5P8MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 355
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8mA01
2PWRA 3OOTA 3APPA 1CZIE 5P3ZA 4Y35A 5P67A 1BVGA 5P05A 5P25A 1A8GA 2WEZA 5P85A 1T7IA 1OEXA 1IDAA 2VNNA 1Z1HA 3O9CA 1PSNA 5P49A 3FV3A 5P2IA 1DAZC 3PLLA 5AH9A 3OU1A 5ENKA 5P2CA 2WJOA 2AOEA 3OXWA 5P54A 3CIDA 4EYRA 4TRZA 3UFNA 3UQXA 2ZGAA 5P5CA 1DPJA 4IVTA 2AODA 5P5LA 3TOGA 1N49A 3PVKA 2ZYEA 3INEA 2Q63A 5OZSA 1ZBGA 2A1EA 2ER7E 4Y3MA 3O9EA 3SABA 5HU0A 3EM3A 1TSQA 5P1WA 3R2FA 5HU1A 4DJUA 3PJ6A 5PEPA 3HAUA 4Y3LA 4J0YA 5F01A 5P6RA 2QP8A 3KFRA 2P8HA 5P6JA 1EBWA 1AIDA 1HVLA 3EMYA 2WF2A 4ER1E 3VG1A 3S53A 3B80A 1D4LA 1ZSFA 4J1FA 1GVUA 5P5GA 1FB7A 4LXMA 2F3KA 2ER9E 3BUGA 4HA5A 4JPCA 4DVFA 5KOQA 3EBZA 1FGCC 1E80E 1KJHA 1FQ8A 4FL8A 4RGHA 3GGVA 4J0VA 2AIDA 1A30A 2AQUA 4PEPA 1D4KA 3WB4A 4LXKA 5P6HA 5P3VA 4K4QA 3SKGA 3PWMA 3O9AA 4MC2A 5AH6A 2ZJIA 5P83A 3IAWA 5P4DA 5P7MA 2PMAA 4K4RA 4L7GA 1EAGA 4DJOA 3NDTA 5P2YA 5P0CA 1MPPA 1MRXA 4YD7A 2BPVA 5P36A 5P4NA 3AUPA 4DQCA 3TKWA 5P8UA 3MSJA 5P5VA 1SP5A 1NPVA 3R4BA 3L38A 2V13A 4Y44A 1XN3A 3IXKA 2A4FA 3DUYA 5P2AA 5P1AA 3NXNA 4L1AB 1RNEA 3KFNA 3OUDB 5OYXA 5HDXA 1LYBA 3OXXA 4KB9A 5P0KA 1G0VA 5P6TA 2WF4A 2AZ9A 2JE4A 4Y57A 1GVWA 3IVHA 1FLHA 2G22A 4PPHA 3LIQA 1LS5A 1BDQA 2VJ6A 1PPME 1C6YA 1OD1A 1BILA 2QZWA 5P48A 2O40A 5P0AA 1BDLA 3ZKGA 2AOCA 5IE1A 3IXJA 1PSAA 4Y4AA 4I0HA 5KQXA 1APUE 4NJVA 1LZQA 3UDRA 4RVXA 3OHHA 4YHQA 3OTSA 4FIVA 3ZPUA 4AUCA 4H1EA 3TLHA 5OYVA 3IN3A 2QU3A 4DJXA 4Y48A 5P1PA 5OZUA 4B1DA 4Y3ZA 1KJ7A 2FDEA 5DR8A 3LINA 5IVSA 3PM4A 1K6PA 3DOXA 3FSMA 1EPQE 5P0MA 1FMUA 5P5TA 1OEWA 3RTNA 5P64A 1FQ7A 3UDMA 2HB4A 4DJWA 1LYAB 1HSGA 3PLDA 5P7EA 3EKWA 5P6UA 2NMZA 3IGBA 4Y4ZA 4DPFA 5P63A 5P6KA 1WKRA 3R1GB 4Q1YA 3VLAA 5P6FA 4NPUA 5P31A 4J0ZA 4FM8A 1B6JA 4GJCA 5ENMA 2VS2A 4B05A 4H3GA 2PC0A 1ZTZA 4Y5AA 1UPJA 5P1VA 4Y3QA 2J9JB 2P3AA 3NSHA 4I8WA 4D85A 3SACA 1K1TA 3NU9A 1SDUA 1YM2A 3PI5A 