4Y50A 3PSYA 3LHGA 1MERA 5P20A 4IVSA 5OZRA 5P6ZA 1Q9PA 4ZIPA 1B6KA 2QHCA 5P63A 2BJUA 2WF1A 1Z1HA 3TKGA 1OD1A 4EQJA 3OTYA 3INFA 4RCEA 5P3ZA 2AZ9A 4B00A 3NR6A 5HVPA 5P0YA 2BPWA 5P5YA 3I7EA 5P33A 3O9CA 1HPOA 4GJAA 2JJIA 1EBKC 5P2KA 4YD4A 1APVE 4BFBA 5P12A 2VJ6A 5P8NA 5OZ9A 4ZPFA 3ZKQA 3MXDA 1E82E 3I6OA 1FQ6A 4OD9B 2PSUA 4Y45A 2QI7A 5P0KA 5HU1A 3OUAA 3H0BA 1XS7D 1ZLFA 5P7MA 3BC4A 5HDVA 1KZKA 4ER2E 4TRYA 1EC1A 4CP7A 3KFSA 4RZ1A 1E5OE 5P24A 5KR1A 3GW5A 4J0VA 3OHHA 2QK5A 5OZEA 4EYRA 1FQ8A 4EP3A 4QJAA 1K6CA 2ZHVA 1C6ZA 3VV7A 2P3CA 5P1TA 1W5WA 1DP5A 1T7IA 2R3WA 3LNKA 3WSJA 3U71A 3UDHA 1XN2A 5P17A 2NXLA 2OHTA 1ZBGA 2AQUA 3CYXA 5P0SA 4RYCA 1TSQA 3I8WA 5P5QA 3VV6A 1TZSA 1SMRA 4Y53A 3SA6A 2QI6A 3CICA 5P7AA 5P4TA 1T6EX 3UDMA 3UQWA 3NDTA 4DJXA 5AHBA 5ISJA 5IVTA 4F74A 4H1EA 2HS2A 5P15A 3UFLA 5P72A 3QBFA 5P11A 5I3VA 3NWXA 4GJ7A 4X2LA 5OZWA 5P7GA 3DJKA 1W5XA 5P5SA 4BELA 3SAAA 3GGXA 3PCZA 4OD9A 3L5DA 3VLAA 5P74A 4RRSA 4EXHA 3HW1A 4YD3A 4ZPGA 5OZJA 3GGUA 3ZKSA 3SKGA 4HA5A 5P6DA 5P8OA 4QJ2A 2QMDA 1ODXA 2SAMA 5P2NA 5P6CA 1DW6C 2O4KA 4I11A 1LF4A 4DJUA 5P8TA 5P2LA 3NUJA 5P14A 1BBSA 1M4HA 3NU4A 4PYVA 2H6SA 2B7FA 1TCWA 5EZXA 2F81A 4Y47A 3K5FA 5F01A 4DQBA 1QBSA 3G72A 2B8LA 5P0FA 2ZJJA 2WL0A 1HOSA 5P10A 1SIPA 1G6LA 1MPPA 1EPLE 3VSWA 2QI4A 4GJ8A 5P5RA 3VG1A 4R8YA 5CONA 3FNSA 1FEJC 3DUYA 5P8GA 4J0PA 3SA8A 4L6BA 4APRE 1HPSA 1IVQA 1HHPA 5P6XA 4Y57A 5OYWA 5P6VA 5P66A 1EC0A 3QRVA 5P3BA 1ODWA 2JJJA 3OHFA 5P79A 5ISKA 1QRPE 4FRJA 1B11A 4Y3ZA 3VUCA 5P2BA 4Y3TA 4Y5LA 2CEJA 5P5CA 3I25A 1PSAA 3S7MA 3OADB 2IKOA 5P8EA 1FQ5A 1GNNA 2UXZA 2QU3A 5P89A 4D85A 5P82A 3R0YA 2PMAA 4H3GA 4A6BA 4K9HA 3L5CA 3UTLA 3NXEA 5P3LA 3SACA 5P37A 4Y4AA 1K2CA 4COEA 5P5JA 1SGZA 5P67A 5P59A 1LEEA 1KJ7A 2OHPA 5OZ7A 5P08A 4RLDA 1MRWA 2BPXA 3K5GA 4Y3AA 3NDUA 1PROA 1F7AA 4HZTA 5P8VA 3L38A 5B18A 3LIYA 3GI5A 2O4NA 4GJ6A 5OZ5A 1GVXA 2IGXA 3AUPA 4XKXA 3OXCA 4Y4UA 3S2OA 3HVPA 2VJ7A 5P6JA 5P0NA 5P4MA 5P5FA 5OZMA 2PWRA 4QJ9A 