5P8PA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 358
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8pA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8pA01
4APEA 5P20A 3ZKMA 2ZHUA 3FNSA 5P75A 4CPWA 5AHBA 3OAGA 1APUE 4XX3A 4HE9A 3UQUA 2QI5A 4Y3TA 2AOIA 1IBQA 4CPSA 3UPJA 5P4AA 2ZJJA 2A1EA 3OQFA 5P7UA 4TRYA 3IAWA 3SKFA 2SAMA 3BRAA 5P7BA 1BVGA 4Y51A 4B0QA 4I0GA 2PK5A 2PMAA 2PWCA 3OAGB 5OZ5A 3INFA 3UDQA 1EC0A 5P1QA 5P47A 2ER7E 1B6LA 3IN3A 4DFGA 4Y4BA 1K1TA 2MIPA 4J5JA 5P71A 1GVXA 1YM2A 2RKFA 2OAHA 1D4JA 2QZLA 2ZDZA 4Y6MA 3QRSA 5P54A 3Q3TA 5OZQA 5KOQA 2QHZA 4QJ2A 2QI7A 3VLBA 5SY2A 5I3VA 5HDVA 1EC2A 5C9FA 2NNKA 3UDPA 3PLLA 3NU6A 4Y38A 5IVTA 1DPJA 4E43A 1XL2A 3DJKA 4AA8A 4J1HA 4OBJA 5P1DA 2QAKA 2FDDA 3PMUA 4HEGA 5OZGA 1PPME 3ST5A 5P7SA 5P3QA 2AQUA 4EJ8A 5P5MA 1Z1RA 4NPUA 5P4VA 3UDMA 3MSKA 1Z1HA 4NJTA 4R95A 2Z4OA 3VUCA 5OYWA 5AHCA 4FSLA 5P6PA 1B11A 4BFDA 4J55A 2O40A 3PRSA 5IE1A 4ZPFA 4Y37A 1SIVA 5OYXA 4HA5A 4JP9A 5P5CA 2OHQA 3T7PA 2F80A 1SMRA 3MSJA 5P2RA 4DQHA 2F8GA 5P74A 4ZPEA 3S2OA 1DP5A 1HSHA 4HDPA 2QZXA 5F00A 2P3AA 4DQBA 5P0MA 1T7IA 4MC6A 2APRA 5P3AA 5P1EA 5P0BA 3VYFA 4B77A 4Y3JA 4Q1NA 1TSQA 2BKSA 1G0VA 5P2GA 1MRXA 5P56A 1DIFA 3UDKA 3LIVA 1KJ4A 2Q54A 4A6BA 5P3GA 5P2FA 3D91A 4Y50A 1MERA 5P7MA 3O9EA 5P29A 3DK1A 1QRPE 2JXRA 5P1TA 3IXOA 3U7SA 1HRNA 3SM2A 3LIZA 5P0QA 5P3PA 6UPJA 5P09A 3NUOA 4DV9A 5P58A 4Y41A 3PVKA 5P1CA 5P2LA 4BEKA 5P46A 3O99A 5P1AA 5I70A 2OHMA 4FRKA 5OZ6A 3DM6A 5T4SA 1XE6A 3BXRA 1T7KA 3FIVA 3O9CA 1PSAA 3NU9A 1ZBGA 2R5QA 3MXDA 5P66A 1D4SA 3BUGA 4WY6A 1G35A 3WZ6A 1KZKA 3QI1A 4Y4ZA 5P1NA 3ECGA 4TRWA 4EJLA 5P04A 5DQ2A 5P83A 4IVSA 1FGCC 2WEDA 5P5DA 4R91A 3CYWA 3SA8A 4Y5EA 4I0HA 5P2ZA 2WF3A 2Q15A 1EAGA 4OBHA 