5P7OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 321
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7oA01
5P2AA 2AOGA 3VG1A 2VNMA 2HB3A 1T3RA 1APTE 3TOFA 4LL3A 3OXXA 1IDBA 5P55A 5P67A 1SDUA 3Q5HA 4NJUA 5P1GA 3NU3A 2O4LA 3PLLA 5P7IA 3BRAA 3OADA 5P5TA 5P34A 4OBDA 3D91A 3NU9A 5BWYA 5P7YA 3GGXA 5OZ8A 5P2YA 3U71A 5P2KA 2WKZA 5P16A 3R1GB 5HE4A 3VSXA 4CPQA 2QZWA 5KQFA 5ISKA 3S85A 2XFJA 4AMTA 3VYDA 5P43A 4IVSA 4AA8A 3KDCA 4YDFA 2QK5A 4Q1WA 4Y3DA 2QZLA 3VF7A 5P7JA 5OZ7A 2HB4A 5P5RA 5P7BA 3ZLQA 3RU1A 4J0VA 3MXDA 5P8TA 3OU4B 2WF3A 5P62A 4Y53A 3OXWA 3BVBA 3GGAA 5P2SA 5P4BA 5DQ4A 2AIDA 5P89A 5P65A 5P6BA 3HW1A 1IDAA 3UPJA 3L5DA 3PI5A 1E5OE 5P8LA 2J9JB 5OZLA 3KA2A 3ER3E 2V11C 4Y3PA 3OAGA 2FGUA 3HZCA 3OQ7A 2QHYA 4Y3AA 5P1HA 2QMFA 2Z54A 4Y5LA 1NPVA 1EPOE 5P18A 2ZHRA 3LZUA 3OU1B 5P4WA 4RVIA 2SAMA 1HTGA 4HDBA 3BGBA 3NXNA 3MSLA 3PWRA 4IVTA 4KE1A 4EYRA 4CPTA 4QJAA 4CKUA 1KZKA 5OZAA 5P3OA 1EC0A 2Q3KA 2F80A 4Y5MA 2PK5A 3SKFA 4DV9A 4ER1E 3D3TA 4J0YA 5SY2A 4DJYA 1E82E 5P8CA 3ST5A 5OYWA 2R9BA 3VEUA 1A30A 5P86A 5I3XA 5P64A 5KR8A 2ER6E 4ER4E 1EBYA 4I8ZA 2BJUA 1D4KA 5P0XA 5P0IA 5P57A 1HBVA 5P8HA 1ODXA 2AOEA 1BXQA 3INFA 3QRSA 5P39A 3KF0A 2I4UA 5P26A 4FAEA 4Y58A 5OZ1A 5P81A 4FRIA 1AVFA 3UDQA 3PHVA 3Q3TA 3GI0A 5P1PA 2F3EA 5P5UA 2FS4A 5P2XA 3PVKA 1MTBA 1K2CA 3KFRA 1OEWA 3NU5A 3T7QA 4HDPA 4DQFA 5I70A 1W6IA 5P6JA 4Y4ZA 1MVPA 4J1HA 3T11A 5DQ1A 3APPA 3PB5A 2G21A 2VA7A 4DQBA 3UQPA 4Q1NA 5P0KA 3RTHA 5P36A 3H0BA 4PZWA 2HIZA 5P1AA 4HA5A 4LBTA 3UDNA 4QLHA 5COKA 3OY4A 5P7HA 5P66A 3QN8A 3ZPSA 5OZZA 5P8BA 4Y3MA 4CP7A 4J0PA 4Y3TA 3GGVA 5P00A 2HC0A 5HCTA 4L7HA 2OAHA 5P0HA 2FNSA 4K4PA 3Q4BA 5OZQA 3N3IA 1EBKC 1TSUA 4DJRA 4EJKA 3LINA 5P6WA 1WBKA 2OHPA 5T4SA 