5P7SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 325
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7sA01
4COEA 4J1KA 1OEXA 1IZIA 4NJVA 2A4FA 2FGUA 4OD9A 4Y3DA 5OZRA 3RU1A 1EPRE 4LXAA 1MEUA 1HPVA 2ZHVA 5I3VA 2NR6A 5JG1A 2HC0A 4E43A 5E5KA 1D4JA 3NLSA 1OEWA 2PMAA 5F00A 3QRSA 4YD6A 4HDPA 3NU3A 2ER6E 4DJRA 1J71A 5OZKA 4J1IA 4EJKA 4HLAA 5OZTA 4J0TA 2VKMA 3S43B 5PEPA 2P3AA 3OADA 3CICA 2BBBA 5HDVA 5P2IA 5P01A 1N49A 2Q54A 1BVGA 1EC0A 4NJTA 2F81A 5P6CA 5P4AA 2G24A 5IVRA 4Y3HA 3WB5A 4APRE 3LIVA 5OYUA 2WHHA 4M8XA 3KF0A 5HCOA 5P2LA 4EWOA 1W5WA 3LZSA 1NPVA 5P4DA 1AJXA 3UQUA 5C9DA 4Y47A 3L3AA 3T11A 3DCKA 1ZP8A 4Y56A 2P3CA 2NNPA 5TOLA 1LF4A 3EL1A 2I0AA 5P1MA 5HE7A 2BPYA 3UTLA 4OBZA 2OHUA 3PLDA 4Y4AA 5P0EA 5P6IA 3QROA 5P1SA 3SA8A 1SBGA 5P3HA 1FQ7A 5P3TA 3WZ7A 3ZKGA 3VYEA 2AZ8A 1W50A 2HS1A 5P31A 5ENMA 2AOEA 2BKSA 4GB2A 2VIEA 1E82E 5P54A 3UCBA 4OBFA 1FFIC 5P2TA 4B1DA 1Q9PA 5P87A 4KE1A 5P5IA 4M8YA 3Q5HA 4Y50A 4Y4XA 4FRIA 3CIDA 5P6RA 5P37A 5P6PA 4LP9A 4RZ1A 4L7GA 4Z50A 2V10C 3OAGA 1LYAA 1B6KA 4OBHA 5I70A 2FXDA 3PHVA 5DGUA 3EL9A 3F9QA 5P1YA 3HVPA 4GJ9A 3TPJA 1D4LA 3PWRA 3OGQA 1EEDP 4DQHA 1EPME 3SO9A 4I8WA 4EP3A 5P1NA 4DJYA 1BVEA 4EJDA 5P80A 5HU1A 2HM1A 5P0LA 4OD9B 3O9HA 5P4PA 3OQ7A 3EL0A 2WJOA 3UQRA 2F3EA 5P7GA 2AQUA 3ER3E 4Y5LA 5P19A 4QJ8A 4Y3LA 1B6MA 5JFPA 4EP2A 3VV8A 1MRXA 4I8ZA 5P1CA 5P2CA 4QJ7A 5P71A 2BKTA 4RCEA 5ISKA 2WF4A 5P0QA 5P3PA 5P5TA 1QDMA 1Z1HA 3PMUA 3TL9A 3LPIA 5UPJA 5P5EA 5P5VA 2A1EA 3B7VA 1IVQA 3O9FA 3LZYA 2ER7E 2R38A 4I10A 4TRZA 3OADB 3NDUA 4DQFA 5P1OA 5P8FA 2B8LA 3LZVA 4MC2A 2G21A 5P0XA 4U7VA 3EL4A 2RENA 3N3IA 5P4SA 5P4VA 5KR0A 3KFPA 5KQFA 4MC9A 2NTRA 5P7XA 4Y4JA 4A6CA 3FSMA 5I3WA 4L1AB 3NYGA 1GVTA 4EYRA 4Y43A 5P0AA 5P07A 1TZSA 1SMRA 5ENKA 3VFAA 4RRNA 2G1RA 5P70A 5P12A 1M0BA 2RSPA 3OHHA 2V00A 4YD5A 3VUCA 3KMXA 1A30A 2R5QA 1B5FA 5P7VA 3S7MA 3U71A 5OYYA 3OOZA 9HVPA 4HZTA 4ZE6A 1T7JA 3ST5A 2OHKA 3GGUA 5I3XA 3L58A 