5P7OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 321
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7oA01
5P2UA 2AODA 4LXMA 3UQPA 2G26A 2QI4A 1MESA 4XX4A 4Y3GA 4NJVA 4OC6A 3OXWA 3FNTA 4FE6A 5P78A 4AA9A 3KDCA 5P18A 1Z1HA 4DJYA 1OEWA 5KOQA 5OZ4A 5KR0A 5P1LA 3NWXA 5APRE 1LF3A 1A8KA 3SA7A 4Y3ZA 4I1CA 4RZ1A 1EAGA 1YX9A 3SKGA 5P2OA 1HEFE 2R38A 4A4QA 4MC6A 4RYCA 2HB4A 3HAUA 1HSIA 1W6HA 5P13A 1SP5A 3CMSA 1HSGA 4S1GA 5P2SA 5ISKA 1UH9A 4HE9A 2R3TA 4KUPA 4F75A 4GJ6A 1B6PA 3QBHA 2IDWA 4YE3A 3LZUA 1QS8A 5P60A 1Q9PA 4X7IA 4Y5LA 3R0WA 3U71A 5P8EA 4FAEA 3O9AA 2J9JA 1HPSA 2QZKA 3INDA 5P1FA 4YDFA 2QZLA 2V12C 1MVPA 1A9MA 4Y5BA 5P7MA 3QRMA 3SO9A 2B8VA 4D89A 5OYXA 5P0OA 4I0HA 5P66A 3SM1A 2Q11A 1IDAA 1EBKC 2NMYA 2F3FA 5P6KA 5P3TA 5P4SA 4J1HA 3KDBA 4KB9A 2QMGA 5P1NA 5P41A 5P6JA 5P28A 4H3IA 2PK5A 3OUCA 3OU3A 1G35A 2AOEA 1G0VA 3EKTA 3S43A 3FNUA 4JP9A 5P82A 4B05A 2NPHA 1C6YA 3OQDA 5P4HA 4NPTA 2G1OA 5ER1E 3UPJA 5P48A 1FLHA 3A2OA 2WJOA 1AAQA 3QRSA 4PHVA 5P0PA 2BKSA 3NUJA 2EWYA 2F3EA 3GI6A 5P7JA 5EZZA 1W51A 5P5TA 3D20A 4EHCA 1AJVA 5P87A 4EWOA 1BVGA 1ZSFA 5P02A 1ODYA 1TSQA 5P1YA 3SA9A 1B5FA 4Y3QA 5P4JA 2ZJHA 3NDTA 4DPIA 3VFAA 4L7HA 4CMSA 1HTEA 5P33A 3ZKSA 2VKMA 1EBWA 1FQ8A 3UDHA 4IVTA 1ZP8A 5P1VA 2FS4A 2R5QA 3NDUA 1K6PA 3O9LB 4R8YA 4OD9A 5P09A 5P4FA 3KT5A 4ZSQA 1APUE 4YD6A 5P4UA 3VG1A 1ZPAA 5UPJA 5PEPA 1QBTA 4Y4XA 2ZHTA 5P38A 4DQGA 1U8GA 1HRNA 5P0HA 3OY4A 4R92A 5P1TA 3IVIA 1GNOA 4Y45A 4Y37A 2P3AA 1W5YA 3K1WA 5P5JA 3T3CA 5SY2A 5P1CA 2VIEA 3ST5A 5OZHA 3NU9A 1GNNA 1HVIA 5OYRA 4JOOA 4Y35A 1QBSA 5P4LA 1EPRE 3ZOVA 3APPA 3URIA 4Y4AA 1WBMA 5P1MA 1E81E 5P0ZA 2OHNA 5P85A 2BPXA 1KJFA 3O9GA 1NH0A 5P3JA 1IZEA 4FSLA 5P6MA 5AH8A 3OTYA 2PC0A 3I6OA 3QVIA 