5P88A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 341
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p88A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p88A01
2WL0A 1MESA 4J1CA 1OD1A 3OAGA 5P33A 3OOZA 5DGWA 3VYDA 3PCZA 1E81E 1TCXA 5P88A 4CMSA 1EC1A 2QD8A 2R3TA 5P2GA 5P67A 3INFA 4RZ1A 3AIDA 3CKTA 4LXKA 3EL5A 3D91A 3EKYA 5HTZA 1D4KA 3BUGA 3LIQA 1YTGA 1ZSFA 5OYQA 5HDZA 5P3WA 3G70A 4Y5CA 3UQPA 1ZAPA 4OC6B 4DJYA 5P7NA 5P5UA 1HTFA 4NPUA 1G0VA 4J1EA 5P82A 3CYXA 4DJUA 1HRNA 1E82E 4CKUA 1GKTA 2BBBA 2B60A 2AOEA 4HDBA 2P3DA 1YTJA 5P0BA 5DR3A 1SDVA 1Z1HA 4E43A 1T7KA 5P2CA 5P06A 3PI0A 3OU4A 5P60A 3IXJA 3UQUA 5AH9A 4OBKA 5P5IA 3GGAA 2I4UA 2R5QA 4Y5GA 5P2OA 5P7FA 2G94A 4GJCA 3HVGA 2AVQA 2R3WA 4FCOA 4FM7A 5HE4A 5P12A 3DV1A 7HVPA 3OQAA 4Y5BA 4Q1XA 4B72A 5P4VA 4YCKA 2PSUA 1ER8E 1LYWB 3UQRA 3D20A 4Y9WA 3OGQA 4ER2E 3DV5A 3LZUA 5P6VA 4JPCA 3IVHA 2I0AA 3OUCA 4DVFA 3L5EA 1XE5A 2R5PA 4B1DA 4Y3ZA 4IVTA 4LXMA 3NU6A 3NXEA 1MVPA 4Y3JA 3G6ZA 2OHPA 1C6YA 5P22A 5P7YA 2OHNA 5P5NA 3B7VA 1B6MA 3INHA 4J0TA 4EYRA 5OZXA 5I3WA 1XL2A 4ZPFA 2G1RA 5P44A 4Y4UA 3RTMA 5P5BA 4OBZB 4J0YA 1AJVA 1NPVA 3LINA 4Y3WA 3TH9A 2PYNA 2FGVA 2VIZA 3QBHA 2HAHA 1WKRA 3U71A 3SACA 4QJ9A 2ZDZA 2IGYA 2PWCA 4FSLA 5P1FA 2R8NA 4B05A 5P56A 3SM1A 2PQZA 3ZPSA 3BXSA 2B42A 4L6BA 2XFIA 5P2XA 4EWOA 1ODXA 5HVPA 5P43A 4BFBA 5P3OA 5P7TA 3LZSA 5SZ9A 4YD4A 5P73A 3NUOA 3EL1A 5OZ7A 2H6SA 2OHUA 3S7LA 5P7QA 4DQHA 3NU3A 5P2EA 3PGIA 3FNSA 1UPJA 3LZVA 3MSLA 1GVWA 4H3JA 5P70A 5P4KA 3S7MA 1TSUA 1FQXA 1SGUA 5P6NA 4J5JA 5DQ2A 5APRE 5HD0A 1HHPA 1C6XA 1W5VA 2NMZA 2O40A 2B7FA 3D1XA 3RSXA 5P0KA 5HCOA 1F7AA 5KR1A 3CYWA 5SY3A 2QMFA 2QZKA 5P3IA 3PBZA 5P0LA 5P4QA 3OK9A 4I12A 1HWRA 3OWNA 5AH8A 4BEKA 3OY4A 2IGXA 