5P7TA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 326
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7tA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7tA01
4Y4WA 3RSXA 3ZKMA 4Y47A 3HD8A 5P1QA 2R8NA 4Y3FA 4D88A 3UHLA 5P4JA 5P31A 4GJ6A 3OGQA 2ZJLA 1Q9PA 3QI1A 2Q54A 3QS1A 1MPPA 1SGUA 1YM4A 2QMPA 2ANLA 3OXWA 1B11A 1UH9A 5P3GA 5AH9A 1Z1RA 3IXOA 4DQBA 1SP5A 3QPJA 2BB9A 3NSHA 4I0IA 1WKRA 5P7OA 2QD6A 4Y3EA 2AVOA 4XX3A 5P4CA 5P0JA 5P6WA 5I3WA 5P44A 2BPWA 1HVIA 1QBRA 5AH7A 5P2KA 2HB3A 3BRAA 5HDVA 3FNUA 5P0FA 2QHCA 1MTRA 4Q1YA 1EBKC 3RTHA 1SIPA 3INDA 5P13A 3PWMA 4Y3WA 3HAUA 5IVTA 3MSJA 5P49A 2J9KA 4J0ZA 1XL5A 5UPJA 3PWRA 4Y5MA 1HPOA 3VV8A 3C9XA 1NPAA 3KFNA 5P6YA 4CKUA 3QIHA 2PWRA 3PEPA 1C70A 5P0TA 5P45A 5P5FA 1FG8C 2HAHA 3KFRA 5P2XA 3KT2A 1A8KA 3UQUA 1B6MA 4L7GA 4GZFA 5P5VA 4XX4A 3O9HA 2WF4A 5P18A 5P65A 1K6PA 4EJKA 3LINA 1EC2A 5P2GA 2APRA 2H6TA 1UPJA 5P7TA 3EL9A 2FGVA 3EBZA 3PLLA 3TLHA 4L1AB 3LZSA 4I0GA 5P59A 4X2LA 1QDMA 2ZHUA 3CIBA 5P4LA 5P4AA 3BC4A 5P8QA 1HSHA 5OZCA 2O4SA 5P5TA 1LYBA 3FNTA 5P0GA 5I3YA 2OHQA 3R0YA 2P3BB 5HCOA 5P5XA 1BDQA 1EPRE 5P7JA 5OZFA 3VLBA 4OBGA 1SMEA 3FV3A 5P6IA 1M0BA 2AZCA 4DI2A 3OU4B 4YCKA 3CICA 5P8AA 3TKGA 5KAOA 5C9FA 2UPJA 2Q55A 3NLSA 5P54A 1UH8A 2AOCA 1ZLFA 4DPIA 4WY6A 5HE4A 3T6IA 4B0QA 1YTHA 3LIYA 4Y3RA 4Y56A 3INFA 3URJA 5P1HA 1FGCC 1TZSA 4S1GA 5OYVA 4Y57A 4L7HA 4WTUA 2A4FA 1T7JA 5OZVA 2QZWA 5P8TA 2BBBA 4Y3NA 1RQ9A 3SAAA 3NWXA 5P02A 3WB5A 5AHAA 2QNPA 5P7LA 5P3QA 1HSGA 5P7SA 5P4QA 2VIZA 4DJWA 1LZQA 1C6YA 5P5LA 5P8HA 5P3CA 3OXVA 4EP3A 4HEGA 5P8MA 2R3TA 2RKFA 2UY0A 2ZHRA 3DM6A 2FIVA 5P07A 5P46A 5DR4A 4J5JA 1XE6A 4OBZB 2OHUA 1SIVA 1F7AA 5P3NA 1LYWB 3CKRA 5P7RA 5OZXA 4XKXA 5P7FA 1NH0A 4Y4AA 5P6NA 