5P8R | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0250286777340185__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0250286777340185__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P8R/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0250286777340185__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0250286777340185","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P8R/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0250286777340185__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d019504832c0da8dbc844cf/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d019504832c0da8dbc844cf/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	82
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p8rA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p8rA01

4Y5MA 3CMSA 1IZDA 2PSVA 2O40A 5HE5A 1MRXA 1GVVA 1GKTA 5P06A 2OHPA 4NPTA 3EL5A 2NPHA 4Y37A 5P6JA 5P1YA 5C9FA 5P8RA 5P1UA 5P2MA 5P1DA 5P0MA 2OAHA 3T3CA 3PMUA 5P6RA 1HVSA 2UXZA 5P1SA 3HAUA 3JW2A 2I4VA 5P86A 3UDQA 5P30A 4FGXA 5P2BA 5BRYA 5P70A 4JOOA 3NXNA 2PK6A 5P3FA 4TRYA 1IZHA 3CKTA 1OEXA 1UH7A 5P3HA 5OZWA 1VIKA 5P29A 4Y3HA 2ER9E 5T4SA 5P0VA 3LIVA 4I12A 1FIVA 2ZJHA 3SM1A 5P43A 4D89A 3NU6A 4D83A 1IDBA 2PWCA 5ENMA 2QK5A 3GI0A 1HTFA 3ZKGA 4TRWA 5P88A 2ER7E 2HB2A 3WB5A 5P4IA 5P18A 5OZLA 3BXSA 3JVWA 2B60A 1YTJA 5P5JA 5EZZA 4EJKA 1SMEA 4I8ZA 1HSGA 4NKKA 4K4PA 3MXEA 1YTIA 5COPA 2V12C 2HS1A 3T7QA 5I3XA 4GJ9A 3SA6A 4LAPA 3VF3A 1SDTA 4LXAA 2ER6E 3ZL7A 5P35A 4RYGA 4J0PA 3L5FA 3LITA 2Q15A 2ER0E 1QDMA 3S54A 4Y45A 4FM7A 3KFNA 3QBFA 8HVPA 1FQ7A 2HM1A 1XE5A 4RGHA 1ME6A 3PWWA 4LXMA 1ODYA 4NJSA 5OZZA 3PRSA 3L59A 2WEDA 5P8OA 2Q3KA 5P6FA 3I8WA 5DQ1A 3NR6A 5P6YA 4DJQA 2QNQA 3KT2A 1FG8C 5P2EA 5P5SA 3GGUA 5OZQA 2I4WA 4QJ9A 5OZAA 5OYSA 2AOJA 2R9BA 1SH9A 4Y4UA 4YD3A 3S45A 4U8WA 4DQGA 3TPRA 5P60A 2XYEA 3OXVA 3VYFA 1EBWA 4BELA 1AVFA 3T7XA 4H1EA 1FQ5A 3OGPA 2F3FA 4OC6B 3HDKA 4RLDA 4B1DA 