5P8KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 353
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8kA01
4Y54A 4Y4AA 5P7BA 3ZKXA 5HCOA 5P2QA 4XX3A 2FNSA 4ACUA 4DPFA 2ZHTA 5P7TA 2P3BA 1GVWA 3DOXA 5OYZA 1TCXA 5P7CA 1ZSRA 2VIEA 3R0WA 3EM4A 4Y6MA 1QBRA 4Y5MA 2B7FA 4TVHA 5P4GA 5P6JA 5P8UA 3KFSA 5P05A 5OZHA 5P2BA 2FS4A 1E80E 2XYFA 3OXXA 4ZPGA 5P08A 2QZXA 2PMAA 1B6LA 1DPJA 5P5JA 4IVSA 5P53A 5P7ZA 1SIVA 4Y3FA 4GYEA 3OHFA 1YM2A 2I1AA 4Y5EA 2V10C 4EP3A 1FG6C 2H6TA 4Y38A 1EPME 4Y39A 3PVKA 1K2CA 3GI4A 5OZBA 5KR0A 4CPRA 3SPKA 3TKWA 3L38A 2J9JA 3UDMA 5KOSA 1FFIC 5P2JA 3O99A 1RPIA 1LYAA 1EBYA 5P1WA 5P5DA 2V13A 4AMTA 4HEGA 1PPME 4EJ8A 4EXGA 5P3GA 5OZAA 1HTRB 4Y3GA 5P80A 3EKXA 1QDMA 2J9KA 3S54A 1ZPAA 2QHZA 2I4WA 1HPOA 3OU1A 3ZMGA 5P1XA 3Q70A 5P4TA 1B5FA 1FQ4A 3GGUA 5BS4A 1ZLFA 2I0AA 1WBMA 3OK9A 5HD0A 3VLBA 1AM5A 1HWRA 1EEDP 4Y57A 3OOZA 3URJA 1B11A 5P4HA 4I12A 4HVPA 5DQ2A 3SA5A 2AODA 5P0XA 3SA9A 4Y50A 5P60A 4OBHA 2R5PA 4J1IA 4ER1E 5P2ZA 1K1UA 3VF3A 3VUCA 5ISKA 4FSLA 5P1NA 5P17A 2IQGA 1D4KA 5P88A 2Q5KA 5IVTA 1NPVA 5P1JA 3GGVA 5TOLA 3RTHA 3TPPA 4BELA 3NU6A 5P31A 2B8VA 2BPXA 5P77A 4ZLSA 2QNPA 2VIZA 1QBUA 5DR3A 2VA6A 5P8AA 1BIMA 5P79A 1MSNA 2FGVA 4FL8A 5P0MA 2FDDA 3SA3A 4Q1YA 2RMPA 2ZJHA 3CMSA 5DGUA 3UDRA 3OXWA 4GJDA 1KJGA 1BVEA 4U7VA 1HSHA 3OWNA 2RKFA 3CKRA 3KT5A 5P61A 1ODWA 3O9CA 2ER7E 3VEUA 4J5JA 3OAGB 1K6VA 1K1TA 3IN3A 2R38A 1GVVA 5P39A 2WJOA 1FQ7A 5IVQA 4QGIA 1B6MA 3S8IA 3QS1A 5P11A 5P66A 5P0LA 4AA8A 3ER3E 5OZ5A 4YE3A 3Q3TA 5I3WA 1YX9A 2B60A 5P8LA 3TOFA 1W50A 5JODA 1MT7A 2IS0A 5P4CA 3UTLA 3OU3A 5P51A 4YD6A 3NDUA 4HE9A 5P8CA 4AZYA 3OADB 2O4NA 4FE6A 1KJ7A 2F3EA 2NTRA 5P3FA 4B00A 5F00A 4NJVA 2HPFA 4OBKA 1IDAA 1M43A 2B7ZA 4Y3QA 4ER4E 3PWMA 5AH9A 5P8NA 2QI3A 3O9AA 4Y41A 2HM1A 3SACA 3KF0A 5P2WA 5E5KA 3OUBA 1T7IA 4CPQA 5PEPA 3EM6A 5P4UA 2IEOA 3U71A 2Z54A 4Y37A 4YCKA 1HIIA 1ODYA 5P7OA 4JECA 4Y35A 3KFPA 3MXDA 5P7KA 3EBZA 1PSNA 4PEPA 