5P7ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 332
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7zA01
3VG1A 1FFFC 1M43A 3VF5A 5P6JA 2RKFA 4XX3A 2F80A 2V00A 4RROA 1D4JA 3GI6A 4ZPGA 1YX9A 5OYVA 3HLOA 5DR3A 5P5KA 3NUJA 5OZ1A 5P42A 1EAGA 5DR0A 3BRAA 4J0YA 3BVAA 3LZSA 1GNOA 4WTUA 4J5JA 5KQXA 3K5FA 4Y3EA 3OHFA 3UDHA 4DUSA 4XKXA 4KB9A 2QK5A 3EBZA 5KR1A 5I3YA 5P0PA 2ZDZA 4Y53A 2JJJA 3L5EA 1A8KA 5P41A 5P6VA 2I4XA 3K1WA 3ZKIA 4KE0A 1A8GA 2QMFA 1B5FB 4RVJA 2CEJA 5OZ3A 3S56A 4I8ZA 4DFGA 5P3VA 5P28A 2BPWA 3OOZA 1QRPE 5JG1A 4Y5EA 1MRWA 5P61A 4Y3MA 1YTHA 2FNSA 4DV9A 3GW5A 3DCRA 5DR8A 4LXAA 3LZYA 4CPXA 4DH6A 5OYXA 3EKWA 3UCBA 4COEA 5P5PA 5C9BA 3EL1A 4NJVA 2FLEA 4ZLSA 4Y3RA 3O9IA 5IVRA 5P8HA 2OHMA 1BDQA 2O4PA 5P69A 4TVGA 5P1QA 5P3LA 1HTFA 2ZGAA 3OQ7A 4FSEA 5P4YA 1BDLA 2NR6A 1B6MA 5OZ8A 5ISJA 4WY1A 3UDRA 4DQEA 5P4FA 1A94A 5OYTA 1C6XA 3KF0A 2F81A 3KM4A 5DGWA 2VA5A 2QAKA 2JYSA 2AVOA 5P6OA 1ZPAA 2RKGA 4EWOA 5P8EA 2G1NA 2FXDA 5P7FA 1RL8A 4X7IA 5P8DA 1HVSA 1RNEA 3IAWA 2QCIA 2ZJLA 2BPVA 5KR2A 5P8LA 2QMDA 5P34A 2VIEA 3ZKGA 5P2IA 3IVHA 2QU2A 4OD9B 5OYWA 4GJBA 2OAHA 2I4DA 3NU5A 5P19A 4K4QA 1LEEA 2I4UA 4EXHA 2XYEA 4LHHA 2BQVA 5P7PA 1MUIA 1OEXA 1K6TA 1HTGA 4XXSA 5P5JA 5COKA 3L5FA 2FIVA 1K6PA 1TZSA 5P8AA 5OZRA 3NSHA 2OF0A 5OZGA 4Y3SA 4CPTA 3ER5E 3QAAA 4Y3FA 3K4VC 1LYAA 5P7LA 2RENA 4AUCA 5OZMA 4Y3QA 1W5VA 2G69A 5P0GA 3KT5A 2FDPA 3ST5A 1SMRA 2WECA 5P2WA 5KQYA 1FQ4A 1F34A 2V12C 4FM7A 2WEDA 1HBVA 4YCTA 4HEGA 5P1UA 5P2RA 3KA2A 1EPME 4GJ6A 1ZLFA 5P52A 2B8VA 2FXEA 2ER6E 2QZXA 3VEUA 5P2ZA 3BUGA 5P32A 1FB7A 3ER3E 1EC2A 4L7JA 5P29A 3PCWA 1M0BA 4Y51A 4Y3YA 3GI0A 1ER8E 5P3SA 3LINA 3CKTA 1NPAA 2HC0A 1MIQA 2HB3A 4DJXA 3TPPA 4EJDA 4JOOA 1RV7A 1XN3A 