3KFSA 5OZ8A 3PI5A 2QD6A 1XN3A 5OYXA 1IBQA 4FGXA 4DJVA 4K9HA 5KQYA 5I3XA 2QU3A 2AOGA 5P4PA 2ZJHA 1MT9A 3URIA 3SA8A 4DUSA 4Y43A 5P14A 1KJGA 3QBFA 4LL3A 4HZTA 5P7HA 3R4BA 5P1VA 2I4DA 1K6VA 2AZ8A 3LPIA 5JODA 3O9GA 3L3AA 2AOJA 2G1NA 4NPTA 2ZJIA 4HA5A 4DJQA 7UPJA 5P4DA 5P66A 5P64A 1GNMA 2OHSA 1BIMA 4RVIA 2XFJA 3VEUA 4DJPA 4TRWA 2HC0A 4FIVA 4LHHA 5OZVA 5P0XA 1HEFE 2OHLA 1PROA 1D4YA 3SKGA 1B5FA 2V00A 3O9AA 5P6UA 5JFPA 4F74A 4Y5KA 4EXGA 1EPQE 5OZGA 3EKTA 4YA8A 4EQJA 3OUAA 4YD5A 1W6IA 4ACUA 2G24A 2ZJLA 5P4RA 5P20A 4CP7A 1FQ5A 5OZKA 2FXDA 1FMUA 1QDMA 1VIKA 1BWAA 1HTEA 4X7IA 3OHHA 3OU1A 5P38A 3JVWA 5P0EA 1ZP8A 1NH0A 1AIDA 3GGXA 5DGUA 2V16C 3PSYA 4EHCA 5P7PA 4I0JA 1PSAA 3OADB 5P6RA 4Z2ZA 3RVIA 1K6TA 5P58A 2NTRA 4Y3MA 1LZQA 5P3AA 3ZKGA 1B6LA 2FNTA 4Z22A 4ZSMA 3L5BA 4Y4JA 1WBMA 2WECA 3KN0A 3CIBA 3OGPA 5P1CA 4U8WA 1HEGE 2AIDA 1IDAA 3TPLA 4Y5EA 4LXAA 2FNSA 5P6SA 5COPA 5P2QA 4JECA 5P7DA 5AHCA 5P6EA 2HPFA 4J0ZA 5P8UA 4TVHA 4ZLSA 2BPWA 3EKWA 2IEOA 4Q5MA 4J1KA 1GVUA 5P34A 4N00A 2OAHA 1FQ7A 3NLSA 3SM2A 1A8KA 1MUIA 2ZHRA 5P5OA 5IVQA 4FM8A 1A8GA 5P5PA 2P3BB 3RTHA 4Y6MA 5HU0A 5ER1E 5OZPA 3NYGA 2VA6A 5P0SA 5OZTA 5P3KA 4J55A 3OQDA 3TOFA 4Y54A 4ZPEA 3ZPTA 1C70A 5P04A 3LIXA 1HVCA 5OYTA 5P31A 1W6HA 5P62A 1YTHA 5P7UA 2RENA 5OZWA 1E5OE 3VFAA 1KJFA 3N4LA 2ZJJA 4D85A 1MRWA 5P0TA 4TRZA 2A1EA 4Y4DA 3TPPA 4JPEA 4RLDA 3MSJA 4K4QA 1PPKE 4M8XA 3K5CA 3PEPA 4CPSA 5P3RA 3GI5A 2O4PA 5P11A 3JW2A 2OHMA 1RV7A 3LZYA 2ZJNA 5P15A 3UCBA 2SAMA 3OXWA 4QLHA 1OEXA 4IVSA 4DFGA 5P0UA 5P0VA 3PWMA 5IVSA 4Q1NA 1FFIC 1FG8C 1UH9A 5P3VA 3FIVA 4Y36A 5P08A 1HOSA 4FAFA 2PC0A 4YOBA 1EBKC 1ZPAA 3OUDA 1EPLE 3R2FA 1D4IA 3KM4A 4MC9A 4FRIA 2G1YA 2ZHUA 4Y3EA 1F34A 4FRSA 5P4IA 5P6XA 5CLMA 5P79A 4CPXA 3NWXA 