1DAZC 3OQKA 5P5LA 5P60A 2OF0A 3HBOA 2QU2A 3LZVA 4Y3EA 1SGUA 4YDFA 1IDAA 4FSLA 4EXGA 2Z54A 1MUIA 1EC3A 5OYTA 5ENMA 4Y36A 2I1AA 3UQPA 5ER2E 1RL8A 1AAQA 3BVBA 5P0WA 4CMSA 4EJLA 3ZLQA 2QAKA 5P5DA 5OZVA 5P35A 5P0EA 1B5FA 5P6NA 5P68A 3GI0A 2HIZA 3U6AA 1M0BA 5P6BA 4RVIA 3OXVA 5P7VA 2MIPA 2VKMA 5DGWA 4HEGA 5P0LA 3ST5A 5OYVA 2VA6A 5OZ3A 5P4SA 3URLA 1BVEA 5P6SA 5P4AA 5P7YA 3O9LA 1SDTA 4J0TA 5P71A 2RSPA 5AGZA 3VEUA 5P3TA 3Q3TA 1YM2A 1MTBA 5P7EA 2AVVA 4K8SA 4EJ8A 4Y4XA 5P7NA 3S54A 5P5VA 4LC7A 5DQ2A 4Y54A 2RKFA 3K4VA 2J9KA 4D83A 2WEBA 5P1EA 2VA5A 5P53A 2WECA 3PB5A 5P65A 2O4PA 3O9GA 3ER3E 5DR3A 5P2QA 1W5YA 1VIKA 2WF3A 3PWWA 3PM4A 5COKA 1M43A 2HB4A 5P2IA 1UH7A 2FDDA 5P3SA 5SY3A 4AZYA 2APRA 2I4WA 2QZLA 5P1RA 5P1PA 5P2TA 5HDUA 5DPZA 2ZJHA 1BWBA 1W5VA 5P8FA 1META 5P5WA 4ER4E 5SXNA 3NXNA 1NPAA 3L59A 3PCWA 5P03A 3MXEA 4Q1XA 1E81E 4Y4BA 2F3KA 5P8KA 4OBZB 1IZEA 3PSUA 4E43A 2FDEA 5P1WA 2P3BA 1OEXA 3OGQA 5P23A 5P8SA 1ZSFA 3GGVA 4Y6MA 4QJ6A 1HWRA 2VJ9A 2BQVA 2PK6A 5OZTA 5P4UA 4JECA 2EWYA 3TPPA 4CPQA 2P8HA 2Q54A 3EKPA 5P5MA 3APPA 4YDGA 4I8ZA 5P4EA 4Y5EA 4Y5MA 2HC0A 3SA9A 3UDJA 3O9DA 2VIZA 3JW2A 5P2YA 5IVQA 1IIQA 5P1BA 3S8IA 2IEOA 2PSGA 5P2CA 3B7VA 2P3DA 2OHKA 4CPWA 3VFBA 1K6PA 3O9AA 5P32A 2R43A 2F80A 3UHLA 3KM4A 5P2RA 3OUDA 5HD0A 5P6FA 4CPXA 4JOOA 1YT9A 3HDKA 4U8WA 3QAAA 2Q5KA 1HVCA 5P3WA 1IDBA 1YG9A 5P0IA 2HPEA 2QMGA 5J25A 4Y3SA 5P16A 3CKTA 1CPIA 5P7RA 1YTIA 5P7IA 3RVIA 2AVQA 5KQZA 4DFGA 2ZJMA 3BUGA 5OZHA 3TL9A 3IGBA 3UPJA 4AA8A 3TOFA 2CEMA 4R92A 3TPRA 5P5XA 5AH9A 3UDYA 3T7QA 3QVIA 5P2GA 5DR8A 4FIVA 4PZXA 1ZPKA 5P2HA 5P3OA 3UDNA 3S43A 5P55A 5P30A 5I70A 5OYUA 3T11A 3VV8A 4RVJA 5HCOA 1MT9A 4ACUA 5HTZA 1ER8E 2VS2A 4J1KA 3A2OA 5I3XA 4OBHA 2QZXA 5P7TA 1ZTZA 4Y41A 5P0CA 4Y3DA 1PPME 5P3AA 1G0VA 4I0IA 4GIDA 4FRKA 5P61A 3RTMA 3SA4A 2HB2A 3KDCA 1APWE 4FE6A 3RSXA 1D4SA 2G1SA 5OZAA 1NSOA 5P6AA 3IA9A 4J1HA 4AA9A 2WF2A 4LP9A 3VLBA 5KOSA 4KE1A 1IVPA 4D89A 3EL9A 2VA7A 5P6QA 1HVJA 4A6CA 