5P7XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 330
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7xA01
3DCRA 2VNMA 2BBBA 3IN3A 1FIVA 1TW7A 4OBKA 3NU3A 2ZE1A 5P17A 1E82E 5KQFA 2HC0A 4FSEA 5HCOA 4Y50A 4HZTA 2UY0A 2APRA 5P84A 5KOSA 3O9LA 2G69A 4Y56A 5OZPA 4HLAA 4Y37A 5P4TA 5P5FA 3BC4A 1AVFA 4Y4AA 1HXBA 4GZFA 1XDHA 2OAHA 5OZ5A 5P6YA 3IAWA 5COOA 5ENKA 1MT7A 2PQZA 2NPHA 1PPLE 1LF4A 1M4HA 3QI1A 4LC7A 5P1YA 2B8VA 1FG8C 5P66A 3TNEA 3VG1A 5P5AA 3U71A 3IVIA 4Y44A 1XN3A 3SPKA 4RCDA 3DOXA 1K6VA 4RYGA 2QNPA 5P7YA 5P8LA 2AZCA 3NDUA 3EMYA 1KJ4A 2I4VA 2PSVA 3VF5A 3INFA 5P8UA 3BXSA 1ER8E 1UH9A 4F74A 3LIZA 4U8WA 5OZUA 5P7KA 4GJ6A 3EKPA 4PYVA 3EM3A 3ECGA 3SA6A 2OHRA 1XL5A 5HU1A 4Y4DA 5OYZA 1MIQA 2R38A 5P7XA 5P8BA 4ER2E 3EL0A 5P5YA 5P10A 5P8RA 2ZJJA 3S53A 5P0SA 4NJUA 4Y35A 4ZSPA 1B11A 4FRIA 4GJBA 4OBZB 3FSMA 4LXAA 4WY6A 3OADB 3PMYA 3LNKA 1T6EX 5P23A 2ZHSA 4JOOA 5IVTA 5P31A 3ZKSA 5P1ZA 5P0VA 3QBFA 1K1UA 5KQYA 5P2OA 3BGBA 3FNUA 3S7MA 3UCBA 5AH7A 2F8GA 5OYRA 3CYXA 3PLLA 5P1LA 3T11A 3OQAA 5OZJA 2B7FA 2I1AA 5P2CA 3S7LA 4H3FA 1AJVA 2ZJNA 5FIVA 4J1KA 5P2HA 5P7MA 5P4RA 4DFGA 1D4YA 4EP2A 3EKTA 1HVIA 5OZEA 3SM1A 5P2RA 5P3UA 3OY4A 5AHAA 5P49A 5P57A 4DJPA 4MC1A 3QAAA 3R0YA 1ODWA 1RPIA 1KJFA 4Y41A 5HVPA 5P8PA 1EPLE 3OXVA 3LPIA 4R5NA 2WF1A 1FB7A 3QPJA 1APWE 3QRSA 5P8OA 1YTHA 4KE0A 2I0AA 1QS8A 3VSWA 4MC9A 5DR1A 2WKZA 5P7GA 5P2ZA 2P3DA 4X2LA 3DM6A 4EXHA 4AMTA 3TLHA 1Z1RA 5P6VA 1EC2A 4XX3A 1IVPA 1XS7D 3PB5A 4CPXA 4DH6A 5OZTA 5P4WA 5P3KA 5OZFA 3SA8A 5P0QA 5P83A 4Y3JA 5P7BA 5P0YA 2QI7A 3KF0A 4LL3A 5P3ZA 5OZVA 2NNPA 3RTMA 3MXEA 4B1CA 5P81A 1GNNA 5P30A 3PSUA 2XYFA 1AAQA 5HE7A 3O9CA 2AVVA 3D1YA 4EQ0A 4RROA 5P38A 2FNSA 5COKA 3L59A 1LEEA 2UPJA 4TVGA 