4PZXA 4A4QA 5P2VA 4H1EA 2G20A 4B05A 5JFUA 5P3JA 1K6TA 1HVJA 5ENMA 4Y3XA 4OBZA 4I11A 4L6BA 3VYFA 2V12C 4LHHA 1EPNE 5HE5A 1LYWA 5P5KA 5P4SA 4NJSA 3CICA 4BEKA 1YM2A 4Y4JA 2AOHA 5EZZA 5P12A 5P1OA 3S7MA 4Y4TA 4HE9A 4GJDA 4Y4DA 5P29A 2PH8A 5P6XA 2O40A 5P03A 5OZSA 4FSEA 3PI0A 3NWQA 4B72A 5P2WA 4L1AB 5OZ2A 1B6PA 1U8GA 3UDRA 5P06A 5P4FA 1RL8A 5P7MA 5P4LA 2XFIA 1LYBB 1FGCC 1SMRA 3SA9A 3CMSA 1EC1A 4S1GA 4ZEAA 1PPLE 3PCWA 1SH9A 3D1YA 3G72A 3K1WA 5P53A 5P5VA 4AUCA 1A9MA 3SA3A 8HVPA 3PJ6A 4FS4A 1LYAB 1IZDA 5AHAA 3T3CA 1APUE 2IQGA 3FNUA 3KFPA 1SDTA 3T6IA 3OAGB 1HRNA 4HLAA 3K5CA 7UPJA 4OC6A 1UH9A 2ER7E 1HIHA 1FG6C 3NDTA 1Z1RA 1C6ZA 3WZ7A 5P82A 2BB9A 3UDYA 3S53A 5P7RA 3JW2A 1MT9A 4KB9A 1YTIA 1EAGA 5P2IA 5COPA 5P3ZA 3DJKA 5P0WA 5P44A 4GIDA 1Q9PA 3ZKIA 2VIYA 3R2FA 5P2MA 4FL8A 5P1TA 4GJ8A 3INDA 3S8IA 1FQXA 2Q11A 1MSMA 5DR4A 5DR0A 5P0UA 1E80E 1DIFA 5P32A 2ZJKA 3PSUA 2QCIA 5TOLA 4Y39A 1GVVA 3L5CA 4CPUA 2WF0A 4Y43A 4QJ7A 4OD9A 5OZ6A 5P0LA 1XE6A 4Y37A 5P1VA 3N4LA 2WEBA 4KUPA 5OZ0A 4D88A 5P10A 4Y3JA 3ZKXA 4APEA 4D83A 3APRE 1LZQA 4Y5KA 2UY0A 3HLOA 3DOXA 3GI6A 3RSVA 3TLHA 5OYTA 2H6TA 5P0PA 4X7IA 4Y4GA 5AGZA 3EKQA 5P2FA 3QPJA 4RVJA 5E5KA 5P3GA 3M9FA 2VIEA 1XL5A 1AM5A 4WTUA 5P69A 4YHQA 3INEA 2R38A 5P3SA 4DPFA 1A8KA 1HIIA 5DGUA 5HDXA 1BBSA 5P72A 5P3UA 1AAQA 2WF4A 5P48A 4Y4XA 5P42A 4MC1A 5P8DA 1MT8A 4R92A 4Z50A 2P3BB 4J17A 4Y9WA 2O4NA 5P4TA 5OYSA 4EP2A 2ZJNA 2AVMA 3EL9A 4J5JA 3EM3A 5P13A 5P33A 2VJ6A 1FFIC 3O9LA 3PLDA 1G6LA 5P4CA 2F8GA 1CMSA 3DCKA 3KDBA 1JLDA 4Y4EA 4YOBA 1K6CA 1KJ7A 5P2UA 2I4XA 4I12A 2ASIA 1MPPA 4J54A 3CKTA 2AVSA 4U8WA 4NPTA 2PK6A 3SM2A 2V00A 4B0QA 1SGUA 4R95A 4OBZB 3TPRA 2NXLA 5P58A 5P73A 5I3VA 2WJOA 5OZ9A 5P6KA 4I0EA 5P28A 1TCXA 1T6GA 