5P8KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 353
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8kA01
3L5DA 5HDXA 3KM4A 4X7IA 3QPJA 2ZHSA 5P13A 5P8VA 5P7OA 4DFGA 3EKPA 5P87A 4RCFA 1LEEA 3WZ7A 1DW6C 3OAGA 3HZCA 1UH7A 5P76A 3NLSA 5OZ7A 1SGUA 3UDQA 2QZWA 3PWRA 5P5YA 5P1CA 4B1CA 3CYXA 4K4QA 1FMBA 5P0CA 2PH8A 5OZ3A 5P16A 2HPEA 1M43A 1F34A 5P36A 5P2FA 1YX9A 4L7JA 5P1QA 5P5GA 2JJIA 5P00A 1HSGA 4J0VA 3CIDA 1AAQA 2FLEA 4N00A 1B6KA 5OZNA 3GI6A 2QNQA 2HM1A 4OBZB 5DGUA 3EKVA 3MWSA 1LYBA 5P4IA 2JJJA 1HVRA 4QJ7A 1K1TA 3D1YA 2RMPA 5P2LA 5P7YA 3NU3A 4S1GA 5OZ4A 2FDDA 5P8FA 3UQPA 5P2NA 3OU4B 3HD8A 3FX5A 1FFFC 4QJ9A 3U6AA 4ER1E 2ZHTA 1OHRA 1A8GA 2V11C 1QBSA 4FIVA 2P3AA 5P6BA 5P5FA 4DQGA 5P47A 1YTGA 3I25A 3MXDA 5P8KA 1SBGA 4NKKA 1BV9A 3APPA 5ER1E 3O9IA 4GJDA 1ZLFA 3LHGA 5AH6A 5P7AA 5P6HA 5CLMA 5P5RA 2G1SA 5OZ9A 1XDHA 5P7SA 2O40A 5P3WA 4Y43A 5OZIA 2G1RA 1U8GA 5P4ZA 3VYDA 2AZBA 1LV1A 5OZHA 1AJVA 2ZJHA 5KR0A 4LBTA 4Y53A 4GJ5A 5P2VA 4Y5LA 5FIVA 1FLHA 4H1EA 1WKRA 1HXWA 4DJRA 4LXMA 5P7GA 2IKOA 3PLLA 5HCTA 5P01A 5P3QA 1T7JA 4DI2A 3OGQA 4I0EA 3G72A 2WEDA 5P3BA 3ZLQA 4WTUA 3L38A 2ZGAA 4Y45A 3EL0A 3QAAA 5P7WA 4Y4BA 4K4PA 4Y41A 2P3BA 3FNUA 4R5NA 4U7VA 3PCZA 7HVPA 5SXNA 1MERA 3HAWA 5P8AA 2CENA 3UPJA 1W50A 3LIQA 1T7IA 5P49A 3RSXA 4A6BA 3EL9A 5KQZA 3AUPA 5P46A 4RGHA 5P22A 4MC9A 2IGYA 3ST5A 2JE4A 4FL8A 1IZHA 4Q5MA 5BRYA 3O9GA 4EJ8A 4PEPA 1BIMA 1BWBA 3K1WA 5OZSA 3T7XA 1Z1RA 4FCOA 3UDMA 2AOCA 4KB9A 3TTPA 2BPXA 3INFA 1BWAA 2XFJA 3BUFA 1F7AA 2NNPA 3VV6A 5T4SA 5P56A 1YTIA 5P4QA 1UPJA 4HVPA 4TRYA 1FG8C 4Q1XA 4KE1A 5P6GA 5P8UA 3EKXA 3OUBA 3IXKA 2MIPA 5P3XA 2HB3A 1MEUA 5P4NA 2FS4A 3N3IA 1MSNA 1D4LA 3IVHA 3KFRA 2P3DA 2BJUA 3VCMA 2G27A 3LIZA 1K2BA 3OQAA 1EPOE 5C9DA 5P6PA 5P6IA 3SA5A 5OZDA 4X2LA 1XL2A 3EKWA 3HDKA 3GI5A 3DK1A 3MSLA 5P7KA 3EL5A 3OOTA 5OYVA 4Y36A 4L7GA 5P2ZA 1W5XA 2V0ZC 5EZZA 2G1YA 3SKGA 3VYFA 4JECA 3LPKA 3FNSA 5ER2E 1HVIA 2NNKA 1SIPA 1IDAA 