3WSJA 5F01A 2BPYA 4DVFA 2O40A 3O9FA 2R8NA 3PWRA 4I0ZA 2QI3A 4Y36A 3RSVA 3EL5A 1A94A 2WF1A 5HCTA 3CKTA 5E5KA 4M8YA 4WY1A 5P6FA 2JXRA 2PYMA 3DJKA 5P8DA 1HIVA 2HM1A 5HD0A 1E80E 5OZAA 4J55A 4OC6B 1BV7A 1HVLA 4Y3HA 3L5CA 1ODXA 2F80A 5P6BA 5P07A 4LXAA 4YD5A 2I0AA 5P8QA 5DR4A 5P17A 3DV5A 2AZCA 5P2QA 3UQUA 3OAGA 4DPFA 5P55A 3TKGA 5CONA 3EKPA 2AOGA 4NJTA 5P22A 5P4VA 3TPPA 4OBZA 2B7ZA 3PGIA 1BDLA 2NNPA 5JFUA 2VJ9A 5P7OA 3IVHA 5P3OA 5P4BA 4L1AB 3K5FA 2PWCA 4Y54A 2WEDA 3DCKA 5P8HA 3TPJA 4ZPGA 2AVQA 5P7LA 4ACUA 4OBFA 3EKVA 5P4PA 4I10A 4GYEA 2OHPA 3GGVA 5OZCA 4Q1WA 2XFIA 3SM2A 1PPKE 2ER9E 4Y4WA 5P7WA 5P6CA 4R95A 4BEKA 3OUBA 1HPOA 1ZSRA 1EC1A 3EM6A 5OZSA 1ENTE 3D1YA 5KR8A 4EQJA 1BXQA 1FG8C 4FM7A 5P0EA 3LHGA 5COKA 2PSGA 3UDNA 1HVKA 1BVEA 1DAZC 1FQ4A 1UPJA 2V11C 1G6LA 1W5XA 2ZYEA 1D4LA 3UQXA 3VF5A 3PLDA 1T7KA 4BELA 1HWRA 5C9FA 3EL0A 2P83A 1SMEA 5P3AA 5P45A 1QDMA 2PK6A 1EPME 5P7XA 2V13A 2VJ7A 3PCZA 1LF4A 2Q3KA 1LZQA 5P5AA 5P1UA 1EBYA 3S43B 3HBOA 4K4RA 2BB9A 2I4VA 2JJJA 5P32A 5ER2E 4Y3DA 4L7JA 1TSUA 4GB2A 5P8IA 4DH6A 5P3KA 4B1DA 2O4KA 1YG9A 2QU2A 3T11A 3OU1B 3H0BA 4TRWA 5P12A 5SXNA 3OU4A 2JJIA 5P8UA 1ZAPA 5P1IA 3I8WA 5P3QA 3L3AA 2PH8A 3BHEA 4YD7A 2ZHUA 4EP3A 3GGXA 4WY6A 2WEBA 1B5FB 3ZPUA 2G94A 4Y3MA 3NWQA 2WF3A 5P43A 2XYFA 3L58A 1EPPE 5DPZA 5P08A 5P4GA 4GJ8A 3OOTA 5P05A 2G27A 4Y3LA 1Z1RA 4I0IA 4DV9A 1EPOE 4GJ5A 4Y9WA 5P58A 2QD7A 4GJAA 1M0BA 4Y3TA 5P3DA 4DJOA 1VIKA 5IS4A 1YTJA 5P7VA 1ZBGA 4NJSA 2AOCA 3TLHA 4GJBA 5P4CA 3M9FA 5P64A 5OZVA 1SDTA 1LYWB 5SZ9A 4EXGA 1NPVA 3PCWA 5OZUA 2I4UA 5P3GA 1HTRB 5P75A 2H6SA 5P50A 5P0VA 1F7AA 3S2OA 2VNNA 1PROA 4Y4ZA 4NPUA 3O9HA 5AH9A 1IZDA 5ISJA 5P86A 5P5FA 4OBKA 4X2LA 3UHLA 3I2LA 4GMIA 7HVPA 5P56A 3R2FA 3K5DA 