5P7ZA 2R43A 5DR3A 4I0JA 5P0VA 5OZ5A 4NJSA 5HCOA 1BBSA 3PSUA 4OBDA 5HDVA 9HVPA 4XKXA 2IRZA 2WF3A 3KFPA 4K8SA 5P0QA 5P5QA 2FLEA 2IS0A 5P06A 3JVWA 1EBKC 5P5OA 3G6ZA 2OHMA 1G6LA 1HSHA 4I0DA 2P3BB 3K5CA 3SFCA 5P4ZA 2I4XA 5KQZA 3WZ7A 5P1ZA 2NR6A 3APRE 4J5JA 1T6GA 3LIXA 5P34A 3L5DA 1EPPE 5P0GA 3N4LA 5P4XA 5P5MA 1DMPA 2ANLA 3DCRA 3UDJA 2IGXA 4M8XA 3H0BA 3BVBA 3A2OA 3O9BA 3VF5A 1RPIA 3BVAA 4Y51A 2HM1A 4FRIA 4NKKA 4Z22A 1SGUA 3BXSA 5P04A 4YBIA 3CYWA 2P3DA 4GJ7A 4BELA 1W51A 5P4HA 4A6BA 5T4SA 5P6LA 3SA3A 5P6BA 5P3MA 2I4WA 4DJYA 4GJ5A 5E5KA 3BGBA 4Y39A 2JJJA 5AH8A 4I1CA 1B11A 5P0NA 5DQ2A 5P07A 4EHCA 3TL9A 2XYFA 3HVGA 5COKA 1SH9A 5OZ2A 4CPTA 6FIVA 1APWE 4RLDA 5OYQA 3OADB 1MVPA 4MC6A 2QU2A 1F7AA 4LHHA 1EBYA 4YOBA 2JYSA 5P23A 5P3RA 3KT5A 2HC0A 4COEA 3O9LA 5P4CA 4J17A 3UQUA 4J1IA 4X2LA 4B78A 3VYEA 2VNMA 3EKVA 4L7JA 2BBBA 1B6PA 2WHHA 4TVHA 5P4PA 2OHKA 4MC1A 4Q1XA 1GNMA 1YTIA 2V00A 4DQHA 3HD8A 4LP9A 2OHNA 2I0AA 3Q70A 5P7HA 5P8DA 5P7XA 3HW1A 4Q5MA 5P37A 5P2UA 4DJQA 3TKGA 4OC6A 4ZSRA 4Y50A 1WBMA 1YTJA 1AM5A 1B6MA 4F73A 5AHAA 2VA7A 4YA8A 4RYGA 5DR0A 3LPKA 2BJUA 2ZJLA 4I8ZA 4Y4GA 3UDQA 4TRWA 2IKUA 3I6OA 5P6DA 4A4QA 1HIVA 5OZMA 4Q1NA 3TTPA 4YCYA 3F9QA 3QI1A 5P2RA 4Y45A 5OZAA 3SA9A 5I70A 3EL1A 3DK1A 5P4KA 3LIYA 3URIA 2B8VA 5I3XA 4XXSA 4B77A 3KF0A 3UQPA 5OYTA 5P17A 4DQGA 1ZPKA 5P0DA 5P8KA 5P26A 1SIPA 1SMEA 4RRSA 2VIJA 1TZSA 4HZTA 3BXRA 3D3TA 3S85A 3AIDA 1DW6C 4ZLSA 3VFAA 1YTGA 1AJVA 5P5SA 5P09A 3U6AA 2B8LA 2VKMA 3QAAA 1MSMA 3PB5A 5P7CA 5P8BA 1D4IA 1A8KA 3LNKA 4D8CA 3PBZA 4A6CA 2BPWA 1NH0A 2Q5KA 3D91A 3L5BA 5P52A 2G1SA 3M9FA 4DQEA 2AZ8A 4Y4EA 4Y6MA 5P0XA 3GGUA 4FGXA 5P3NA 3MSKA 4DJRA 5KR1A 3DV1A 3R0YA 1HOSA 5P5ZA 3PGIA 2AVVA 3FNTA 5P0SA 5COPA 5P61A 4M8YA 1BVEA 2G21A 3K5GA 4EQJA 3UPJA 4RYCA 5P1CA 4Z2ZA 5P7VA 5P6YA 1IDBA 5SY2A 5P1OA 1KJGA 5P47A 3VYDA 3QN8A 1YT9A 4YD4A 3ECGA 5P55A 3ZKMA 5P1KA 4ER4E 5E5JA 5P2QA 3SO9A 2XYEA 5P4RA 5P5BA 5P4YA 5P4LA 5OYWA 