5P8QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 359
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8qA01
1XS7D 3BGBA 5P4CA 4DJUA 5P5GA 3N4LA 5P3JA 5P5IA 4Y5CA 3EM3A 1ZTZA 1C6XA 2AOGA 3LPIA 3PCWA 4HA5A 5P3AA 4YD6A 4L1AB 1B6JA 2VIEA 5P3KA 3NU4A 5P6KA 1VIJA 4Y3JA 3S54A 4CP7A 5P05A 2J9KA 5P07A 5DR7A 1HPXA 5P17A 5P63A 1GKTA 4Y4AA 3EKVA 5P7JA 5COOA 4Y3FA 5OZ5A 5OZTA 4I12A 3O9DA 5P2RA 4J5JA 3EL9A 5P4UA 3UDYA 1W5XA 3RTNA 3INFA 2I1AA 4I0JA 5DR3A 3UDRA 3VYEA 4JPCA 4FM7A 5OZQA 2QU2A 1CMSA 5P7XA 3G6ZA 4Y54A 4GIDA 5KQFA 4NKKA 5P7NA 1IZDA 4R95A 4JOOA 3WB4A 1A30A 4DUSA 1EC0A 4U7VA 1XN3A 3HZCA 2MIPA 5P6WA 2ZJMA 4A6CA 1FQ8A 5P8AA 2HB3A 1QRPE 3KMXA 3I25A 1A94A 2R9BA 4Y5BA 4EJ8A 4FSEA 5P44A 1D4KA 6FIVA 2ER7E 5P4MA 2VJ9A 3EKYA 2OHPA 3BUHA 1AZ5A 5P13A 2QI6A 4GMIA 2AVOA 5P2TA 3ZKSA 3NXEA 3G72A 5P7HA 3VV6A 3PSUA 4FAFA 3UDHA 5KOQA 5OZWA 3PI5A 1B11A 3UCBA 2RKGA 4Y57A 5P57A 5P7PA 3KFSA 3OADB 3LZYA 2WF1A 3FIVA 2AOFA 4KB9A 5P25A 5P88A 2OHTA 5T4SA 3PM4A 4L1AA 1B6PA 1BV7A 5P78A 3KFRA 2VA5A 3OAGB 5P0UA 2AOIA 1G0VA 3TNEA 5OZ6A 5P3TA 2I4QA 1TSQA 5P2MA 2WL0A 3NDWA 1B6MA 4J55A 5P3ZA 3CMSA 3QVIA 4ER4E 1YTGA 1QBSA 4QJ7A 1XDHA 5HU1A 4HLAA 5P86A 3LPJA 1XL5A 4WY1A 1HPOA 2QNNA 5P0YA 3NSHA 4HVPA 4Z2ZA 5P14A 3NDXA 2WEDA 2H6TA 4EP2A 3PB5A 4GJDA 4OBKA 3IVHA 4FRKA 5P53A 4LC7A 4OBZB 3OXVA 4Y3LA 5OZCA 3C9XA 2Q63A 2OHSA 5P3CA 5P7DA 1HVJA 5P1DA 2IS0A 1BWAA 2VS2A 2QD6A 1XE6A 5P7YA 5P0EA 5DR8A 5P7AA 4J54A 5P6UA 3PVKA 5P84A 3UDQA 4I10A 2FXDA 2AVMA 4DH6A 5P62A 5P8QA 3CKRA 2R8NA 3OADA 2ZHUA 5P5AA 5OZSA 1FMUA 4H1EA 2HAHA 2QZKA 3OU3A 5P3PA 2V13A 5P0BA 2AVQA 2QMFA 5P7EA 5P71A 3OAGA 4NJTA 2AVSA 4ZLSA 3VF3A 3KDBA 4EYRA 2QZLA 5P74A 3HDKA 3KFPA 2IQGA 3K4VA 1EC3A 1EPLE 