5P83A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 336
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p83A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p83A01
5P1ZA 1D4KA 4NJUA 4FRIA 2WEAA 5ER2E 1FQ5A 2NMZA 3K1WA 2BPYA 3Q6YA 4EP2A 4NPTA 2PK6A 3MSJA 5P7SA 4Y4BA 1YTJA 2CEMA 3RSVA 5P0GA 3KM4A 3OUCA 3T7XA 5CONA 2RSPA 1FFIC 4Y44A 4APEA 4J0PA 2RENA 5P4WA 5DR4A 3Q5HA 2NXDA 1XE6A 4FM6A 5P25A 4F75A 5IE1A 3TNEA 4B78A 3GI6A 2HS1A 3QROA 5KOQA 3VV7A 4J0ZA 3BXSA 3INFA 5OZJA 3O9IA 4Y4ZA 5P55A 2AIDA 1EC0A 3JVYA 3D3TA 2IKUA 3MXDA 5P0BA 5AHCA 5P4FA 4F76A 2FIVA 3SLZA 2G1NA 2OHUA 1HXWA 1ZPKA 4MC6A 5P2SA 1MUIA 3I25A 3UF3A 4FIVA 1FIVA 1BV9A 5P4JA 4J0VA 3QBHA 2XFIA 1PSAA 2PWCA 3VFBA 1NSOA 3D1YA 3NXEA 3QP0A 1LF4A 3TKGA 5IVRA 1EPRE 4Y57A 2HPFA 2FGVA 2QMPA 2P4JA 3D1XA 4TVHA 4Y48A 3CKTA 5P1OA 5P3UA 5OYTA 4I0IA 4ZPGA 5P28A 2G1YA 1CMSA 1ZSFA 5P6MA 4R92A 5P1FA 4Y3RA 5P7ZA 4Y4GA 4B77A 3OUAA 3DCKA 4WTUA 4Y45A 1W6HA 3S53A 1UPJA 3FX5A 1SGZA 3OOTA 2BB9A 1AXAA 5HD0A 3PMYA 5KQXA 3KT5A 1B5FA 4RCDA 3SA7A 5P12A 3UPJA 3HW1A 3LIYA 1QRPE 3L59A 1IIQA 5P5QA 5P8NA 3SPKA 2AOJA 3KA2A 1FMBA 1LV1A 5P6PA 1BWBA 4XXSA 4QJ6A 3R0WA 2VKMA 3U7SA 4OBDA 3FNTA 2VNMA 5P0DA 4YD7A 5OZTA 4J1HA 1MVPA 5P3PA 4MC1A 5P8CA 4RROA 1EPME 3D20A 5P1HA 5F00A 2QZWA 1K1UA 4OBZB 5P5BA 5P70A 1K1TA 2R38A 3BVAA 3K5FA 5P79A 5P7GA 3TH9A 2R5PA 4L6BA 1EPQE 2QZLA 5IVTA 2QMFA 3FNUA 4Q1NA 4WY1A 1GVVA 1FKNA 2VNNA 5P6XA 5P0SA 3OXXA 4M8XA 2G1OA 5P1SA 1FG6C 5P01A 5P61A 5P3IA 2WF4A 4NJVA 5P6KA 5P4YA 3RTMA 4Y4AA 2G21A 5OZMA 4Y3TA 4QJ7A 5JG1A 4YDFA 3JW2A 3IXOA 4DJVA 1D4IA 3NYGA 1T7IA 2G27A 2I0AA 5C9BA 5P04A 1LYWB 4RVXA 5P7EA 4AUCA 5P4MA 2BJUA 2Q63A 5P46A 4Y3YA 1E5OE 5P2FA 5P5UA 1M0BA 3PEPA 1HIVA 2QI6A 1AJVA 