4NPUA 5P7XA 3EXOA 3DM6A 3NDWA 1QBUA 4PPHA 4Y35A 5P1LA 5P6CA 5HD0A 2G1OA 5P1KA 1HIVA 5P45A 4RRNA 1EPRE 4J0TA 4Y5GA 1B6JA 4LXAA 4CPXA 2NPHA 1DMPA 4K8SA 5P5XA 4LAPA 5OYVA 5P6YA 1XE5A 3UQUA 3OUBA 2QI7A 2P3CA 4ACXA 2O4SA 2AZ8A 1SBGA 4J1KA 5P8RA 3QI1A 5P74A 3R0YA 2P83A 2PWCA 4CPSA 3HDKA 3HAWA 1B5FA 3UDHA 4F76A 2HS2A 3KDDA 1MERA 5P3PA 4D8CA 2QHCA 4Y3NA 5P46A 4GJBA 2QNNA 5P11A 2CENA 5P4JA 3QAAA 5OZDA 2RKFA 4ZPGA 3KT5A 2PSGA 4N00A 3CYXA 4K9HA 5P4OA 2AOJA 4DJPA 5PEPA 3ZKGA 1QS8A 5F00A 1SP5A 3O9BA 5P1DA 1GNOA 1KJHA 4ZPEA 2PMAA 2R5PA 5P59A 4BFDA 1ZAPA 1E81E 4BELA 3UDPA 1ZP8A 3OUDB 3TH9A 2BPWA 1RNEA 5BRYA 4FRJA 2WL0A 3UQWA 3K5DA 2IS0A 3PWMA 5P5DA 4EQJA 1D4IA 5P0JA 1ODWA 1B6MA 2P3DA 5P5AA 2JE4A 4Y5CA 1BDLA 5OZPA 3KFNA 1MESA 2Q64A 1C70A 5AH6A 1HTFA 5P50A 1TSQA 5P8VA 5AHCA 4Y3ZA 5P3YA 2O4PA 1N49A 4I10A 5DR1A 3VF5A 2FMBA 1MRWA 3O9EA 1GNNA 2IRZA 3SA5A 1M0BA 1HSGA 2V13A 2FLEA 5P0BA 1IBQA 5P6IA 1OEXA 5P3EA 3UF3A 4DPIA 5P2RA 1SIVA 4DQGA 3NSHA 5P88A 5P6ZA 5KQYA 3NYGA 3OU3A 3PM4A 3HD8A 2G1RA 3VYEA 2G1SA 3S2OA 4R93A 2VKMA 3RSXA 3UCBA 4F74A 1W5VA 3ZKSA 2BPZA 3MWSA 1HVIA 5P20A 5P4VA 2I4WA 1MRXA 9HVPA 3MSJA 3RTMA 2G94A 3S7LA 2ZE1A 4NKKA 5P31A 1LS5A 5P4MA 5P7UA 4I0JA 2RENA 5OZEA 5P38A 3PSYA 2J9KA 4M8YA 2OHMA 3H5BA 3EKXA 5P8UA 2XFKA 4J1CA 4B70A 3LZVA 2I0AA 4RCEA 4Y3YA 4EHCA 3HVGA 1GKTA 1QBRA 5ER2E 4MC6A 2HB2A 5P5WA 3VV6A 1G35A 4Y3SA 3O9DA 2ZJMA 3SA7A 3RTNA 5P5YA 4DJVA 5IVSA 5P1QA 2XYFA 4OBHA 1LF4A 2QNPA 1APWE 4Y3LA 5P4GA 3BVAA 3L5EA 2QI5A 3AIDA 5P2NA 5P3MA 3IXOA 1AZ5A 5P7FA 4YD4A 3QVCA 3LIXA 3DV5A 5P71A 2QI3A 1XDHA 5P0RA 4YOAA 2WEDA 5P3IA 5OZJA 5P4RA 1NPWA 5P08A 4XX4A 3QS1A 1HEFE 4K4QA 5OYZA 4DJXA 3EMYA 4YE3A 3INHA 4H3JA 5I3YA 5P4YA 5P19A 4RROA 5HE7A 