5P7UA 2P8HA 3CYWA 1D4YA 5P5NA 3AUPA 2ASIA 5I3VA 5P7XA 4B72A 4RRNA 5P4KA 3DUYA 1MRWA 3IXJA 3L5BA 4DQHA 1FG8C 5P3TA 5P24A 3UDNA 5P37A 5P83A 2R43A 3CIBA 3PCZA 1CPIA 1MESA 5P3RA 5P29A 3INDA 4K9HA 5P0ZA 5P68A 5P6TA 5P8IA 1KZKA 1KJ4A 3NDTA 4NPTA 4DQEA 4LC7A 5BWYA 3NDXA 2WEAA 2QI7A 3NYGA 5P8JA 1GVTA 4LXAA 3UDPA 3K4VC 4GJ7A 5P4YA 5ER2E 1DMPA 1EPPE 3RTMA 5P3XA 2AOJA 4BFDA 3OGQA 2OHQA 5P12A 3ECGA 5P7FA 5P8PA 3SO9A 1ZPKA 4IVTA 3OXCA 5P6DA 5SY2A 3NDWA 3PSGA 3UFNA 3NUJA 4RCFA 1Z8CA 5P2UA 4Y4XA 9HVPA 2AOIA 5P63A 5AH7A 3Q5HA 3ZKQA 3UQUA 1APTE 2QD6A 4TRWA 5P62A 1AZ5A 4K4PA 1BDRA 1LF3A 5P5HA 1ZAPA 2QK5A 5ENKA 5P6KA 1SMEA 5P7JA 5P1VA 5P1TA 1IZHA 5P6UA 1LV1A 4OBZB 4L7GA 3TH9A 2ZHUA 2ZE1A 3B7VA 5P4RA 4DJQA 1BV9A 5KQZA 1NPWA 1RL8A 2QZWA 1FF0C 2Q54A 4WY6A 3BXSA 2OHPA 5P0AA 1D4JA 3TTPA 3EKWA 1E82E 4Y47A 5P42A 5KOQA 4APEA 3PMYA 5KQXA 1Q9PA 5P6OA 5P6HA 2QMDA 2R3WA 2AVOA 4YD4A 4RROA 3I6OA 4Y48A 4K8SA 3NU9A 2G69A 2NNKA 3HVPA 5P4PA 1HEGE 1SDTA 3DV5A 4HDPA 1XE6A 3VV7A 4OC6A 1XL5A 4I0JA 1HVIA 3LPIA 5P4EA 4R91A 3CIDA 2WEBA 1APVE 3ZKIA 4OBGA 4RGHA 4J0TA 2PK6A 5P8QA 2CENA 3OOTA 5P1MA 3U7SA 1LS5A 3S56A 4GJAA 3L59A 4DJOA 5P8RA 1EBKC 3QIHA 1B6JA 5P8FA 3EMYA 2OHRA 5DQCA 5P22A 5AHAA 1FLHA 1HSIA 4COEA 2JXRA 2P3DA 1HIHA 3QI1A 2J9JB 5P2IA 3IXKA 2B8LA 2NMZA 1U8GA 4Y3PA 3CICA 2AOGA 5P06A 5P8HA 1LYAB 3NXNA 1EAGA 2BPVA 2IKUA 1MUIA 2NXMA 1TZSA 1MSMA 3HVGA 5JFUA 4ZIPA 2AVVA 4Y45A 2HB3A 2NR6A 3OU1B 5HE5A 2IL2A 4Q5MA 4PZXA 2UPJA 5P5VA 5P1FA 3FNTA 5P1RA 4HA5A 5P6IA 1YTIA 5P6XA 3T3CA 5EZZA 3NSHA 3VV6A 1PPLE 2BPWA 3A2OA 3RTNA 4Y43A 2VNNA 4U8WA 5P3AA 2JE4A 3N3IA 2Q64A 6APRE 1MRXA 5P4LA 5OZ6A 5P49A 5P7MA 3CYXA 5P2NA 1N49A 1T7JA 3TOHA 5P4QA 5P15A 3NU3A 5AH8A 4RVXA 3PLLA 3URIA 4ZE6A 3TKGA 2ER9E 3D1XA 3R4BA 2HS2A 4KUPA 1TQFA 1EPLE 3KDBA 5P2RA 3K1WA 5P6VA 1BBSA 5HVPA 4Z22A 1C6YA 4DQBA 5P2DA 1HVLA 5P2YA 5P4IA 2NPHA 1M0BA 4CP7A 4KB9A 5P5ZA 1AAQA 1EC0A 4A6BA 4Y44A 2FDEA 3ZL7A 