3TOGA 4U8WA 3O9LA 4RVIA 5BWYA 1BXQA 3VYDA 5P7OA 4FS4A 5P3DA 4TRYA 1EC1A 5P81A 5SXNA 3UTLA 3TPJA 3ZPUA 5P8RA 5OZ0A 3UDQA 2ER9E 4CPQA 3CKRA 5P0YA 5P1LA 4PPHA 3NWQA 4Y3NA 3S7LA 5P8JA 4ER4E 5P7LA 4HDFA 1BVGA 5P02A 5P7XA 4Y3SA 5P6IA 2IENA 3PM4A 5P74A 2RKGA 3OU1A 4Y3XA 2NMYA 3PWWA 2AVMA 2ZE1A 5P20A 3R0YA 2B42A 4ZPFA 2G94A 3CKPA 3KT2A 2OHTA 3LZVA 3HAUA 5OYZA 5P1XA 5P5EA 3QAAA 5OYQA 4I12A 5P5SA 1W6IA 2WHHA 3DK1A 1SDUA 3WZ7A 2QNQA 5P1YA 2ZJJA 5P6VA 1FFFC 5P4RA 4DQFA 3LZSA 5P66A 5P1GA 5P7MA 3ST5A 1T7JA 1IVPA 3CYWA 5P44A 4DQGA 5P85A 4X2LA 5JFPA 2QMGA 2ER7E 3OTSA 4LXMA 3EM4A 3OOZA 4GJBA 3SACA 3O9EA 2BPZA 2FNSA 4Y5KA 1KJ4A 3ZKIA 1W50A 4DJOA 5KQFA 2QI1A 3NDTA 3O9FA 4Y43A 2O4PA 2WF2A 5P14A 2AOHA 5OZXA 5P8GA 2QI4A 1LYBA 1XN2A 4L7HA 5P2IA 2ANLA 5P15A 2G24A 1RNEA 4RYGA 4B1CA 2HPEA 1W5WA 3VCMA 5I3VA 3EL9A 1MRWA 2WKZA 4I0JA 5I3WA 1U8GA 4EJDA 5ISKA 5OZDA 3NSHA 4UPJA 1FF0C 5P3KA 2R3WA 2Q5KA 4A4QA 4Y4EA 1QDMA 5P7CA 7UPJA 1T3RA 5P54A 4Y5GA 3EL4A 2PSVA 2H6TA 2NPHA 2AZCA 5KQYA 3EKTA 2PYMA 3QI1A 1AZ5A 3OHFA 4MC2A 3VYEA 3IN3A 4J55A 2AVSA 5SZ9A 5P6NA 3PCWA 1A94A 3I8WA 5KQZA 5P7PA 1G6LA 3NUOA 2ZJHA 5P4UA 5P29A 3DOXA 3NR6A 4RZ1A 1WKRA 4N00A 3G72A 5OZBA 5P5FA 1HPVA 1LF3A 4KE0A 5P69A 3KN0A 2ZJLA 4J0YA 3GGAA 3CYXA 1GKTA 4XKXA 4Y39A 4Y35A 4J54A 4K4RA 1Z1HA 4YOBA 5P6QA 4Q1XA 4J1EA 4PHVA 5OZLA 5P0KA 3NU3A 4Y3LA 3URJA 5P1NA 4D8CA 5I3XA 5P5WA 1T6EX 5P41A 3SM1A 2VJ9A 4EXHA 5HCOA 3ZKNA 1PSOE 5P2AA 1APUE 3OQ7A 4WY6A 5DR7A 1WBKA 4H3FA 4Y3PA 4ZIPA 3K5DA 4HE9A 3L58A 5HCTA 4RCFA 4JPEA 4Y50A 3OXVA 4B72A 2UPJA 2BPVA 3GGXA 4AMTA 5P6ZA 1DP5A 2IGYA 3DCRA 2CEJA 2VS2A 9HVPA 4Y3MA 3PWMA 4LC7A 5OZVA 1C70A 3Q4BA 1BDQA 1HPOA 2G22A 4TRWA 3LZYA 4I11A 3ZKMA 5JFUA 1PPME 1YTIA 5P05A 1HRNA 2XYFA 