5C9DA 2RKGA 3TKGA 4Y4BA 4LC7A 5P7KA 5P5HA 5HDZA 3EL4A 4YCYA 3JVWA 5P4QA 3LIQA 1B5FB 2PYNA 3SA6A 1UPJA 5P0CA 4TRYA 4GJ5A 5KR0A 2UPJA 1AJVA 2BKSA 3U7SA 2APRA 5P40A 2B7ZA 5OZVA 4FAFA 4TVGA 3FV3A 1W5YA 5P1YA 1FKNA 1IVPA 3OTYA 2I0DA 2FIVA 1FEJC 2WEAA 3IN3A 3ZPTA 3PMUA 2PYMA 5P3QA 3OTSA 3FIVA 1W51A 3L5BA 3OOZA 3EL0A 3FNTA 5CONA 5AH7A 1LF2A 3KFSA 4QGIA 5P1NA 4DI2A 2AVVA 4QJ9A 5P3DA 2IKOA 3UQXA 5P7ZA 5IVQA 2NXDA 4DFGA 4CMSA 3VV8A 3RVIA 4JP9A 5P8MA 4B1EA 2B8VA 2BPXA 4Y6MA 4Y44A 4FRKA 3OADB 4TRWA 5P83A 5F01A 4HEGA 5OZ5A 5P2BA 4ACUA 3IVIA 5AH8A 4R91A 4Y45A 1TCWA 3UFLA 2OF0A 5P7OA 1HSIA 2FDPA 3ECGA 2B60A 4ZPFA 2HPEA 1VIKA 3MXEA 4ZSMA 2OHTA 5P5EA 3KMXA 1BDQA 4Y47A 2WF2A 3GI5A 1KJFA 2NNKA 5P6EA 3D1ZA 5P0MA 1GVWA 4FE6A 1DW6C 3SABA 3TNEA 3UDJA 3LIZA 5P1BA 3I8WA 3VFAA 1K6PA 3MSKA 3NXEA 1OHRA 4H3FA 2O4KA 5P7CA 2FXEA 2Q15A 5P3VA 3B80A 4FGXA 4Y48A 3URIA 3Q6YA 5P5FA 1META 1FQ4A 1HPVA 3OQKA 4Y57A 2A1EA 4NJTA 5FIVA 3CKRA 1EC3A 1FIVA 5P3LA 5P47A 2CEJA 2QI0A 3UQRA 5P5CA 4A6BA 3EM4A 4GZFA 2V10C 2IGYA 3DV1A 2AOIA 5P6GA 1ODYA 4J1FA 5OZMA 4YDGA 5HCOA 2WHHA 3VLAA 1IZIA 1PPME 5ENKA 1HOSA 3BXRA 4WY6A 5KOQA 4J0ZA 5P0NA 5DQ5A 1W5XA 1W5WA 5P7VA 5OYRA 3QP0A 5P8IA 1QDMA 5OZKA 1BVEA 4A6CA 3QBFA 4DUSA 3AUPA 3OK9A 2G24A 1FMUA 2QHZA 4LXKA 5KAOA 1FFFC 2R3WA 5P49A 5UPJA 2BQVA 5P3WA 2NMZA 4FM7A 5P5OA 1SIPA 5OZOA 4YD6A 1HVLA 5KQZA 5P85A 5P1WA 4YCTA 4DQEA 4GJ9A 5P6TA 4Y5BA 5P3NA 2VIJA 3SLZA 4GJ7A 5P5PA 3GGUA 5P79A 3OU4A 4Y50A 3GW5A 5P6SA 1AIDA 2QI4A 4Y38A 4YBIA 1HXBA 2FXDA 1MEUA 2B42A 2JJJA 2PC0A 4I8WA 4ZSQA 4Y5AA 4RCFA 2QMPA 3UFNA 5OZ4A 5P8KA 3CKPA 2H6SA 1ENTE 4GJ6A 4QJ6A 2J9JA 5P8GA 4FIVA 1FF0C 5B18A 1CZIE 1LV1A 5P2GA 2EWYA 2JXRA 5P6RA 4EWOA 1TQFA 4Y5PA 3OQFA 5P37A 