5PEPA

X-ray analyses of aspartic proteases. ii. three-dimensional structure of the hexagonal crystal form of porcine pepsin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
IGDEPLENYLDTEYFGTIGIGTPAQDFTVIFDTGSSNLWVPSVYCSSLACSDHNQFNPDDSSTFEATSQELSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISASGATPVFDNLWDQGLVSQDLFSVYLSSNDDSGSVVLLGGIDSSYYTGSLNWVPVSVEGYWQITLDSITMDGETIACSGGCQAIVDTGTSLLTGPTSAIANIQSDIGASENSDGEMVISCSSIASLPDIVFTINGVQYPLSPSAYILQDDDSCTSGFEGMDVPTSSGELWILGDVFIRQYYTVFDRANNKVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray analyses of aspartic proteinases. II. Three-dimensional structure of the hexagonal crystal form of porcine pepsin at 2.3 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEPSIN
molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
source organism Sus scrofa
total genus 74
structure length 326
sequence length 326
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 1990-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5pepA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5pepA01
3PI0A 1FEJC 1K6PA 5P8IA 5DR3A 5P7XA 3FSMA 5P2AA 3RVIA 1DW6C 1FQ4A 5P1NA 5CLMA 5P74A 1FMBA 1BWAA 5OYVA 4Y3MA 2XYEA 5P2HA 5P6OA 5SXNA 3TPLA 1UPJA 5P82A 2Q15A 2HB3A 5P5XA 3WZ8A 4DJYA 3L59A 4EYRA 1YM4A 2JYSA 5P69A 2JJIA 4YOBA 2IQGA 3URIA 2R43A 5P4CA 3WZ6A 3LIQA 5P6ZA 2WEDA 2WHHA 1BV7A 2ER0E 3KFPA 5P3RA 1F7AA 4Q1XA 2PK6A 5AGZA 4U7QA 3OAGB 3VLBA 2VIZA 1GVUA 3DCRA 5P23A 3OU3A 4TRWA 4FAEA 5OYQA 2QNQA 1HVRA 2OHSA 5P4DA 5P68A 1HPOA 3SA8A 4Y5NA 2BPZA 2NXLA 3R1GB 4Y3LA 5J25A 3GGXA 5KOQA 3KDBA 5P8QA 5P33A 1YT9A 5B18A 4I10A 1CZIE 4DQFA 5P07A 5OZ1A 4MC1A 3NU3A 3HAUA 4Y3GA 4J1EA 2HC0A 2J9JA 4LAPA 1C6YA 1HVSA 3UCBA 3URLA 1YG9A 5AH9A 4R93A 5P8VA 3OADB 5OZUA 3PMUA 1ZBGA 4BELA 1EPQE 1GVWA 2AVSA 2PC0A 3OWNA 2P3CA 5P3WA 4NJUA 1FMUA 3INFA 5P66A 4HE9A 4PPHA 3OU4A 3QRMA 2JXRA 5KR0A 5P7BA 3ZL7A 3PSUA 