3LIZA 1B6PA 5P30A 3OHHA 4AZYA 4FAEA 5P80A 1ZBGA 1N49A 1QBUA 2F3FA 1HTRB 3BHEA 4BEKA 1TZSA 4DQHA 3SFCA 3PI5A 3EKVA 5P07A 2VA5A 5P4ZA 1HSIA 1SGUA 5OZCA 1DMPA 5FIVA 1HVRA 3SKGA 5P2TA 2PYNA 5OZWA 1ODYA 4NJSA 1A9MA 4RCEA 1HVCA 5P4TA 1GVUA 5P2WA 1QBTA 2JXRA 5KR0A 5P3RA 3UDRA 3IVHA 3A2OA 3S43A 2PK5A 1QBSA 2FDEA 3IAWA 1HXBA 4EYRA 5P3NA 5P2JA 2PSGA 2V13A 3APRE 4I8ZA 3VLBA 3IXJA 5P8KA 2P3BA 1E81E 1G35A 1EBZA 5P03A 5P2MA 2AVOA 1HPXA 3ZOVA 1NPVA 4KUPA 3KFSA 4GJDA 3S2OA 1Q9PA 2O4NA 5AH7A 2BKSA 1HVHA 4Y5NA 1D4LA 4GJ8A 1BIMA 2B7ZA 5OYUA 3S85A 5P82A 3IN4A 4Y9WA 5P1RA 3TKWA 5P3VA 2AZ9A 1MPPA 4JPCA 5OYWA 5P2GA 2VIEA 3ZKGA 4B05A 1KZKA 5AGZA 5P18A 3H0BA 3UFNA 5P2UA 5P8PA 1EC2A 5P3OA 3QVCA 5AH8A 1XL2A 3EL0A 1XS7D 4J5JA 2AOIA 3O9HA 2I4VA 2H6SA 2IQGA 2R43A 3I2LA 3OADB 5P24A 4D85A 4EWOA 2J9JB 3KFRA 3LIVA 5P2NA 1A8KA 3LINA 1EBYA 5UPJA 5P6HA 1B6KA 3EKQA 3KFPA 5OZSA 5P8AA 3S7MA 3ECGA 4MC9A 3OU4B 5P1AA 5P3WA 4J1KA 2QI5A 3ZLQA 5OZ4A 2HAHA 3IGBA 5P6SA 2P3CA 5P5DA 3PSUA 5P50A 4R8YA 5P1CA 2IS0A 1GNMA 1B6JA 5P4SA 3EKYA 5P27A 2VA7A 3L38A 4D83A 5P78A 5P7VA 5OZPA 3PWRA 3LITA 5JODA 4GMIA 5P1PA 5P3XA 4EXGA 4ZE6A 3ZKQA 2ZJIA 1OHRA 2RMPA 3BGBA 2B60A 3JVWA 4OBKA 2AVQA 3UDHA 3EKWA 2PC0A 2O4KA 5P5RA 5P0ZA 4I0FA 5P6EA 4LXAA 4YA8A 2ZGAA 1NPWA 1TCXA 4I0HA 5P4DA 2XFJA 5P5YA 2HS2A 3DV1A 1LZQA 5P2HA 4JP9A 2A1EA 2QHZA 4K9HA 4ZSRA 2MIPA 1SDTA 3O9DA 3UQXA 2P3AA 5P73A 1T6GA 1F7AA 2WEDA 4A6CA 4L7JA 1ME6A 2UY0A 5OZGA 5P7FA 2IDWA 3Q3TA 5OZ6A 1HVIA 5P88A 4OBZA 4DUSA 4AA9A 5TOLA 3KDCA 3UDNA 1AM5A 2ZJNA 2Q55A 4Y3EA 5P8FA 1M43A 2J9KA 2QCIA 4R95A 5OYVA 2Z54A 5OZYA 3PI0A 1HEFE 5ENMA 5P17A 2R3TA 4OC6A 5P26A 2G26A 3NDXA 4J0TA 2AVVA 4DFGA 2VIZA 5BS4A 4HEGA 4IVTA 1YTHA 5HDZA 5P0AA 2Z4OA 1BV7A 4A6BA 