5P7QA 3O9LB 3K4VA 5P0FA 4KB9A 1CPIA 4Z4XA 1ZTZA 2G1NA 3S43A 3TH9A 1MEUA 3T7PA 3NXNA 1MTBA 2IL2A 3SA5A 2Q11A 3NUJA 3SFCA 4Y39A 3PBDA 3DUYA 4CKUA 3SABA 4YBFA 4H1EA 5P0GA 4QJ2A 5OZ9A 5P1EA 4ZPGA 3MSJA 2RENA 2G22A 5P19A 3QRMA 5P0AA 5I3YA 3HVGA 4GMIA 4Y43A 4K9HA 4E43A 2AZ8A 2G1YA 5P6KA 3PM4A 5HTZA 5P51A 3O9GA 4Y5KA 5SY3A 1ENTE 1J71A 4MC2A 3UDNA 4Y3YA 1LYBA 1FQ7A 4HE9A 2BPVA 1DPJA 3L5BA 1LF3A 2FNTA 4HDFA 4Y5AA 3D1ZA 4QJAA 2QD6A 1B6MA 5P1KA 5BWYA 1B6JA 3SLZA 4HDPA 1XE6A 1T7KA 5DR4A 2JJIA 2ZJIA 3OOTA 4PHVA 1M0BA 1HBVA 5P1MA 5P6PA 2V13A 4I12A 3APRE 2G20A 4CPSA 1MVPA 2P3BA 3SA9A 4X7IA 5P62A 2BQVA 5P7RA 5P4BA 3EKQA 1TSUA 3EM4A 1AXAA 5P4MA 3IA9A 3SQFA 2QMFA 2G1OA 5P0DA 3CMSA 2Z54A 4D83A 6APRE 4I0ZA 3BVBA 2ZJHA 2OF0A 2CEMA 1HXWA 4Y4GA 5P1RA 1LS5A 5OZHA 4A4QA 1AIDA 3PSYA 4PEPA 4Y3DA 5EZXA 2I4UA 4CP7A 4GJ9A 4QJ9A 2R3WA 5P6IA 1WBKA 3SAAA 3TL9A 1ZSRA 3S45A 5P3QA 4RVIA 4Y4WA 3CICA 4QJ7A 2AODA 5P3RA 1GNOA 3AUPA 1HVJA 4B70A 1HIVA 1APTE 3RVIA 3PWWA 5B18A 4Y5EA 3OU4A 4QGIA 4EXGA 1GNMA 1BAIA 3CIBA 3RTNA 3SA7A 3I8WA 4J5JA 3LHGA 5P2JA 2QCIA 3OU3A 5JFUA 3MSLA 1QDMA 2V11C 2QI1A 4YD4A 1FMXA 1A30A 2Q5KA 5P2KA 5P8CA 4YBIA 2QHZA 4YCYA 1HVKA 4DJUA 3OK9A 4IVTA 1K1TA 5P7HA 5P4DA 5P5TA 2BJUA 4FGXA 5P5QA 3NWXA 3UQXA 3Q70A 1SIPA 3TOGA 5OYSA 4DJXA 2HB4A 2IDWA 5P60A 3LZYA 5P2EA 5AGZA 3LZVA 3QVCA 1DAZC 2FXDA 5P5LA 4R93A 1BVEA 3QBHA 5HE5A 5P15A 1PSOE 2O40A 3I6OA 3IXKA 5P7IA 4BEKA 3UDJA 4ZSMA 4J17A 4GJCA 2CEJA 2R8NA 3INHA 1OEXA 3OUBA 5P6OA 1APUE 4DVFA 1IVQA 1YTGA 3IGBA 5P86A 3S43B 3S8IA 3ER5E 5P6JA 2AVOA 3NUOA 3LPKA 4YCTA 2QZWA 5P7VA 2NTRA 1BDRA 5F01A 2VA5A 1HPXA 4L7GA 3OOZA 5P1CA 3BVAA 1K6CA 3DCKA 3O9HA 4I0DA 2RKGA 5ISKA 4YE3A 3EKYA 1APVE 1MT9A 2AOCA 2QZLA 1DP5A 