2BPZA 4I10A 4PZWA 4ZSQA 5P1AA 3HBOA 5JFPA 3LPKA 5P6FA 5OZ9A 5P6KA 3LHGA 2FXDA 3TNEA 1FMXA 1PPME 1GVXA 3MXEA 1APVE 2OHMA 5OZ5A 2NTRA 3KMYA 2QI1A 5P89A 3UPJA 1FQ7A 1HTGA 3SM1A 1HIIA 3NU6A 3L5DA 4AMTA 1G6LA 3FX5A 4CP7A 1SDUA 2I0AA 5P4UA 1APWE 3NWQA 4LBTA 2B7ZA 2O40A 2Q5KA 2XFJA 3IVIA 5P7CA 5P0PA 5P70A 4GJCA 2PC0A 1T7IA 4NJTA 3QAAA 5HVPA 2MIPA 1DP5A 4N00A 3HAWA 3ZMGA 4B1CA 3T11A 1UH7A 4Y9WA 3PSUA 5SY3A 2BKSA 3WSJA 5OZZA 1BXQA 1HTRB 4Y4DA 1E80E 3LITA 2G1OA 2IS0A 4Y3DA 5P50A 1HPSA 3GGAA 1W6IA 2R3WA 5P5DA 1BAIA 2JJIA 2G22A 5P0CA 5B18A 3EKWA 4YHQA 5P1EA 1APUE 3PB5A 4Y45A 2RSPA 2ZHTA 4DQGA 5P3YA 1CPIA 3UDRA 3I7EA 2OHNA 4L1AA 4PHVA 2Q11A 1BVGA 5P2VA 5P56A 1SDTA 1BVEA 3WZ7A 3S53A 3NYGA 4MC2A 5P3FA 2QMGA 2F3FA 5P6MA 5OZ0A 4H3GA 5P1GA 4Y39A 1Z1HA 2P3BA 1AAQA 5P2OA 1W6HA 2G1RA 3BGCA 5P39A 1E81E 4J0PA 3B80A 1A9MA 5P3MA 4Y3LA 5P7HA 1EPQE 4EWOA 3OUBA 3GW5A 3OU4A 1ZTZA 4Q1WA 1WBKA 4EXHA 3UDNA 5P73A 4MC9A 3ZPUA 5P6ZA 5OZGA 5P8OA 4B05A 2I4QA 5OZQA 5P3AA 3TOFA 1LEEA 2G26A 5P01A 4B72A 4CPUA 4EQ0A 2IDWA 5P14A 3EKVA 5KQZA 1ZAPA 1T7KA 5P1DA 2PWCA 1ZJ7A 3KDBA 4LP9A 5P25A 4OC6B 4A6CA 5HD0A 4Y5EA 5AH6A 2Q64A 3FNSA 5P5CA 1NPVA 5E5KA 2HB4A 4YBIA 1W51A 5P17A 1ODYA 5P0YA 3OHHA 5HU0A 3NDWA 3DJKA 1XN2A 3K4VA 5OZJA 3KT5A 3RU1A 2QK5A 4OBKA 3S54A 3KA2A 2P3AA 5P8IA 3U71A 5P0ZA 1HXBA 5COKA 4CPQA 4QGIA 5P2WA 4J1KA 4JOOA 2FDEA 5P7AA 4ZSRA 2R38A 2Z54A 9HVPA 4MC6A 5DQ5A 2B42A 4YA8A 3L5FA 2F3KA 3DK1A 3S7LA 4BELA 4OBZA 4I0EA 2NMYA 3OUCA 1G2KA 4GYEA 4K4PA 1FFFC 5P09A 4CMSA 1LYWA 4Y4JA 3O9LB 2IRZA 1HOSA 4KE0A 3S7MA 3OWNA 1PPKE 1G35A 4Z2ZA 5OZBA 5ER1E 3EKXA 5P87A 1FQ8A 5DGUA 3PBZA 5P0LA 5P7NA 1ME6A 3QVIA 2IKUA 4FSEA 1HTEA 4Q1NA 5P08A 4FAEA 3BHEA 4ZPGA 4QJAA 3ZLQA 2WEDA 5OZAA 3EL5A 