5PEPA

X-ray analyses of aspartic proteases. ii. three-dimensional structure of the hexagonal crystal form of porcine pepsin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
IGDEPLENYLDTEYFGTIGIGTPAQDFTVIFDTGSSNLWVPSVYCSSLACSDHNQFNPDDSSTFEATSQELSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISASGATPVFDNLWDQGLVSQDLFSVYLSSNDDSGSVVLLGGIDSSYYTGSLNWVPVSVEGYWQITLDSITMDGETIACSGGCQAIVDTGTSLLTGPTSAIANIQSDIGASENSDGEMVISCSSIASLPDIVFTINGVQYPLSPSAYILQDDDSCTSGFEGMDVPTSSGELWILGDVFIRQYYTVFDRANNKVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray analyses of aspartic proteinases. II. Three-dimensional structure of the hexagonal crystal form of porcine pepsin at 2.3 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEPSIN
molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
source organism Sus scrofa
total genus 74
structure length 326
sequence length 326
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 1990-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5pepA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5pepA01
1T3RA 3L3AA 5E5KA 2J9KA 4ZEAA 1XL5A 3OUDA 4GJ8A 1NSOA 3OADB 4I8WA 5P7HA 5P7XA 1LF4A 5P3JA 5DR8A 3OWNA 2I4UA 1DAZC 5P2KA 2EWYA 1MT8A 3RTHA 1OD1A 4ZSPA 3DCRA 3PRSA 2HB2A 2R3WA 2AOJA 5P3NA 5P4ZA 5P4AA 3R2FA 1SDTA 2OHLA 3LPJA 5OZSA 5DQ5A 5P3XA 2WEBA 4PZWA 5P8HA 2R5QA 3OOZA 2F3EA 4MC6A 1Z1HA 5P7DA 5P4YA 3KFPA 5P3LA 2FS4A 5OZ5A 1IIQA 5P2TA 5P2BA 4H3JA 4XX4A 3FNSA 2UY0A 3L5DA 1PFZA 3PSUA 4GJ9A 2QI3A 3OK9A 5P2WA 3EKPA 3O9GA 1YX9A 3OTYA 2WF2A 5P45A 2ANLA 1HTRB 4Y3JA 4ACXA 1MVPA 3VFAA 5P5NA 5P1IA 1BDLA 3UDPA 3VFBA 3EL1A 1YTHA 1LS5A 3GI6A 5P3BA 5P6UA 5AHCA 3T11A 5P0XA 4MC9A 5P8GA 2FDDA 4Y57A 3IXOA 2NXMA 4OBZA 5P1EA 5HE5A 4HZTA 2QZLA 3BHEA 3HDKA 1AIDA 3DK1A 2WHHA 3HAWA 4A4QA 3IVIA 3QI1A 5P54A 3UPJA 2UXZA 4Y3SA 4AA9A 5OYVA 3OADA 5P8MA 3RVIA 3IVHA 4FRIA 4XXSA 3SA5A 1PPME 2Q5KA 1FF0C 2NXLA 