4GJ7A 2FNSA 4IVTA 3DCKA 5P66A 3S7LA 2AIDA 4HLAA 4LAPA 2FXDA 4A4QA 3ER3E 1IVPA 3CIBA 1FG6C 4GIDA 5P1NA 4Y5MA 5P64A 5DR7A 5HVPA 1HSHA 1ER8E 5P2MA 5OZPA 3OHHA 3QIHA 5P4RA 4AA8A 3OY4A 5P5TA 1T7KA 2BBBA 1IVQA 3O99A 4Y3WA 5C9BA 5I3XA 2F8GA 3ZL7A 5CONA 3PVKA 3NU9A 4OBGA 2NXLA 5AGZA 3PLDA 1ME6A 5P8QA 3G70A 1BXQA 3OGPA 1MIQA 5ISKA 3RTNA 1APVE 3L5FA 4MC2A 4L1AB 2B60A 4Y3QA 5P6UA 4RYCA 2FDPA 3IXOA 1XL5A 4DJPA 1PSAA 1HPSA 2AOHA 1YM4A 4Y5NA 2QMDA 5P8SA 5AH7A 1ZJ7A 3Q6YA 2Q5KA 4Y58A 2XFIA 5DQ5A 3ZPTA 1MVPA 3NUOA 1PROA 3KA2A 2AOIA 5P3TA 3TPPA 2PC0A 5IVTA 5P7CA 3SA6A 5P62A 4H3JA 1YM2A 5P72A 4J1KA 5P5CA 2FIVA 2BKSA 9HVPA 5P4UA 4I0FA 2FGVA 4OBJA 4J54A 5P6FA 1XN2A 4DQBA 4CPTA 5P7RA 1LF3A 4ZPGA 2ZJNA 5F01A 1KZKA 2NMYA 5P6ZA 1EPNE 3KFSA 5P5QA 3D91A 1PPLE 4ZSMA 4YA8A 3EM3A 5P3FA 4I10A 1ZSRA 4OBZA 5OZZA 4YD3A 4RYGA 2ZJMA 5P4WA 5P7BA 3UFNA 3EM4A 4DUSA 3OTSA 3KMXA 5OZ0A 5P0YA 2UPJA 3OU4A 1ENTE 2A4FA 1W5VA 3BHEA 1D4IA 1ZSFA 5P8GA 3FKTA 3PSUA 2IS0A 5P6LA 2PSUA 2R43A 6UPJA 1BVGA 4Y4WA 4Y3DA 3QROA 5P85A 1ZPAA 2R9BA 5P71A 1HIIA 1PPKE 2AVQA 5P5UA 5P8OA 5P3CA 3U7SA 2J9KA 3TOHA 2G24A 5OZYA 3BVAA 3R4BA 1T3RA 4CPXA 4Y5EA 2QI3A 4Y3GA 4YD7A 4Z4XA 4DQHA 3NUJA 1B5FB 5P6VA 4EJKA 4YCKA 1IZDA 2I4WA 4D88A 4DQFA 1SH9A 1AVFA 3S45A 5P3RA 5P1XA 2FGUA 5P4OA 3VYEA 5P2DA 1HEGE 2BPZA 3TPJA 6FIVA 3B7VA 2O4SA 2QZKA 5OZOA 3ZKQA 2WL0A 3MXEA 5P7FA 5DQ2A 4OC6B 5P05A 2Q54A 1HTGA 1K2CA 5OZKA 5P04A 1GNOA 4HA5A 1TZSA 5P0HA 1YG9A 5P3NA 5P54A 2AQUA 3OXXA 2QI5A 4Y3XA 3BRAA 3UDKA 5IVSA 4Y6MA 4Y3YA 3QRMA 3GGUA 1ZAPA 2I0AA 2AOFA 2ZJJA 4ACUA 5P0QA 2QD6A 3KF0A 1TW7A 1HPVA 5P7UA 3U71A 3UDJA 5OYRA 2HPFA 3LIYA 2QZXA 4YCTA 5P27A 3OHFA 5P15A 4TVGA 5I3WA 8HVPA 3O9HA 4Y3JA 3PB5A 2QI6A 3KN0A 4OBFA 5P81A 5SY2A 5KQXA 5P11A 4GJBA 2WECA 4FE6A 5P2UA 1XN3A 5OYYA 1B6MA 2OHUA 1FMXA 5P32A 4I0JA 5DGWA 1G2KA 1CZIE 2BPWA 4RVJA 3H0BA 5HTZA 5P48A 1HOSA 4OBDA 1HVHA 2P83A 4CPSA 3LZVA 3SA9A 5DPZA 5P7QA 1EC2A 2QMFA 4QJ6A 