5P48A 2QI1A 5P6CA 4FAEA 3O9CA 5SY3A 5P08A 2F3FA 3LINA 3EL1A 5P2VA 1PPLE 5P04A 1IZHA 3OU1B 3PBDA 1NH0A 4YBFA 1K2CA 1BDLA 3LIZA 4LXMA 5ISJA 4OBZA 3TOHA 5KR8A 5P2LA 1DAZC 5OZ8A 6APRE 5P12A 1UH9A 5OZVA 1LZQA 4R5NA 1Z1HA 4YCTA 4CPXA 1B6LA 5P7SA 5SY2A 4Q5MA 2HB2A 1FGCC 4I0FA 4OD9B 4OBDA 5P60A 2QCIA 5P32A 5P7BA 8HVPA 2QHYA 1OEWA 1RPIA 5P3HA 1TQFA 5OZIA 5TOLA 5P4RA 4XXSA 2BJUA 4J1KA 2QZXA 4ZEAA 5P37A 5P4BA 3T7QA 3O9GA 3VYDA 5AHCA 4YD4A 6UPJA 3UDPA 2QI0A 1YM4A 2ZJIA 5P1WA 1IIQA 4ACUA 5P15A 4B78A 3FX5A 5HD0A 5P19A 5FIVA 4GJ6A 5P1QA 5P8IA 5P8OA 1DW6C 2BPWA 5P2EA 5P0JA 4ER1E 2Q55A 3S7MA 1HXBA 3D3TA 3ZL7A 3OU1A 3SACA 4OBJA 3U6AA 3QAAA 3FKTA 1EC2A 5EZZA 5C9FA 5P0QA 1ZSFA 4QJ8A 3L5BA 1T7JA 4HEGA 3JW2A 3OUBA 2PK5A 3TH9A 4I0DA 1BVGA 5P61A 1OD1A 4J1EA 1IDBA 4FM6A 1LYAB 1W5VA 1APTE 5AHBA 1B5FA 5P1YA 5HDVA 3O99A 2UXZA 2CENA 5P5EA 5P6EA 1D4LA 2AOCA 4B0QA 5P45A 4ZSPA 4CPUA 1KJ4A 3MSLA 2CEJA 3SA8A 3WZ7A 4KUPA 3L5FA 4OC6A 3Q5HA 3PGIA 3PMUA 4RCEA 3KFNA 5OZ4A 4ZPGA 2VIYA 5P36A 3APPA 2QK5A 2Q54A 1ZPAA 1HTGA 1FFIC 4DI2A 4Y4WA 5P49A 2ZHRA 3S7LA 4Y3WA 5OZJA 5AH6A 3CKPA 3DV1A 3OHFA 3SABA 1B6KA 1KJHA 3OU4A 5P0SA 3VFBA 5OZUA 5P89A 3VFAA 3VF7A 4D89A 5OZ1A 5OZRA 1ODXA 1MIQA 3UDMA 2ZHTA 5P5PA 2AOEA 5P1GA 3OY4A 5P3EA 4FS4A 4Y3TA 5P3IA 3KYRA 1G6LA 3NU5A 5P8FA 3DJKA 3CICA 4XX4A 4D8CA 2P8HA 1PSNA 1IBQA 2F8GA 3ZKQA 5P80A 5CLMA 4J17A 2WKZA 2ZYEA 1LYAA 2G22A 1BXQA 1EC1A 4RRSA 1LYWB 3MSJA 5P8TA 3HAWA 5P00A 2OHMA 5HVPA 2F80A 1LEEA 5JG1A 4DJPA 4M8XA 2WF0A 3LZUA 1MT7A 3CKTA 5P6TA 4CPTA 2G1SA 4J1FA 1OHRA 3PJ6A 2OHRA 4Y4XA 1YTIA 2P3AA 4Y3XA 2O4LA 2NXDA 4Y4UA 3ZKXA 4K8SA 4COEA 2Q15A 1HPSA 4CKUA 5P1LA 5P2HA 3OTYA 1EPOE 1EBYA 3WSJA 5P2NA 5AH7A 4ZSMA 1SH9A 3UQRA 1MERA 3VSXA 