4Y5MA 5P19A 5P4FA 5P5WA 1GVWA 3ZOVA 3L5DA 1EPME 3CMSA 3APRE 2ZJLA 4RRSA 5SXNA 3PCWA 4Z2ZA 2AOEA 5DQ5A 3VFAA 3K5GA 5P7NA 4Y5BA 1GVTA 5OZOA 1IDBA 1RL8A 2QI4A 3ZKGA 3QP0A 4Y35A 5P2KA 1C6ZA 3OUBA 5OZTA 3H5BA 2V10C 4EHCA 5P2MA 1SH9A 1MT7A 1OEWA 3IXJA 4ACXA 1MEUA 3BUFA 1HWRA 4Y4XA 3OY4A 3T7XA 7UPJA 5HE7A 4GJ5A 4YCTA 3I6OA 4J0VA 3OHFA 1QS8A 5P7KA 2OHLA 3VF5A 1CMSA 3PWRA 4I0EA 5P0OA 5P2WA 4ZIPA 2AZBA 3S7MA 3VF3A 4YA8A 3S45A 4GZFA 5P26A 5P15A 2QU2A 5P8OA 2ZHVA 1ME6A 5IVQA 1FLHA 3DCRA 2FDEA 2VKMA 5E5JA 5P1WA 1META 5DR1A 5P53A 5P8GA 3LIXA 3LIYA 5HCOA 5OZAA 3QIHA 2AOJA 3KDBA 3OUCA 3CKPA 2AIDA 4I8ZA 2R5PA 3PEPA 3VEUA 5P5PA 3B80A 4FRSA 2G26A 4FM6A 4JPEA 1MSNA 1HVLA 5OYYA 3RU1A 1UH7A 2FLEA 2XFIA 5OYRA 5OYTA 5P84A 4XXSA 2PWRA 1SIPA 5P4NA 1HXBA 5KR1A 1K2CA 4QJ9A 2NMYA 2Q5KA 3NXEA 4DJXA 3QRMA 3R2FA 5P67A 2NTRA 4ZSMA 4J1EA 2IQGA 5P0YA 2RENA 2BKTA 4KUPA 3ZPUA 3RTHA 2RKGA 3EXOA 3O9BA 2ZE1A 5P62A 1HTRB 5P1JA 4ZE6A 2WL0A 3LPKA 5P1SA 2O4SA 1K6VA 1YG9A 1YT9A 4Y4JA 2EWYA 5P59A 3VFBA 1YTGA 1MPPA 5P5YA 2JE4A 2ASIA 2B42A 3QAAA 1SBGA 3FKTA 1WBKA 3VYDA 4F75A 5P2NA 2QMGA 2AOCA 5P37A 5P6RA 2AZ8A 5P6FA 5P0TA 3S53A 5P31A 3C9XA 1ODWA 2NR6A 3UDRA 3ZKIA 5P8DA 4ER1E 4Y45A 4TVHA 5P40A 5IVRA 4FRIA 2F3EA 4K8SA 1RNEA 1ZP8A 3IGBA 2QZKA 3PWMA 3NLSA 2ZJIA 3JVYA 1GNNA 2CEMA 5OZWA 5P7AA 3UQWA 2ZJKA 5EZXA 4Y4WA 1DAZC 3O9DA 2OHTA 3N3IA 1FF0C 5P7PA 5KR8A 4Y4EA 3GI5A 3FV3A 4I0FA 3BXSA 4U8WA 5P4JA 5P25A 3OQKA 1YTHA 2WJOA 3CIDA 2I4QA 3UTLA 3N4LA 2G20A 4RZ1A 5P41A 5P51A 3UDNA 1FKNA 2PYMA 5P02A 4A6CA 1QDMA 3RTNA 5P7WA 1J71A 2ZHRA 2O4NA 3EM4A 5OZCA 5P0NA 3WZ7A 2R3WA 4AMTA 4L7HA 2XFKA 4TVGA 4DQEA 1FFIC 1AIDA 4LL3A 3SACA 5P2AA 3EKXA 5P3BA 5P7IA 5P72A 5P4ZA 3O9AA 2WF1A 4M8YA 5P1ZA 3DCKA 4QJAA 