2V00A 1D4IA 4OBFA 5DPZA 5P74A 5ER2E 4B78A 2OHLA 1C6ZA 4RCDA 5P4OA 5P67A 2AOJA 5P3ZA 4FM7A 3VYFA 5P1MA 2P4JA 1DPJA 5P8DA 5P58A 2IL2A 2G69A 1KZKA 3VEUA 2HM1A 2P3CA 1PSAA 5P4DA 3ZPTA 1W5WA 4J1CA 2V13A 3PCZA 5P20A 3D1YA 3ZKGA 2AOFA 4FM8A 3G72A 5BS4A 3EXOA 3T3CA 3BUGA 3FSMA 3ZOVA 3SLZA 1IZIA 5I70A 5P7GA 3CKPA 3F9QA 1B5FB 3NXNA 4LXKA 5P8PA 5P8UA 3HVPA 5P6EA 1HEGE 3OOTA 5CONA 1MT7A 3PHVA 4GJ5A 4RGHA 5F01A 5P1BA 5P5RA 3QRVA 3T7XA 3L58A 4YOBA 1MRWA 5IVSA 1QBUA 3ECGA 2BPXA 4XXSA 5OYZA 3OUAA 3VF7A 4EHCA 1HVKA 1HWRA 3L5CA 5P4VA 1MT9A 4F75A 1XN3A 4B1DA 5P0QA 1PSNA 2ZJJA 1LF4A 1W5YA 2QZLA 5JFUA 3RTNA 3GI6A 3S43B 3L3AA 1D4HA 3ST5A 3EKTA 2OHRA 4NJSA 2HC0A 2VKMA 4J0TA 3PM4A 4TRYA 5ISJA 3NU3A 3KMXA 5OZUA 4I8ZA 4Y44A 5P81A 5OZTA 5P72A 3TPRA 1EBWA 1T6EX 5OZ4A 2R5PA 4Y58A 5P23A 5P34A 3PJ6A 5HCTA 5P5IA 3SABA 3OY4A 4Y3GA 3QRMA 2O4PA 3G6ZA 3EMYA 4PEPA 4JECA 5P0DA 1OHRA 4B1EA 4AUCA 4OC6A 4FCOA 3PCWA 3M9FA 3R1GB 4Q1XA 3NU9A 3SA9A 4DVFA 5P0BA 1BWBA 3LIVA 5P6UA 3QVCA 3BVBA 3K5FA 5P4HA 1IZDA 1TCXA 1KJFA 5DQCA 5OZ8A 5P5YA 4FL8A 4ACUA 1KJHA 3DOXA 2ASIA 5P1CA 2CEMA 5P7ZA 1FQXA 4BEKA 3ZPSA 5P7XA 5P0XA 1PROA 4B00A 3K5DA 4U7QA 4EYRA 3OGPA 1EPNE 1ZSFA 4GJBA 1AXAA 1PPLE 3EM3A 1XE5A 1FB7A 2QU3A 4HE9A 1YTIA 4Y3SA 4R91A 5P7WA 4ER2E 2AVVA 3O9LA 3VYDA 2QNQA 4FLGA 4OD9B 4LL3A 3VFBA 3AIDA 4YDFA 4AA8A 1LV1A 4Y3AA 5P0VA 5P7PA 3KDDA 1RNEA 3GGVA 1TSQA 4QJ6A 2WKZA 5P0IA 1D4KA 3Q5HA 2AVSA 5P4XA 4DJYA 3SA7A 2VJ6A 5P3BA 4Y35A 3L5EA 4EXGA 3KFPA 5P5WA 3OU1B 3OU3A 4LAPA 4Y3JA 5P4KA 4RZ1A 5P27A 1HRNA 5P3EA 5P5ZA 3DUYA 3PSGA 5P6QA 3UDPA 1U8GA 4J1HA 3NUJA 5FIVA 2P8HA 1GVVA 4RRNA 1EPME 5P1LA 5P8FA 4EJ8A 5SXNA 5P2HA 4Y50A 3NU5A 1K2CA 5DR0A 4KUPA 3D1ZA 3HVGA 1LYAB 2I4WA 5P6SA 4Y5PA 2QMFA 2NMZA 