5OZFA 1HPVA 2Q11A 3LPIA 2BPYA 5P00A 4ACUA 2IRZA 3N3IA 5OZJA 5P67A 3EM6A 3NDWA 4B78A 1LYBB 4J17A 1ZJ7A 2B7ZA 3HW1A 3MWSA 2O4KA 5KQXA 1PSAA 4YA8A 5P5WA 2XFIA 2QHYA 5P6CA 5P3DA 3LNKA 5P0PA 5KQFA 5P3NA 2ZJIA 3VUCA 2HB3A 3IA9A 3UHLA 4OBKA 3KFSA 4JPEA 5P3RA 3PCZA 3O9HA 3VLBA 4Y3NA 5P38A 4Y3EA 4EYRA 2PH8A 4H3JA 5UPJA 4DJOA 4OBZA 4QLHA 1F34A 5P7AA 4FM8A 4GZFA 1HTRB 5P31A 4Y5CA 5P4LA 2VA6A 4YCYA 1XL5A 4I0JA 4ACXA 2G26A 1K6PA 5P53A 4TVGA 1ZSFA 1AJVA 2BJUA 3NLSA 4FSEA 4DI2A 5CLMA 4Y36A 5F01A 4A6BA 4M8YA 2ZDZA 5P20A 3NUJA 3NU3A 4Y44A 3T11A 3ZKNA 2ZHRA 5P65A 5HVPA 4Y4EA 4Y4DA 2R5QA 5P3JA 2B8VA 1EC2A 3KM4A 3O9FA 5SZ9A 5KR8A 1RNEA 1HPSA 1BVGA 5P7TA 3L3AA 5P3GA 2PYMA 1W51A 2HC0A 5P26A 3ZLQA 3BXRA 3EKPA 5P69A 3PB5A 5P52A 4PHVA 1SGUA 5HD0A 3OOTA 3S85A 5P07A 4DQBA 1ZP8A 5P48A 2J9JA 1IBQA 2P3DA 4LXKA 1SDUA 1EPQE 1FQ8A 4FRSA 4J0YA 4NJUA 3IXKA 3D3TA 4ZPEA 5P7GA 4I0HA 4RCFA 3ZKQA 4RYCA 4OBDA 3OXCA 5P2QA 2Q55A 5OZ5A 4D88A 5P4JA 3FNTA 1MEUA 5DR3A 3VYEA 2R43A 5P6KA 3WB4A 5P17A 4GB2A 5OZNA 2WF3A 5P7ZA 5P3PA 5I3VA 1XL2A 3SFCA 1FFFC 1FEJC 1YG9A 5P1IA 3HBOA 4Y4ZA 5DR1A 1IZIA 1HXBA 3NYGA 5P27A 2IS0A 4HZTA 5P6NA 2BPVA 5P7PA 5IVSA 2P3AA 5P0LA 3PSGA 4L7HA 3EKTA 3KDBA 1NPWA 2V11C 5P2VA 3PGIA 4NJTA 5P7CA 5OYWA 3NXEA 2Z4OA 5P3TA 5P2WA 2I0AA 5P6QA 3H0BA 3URLA 2AOFA 4Y58A 1HOSA 4FIVA 2QAKA 3LHGA 1XDHA 4Y51A 2IKOA 3GGXA 4DV9A 3KYRA 2Q64A 2OHQA 1PSOE 5P85A 3D1YA 2AODA 1XN3A 4Y3JA 2P8HA 2F81A 2PSUA 5P45A 2NXLA 5P49A 2QI1A 5P8VA 1M43A 5P5GA 3SAAA 1M0BA 1ODWA 5P5TA 2A1EA 5KOSA 3Q3TA 4OBZB 3I6OA 3FV3A 2AZCA 3UDKA 5P6WA 5P6SA 4Y54A 5P39A 5P2XA 3ZPSA 3BGBA 3UQXA 5P68A 3HLOA 2R38A 3Q5HA 3SACA 2QZXA 3KFRA 4Y5KA 5P3CA 4F76A 5OZUA 3FIVA 5P8AA 3BVAA 4Y57A 4Y3WA 2AOHA 2MIPA 2AQUA 4I11A 5P8FA 4FS4A 5P6VA 2B42A 5E5KA 1D4LA 4ZSPA 1C6YA 5P5MA 5P1BA 1TSQA 2VJ6A 5P4KA 1HVLA 1G0VA 4RRSA 1GNNA 5P3ZA 4B00A 5BS4A 5P1TA 5P58A 5P19A 1W5YA 2BPWA 2OHTA 1D4IA 3OTYA 2G94A 1IVQA 1LF2A 4S1GA 5P4ZA 5P82A 4R8YA 4PEPA 