3KDCA 1CZIE 4APRE 5T4SA 5F01A 4J1KA 5P5IA 3TL9A 2G1RA 5P5EA 4EJKA 5P7DA 4Z4XA 5P3HA 1VIJA 5P33A 5P6EA 2OHSA 3HDKA 2VS2A 5P3LA 5OYUA 4F75A 5AGZA 3K5GA 3SKGA 2QI1A 4TRYA 2AIDA 3L5DA 2PYMA 4L1AA 5P6CA 3OQAA 3MXEA 5OZOA 3ER5E 1SH9A 5P3IA 2G27A 4Y5GA 4Y5NA 4J0YA 5DQ1A 4Y4UA 4H3IA 5OYRA 3I7EA 1SIPA 2P83A 2G26A 4FAFA 3O9BA 5P85A 4Y3YA 2ZHSA 4HZTA 1TCWA 5OZLA 1GVXA 2XFKA 3APPA 2OHKA 5OZYA 5P4JA 5OZQA 5P1GA 1T7KA 3KA2A 3DJKA 4ZSQA 1GNOA 1LYWA 5P1OA 5HDVA 2Z4OA 4CPXA 3LIYA 1OEXA 5P5RA 2ANLA 2WL0A 4J1EA 2HS1A 4FRSA 3EL1A 5OZJA 3LIVA 3VF7A 5P2MA 5HDXA 5P3OA 2I4VA 3FSMA 3QRVA 5P34A 4ZPEA 5P8OA 4DJVA 5P02A 4EQ0A 5P0NA 1B6PA 5COKA 1IDBA 3ZKMA 5OZTA 1HRNA 2VA7A 2IGYA 4I8WA 5P4WA 5OZMA 4Y3WA 4CMSA 2R8NA 5IVSA 4YD7A 3INEA 1K6CA 2PH6A 5P18A 5DR0A 1HVKA 3NLSA 3QBHA 5P30A 5DR1A 1SBGA 5P5KA 2SAMA 3BUGA 3LIZA 2AZCA 5COPA 1RV7A 2HPEA 3U6AA 5P0RA 2OHTA 4DV9A 4RLDA 1EPQE 3TPRA 1EPNE 6FIVA 4Y4ZA 5P1DA 4DJWA 1HVJA 5DQ5A 1UH9A 2UY0A 3I8WA 4L7HA 3SA4A 5P0DA 2ZHVA 4GJ5A 8HVPA 4ZEAA 4XKXA 3EXOA 3T11A 1YTJA 3PWWA 4Y4JA 1IZEA 2PH8A 5OZXA 3BXRA 4MC6A 5JG1A 2F3FA 1DW6C 5P0PA 4B1EA 2QNQA 4GJ8A 2ZYEA 5DQ4A 5P67A 5P04A 1BWBA 2QZKA 3EL9A 1YT9A 3T7PA 4Y58A 5P45A 4MC2A 1MT9A 2QI6A 1LEEA 1CMSA 4A4QA 3GI0A 4J1CA 4B0QA 5P7AA 5OZNA 1GNMA 3NU4A 3VYFA 5P75A 4Y3JA 3PBZA 3LZSA 2QNNA 5P59A 5P8EA 2FXDA 1IZIA 5P7RA 5E5JA 5P1SA 5KR1A 3HAUA 5P1KA 5P0IA 2HB4A 3GI6A 5I70A 3ZLQA 3D20A 3EKPA 5P7LA 2ZJMA 5P0YA 5OZIA 5P0CA 1SGZA 5P71A 3LNKA 1W6IA 3SM2A 5P2EA 5P65A 4EXHA 4Y9WA 3PB5A 4OC6B 2V00A 2G20A 1EBWA 4TVGA 4RVIA 5EZXA 3B80A 5DR7A 5OZDA 3KT2A 4A6CA 4DFGA 2OF0A 3APRE 2BKTA 3R2FA 3K5FA 1C70A 4J1HA 2ZJIA 4Y4EA 3OUAA 4Y5PA 4YCTA 2FNTA 1D4SA 2ZHRA 4YD3A 2G21A 2O4KA 4X2LA 2B42A 3O9IA 5P2SA 4Y5CA 3H5BA 1FFFC 5P7IA 3FIVA 5P3DA 3WSJA 5KR8A 5P8DA 3KYRA 1LYBA 5P6PA 2RSPA 1SDVA 1OEWA 3L5CA 1ODXA 4LP9A 3VSWA 5OZ9A 5JFPA 3SA6A 2WEDA 4H3JA 3HZCA 2G94A 5P5QA 3NUOA 3OUCA 3LZVA 4RCEA 1FMXA 4YBFA 