1ZSFA 4EQ0A 2R43A 2I4UA 2XFJA 3PMYA 4B00A 5P6KA 4Y3XA 3WZ8A 3OQ7A 5P23A 2P3BA 5AH7A 5P7TA 5P4BA 4YHQA 3OGPA 5P7ZA 1EBWA 3TOGA 1E81E 4Y5GA 4Y4DA 3RVIA 2QNNA 4EP2A 3L59A 4Y3PA 5IS4A 4PYVA 1T3RA 5AGZA 5P27A 4HVPA 2H6SA 1SP5A 1NH0A 4LBTA 5B18A 1BVEA 3EKYA 5P3SA 2P3BB 5IVSA 5P6IA 2ANLA 4HZTA 3CKTA 5ISJA 3SABA 1HOSA 3UF3A 3GW5A 2HB3A 4LC7A 2IKOA 3O9FA 4R93A 3NDTA 5KAOA 3URLA 5C9DA 2ER0E 1NPAA 1IVPA 4EXGA 2FNTA 2QK5A 3LZUA 1B5FA 2V00A 5J25A 5PEPA 5OZ7A 5P73A 3NU3A 5P6JA 5P3VA 1FEJC 1K6PA 4FAFA 3HVPA 1HPSA 2HPFA 5HE4A 4X2LA 3LHGA 4OBDA 5P5LA 2I1AA 1W6HA 2BQVA 5AH6A 2OHSA 5P0LA 3I2LA 3L58A 5P69A 3HAUA 4I1CA 2NPHA 3BGBA 3S43A 2QD7A 5P34A 3VLAA 4B1CA 4K4RA 4EJKA 3ZKXA 4PZXA 5DQCA 3MXEA 5P7JA 3PCZA 1B5FB 3L5FA 5P2BA 3EKQA 4YDGA 2I4WA 4FCOA 5P14A 1M4HA 1EBKC 5P5IA 2V12C 5P4GA 5P1UA 3OU1A 5P5HA 3QPJA 1HXWA 3UHLA 2CENA 4K9HA 4ZSQA 3L5EA 4Y3MA 3QS1A 1MESA 5P3WA 1TZSA 3WSJA 3Q4BA 3S43B 3CKRA 4QJ8A 4RROA 3HW1A 5DR0A 5P3YA 5P43A 2IRZA 3PSGA 3L38A 2R38A 1AJXA 4CPXA 3PLDA 5P7YA 1UH8A 2IENA 2VIJA 1E5OE 2AOHA 5ENKA 2QMPA 4Y3EA 5P1FA 5P0RA 3OU1B 5P6QA 5P0WA 5ISKA 4YBIA 3QBFA 2QCIA 5P7FA 4Y9WA 5OZBA 5P5AA 4QJ7A 4PZWA 1PPLE 1APVE 1HPOA 1LEEA 5OZNA 4D83A 4DH6A 4I0IA 4Y48A 1ODYA 3SM1A 2VJ6A 3EKPA 1HSGA 3HZCA 5COPA 4EJDA 4QJ6A 1QBRA 3VG1A 3VYEA 5P0CA 1BXQA 1E82E 5JG1A 2WHHA 2WEBA 1RPIA 1MIQA 4B78A 5BWYA 5P1OA 5CLMA 3OXVA 3PHVA 3K4VA 1SDUA 5P3ZA 5P3MA 5P22A 1G6LA 1HTGA 1SGZA 4J0ZA 5TOLA 2FS4A 1W51A 1NSOA 5P0IA 2FXEA 2ZGAA 2Q55A 4GJ7A 5P6XA 2WKZA 5P6MA 3KFNA 4BELA 5P4OA 2OHPA 3SLZA 5HDZA 3VV7A 4M8XA 3UCBA 3K5DA 4DJPA 4RCDA 1HVSA 1AM5A 1MT8A 4LXAA 5P76A 4A4QA 5P4HA 5HDUA 5DR3A 4F76A 2QI1A 3INHA 1TSUA 5P8CA 1YTJA 5P1XA 5JFUA 1EPQE 3KYRA 5UPJA 1WKRA 4J1IA 5P6WA 3NWXA 