1FLHA 1SDVA 4QJ2A 5P1QA 2NNPA 4GMIA 5P0GA 4E43A 5P8FA 4RRSA 3S56A 5P58A 5P3UA 1ZSFA 1PROA 3T7XA 1ZLFA 1KJ4A 4GJ6A 3DJKA 3TPRA 3T3CA 1BVGA 4GJ7A 2PYNA 1BXOA 3SA8A 2J9JB 5P80A 4B0QA 3UDJA 5P16A 5IE1A 5P18A 3DV1A 1ZPKA 4R95A 2XFKA 5P89A 1EPNE 2VNNA 3LINA 1FMXA 3PSGA 5P88A 4GJBA 3NLSA 1LYBB 2ZJIA 4YCYA 2OHRA 3NU5A 3G72A 1GNOA 5OZOA 5DGWA 3S2OA 2H6SA 3GGUA 3NXEA 2FGUA 5P2CA 2BPYA 5P36A 1SBGA 5P7TA 1D4HA 4CPTA 2BPVA 5P5OA 5P5QA 1YM4A 1E5OE 4I0JA 4B78A 5OZKA 4RVJA 4N00A 3UQUA 1ODYA 4GIDA 3NU3A 3S7MA 5P52A 4I0DA 3EM3A 3ZKQA 5P5UA 5I3WA 2O4SA 5JFPA 2G21A 3UFLA 1ME6A 3NU4A 5OYZA 4ZIPA 1A30A 1HVCA 1GVUA 1FG6C 4HDPA 5DR0A 2P3BB 2QK5A 4I0GA 4Y4WA 3L5BA 1SP5A 1UPJA 3O9DA 3EL5A 4L1AB 4YA8A 5JG1A 2AOHA 5P1DA 4FGXA 5P75A 3TLHA 4Y3ZA 3KT2A 4FS4A 5P6GA 4QJ9A 1LV1A 3NU6A 5COOA 2FNSA 4L7GA 4L7HA 8HVPA 2J9JA 5P6EA 4A6CA 5P3EA 3SA9A 1HTGA 2O4NA 2VKMA 5KOQA 5P27A 5P77A 4OC6A 4CP7A 4ER2E 1VIJA 2JXRA 4Y58A 1LYBA 4EP2A 4RLDA 4S1GA 5AH9A 5P1XA 2OHQA 4GJ5A 4EHCA 3KYRA 1B6LA 5KQFA 4JPEA 4RCDA 3O9LB 5P1MA 5P5MA 5P1LA 5P7CA 2QHZA 2SAMA 4K4RA 5P86A 3OGQA 4LC7A 5P3HA 4Y5KA 5P2AA 5P59A 5P43A 3OXWA 1HVHA 4FRSA 1EAGA 5P4VA 5TOLA 1TZSA 5P7VA 1KJHA 3UQPA 4D85A 5OZ9A 5I70A 3OUAA 5P1CA 3PBDA 4YDGA 3KFRA 1K6CA 2WEDA 4FLGA 3VYFA 5P4GA 4Y3YA 2CEJA 2BQVA 4PPHA 2P3BA 5P1AA 4YBFA 5CONA 3SA7A 3UDMA 5P6YA 1D4LA 5P6LA 4JOOA 5I3XA 4HDFA 1B6MA 2BB9A 5P09A 5OYSA 2ZHSA 1NPAA 4J1IA 2FXDA 3WZ7A 3KN0A 5P06A 4OD9B 1MPPA 5P6JA 4Y3GA 2FLEA 3SM1A 2AODA 4AZYA 4GJDA 4EYRA 3LZUA 3BUFA 1IBQA 4DUSA 2Q55A 5P2QA 1M4HA 4K4PA 5I3YA 4DJWA 4EJDA 5OZDA 3INDA 5P4EA 3GGAA 2FNTA 3NXNA 3S43A 3WZ8A 4HEGA 1UH9A 3M9FA 4QJ7A 5OZPA 4GB2A 5DQCA 5P7RA 3D1XA 2AZ8A 3O9LA 2R8NA 3PJ6A 3CKRA 1EBKC 5P4LA 1D4KA 5OZ4A 3PMYA 3TOGA 4B77A 1ZBGA 1MUIA 1G6LA 4ER4E 3UQRA 3FNUA 1XN3A 3OUCA 4OBGA 5P8TA 5P00A 2QU3A 3U7SA 5P32A 3NR6A 4NPTA 3TTPA 5OZIA 1MSNA 4RVXA 3EC0A 2QD6A 5OYXA 4YCTA 1ZSRA 3VYEA 5P8OA 