2XFKA 3LITA 2VNNA 4Y3GA 5P8RA 3APRE 5KQZA 3KMYA 1W51A 5P46A 3CKPA 4NKKA 5P30A 1GVUA 1NPWA 3S45A 5IE1A 3SABA 5HD0A 5P1WA 5CLMA 5P8BA 1TQFA 4EPJA 2ZGAA 3R4BA 4A4QA 5P45A 5P3VA 5P2BA 5P8EA 2QI0A 5KQYA 1ZAPA 3OXVA 4J0PA 1UH7A 1MESA 5JODA 1U8GA 2AVSA 4EHCA 4MC1A 5P2GA 3BGCA 3OAGB 4K4QA 5OZ5A 2ZHSA 4Y57A 2HIZA 1ME6A 2QD6A 1KJ7A 1EPLE 1W5XA 5P4TA 4Q1YA 5P40A 3PBZA 4GJCA 5P1AA 1YM2A 5P7OA 4DJQA 2OHRA 5P5UA 4ZPFA 4TVGA 2ZE1A 3OQDA 2VA7A 2G69A 1C70A 2G27A 3QPJA 3QI1A 5P6BA 1KZKA 2IENA 3K4VC 5OZ9A 3RTNA 3UDKA 4HDBA 4TRWA 1HTEA 1K6CA 5P41A 1IIQA 1HHPA 5P5MA 6APRE 3HW1A 3OTYA 2UXZA 4DJVA 8HVPA 1DAZC 3S53A 3APPA 3FX5A 2BB9A 5P0NA 1AJVA 2I4XA 5OYTA 1MSNA 5P42A 5P6OA 5P82A 4FRSA 4GJ6A 4XX3A 4QJ2A 2H6SA 1HPOA 6FIVA 4HEGA 1ODYA 3Q6YA 5P73A 5P0VA 7HVPA 1FLHA 4Y3QA 3UDJA 4FS4A 1MT7A 4BFBA 1PPKE 4Y4TA 4Y37A 5P3EA 1EC1A 5P7IA 3T7QA 1C6YA 3QAAA 4U7QA 5HDXA 5P3BA 2O4PA 3FV3A 5P0MA 5P13A 1LV1A 2FDDA 3L5DA 2BJUA 5OZIA 4YCTA 3HVGA 4PPHA 3L5FA 4CPSA 5P8NA 4EXHA 1B5FB 3QBHA 3WSJA 3KA2A 4LL3A 1HWRA 1PSNA 3IVHA 5P56A 5OZ7A 3NXEA 2JYSA 3UFLA 5P3QA 4NJSA 4QJ9A 1RNEA 1UPJA 4Y3NA 4H1EA 2OAHA 4Y3JA 5OZ1A 4YD3A 2QHCA 5OYZA 2P3BB 3BXRA 5CONA 4I0GA 2QI3A 4I0HA 1HVJA 3KN0A 5P3OA 1SDVA 5P83A 3VV6A 4D8CA 5P2OA 4Y5NA 2ZJNA 3BVBA 2PSUA 5DPZA 3GGAA 5P6TA 4Z4XA 2B7ZA 3IN3A 3O9CA 5OZSA 2QI6A 1BXOA 3U7SA 5P2ZA 1MIQA 2I4DA 2UPJA 1BIMA 4I1CA 4J1HA 3AIDA 3NUOA 4I12A 5P7LA 1BXQA 3KDDA 3NR6A 2PC0A 5P09A 5P44A 5P4BA 2G20A 2HB4A 4YBFA 5P8IA 1BBSA 3EKXA 4J54A 2VJ7A 5P4IA 2V16C 5DR1A 1A8KA 5KR2A 5P8AA 3IXKA 3ZKIA 5P2EA 2PK5A 3INFA 1E81E 5DGWA 3BUGA 3Q3TA 2FGVA 4RVJA 5HCTA 1YTJA 4J0ZA 1MTRA 5P43A 4GJ7A 1OD1A 4LAPA 3TTPA 4F76A 2O40A 3ZL7A 3O9IA 3TOHA 1FQ5A 4LC7A 3M9FA 3PCZA 3BRAA 5DQ2A 1TW7A 3ZOVA 4OBKA 1GNNA 2ER0E 1YTGA 2IL2A 4F75A 3BXSA 1K1UA 2XYFA 3FNSA 2IS0A 1IDBA 3NDXA 4I0FA 2VS2A 2HB3A 3SPKA 4KUPA 5P1QA 1RPIA 3VYDA 1LEEA 2FDPA 5P32A 5P3NA 4B1CA 2IQGA 4GJDA 1WBKA 4FM6A 