1SIVA 2RMPA 4L1AB 4I0GA 5P71A 3OHFA 2CENA 2QI5A 3IN4A 4Y57A 5P55A 1FG6C 4FAEA 2OHRA 5DQ4A 1KJHA 4DJWA 3FV3A 3O9LB 3U6AA 4Y37A 1HSGA 5OZFA 5P7ZA 4EP3A 2AQUA 1T6EX 4XKXA 1T7JA 2HB2A 4L7HA 5DQCA 2PWRA 4DH6A 3KA2A 2ER6E 5P7BA 1M0BA 4GJBA 2WEZA 5P1AA 5P7VA 3DOXA 5OYWA 5P6MA 3URJA 3IA9A 5P30A 3BGBA 2BPYA 1IZHA 1IVPA 2XYEA 5P76A 3ST5A 4DJOA 3L58A 3IXOA 1FEJC 2QZLA 4R8YA 4I10A 5P5QA 4GJ5A 5P26A 3NDTA 2VIJA 5P2LA 2QMPA 5P6KA 2NNPA 5P0AA 1QBUA 2G26A 3SAAA 1FLHA 4YOAA 4XXSA 1EC0A 5OZMA 3PJ6A 4GMIA 2AOFA 4R95A 5KR0A 3O9IA 1AAQA 2VA5A 3I6OA 2G21A 1BVGA 2G69A 2PSGA 4Y3XA 2JE4A 5P2SA 1EBWA 5P3DA 5ENMA 5P2FA 1GNOA 4KE1A 4YCTA 4DQBA 2OHQA 5P4HA 5P85A 1T7IA 2ZGAA 5P5JA 5P4OA 1AJXA 3AUPA 5OZ1A 5JG1A 1MEUA 2O4SA 1M4HA 3VCMA 1RNEA 5P03A 4Y48A 1TCWA 3BXRA 5P0CA 3BGCA 5P6BA 3VSXA 4Y4ZA 5OZEA 4YHQA 3ZKIA 1HIVA 5P24A 4Y3LA 5P0OA 2WF4A 3VV7A 5P6ZA 2G20A 5OZQA 2VNNA 4GJ7A 5P7GA 5P4JA 1META 1GVVA 5P8HA 1DMPA 1TQFA 2J9JB 5P8PA 3S2OA 4X2LA 4AMTA 2AVVA 3QRVA 5P8RA 5P49A 4S1GA 3NU9A 1M43A 1MTBA 3ZKMA 5P1YA 1MIQA 4Y58A 5OZBA 5P8AA 2IQGA 4XX3A 5P1BA 3PB5A 1FMBA 3EL9A 5P2KA 3S54A 3HW1A 5P8FA 5COOA 1SDUA 4DJRA 3NDXA 4Y53A 4QGIA 4CPWA 3TOGA 3T11A 5P02A 4GJDA 5P4BA 1HTGA 2B7ZA 3BVBA 3PWWA 5P74A 2R9BA 3EKXA 5OZ3A 5P68A 1G6LA 4OC6A 5P8DA 1A94A 4LC7A 1YM4A 3RTNA 5DR1A 4QJ7A 4Y4XA 5HDUA 3QVIA 3TPJA 1FQ6A 4Y3SA 5P4YA 4GJ8A 2I0DA 3MXEA 5P2MA 3UDQA 4GYEA 2WF1A 3UQXA 2FDDA 1BV7A 5ISKA 5P7EA 1FQ8A 5P0NA 4FM6A 1JLDA 5C9BA 4RVXA 2IDWA 3S43B 3S56A 1Q9PA 2Q55A 3SA6A 1FMXA 1HSHA 4Y44A 5P5EA 5P2BA 4DPIA 2O4LA 3PHVA 4BFDA 5P0QA 2G1SA 2EWYA 1IVQA 1C6ZA 1PFZA 4PPHA 5P5LA 4B00A 5HU1A 4Y3PA 3GW5A 5IVRA 4Y4AA 2AZCA 1CPIA 4Y4WA 5OZ4A 3OXXA 3LIVA 5P39A 2QK5A 4Y4BA 3TNEA 3PWRA 4HVPA 4R92A 5P5SA 