5P85A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 338
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p85A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p85A01
4Y47A 2JE4A 4YBFA 2CENA 2IQGA 4B00A 1YM2A 2AZCA 2Q55A 4Y36A 3SO9A 3TPLA 5OZNA 5P35A 5P6DA 1BDRA 3B7VA 2G1RA 5OZ8A 3OADB 5P1LA 2NPHA 5ISJA 2G94A 3NU4A 1MERA 4K9HA 4I0IA 2J9KA 4HDPA 2RSPA 2SAMA 3L5FA 1KJ4A 2IS0A 3HAUA 3WB5A 4AA9A 3K4VC 4R5NA 3S53A 5P4MA 3EKQA 5P3IA 5P8PA 3F9QA 4FRJA 2BB9A 3BXRA 5OYWA 5ER1E 1K2CA 4HE9A 4YA8A 4Y39A 1EBKC 4RYGA 1M43A 5OZ7A 4Y3WA 3NDUA 4EHCA 5OZ9A 1G35A 3PMUA 3G6ZA 4EQJA 5P03A 2QK5A 2V10C 1T7KA 2I0AA 1LS5A 2FDEA 5P0EA 5P4SA 1BXQA 3SA6A 3ST5A 2FS4A 4Y57A 2HAHA 1RPIA 3URIA 5OZXA 4J1HA 2XYEA 5OZUA 4MC1A 2AOHA 3R4BA 1UPJA 3OOZA 1BV9A 1MTRA 3T7PA 2O4PA 5P04A 3MXEA 3RU1A 5P85A 5P00A 3KN0A 4R91A 4H3FA 2P4JA 3MXDA 5IS4A 3ZKMA 4DJXA 3UDMA 5P6OA 3APRE 5E5JA 5P3VA 4I8WA 4JP9A 3O9BA 1IZHA 5OZDA 4F76A 3VEUA 4J54A 4YDFA 4YCKA 4DPIA 3SA9A 4I0HA 5P17A 4MC6A 5P7XA 4BEKA 2Q64A 1FKNA 1EPQE 2WEBA 4CPQA 5I3YA 4OBGA 4DI2A 3PHVA 4OD9B 3EMYA 5KQZA 2ZJMA 1BDQA 5P1DA 3B80A 3VFAA 5OYRA 1HEFE 3PWMA 1YM4A 1DIFA 5P0CA 1ZSRA 5KQYA 5P88A 4Y3FA 4B78A 4K4RA 3OTSA 1EBWA 5P8VA 2F8GA 1ER8E 2BJUA 1XL2A 3NDWA 2ZHSA 4DQBA 5SZ9A 1ODYA 5DPZA 3S85A 1SMEA 4Y43A 2F3KA 1QS8A 5P46A 1LYWB 5P32A 4HZTA 4Y5AA 1HVIA 4ZSPA 2Q11A 1T7JA 3PJ6A 3K5FA 3UCBA 2JJIA 1FFFC 3LIQA 1BV7A 3VYFA 3D3TA 4IVSA 5P0GA 3U6AA 5OZ4A 5P3PA 5P3NA 5P7UA 4Y3LA 3ECGA 5DR0A 4ZEAA 5P2OA 3TNEA 2R3WA 3DV5A 4FRIA 3IN4A 1HVHA 5P0OA 4CPXA 5P33A 5P27A 4RLDA 5P37A 3TPJA 1D4HA 3IN3A 5SY2A 2QI1A 1CPIA 2AZBA 5P4RA 3IXJA 5DGWA 3UHLA 3VYDA 1D4SA 1KJFA 5OYXA 5SY3A 3G72A 4YDGA 1GNOA 4JOOA 2QD6A 4LAPA 1FFIC 2QZWA 1YTIA 3LZYA 