3L3AA 4YHQA 5I3XA 1D4YA 4Y3SA 4TVHA 4I0IA 4H3GA 3O9FA 3DOXA 1FQXA 3L59A 9HVPA 5P2FA 2JJJA 5P11A 3TTPA 3QI1A 5P2SA 5P3RA 2O4SA 3GGXA 5P4DA 1HIIA 5P0GA 4FRJA 5P3XA 2ZHSA 3INDA 3Q70A 3KT2A 4GJAA 5P1TA 2HS2A 2WEBA 1K1TA 4Y5NA 4QJ6A 5OZMA 4YCYA 1M0BA 3NLSA 3QIHA 2ER9E 4B1EA 2QHCA 5P4GA 4CPWA 2UPJA 4DFGA 1BBSA 5OZFA 1GNMA 2AOJA 3OXXA 3PSGA 3PLLA 4Y4GA 5P0HA 4S1GA 3OXCA 4PEPA 1HBVA 5P4AA 2G69A 4Y43A 5I3WA 5KAOA 4L7HA 1QBRA 5P0KA 4LHHA 2IGYA 3EKPA 3F9QA 1SMEA 4H3IA 5P4XA 5P5RA 1T6EX 2QI7A 2HM1A 4B70A 3HVPA 4MC2A 3TPRA 5IE1A 2IENA 3L5DA 4IVTA 4R93A 5P8KA 4FCOA 1EPPE 5P5QA 4DJQA 3OQFA 3LZVA 5JFUA 4JP9A 4Y3DA 2B42A 4J1HA 1D4IA 3LIVA 3HW1A 5P0NA 3OUAA 3NU6A 5P1RA 3VCMA 3R1GB 1BXOA 3BVAA 4D88A 5DQCA 2VA6A 1CZIE 4JECA 4Q1YA 1K6CA 3D91A 2OHLA 2B7FA 2ZJKA 4B05A 4Y47A 5OZEA 5P0OA 5P67A 1M4HA 1CPIA 2XFJA 2OHUA 5B18A 3EL5A 3FNTA 4FM8A 1VIKA 1FB7A 4GJBA 5P0WA 1W51A 1HTRB 3CIDA 4I0ZA 4RROA 2BPVA 1SP5A 2PK6A 2PSUA 5KR1A 2HIZA 5P20A 2QZWA 5P3LA 3EKTA 2V12C 5HE4A 2ZJNA 5P02A 3GGAA 2I0DA 4Y45A 5P7MA 4F73A 5EZXA 4Y3EA 1BDRA 3RSVA 3A2OA 5P59A 5P6XA 4Y4BA 4AA8A 2VNMA 3NXNA 1SDTA 2Q11A 2OF0A 1FMXA 4LXKA 4YDGA 5ENKA 4Y5AA 2FGVA 5P3NA 4BELA 5P4EA 3APRE 3QS1A 1W6HA 4TRZA 2RENA 3M9FA 3UTLA 5P7IA 4CPSA 4I0HA 5P4VA 3QPJA 5C9DA 5KQYA 3UFNA 1Z8CA 1HSIA 5UPJA 4A6BA 3UDKA 3WB5A 2NNKA 2J9JB 4TRYA 5P5DA 5P1EA 3GI4A 1F34A 3U7SA 2QMDA 5P24A 3K5GA 3SA6A 1PPKE 1KJ7A 3GI6A 3QRMA 5P5OA 2PSVA 5P6ZA 4Z50A 5P3SA 2O40A 2NXMA 3OQDA 3KDDA 5E5KA 3TKGA 3NDTA 3ZPSA 4NJVA 2QNQA 1E5OE 5P5BA 2XFKA 1MT9A 2JJIA 4RRNA 5P4WA 4APEA 5BWYA 5HTZA 3LNKA 4AA9A 5P5LA 5P40A 5IVSA 5P2XA 1AIDA 3SA9A 1MESA 2CEMA 5P5SA 5KQZA 4OBHA 5P0CA 4Y4DA 7HVPA 1C6ZA 2I4WA 3JVWA 2QD7A 1QDMA 4YCKA 2FNSA 5P2UA 