1SIPA 1BWBA 4OD9B 5P78A 5P8BA 1AVFA 3IVIA 2BB9A 3TLHA 1LYWA 2QI3A 1HBVA 5P0GA 4RRSA 5P28A 4EJLA 3NDUA 5P8EA 2P3CA 1B6KA 2WEAA 1UH7A 5P3YA 5OZIA 2Q64A 1APTE 3KF0A 3K4VA 5OZUA 4Y51A 3KFNA 2A4FA 1BVEA 3B80A 5P4WA 4D8CA 5P6YA 3SA5A 1E80E 3INDA 4KUPA 2WF2A 3A2OA 1YG9A 5P0ZA 1A9MA 3EC0A 5P5ZA 1SMRA 5P2NA 3UDHA 4CPUA 2AOIA 3CKRA 3MSKA 1MSNA 4QJAA 2AVOA 2WF0A 2FLEA 3ZKXA 2I4VA 3O9CA 4OBZA 4I0EA 3QPJA 1DIFA 2XFKA 4J1HA 3FX5A 5CONA 3FSMA 4EQ0A 1BBSA 3BHEA 3S85A 2JYSA 5P72A 4TRYA 4RYGA 2QMDA 5P13A 5P3CA 1LF3A 5P3FA 2UXZA 2FDPA 4APRE 3NWQA 4QJ6A 4RCFA 5OZJA 3K4VC 4Y5LA 3D1YA 5P4NA 4Q1WA 4YD7A 5KQXA 2Q5KA 2ANLA 2NXLA 3QIHA 5P0FA 2PK6A 4K4PA 2QD7A 2RKGA 4Y3QA 4FSEA 5P1XA 1DPJA 5OZ0A 2V13A 5P7IA 4Y3YA 5OZHA 5P17A 1FB7A 1LYBB 1SBGA 3PLLA 4HDFA 1B6JA 3WZ6A 5IS4A 1XS7D 5SY2A 3UFLA 4K8SA 1B6PA 3LIYA 1HPOA 4FRJA 5BS4A 3QP0A 1SMEA 4DV9A 1MT8A 1BDQA 5P6QA 3VV6A 4FL8A 3S8IA 1EBZA 5HCTA 5P6IA 3SKFA 5P5XA 3N3IA 5P1LA 3CIDA 5PEPA 5P8NA 3JVYA 5P48A 1CZIE 3VYFA 3ZKQA 5P75A 2F81A 3CMSA 1DAZC 1FGCC 4DPFA 2ZJKA 5OZDA 2FXEA 5DQ1A 2PMAA 5ER2E 4B1CA 2JJJA 4EPJA 5P4TA 3K5GA 5I3YA 3HD8A 3SO9A 4I11A 2NMYA 3LITA 5P0MA 4I0ZA 3VG1A 3NR6A 3VF7A 3ZKNA 3GGUA 3O9BA 4ZIPA 3SA4A 4DJXA 4MC2A 3M9FA 3PBDA 2ZJMA 5P6AA 1SGZA 1ZLFA 5OZSA 4R93A 3VF3A 3GGVA 5P2VA 2PH8A 5P25A 1ODWA 3GI0A 3EM3A 5ENKA 3WZ7A 2QI6A 4ZSRA 1LYAB 5KR8A 1XDHA 1HTRB 1KJ7A 5P6FA 5P1ZA 4RCEA 2AOHA 3IN3A 1NPWA 2P83A 2B8VA 3I2LA 1MT7A 5P5KA 1IZIA 4NJSA 4Y3HA 2VJ6A 2PSVA 2I4WA 2I4QA 3LNKA 4NJTA 5P1EA 3VUCA 5UPJA 4Y5AA 5DPZA 5P7AA 2P8HA 5P54A 2HPEA 1YM2A 2I4XA 5P6CA 2FMBA 5P8VA 3UTLA 3QVCA 1LS5A 3HVPA 3Q5HA 3Q70A 2QZWA 4HEGA 5OZOA 1GNNA 3NU4A 2BKTA 3T6IA 3TOHA 2UPJA 5DQ5A 3G72A 3INEA 1IZEA 4Y50A 3OADA 3H0BA 3WSJA 5P0YA 