1AAQA 5AH6A 4B0QA 5P0SA 3TLHA 3JW2A 1IZEA 3KFRA 5OZJA 2O4LA 5P8OA 1META 1W5VA 4FGXA 1FB7A 2MIPA 2Q11A 2V0ZC 3UDMA 5P7WA 2ASIA 4J1EA 1TCWA 5P3RA 4RCFA 2WF1A 5P60A 4FM8A 4OC6A 4FL8A 4DQCA 1HSIA 3PSGA 1LYBB 1QRPE 1FFFC 1IBQA 5P3YA 5P6QA 4GJ5A 5P64A 3G72A 3SQFA 3SAAA 1KJHA 1F7AA 5OYQA 5P6VA 6UPJA 3HDKA 4RROA 1B11A 1GVXA 5P3LA 5OZQA 5P0WA 2PWRA 3OXWA 5IVTA 5P4JA 4FSLA 1ENTE 5COOA 4Z22A 2QK5A 5P2MA 1HIHA 3DV1A 1BDLA 3S54A 4Y5MA 5P7ZA 4Y5BA 2J9KA 4L1AA 4DQGA 4ER1E 4R93A 2WEAA 4ZSRA 3HD8A 1E80E 3ZMGA 5P4LA 4J1FA 5P78A 5P8DA 1AVFA 4Y4WA 4OBDA 3VSXA 3EXOA 3OU1A 4QGIA 4CPWA 5HU0A 3H5BA 2JXRA 5P4ZA 4YDGA 1HIIA 5P7NA 3GGVA 3URJA 1K6TA 4Y3ZA 3QRVA 4CPXA 5P50A 2FNTA 5P2UA 5P75A 1HVRA 2PK6A 4CPQA 3S8IA 1GKTA 1PSOE 4HE9A 1JLDA 3L38A 4H3GA 5P0IA 5OYWA 3EM4A 3D1XA 3UDQA 5P16A 3DUYA 1WKRA 5P2XA 1FMBA 4DJPA 2APRA 1SGZA 1HVSA 1GVVA 3HZCA 3EKVA 5P4OA 3IVIA 1HPXA 3I8WA 5P5RA 5EZXA 1FG8C 5P0BA 4Y53A 3CMSA 5P5GA 5P5DA 3KDBA 5P62A 3MSLA 4DJWA 2Q63A 4Y58A 4YOAA 5P7HA 5P27A 2ANLA 3RTMA 2FXEA 4R95A 2WKZA 4ZPEA 1ZTZA 5DQ1A 2QP8A 5P7QA 4NJUA 1T7IA 2NNKA 1PFZA 1ZPKA 5P6UA 3QN8A 1AIDA 2AZ9A 1EAGA 2AVMA 1D4HA 3CIBA 3VF3A 1EPPE 1DPJA 3MSKA 1YG9A 5KOSA 3EKWA 1ZBGA 5P17A 3EKQA 1YX9A 3DJKA 4Y6MA 3OHFA 5P2NA 7UPJA 4YE3A 2OHLA 3Q4BA 3T3CA 1YT9A 3PWMA 3DOXA 4CP7A 5OZVA 4OC6B 1DP5A 1W5YA 3R0WA 5P6YA 4I0ZA 4EXGA 3NDTA 4RCDA 5B18A 3EMYA 3LZUA 3U6AA 1C6ZA 5JFUA 5P7AA 4DFGA 5P5LA 3UQWA 3RSVA 3OK9A 4BFDA 3OUDB 5AHBA 3OY4A 4HDFA 1HTGA 5P24A 2G22A 4J17A 3IXJA 3T7XA 1HXBA 1GVWA 1EC3A 1XS7D 2Q5KA 1BAIA 1MVPA 1M4HA 2CEJA 4D83A 4IVTA 4ER2E 4J1CA 5C9FA 5P8CA 2R8NA 1VIJA 2PWCA 4R91A 2HS2A 3OQFA 4Y5AA 5ER1E 4YHQA 5P6FA 3VF7A 3QP0A 4GZFA 5P5NA 1LZQA 5OZEA 1HTRB 2FMBA 2QD8A 5P2JA 3TOGA 4Y9WA 5DR8A 4FSEA 5ER2E 5P52A 2F3KA 1XDHA 3HAUA 5P4CA 3OQKA 4J0YA 3OU1B 5ISJA 5P7DA 5P49A 2IEOA 3KT5A 4Y54A 5OYXA 4B00A 5P1IA 4WTUA 5P3MA 3IGBA 4FRKA 5F01A 2H6TA 5AH8A 1ODWA 5DQ4A 5P5XA 3BGBA 3WZ6A 