4I1CA 4LXKA 1HTFA 3EL0A 1IBQA 1ZJ7A 1A9MA 1WBKA 3FNUA 3NWXA 5P7VA 4QJ7A 5P32A 2OAHA 5OYXA 3CKPA 5P4MA 1UPJA 2WF0A 1HPXA 2QMFA 3D1YA 2G22A 1MT8A 2XFIA 3OXVA 5P2AA 2BPYA 4YBIA 5P26A 4EJLA 4GIDA 2BBBA 5P5MA 4Y3MA 3KFRA 4PZWA 5P6AA 4YA8A 5OZZA 1BV7A 5P48A 2O4SA 4FRIA 2R9BA 3I2LA 5P72A 3EL4A 4DH6A 4DQGA 1XN2A 3OUDA 2VIJA 4WY1A 1FQ8A 1IIQA 2I4UA 5P1EA 5P47A 3PI0A 1YG9A 5P28A 3QN8A 4KE0A 5P5LA 1BXOA 3SQFA 4N00A 3DV1A 1M4HA 5P6RA 5P46A 4MC1A 3NXEA 4HLAA 3SA7A 4Y51A 5OZKA 2AVQA 4FIVA 4Y3ZA 3O9DA 1W5YA 5SZ9A 4J0VA 4RYCA 1MTBA 3D91A 4OD9A 2Q11A 2AQUA 5FIVA 1HTGA 5P27A 3NWQA 4YD5A 3G70A 5P3EA 3K5DA 1NPAA 5P5BA 3T6IA 5P6LA 3LIXA 4FS4A 4EWOA 1YTHA 2CEJA 5IVRA 3I25A 1W6HA 5P09A 3DCKA 3MSLA 1HVRA 2VJ9A 5P82A 5OZSA 4GB2A 2G1NA 4D88A 3OTYA 2QCIA 5P8KA 3SKFA 1HEFE 7HVPA 3HD8A 5C9BA 4I0DA 1APUE 4L1AB 2JJJA 3OQDA 5P3PA 2NMYA 1PROA 4AA9A 1PFZA 5OYTA 2FXEA 3BUFA 3BVBA 2P3BB 5OZRA 3LZUA 4R93A 5P6GA 2QU2A 3KMXA 2JJIA 4FM6A 5P57A 3QVCA 2HAHA 2PSGA 1MIQA 4Y3TA 1APWE 3WB5A 2VA5A 2JYSA 1ZBGA 3TOGA 4D83A 5P35A 2FMBA 3S2OA 5P5CA 4NJSA 2I4XA 1FB7A 5P4XA 1YM4A 3FNSA 1XE5A 4FM8A 3LPKA 2BB9A 1LYWB 5P13A 5P3ZA 4MC9A 4CKUA 4B1DA 1BDLA 1C6ZA 4X7IA 5P7PA 5P3KA 3VG1A 1D4HA 3PBDA 3UHLA 1A94A 1PPKE 5P41A 2VIYA 5OYSA 3OU4A 2OHMA 3UQPA 1AIDA 5DGWA 5DPZA 4FM7A 5SY3A 5P1HA 3UQWA 3O9GA 1BXQA 5P3JA 1LF4A 5P2XA 3UQRA 2IENA 4JP9A 3TPJA 5P36A 3VYEA 1HIVA 4ZSPA 1T6EX 3PGIA 5P2OA 5P7HA 5OYVA 5P5PA 2AVSA 1VIKA 5P6ZA 3OY4A 4HDBA 1JLDA 3EKQA 1B5FB 1W5WA 4Y3XA 5P50A 2FLEA 4R92A 5P3WA 5P0WA 3Q6YA 3O9LA 4ZSMA 5P2GA 3IA9A 5P86A 5P5GA 3CKTA 5P25A 2P4JA 3VCMA 2Q63A 3VSXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y54 A;  4Y4A A;  5P7B A;  3ZKX A;  5HCO A;  5P2Q A;  4XX3 A;  2FNS A;  4ACU A;  4DPF A;  2ZHT A;  5P7T A;  2P3B A;  1GVW A;  3DOX A;  5OYZ A;  1TCX A;  5P7C A;  1ZSR A;  2VIE A;  3R0W A;  3EM4 A;  4Y6M A;  1QBR A;  4Y5M A;  2B7F A;  4TVH A;  5P4G A;  5P6J A;  5P8U