3BUHA 1VIJA 3SO9A 3HD8A 2O4LA 3ER3E 1OHRA 2BBBA 4FLGA 1IVQA 1B6MA 5P2TA 5P3HA 2AOGA 5P65A 1M0BA 5P39A 1BWAA 4YCYA 2B60A 2ER6E 4OBKA 3LPJA 4J17A 2CEJA 2VNNA 4B72A 1FQXA 5KQXA 4Y53A 1LS5A 5P1RA 5P03A 2OHRA 2WF2A 1B6JA 4Z4XA 4MC9A 5P33A 5P5EA 3M9FA 2IKUA 2QI0A 5APRE 5P1PA 4XKXA 2FDPA 5HU1A 3L5BA 4EQJA 5P6VA 1FQ8A 2NXDA 5P5KA 1D4HA 3VV6A 4D8CA 1QBTA 3OXCA 4FIVA 3JW2A 1EPOE 2VIZA 1QBUA 4DJOA 5BS4A 3RSXA 4RLDA 5DPZA 2BJUA 2XYEA 4PEPA 3K5FA 4Y4AA 5P88A 5BRYA 4CKUA 9HVPA 4N00A 3PGIA 3KN0A 5P1KA 1ZPKA 2FMBA 4GJ9A 3TOFA 4J0PA 5P1MA 1LF3A 2RMPA 5P8LA 5P5TA 3OK9A 5P1YA 3G70A 3OOTA 5P6CA 3F9QA 3NDUA 4DJUA 4Y3NA 3UQRA 1BV7A 1XN2A 5P5FA 2QI6A 4LHHA 3TH9A 5P6LA 3S85A 3VF7A 1EC3A 1KJGA 2VA7A 3NUJA 2O4KA 4OBZA 4Q1WA 5KR0A 5P2SA 2G1RA 2Z54A 1FQ5A 3OGQA 1HIVA 4YBFA 2F81A 4JOOA 5P2UA 4CPUA 5F01A 4DUSA 3Q5HA 4Y3WA 5P2JA 3OADA 2FXDA 4KE0A 1LZQA 1RV7A 4H3IA 3WB4A 3GGUA 1DMPA 3D1YA 2AVMA 4U7QA 1LF2A 1XDHA 5DR8A 2QI3A 2JJIA 3ER5E 5P4QA 5OZUA 5P1BA 1HVHA 4DPFA 1MUIA 1MTRA 5P7XA 2QD6A 4Y3HA 5P5BA 5P4SA 4OBZB 4WTUA 5COKA 2F3KA 4D88A 4FS4A 4GJ8A 2G1NA 4B70A 2AVQA 1BDLA 2FGVA 2R9BA 5KQFA 4Y56A 3BHEA 3PI5A 5P12A 1FB7A 1EPNE 3OADB 3SA5A 1AXAA 4K4QA 1A8GA 4D89A 3ZMGA 6APRE 2VA5A 3SKGA 2I0AA 3D20A 2BPVA 3OUAA 7HVPA 3HLOA 3SA7A 1CZIE 2P4JA 5P86A 3K5CA 1BILA 2QMFA 5ER2E 5P55A 4Y4UA 3H0BA 5DGWA 5DR7A 1FIVA 3QN8A 4Y54A 5P6UA 2BPWA 1FMUA 2G1YA 5P2DA 2B8LA 4DJRA 5OZ9A 4YOAA 3TTPA 1AAQA 1IZDA 3TKWA 3UQPA 1ZAPA 5P8EA 1SDVA 3U71A 3L5CA 2BPXA 5P6SA 5P2HA 2RSPA 2Q11A 4HDFA 4RGHA 5P3NA 5P5ZA 2J9JA 4DJWA 5P2EA 4DI2A 3SA3A 4PPHA 1A9MA 2BPYA 5P28A 1HIIA 3TPJA 4ZEAA 1NPWA 1K6TA 4I10A 3EM6A 1AZ5A 1ZTZA 3KFPA 5OZPA 4RRNA 1Z8CA 5P52A 5P6GA 2F3FA 2UXZA 5OZFA 2HB4A 3ZL7A 4UPJA 5P8PA 2VJ9A 