1BBSA 5P1RA 2QI5A 1SIPA 1EC2A 1EPNE 5P3XA 2OHLA 5P0WA 5P7TA 4RROA 5P25A 1FG6C 5P2MA 5P6WA 2IKUA 4I0GA 5P14A 1K6CA 5IVQA 4HDPA 5P71A 4GIDA 3OAGB 3QN8A 2BJUA 2VNMA 5T4SA 4EJLA 4CPSA 1T3RA 4TRZA 5P2LA 3IXKA 4OBZB 3PBZA 5P7FA 1GVXA 3GGAA 5AH7A 2AOHA 1MRWA 1ER8E 3HZCA 5P54A 5OZ2A 3HW1A 5P04A 5P8PA 4B70A 2QD8A 2HIZA 4J1CA 3Q70A 3R1GB 2PSUA 2VIJA 2UXZA 4FM6A 5P2RA 5DQCA 4Y4DA 1IDBA 3T7QA 2FMBA 2FDDA 4Y4TA 3Q4BA 3K5CA 1HPVA 1IZHA 1APWE 4Y51A 5OZDA 1SMRA 2FXEA 4FS4A 5P6QA 3S45A 5P3MA 5P2AA 4I0DA 5P7AA 5I70A 5P37A 4B1CA 4Y5MA 1M43A 4QJ8A 2QAKA 1GVWA 2FDPA 5P74A 5P2FA 2QHCA 1D4IA 1PFZA 5P6PA 1YTIA 3T7PA 5DQ2A 5P1XA 2WKZA 1TQFA 3S7MA 2AOJA 4H3FA 4Y53A 5IVRA 3FV3A 3LIVA 1AVFA 5P27A 1MSNA 4DJQA 4EPJA 1OHRA 5P3PA 9HVPA 2PYNA 5P3WA 4AUCA 4I11A 5P3FA 2G1RA 3INHA 3LITA 4J54A 4B77A 5P6YA 5P1QA 5P51A 4QJAA 1D4JA 5P8OA 5I3VA 5BWYA 8HVPA 5P0UA 5P5RA 2HS1A 5P6OA 5P5VA 3LZSA 2Q64A 1E5OE 2P3BB 3WZ6A 1KZKA 5P4QA 3L5BA 2WEAA 1FMBA 3TPLA 3OU4B 1NSOA 3VYDA 4J5JA 2BPWA 1HIHA 3RVIA 4NKKA 1MTBA 3B80A 5P2BA 2BBBA 2WF2A 1E82E 4TRYA 5P34A 5P40A 1META 2SAMA 4J1FA 4PZWA 5P7IA 5P57A 5P7DA 1MT7A 2AOFA 5DR3A 5P19A 4N00A 1IIQA 5DR0A 2QU3A 4EXHA 4YCTA 5P39A 1NPAA 5P0BA 5OZ3A 1W6IA 5P68A 3QVCA 1A30A 3I25A 4BFBA 4K4PA 5COOA 4YOAA 2ASIA 4RVXA 5KOSA 2F81A 3FNSA 3CYXA 3OADA 2QK5A 2AZBA 5CLMA 4Q1NA 3PI5A 3PM4A 1EPLE 5P4RA 4EP2A 4FIVA 4YHQA 5P63A 5P8TA 1IBQA 1DMPA 1XS7D 3IAWA 4RVJA 2NNKA 3ZLQA 1SDUA 3EL1A 4TVHA 2BKTA 4ZSMA 5P6UA 4DFGA 5P81A 4ZIPA 2QI7A 3LNKA 2Q54A 2IRZA 3KDDA 5BS4A 2I1AA 4YDGA 3O9BA 5P7QA 5P0TA 4F73A 2V0ZC 1G2KA 2J9KA 4QLHA 2IKOA 3VUCA 1K2CA 3BXRA 3PRSA 5KQYA 3QROA 1KJHA 4Z22A 3OUDA 1XE5A 4A6BA 3KF0A 3SAAA 4RVIA 3BC4A 1TZSA 3OXVA 1XL5A 5P1GA 5P2HA 1T6EX 