A;  3KFS A;  5P05 A;  5OZH A;  5P2B A;  2FS4 A;  1E80 E;  2XYF A;  3OXX A;  4ZPG A;  5P08 A;  2QZX A;  2PMA A;  1B6L A;  1DPJ A;  5P5J A;  4IVS A;  5P53 A;  5P7Z A;  1SIV A;  4Y3F A;  4GYE A;  3OHF A;  1YM2 A;  2I1A A;  4Y5E A;  2V10 C;  4EP3 A;  1FG6 C;  2H6T A;  4Y38 A;  1EPM E;  4Y39 A;  3PVK A;  1K2C A;  3GI4 A;  5OZB A;  5KR0 A;  4CPR A;  3SPK A;  3TKW A;  3L38 A;  2J9J A;  3UDM A;  5KOS A;  1FFI C;  5P2J A;  3O99 A;  1RPI A;  1LYA A;  1EBY A;  5P1W A;  5P5D A;  2V13 A;  4AMT A;  4HEG A;  1PPM E;  4EJ8 A;  4EXG A;  5P3G A;  5OZA A;  1HTR B;  4Y3G A;  5P80 A;  3EKX A;  1QDM A;  2J9K A;  3S54 A;  1ZPA A;  2QHZ A;  2I4W A;  1HPO A;  3OU1 A;  3ZMG A;  5P1X A;  3Q70 A;  5P4T A;  1B5F A;  1FQ4 A;  3GGU A;  5BS4 A;  1ZLF A;  2I0A A;  1WBM A;  3OK9 A;  5HD0 A;  3VLB A;  1AM5 A;  1HWR A;  1EED P;  4Y57 A;  3OOZ A;  3URJ A;  1B11 A;  5P4H A;  4I12 A;  4HVP A;  5DQ2 A;  3SA5 A;  2AOD A;  5P0X A;  3SA9 A;  4Y50 A;  5P60 A;  4OBH A;  2R5P A;  4J1I A;  4ER1 E;  5P2Z A;  1K1U A;  3VF3 A;  3VUC A;  5ISK A;  4FSL A;  5P1N A;  5P17 A;  2IQG A;  1D4K A;  5P88 A;  2Q5K A;  5IVT A;  1NPV A;  5P1J A;  3GGV A;  5TOL A;  3RTH A;  3TPP A;  4BEL A;  3NU6 A;  5P31 A;  2B8V A;  2BPX A;  5P77 A;  4ZLS A;  2QNP A;  2VIZ A;  1QBU A;  5DR3 A;  2VA6 A;  5P8A A;  1BIM A;  5P79 A;  1MSN A;  2FGV A;  4FL8 A;  5P0M A;  2FDD A;  3SA3 A;  4Q1Y A;  2RMP A;  2ZJH A;  3CMS A;  5DGU A;  3UDR A;  3OXW A;  4GJD A;  1KJG A;  1BVE A;  4U7V A;  1HSH A;  3OWN A;  2RKF A;  3CKR A;  3KT5 A;  5P61 A;  1ODW A;  3O9C A;  2ER7 E;  3VEU A;  4J5J A;  3OAG B;  1K6V A;  1K1T A;  3IN3 A;  2R38 A;  1GVV A;  5P39 A;  2WJO A;  1FQ7 A;  5IVQ A;  4QGI A;  1B6M A;  3S8I A;  3QS1 A;  5P11 A;  5P66 A;  5P0L A;  4AA8 A;  3ER3 E;  5OZ5 A;  4YE3 A;  3Q3T A;  5I3W A;  1YX9 A;  2B60 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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