3GGXA 5P00A 2PK5A 4DJXA 4J54A 5HDXA 2AOIA 1FFIC 3KN0A 1SH9A 5DQ1A 5KOSA 5P6GA 5BRYA 1B5FA 1NSOA 2QI5A 1HPVA 1HVSA 2PYNA 3IXKA 4F74A 3TPLA 3PMUA 5P2NA 4AZYA 3N3IA 3ZKIA 1RL8A 1RPIA 1F34A 2XYEA 3B7VA 4ZE6A 2QHYA 2ZDZA 4FM6A 2FS4A 1A8GA 3LZUA 2ZHSA 5P1TA 5P0HA 4ZPFA 2HB2A 2AOGA 3G70A 1FIVA 5P06A 5P1XA 4PPHA 4Y51A 4Y3ZA 3S43A 1KJGA 5P3TA 2AZ9A 4Y5NA 1TCWA 3D3TA 4IVTA 2G1NA 4I0JA 5P6OA 5AH8A 5P5GA 2V12C 5OZOA 3SKGA 5P47A 4RYCA 4K4QA 4TRWA 4JPEA 3UQXA 3UTLA 5IE1A 2AQUA 3OQAA 1FF0C 1HVRA 5F00A 1QBSA 5P2IA 2F80A 2I0DA 3O9BA 1DAZC 1GVTA 4QLHA 3WZ6A 3MWSA 4ACXA 3RVIA 3UFLA 4CPXA 4NJVA 1HVCA 5P1UA 1IIQA 2ZJHA 3OTYA 4UPJA 1EAGA 5P5AA 3UDQA 2VIEA 4GJAA 4Y3MA 5DR3A 5P8NA 5P6HA 2PYMA 2FLEA 2NXDA 1VIKA 3ER3E 3IAWA 3VUCA 4DJOA 4DUSA 2IQGA 4FRSA 4ZEAA 1HIHA 2H6SA 4YOAA 4FIVA 4K9HA 1B6LA 4GJ7A 4HZTA 2FDPA 2V11C 3OUDB 2QNNA 2F81A 4QJ7A 2HIZA 4CPSA 1OEXA 3PI5A 5HDUA 2QI0A 1IVPA 5KR8A 1ODWA 4Y4XA 4DJPA 2FMBA 5P2JA 2BPYA 3NR6A 2P3DA 3I8WA 5P16A 3PVKA 2RENA 1IZEA 5OZWA 4J55A 5OYQA 4Y4TA 4OD9A 3K1WA 4CPTA 4AA9A 3DCRA 3R4BA 2G20A 4IVSA 3Q3TA 1BDRA 5AGZA 5P1PA 3VSWA 1BXOA 2AOEA 5P3OA 3JW2A 1W5XA 2NXLA 3DCKA 1HTFA 5P78A 1HHPA 3TKWA 4DJQA 5P6RA 4EJDA 1MVPA 2G94A 1GVUA 4HLAA 1VIJA 5OZ6A 3UDKA 3OU1A 5P0WA 4DJRA 2I4DA 2B60A 3S56A 1MUIA 2FNSA 4FRJA 1GNOA 1YTJA 3QBHA 5P0RA 2WL0A 5P8KA 1HBVA 3MSLA 1ZBGA 5P8JA 4I0FA 1LYAA 3O9IA 4U8WA 3VCMA 1T3RA 1FMBA 4Y37A 5ISKA 1D4SA 2QHZA 1HEFE 3FIVA 5P1SA 3EKPA 3LIQA 1ZP8A 3ZKNA 3RTMA 1TSUA 4M8YA 2EWYA 4JPCA 1LF2A 4WY1A 1G0VA 5OYUA 5P0EA 4HVPA 1AIDA 5P4EA 1IVQA 4ZPEA 3OTSA 1EC3A 4HA5A 4YCTA 4H3IA 2AODA 4M8XA 1K6TA 1MRXA 2IGYA 4HDFA 5P68A 2ER6E 5P26A 4Y48A 2O4KA 2IENA 3SPKA 4DJUA 4Y3YA 4QJ9A 5P8CA 4ZLSA 4H3JA 4B77A 3SQFA 3OQFA 5TOLA 