3IAWA 4U7VA 5DGUA 3K5CA 2JXRA 5ENKA 4J55A 2V00A 1FGCC 5DQ2A 4DQCA 1G2KA 1XE6A 5P34A 5OZRA 4J1IA 1B6MA 2HPEA 4B05A 1QBTA 3NDTA 5J25A 5KR1A 3T7PA 4ZEAA 3QRSA 5P5VA 2QZLA 3CIDA 4YOAA 3LZUA 1W5VA 2BPZA 5P7UA 3DV1A 1AAQA 1PFZA 5HCTA 3VSWA 1HVIA 3TTPA 2PWRA 1C6XA 3O9GA 3OHFA 5P23A 5P1JA 1FB7A 2WJOA 5P55A 5P47A 4EJDA 1MT7A 1EBYA 4XXSA 4A4QA 3O9AA 5P3VA 2QMDA 4J1CA 4HDPA 3BVBA 4YD5A 4B70A 5AH8A 4BFDA 5EZXA 4DPFA 5HE4A 1Z1RA 2NNKA 2PMAA 3K4VA 5P2HA 5P4QA 4IVSA 1GVTA 4J1FA 3IVHA 3VCMA 5P3EA 2IGYA 1EAGA 1FG6C 1HRNA 5P4RA 5SXNA 4L7JA 3KA2A 3NDUA 2QI7A 1T7IA 5P2DA 4NJVA 3UDNA 5P1FA 5P0QA 4R95A 3UDPA 3OOZA 5AHCA 2APRA 3FNUA 5AH9A 1BDLA 2IDWA 2HAHA 1D4HA 4YCKA 2QNPA 3QRMA 2XYFA 4CMSA 2QI5A 3BUHA 1BWAA 2QNNA 3QBHA 2HB4A 4CKUA 1BIMA 4Z4XA 5OZBA 4Z2ZA 1F7AA 3OQKA 3WSJA 2VIEA 3SPKA 4Y4BA 5P6BA 3EBZA 3UQUA 4L1AA 5OZTA 5P8SA 3N4LA 4QJ6A 5P5DA 4FE6A 5P7VA 2AOGA 3PEPA 5P4EA 2H6TA 1BDRA 5P7OA 5P7RA 3L5DA 1T3RA 5P6ZA 5P0ZA 3UQWA 2G1SA 2P83A 4I1CA 3SA5A 3MSLA 3LIZA 5OZPA 1HEFE 3PWRA 1PSNA 1G6LA 1ZSRA 2FGVA 3U71A 5P1ZA 2QMFA 5OZ6A 5OZ9A 2BB9A 4ZSQA 1D4SA 2QP8A 2VS2A 2ZJNA 5P3BA 2G24A 3DJKA 3LPKA 5P28A 3OAGA 5P09A 5P3UA 3UPJA 3VV8A 4Y3AA 4Y4GA 1C70A 2O4SA 5DR7A 5P1NA 2F8GA 4X7IA 1N49A 4HLAA 1YX9A 5OZ4A 1EC1A 4B0QA 5P0SA 5HCOA 3SO9A 1B11A 2VJ9A 3OU3A 2CEJA 3S43A 5P5HA 7UPJA 5P5XA 2VA7A 1GNOA 5P1PA 2ZJJA 4GJDA 3LIQA 5P33A 4J54A 5P24A 5P2GA 1UPJA 4YHQA 4N00A 3M9FA 5P3AA 4WY1A 1GVWA 1ZPAA 3DCKA 4Q1WA 3KDDA 3ZKXA 1W5WA 1BAIA 2FS4A 5P8JA 5OZ3A 1IIQA 4Y5GA 3EL1A 3TPLA 2WF2A 4Y3TA 1HHPA 3GGVA 5P0NA 5DQ5A 3FKTA 2ZE1A 5P05A 3EM4A 3K1WA 3SA9A 1HIVA 1BXQA 5P4HA 1W5XA 3OU1A 1MTRA 2QD6A 3EKWA 5P0JA 3G70A 5P7YA 3QRVA 3DOXA 4ZE6A 1HVKA 5OYRA 4Q5MA 3PVKA 5DQ4A 2QHCA 3D91A 2AZBA 3UCBA 5P8MA 1HPXA 4LL3A 1TCXA 4R92A 5P3LA 5I3YA 2QZWA 5COKA 3EC0A 1FMXA 5ISKA 1MPPA 4I0DA 4LC7A 4Y4AA 5P5BA 1YM4A 1ZPKA 5P4CA 4M8XA 4Y3XA 5P01A 5P4DA 2IENA 3OQ7A 3EKQA 4ZIPA 4YDGA 3K5DA 2FNTA 3SABA 5B18A 3I7EA 