4FRJA 5P3TA 1K6VA 2WEAA 3AUPA 3PGIA 5AH6A 3NDUA 5OZAA 5ER2E 4ZSQA 3GGVA 1D4IA 2G1OA 5OZ0A 1BWBA 1ZLFA 2QMGA 4EQJA 3L3AA 3L58A 1HIHA 5P7SA 1EBYA 1JLDA 4H3GA 3O9IA 2ZE1A 5OZ5A 4I0HA 5HE4A 5P2IA 5P3FA 5HDUA 2I4DA 3O9DA 1META 4ZPEA 3R2FA 5P5EA 5OZHA 5P1UA 5P2DA 4Z2ZA 3KDCA 1SDUA 1SIPA 4CP7A 5P1HA 5OZOA 2CEJA 3EKTA 1HHPA 4R95A 4J1FA 5P3CA 3HZCA 5P4XA 5P0JA 4YBFA 5P6UA 5IVQA 2ZJNA 5P3QA 2R5QA 3B80A 2Z54A 5P5QA 4OD9B 4FRKA 4X2LA 1SP5A 1YTGA 3D1YA 3O9EA 3VUCA 3ZKQA 2V10C 4Q5MA 2VIEA 5KQZA 4RZ1A 5P1LA 2RMPA 5HCTA 2QZLA 2R38A 3PB5A 5P6SA 5P1CA 1QS8A 5P7MA 1EBWA 2WECA 4EJKA 2IKUA 3EM6A 3PLDA 3NLSA 4F73A 2G1RA 2A4FA 3UDQA 4YCYA 3BXSA 3EL0A 3HD8A 5P2LA 3NXEA 4J0YA 5OZVA 1M0BA 5HDXA 4I8WA 4Y37A 3ZKSA 3EL5A 5P2NA 2QI0A 4M8YA 3NWQA 1IBQA 2BBBA 4B77A 1MERA 1ER8E 4Y3FA 1AZ5A 4A4QA 3HVPA 1FMXA 4J1CA 5P2FA 4ZIPA 1A94A 1T7IA 3O9LA 2WF0A 3UDYA 5E5JA 5P8PA 3BGBA 3VCMA 4B1EA 5P7QA 2RENA 3QRVA 4EJLA 3NU9A 4YD3A 5P62A 3UDKA 2FDEA 5P65A 3OK9A 4GJDA 3OUBA 5P6DA 1SH9A 2IGYA 5P0IA 2J9JB 2O4LA 3CYWA 3FKTA 3EKQA 3VF3A 5OZXA 4IVTA 3SFCA 3HAWA 2SAMA 4DUSA 2ANLA 2VA6A 3UFLA 2PK5A 4CPWA 4FRSA 5P3EA 4ZLSA 3OU4B 2G1YA 5P17A 4I0EA 1NSOA 3NUJA 1D4SA 5P22A 4QJAA 1XN3A 2CENA 4LHHA 4B0QA 4K4PA 5P0YA 5P0ZA 1MESA 3CMSA 5ISJA 5P3XA 3MSJA 1Z1HA 3UF3A 3S85A 2QU3A 3S7MA 4I0FA 1T7JA 2UPJA 1RV7A 2Q5KA 1A8GA 4YA8A 3QAAA 4Y4EA 4ACUA 5P0OA 1WBKA 3ZKXA 1A30A 3KF0A 4Y39A 3PBZA 2PH6A 1HEGE 4GYEA 4FCOA 2O4KA 3BVAA 2PH8A 7HVPA 1D4JA 2NMZA 4Y56A 3U6AA 5AH7A 1SGZA 5OYZA 2XYFA 5P0RA 5P4YA 5OZ2A 4YOAA 5P4FA 4Z4XA 4Y3RA 2Q63A 2ZJJA 4EQ0A 1APWE 2MIPA 4F76A 2BJUA 3D20A 4YE3A 5P5HA 2QP8A 1MPPA 3ZKGA 5P2VA 3QRSA 4D88A 3KFRA 3T11A 4DQHA 1GNMA 2NTRA 4GJ8A 5P4AA 1OEWA 3UQPA 4GJCA 1YTJA 4L7GA 5OZSA 3O99A 5P2MA 1SGUA 4Q1YA 3RSXA 4WY1A 4HDBA 2FS4A 3SABA 1T3RA 5I3YA 2FXDA 5P4ZA 1RPIA 3SPKA 2UXZA 3ZPUA 5HE5A 2Z4OA 4QLHA 4Y48A 1BXOA 2B60A 4Y3XA 5P57A 5EZZA 3NDWA 5OYSA 4U8WA 2QK5A 