3H5BA 4DJPA 2PYNA 3PWRA 4ZLSA 5P6BA 1TCXA 4ZSMA 5P6YA 5P8IA 5OYZA 2AOGA 7UPJA 3Q3TA 5CONA 5P51A 2H6TA 5P3SA 4DVFA 1NPAA 3K5DA 3ZKNA 4RCEA 1DW6C 5P78A 2Q63A 4B70A 1B6MA 4Y50A 4F73A 5P5NA 1OD1A 1Z1HA 5P3QA 2ZJIA 4Y53A 3KFSA 5P41A 5P4YA 4D8CA 3OQKA 4Z2ZA 1W5VA 2Q15A 1XDHA 4Z22A 1HTGA 1G2KA 5P0FA 3TOFA 2MIPA 5P79A 3UQPA 2VKMA 3KFPA 4YD3A 5HD0A 2HS1A 3LPIA 2WJOA 5P8SA 4Y3SA 5P5LA 5I3WA 1EC0A 3TPRA 2PQZA 3FNTA 5OZIA 3IA9A 5P4IA 2HB4A 1HTRB 1TSQA 2QNPA 4Y38A 5P45A 5HU1A 3TKGA 5P13A 3ZMGA 2WEDA 3CIDA 2WEAA 4RVJA 4OBZA 3O9LB 3SPKA 2I4VA 3HVGA 1WBKA 5OYTA 2UXZA 3NDXA 5P5ZA 5P71A 5P7DA 5P15A 5JODA 2FXEA 2ASIA 2F3EA 1BIMA 1BDLA 3UQXA 1MRWA 4R95A 1LYBA 3UDYA 5P5BA 2OAHA 3BVBA 2P3BA 5C9DA 3HBOA 1HXBA 5HCOA 1G0VA 3EM3A 3SA3A 1MTBA 3OWNA 3BGBA 3VV7A 1K6PA 1F34A 3OK9A 1ODXA 5P4QA 4BFBA 3IXOA 4Y6MA 4I0DA 5P6RA 4I10A 5P5WA 3NUOA 2AVOA 5P52A 3OADA 1AJXA 5EZZA 2BPZA 3KT2A 4Y3MA 3Q4BA 5P7SA 4ER4E 1RV7A 5DR8A 5P08A 1ZP8A 3VLBA 1SBGA 4XXSA 4CKUA 5P1ZA 5P1QA 3NU9A 3I25A 3L5BA 2F3FA 5P6HA 2QI3A 3NU5A 4DQHA 4Y3DA 5BRYA 1EC2A 3SACA 4K4QA 1ODWA 4AZYA 1HVRA 1HSIA 5P36A 4H1EA 5P4BA 5P2UA 3RVIA 2ANLA 4EPJA 1K1TA 4FM7A 3SABA 5OZSA 3FX5A 4Y4ZA 5OZZA 4GYEA 5P3UA 4A4QA 5BS4A 5P58A 3OQAA 2PSGA 2OHMA 5P34A 1EBYA 5P68A 2P8HA 5P5TA 3Q5HA 1SDTA 3D91A 4J1FA 1FIVA 5P7KA 3FV3A 4Y3HA 3NYGA 3OY4A 3BRAA 3CICA 3L59A 5P3JA 2PK5A 1K6TA 4TRYA 3NU6A 5P6IA 3K1WA 4ZPGA 3GI4A 3CYWA 5P25A 3INHA 4Y4UA 5P86A 5P2RA 5P07A 1APVE 3OGPA 3FKTA 5P5PA 1FMXA 4PEPA 4ZSQA 2QI6A 2NNPA 1D4IA 5P7JA 1GNMA 5P4XA 1HPXA 1APWE 1LF4A 4U8WA 4Y3YA 5P87A 5P6SA 2QI5A 5P16A 1FQ6A 4XKXA 1UH7A 4HDFA 4J0YA 4OD9A 3KMXA 1IDAA 2HB2A 1OEXA 5P7MA 3O9IA 1EC1A 2R3TA 5P7GA 1HSGA 2HC0A 1HEGE 5F01A 5P1RA 2PYMA 3T6IA 5OZOA 4GJAA 