5UPJ | Genus

Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	18
sequence length	99
structure length	99
Chain Sequence	PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__866171863880775__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__866171863880775__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5UPJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__866171863880775__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"866171863880775","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5UPJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__866171863880775__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01e4e2aa2e104ba60c3b3c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01e4e2aa2e104ba60c3b3c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01e4e2aa2e104ba60c3b3c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01e4e2aa2e104ba60c3b3c/pdb.gz): 442 ms

reading 99 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

99 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:98});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Human immunodeficiency virus 2
publication title	Use of medium-sized cycloalkyl rings to enhance secondary binding: discovery of a new class of human immunodeficiency virus (HIV) protease inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HIV-2 PROTEASE
total genus	18
structure length	99
sequence length	99
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	1996-12-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00077	RVP	Retroviral aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5upjA00

1ZBGA 4I0FA 5P7QA 4FRIA 4ER4E 1TSQA 1WKRA 5OZIA 5P65A 3OY4A 5P6CA 2QHYA 5P45A 4B72A 5P8GA 2V11C 4Y4DA 5P7HA 5P05A 3INHA 2SAMA 2WJOA 1HVCA 5P71A 1MRWA 1AJVA 4HZTA 5P2DA 4I0HA 3WZ7A 5AH9A 1HSHA 4D88A 4EJ8A 3DUYA 1GKTA 3DCRA 5P7IA 3EL5A 5P5VA 4LL3A 3ZL7A 5BWYA 2VIEA 3KDCA 1G6LA 4HE9A 5P4LA 5P56A 3PWRA 1B11A 3MSJA 1IBQA 4KE1A 5P5JA 2F80A 1OD1A 1ZSFA 4RRSA 3S43A 4COEA 4RVJA 1D4JA 4U7VA 5ER1E 5P1ZA 1SBGA 4R8YA 5P2EA 3SFCA 5OYYA 1PSAA 1D4IA 5P7LA 5P5QA 1HEGE 2NNPA 3TPLA 1T6EX 5P2VA 5P4NA 1W5XA 5ISJA 5P4YA 3VYFA 4EQJA 3R1GB 5P1QA 3DCKA 5P30A 5OYVA 4J0TA 3KM4A 5P6MA 5P72A 2P4JA 1D4LA 3PMUA 3FNTA 2XFKA 3ZKQA 3D3TA 2V10C 5P1MA 2AZBA 2PH8A 1FMUA 1HSGA 1ZLFA 1FEJC 5IE1A 5P0PA 3QI1A 2HB4A 5P3JA 5E5JA 5HDVA 4CPQA 4YBIA 1SMRA 3PLLA 2G21A 3OAGB 3L38A 4YCTA 1LZQA 1HVHA 4HDFA 3CIDA 5P3CA 3LPJA 3OXCA 5P8DA 5P48A 5P76A 4I0JA 2V0ZC 4YD5A 1QBUA 2QU2A 3WSJA 4Y37A 5P5IA 4J0YA 4MC2A 1HXBA 5KR8A 5HCTA 1FG6C 1FQ8A 1FQ4A 4J1IA 4Y39A 2BKSA 4DUSA 5P0QA 2OHRA 1BWBA 1IVQA 1APVE 5KOQA 2I4WA 5HE5A 3OGPA 5P1XA 5P25A 5P4OA 3I7EA 2QHCA 3LNKA 4Z50A 3FV3A 1VIKA 4J0PA 5OYWA 2QZKA 5IS4A 1SMEA 1G2KA 4RYGA 2ZDZA 3SA9A 1W5WA 5P7PA 2PSUA 3K4VA 3NU5A 2VNMA 5P7TA 3HZCA 1F34A 5DQ1A 4A6BA 5OZQA 1SGZA 2P3AA 3PMYA 5P23A 4J0ZA 5P2KA 2FGVA 4YCYA 1XS7D 3OOTA 3O9DA 4HVPA 1FFFC 3NDTA 1KJFA 5P7DA 1ENTE 