4GJAA 5P8DA 2G1SA 5P5CA 5P4SA 3UQWA 2A4FA 4DJQA 3ECGA 5P11A 5P38A 1IVPA 5P5HA 2XYEA 1FFIC 5DQ2A 2IGXA 5OZNA 5P7LA 1HBVA 1FFFC 1AJVA 3L5EA 5P1YA 3VV7A 4RYCA 2AOEA 3RSXA 4D8CA 1CPIA 1HVRA 2AOIA 5DQ1A 1A8KA 1CZIE 2QI0A 1SIPA 3EL0A 3ZKMA 1RNEA 3KMXA 4HLAA 1W5WA 3I2LA 1EPRE 5P2NA 1DPJA 3SKGA 1C6ZA 3T7QA 4Y45A 1QS8A 4Q1YA 3HW1A 5P7EA 4RYGA 5P5DA 5P1KA 5P03A 5P8JA 5P6SA 1HXBA 3EBZA 5P13A 3H0BA 1HSGA 1LYWB 4WY1A 1JLDA 1HPSA 5HU1A 2G1NA 3PWRA 1IZIA 2VJ7A 4H1EA 4Z2ZA 3OUBA 3LPIA 3R0YA 4RRNA 2BPWA 5P37A 1TSUA 5APRE 2AQUA 1K6TA 1TCXA 4KE0A 4YD7A 4Y4DA 5P61A 1ZPAA 3DOXA 2HM1A 4LP9A 2B60A 5P4PA 3QRMA 3EM6A 2VA6A 1B6KA 2QNPA 5OYYA 5P79A 2WJOA 5P3GA 5COKA 1XE5A 4J55A 2V16C 4FAFA 5OYUA 3ZLQA 3K4VA 5P0HA 1F7AA 4DVFA 5P0ZA 5IVSA 2P3CA 3KA2A 1HPXA 5P1ZA 5P7MA 5P0QA 2PH6A 1IVQA 5P02A 3DV5A 4J1HA 4YD6A 2IS0A 2I4WA 5P1PA 9HVPA 5IVTA 5AH8A 5P34A 5P0CA 4AMTA 3PHVA 3ZKSA 4Y3FA 1IZDA 5OZCA 3BVBA 3LNKA 5OZGA 1KJ7A 5P28A 5P3QA 2NR6A 3A2OA 3L59A 4Y5CA 3O9BA 3IN3A 3QPJA 1XDHA 1PPLE 1FG8C 3BUHA 3CIDA 5P8RA 2RENA 4Y37A 3K1WA 5P1GA 5P0FA 5P2EA 5P2DA 3MXEA 1HWRA 2WL0A 2P8HA 5IVQA 1GVWA 5KAOA 5P5BA 1APVE 5UPJA 3MSJA 4RROA 5P35A 3ER3E 5P3PA 2G94A 3PM4A 1MTRA 5P12A 3UDHA 1QDMA 1N49A 4OBKA 5OZ8A 5HE4A 3DCKA 3QS1A 4EWOA 4B72A 3SACA 3ZPTA 1SH9A 4L6BA 4BFBA 5P6KA 1BV7A 4Y9WA 3FSMA 5P2GA 1APTE 4XKXA 3OU4B 1C6XA 4Y3XA 3AUPA 3GI4A 1EC0A 3GI5A 4ZLSA 4FIVA 1AM5A 4Y4EA 2VNMA 1ODWA 4K4QA 4R5NA 3RTNA 4WY6A 3RTMA 1WBMA 5P8QA 4Y5EA 2HAHA 1M43A 5P2RA 1MEUA 4Y4AA 2B8VA 3GGVA 5P3OA 4JP9A 4EQ0A 4PYVA 4U8WA 2BPXA 5P71A 4YBIA 2OF0A 1BWAA 3EKWA 4Y5LA 5P6VA 2XFJA 5P3CA 4I8ZA 3D3TA 1TW7A 4B70A 3UTLA 2Q3KA 3EXOA 1W5YA 5P30A 1FQXA 3EKVA 3EKXA 4I0EA 4FL8A 3PWMA 4CPXA 5F00A 3ZKGA 5P3KA 5PEPA 1FGCC 4Y3LA 4PZXA 1FQ5A 1HVIA 2ZHUA 2I4VA 3AIDA 4TRWA 5P84A 5ENMA 2P83A 1T6GA 3BRAA 4YE3A 5P1FA 1MIQA 1E82E 1MSMA 2OHKA 3GI0A 1SMEA 5P6FA 2ZGAA 5P14A 4CPUA 4FSLA 3VV8A 2IKOA 5P01A 