4U7QA 1IZDA 3CKPA 2G20A 3PMYA 1XDHA 4Y5KA 5P5HA 3NDWA 2R9BA 5P84A 3URJA 2NMYA 1FMBA 1QDMA 4LXKA 1SP5A 5OZ6A 5P5GA 1HTEA 5P6RA 4N00A 4I1CA 5OZ1A 4HLAA 3OQDA 3PWRA 3ECGA 2QP8A 3T6IA 3D3TA 1ENTE 4HDFA 5P1YA 3OU4A 2PSVA 3BRAA 2IQGA 5P5TA 3Q6YA 3WB4A 1CZIE 1A94A 1T3RA 1HPVA 3HVGA 3DM6A 5HDZA 1AJVA 5DQ1A 3EXOA 2PQZA 2WHHA 2PH6A 4GJ5A 5P3IA 1FG6C 1BVGA 1FQ4A 5P7DA 3PI0A 4S1GA 1BV9A 5P19A 2G1NA 5P4IA 5OZYA 3OGPA 5P6KA 4XX3A 3IXOA 5P75A 1B6PA 3OOTA 5C9DA 4X7IA 4ACXA 2Q3KA 5P0RA 1D4KA 1HVKA 3ZL7A 5HE7A 3VYEA 4LL3A 1HTRB 3LPIA 1GNOA 2RENA 2AZBA 1EBYA 4Y3QA 1HSGA 5P0OA 3KMXA 2PK5A 5COPA 5P1QA 1AM5A 3FNTA 5OYYA 5P58A 3IXKA 2NXDA 4TVHA 2FXDA 4Y35A 1G35A 3OOZA 4IVTA 3EC0A 5P07A 5JFUA 1LZQA 3ZKMA 3NUOA 4FGXA 1K1UA 5P6LA 1YTJA 2IKUA 3ZKNA 1LYAA 1LV1A 2ER9E 1TQFA 5KR2A 3PWMA 1LYWA 4JPCA 1B6MA 2P83A 1HVLA 3RSVA 5ER1E 2FXEA 3PSGA 4HDBA 5TOLA 4BEKA 4OBFA 2G1YA 3L5FA 3S53A 3NU3A 4YBIA 4FLGA 5P2UA 4B72A 1ODYA 2QD6A 4Y9WA 3SABA 2ZHRA 4OBJA 4I0GA 5P44A 4M8YA 2V11C 3TNEA 3LZYA 2ZGAA 3GI4A 2AVMA 4QGIA 1OHRA 1SIVA 3QI1A 3OY4A 5P31A 5P04A 5P34A 3APRE 5KQFA 1GKTA 4LAPA 4FM6A 5SZ9A 2B42A 5P5EA 1APTE 5P4BA 1FFFC 3KFNA 4DQEA 4GYEA 1ME6A 5P78A 2IS0A 4LBTA 1JLDA 2PYMA 1T7JA 4LXMA 5OZIA 5P3MA 4AUCA 4CKUA 3OQAA 3EBZA 3FV3A 1FQXA 4EJKA 3LIXA 3UQXA 5P3PA 5P1VA 3VF3A 4WY6A 5COOA 4RROA 2G27A 4PEPA 3MSKA 4I0DA 3UDRA 3UF3A 5P8PA 5P3GA 3OU1A 4PPHA 4APEA 5P3JA 2JE4A 3KT2A 1SBGA 2IRZA 2AOGA 5P0UA 5OYRA 5P2DA 4WY1A 1B6LA 5HCTA 4EHCA 4Z50A 2NNKA 1DPJA 2PH8A 5P6GA 5P6OA 4Q1NA 5P87A 2NNPA 1TSUA 2G22A 4NJSA 4ZPEA 5P02A 3INHA 1B5FB 3O9IA 1E80E 2FS4A 5P1HA 3EMYA 4J1FA 3R0WA 2AOFA 3DK1A 1RPIA 2I4DA 4FRSA 4DQGA 3BUHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Z1R A;  1HVH A;  5P88 A;  4I0F A;  3NU5 A;  3I2L A;  1GVU A;  3IXJ A;  1T7K A;  1BIM A;  2G94 A;  2XFI A;  3OUC A;  3U7S A;  5P1M A;  6FIV A;  5P05 A;  2G69 A;  5P8B A;  5P4D A;  4DUS A;  2HM1 A;  2OHR A;  1FFI C;  5P0T A;  4CPU A;  5P2A