1T7KA 1HWRA 1T7IA 1HSGA 2ZE1A 3ZMGA 1HIHA 5OZYA 1WBKA 4R92A 1TW7A 4LBTA 5P7WA 3O9BA 5P7ZA 5DR1A 2FLEA 2XYFA 5OZGA 2ER0E 3SKGA 2VJ6A 3URIA 5P3DA 1IVPA 1K1UA 1A8KA 5COKA 2AQUA 2QNPA 5P6NA 5P1UA 3B7VA 2F81A 5P5NA 4I8ZA 5P4IA 1DPJA 3TPJA 2B8LA 4Y3QA 5KOSA 1DP5A 5P2OA 4A4QA 5HCOA 1HVHA 1RL8A 3CIBA 1FQ5A 1LS5A 1K2BA 2OHNA 4DQCA 4NPTA 3B80A 2ZJJA 4U7QA 2QD8A 5P5HA 2OHKA 4OBFA 5P7OA 5P3UA 3ECGA 2IKOA 1EAGA 3WZ6A 2ASIA 1AAQA 4RCDA 5E5JA 1HRNA 2HPEA 3OQ7A 5OZBA 3VYFA 1ZLFA 3R0YA 3HD8A 3D20A 4D85A 5P1XA 5SZ9A 2P3CA 4YD5A 4ZPFA 2Q5KA 5P4NA 3VLBA 3K5DA 5P09A 4RVJA 2WF3A 2B60A 2VIZA 4DQFA 3UQPA 2NPHA 3VV7A 2G1NA 5OZHA 5BRYA 3KMYA 1T3RA 3UQUA 4K4PA 3T7PA 1BAIA 5ISKA 3QRSA 1SBGA 5P6GA 4M8YA 2QI5A 3O9AA 4QJ9A 4DQBA 5P1FA 2HS1A 5P0DA 1PROA 2ZGAA 2VIJA 3FV3A 4OBGA 5PEPA 5P8GA 1HVIA 5OZOA 4Y51A 4EP3A 5KQXA 4ZIPA 5KR0A 3NWXA 2WF2A 4MC9A 5OZNA 5P7UA 5P5TA 5P5MA 3NU9A 3UFLA 1SMRA 5P8SA 2Z4OA 3INEA 3PHVA 3HLOA 4Y3ZA 3BUGA 3ZPTA 3BGCA 3LIXA 1QS8A 4LXAA 5P2JA 3TOGA 1EEDP 2VJ7A 4OD9A 1MTBA 1HOSA 1ZP8A 1FIVA 3ST5A 2V16C 3IAWA 1T6GA 1HVCA 2FIVA 4AUCA 1W6IA 5P46A 5P8RA 2QHZA 4Y5PA 3UQWA 5P6PA 5P1NA 5I3YA 2I0AA 5P4SA 2BB9A 4J1IA 3VG1A 3L5CA 5P1KA 2G1OA 3BRAA 5P5FA 3HAUA 5P3FA 2WEZA 5P3YA 5OZKA 2G20A 2SAMA 4RGHA 5OYSA 2BPYA 2WECA 4DPFA 2R5PA 5DR0A 3PWWA 5P8UA 3O9HA 4WY6A 3MXEA 2PSGA 3QRVA 4F76A 5P3OA 3EXOA 5JODA 3IXKA 5P7GA 4U8WA 5P7RA 4Y3GA 4Y3HA 4EHCA 1MRWA 3LIQA 4Y36A 2BPZA 3PWMA 5P28A 2V10C 4L7GA 3I2LA 5P68A 4GB2A 3BVBA 5P5WA 2QU3A 2JE4A 3PEPA 1SGUA 1FMBA 2ZDZA 4DQHA 1FKNA 3EMYA 3BUFA 4RCFA 2XYEA 1GVTA 4FGXA 2R3WA 3PLDA 1IZEA 2IL2A 1MTRA 5OYZA 5P6BA 5P72A 4LP9A 2IRZA 5P4JA 3EC0A 3QVCA 5P2QA 2NR6A 2F3KA 3SAAA 3K5CA 2Q64A 3GI0A 4EWOA 4Y39A 3VSWA 2JXRA 