3EXOA 3ZPUA 4Y9WA 2FMBA 4J1EA 3C9XA 5COOA 1EC3A 5P0RA 1EC0A 4Y54A 1ODWA 3G6ZA 3Q5HA 5P7IA 3PHVA 1MRWA 1EPRE 2QNNA 3OTYA 5P0XA 5J25A 5P1EA 3CKTA 1NPVA 2G20A 5P6RA 4DJQA 5UPJA 4TVHA 3WZ8A 4M8YA 4OBHA 5P1JA 1WBMA 4Y5AA 1KJFA 4R8YA 3EBZA 5DQ4A 4R92A 7UPJA 2UY0A 4GJ8A 2AOEA 5OZUA 3UDYA 4Y3ZA 2ASIA 3PJ6A 1SGZA 2QK5A 3GGVA 5HE4A 5P31A 3PWWA 4I0GA 4EQJA 4QLHA 2O4NA 2QI7A 5P3ZA 3VEUA 3OXVA 3OUDB 3UDNA 4RCDA 3NU5A 5P75A 3UDPA 2NXMA 3CYWA 1K1UA 5P7DA 4HDPA 5P3YA 1TCXA 5P5DA 2I4XA 5P17A 4I1CA 3UFLA 2R5PA 2QHCA 3EKQA 1MT7A 2WHHA 4BFDA 5I3YA 1FIVA 4E43A 3VSWA 2J9JB 4K8SA 3KT5A 3Q4BA 2ZJIA 4HZTA 4F74A 1BBSA 5P1DA 2RKGA 3O9BA 5KQYA 5P6AA 3OQKA 4Y3LA 3L5BA 1G0VA 1XS7D 5P6SA 3INHA 2H6SA 1MESA 3NU4A 4RROA 1YTHA 4YHQA 5P4CA 2ANLA 5P3KA 3TPLA 5P4YA 5P3UA 4RVIA 5P0VA 4NJUA 5P6NA 1M0BA 5P7TA 1MPPA 4L1AA 5P77A 3HBOA 3SABA 2HS1A 3ECGA 1FF0C 5P0PA 4B77A 2I4QA 5AH9A 5P0IA 3NDWA 5OZEA 2AVOA 2WKZA 4J5JA 5HE7A 3EKTA 5P2HA 4MC6A 1EBKC 5P78A 3NR6A 1HBVA 3PMUA 1APTE 2QD8A 4J0PA 1C6XA 1QBTA 2Q63A 5KOSA 5P1FA 1FB7A 1FQ8A 3S7MA 5IE1A 1W6HA 2QAKA 5P7MA 5OZMA 2IRZA 5SY3A 4B00A 1T6EX 1D4JA 3SFCA 4ZSQA 5P5EA 1KJ4A 4XKXA 3S43A 2ZHVA 3APRE 3OXWA 3UQXA 3GI0A 1TSUA 1K6PA 3ZKGA 4OD9B 3LPJA 4Y4DA 4ER4E 2FXEA 1QDMA 1EBZA 1E81E 5JFUA 5P5XA 2IQGA 3LZUA 1MUIA 2VKMA 3O9DA 5P70A 4M8XA 5P7VA 5JODA 4EJDA 4PZXA 1LF2A 5P8EA 1RL8A 3VFBA 5P37A 4H3GA 5P4SA 3QBFA 4NJVA 1BDLA 5P0BA 4CPQA 3O9EA 5OZBA 3PSGA 5P57A 2Q11A 5P25A 1XE5A 3TKWA 4CP7A 5APRE 4ZEAA 5P1YA 2AOGA 2HS2A 4FGXA 1DPJA 1HTEA 5OZ8A 5P69A 1B5FA 4J0ZA 5P0FA 3DCRA 3IA9A 2A1EA 3D3TA 2O4LA 5IVQA 3OAGB 1NPAA 4XXSA 2VA5A 1EPPE 2QU3A 3ZKSA 5P8RA 4YBIA 3R1GB 4YCYA 3RSVA 3S54A 1UH8A 3T6IA 1B11A 2F80A 5P1SA 4L7HA 5P12A 4RRSA 4Y4AA 3R0YA 2RKFA 5P82A 4A6CA 3OWNA 4J55A 2NPHA 4U7QA 3DV1A 3L3AA 5OZVA 4OC6A 3KMYA 5OZ6A 3QS1A 4Q1NA 4Y5GA 4B0QA 4DPFA 4DQEA 1GVXA 1QBRA 4Y4ZA 4FM6A 1ODXA 4JPEA 1META 4LXKA 5P2BA 5P6MA 1MRXA 3OQFA 5P1TA 2HC0A 5P7PA 3SM1A 