5P8TA 5DR4A 3SA3A 5P0YA 3IXOA 5OZNA 3PWWA 2P3BA 1IDAA 5KOQA 2Z4OA 2WEZA 1NSOA 5DQ5A 3EKPA 4DPIA 5P08A 3PM4A 2CEMA 1B6JA 3ZKSA 4I0EA 1MERA 3PEPA 4ZSQA 5P8QA 5P4HA 4AA9A 1YTIA 5J25A 2G26A 5SZ9A 4PEPA 5P48A 3PVKA 4MC6A 3INDA 5OZ3A 1IZDA 4J5JA 2WEBA 1QBSA 5P3UA 3K5FA 5P7EA 1HOSA 2R9BA 3NUJA 2RMPA 5OZBA 5P1TA 5P5JA 2QMDA 5P39A 5P8MA 3EM3A 5P4NA 3BC4A 4Y4ZA 2RKGA 4OBJA 5P7TA 2F3FA 2NMYA 3EKTA 5HTZA 5P7KA 3EC0A 3EL5A 4DVFA 3SACA 4Y4BA 4YDFA 4L7JA 1FEJC 4X7IA 5P2AA 5P3GA 5KQXA 5P03A 2QZLA 4U8WA 2B42A 2IGYA 1T3RA 1IZHA 2HAHA 5P0ZA 2R43A 5HDUA 1FF0C 2PSGA 5P3XA 1D4YA 5P4UA 1YM4A 3INEA 4J55A 3URIA 4H3IA 2OHQA 3UDPA 4D89A 4RRSA 1EC2A 3LIQA 5P8SA 4FAFA 5P79A 5IVSA 2AOHA 3FIVA 3NWXA 4Y36A 5P3DA 5P7UA 1SIVA 3VSWA 2PQZA 2QZKA 5P0JA 4QJ6A 1G6LA 4RYCA 5P4XA 5OZ0A 2BPVA 5P0UA 5P0OA 2QI1A 4H3FA 2QMPA 4FM7A 4I0DA 2VIYA 3FNTA 4L6BA 4D88A 1ER8E 3VF5A 4OBGA 1QBRA 2BPXA 5KR1A 1FQ4A 1K6PA 1LYBA 3DM6A 3K5CA 2ZHUA 4DJXA 3VG1A 5P58A 1D4SA 1XE6A 4RLDA 2QNQA 5P38A 4ZIPA 4Z2ZA 4H3JA 2VJ9A 3D20A 5P4GA 5P0CA 2NPHA 3WB4A 1T6EX 1SIPA 5P74A 5P1RA 4FE6A 3VV7A 1MSMA 3NU6A 3I2LA 1SMEA 3ZPUA 5P4MA 2ZJLA 1DMPA 3O9AA 1FGCC 5P3KA 2ZHRA 3EKYA 3I6OA 5P06A 3UQPA 3NSHA 2JJIA 1EPNE 2BQVA 5OZGA 3MXEA 4R8YA 4LXMA 5OZCA 3QVCA 5P0FA 4Y3AA 4TVHA 2OHMA 2ZJHA 4AMTA 5P1VA 3TKGA 4F73A 1SGUA 2QI4A 3A2OA 5P29A 5P53A 3NXNA 3INHA 2IRZA 2V11C 1FQXA 1MT8A 3PSYA 5P11A 3CKTA 4Y48A 3ZPSA 3OUAA 4PHVA 2Q64A 2ZJKA 3DK1A 5P8UA 1FQ8A 5OZ2A 3K1WA 5P3JA 1TSQA 3T7PA 1HEGE 3TOFA 4WY1A 3SM2A 5OYVA 1LYWB 1A94A 5P0TA 4EQJA 5AH7A 5P2HA 2NXLA 2P3DA 3IAWA 3KFNA 5P5ZA 5AH9A 5P55A 5P1KA 3L5CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4COE A;  4J1K A;  1OEX A;  1IZI A;  4NJV A;  2A4F A;  2FGU A;  4OD9 A;  4Y3D A;  5OZR A;  3RU1 A;  1EPR E;  4LXA A;  1MEU A;  1HPV A;  2ZHV A;  5I3V A;  2NR6 A;  5JG1 A;  2HC0 A;  4E43 A;  5E5K A;  1D4J A;  3NLS A;  1OEW A;  2PMA A;  5F00 A;  3QRS A;  4YD6 A;  4HDP