3UDKA 5P6DA 2V10C 5P37A 3EXOA 3LHGA 4U7VA 6APRE 3BUHA 2AZBA 2R43A 4ER4E 5IE1A 2QP8A 2V12C 3ZL7A 4HE9A 1ZPKA 5P6GA 5P7KA 4U7QA 2AVMA 1EBYA 4GIDA 5DR4A 1PPME 1XN2A 6FIVA 1ZJ7A 1UH8A 5P3SA 2NPHA 5JFUA 1NSOA 5P3GA 3TL9A 2FGUA 5OZAA 5P50A 5OZ2A 5OZ9A 8HVPA 2QI1A 3PCWA 4A6CA 3URLA 4OBJA 3EM6A 3EMYA 2CEMA 3UPJA 5P4MA 4QJ2A 1SP5A 5C9FA 4JOOA 5P5HA 5P6LA 2IKUA 3C9XA 2B8LA 3OAGB 5KQFA 1W5YA 3Q3TA 2P3BA 4H3FA 1RL8A 3RSVA 4WY6A 2Q3KA 4QJ8A 5P6WA 2AOCA 5P6TA 1YTIA 3CKPA 1HVSA 1K2BA 4AA9A 3R0YA 1APVE 3PM4A 1LF4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WL0 A;  1MES A;  4J1C A;  1OD1 A;  3OAG A;  5P33 A;  3OOZ A;  5DGW A;  3VYD A;  3PCZ A;  1E81 E;  1TCX A;  5P88 A;  4CMS A;  1EC1 A;  2QD8 A;  2R3T A;  5P2G A;  5P67 A;  3INF A;  4RZ1 A;  3AID A;  3CKT A;  4LXK A;  3EL5 A;  3D91 A;  3EKY A;  5HTZ A;  1D4K A;  3BUG A;  3LIQ A;  1YTG A;  1ZSF A;  5OYQ A;  5HDZ A;  5P3W A;  3G70 A;  4Y5C A;  3UQP A;  1ZAP A;  4OC6 B;  4DJY A;  5P7N A;  5P5U A;  1HTF A;  4NPU A;  1G0V A;  4J1E A;  5P82 A;  3CYX A;  4DJU A;  1HRN A;  1E82 E;  4CKU A;  1GKT A;  2BBB A;  2B60 A;  2AOE A;  4HDB A;  2P3D A;  1YTJ A;  5P0B A;  5DR3 A;  1SDV A;  1Z1H A;  4E43 A;  1T7K A;  5P2C A;  5P06 A;  3PI0 A;  3OU4 A;  5P60 A;  3IXJ A;  3UQU A;  5AH9 A;  4OBK A;  5P5I A;  3GGA A;  2I4U A;  2R5Q A;  4Y5G A;  5P2O A;  5P7F A;  2G94 A;  4GJC A;  3HVG A;  2AVQ A;  2R3W A;  4FCO A;  4FM7 A;  5HE4 A;  5P12 A;  3DV1 A;  7HVP A;  3OQA A;  4Y5B A;  4Q1X A;  4B72 A;  5P4V A;  4YCK A;  2PSU A;  1ER8 E;  1LYW B;  3UQR A;  3D20 A;  4Y9W A;  3OGQ A;  4ER2 E;  3DV5 A;  3LZU A;  5P6V A;  4JPC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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