5OZ2A 3QN8A 1FMUA 3SM2A 3OXCA 2NXDA 4ZSRA 1SDTA 3OADB 2IGXA 4LL3A 3L58A 5P1UA 5P5IA 5P73A 2G94A 2OHPA 5P60A 3EMYA 1UH9A 4F75A 2AVSA 2PK6A 4GZFA 5P80A 2P4JA 4AA9A 4MC1A 3KFPA 2PYNA 3TNEA 5P2CA 3UQUA 5P0GA 5P4KA 4PPHA 1FQXA 3WB5A 3NDXA 4RCEA 5OZJA 1MTBA 5TOLA 4BEKA 2ZYEA 5P6OA 3CICA 2V00A 4I0ZA 4Q1YA 2QZLA 3VF7A 5DQ1A 4APRE 3LNKA 2OHMA 2PH6A 1D4SA 5JFPA 2R3WA 1C6YA 4FLGA 3FNTA 5P33A 3DJKA 1EBYA 3ZMGA 2QU2A 5P35A 3JW2A 1HPOA 3URLA 2PWRA 1W51A 5P5KA 5AH8A 4QGIA 2QNPA 4B70A 1J71A 5P79A 1LYWB 5P3AA 4GB2A 3KDBA 4HDFA 4DQCA 2PMAA 4Y44A 4Y4JA 3OK9A 3LIVA 3K5DA 3O9LB 5OZWA 5P38A 5P2JA 3K4VA 5P0AA 4Y5CA 3DUYA 4I11A 3LZSA 1AXAA 5P0WA 5P2QA 5P4LA 4RRNA 2G1OA 1HIVA 5P8IA 2B8LA 5COKA 5P8BA 1KJHA 2BB9A 3EL4A 2OHLA 5P7EA 5OYTA 1AZ5A 4FM7A 5P1IA 5P74A 4FRKA 4D8CA 4Y5PA 2Q55A 3GGXA 5P8TA 3UDHA 1LYAB 1EBWA 2VJ6A 3NXEA 4NPUA 5P4AA 5P61A 2NTRA 3D20A 3RTHA 5P7LA 3HLOA 2VNMA 3S85A 2P3BB 3PMYA 4Y39A 1HVJA 3OUDA 4XX3A 2ER6E 5P26A 1B6JA 1HHPA 5P6TA 3SAAA 5KR2A 2B7FA 3PSYA 5OZCA 4BFBA 1NH0A 1QRPE 5P4EA 3ER5E 4Q1WA 5P08A 5P6DA 1GVVA 3ZKNA 2OHQA 5P0ZA 3ZPSA 5HDZA 1RPIA 4R93A 5P0MA 3AIDA 2J9JA 3SQFA 5P63A 2F3KA 3UHLA 5P4PA 4AMTA 1SMEA 4Y3NA 3L5EA 5HE5A 1FFIC 5P0TA 4Y37A 1HSIA 1E82E 4LXAA 3CKRA 5P07A 3R2FA 1HRNA 4EXGA 3TPRA 5P8LA 3VUCA 3TLHA 3IN3A 5P67A 5SZ9A 5P02A 1SMRA 3S8IA 4WY6A 1EC1A 2ER0E 3PWMA 3PBDA 5P1OA 5P5NA 2P8HA 2Z54A 5P86A 2BKTA 5P3PA 2V16C 5P4TA 2CEJA 3Q3TA 3PGIA 4NPTA 1LZQA 3QBHA 3ZOVA 5P42A 4EP2A 3D1XA 1B6PA 1HIHA 4EP3A 2AZCA 1C6ZA 5DR1A 3TOFA 4RZ1A 4H3FA 2AZ9A 3R0WA 3GW5A 2PK5A 1HVLA 3LINA 4RLDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L5D A;  5HDX A;  3KM4 A;  4X7I A;  3QPJ A;  2ZHS A;  5P13 A;  5P8V A;  5P7O A;  4DFG A;  3EKP A;  5P87 A;  4RCF A;  1LEE A;  3WZ7 A;  1DW6 C;  3OAG A;  3HZC A;  1UH7 A;  5P76 A;  3NLS A;  5OZ7 A;  1SGU A;  3UDQ A;  2QZW A;  3PWR A;  5P5Y A;  5P1C A;  4B1C A;  3CYX A;  4K4Q A;  1FMB A;  5P0C A;  2PH8 