2Q15A 5T4SA 4EPJA 2AOHA 4L6BA 4FSLA 3OQKA 5P1NA 3A2OA 3UDMA 5P6LA 1AVFA 1OEWA 2JE4A 3DV1A 1B6PA 3MSKA 4R92A 1WBMA 5P2SA 4ZSMA 4R8YA 5P1RA 4DH6A 5P88A 5P1VA 4K8SA 5P6BA 3EC0A 4LXAA 4J1FA 3S2OA 5P4IA 5P8SA 5ENKA 7HVPA 3EM4A 2P83A 5P5SA 1GKTA 2VA5A 5P7IA 2QD7A 1MTBA 1AM5A 3QP0A 5APRE 5DQ4A 5P2AA 4Y38A 4Y53A 5OZ1A 1A30A 4J0VA 4FRIA 5OZLA 5P6TA 5P4NA 3PWWA 5P05A 5P82A 4KB9A 4NPTA 4YD7A 1FQ6A 3D20A 6FIVA 2IGXA 1YG9A 3FKTA 2NR6A 5P6PA 3OUDA 5SY2A 3O9FA 5OZNA 4Y5AA 3K5GA 2Q63A 3N4LA 5ENMA 5P8BA 5P2YA 5P2TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4W A;  3RSX A;  3ZKM A;  4Y47 A;  3HD8 A;  5P1Q A;  2R8N A;  4Y3F A;  4D88 A;  3UHL A;  5P4J A;  5P31 A;  4GJ6 A;  3OGQ A;  2ZJL A;  1Q9P A;  3QI1 A;  2Q54 A;  3QS1 A;  1MPP A;  1SGU A;  1YM4 A;  2QMP A;  2ANL A;  3OXW A;  1B11 A;  1UH9 A;  5P3G A;  5AH9 A;  1Z1R A;  3IXO A;  4DQB A;  1SP5 A;  3QPJ A;  2BB9 A;  3NSH A;  4I0I A;  1WKR A;  5P7O A;  2QD6 A;  4Y3E A;  2AVO A;  4XX3 A;  5P4C A;  5P0J A;  5P6W A;  5I3W A;  5P44 A;  2BPW A;  1HVI A;  1QBR A;  5AH7 A;  5P2K A;  2HB3 A;  3BRA A;  5HDV A;  3FNU A;  5P0F A;  2QHC A;  1MTR A;  4Q1Y A;  1EBK C;  3RTH A;  1SIP A;  3IND A;  5P13 A;  3PWM A;  4Y3W A;  3HAU A;  5IVT A;  3MSJ A;  5P49 A;  2J9K A;  4J0Z A;  1XL5 A;  5UPJ A;  3PWR A;  4Y5M A;  1HPO A;  3VV8 A;  3C9X A;  1NPA A;  3KFN A;  5P6Y A;  4CKU A;  3QIH A;  2PWR A;  3PEP A;  1C70 A;  5P0T A;  5P45 A;  5P5F A;  1FG8 C;  2HAH A;  3KFR A;  5P2X A;  3KT2 A;  1A8K A;  3UQU A;  1B6M A;  4L7G A;  4GZF A;  5P5V A;  4XX4 A;  3O9H A;  2WF4 A;  5P18 A;  5P65 A;  1K6P A;  4EJK A;  3LIN A;  1EC2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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