5AHBA 1HVCA 2IGYA 5P0TA 1N49A 4OBHA 2F3FA 4J0ZA 3HAWA 1EBZA 3S2OA 1FMBA 1LYBB 4AUCA 3INEA 3FX5A 4S1GA 2IENA 2H6SA 8HVPA 2FXEA 5P2AA 4L6BA 5P3LA 1TQFA 4YCKA 5P08A 5P2LA 4EQJA 4ZPFA 1UPJA 2O4SA 5P2YA 4DQFA 5DQ2A 4ZE6A 5DGUA 1NSOA 1BWBA 2QAKA 3PVKA 5OZ7A 2AOFA 3ZOVA 2PYMA 3QIHA 3ZPSA 2G1SA 3L5DA 3TPPA 5P7PA 4Y3PA 4HEGA 2VS2A 5P6QA 5P47A 3BUGA 1PSNA 2P3BB 2P3CA 3R2FA 4Y4EA 2VA6A 1PFZA 2RMPA 5P2DA 5P7EA 5P3FA 5P2FA 3VSXA 4JPEA 5P1AA 1RNEA 4APEA 3OQKA 9HVPA 3QROA 1HEGE 3H5BA 3OXWA 3KFSA 4H3JA 5P42A 2VIJA 5HDUA 2JYSA 3Q3TA 3VF3A 4U7QA 5P43A 2VJ6A 2P83A 1EBKC 2G27A 2F3KA 5P01A 1YM2A 4Z50A 4D8CA 1IZHA 4J0PA 3OQDA 5T4SA 2IKOA 4LP9A 1YM4A 4XXSA 3OQFA 6UPJA 1M43A 5P4VA 4KUPA 1UH8A 1G2KA 2FDEA 3PCZA 3HBOA 3NDWA 5P45A 3NLSA 4Y3WA 3PWMA 5ER2E 2I4DA 2QD7A 1MESA 3PEPA 5P8SA 2I4XA 4ACXA 1GVXA 1EC1A 5P18A 4BFBA 1WKRA 1MUIA 1QBUA 3GGAA 3OU4B 5KQXA 5P24A 2ZDZA 5P6EA 5P2UA 3GW5A 2PK6A 3IVHA 1HTFA 2V10C 1XL2A 1BDLA 2QP8A 2PK5A 4Y3ZA 5P5VA 2WECA 3KT2A 5P0HA 5P35A 5P8FA 1LYAA 5P4PA 3CKRA 3O9IA 3OHFA 1RQ9A 2OHQA 3T7QA 1META 5OZOA 4QLHA 1SMRA 4EYRA 2R43A 4ZLSA 2HIZA 3D91A 4Y54A 5DR3A 1T6GA 4YDFA 3LINA 5CLMA 5P1FA 5P6WA 5P0UA 3TOHA 2IS0A 2PSGA 3IXJA 4EWOA 3PI0A 1B6LA 1IDAA 5P0ZA 2O4NA 5P72A 4DJQA 4NPTA 2ZYEA 5IS4A 4Y3NA 5HDZA 3OWNA 4FM6A 5P0WA 3CYWA 1NH0A 3CKPA 3ZL7A 4EP3A 1D4HA 4FL8A 5P0IA 4RRNA 3KMYA 3NXEA 1QBTA 2I4QA 1B6PA 3UFNA 5P7SA 1XE5A 3WZ6A 4R91A 1SDVA 2Q54A 2VKMA 5P6UA 1FLHA 4LAPA 1BVGA 1ODXA 5P4LA 4DPFA 5P4NA 3VF7A 5P8JA 3FNSA 2VIYA 5P3NA 5P7DA 4J1FA 5P6NA 3VFAA 5P8GA 5I70A 2AVSA 4N00A 2R9BA 3LIVA 3G6ZA 3N3IA 2B60A 4GB2A 5P87A 3T6IA 3WSJA 2B8LA 2G24A 4TRZA 4NJSA 1OHRA 2P3AA 5P5CA 3GI6A 2PWCA 2PWRA 1CZIE 1EPME 4APRE 1BILA 3EKXA 5P3CA 1AM5A 