5SY2A

Structure-based design of a new series of n-piperidin-3-ylpyrimidine-5-carboxamides as renin inhibitors
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
339
structure length
335
Chain Sequence
TLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of a new series of N-(piperidin-3-yl)pyrimidine-5-carboxamides as renin inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Renin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 335
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2016-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5sy2A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5sy2A01
2FXEA 4A6CA 1B6MA 1IBQA 4RCEA 4FCOA 3TOFA 5P8OA 5P0IA 5P4PA 2EWYA 5P60A 5P3EA 2QI0A 5AH6A 4U7QA 1BIMA 3NR6A 1AM5A 4Y3JA 4H1EA 5P8KA 3QPJA 1BBSA 5P00A 4COEA 4Y44A 5P5UA 5P1QA 2CENA 2QI6A 4PZWA 3L3AA 3HDKA 3QP0A 3IN4A 1OEXA 3ZKXA 4I0ZA 4ZSRA 5P4CA 3NU4A 1GVWA 2J9JA 4PHVA 3GI5A 1LYBB 3HLOA 5P0YA 5P6DA 1MRWA 2NTRA 5P13A 5BRYA 2WHHA 4Y45A 5P3OA 5P5MA 5P42A 2AODA 5P0QA 2SAMA 3KT2A 2ASIA 5OZ2A 4B77A 3PCWA 2ANLA 4Y4DA 5COKA 3OK9A 3I25A 1HVCA 4I8WA 4I1CA 3O9FA 5OZFA 4ZLSA 1PSNA 1HVIA 4HDFA 5P57A 3ZKGA 3DV1A 3F9QA 5P0BA 1TSQA 1SMRA 1ME6A 2ZJHA 3WZ8A 2QMPA 1PROA 4YOAA 5OZ9A 1D4LA 5P3HA 4RGHA 3S43B 5C9DA 3VF5A 2JYSA 5P2WA 4Y57A 1TQFA 5P4OA 5P0DA 5P5RA 2G69A 3HW1A 3PHVA 3QVCA 5P2EA 5BS4A 1IIQA 1UH7A 3BUHA 4FGXA 5P5XA 4Y3HA 4XX3A 3UDYA 1YM4A 4GJ5A 1TCWA 3PMYA 3S8IA 3PCZA 5P7KA 5JFPA 5P5FA 3BGCA 5OZQA 1MUIA 4H3FA 5P7XA 5P19A 3INEA 3NU6A 3Q4BA 5P2FA 1APUE 1OHRA 2NMYA 1HIIA 2QI5A 3FSMA 3MSLA 3SQFA 5P04A 2PSVA 1NPVA 3QN8A 4OC6A 4FSLA 1HIVA 2HC0A 2BBBA 3ZKIA 3H0BA 5P38A 2Q54A 3KFPA 5P5HA 4OBKA 3UDRA 5P2UA 4RYCA 2AQUA 3LINA 5HE7A 1K6VA 4YD6A 5P7OA 1AZ5A 3S54A 1YG9A 2IENA 4K9HA 4QJ7A 5P2GA 5P07A 2QMFA 1KJ4A 3GI4A 4BEKA 4GZFA 2QP8A 4Y3GA 4F73A 5AH7A 1SDUA 1MT9A 3RTHA 1ENTE 4HE9A 4Y5MA 1G2KA 5P4AA 1LYWA 5P06A 5P2MA 5P7AA 4FS4A 5P54A 2ZE1A 3O9LB 5P4KA 5P3FA 4B78A 1HPXA 1SBGA 1MRXA 3QAAA 1AJXA 5P7PA 4J0TA 1QRPE 4NPUA 5P4VA 3IXKA 