3KFPA 4ZPEA 1AXAA 1EC3A 4Y3AA 4EJDA 5P6TA 3TPRA 3SA8A 2HAHA 2VS2A 4OBGA 3OXCA 4J0PA 1HBVA 5P2XA 4D8CA 3APRE 3VV7A 2QZXA 5P5BA 3SKFA 3CICA 5P5LA 2FLEA 3K4VC 2H6TA 3QIHA 4OBJA 5P3VA 2RKFA 5I3YA 4ER1E 2WEZA 1RV7A 2IEOA 1EBZA 4Y5NA 3U6AA 5OYUA 1T7JA 5P5NA 5P70A 4QJ9A 3KN0A 1PPLE 5P3ZA 1CZIE 3AIDA 5OYTA 3HLOA 3EM3A 5P20A 3LIYA 3PLLA 5HTZA 5P36A 5P72A 2XFJA 4FGXA 3VSWA 5P5XA 1XN3A 4LXKA 3D91A 4CKUA 5P5SA 3SACA 3SA5A 5P1HA 3NSHA 4Y3NA 5P8NA 1FIVA 3OHHA 3PB5A 3HDKA 5P3BA 2QMPA 3L5DA 2NTRA 4B0QA 1LF2A 5P4DA 1MIQA 1ODWA 2I4WA 5P3CA 4EQ0A 3PBDA 2RSPA 7UPJA 5ENKA 2RMPA 3FKTA 5P59A 2HB2A 5P7PA 4Y3FA 3BUGA 4Y39A 5OZPA 3UDMA 5KR2A 5P4NA 5EZXA 2AZ8A 3TL9A 2QNPA 5P7EA 2ZHSA 5OZ6A 3BVBA 3KM4A 5P2CA 5P8SA 5P7KA 2AVMA 5HE4A 5P3UA 3ZKGA 4ZSRA 4Y5CA 1RNEA 1FEJC 2FXDA 4I8WA 4Y5EA 4CPUA 3OQFA 4HEGA 3TNEA 4Y3XA 4Y56A 4YCKA 2R3WA 2G69A 3D1ZA 4EJ8A 5P2GA 5OYYA 4CPWA 3PJ6A 2QMDA 2A1EA 5HU0A 1M4HA 2Q63A 2J9JB 3OUAA 4ER4E 3KFRA 5IVTA 2OHKA 5P1PA 5P5WA 4CPRA 4LBTA 2A4FA 1LYBA 3NYGA 2P3CA 3R0YA 1HIIA 1C6ZA 2G22A 3GI5A 4UPJA 5P5EA 5HDZA 3URJA 3MWSA 4E43A 2HS2A 3OTSA 2IENA 1TCXA 5P67A 3K5GA 1B6MA 3UDYA 4OBHA 4HZTA 1UH7A 2OHRA 5P8MA 4LHHA 5P4IA 4PEPA 5P53A 3CIDA 3EXOA 5P2VA 1ZLFA 3OADB 2QP8A 3QBFA 5P29A 3SABA 1W50A 1KJGA 4QJ7A 5P3RA 2NMZA 5P2IA 1FKNA 5AHCA 5P1DA 3GI0A 4U8WA 4DQBA 3UDQA 2Q55A 3LIXA 5P00A 5P26A 5P5QA 1ME6A 1QBRA 5OZ5A 4DQHA 2QI1A 4RRSA 2ZHVA 2ZJNA 5KR1A 5B18A 5HE5A 3UQRA 1JLDA 4I0JA 1IVQA 3UDKA 5P5MA 2ZGAA 3KYRA 5P1SA 3EL4A 3UQWA 4YCYA 4GJ9A 4DQCA 3UDJA 4DUSA 4RRNA 5P5CA 5P3LA 5P0YA 3GI4A 3SA3A 3SQFA 4Y44A 4RLDA 4U7VA 5P3EA 1AIDA 5P1WA 1LV1A 2OHTA 4R93A 3ZL7A 3OUDB 4Y38A 4AMTA 3L5EA 2HB3A 4OD9B 1MSMA 3EM4A 3ECGA 5P5OA 3QRVA 3EC0A 1MT9A 3O99A 