4NPTA 3CIBA 1TW7A 2B7FA 2I0AA 1EPPE 3UQXA 1W51A 5JODA 1W6IA 5P3SA 1AM5A 1LV1A 3DOXA 3EKVA 1HTRB 5APRE 4M8XA 3TH9A 4ACXA 4EP3A 4OBGA 3OAGA 4J1HA 3Q6YA 1VIKA 1KJ4A 1ZJ7A 1WKRA 2P3BA 5P4RA 4H3JA 1QBTA 3OXVA 4YD5A 2AOGA 1LYBA 5P3UA 5ENKA 3RTMA 5F00A 4IVSA 5OZ7A 1A9MA 2R9BA 4Y3NA 5P5BA 1HTGA 5P1YA 5P1EA 4I1CA 3GI5A 1K6TA 3PWWA 4D83A 2BPWA 1MRXA 3UQUA 2OAHA 3Q4BA 1BDLA 1NH0A 2Q55A 1HPXA 1UH8A 2HM1A 2QI4A 4RVJA 1PPLE 4K8SA 5AHCA 5OZYA 4DJQA 4S1GA 1HEFE 3K4VC 2OHQA 2OHUA 1PPME 5P0FA 2V12C 2HB2A 1XE6A 5P00A 5P4QA 3Q70A 4FM8A 4RCEA 5DQCA 4J1IA 2V11C 4Y4JA 4E43A 5P56A 2P4JA 3NDXA 1ZSFA 4H3FA 3Q3TA 4GJ9A 3L5CA 4Y38A 3SM2A 4EXGA 5P0XA 3TPJA 5P7WA 3PSYA 2PSVA 4JPEA 3HLOA 1IVQA 4XX3A 5P5WA 3SKGA 4Y43A 1E80E 1N49A 1B6MA 5P7LA 2VS2A 5AHBA 5P3KA 5P6EA 3OHFA 2NR6A 5P48A 3L5BA 5IVTA 2PSUA 2V16C 3I25A 1FQ5A 4FAFA 5P1GA 1APTE 1HSHA 5P3OA 5IE1A 3QPJA 3PJ6A 1HVCA 3ZOVA 5ENMA 2AOJA 2QNPA 5P8UA 3QBHA 2G27A 5P0CA 1HOSA 2IKOA 3M9FA 5JFUA 3CKTA 5OZQA 5P52A 5OZZA 2UY0A 5P7FA 5P12A 3LITA 4Y4GA 1FQ8A 3PM4A 5P86A 4CPTA 5P8TA 5P2YA 5P0MA 1BV9A 4CPQA 3EXOA 4B1DA 1HTFA 1KJHA 4Y41A 4NPUA 4Y3AA 2I4WA 5P32A 3OOZA 4RYGA 2ER6E 1K2BA 2VIYA 2FIVA 2OHRA 6FIVA 2WJOA 3SA5A 3DJKA 4YDGA 5P83A 3QVIA 1CMSA 5OYWA 5P5ZA 1T6GA 5P6IA 3GGAA 5P85A 1SIVA 3PLLA 5P51A 5P2CA 3LIZA 1DIFA 2WL0A 2ZJLA 2FLEA 2IL2A 1HIIA 3IVHA 3BUGA 5P8DA 3SA9A 3OOTA 5P77A 1IZDA 1DPJA 4B1CA 5P5JA 2PWRA 3PWRA 4LBTA 2NNKA 5P5GA 2H6TA 2BQVA 5P1KA 1HXBA 5P6BA 5EZXA 3UDPA 5P35A 3I8WA 5P4UA 2QHZA 5P3AA 5P14A 2P3BB 5ER1E 3CICA 3D91A 1LYBB 5P75A 3KM4A 5P7ZA 3TPRA 3IXOA 5OZMA 1BVEA 3PVKA 5P4KA 2P3DA 1HSIA 3T7QA 4RCDA 3SA3A 5P0WA 3IXKA 3H5BA 2AOEA 2VIJA 4PEPA 5P47A 5DGWA 3ZKNA 5P3LA 4KB9A 1NPVA 5OZ8A 5P41A 4H1EA 4X7IA 4K9HA 4Y3YA 2QI5A 2QHCA 1C70A 5DR8A 5P8BA 2V0ZC 3FV3A 4ZSRA 5P6TA 4DQCA 5P34A 2VKMA 4OBDA 4DFGA 5TOLA 3SO9A 4DPFA 3DK1A 5P04A 6APRE 5JFPA 5P7NA 3ZKMA 5I70A 5P89A 3UDMA 3NU6A 3UQRA 