3URIA 5P3GA 2HPFA 1B11A 3OOZA 3TPRA 5P0JA 2ZHTA 1EBWA 1DMPA 5P89A 1GVUA 5P41A 3LIYA 5OZCA 5P50A 5P7SA 2R8NA 4D85A 1PSOE 3DJKA 2IL2A 5OZXA 1WBMA 1DP5A 2B42A 1D4HA 4LBTA 5P3VA 3IXJA 5P4EA 3SA8A 5P8TA 4Y36A 5P15A 5P2YA 2PH6A 2PSGA 5P2ZA 2Q64A 5P7QA 5KOSA 1OEWA 5P80A 5P5OA 5P6AA 2VA6A 2FS4A 2PK5A 2QZXA 5I3WA 5P5QA 3PMUA 3L38A 3UQUA 1FG6C 4DJWA 4GB2A 5P8IA 4OD9B 5P6ZA 5P5YA 3OQKA 3S56A 3VYEA 5P8CA 4F74A 3EL0A 5P5WA 2HAHA 1FFIC 2FNTA 2VIEA 5P7FA 3VV6A 5KR8A 1HEGE 3KN0A 4Q1WA 5HDZA 3B80A 5OZ5A 4Y5AA 3RTNA 3VSWA 3IN3A 2Z4OA 1SIVA 3KMYA 4I0IA 5P0PA 4Y4JA 3PEPA 1EPLE 5P62A 1HTEA 4R95A 4ZPFA 3TLHA 2ZJMA 3PVKA 1IZHA 2QZKA 2OHSA 5P8AA 2HS2A 3R0YA 4KE0A 3OU1B 1UH9A 5P34A 4NJTA 3DCRA 3VFBA 2VNMA 2P8HA 5P03A 4APRE 1IZDA 5P1OA 4HDBA 2JE4A 5P3SA 4TVHA 5P39A 4DUSA 2G26A 1HBVA 2OHPA 1QBRA 5P2DA 3OQAA 4Y3TA 1W6IA 5P0XA 3JVWA 5P1FA 5P3TA 3S53A 3T6IA 2ZHVA 2VA7A 4R91A 2XFIA 5P35A 4Y3EA 1BWBA 3D20A 4DFGA 5P8DA 5P05A 1K1UA 5OYQA 3R0WA 5P12A 5P2KA 5P3IA 5P0WA 4H3IA 3D3TA 4YBIA 1T7JA 2PH8A 3TOGA 2PSUA 4RVIA 2FMBA 3AIDA 3QBFA 2WJOA 5P0AA 4YBFA 4J1KA 5P0GA 1W5YA 3EM6A 5OZMA 1K2CA 1MT8A 1XE5A 2WEZA 1APTE 1T7IA 5P1KA 5P63A 3OADA 3T7QA 4D89A 1MESA 4GJ7A 6FIVA 4EYRA 5ISKA 4Y4EA 1T6EX 2HS1A 1APVE 2QHYA 5P4BA 4HLAA 3RSXA 4AZYA 4Y3AA 4DVFA 4L7JA 2FGVA 3NXEA 2IQGA 3OTSA 1IDAA 4Y43A 3EL5A 3SPKA 5I3VA 4I0GA 4GJAA 5P0RA 3VLAA 5P3PA 3VCMA 5ENKA 5P2VA 5P7EA 3KDCA 5P6UA 4D83A 5P0SA 4CPXA 5AHAA 4FRJA 3VF3A 2I4UA 1ODWA 4Y4AA 4Y5EA 5P2HA 4K8SA 3PI5A 3PJ6A 5P7DA 2VA5A 2WF3A 4AA8A 5P3MA 1FMXA 1FG8C 4DH6A 4J0VA 1FQ7A 5P14A 5P5VA 4F75A 2AOHA 4JPCA 1G6LA 2WECA 3EC0A 5P74A 3OXCA 2RKFA 3SM1A 4MC2A 1RPIA 5P4TA 5AHCA 3O9BA 5P8RA 3VLBA 1RNEA 2UXZA 5P6TA 4LP9A 5HU0A 5P6KA 3UF3A 1KZKA 3O9EA 1XS7D 3KYRA 3TPPA 5P75A 3UTLA 4CKUA 5OZJA 1KJHA 5OYXA 5OZVA 1MSNA 5P73A 4Y3ZA 1EC1A 1GNOA 3EM4A 5OYUA 2O4SA 4Y47A 2PQZA 1WBKA 5P0EA 4GJDA 3OU4B 3OAGB 5P7CA 1META 3OWNA 6APRE 3S85A 2G22A 2QNPA 2R5PA 1HWRA 2IGYA 2I4WA 1E5OE 2AVQA 4Y37A 5P16A 2R3TA 2AOFA 4IVSA 3QIHA 5P6IA 1UPJA 1A94A 5P68A 3LIQA 