5P5EA 5OYXA 3K4VC 5P2UA 5ISJA 3OQDA 1MRWA 3OXXA 4DVFA 2G22A 3IXJA 1SIPA 2WF4A 2G1OA 1QBSA 5P42A 1K1TA 5OZSA 5P1QA 1FQ6A 3K5GA 5P0YA 4ZSRA 5P2YA 5P0WA 4AA9A 1AZ5A 5P1WA 1A8KA 5SY2A 1J71A 3HZCA 5P6IA 5P2AA 3KDCA 3S7MA 5HDXA 5P5LA 5P14A 3RSVA 1IVPA 5OZ8A 3WZ8A 5P61A 5P40A 1GVXA 5P4BA 5OYZA 3GGAA 1E5OE 3RTHA 4MC1A 1FKNA 2ZHTA 1EBZA 5P76A 5P5CA 6FIVA 2PSGA 3VV7A 5P0BA 4Y4WA 3S53A 3L38A 2BPXA 5KR0A 4YD6A 3UQRA 2OHKA 3QROA 3PLLA 4RCDA 1DAZC 5P2CA 3OY4A 2FXEA 4B72A 1KJFA 1CZIE 2ZJKA 3BUGA 5P7XA 3D1XA 4Y3MA 5P5NA 4EQ0A 3OU4A 3UDMA 4GYEA 4CPRA 1VIJA 3OAGB 4YCTA 2FLEA 5P7SA 2HIZA 4Y56A 4Y50A 2I4QA 5P44A 4OBGA 5I70A 3O9IA 3TPJA 3L58A 5P2IA 1WBKA 4QJ8A 5P03A 3G6ZA 4Y5NA 1APVE 5P59A 2OHNA 2P3BA 5P72A 4EXHA 2EWYA 1HXWA 1EPNE 2P4JA 3OUAA 5P0EA 2I0DA 5P12A 4FRJA 5P4OA 1LYAA 5SY3A 3AUPA 4HEGA 2AVSA 5OZEA 1QRPE 2UPJA 4K4RA 5P16A 3OXWA 5P4GA 2XFKA 4KUPA 3VSXA 4LP9A 1UH9A 3LZVA 5AH6A 4J0VA 2WHHA 1B6LA 5P1AA 5P0HA 3BUFA 1W6HA 4WY6A 5P8KA 4Y39A 4XX3A 3S56A 2PK5A 4CPSA 2OHUA 5P2NA 1ZLFA 2BQVA 4AUCA 3SKFA 3OU1B 3Q4BA 2F80A 1GVUA 2FIVA 4CPQA 3MSKA 3ZPTA 3TH9A 5HDVA 5P7WA 1T7KA 2G69A 1AJXA 2I1AA 3PM4A 3RTMA 3EM3A 3URJA 4BEKA 3GI6A 4MC6A 5P8NA 3VYDA 5OZDA 1AM5A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3OQA A;  4XKX A;  2NMZ A;  1EPM E;  5P66 A;  1LEE A;  4GJC A;  2OHM A;  5OZI A;  1TCW A;  1B6J A;  5KR2 A;  2NXD A;  4F75 A;  4CPW A;  5DR0 A;  2G1N A;  5P46 A;  5P50 A;  1LYB A;  4HVP A;  4Y3F A;  1MT8 A;  4HE9 A;  1EBK C;  3Q6Y A;  4DJP A;  3DCR A;  3PI5 A;  5P2F A;  3MXD A;  1BV9 A;  3O99 A;  3R2F A;  4Y4X A;  3MSJ A;  2F3K A;  4A6C A;  2NNP A;  3SA8 A;  5AH7 A;  3F9Q A;  1MET A;  3PCW A;  2AVO A;  1AXA A;  1EPP E;  2NXM A;  1EC3 A;  3CKP A;  4Y3Q A;  2QD8 A;  4Y38 A;  3GW5 A;  3TLH A;  3S8I A;  3TOG A;  3OUC A;  5P04 A;  5P4X A;  3H5B A;  5P5U A;  4PYV A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P8RA

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