2ZHRA 4JECA 3S56A 4OD9B 5AH9A 4DQEA 2B7FA 3T7QA 3BVBA 2F3KA 2BPXA 1TCWA 3DUYA 4YBFA 3LPIA 5P2CA 5P3QA 3ER3E 4FAFA 4FLGA 3OU3A 2F3EA 2VIJA 2PMAA 4RRSA 5OZ7A 1B6MA 1SIVA 2AODA 3C9XA 2VA6A 1LEEA 4K4PA 2Q64A 5P7RA 4BELA 1YM4A 4CPRA 5HE4A 3HLOA 3DV5A 2Q3KA 4Z4XA 1OD1A 5P59A 3OQDA 5P2BA 5OZRA 4QJ9A 2AOCA 5P4LA 5P6YA 1FGCC 1ENTE 1HHPA 1HVKA 3ZPTA 3LHGA 5KAOA 1EEDP 5P3YA 5P5MA 5P86A 4EP3A 5IVSA 1SDVA 3TPPA 3PSYA 5P3AA 3K4VA 3RU1A 3T11A 1E80E 2ZHVA 5C9DA 4GJAA 4U7VA 2PH6A 3APPA 3H5BA 5OYSA 5P43A 5I70A 2QI3A 3ER5E 3FIVA 1MSMA 1A30A 4FE6A 4CPUA 3ZPSA 3MXEA 5ER1E 1HTGA 4B1EA 1WBMA 4BFBA 1GVWA 5P1MA 2R5QA 3CICA 2HB3A 4YE3A 5P5TA 1CPIA 3O9LB 1FLHA 5C9FA 4FCOA 5P64A 4RRNA 3SA9A 1MIQA 1BBSA 1K6TA 5P32A 3KF0A 3HZCA 4Z22A 3INHA 5B18A 1FMUA 4Y4DA 3TPRA 5P09A 2PWRA 2ER6E 3UDPA 1DPJA 4DJPA 5P1KA 4XX3A 5HU1A 4DJQA 3I6OA 5P0RA 1ODWA 3KDBA 5P75A 5P10A 2ER0E 3HBOA 1RQ9A 4CPXA 3T6IA 4OBJA 5P52A 5P0VA 4FRKA 3R2FA 4AA8A 1HIIA 3UDKA 3UDYA 2QD6A 5P0OA 2WF1A 4H3GA 5P71A 3BGCA 4J1FA 2QD7A 4I0GA 2OHSA 4QLHA 4LP9A 2QI7A 5P6JA 5P2KA 2QU3A 1T7KA 5OZOA 3PSGA 1K2CA 4ACXA 2OHRA 3K5CA 4B70A 5P8BA 1EPNE 3PLDA 5P62A 1FQ7A 4RGHA 3M9FA 2PQZA 5P5LA 3UQPA 5P2DA 5P47A 1SMRA 4QGIA 5P6AA 4Y51A 1HTFA 2G20A 2QI0A 5OYXA 5P08A 5P6WA 5P1UA 4XX4A 5P3BA 5P0WA 1APWE 5OZ5A 1AVFA 1HSGA 3LIXA 3NLSA 2VJ6A 5OZHA 5P8IA 3TOHA 1UH9A 5P7BA 1UH8A 3OWNA 2Q54A 1LYBB 1TSQA 4COEA 5P8QA 2WL0A 3OGPA 1PROA 1W5XA 4DH6A 1TSUA 5P8TA 4Y4XA 5P2YA 1PPLE 2OHPA 4Y5LA 5DR3A 4JOOA 5P6CA 4YCKA 4Z2ZA 4PYVA 5P8HA 3INEA 2I4QA 5P3HA 3UHLA 5P0XA 1TW7A 1QBRA 5DQ4A 5P5GA 2HM1A 5P4PA 5P3MA 3O9GA 3WB4A 4GJ7A 1NPAA 5DR8A 3L5CA 4EJKA 3SA4A 1BAIA 5P7IA 3OUBA 1META 2ZDZA 2F8GA 2P83A 3URLA 3SA8A 4GB2A 5P4NA 5P7HA 1IZIA 1SIPA 2NXLA 