4Y4UA 1RQ9A 1PSAA 1KJ7A 4KUPA 4YDGA 5KR2A 2IEOA 2PYNA 3ZMGA 4Y54A 1FEJC 3CIDA 4DQFA 4F76A 4Y5KA 3VYFA 3KMXA 1JLDA 4PPHA 1SGUA 4Y3FA 1A9MA 1K2BA 4J1CA 3T3CA 5HU1A 3UFLA 3CIBA 2AOEA 1B6KA 2CEJA 5P5PA 1C70A 1DPJA 2J9JB 3INDA 4Y58A 3ZLQA 4FRSA 3URJA 1W51A 4RYGA 3PLDA 4FRKA 5P6XA 2IKOA 3A2OA 5P37A 1C6XA 3L5CA 1HTGA 4YOBA 1BV7A 5P69A 2V13A 5P70A 4K4PA 5P4NA 1ZBGA 2VIYA 5KAOA 3GI0A 5SZ9A 4U8WA 5P6WA 5IE1A 3DV5A 1E82E 5HVPA 5P0HA 3U71A 5DPZA 4M8XA 3NWQA 4DPIA 4LHHA 4DJYA 1EBKC 3BRAA 3VEUA 2UPJA 3VV8A 1EAGA 3NUOA 2QAKA 5P79A 3QVIA 5P3NA 4J1EA 2QNNA 2AOIA 5OYTA 3NYGA 2ER9E 2VIJA 2F80A 2G1RA 2WF0A 3K5DA 4Y5NA 5UPJA 2F3FA 3ZPSA 2ZJLA 2FDEA 4CPWA 4EP2A 3K4VA 4IVTA 1D4SA 1HEFE 1CPIA 3RSVA 2P3BA 1HVJA 5P5IA 5P1YA 4J1HA 3OUDA 3UCBA 5P8MA 2P3CA 4Y4BA 4A4QA 5P3YA 3S45A 1HSGA 5DR0A 5P6FA 4OBJA 2B7FA 2OHRA 5ISJA 5P88A 5ENMA 4YHQA 5P3JA 3OHHA 2J9KA 1BXOA 2FDPA 3KFRA 2IRZA 3RVIA 3SA9A 2OHLA 2VIZA 5OZKA 5P0CA 3ST5A 5P0OA 3OGQA 5I70A 2NXLA 1LF2A 1DIFA 4XX4A 4OC6B 1C6YA 3OXVA 5OZ3A 1NSOA 1PFZA 4DJVA 2NNPA 1K6PA 5OZAA 1C6ZA 1M43A 1TW7A 5P3BA 4R92A 3UQWA 5DQ1A 3Q70A 4I0HA 4EQJA 1KJGA 5P24A 4J54A 4WTUA 3OQFA 5P2CA 2WEDA 4EJLA 3ZKNA 1MSMA 3NUJA 1EPNE 2PC0A 4FAFA 3WSJA 4EXGA 1MPPA 4DPFA 4Y3PA 5DR4A 5DQ2A 3TOHA 4Y5LA 2Q11A 4E43A 3GI6A 4DJPA 5AH8A 5HCOA 1EPRE 3I2LA 5P17A 5IVQA 2BPXA 2QCIA 5P5KA 4GYEA 4TRZA 3GGAA 2WKZA 4JECA 5P3XA 3T11A 5P56A 1HXWA 1SIPA 1IZEA 1LF3A 5P2TA 2XFJA 4FM6A 5P02A 3M9FA 4I10A 5P4DA 3SACA 1EPOE 2OHMA 5OZIA 1MERA 2AZ9A 4D88A 1W5VA 4QJ8A 3HBOA 5DGUA 4S1GA 4GJ9A 1YTIA 3TPJA 2AOJA 4J5JA 2QD8A 3Q6YA 3INFA 2I4QA 4Y3XA 4KE1A 4CPTA 1A8KA 4YCKA 2BKTA 2OHKA 3NWXA 4X2LA 2IS0A 5P1BA 1WKRA 5P4QA 5KR0A 4J1IA 4FSEA 2BPZA 4RLDA 3NXNA 4Y39A 3EKTA 3OHFA 4PZXA 1HOSA 3QS1A 3PLLA 3S2OA 5P26A 2I1AA 2R43A 2FGUA 4CPRA 5CONA 1W5XA 2AZBA 3ECGA 1B5FA 5P1JA 3LPKA 5J25A 2G24A 3JW2A 5OZOA 5KQZA 3L5FA 3LIZA 4I0DA 3Q5HA 5P5DA 3PWWA 3KA2A 4ZEAA 5P59A 2ER0E 4FE6A 4JOOA 2NPHA 5APRE 5P30A 3OUCA 1EC2A 4YD3A 3OQDA 5OZWA 3Q3TA 5P40A 3OY4A 4AUCA 2XFKA 1AJVA 1A8GA 