A;  3NU3 A;  2ER6 E;  4DJR A;  1J71 A;  5OZK A;  4J1I A;  4EJK A;  4HLA A;  5OZT A;  4J0T A;  2VKM A;  3S43 B;  5PEP A;  2P3A A;  3OAD A;  3CIC A;  2BBB A;  5HDV A;  5P2I A;  5P01 A;  1N49 A;  2Q54 A;  1BVG A;  1EC0 A;  4NJT A;  2F81 A;  5P6C A;  5P4A A;  2G24 A;  5IVR A;  4Y3H A;  3WB5 A;  4APR E;  3LIV A;  5OYU A;  2WHH A;  4M8X A;  3KF0 A;  5HCO A;  5P2L A;  4EWO A;  1W5W A;  3LZS A;  1NPV A;  5P4D A;  1AJX A;  3UQU A;  5C9D A;  4Y47 A;  3L3A A;  3T11 A;  3DCK A;  1ZP8 A;  4Y56 A;  2P3C A;  2NNP A;  5TOL A;  1LF4 A;  3EL1 A;  2I0A A;  5P1M A;  5HE7 A;  2BPY A;  3UTL A;  4OBZ A;  2OHU A;  3PLD A;  4Y4A A;  5P0E A;  5P6I A;  3QRO A;  5P1S A;  3SA8 A;  1SBG A;  5P3H A;  1FQ7 A;  5P3T A;  3WZ7 A;  3ZKG A;  3VYE A;  2AZ8 A;  1W50 A;  2HS1 A;  5P31 A;  5ENM A;  2AOE A;  2BKS A;  4GB2 A;  2VIE A;  1E82 E;  5P54 A;  3UCB A;  4OBF A;  1FFI C;  5P2T A;  4B1D A;  1Q9P A;  5P87 A;  4KE1 A;  5P5I A;  4M8Y A;  3Q5H A;  4Y50 A;  4Y4X A;  4FRI A;  3CID A;  5P6R A;  5P37 A;  5P6P A;  4LP9 A;  4RZ1 A;  4L7G A;  4Z50 A;  2V10 C;  3OAG A;  1LYA A;  1B6K A;  4OBH A;  5I70 A;  2FXD A;  3PHV A;  5DGU A;  3EL9 A;  3F9Q A;  5P1Y A;  3HVP A;  4GJ9 A;  3TPJ A;  1D4L A;  3PWR A;  3OGQ A;  1EED P;  4DQH A;  1EPM E;  3SO9 A;  4I8W A;  4EP3 A;  5P1N A;  4DJY A;  1BVE A;  4EJD A;  5P80 A;  5HU1 A;  2HM1 A;  5P0L A;  4OD9 B;  3O9H A;  5P4P A;  3OQ7 A;  3EL0 A;  2WJO A;  3UQR A;  2F3E A;  5P7G A;  2AQU A;  3ER3 E;  4Y5L A;  5P19 A;  4QJ8 A;  4Y3L A;  1B6M A;  5JFP A;  4EP2 A;  3VV8 A;  1MRX A;  4I8Z A;  5P1C A;  5P2C A;  4QJ7 A;  5P71 A;  2BKT A;  4RCE A;  5ISK A;  2WF4 A;  5P0Q A;  5P3P A;  5P5T A;  1QDM A;  1Z1H A;  3PMU A;  3TL9 A;  3LPI A;  5UPJ A;  5P5E A;  5P5V A;  2A1E A;  3B7V A;  1IVQ A;  3O9F A;  3LZY A;  2ER7 E;  2R38 A;  4I10 A;  4TRZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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