3WZ6A 5P4IA 1MT8A 3OQKA 4HDPA 5P7YA 5OZDA 2O40A 1FG8C 1XDHA 5P1TA 2QD6A 3O9BA 3ZMGA 3QVIA 1HTRB 4FGXA 2P3BB 2QZLA 5EZXA 4EQJA 3EL4A 5OZ7A 4Y5PA 1B6JA 2OHUA 2R5QA 1Z1HA 4J1EA 2HB4A 5UPJA 1HTEA 4DQGA 4DJYA 1EPPE 1LYWB 4Q1NA 5P65A 4PPHA 5AHCA 2ASIA 3AUPA 3VYDA 3HAWA 3INDA 5APRE 5P1LA 5P4HA 3O9EA 4I12A 3B80A 3IXKA 2NTRA 3TPLA 3RSXA 1IZDA 3QRVA 4GB2A 1APWE 3PEPA 1M4HA 1IVPA 3CICA 5P5WA 4TRWA 1W5XA 5P88A 4RYCA 5P6LA 5P8UA 1AJVA 5EZZA 2P3CA 5P16A 1HPSA 5P1JA 4CPSA 2B60A 3ZKNA 5P6YA 3O99A 5P6GA 5P8FA 4Y3GA 3OXWA 2APRA 5KQZA 3LIVA 3OADA 5P2MA 3FNUA 4K4PA 6FIVA 3LNKA 1VIJA 3IXOA 5P71A 1Q9PA 3BGBA 1ODYA 4F75A 2FGUA 2QI0A 1EEDP 2QI6A 5OZLA 2QI5A 1IVQA 5ENMA 3FNTA 5P1FA 1AVFA 3UDKA 5DR1A 2AOFA 4HDBA 4Y9WA 3OK9A 4K4RA 3RTMA 2G20A 2J9KA 3HD8A 3ZKMA 3VFAA 3UFLA 5P10A 5P1GA 2ER7E 5P3FA 4RLDA 4Y3PA 1QS8A 5P7UA 3ZKSA 1AJXA 5P6IA 5P2XA 5OZUA 5P5MA 4JP9A 1HVJA 1HIIA 3PSUA 5P68A 3PM4A 2VS2A 2BKTA 2QNNA 5P1MA 3BUFA 3UDJA 2XFIA 3PLDA 3D1XA 5P6KA 2ZJNA 1LZQA 1T6EX 5P40A 1LS5A 2NXLA 2OHLA 5P8MA 4N00A 4ZSPA 5P09A 1HEGE 3M9FA 4YOBA 5P2AA 3O9LA 5P1WA 2UY0A 5P5XA 3O9HA 1PSOE 4Y54A 2HS1A 3NLSA 4Z22A 4BELA 4B1CA 2UPJA 3QRSA 4M8XA 3OTYA 1AZ5A 5P1SA 2Z54A 3SABA 3K5DA 5P3XA 4I10A 3PJ6A 2G26A 4TRZA 4J0TA 3Q4BA 5P1IA 3UQXA 4YD7A 5P0UA 5P3TA 2NMZA 5P5DA 4FM8A 3GGVA 3PI0A 5BS4A 1EPOE 2XFKA 5P7JA 5P8GA 4OC6A 3OAGB 5OZIA 3H5BA 1MEUA 4R5NA 4J1FA 3SACA 1YT9A 2PC0A 5SXNA 2AQUA 3QN8A 3MSJA 4I1CA 1K1UA 3SA5A 5HD0A 3PWMA 5OZ4A 1WKRA 3PSYA 1HVHA 4Y4AA 4TVHA 4XX4A 5P6BA 3IVIA 5OZWA 3EKQA 4DQFA 4JPEA 2I4WA 1U8GA 4HVPA 1FGCC 2QI4A 4OBZA 3OU3A 1LF3A 4Y3HA 1FEJC 5P4PA 3G6ZA 5P64A 5F00A 5P75A 2B8LA 1LYAB 4L7HA 1TSUA 1C6ZA 5P8VA 5IVTA 3TNEA 3LZUA 4DJQA 3S7LA 3VYFA 3OY4A 3JVYA 