2PMAA 4Y38A 5OZZA 5P2QA 1APWE 2F8GA 1GVTA 4HVPA 4L6BA 3ZPUA 1HSIA 2F3EA 2HM1A 3G6ZA 2B8VA 3EXOA 3K5GA 5P4MA 4Y4ZA 3EKQA 4TVGA 3IGBA 4ZSMA 1ZJ7A 4YE3A 3NU5A 5P4RA 2O4LA 3SABA 5P23A 5P52A 2PWRA 4ZPEA 5P5GA 3BGBA 2BJUA 4KB9A 5P18A 1G0VA 4Z50A 3UDKA 2QZWA 1GNNA 1D4YA 1QS8A 1AAQA 2Q55A 3CKTA 2ZHUA 3S7LA 3APPA 3PI0A 5P0KA 3PSUA 5IVSA 5OZ6A 5P65A 4HDPA 3VV7A 2QMDA 2QHCA 3WB5A 2QU2A 2MIPA 5P86A 5P10A 5P72A 4QJ6A 2ZDZA 3CMSA 1FLHA 5PEPA 4ZPGA 3N3IA 2HPEA 3OQ7A 3IAWA 5P45A 5P1NA 1T3RA 3ZOVA 4Y48A 3K5FA 1FQ4A 4DI2A 4LC7A 3SA6A 4B05A 4Y3MA 4L7GA 1RV7A 1F34A 2QU3A 4Y3RA 2V0ZC 5COPA 1M0BA 4NJUA 2WL0A 4CMSA 1K1TA 5P7IA 4LXKA 5P2OA 5P2SA 5P5TA 4Y3WA 1T6GA 3OADB 4DQEA 2UY0A 5P1UA 4FLGA 5T4SA 1ZAPA 4GJ8A 3LIXA 3UQRA 2WF1A 5P7HA 2AOCA 5DR8A 1NH0A 4UPJA 2R9BA 5IS4A 3UFNA 4APEA 1QBSA 2ZJJA 1EPQE 3LNKA 3JVYA 4B72A 2BQVA 5P8HA 5OYWA 4RVXA 5P0NA 5P3CA 4Y56A 5P7MA 4EPJA 1NPWA 3QRSA 3BUGA 2FLEA 4K4QA 3D91A 1N49A 5SXNA 3K4VC 3FIVA 2RENA 1PPLE 2QK5A 2VJ6A 1CZIE 1HVRA 3OU1A 5P6PA 4A6BA 4ZIPA 2R38A 4R93A 4ER1E 1EEDP 2JJIA 5P09A 5P76A 1SDTA 1YTGA 3FNSA 2RKGA 4DJUA 1FKNA 4L1AA 2G1OA 2Q15A 5P7BA 5P36A 3EL1A 3FV3A 5P4ZA 3QBHA 5OZGA 5P8BA 3EKVA 5P3QA 2P83A 2G21A 1LYAA 5P0FA 1FMBA 3ZKSA 3UDJA 3SKGA 3OUBA 2G27A 3L5DA 1AIDA 1SP5A 1MEUA 1BDQA 4RRSA 5P85A 1VIJA 5P48A 5CLMA 4JP9A 1ODXA 5P82A 3BVBA 2FXDA 1XN3A 5AHBA 3PWMA 3KDDA 3IA9A 3UDMA 2IKUA 2HB3A 2XYFA 5OZ0A 1XE6A 3IXOA 3VF7A 1DAZC 1HPVA 5P1IA 4DQBA 1BV9A 4Y3QA 3OOTA 5P4WA 1EC0A 5P7GA 5AGZA 4DJXA 2H6SA 2P4JA 5FIVA 5P1CA 5P1TA 3FNTA 1BWAA 4FM7A 4DJQA 5P77A 5P1GA 1QBUA 1IZIA 4DJOA 5JODA 4I0EA 1XL5A 4EHCA 5C9BA 5P4FA 3HAWA 2NXMA 3B7VA 3QRMA 2NNKA 4Y4GA 4I0FA 5P6JA 5P7WA 5P8LA 3OXXA 5OZRA 5P4YA 1HVSA 4ACXA 3WZ7A 5JG1A 1D4KA 4B70A 5HCTA 4OBZA 2F3KA 1AXAA 1HTFA 3LPIA 1OD1A 5P6MA 4RCDA 3U7SA 1D4IA 1HHPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FXE A;  4A6C A;  1B6M A;  1IBQ A;  4RCE A;  4FCO A;  3TOF A;  5P8O A;  5P0I A;  5P4P A;  2EWY A;  5P60 A;  5P3E A;  2QI0 A;  5AH6 A;  4U7Q A;  1BIM A;  3NR6 A;  