A;  5OZ3 A;  5P16 A;  2HPE A;  1M43 A;  1F34 A;  5P36 A;  5P2F A;  1YX9 A;  4L7J A;  5P1Q A;  5P5G A;  2JJI A;  5P00 A;  1HSG A;  4J0V A;  3CID A;  1AAQ A;  2FLE A;  4N00 A;  1B6K A;  5OZN A;  3GI6 A;  2QNQ A;  2HM1 A;  4OBZ B;  5DGU A;  3EKV A;  3MWS A;  1LYB A;  5P4I A;  2JJJ A;  1HVR A;  4QJ7 A;  1K1T A;  3D1Y A;  2RMP A;  5P2L A;  5P7Y A;  3NU3 A;  4S1G A;  5OZ4 A;  2FDD A;  5P8F A;  3UQP A;  5P2N A;  3OU4 B;  3HD8 A;  3FX5 A;  1FFF C;  4QJ9 A;  3U6A A;  4ER1 E;  2ZHT A;  1OHR A;  1A8G A;  2V11 C;  1QBS A;  4FIV A;  2P3A A;  5P6B A;  5P5F A;  4DQG A;  5P47 A;  1YTG A;  3I25 A;  3MXD A;  5P8K A;  1SBG A;  4NKK A;  1BV9 A;  3APP A;  5ER1 E;  3O9I A;  4GJD A;  1ZLF A;  3LHG A;  5AH6 A;  5P7A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2QI0 A;  2P3C A;  3URJ A;  2Q3K A;  1DP5 A;  5PEP A;  1HEF E;  5P1B A;  4FM8 A;  5HU1 A;  3T7P A;  3NDU A;  5P5W A;  3RTM A;  1VIK A;  4ZIP A;  5P1A A;  3GI4 A;  2VJ7 A;  2JXR A;  5P2T A;  3PI0 A;  1G35 A;  1GKT A;  5P39 A;  3OU1 A;  4RVX A;  5P2W A;  5P8P A;  5P4M A;  1B6L A;  3I8W A;  4PZW A;  1FQ6 A;  2OHS A;  4ZE6 A;  2REN A;  4I0D A;  5P2O A;  4ER2 E;  1BXO A;  4DPI A;  1MTR A;  3TOG A;  5P0K A;  4Y47 A;  5P6Q A;  2QI1 A;  1A8K A;  4CMS A;  5I70 A;  2AVV A;  2NR6 A;  5OZ1 A;  3KT2 A;  1RV7 A;  4BEL A;  4DJW A;  5KOQ A;  4PYV A;  3BGC A;  4Y3H A;  3LIX A;  4Y4X A;  1PSN A;  4Y3T A;  4EJL A;  3VV8 A;  3A2O A;  5P65 A;  4TRW A;  4Y56 A;  5AHB A;  4DV9 A;  3HAU A;  2WEB A;  4JOO A;  4YE3 A;  3PEP A;  3L59 A;  2R8N A;  5P34 A;  5AHA A;  5P1M A;  2IEN A;  5KR1 A;  1EAG A;  1ZPK A;  5OZF A;  2Q64 A;  4AUC A;  1FGC C;  5OZG A;  5ENK A;  4Y38 A;  3B80 A;  5P5M A;  3NXN A;  2FNT A;  1FEJ C;  2B8V A;  3QRS A;  3UCB A;  5P8H A;  4J1H A;  4Y3M A;  2VS2 A;  5P23 A;  3SLZ A;  1VIJ A;  2I1A A;  1SIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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