4GJ8A 5P7BA 6APRE 1SDVA 3RVIA 5P4OA 4YHQA 3NU6A 5P7RA 1TCXA 3JVWA 4FL8A 1FMBA 3EKPA 4Q1WA 1AM5A 1KJFA 2QU3A 1BVGA 2EWYA 4YDGA 1GVUA 3DUYA 3IN4A 3K5GA 5P5OA 3RTNA 1PSAA 3T6IA 5P6ZA 2SAMA 5P03A 3SKFA 3VCMA 2ZJIA 5P3QA 2VIZA 4K8SA 3URJA 1XS7D 4RZ1A 5P53A 5P08A 2NXDA 3UDPA 3K5CA 5P18A 4FM6A 5AH6A 1IIQA 2ZHTA 2IL2A 5P43A 1AIDA 1EC3A 3CIDA 1KJ7A 3H0BA 3KYRA 4DPIA 4B1EA 1PPME 3SPKA 5P4KA 4APRE 3UQRA 5CONA 3HVPA 3L5DA 4EYRA 2CEMA 3EKVA 5E5JA 5P2GA 2VA7A 1HPXA 1GVTA 3WZ8A 5P87A 5P5EA 3R1GB 5P2LA 3FNSA 1YTIA 4B1DA 1Z1RA 5P1OA 5P78A 4D88A 5HU0A 1BDRA 1KZKA 4I0EA 5P45A 3ZL7A 5P1VA 2IRZA 4LP9A 5P22A 4D8CA 3GGUA 4FAEA 4Y5MA 4YE3A 5P4WA 3Q5HA 1T7JA 2FNTA 5P0DA 1LYBB 5OYQA 2NXMA 2V10C 5P02A 5SZ9A 2F3FA 3OUDA 4ZSQA 3FV3A 3RU1A 7HVPA 1EPRE 4AZYA 5HCTA 1SDTA 4Y4BA 2ZJHA 5HVPA 2G1OA 5P3YA 4RYGA 2ZHRA 2QMPA 5P4ZA 4APEA 5P2EA 4IVTA 2V0ZC 1FG6C 5P0ZA 3VV6A 2XYFA 4Y4TA 5P2BA 3LPKA 3SA8A 5P5BA 1OEWA 5P7GA 3UDQA 5DQ1A 4QJ9A 5P5HA 2AOEA 2P4JA 5P04A 5OZ6A 3UPJA 2H6TA 1BIMA 2I4VA 4Y58A 3HZCA 3I25A 1LF4A 5OZEA 2VKMA 3VLAA 5OZVA 3OUCA 5P5SA 5P0MA 1EPLE 3L5CA 2QHZA 4I0JA 3VSXA 2AOHA 4H3IA 2OHKA 2BPZA 4Y45A 5P2JA 5P77A 4E43A 4YDFA 3TLHA 3KFPA 3S54A 5TOLA 1FIVA 2I0DA 4KE1A 1SIPA 3DV1A 2AVSA 4Z2ZA 4GJ5A 3PRSA 2WF1A 5P5FA 4L1AB 4ZIPA 3FSMA 3OU1A 5P82A 4RRNA 5P3KA 4Y56A 5P7WA 5P01A 5P5VA 3NYGA 5P60A 2QI1A 1FLHA 5P44A 5P1KA 3O9LB 4J0PA 3A2OA 5P2DA 5OZSA 5P35A 1ZBGA 2HIZA 1IBQA 5P5UA 1HWRA 2WL0A 4PZWA 5DQCA 2QMGA 4MC1A 5P72A 1ZAPA 3D3TA 5OZTA 2FMBA 2BJUA 4HA5A 1ENTE 3QPJA 5DR7A 5P81A 5P8PA 2IGYA 1A30A 1G0VA 1QBRA 5P3HA 3VFBA 5P74A 5P62A 2PMAA 4ZSMA 4L6BA 5P1XA 3ZPSA 4OC6B 1EC1A 5P6NA 4Y38A 9HVPA 5CLMA 4Y57A 4EXGA 1W50A 3TH9A 4ZEAA 2B42A 5P4XA 5DQ5A 5P0EA 5P0SA 