4KUPA 5OZZA 5OZ4A 3K4VC 5P66A 3PSGA 3EXOA 4CPUA 5P86A 4U7QA 3ZLQA 5OZGA 3ER5E 5P16A 5P6CA 4B00A 5P2EA 7HVPA 5P4EA 1DP5A 1HVSA 1FQ5A 4APRE 3CMSA 5P4TA 3ST5A 4RZ1A 5P1MA 2HB3A 3DV5A 5P1TA 5P1EA 5P44A 1GNOA 5OZ9A 3S43B 2OHQA 4EJDA 5P3HA 3EKQA 2PQZA 3TPJA 4EJLA 5P1LA 5P2TA 5P7GA 2G1NA 3KT2A 4GB2A 4H3JA 4YBFA 5P1XA 5P1JA 1M0BA 2MIPA 1HVIA 2I4QA 2AOIA 1BXOA 5P53A 2IENA 5P2SA 1HVRA 2Q55A 5IVQA 5P5DA 4XX3A 5P3UA 1KZKA 3OGPA 1T3RA 3OUDA 3PMYA 2PSGA 5HDZA 6UPJA 5P0ZA 5P81A 5P1QA 3GI6A 2QK5A 1HEGE 1ZJ7A 4CPSA 3WB5A 3PI0A 4J0PA 3GGXA 3KMXA 5P11A 5P33A 1EPME 5P30A 3R0WA 3D1YA 2O4LA 2F3FA 4ZPEA 1C6XA 4H3IA 5IVRA 1C6ZA 5P0TA 5P4UA 4CPRA 4LAPA 3UQWA 5F00A 3LHGA 1ZAPA 5HE4A 5P4OA 2G26A 1BV9A 5P08A 4R92A 1E81E 3RSXA 2OHLA 1IVQA 5P50A 1BV7A 3ZKIA 2Q15A 5P1GA 4PHVA 5P76A 5P3JA 3KFSA 4OBJA 4EXGA 2HPEA 3OAGB 2AZCA 3ZL7A 5P1IA 6APRE 5P87A 3EKYA 5P8FA 5OZBA 4Y3DA 2ZJHA 5P3OA 4Y3SA 4DQBA 3QVCA 1B5FA 1HIIA 3VSXA 1HEFE 3GI0A 4J1HA 4Y3PA 1HXWA 1ER8E 1HTRB 4LC7A 2PWCA 2AVSA 4PZWA 4D88A 2VIEA 1A9MA 5P2OA 5ER1E 5P7BA 1MSNA 5OZJA 3CKPA 2PH8A 1LYWA 2Z4OA 4WTUA 1APVE 4YE3A 3QRSA 2HAHA 4DQFA 1M4HA 1IIQA 3JVYA 3KA2A 5P7UA 2BPXA 2FGVA 3ZOVA 1SMRA 4NJTA 5P5XA 4L6BA 3VCMA 5OYZA 2J9JA 1TW7A 5DGUA 4Y3TA 5P59A 2QI7A 3DCKA 3PRSA 2HIZA 2NNKA 5I3VA 1ODWA 4CPWA 5P10A 5KR8A 5HE7A 5P8EA 3L59A 2F81A 4BFDA 5P7TA 4H3FA 4PYVA 3VSWA 5P1UA 3TOFA 3UCBA 5P6AA 3NUOA 2QHCA 5OZYA 1T7JA 4Y4UA 5HDUA 1EEDP 2B7FA 3CYXA 3CICA 3OU1B 4JP9A 5OYSA 3O9GA 4EWOA 1HBVA 4Y5NA 5P22A 5P8SA 4GIDA 1FF0C 4GJBA 2QD6A 3LIZA 5P4JA 4APEA 3SA8A 1XS7D 4FCOA 1M43A 3I8WA 3ZKNA 3KYRA 3SAAA 2HB2A 4I0GA 5P18A 2NXDA 1IZEA 4U8WA 3S56A 2R5PA 1MIQA 3T7QA 1YTHA 2ZJJA 4FRKA 2O4NA 4GZFA 2QI4A 5OZWA 3PBDA 2PH6A 4ZPFA 5P4AA 4F75A 2ZHSA 4YCKA 3UF3A 4Y4DA 3VV7A 2FIVA 3ZKQA 3NR6A 5P3PA 2R38A 4GJAA 4QJAA 5P45A 5OZ7A 3OUAA 5P2WA 3PHVA 1ZLFA 4B70A 4Y5EA 1PSOE 5P2FA 2QZLA 3JW2A 5P2KA 4B1EA 4Y5GA 3VF7A 5DR4A 3SA4A 3HAWA 2JJIA 