2F3EA 3DK1A 4X7IA 4Q1XA 5F00A 4EJKA 3SA3A 3INHA 5P87A 4FSLA 3IVIA 1NPWA 3GI5A 1GVXA 5P03A 2G27A 4I1CA 5OZ2A 5P7CA 1ER8E 1IZIA 2A1EA 1AXAA 1NPAA 5OZ3A 1K6PA 4DV9A 1LF4A 4N00A 3MXDA 4DPIA 5P1ZA 4J1CA 4XKXA 1BVEA 2V00A 3R4BA 3LPKA 1EPQE 5C9BA 4Y35A 2FDEA 2IKUA 3OOZA 1HVLA 4RVIA 1FLHA 2BQVA 5DQ1A 2IGXA 1HVKA 5P0RA 5P4TA 5P64A 4AMTA 3ZKNA 1HTEA 5P47A 1ZJ7A 5P6IA 4RYCA 4UPJA 4CPRA 3KT5A 4DQEA 3IA9A 5DR4A 4QJAA 3OXWA 7UPJA 3L38A 3QBFA 3AUPA 1BDQA 3ZPUA 1LYWA 3QN8A 4Y6MA 4Y53A 4YD3A 4J0ZA 5P8VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XS7 D;  3BGB A;  5P4C A;  4DJU A;  5P5G A;  3N4L A;  5P3J A;  5P5I A;  4Y5C A;  3EM3 A;  1ZTZ A;  1C6X A;  2AOG A;  3LPI A;  3PCW A;  4HA5 A;  5P3A A;  4YD6 A;  4L1A B;  1B6J A;  2VIE A;  5P3K A;  3NU4 A;  5P6K A;  1VIJ A;  4Y3J A;  3S54 A;  4CP7 A;  5P05 A;  2J9K A;  5P07 A;  5DR7 A;  1HPX A;  5P17 A;  5P63 A;  1GKT A;  4Y4A A;  3EKV A;  5P7J A;  5COO A;  4Y3F A;  5OZ5 A;  5OZT A;  4I12 A;  3O9D A;  5P2R A;  4J5J A;  3EL9 A;  5P4U A;  3UDY A;  1W5X A;  3RTN A;  3INF A;  2I1A A;  4I0J A;  5DR3 A;  3UDR A;  3VYE A;  4JPC A;  4FM7 A;  5OZQ A;  2QU2 A;  1CMS A;  5P7X A;  3G6Z A;  4Y54 A;  4GID A;  5KQF A;  4NKK A;  5P7N A;  1IZD A;  4R95 A;  4JOO A;  3WB4 A;  1A30 A;  4DUS A;  1EC0 A;  4U7V A;  1XN3 A;  3HZC A;  2MIP A;  5P6W A;  2ZJM A;  4A6C A;  1FQ8 A;  5P8A A;  2HB3 A;  1QRP E;  3KMX A;  3I25 A;  1A94 A;  2R9B A;  4Y5B A;  4EJ8 A;  4FSE A;  5P44 A;  1D4K A;  6FIV A;  2ER7 E;  5P4M A;  2VJ9 A;  3EKY A;  2OHP A;  3BUH A;  1AZ5 A;  5P13 A;  2QI6 A;  4GMI A;  2AVO A;  5P2T A;  3ZKS A;  3NXE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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