5P7VA 3TOFA 5P7DA 1G6LA 5BWYA 2IS0A 1YTHA 5P54A 1UH9A 2FXEA 1XS7D 5P28A 1PSNA 3UDNA 1TSUA 2QD8A 2A1EA 1ENTE 2HS2A 4Z22A 3QROA 4ER1E 5P2EA 1EBKC 5P55A 3KYRA 2VJ6A 5P40A 3FIVA 3QS1A 5P8MA 1MRWA 4Y6MA 5P3PA 4PZWA 2XFJA 1AAQA 3PMYA 1SDTA 1GVVA 5P19A 5OZWA 2F8GA 5P5SA 5P78A 4Y3DA 5HD0A 5P02A 4LC7A 5P88A 5P09A 5P1WA 1M4HA 3IN3A 1UH7A 2QI7A 3VYEA 1ZTZA 4Z50A 4MC9A 4UPJA 4COEA 5P6MA 2G20A 4LL3A 3OGPA 4Y4ZA 4ZEAA 2QD6A 2QMDA 2XFKA 5P72A 5HDZA 1W5VA 2ZGAA 1LYAA 1HPSA 5DPZA 4ZSPA 3TOGA 1W5XA 1KZKA 4Y4UA 4HA5A 3C9XA 1EBZA 5P42A 4CMSA 4NJVA 2QI6A 4DH6A 1VIJA 5P8KA 3GW5A 4Q1NA 3ZMGA 1RNEA 1APUE 5P80A 2HPEA 4RLDA 3HVGA 5P53A 5OZDA 5P50A 4GJ5A 5P6QA 5DQ1A 5P1ZA 1D4HA 5C9DA 2WKZA 1B6LA 4WTUA 4Y4WA 4D8CA 5HDVA 4J0ZA 3LZUA 4J5JA 4DQBA 4Y58A 5P0LA 5P08A 1T7KA 3K5CA 3VFAA 3LIYA 2VA7A 2IGXA 4OBKA 2JJJA 4Y9WA 1LZQA 2O4NA 2P83A 5P06A 1ZPKA 3QVCA 4QJ7A 2ZDZA 5P31A 5OZGA 5P6JA 1KJFA 3TKWA 5P0HA 5P0GA 4CPUA 4F74A 2IDWA 4OC6A 3TOHA 5IVSA 1MSNA 2G26A 5P0SA 2EWYA 1ZPAA 3OXWA 5P0DA 4D89A 5KR2A 2NNPA 3BVBA 4JP9A 5P5NA 3R0WA 3PRSA 5P5RA 2R3WA 5OYUA 5HU1A 2QI3A 4JPCA 2AZCA 5OZEA 4Y5LA 3OQ7A 5P8FA 5P7OA 4I0ZA 2O40A 1FFIC 5P2BA 5P7YA 3NDTA 4HZTA 3O9HA 4I0GA 3EL4A 2ZJHA 1YX9A 1W6HA 1PSOE 3SKFA 1W5WA 5P0KA 5P7HA 5P16A 2G24A 4ZE6A 2IRZA 5HCOA 2HAHA 4I12A 5KR8A 5SZ9A 5P2JA 3L5FA 3OXXA 1B6JA 5P7GA 2AQUA 5P38A 5P1JA 2AOHA 4ZPFA 4DQGA 2ZHUA 3ER5E 3N4LA 5OZFA 3T7XA 1IVPA 3HW1A 3EMYA 3QI1A 5P2OA 3WSJA 5P1BA 4YD4A 4HLAA 5P3YA 2HPFA 5P2TA 5P4TA 5P4OA 1T6EX 4GIDA 1MTBA 3I7EA 4PYVA 3UPJA 4Y51A 1MT7A 4YHQA 3PEPA 5I3VA 1EAGA 2AIDA 1E5OE 5OZIA 5P5CA 5I3WA 1EPOE 1FG8C 2F3FA 1AIDA 4NJTA 1IZIA 5P60A 3TPPA 3S53A 3ZPSA 1APVE 3VG1A 1C6XA 1HWRA 1J71A 5P3NA 5P5PA 1GVTA 5CONA 3DUYA 2G1NA 5E5KA 3LPKA 5P81A 1LYAB 4AMTA 5OZKA 1XE5A 5P1VA 4I0IA 5P1IA 3SM1A 4Y50A 5P24A 2AZBA 5P4JA 4J1KA 1BXQA 2BPVA 2I4QA 4MC6A 3CKPA 2IENA 3INDA 5P87A 3N3IA 5P03A 1ZAPA 2PWCA 2ZHRA 5AHAA 