5P1UA 4GJCA 3K5DA 4H3GA 3IXJA 5P4UA 5P7FA 3ST5A 4YCKA 5P2OA 4QJAA 2PK6A 4Y4ZA 1IDBA 5P15A 1M0BA 5OYTA 2QNNA 5P56A 5AH6A 3OU4A 5OZLA 4FAEA 3I7EA 5P2UA 5J25A 3D1YA 5P8BA 3TPJA 4Z4XA 7HVPA 3IN4A 3APRE 5P6DA 3PMUA 5T4SA 4EXGA 4J0YA 4DJXA 3R4BA 5P4JA 3Q4BA 5DR7A 5P4KA 5P78A 5P4TA 3KDCA 1BILA 3OY4A 3CIBA 1TSQA 5P0JA 2NPHA 1META 4UPJA 5P0VA 5P33A 3KF0A 4LXMA 2HB3A 3IAWA 3D91A 4J1CA 4EJLA 5P3FA 2O4PA 3CYWA 3LIQA 5P3SA 5P4DA 3HBOA 4Y3WA 2JE4A 4Y44A 3QROA 2QHYA 5P29A 2B7FA 3GGXA 3WB4A 1K2BA 2IENA 2AVOA 3L38A 2R3TA 5P6WA 5P8LA 5OZBA 2VS2A 4Y47A 3BVAA 5P3VA 4DJRA 3WZ6A 3GW5A 1FB7A 5HU0A 3ZOVA 4Y4UA 5HDXA 3IA9A 3O9EA 3QRVA 4FM8A 1UH8A 2QU2A 4Y4JA 1W6IA 2V10C 5P39A 1FIVA 4J1FA 5P5FA 4OBHA 5P26A 3NUOA 5P7ZA 5P68A 5P1NA 4ACUA 3SAAA 5P2YA 3NUJA 4Y3EA 5P4FA 4NJTA 4J5JA 3QBHA 4ZSMA 3LZYA 3MWSA 5P5YA 2P3AA 3O9CA 5IS4A 5P6ZA 5P66A 2R38A 1K2CA 5P4XA 5P67A 3S85A 3SKFA 2RKFA 4Y54A 5OZHA 3VV6A 3SA3A 2F81A 5B18A 2Z4OA 1G35A 5P1WA 4OBFA 5P6OA 4DI2A 1KZKA 1T7JA 1XE6A 3VF3A 5JFUA 5P2VA 1FQ8A 4M8YA 4DH6A 4X2LA 4J1EA 3CICA 3QAAA 3PVKA 3O9HA 3FX5A 3O99A 3L5FA 3PB5A 3OXXA 3VF7A 5F01A 5BS4A 2P3DA 3ZPUA 5P0MA 5P0WA 4H3FA 4B00A 5P5EA 4Y48A 4XX3A 2Q54A 2QZKA 1K6PA 4I0FA 4NJUA 2G26A 4Y3QA 3OHHA 2OHNA 5P8AA 1YM2A 3N3IA 3PI5A 4ZSRA 1J71A 5OZMA 4ER1E 4B1EA 2BJUA 5P5TA 5P47A 6FIVA 5KOSA 1A94A 4J0PA 2OHTA 1KJGA 5OYWA 4L1AA 1GVVA 3PWWA 2AZCA 1DIFA 5P05A 1NPVA 1OEWA 2VIJA 2V13A 4I11A 2PSUA 2Z54A 1YTJA 1BV9A 2G1RA 2QI4A 1QBTA 2ZYEA 3Q3TA 2ZDZA 2RKGA 2FGVA 5P4RA 5P5RA 5AGZA 5P5SA 5KQYA 5P8NA 3SO9A 5DQ4A 5P6CA 1EPPE 2QMGA 1AXAA 2PMAA 5P72A 1AVFA 3I6OA 4CPQA 2BBBA 5P7IA 3INFA 3LHGA 1FMUA 1EPOE 5KR1A 2QCIA 4I1CA 4HA5A 1K1UA 1TCWA 1HVJA 2XFIA 2AIDA 2APRA 1BDQA 1B6PA 3PI0A 4Y41A 5P3IA 5P5AA 3L5CA 4Y3RA 2PYMA 2ZJJA 5OZ0A 5OZQA 1LEEA 5P74A 4J1KA 2G27A 5P3DA 5P0DA 1HOSA 3U71A 1U8GA 2OHMA 4Y4BA 3OU1B 1ENTE 5P6IA 1AJXA 5C9BA 5SY3A 1BIMA 2HPEA 2NMYA 5P23A 5P3TA 