1KJHA 3URJA 4QJAA 3TPPA 3DCRA 1EPPE 3NLSA 3QIHA 1NSOA 5P76A 1SGUA 3VV8A 4KB9A 2P3CA 5P1BA 4GJ8A 5OZHA 5P0SA 1LYWA 1W51A 5P11A 3OUBA 1FQ8A 5P5JA 5P5OA 3TOHA 5DR3A 1SIPA 3N3IA 3OXVA 1HPVA 5P4HA 2QI0A 5OZ5A 1IZIA 1FQXA 5P80A 4EJLA 4HLAA 3T7QA 3INFA 3SKFA 2I4QA 1MVPA 5P0WA 3N4LA 5P3CA 4B1DA 4LL3A 2I4DA 4CPRA 5P5KA 2AZ9A 1BILA 5OZWA 3UQRA 2OHPA 4Y4BA 4A6BA 5P22A 3T3CA 5KR0A 3WZ8A 4APEA 1LYBB 4LBTA 4PPHA 5P44A 1ZJ7A 5P2JA 4Y5GA 4OBJA 2QZXA 4I0EA 4M8YA 5P55A 2QD7A 1EPME 5P3DA 2I0DA 2WF4A 2QHYA 3WSJA 4NPTA 3CMSA 1DP5A 5P7TA 2FLEA 4Y5PA 5P6JA 3UPJA 5F00A 5P6WA 5P59A 5P0KA 5P1FA 1B6LA 1IVPA 1C6XA 1RQ9A 1Z1RA 3D1XA 5P53A 3S54A 5P1WA 5P7IA 5P77A 1IZDA 1EAGA 3S7LA 4Y3XA 5P8QA 4Y5NA 4OC6A 1N49A 1MSMA 4FGXA 3ZKGA 1M4HA 3SKGA 4I11A 4Y3RA 1D4YA 4J0ZA 2CEMA 5P0DA 2JXRA 5P2AA 4DQFA 5P63A 4Y5LA 4NJUA 5P7WA 5P2GA 4DJQA 2WECA 1LEEA 2ZGAA 3IGBA 3GGUA 1NH0A 5P2FA 5P39A 5P3MA 1EPOE 1B5FB 2R5PA 3QVIA 1MRXA 2QHZA 5P3XA 1ENTE 5P61A 2PH6A 1W5XA 2O40A 2AVMA 1FLHA 4FM8A 4EJKA 2B7FA 1B11A 5P0TA 3PVKA 2OHQA 3I6OA 5FIVA 4B1CA 3OXXA 1PPME 2A1EA 3NUJA 4Y4EA 4I0GA 1TSUA 1VIJA 3QP0A 5P26A 5AHAA 1HXWA 3O9LA 4DJWA 4Y35A 3QRVA 2B7ZA 5OZQA 1EBZA 1PROA 2Z54A 3WZ7A 4COEA 1SP5A 5P4OA 3UDQA 5P8HA 5P1KA 4YOAA 3MWSA 3A2OA 4Y54A 4Y58A 5P0BA 3L5EA 3OQ7A 1PPKE 4Y5EA 2HB3A 2QU3A 1HVCA 1CMSA 5DR4A 3TLHA 4H3IA 5P4TA 1TQFA 2PMAA 5ENKA 4R93A 2G1SA 2WKZA 5P6FA 3CKPA 3PBDA 1BXOA 2OHNA 1MIQA 3CYXA 4CP7A 1GVVA 3QN8A 5OZGA 2XFKA 2AVQA 2VJ9A 5OZTA 2QCIA 4HA5A 2QU2A 2NXLA 3OHFA 5I70A 1HIIA 4J17A 5HCTA 4YE3A 1FMBA 4RRNA 4ZE6A 3BC4A 5AH7A 4J1EA 2WHHA 2J9JB 3EL9A 4DQEA 5P4DA 4YD5A 3O99A 5P4JA 2B8LA 2VJ7A 1D4KA 2HS2A 5P5GA 4YCTA 5P62A 5P3YA 2AVSA 3WB4A 2WL0A 4RVIA 4Y4GA 5P01A 1AIDA 3S43B 1YTGA 5P0NA 