5P0GA 5P1LA 5P4CA 1VIKA 5P1HA 1D4KA 2OHKA 1C6XA 4Y5NA 3PSYA 1W5YA 3ZLQA 1PSOE 4YDFA 4AA9A 3D3TA 5OYZA 2J9JB 3AIDA 4YD7A 5P6YA 2R8NA 4NJUA 4FRJA 4Z22A 3OQDA 3KT2A 3PB5A 1HPXA 3URJA 1ZSRA 1EBYA 1F34A 3O9IA 1KJFA 4IVTA 4JPCA 4DQGA 3HDKA 2QP8A 5OZIA 1E80E 5P05A 5P87A 2VS2A 5I3WA 3DV5A 2ZJNA 5HDXA 4Z50A 5P7LA 5P8AA 5P8TA 3JVWA 2VIYA 5P68A 5P35A 5P3FA 3IVIA 2HS1A 1ZPAA 5P7OA 5P4WA 1G2KA 2NXLA 4GJDA 3SA6A 5P5JA 4FE6A 3QVCA 5P57A 5P2CA 4R5NA 5AHAA 3UQXA 2QMDA 5P32A 5P6OA 1YTIA 3NWQA 3PSUA 3TL9A 4PHVA 3RSVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4APE A;  5P20 A;  3ZKM A;  2ZHU A;  3FNS A;  5P75 A;  4CPW A;  5AHB A;  3OAG A;  1APU E;  4XX3 A;  4HE9 A;  3UQU A;  2QI5 A;  4Y3T A;  2AOI A;  1IBQ A;  4CPS A;  3UPJ A;  5P4A A;  2ZJJ A;  2A1E A;  3OQF A;  5P7U A;  4TRY A;  3IAW A;  3SKF A;  2SAM A;  3BRA A;  5P7B A;  1BVG A;  4Y51 A;  4B0Q A;  4I0G A;  2PK5 A;  2PMA A;  2PWC A;  3OAG B;  5OZ5 A;  3INF A;  3UDQ A;  1EC0 A;  5P1Q A;  5P47 A;  2ER7 E;  1B6L A;  3IN3 A;  4DFG A;  4Y4B A;  1K1T A;  2MIP A;  4J5J A;  5P71 A;  1GVX A;  1YM2 A;  2RKF A;  2OAH A;  1D4J A;  2QZL A;  2ZDZ A;  4Y6M A;  3QRS A;  5P54 A;  3Q3T A;  5OZQ A;  5KOQ A;  2QHZ A;  4QJ2 A;  2QI7 A;  3VLB A;  5SY2 A;  5I3V A;  5HDV A;  1EC2 A;  5C9F A;  2NNK A;  3UDP A;  3PLL A;  3NU6 A;  4Y38 A;  5IVT A;  1DPJ A;  4E43 A;  1XL2 A;  3DJK A;  4AA8 A;  4J1H A;  4OBJ A;  5P1D A;  2QAK A;  2FDD A;  3PMU A;  4HEG A;  5OZG A;  1PPM E;  3ST5 A;  5P7S A;  5P3Q A;  2AQU A;  4EJ8 A;  5P5M A;  1Z1R A;  4NPU A;  5P4V A;  3UDM A;  3MSK A;  1Z1H A;  4NJT A;  4R95 A;  2Z4O A;  3VUC A;  5OYW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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