1K1UA 1LF2A 4U7VA 5P5YA 3KFNA 5P0BA 3I2LA 3SACA 3QBFA 5P5UA 2OHMA 1YTIA 5P46A 5P5VA 4J0PA 4Y5EA 2WF2A 5AH8A 3VV6A 2ASIA 3K5FA 4Y4XA 2QZKA 5P01A 4OBZB 3OU1A 3OUCA 5P2KA 3MSKA 5P7KA 5DR4A 4BEKA 1FF0C 4FRIA 5P4SA 4PHVA 5SY3A 7UPJA 5P6FA 3TL9A 3WB4A 5DR7A 1AJXA 5P7UA 4Y54A 1D4KA 2BPYA 4OC6B 1EC2A 5P1PA 3K5DA 3EKXA 5P6XA 3R4BA 5P4WA 2B8VA 3GI6A 3PI5A 3WB5A 4QJ8A 3OY4A 5DGUA 3PHVA 3LZYA 4HDPA 5P6CA 3VYDA 5BRYA 1HSGA 1FKNA 1LS5A 5DQ5A 3NYGA 3OTSA 4GMIA 4I11A 3LZVA 5P1DA 4AZYA 2F3KA 4J17A 4RRSA 5P1RA 1BVGA 3EM4A 5OYXA 3BRAA 1EC3A 4EPJA 5KQFA 4FE6A 4QGIA 3DM6A 2QZWA 3D1ZA 5P1SA 5P4GA 1QBSA 3WZ7A 4Y5BA 3KA2A 2JE4A 3LINA 5P1OA 2J9KA 2HIZA 3KDDA 3NUOA 4L6BA 1K1TA 4Y5MA 5P8CA 4A6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PI0 A;  1FEJ C;  1K6P A;  5P8I A;  5DR3 A;  5P7X A;  3FSM A;  5P2A A;  3RVI A;  1DW6 C;  1FQ4 A;  5P1N A;  5CLM A;  5P74 A;  1FMB A;  1BWA A;  5OYV A;  4Y3M A;  2XYE A;  5P2H A;  5P6O A;  5SXN A;  3TPL A;  1UPJ A;  5P82 A;  2Q15 A;  2HB3 A;  5P5X A;  3WZ8 A;  4DJY A;  3L59 A;  4EYR A;  1YM4 A;  2JYS A;  5P69 A;  2JJI A;  4YOB A;  2IQG A;  3URI A;  2R43 A;  5P4C A;  3WZ6 A;  3LIQ A;  5P6Z A;  2WED A;  2WHH A;  1BV7 A;  2ER0 E;  3KFP A;  5P3R A;  1F7A A;  4Q1X A;  2PK6 A;  5AGZ A;  4U7Q A;  3OAG B;  3VLB A;  2VIZ A;  1GVU A;  3DCR A;  5P23 A;  3OU3 A;  4TRW A;  4FAE A;  5OYQ A;  2QNQ A;  1HVR A;  2OHS A;  5P4D A;  5P68 A;  1HPO A;  3SA8 A;  4Y5N A;  2BPZ A;  2NXL A;  3R1G B;  4Y3L A;  5J25 A;  3GGX A;  5KOQ A;  3KDB A;  5P8Q A;  5P33 A;  1YT9 A;  5B18 A;  4I10 A;  1CZI E;  4DQF A;  5P07 A;  5OZ1 A;  4MC1 A;  3NU3 A;  3HAU A;  4Y3G A;  4J1E A;  2HC0 A;  2J9J A;  4LAP A;  1C6Y A;  1HVS A;  3UCB A;  3URL A;  1YG9 A;  5AH9 A;  4R93 A;  5P8V A;  3OAD B;  5OZU A;  3PMU A;  1ZBG A;  4BEL A;  1EPQ E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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