2BPZA 3QS1A 4I0HA 1PSAA 1T7JA 4ZIPA 5P0NA 3PRSA 4Y53A 5OZLA 4Y5CA 1KJGA 1G35A 5P70A 4FM7A 3OUDA 1F34A 1W6HA 3QN8A 4Q1XA 3K1WA 5P8QA 4Y5MA 4EJLA 5P1UA 1AZ5A 1FG6C 4J1CA 5P1GA 1U8GA 2AOGA 2BB9A 2EWYA 3S56A 2NXMA 3PCWA 5OZQA 2G94A 5P54A 5KQZA 3UDHA 1TCWA 5AH9A 5P55A 1FQ4A 3B80A 3VYFA 3VYDA 3JW2A 1W5VA 2NMYA 1K2BA 4DUSA 4B00A 3EXOA 3PI5A 4OC6A 5P8IA 5C9DA 1EEDP 5OZ6A 1GKTA 5P52A 4Y3HA 3FIVA 3PWRA 5P1OA 3OUCA 1GVTA 5P73A 1HIHA 5P8VA 2R3TA 2F80A 2OHSA 4OBGA 4A6CA 5OZDA 2QMDA 3PLDA 5OZXA 3GI5A 5P7AA 4ACUA 3K5FA 2XYEA 3U7SA 2G21A 1JLDA 5P82A 5P32A 5P8TA 1EC0A 1W50A 2I4WA 5DPZA 1YX9A 5P1HA 5P4KA 3FKTA 1ZAPA 3OXCA 1W5WA 2J9JA 1ZBGA 4OBDA 4B1EA 5OZZA 3KMXA 3Q4BA 5P46A 1SH9A 4LHHA 3SKFA 5HD0A 5OZGA 3L5CA 2ANLA 5P0MA 5P53A 5P7UA 3N4LA 3FV3A 3LZUA 5P0BA 4Y4UA 2UXZA 1HWRA 4M8YA 1LYAB 3KFNA 5E5JA 2ZJMA 5APRE 5OZRA 1BXOA 3ZKNA 5P39A 3LZSA 4RVXA 3D3TA 4D89A 5P06A 1FMUA 5P3HA 3TPLA 1EBWA 1KJ7A 3HVPA 3ZKIA 3SA4A 3KN0A 5P65A 2JJJA 3UQWA 1HIIA 3GGXA 3O9BA 4I0GA 5COPA 3F9QA 1B5FA 1F7AA 1EPOE 5BS4A 5HE4A 1EPRE 2QZKA 5P3DA 1IZEA 1FGCC 4OBJA 3WB4A 3Q6YA 5P6GA 1MRXA 5P75A 2OHKA 3MSKA 1YG9A 3LIQA 1BV9A 5P1XA 4I0EA 4L7HA 2Q3KA 3ZKMA 4RLDA 2IGXA 5P69A 1W5XA 4DJOA 1HSGA 4H3GA 4J1IA 1HPOA 2HB2A 3EKWA 2HS2A 2VJ9A 3L58A 1HHPA 3U6AA 5P29A 5P7FA 2WF3A 2PSUA 5P5DA 2FMBA 4DPIA 5HU0A 5P6BA 5P1IA 3URIA 4UPJA 4RRSA 3GI4A 5OZ3A 5P85A 5P4UA 3AIDA 2CENA 4DQGA 5P1DA 5OYYA 1HTEA 2IQGA 1IZIA 5IVQA 5AHCA 4A6BA 4J55A 3JVWA 5P68A 5P5EA 4GJ5A 3UFLA 4Y3FA 2AOHA 4I11A 4Y3RA 4Y57A 2H6TA 3I2LA 5P34A 4CPUA 4AA8A 2FDDA 1EPPE 3C9XA 5P20A 5P11A 1K2CA 2ZJLA 5P3SA 3ZLQA 2WF4A 5P27A 3URJA 2BPXA 3BRAA 4PPHA 2A4FA 5DQCA 2SAMA 4FRKA 4ER1E 3PBZA 2AIDA 1HTGA 5P5RA 4YA8A 4YOBA 1D4JA 3OGPA 