1AM5 A;  4Y3J A;  4H1E A;  5P8K A;  3QPJ A;  1BBS A;  5P00 A;  4COE A;  4Y44 A;  5P5U A;  5P1Q A;  2CEN A;  2QI6 A;  4PZW A;  3L3A A;  3HDK A;  3QP0 A;  3IN4 A;  1OEX A;  3ZKX A;  4I0Z A;  4ZSR A;  5P4C A;  3NU4 A;  1GVW A;  2J9J A;  4PHV A;  3GI5 A;  1LYB B;  3HLO A;  5P0Y A;  5P6D A;  1MRW A;  2NTR A;  5P13 A;  5BRY A;  2WHH A;  4Y45 A;  5P3O A;  5P5M A;  5P42 A;  2AOD A;  5P0Q A;  2SAM A;  3KT2 A;  2ASI A;  5OZ2 A;  4B77 A;  3PCW A;  2ANL A;  4Y4D A;  5COK A;  3OK9 A;  3I25 A;  1HVC A;  4I8W A;  4I1C A;  3O9F A;  5OZF A;  4ZLS A;  1PSN A;  1HVI A;  4HDF A;  5P57 A;  3ZKG A;  3DV1 A;  3F9Q A;  5P0B A;  1TSQ A;  1SMR A;  1ME6 A;  2ZJH A;  3WZ8 A;  2QMP A;  1PRO A;  4YOA A;  5OZ9 A;  1D4L A;  5P3H A;  4RGH A;  3S43 B;  5C9D A;  3VF5 A;  2JYS A;  5P2W A;  4Y57 A;  1TQF A;  5P4O A;  5P0D A;  5P5R A;  2G69 A;  3HW1 A;  3PHV A;  3QVC A;  5P2E A;  5BS4 A;  1IIQ A;  1UH7 A;  3BUH A;  4FGX A;  5P5X A;  4Y3H A;  4XX3 A;  3UDY A;  1YM4 A;  4GJ5 A;  1TCW A;  3PMY A;  3S8I A;  3PCZ A;  5P7K A;  5JFP A;  5P5F A;  3BGC A;  5OZQ A;  1MUI A;  4H3F A;  5P7X A;  5P19 A;  3INE A;  3NU6 A;  3Q4B A;  5P2F A;  1APU E;  1OHR A;  2NMY A;  1HII A;  2QI5 A;  3FSM A;  3MSL A;  3SQF A;  5P04 A;  2PSV A;  1NPV A;  3QN8 A;  4OC6 A;  4FSL A;  1HIV A;  2HC0 A;  2BBB A;  3ZKI A;  3H0B A;  5P38 A;  2Q54 A;  3KFP A;  5P5H A;  4OBK A;  3UDR A;  5P2U A;  4RYC A;  2AQU A;  3LIN A;  5HE7 A;  1K6V A;  4YD6 A;  5P7O A;  1AZ5 A;  3S54 A;  1YG9 A;  2IEN A;  4K9H A;  4QJ7 A;  5P2G A;  5P07 A;  2QMF A;  1KJ4 A;  3GI4 A;  4BEK A;  4GZF A;  2QP8 A;  4Y3G A;  4F73 A;  5AH7 A;  1SDU A;  1MT9 A;  3RTH A;  1ENT E;  4HE9 A;  4Y5M A;  1G2K A;  5P4A A;  1LYW A;  5P06 A;  5P2M A;  5P7A A;  4FS4 A;  5P54 A;  2ZE1 A;  3O9L B;  5P4K A;  5P3F A;  4B78 A;  1HPX A;  1SBG A;  1MRX A;  3QAA A;  1AJX A;  5P7P A;  4J0T A;  1QRP E;  4NPU A;  5P4V A;  3IXK A;  3URI A;  5P3G A;  2HPF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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