2RSPA 5IVRA 1M43A 1OD1A 4I0ZA 2NR6A 4GJCA 4APRE 3LPJA 5HTZA 3LZSA 3FSMA 1MTRA 5P1UA 1RV7A 1YX9A 5P8EA 3UDMA 5P14A 4B1CA 1LYWB 3URJA 5P6DA 5JG1A 5C9FA 4UPJA 3ZKNA 1UH8A 5P2CA 5P75A 2QZXA 4L7GA 1K2BA 1QRPE 3VSWA 2ER9E 2ER0E 3WB4A 2AZCA 1GVTA 5P05A 5P3KA 3IAWA 3K5FA 5P4DA 2OHRA 3TL9A 4Z4XA 1K6VA 1CPIA 3EKYA 5P3TA 4CPWA 1LF3A 5P7QA 3KYRA 3QRMA 5P17A 3VF3A 4RCDA 5P8FA 3OXVA 4AA9A 5E5JA 4OBGA 5P02A 5OZYA 3C9XA 3VV7A 1K1TA 4EJ8A 4XXSA 4Y56A 4RYGA 4Y4AA 1HVCA 3KT2A 4EXHA 4COEA 5P4NA 1NPAA 1PSAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2A A;  2AOG A;  3VG1 A;  2VNM A;  2HB3 A;  1T3R A;  1APT E;  3TOF A;  4LL3 A;  3OXX A;  1IDB A;  5P55 A;  5P67 A;  1SDU A;  3Q5H A;  4NJU A;  5P1G A;  3NU3 A;  2O4L A;  3PLL A;  5P7I A;  3BRA A;  3OAD A;  5P5T A;  5P34 A;  4OBD A;  3D91 A;  3NU9 A;  5BWY A;  5P7Y A;  3GGX A;  5OZ8 A;  5P2Y A;  3U71 A;  5P2K A;  2WKZ A;  5P16 A;  3R1G B;  5HE4 A;  3VSX A;  4CPQ A;  2QZW A;  5KQF A;  5ISK A;  3S85 A;  2XFJ A;  4AMT A;  3VYD A;  5P43 A;  4IVS A;  4AA8 A;  3KDC A;  4YDF A;  2QK5 A;  4Q1W A;  4Y3D A;  2QZL A;  3VF7 A;  5P7J A;  5OZ7 A;  2HB4 A;  5P5R A;  5P7B A;  3ZLQ A;  3RU1 A;  4J0V A;  3MXD A;  5P8T A;  3OU4 B;  2WF3 A;  5P62 A;  4Y53 A;  3OXW A;  3BVB A;  3GGA A;  5P2S A;  5P4B A;  5DQ4 A;  2AID A;  5P89 A;  5P65 A;  5P6B A;  3HW1 A;  1IDA A;  3UPJ A;  3L5D A;  3PI5 A;  1E5O E;  5P8L A;  2J9J B;  5OZL A;  3KA2 A;  3ER3 E;  2V11 C;  4Y3P A;  3OAG A;  2FGU A;  3HZC A;  3OQ7 A;  2QHY A;  4Y3A A;  5P1H A;  2QMF A;  2Z54 A;  4Y5L A;  1NPV A;  1EPO E;  5P18 A;  2ZHR A;  3LZU A;  3OU1 B;  5P4W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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