3U6AA 3B7VA 1WKRA 4Y5MA 4Y3MA 1G0VA 2HIZA 5P3MA 3N4LA 5P07A 5P40A 5JODA 5BWYA 5DGUA 1D4YA 4FCOA 4J54A 4J0ZA 3K5GA 5P7QA 1BBSA 5P7UA 2QD8A 3JW2A 5P0SA 5CLMA 2V11C 5ER1E 3TPLA 6UPJA 4APRE 5P25A 4OD9A 4Y5GA 3SABA 3MSKA 3WB5A 4Y3PA 3PGIA 5P20A 4DJPA 1LF3A 5P7YA 2JJJA 5P7JA 5C9FA 3K5FA 5P7WA 3OXCA 4QJ8A 3TL9A 3HVPA 5P3YA 3UDKA 2AVMA 3EKQA 4AUCA 2QAKA 4FM7A 4LHHA 4F74A 3NDXA 3BUGA 5IVRA 3EL9A 5P63A 1IZHA 5P0EA 3SFCA 1D4IA 5P0NA 2PQZA 3B80A 2AVQA 3NYGA 1YG9A 2VIYA 5P4NA 3NWQA 4FM6A 5OZZA 1SIVA 3RSVA 3UHLA 4Y43A 1HHPA 2PSVA 1E80E 4TRYA 5P8CA 3DUYA 5P4MA 3TH9A 2Q11A 3PCZA 1AZ5A 3NDTA 5EZXA 1MT7A 4KE1A 1XL2A 2ZJLA 3HVGA 4U7QA 2QP8A 4BELA 2AZBA 3OQ7A 3QBFA 4LAPA 3FNTA 4F73A 3OU1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T3R A;  3L3A A;  5E5K A;  2J9K A;  4ZEA A;  1XL5 A;  3OUD A;  4GJ8 A;  1NSO A;  3OAD B;  4I8W A;  5P7H A;  5P7X A;  1LF4 A;  5P3J A;  5DR8 A;  3OWN A;  2I4U A;  1DAZ C;  5P2K A;  2EWY A;  1MT8 A;  3RTH A;  1OD1 A;  4ZSP A;  3DCR A;  3PRS A;  2HB2 A;  2R3W A;  2AOJ A;  5P3N A;  5P4Z A;  5P4A A;  3R2F A;  1SDT A;  2OHL A;  3LPJ A;  5OZS A;  5DQ5 A;  5P3X A;  2WEB A;  4PZW A;  5P8H A;  2R5Q A;  3OOZ A;  2F3E A;  4MC6 A;  1Z1H A;  5P7D A;  5P4Y A;  3KFP A;  5P3L A;  2FS4 A;  5OZ5 A;  1IIQ A;  5P2T A;  5P2B A;  4H3J A;  4XX4 A;  3FNS A;  2UY0 A;  3L5D A;  1PFZ A;  3PSU A;  4GJ9 A;  2QI3 A;  3OK9 A;  5P2W A;  3EKP A;  3O9G A;  1YX9 A;  3OTY A;  2WF2 A;  5P45 A;  2ANL A;  1HTR B;  4Y3J A;  4ACX A;  1MVP A;  3VFA A;  5P5N A;  5P1I A;  1BDL A;  3UDP A;  3VFB A;  3EL1 A;  1YTH A;  1LS5 A;  3GI6 A;  5P3B A;  5P6U A;  5AHC A;  3T11 A;  5P0X A;  4MC9 A;  5P8G A;  2FDD A;  4Y57 A;  3IXO A;  2NXM A;  4OBZ A;  5P1E A;  5HE5 A;  4HZT A;  2QZL A;  3BHE A;  3HDK A;  1AID A;  3DK1 A;  2WHH A;  3HAW A;  4A4Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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