5P23A 5P07A 7UPJA 3N3IA 3U6AA 4QJ6A 2Q15A 3RTHA 1GVVA 1HHPA 5P89A 3FIVA 5OZFA 2O4KA 4IVSA 4R91A 4OBHA 1D4HA 5P7QA 3NDXA 4OBZB 4Y41A 2UXZA 3Q3TA 4CMSA 4DPFA 5P4SA 5P4EA 5P1ZA 3WB4A 1HSIA 1FMXA 1K2BA 3OU4A 1KJ4A 2ZHSA 2ZJMA 5P4TA 3ECGA 5OZNA 5P5CA 3URLA 1QDMA 4YD3A 5P83A 3CKPA 5P0BA 2G94A 3S43A 4CP7A 5OYRA 4Y43A 4J0ZA 5OYYA 3O9AA 5P2VA 1LF2A 1FFIC 3GI4A 1K2CA 2VJ7A 3AIDA 3EMYA 3EKYA 5P1AA 1T7IA 4R95A 5I3XA 1BBSA 4QJ8A 3VLBA 2FS4A 3QP0A 3O9DA 5P4NA 4A6CA 1GNNA 5AGZA 1KJHA 4NPTA 1AXAA 8HVPA 4Y48A 1W5YA 2BPYA 1HPVA 5P3JA 5P79A 4MC9A 5KAOA 1MTBA 2O4NA 5DPZA 3N4LA 5P4LA 5P24A 5IVQA 5P0YA 5P0OA 3L58A 2OHRA 4D89A 2G1RA 5OZ2A 5P5TA 4BFBA 3OXCA 5P4JA 4NJTA 3UQWA 2AVVA 5P0TA 4ZE6A 5P6QA 5P3WA 3VF7A 3S85A 5COOA 1MT7A 2QP8A 4Y4GA 3D1YA 4EJKA 3GI5A 5P66A 4YCYA 5P13A 1NPVA 5P4UA 4GJDA 5DQ2A 2Q55A 4QJAA 4EJLA 1K6VA 5P0WA 2R9BA 2P3DA 5P7EA 4YOAA 1GVWA 3EL9A 4DI2A 4Y3NA 1BXOA 4MC6A 5P15A 4YA8A 3Q70A 3CKRA 2HPEA 5P8SA 1ZTZA 2O4SA 4PZXA 4Y3ZA 2VNNA 5P6XA 4RVIA 5P76A 4FRJA 5P7MA 4Y5CA 5P2UA 1FMUA 4B05A 3FX5A 4B77A 1B6PA 5P6AA 3L59A 2Q11A 5C9FA 2G22A 1HVKA 1PROA 2AZBA 4LBTA 4FRSA 5P37A 1MVPA 5J25A 5AH8A 2ZJKA 5P8TA 1SGUA 3TPRA 4B72A 5P4DA 5E5KA 1WBKA 2ER0E 2F3KA 3SO9A 2AVQA 3PB5A 1BWBA 3IN3A 3LIYA 4Y4UA 3VV8A 1BAIA 3T11A 3APRE 3NU3A 5HDZA 2P8HA 4OD9A 3IGBA 2P83A 4JECA 3B7VA 5P8KA 5P11A 4A6BA 5P3GA 2B7ZA 3UDMA 4J1CA 1APTE 4Y4ZA 1MERA 1E5OE 3UHLA 5P7XA 1UH8A 4FAFA 4GJAA 2VIJA 3WSJA 1VIKA 3UF3A 3JW2A 5P0AA 4F74A 3WB5A 3BXRA 3MXEA 5T4SA 3CYWA 5OZJA 4RCDA 1QBTA 4J54A 2ZHVA 3OOTA 1E81E 4I0DA 4I0HA 3KFRA 4J55A 5P8BA 3URIA 4Y4DA 1D4SA 3TL9A 2HB2A 3L38A 5P7NA 5P1NA 5P8OA 1MTRA 4YD5A 4K9HA 4YBFA 3KDDA 5P3ZA 3OU1B 3SAAA 1HOSA 2R8NA 5COPA 4A4QA 3OHHA 3LPIA 