5JFPA 2O4PA 2G27A 2AVQA 5P8VA 1META 3IXOA 4Y3YA 2QAKA 3OADA 2I0DA 2WEBA 4YCTA 3QVIA 4Y3NA 3VYFA 1BXQA 1JLDA 5DQ1A 4FAFA 5P0FA 1RQ9A 2P83A 4I0ZA 2VIYA 4Y5MA 5P7DA 2PYMA 4R93A 3O9IA 5P5HA 1SGZA 2WF1A 5SXNA 5P1SA 4CP7A 3LPIA 5P4SA 3SLZA 1LYBB 3RTHA 3OUBA 5P4BA 3OHFA 1F34A 3ZMGA 3ZPTA 4DJPA 3IA9A 4OBZA 3GI4A 1AZ5A 5P35A 5P72A 2BB9A 4J1KA 3PCWA 4GMIA 4RCEA 4ZIPA 3KDDA 5P20A 5P0EA 1NSOA 2CEJA 1AVFA 4I12A 3S8IA 1XN2A 4F74A 5AHBA 3L5EA 3TPPA 2UY0A 1J71A 5P8RA 3CKTA 1TSUA 3O99A 5P6NA 3OQKA 5P7YA 4Y3GA 3EL0A 4K4PA 2OHSA 3OWNA 4XX4A 3EL4A 5P27A 2B7ZA 5P2MA 3I25A 5OYRA 4KE0A 1BIMA 3SQFA 1NPWA 2IQGA 5EZZA 3URJA 4JECA 1LF2A 1HPVA 2PSUA 5P80A 4K9HA 3VF3A 4J0TA 5SY3A 5OZHA 5P13A 3OTYA 5DR1A 4YD6A 3CKRA 4OD9A 3FKTA 2H6SA 3GW5A 5P65A 3U71A 4Z4XA 2QMPA 4Y36A 1FG6C 4JPEA 3U7SA 2OAHA 2BPZA 5IS4A 3NDXA 4YDGA 4Y3EA 5DGWA 2HPFA 3PCZA 4B72A 3OUCA 2QI0A 3KDCA 3BUHA 5HD0A 5ISJA 2ER0E 5P6XA 5P78A 3NDUA 3NWQA 5P3AA 2ASIA 2QMGA 5P7SA 3HDKA 1ZSRA 2APRA 5P3XA 1ODYA 1Z8CA 2I1AA 2VIZA 4Y9WA 4J1CA 5P7FA 1A94A 5P2GA 3EM6A 3PWWA 3INFA 1ENTE 1K6VA 3T7XA 3KM4A 1FQ6A 4F76A 3LZUA 3QRVA 5P8AA 3MWSA 5CONA 5P4IA 4TRYA 5P01A 4UPJA 3OU3A 2Q11A 3LITA 3OY4A 4Y5CA 3GGAA 5P38A 3EKXA 5P29A 5KAOA 5P77A 3OU4A 2IKOA 1W5YA 2QI1A 5P15A 4Y54A 1BAIA 5OZEA 5DQ5A 2G69A 1SBGA 2VJ9A 5APRE 5P8QA 3TOHA 4FRJA 4Y4JA 5P3FA 4HLAA 1VIKA 1T6EX 3NU4A 2OF0A 4B1CA 1MERA 1ZP8A 4EP3A 5P68A 5J25A 2B60A 1FG8C 7UPJA 1IZDA 2R8NA 3HBOA 2O4KA 3NUJA 1ME6A 5AHCA 5OZVA 2WEAA 5JFUA 2F8GA 2FDPA 2QI5A 3RSVA 2ZHRA 4Y3HA 1MT8A 5KOSA 2I4VA 1W5VA 4YD3A 3OQFA 1PPKE 5P8JA 2QHZA 1XE5A 5P2DA 1HVKA 1FMXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PWR A;  3OOT A;  3APP A;  1CZI E;  5P3Z A;  4Y35 A;  5P67 A;  1BVG A;  5P05 A;  5P25 A;  1A8G A;  2WEZ A;  5P85 A;  1T7I A;  1OEX A;  1IDA A;  2VNN A;  1Z1H A;  3O9C A;  1PSN A;  5P49 A;  3FV3 A;  5P2I A;  1DAZ C;  3PLL A;  5AH9 A;  3OU1 A;  5ENK A;  5P2C A;  2WJO