1FGCC 4Y50A 1AZ5A 5JFPA 3ZKXA 2NR6A 3ZMGA 5P11A 5P4YA 3OQKA 2V16C 4JECA 4BFDA 1SGZA 3IA9A 2AQUA 4HDFA 4COEA 1XE6A 4F76A 4Y5GA 5HVPA 2FGUA 4XKXA 2G20A 2ZE1A 2AZ9A 2AVVA 2FGVA 3ZKMA 1GKTA 1EEDP 2HPFA 4XX3A 3RTHA 1YT9A 4KE1A 1GVVA 3SLZA 2I4DA 4Q5MA 2MIPA 5P6GA 2QZWA 4ZLSA 4M8XA 3TH9A 3DUYA 1HOSA 3O9IA 4QGIA 3S54A 4K9HA 2G1YA 3N3IA 4XXSA 4L7GA 3TOHA 4APRE 3VLAA 1FMXA 3C9XA 5C9DA 3R4BA 5P77A 1PSOE 5P52A 2WHHA 3FSMA 3OQ7A 5DGWA 2O4NA 1HVSA 3VV6A 5P2WA 2F8GA 5P5KA 4IVSA 1RL8A 4B78A 4YA8A 4U7QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2U A;  2AOD A;  4LXM A;  3UQP A;  2G26 A;  2QI4 A;  1MES A;  4XX4 A;  4Y3G A;  4NJV A;  4OC6 A;  3OXW A;  3FNT A;  4FE6 A;  5P78 A;  4AA9 A;  3KDC A;  5P18 A;  1Z1H A;  4DJY A;  1OEW A;  5KOQ A;  5OZ4 A;  5KR0 A;  5P1L A;  3NWX A;  5APR E;  1LF3 A;  1A8K A;  3SA7 A;  4Y3Z A;  4I1C A;  4RZ1 A;  1EAG A;  1YX9 A;  3SKG A;  5P2O A;  1HEF E;  2R38 A;  4A4Q A;  4MC6 A;  4RYC A;  2HB4 A;  3HAU A;  1HSI A;  1W6H A;  5P13 A;  1SP5 A;  3CMS A;  1HSG A;  4S1G A;  5P2S A;  5ISK A;  1UH9 A;  4HE9 A;  2R3T A;  4KUP A;  4F75 A;  4GJ6 A;  1B6P A;  3QBH A;  2IDW A;  4YE3 A;  3LZU A;  1QS8 A;  5P60 A;  1Q9P A;  4X7I A;  4Y5L A;  3R0W A;  3U71 A;  5P8E A;  4FAE A;  3O9A A;  2J9J A;  1HPS A;  2QZK A;  3IND A;  5P1F A;  4YDF A;  2QZL A;  2V12 C;  1MVP A;  1A9M A;  4Y5B A;  5P7M A;  3QRM A;  3SO9 A;  2B8V A;  4D89 A;  5OYX A;  5P0O A;  4I0H A;  5P66 A;  3SM1 A;  2Q11 A;  1IDA A;  1EBK C;  2NMY A;  2F3F A;  5P6K A;  5P3T A;  5P4S A;  4J1H A;  3KDB A;  4KB9 A;  2QMG A;  5P1N A;  5P41 A;  5P6J A;  5P28 A;  4H3I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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