5P49A 3NR6A 4ZPFA 4OBGA 5I3VA 1K1TA 4Y39A 2R5PA 5P7HA 4JPCA 1SP5A 3HW1A 1FQXA 4Y3TA 5FIVA 4ACUA 3KDCA 2AZ8A 1E82E 1YG9A 4Q1YA 4FE6A 4NPUA 4J1IA 5ENKA 2IEOA 2QZKA 3SA3A 5P2NA 1TW7A 2HS2A 1PSNA 4R93A 4B0QA 2J9JA 4EJ8A 3NU4A 4Y5LA 2AOGA 4M8YA 2ZJJA 4DQHA 1FQ6A 3CYXA 1LV1A 2IS0A 2BBBA 2IENA 3KDBA 4QGIA 5P6TA 3G72A 5OZOA 5HDVA 5P3NA 1RQ9A 1WBMA 5C9DA 1NSOA 5P4CA 3EM6A 5P20A 1ME6A 3TOGA 5P6SA 4DJWA 4DQCA 3NDTA 5P84A 3ZPUA 4NJUA 1EPQE 5P6HA 2H6SA 4H1EA 2WHHA 4BFDA 2AVMA 5P8NA 1G6LA 4FRIA 3SA6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VG1 A;  1FFF C;  1M43 A;  3VF5 A;  5P6J A;  2RKF A;  4XX3 A;  2F80 A;  2V00 A;  4RRO A;  1D4J A;  3GI6 A;  4ZPG A;  1YX9 A;  5OYV A;  3HLO A;  5DR3 A;  5P5K A;  3NUJ A;  5OZ1 A;  5P42 A;  1EAG A;  5DR0 A;  3BRA A;  4J0Y A;  3BVA A;  3LZS A;  1GNO A;  4WTU A;  4J5J A;  5KQX A;  3K5F A;  4Y3E A;  3OHF A;  3UDH A;  4DUS A;  4XKX A;  4KB9 A;  2QK5 A;  3EBZ A;  5KR1 A;  5I3Y A;  5P0P A;  2ZDZ A;  4Y53 A;  2JJJ A;  3L5E A;  1A8K A;  5P41 A;  5P6V A;  2I4X A;  3K1W A;  3ZKI A;  4KE0 A;  1A8G A;  2QMF A;  1B5F B;  4RVJ A;  2CEJ A;  5OZ3 A;  3S56 A;  4I8Z A;  4DFG A;  5P3V A;  5P28 A;  2BPW A;  3OOZ A;  1QRP E;  5JG1 A;  4Y5E A;  1MRW A;  5P61 A;  4Y3M A;  1YTH A;  2FNS A;  4DV9 A;  3GW5 A;  3DCR A;  5DR8 A;  4LXA A;  3LZY A;  4CPX A;  4DH6 A;  5OYX A;  3EKW A;  3UCB A;  4COE A;  5P5P A;  5C9B A;  3EL1 A;  4NJV A;  2FLE A;  4ZLS A;  4Y3R A;  3O9I A;  5IVR A;  5P8H A;  2OHM A;  1BDQ A;  2O4P A;  5P69 A;  4TVG A;  5P1Q A;  5P3L A;  1HTF A;  2ZGA A;  3OQ7 A;  4FSE A;  5P4Y A;  1BDL A;  2NR6 A;  1B6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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