A;  3NYG A;  5P1A A;  1EPO E;  3OAD A;  5P1K A;  5P26 A;  3CKR A;  4F73 A;  5P2O A;  3LPJ A;  4Y4G A;  4JPE A;  2AOD A;  3EL4 A;  5OZF A;  1K6V A;  3LIQ A;  4FCO A;  3QVC A;  5C9F A;  3OTS A;  2Q63 A;  4K4R A;  1BDQ A;  5OZU A;  4Y4D A;  4Y4T A;  1UH8 A;  4MC1 A;  2G24 A;  3EL0 A;  2ZHS A;  4J1I A;  4HDP A;  1EAG A;  2BKS A;  2NXM A;  3ER5 E;  2AOE A;  4GJ9 A;  4L1A A;  4PHV A;  4NJV A;  2J9J A;  4R95 A;  4ZEA A;  3SO9 A;  4DJR A;  2V16 C;  3QRM A;  3OQF A;  5P25 A;  3QIH A;  5DQ5 A;  3HAW A;  5DQC A;  3Q5H A;  3NU6 A;  5OZK A;  5HE5 A;  4KE0 A;  5P0P A;  1MRX A;  1DIF A;  3UDK A;  4Y58 A;  2AOJ A;  4DJY A;  1RQ9 A;  2CEN A;  5DR7 A;  5T4S A;  3EKQ A;  1ZAP A;  3FIV A;  5DR1 A;  4Y56 A;  1HRN A;  3KT5 A;  4QJ8 A;  2OAH A;  3FNU A;  3OQ7 A;  4I10 A;  1AJX A;  5P6M A;  3NU9 A;  4Y39 A;  1XE6 A;  5P41 A;  2AOC A;  4DQH A;  3GI6 A;  2HAH A;  3LIZ A;  4RCD A;  4Y43 A;  5P7X A;  2F3E A;  5EZZ A;  1HVS A;  1ZJ7 A;  5P8D A;  2VIJ A;  4DJW A;  2HPF A;  1FIV A;  3EL5 A;  3G70 A;  5P4W A;  4OBK A;  1MSM A;  2Z4O A;  1BIL A;  2FDP A;  2QZW A;  5FIV A;  5JOD A;  2O40 A;  5OZP A;  2BBB A;  5P54 A;  3OAG B;  4TRW A;  5DGU A;  4DPI A;  2Q15 A;  1C6Y A;  1FMX A;  1FB7 A;  4I0J A;  4ER1 E;  3R1G B;  2QD8 A;  2VNN A;  3MWS A;  3AID A;  4LHH A;  1EPP E;  1VIJ A;  3PMU A;  3M9F A;  2ZHU A;  4J17 A;  3JVW A;  5P7B A;  5P77 A;  3RU1 A;  1WBM A;  5BRY A;  1YTH A;  3SPK A;  5P09 A;  3KDD A;  5P1C A;  5KOQ A;  4J5J A;  5P2F A;  3VYD A;  3MSJ A;  4Y51 A;  5P6W A;  3RTN A;  3SA5 A;  5P0M A;  1FKN A;  4Q5M A;  4DVF A;  5OZX A;  5DQ4 A;  1A9M A;  4D88 A;  3OU3 A;  2ZJK A;  4Y3P A;  5OZQ A;  2I4U A;  5P6I A;  5OYQ A;  5P2V A;  3L3A A;  5P5Z A;  2FNS A;  5P86 A;  4Y3G A;  5OZ2 A;  5P3R A;  5P3Q A;  2FLE A;  3SA7 A;  5P85 A;  3SKF A;  4TVG A;  5P7H A;  3QBH A;  6APR E;  5P6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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