A;  2AOE A;  3OXW A;  5P54 A;  3CID A;  4EYR A;  4TRZ A;  3UFN A;  3UQX A;  2ZGA A;  5P5C A;  1DPJ A;  4IVT A;  2AOD A;  5P5L A;  3TOG A;  1N49 A;  3PVK A;  2ZYE A;  3INE A;  2Q63 A;  5OZS A;  1ZBG A;  2A1E A;  2ER7 E;  4Y3M A;  3O9E A;  3SAB A;  5HU0 A;  3EM3 A;  1TSQ A;  5P1W A;  3R2F A;  5HU1 A;  4DJU A;  3PJ6 A;  5PEP A;  3HAU A;  4Y3L A;  4J0Y A;  5F01 A;  5P6R A;  2QP8 A;  3KFR A;  2P8H A;  5P6J A;  1EBW A;  1AID A;  1HVL A;  3EMY A;  2WF2 A;  4ER1 E;  3VG1 A;  3S53 A;  3B80 A;  1D4L A;  1ZSF A;  4J1F A;  1GVU A;  5P5G A;  1FB7 A;  4LXM A;  2F3K A;  2ER9 E;  3BUG A;  4HA5 A;  4JPC A;  4DVF A;  5KOQ A;  3EBZ A;  1FGC C;  1E80 E;  1KJH A;  1FQ8 A;  4FL8 A;  4RGH A;  3GGV A;  4J0V A;  2AID A;  1A30 A;  2AQU A;  4PEP A;  1D4K A;  3WB4 A;  4LXK A;  5P6H A;  5P3V A;  4K4Q A;  3SKG A;  3PWM A;  3O9A A;  4MC2 A;  5AH6 A;  2ZJI A;  5P83 A;  3IAW A;  5P4D A;  5P7M A;  2PMA A;  4K4R A;  4L7G A;  1EAG A;  4DJO A;  3NDT A;  5P2Y A;  5P0C A;  1MPP A;  1MRX A;  4YD7 A;  2BPV A;  5P36 A;  5P4N A;  3AUP A;  4DQC A;  3TKW A;  5P8U A;  3MSJ A;  5P5V A;  1SP5 A;  1NPV A;  3R4B A;  3L38 A;  2V13 A;  4Y44 A;  1XN3 A;  3IXK A;  2A4F A;  3DUY A;  5P2A A;  5P1A A;  3NXN A;  4L1A B;  1RNE A;  3KFN A;  3OUD B;  5OYX A;  5HDX A;  1LYB A;  3OXX A;  4KB9 A;  5P0K A;  1G0V A;  5P6T A;  2WF4 A;  2AZ9 A;  2JE4 A;  4Y57 A;  1GVW A;  3IVH A;  1FLH A;  2G22 A;  4PPH A;  3LIQ A;  1LS5 A;  1BDQ A;  2VJ6 A;  1PPM E;  1C6Y A;  1OD1 A;  1BIL A;  2QZW A;  5P48 A;  2O40 A;  5P0A A;  1BDL A;  3ZKG A;  2AOC A;  5IE1 A;  3IXJ A;  1PSA A;  4Y4A A;  4I0H A;  5KQX A;  1APU E;  4NJV A;  1LZQ A;  3UDR A;  4RVX A;  3OHH A;  4YHQ A;  3OTS A;  4FIV A;  3ZPU A;  4AUC A;  4H1E A;  3TLH A;  5OYV A;  3IN3 A;  2QU3 A;  4DJX A;  4Y48 A;  5P1P A;  5OZU A;  4B1D A;  4Y3Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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