3VF3A 3CKTA 5P5HA 4RROA 1HWRA 1YG9A 2XYFA 3ZPUA 5COOA 3DCKA 5P05A 3I8WA 2B60A 5P6VA 2OHUA 2Q54A 4JPCA 4Q5MA 1QDMA 4DPFA 5P0HA 5OZKA 1TZSA 5P8UA 1IZEA 5P50A 1T7IA 1E5OE 3OUCA 5P83A 2O4NA 3O9HA 5P3AA 4KE1A 2ZJKA 5P29A 5OZVA 5C9FA 4FCOA 1K1UA 4OBKA 5P70A 4OBDA 2FNSA 2R43A 3SA5A 5OZLA 3DV1A 1F7AA 2OHKA 2P83A 5P1JA 3Q6YA 2VIJA 5P1GA 1FG6C 5P0AA 1W50A 5DQCA 3RTHA 4Y3PA 4OC6B 5EZXA 5TOLA 1A9MA 4ACXA 3K5GA 3SLZA 5OZCA 1BVEA 5P1AA 2VIZA 2HPFA 3QBHA 4CMSA 2BQVA 1SDVA 4FM6A 3U7SA 4FSEA 5P1NA 1HVKA 2FGUA 5P2WA 5P69A 5KQXA 3PRSA 2RENA 1D4LA 2BKSA 3BHEA 5P02A 1BBSA 1QBUA 1YX9A 4HEGA 2FGVA 5UPJA 5P1TA 3LZSA 2EWYA 3ZPSA 5P1XA 3PCWA 5P65A 1DAZC 4ACUA 5P2EA 2OHRA 1TW7A 3UQWA 2G1OA 4BFDA 3SA8A 5P7ZA 2WF1A 5P6GA 4OBFA 2ZJNA 5P64A 5JG1A 2FDPA 3EM6A 4LXKA 4Y51A 3S7MA 3NR6A 4I0JA 1APUE 2PWRA 5IVQA 2OHSA 2QMGA 4CPSA 1UH9A 4EJDA 3HDKA 5KOQA 5HU0A 6FIVA 4I1CA 1E81E 4RVXA 5HE7A 3FNSA 2IKUA 2XFJA 3EL4A 2G27A 3UFLA 1META 2APRA 1HOSA 3EKYA 4L7JA 3LIYA 5P67A 3LHGA 5P6KA 5P3HA 1B6JA 1B6KA 2I4XA 4N00A 2ER0E 5P0JA 5DQ1A 2FIVA 1A94A 3LINA 4B05A 1ZTZA 2HIZA 3VF7A 1EPNE 5P5XA 5P81A 3BUHA 4D88A 5P0ZA 5P2KA 5P3BA 2V16C 3PSYA 2R38A 5CLMA 2IDWA 4EYRA 4DJVA 4Y5KA 3UQUA 2ZHUA 4J55A 1HVSA 2QMPA 2IGYA 4EP3A 2AOEA 2AOFA 3HAWA 1UH8A 1B5FA 3DJKA 5OZBA 3BVAA 1ZBGA 2ZE1A 3LIXA 4Y3QA 5P66A 1XE6A 4ER2E 5P3LA 4LC7A 3KFRA 3GGXA 3SA7A 1RNEA 2IENA 1AM5A 2A4FA 2IL2A 3UFNA 2WF3A 4JPEA 3JVYA 4J0TA 5P8RA 1J71A 4Y4TA 2VIYA 1HIHA 5KOSA 5P20A 5ER2E 3ZL7A 2V11C 4ZSRA 3SAAA 2WF2A 5P8JA 4J1CA 3VG1A 2QHCA 1FMUA 4WY1A 5ISKA 2NMZA 2NNKA 4RGHA 3TKWA 4DH6A 4H3GA 3APPA 5BWYA 5AH9A 3S2OA 1E82E 4R8YA 2QMDA 3VF5A 5P7EA 1AJVA 2QAKA 1YT9A 3L5DA 2NXMA 5OZ6A 3ZKQA 1IDBA 3L5CA 3INDA 4TRZA 5P4UA 1A8GA 3T11A 3VCMA 