3OUDB 5P7LA 1SGZA 5P2SA 1UH7A 1FQXA 2ZHUA 1QBRA 5P5KA 5P3VA 1D4SA 3WZ7A 3KFRA 5P8NA 3GI0A 2WJOA 5P3OA 1RL8A 2NNKA 3INDA 4LXMA 3KT5A 4HVPA 5P74A 1FFFC 1A8KA 5P8EA 2MIPA 1FQ6A 3KFPA 5DQ5A 3SO9A 4RYCA 3VEUA 4B78A 2HPFA 2FS4A 2IKUA 2Q64A 5P48A 4GIDA 1HSIA 1FFIC 5P7TA 5OZBA 2OHLA 2XFJA 2P4JA 1C6YA 1WBMA 2ZHRA 3EKVA 2PYNA 2AVQA 5P0LA 2QNNA 2WL0A 5OZ4A 3ST5A 5P2TA 2B7ZA 2BPWA 2OHTA 5P78A 4Y3LA 4QJ6A 2J9JB 4K4QA 2VA7A 1EBYA 4MC6A 5AH8A 5OYXA 3LIXA 1Z8CA 3L5FA 4ER4E 1VIJA 4BELA 2WEZA 5P36A 2HAHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DCR A;  2VNM A;  2BBB A;  3IN3 A;  1FIV A;  1TW7 A;  4OBK A;  3NU3 A;  2ZE1 A;  5P17 A;  1E82 E;  5KQF A;  2HC0 A;  4FSE A;  5HCO A;  4Y50 A;  4HZT A;  2UY0 A;  2APR A;  5P84 A;  5KOS A;  3O9L A;  2G69 A;  4Y56 A;  5OZP A;  4HLA A;  4Y37 A;  5P4T A;  5P5F A;  3BC4 A;  1AVF A;  4Y4A A;  1HXB A;  4GZF A;  1XDH A;  2OAH A;  5OZ5 A;  5P6Y A;  3IAW A;  5COO A;  5ENK A;  1MT7 A;  2PQZ A;  2NPH A;  1PPL E;  1LF4 A;  1M4H A;  3QI1 A;  4LC7 A;  5P1Y A;  2B8V A;  1FG8 C;  5P66 A;  3TNE A;  3VG1 A;  5P5A A;  3U71 A;  3IVI A;  4Y44 A;  1XN3 A;  3SPK A;  4RCD A;  3DOX A;  1K6V A;  4RYG A;  2QNP A;  5P7Y A;  5P8L A;  2AZC A;  3NDU A;  3EMY A;  1KJ4 A;  2I4V A;  2PSV A;  3VF5 A;  3INF A;  5P8U A;  3BXS A;  1ER8 E;  1UH9 A;  4F74 A;  3LIZ A;  4U8W A;  5OZU A;  5P7K A;  4GJ6 A;  3EKP A;  4PYV A;  3EM3 A;  3ECG A;  3SA6 A;  2OHR A;  1XL5 A;  5HU1 A;  4Y4D A;  5OYZ A;  1MIQ A;  2R38 A;  5P7X A;  5P8B A;  4ER2 E;  3EL0 A;  5P5Y A;  5P10 A;  5P8R A;  2ZJJ A;  3S53 A;  5P0S A;  4NJU A;  4Y35 A;  4ZSP A;  1B11 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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