3EM6A 1EPOE 3ZMGA 4TVGA 5P5CA 3QRVA 4GJ6A 5P1VA 1MTRA 3OUDA 4GZFA 3UDJA 1HOSA 4Y58A 5DR1A 1LYAB 3WZ6A 2I4WA 4QJ2A 2JE4A 1HEGE 2HB4A 3EKPA 2IL2A 3AUPA 3VSWA 1ZTZA 4DI2A 3UQUA 4DVFA 3OK9A 1PSNA 1EBWA 3RTHA 1SP5A 2FDPA 4H3JA 4Y3AA 2AOGA 3B7VA 5IS4A 1IDBA 5HDUA 5P6BA 4IVSA 3MSKA 3MWSA 1C6XA 2B8VA 2IKOA 1LF2A 4Q5MA 1MEUA 4PEPA 4Y5CA 3DJKA 5P84A 5P5HA 1C6YA 5P89A 1APTE 3G6ZA 3HDKA 1HIHA 5P5ZA 1FQ8A 5P4VA 1J71A 3FNSA 3D1ZA 4Y4UA 5P6GA 5HTZA 4CPWA 4KE1A 1BDRA 2OHMA 5P7YA 5P4KA 3BC4A 5P60A 4Y5PA 2BPWA 2EWYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1Z A;  1D4K A;  4NJU A;  4FRI A;  2WEA A;  5ER2 E;  1FQ5 A;  2NMZ A;  3K1W A;  2BPY A;  3Q6Y A;  4EP2 A;  4NPT A;  2PK6 A;  3MSJ A;  5P7S A;  4Y4B A;  1YTJ A;  2CEM A;  3RSV A;  5P0G A;  3KM4 A;  3OUC A;  3T7X A;  5CON A;  2RSP A;  1FFI C;  4Y44 A;  4APE A;  4J0P A;  2REN A;  5P4W A;  5DR4 A;  3Q5H A;  2NXD A;  1XE6 A;  4FM6 A;  5P25 A;  4F75 A;  5IE1 A;  3TNE A;  4B78 A;  3GI6 A;  2HS1 A;  3QRO A;  5KOQ A;  3VV7 A;  4J0Z A;  3BXS A;  3INF A;  5OZJ A;  3O9I A;  4Y4Z A;  5P55 A;  2AID A;  1EC0 A;  3JVY A;  3D3T A;  2IKU A;  3MXD A;  5P0B A;  5AHC A;  5P4F A;  4F76 A;  2FIV A;  3SLZ A;  2G1N A;  2OHU A;  1HXW A;  1ZPK A;  4MC6 A;  5P2S A;  1MUI A;  3I25 A;  3UF3 A;  4FIV A;  1FIV A;  1BV9 A;  5P4J A;  4J0V A;  3QBH A;  2XFI A;  1PSA A;  2PWC A;  3VFB A;  1NSO A;  3D1Y A;  3NXE A;  3QP0 A;  1LF4 A;  3TKG A;  5IVR A;  1EPR E;  4Y57 A;  2HPF A;  2FGV A;  2QMP A;  2P4J A;  3D1X A;  4TVH A;  4Y48 A;  3CKT A;  5P1O A;  5P3U A;  5OYT A;  4I0I A;  4ZPG A;  5P28 A;  2G1Y A;  1CMS A;  1ZSF A;  5P6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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