5P28A 3PWWA 3GI0A 2ZYEA 4EJ8A 5B18A 5P6ZA 3D20A 5P5SA 2QD8A 1EEDP 5KR2A 5P5AA 4I8ZA 1U8GA 1FF0C 1QRPE 3DOXA 1HBVA 1MEUA 1ZPAA 3HZCA 3TL9A 4FRKA 2AODA 4J1IA 3R2FA 2HPEA 2G69A 2Q3KA 1SMRA 3PGIA 5P06A 4YCYA 4Q1YA 4Z4XA 4AA8A 4LXAA 4J0PA 2I4WA 2J9JA 3O9GA 1NPWA 3PEPA 5P0IA 5DR7A 4B0QA 4M8XA 4YHQA 4L7HA 2IEOA 2ZJLA 4KE0A 3UF3A 1GVTA 3D1YA 3TH9A 1T3RA 5P2BA 3OHHA 2BBBA 1CZIE 3AUPA 1GVUA 1AZ5A 4QJ9A 5P7HA 3BXSA 5P7CA 3LNKA 4QJ8A 1XN3A 2ER6E 5P8LA 3KT5A 4U7QA 2RKFA 1FB7A 4A6CA 3S43A 5OZMA 3EM4A 4RYCA 3VUCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y47 A;  2JE4 A;  4YBF A;  2CEN A;  2IQG A;  4B00 A;  1YM2 A;  2AZC A;  2Q55 A;  4Y36 A;  3SO9 A;  3TPL A;  5OZN A;  5P35 A;  5P6D A;  1BDR A;  3B7V A;  2G1R A;  5OZ8 A;  3OAD B;  5P1L A;  2NPH A;  5ISJ A;  2G94 A;  3NU4 A;  1MER A;  4K9H A;  4I0I A;  2J9K A;  4HDP A;  2RSP A;  2SAM A;  3L5F A;  1KJ4 A;  2IS0 A;  3HAU A;  3WB5 A;  4AA9 A;  3K4V C;  4R5N A;  3S53 A;  5P4M A;  3EKQ A;  5P3I A;  5P8P A;  3F9Q A;  4FRJ A;  2BB9 A;  3BXR A;  5OYW A;  5ER1 E;  1K2C A;  4HE9 A;  4YA8 A;  4Y39 A;  1EBK C;  4RYG A;  1M43 A;  5OZ7 A;  4Y3W A;  3NDU A;  4EHC A;  5OZ9 A;  1G35 A;  3PMU A;  3G6Z A;  4EQJ A;  5P03 A;  2QK5 A;  2V10 C;  1T7K A;  2I0A A;  1LS5 A;  2FDE A;  5P0E A;  5P4S A;  1BXQ A;  3SA6 A;  3ST5 A;  2FS4 A;  4Y57 A;  2HAH A;  1RPI A;  3URI A;  5OZX A;  4J1H A;  2XYE A;  5OZU A;  4MC1 A;  2AOH A;  3R4B A;  1UPJ A;  3OOZ A;  1BV9 A;  1MTR A;  3T7P A;  2O4P A;  5P04 A;  3MXE A;  3RU1 A;  5P85 A;  5P00 A;  3KN0 A;  4R91 A;  4H3F A;  2P4J A;  3MXD A;  5IS4 A;  3ZKM A;  4DJX A;  3UDM A;  5P6O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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