5OZGA 3LZYA 1RL8A 5P31A 4Y3LA 5OZUA 1MPPA 1TCXA 1BDRA 1EPNE 3PVKA 5P5AA 5AH8A 1FKNA 5P7RA 3FX5A 3RVIA 2QD6A 3L5BA 5P2YA 3TKWA 5P0JA 3S85A 3S45A 1LYAB 2HAHA 4FCOA 4J55A 1GVWA 1HIHA 5P42A 5P5CA 4OBJA 5HDZA 5P79A 4FS4A 1B5FB 3QP0A 4FGXA 4TRWA 4LXMA 3QVCA 2CEJA 3UDQA 4FRJA 3MSKA 5P0XA 3S7MA 3Q70A 4Y5MA 3PHVA 1MIQA 5P1PA 1EPQE 3DV5A 4EP2A 5AHCA 4ZLSA 5P2HA 4Y3GA 2QI6A 5DGUA 2XFJA 1EC0A 1IZIA 3MXEA 4I0GA 4DPFA 2ZGAA 5P18A 2ZHRA 2EWYA 3AUPA 3O9IA 3UDNA 5P8IA 5P8TA 4AA9A 2I1AA 5P5SA 3BVBA 2QZLA 2IDWA 5EZXA 1MT8A 5P4WA 1APUE 3LHGA 3IXOA 2ZJIA 5DR0A 4Y5BA 5HCOA 1FGCC 5P2IA 1B6KA 2WL0A 4J1CA 4H3IA 5P6WA 4M8XA 5P2ZA 3OUBA 4I1CA 4D8CA 4F75A 1KJ4A 1DPJA 5P3HA 3OUDA 1QS8A 2Q5KA 4B1EA 4EXGA 1ZTZA 3PSYA 2OHMA 3PCZA 2F3EA 3KA2A 2BBBA 4RCDA 3LIXA 3ST5A 2QMDA 3LPKA 3RTNA 4Z4XA 2J9JB 1XL5A 5P54A 2QP8A 3OADB 5P2NA 5ISKA 5P7GA 2PC0A 5P78A 3QRVA 4DQGA 1LYAA 2WKZA 2WF2A 3DK1A 3UHLA 3PM4A 2A1EA 3QBHA 4DJVA 2HIZA 3VFAA 5P06A 5P47A 3VYDA 1EBYA 4RLDA 1B5FA 1IIQA 3PSUA 4OBZB 4ZPGA 1NPVA 1UPJA 2PK6A 3CYXA 5P15A 9HVPA 1BBSA 1QBTA 1IZEA 2AZ8A 2B7FA 2F3FA 2V13A 5P5RA 5P5KA 3KYRA 5IVQA 1Z1HA 3DOXA 2I0DA 3SABA 3QBFA 4F74A 2R8NA 4R91A 4GJ8A 2XYFA 2WEDA 3JVWA 4YOAA 4L6BA 5P6PA 5P04A 2O40A 5P1RA 5HVPA 3UQRA 3TKGA 5P6XA 4MC9A 1ME6A 5P3IA 5ENMA 1QRPE 3L5FA 1A9MA 2PWRA 5P69A 2FDPA 3LZUA 1DIFA 3I6OA 4FM8A 5TOLA 3SAAA 4WTUA 4Y54A 1FQ5A 4FAEA 2HS2A 5P4MA 5P0AA 5P83A 2J9JA 3HAUA 3OADA 5COKA 2G1SA 2VJ6A 2FXEA 2I4VA 7UPJA 3UQXA 1LYWA 5P6UA 3K4VC 3GI6A 1LYBA 4DVFA 3RSXA 4AZYA 3CMSA 4AMTA 5I3XA 3OUAA 1EPPE 4L7JA 5P1CA 4M8YA 3K5FA 4GJ6A 2AQUA 4Y4ZA 3UQPA 5P6DA 1GVUA 5P7AA 5OZJA 5P7EA 3EL1A 4Y3ZA 1C6ZA 4OBZA 1E82E 1DW6C 3PRSA 5P80A 1YTIA 3OQ7A 5P7NA 3ZLQA 2I4UA 3AIDA 4EPJA 2BB9A 4LBTA 2QNNA 4K4RA 3B80A 3NUOA 3OXVA 4H3GA 4RGHA 5P6VA 3Q4BA 1EPRE 1YM4A 4JOOA 2IRZA 4KE0A 5CLMA 1D4HA 3PLDA 2NR6A 3OQDA 2ZJKA 1MTRA 2PSVA 5P41A 5P6LA 3DM6A 3TPRA 3SA6A 4Q1XA 4L1AB 3QVIA 1IVPA 1QBSA 3RU1A 5SY2A 1EEDP 3O9FA 4KUPA 5P5MA 2AOGA 2FNTA 3BHEA 1HPXA 1T7JA 1XN3A 2IGXA 1IDAA 4DQEA 3N3IA 6APRE 1KZKA 3IXJA 3R0WA 4JPEA 5P3YA 5P5ZA 1AXAA 4AUCA 4FL8A 5P6OA 4X2LA 5EZZA 5P6RA 2OHTA 5HD0A 3IA9A 4I8WA 4RCEA 2QNQA 3UDHA 1ZAPA 5P4GA 1B6LA 6FIVA 3MSLA 5P38A 3RSVA 4DJOA 5C9FA 1T6GA 3QPJA 4YD4A 1BDLA 3OHHA 1WBMA 3SKFA 5P63A 4FRSA 4EJLA 2NPHA 1KJ7A 2ASIA 4OBDA 5OZHA 3KFSA 2BPZA 1K6VA 5F01A 3ZKNA 1M43A 5P2CA 4Y41A 5P4BA 2ER9E 1FIVA 5OYSA 1GVVA 4YOBA 2Q55A 3CKRA 4Y53A 3VYEA 2V16C 3SM2A 5P0IA 5P1OA 4Y3SA 3QN8A 3KFRA 2ZHUA 4OD9B 5OZVA 2RKGA 2F3KA 5P28A 1HIVA 3S2OA 4CMSA 3LIQA 1E5OE 3SA5A 5OZRA 4L1AA 5P27A 5P3AA 1T7KA 4PEPA 4K4PA 4Y4WA 4HLAA 5KQFA 5AH6A 4Y4UA 5P6SA 1A8KA 2O4SA 1YTHA 2FIVA 1NPAA 3BUGA 5P46A 3VLBA 4Y3WA 4B0QA 2JYSA 1HHPA 1E80E 5P2BA 5P08A 5BRYA 2ZJHA 2PYNA 4DJPA 3O9LB 1YTJA 5P3QA 5P53A 4GJ7A 4NJTA 3R2FA 5KR2A 5P4ZA 4EJKA 5P6TA 3WZ8A 5P2TA 1G0VA 1YTGA 5P3KA 2O4PA 4NPUA 1TSUA 4Y3FA 5P0VA 5P7MA 4Q5MA 5DQ5A 4FAFA 2NMYA 1RNEA 3EKQA 2QAKA 3GI4A 1W6IA 3D20A 1HPVA 5B18A 3GI5A 4I8ZA 4BFDA 5P1JA 1RPIA 3HW1A 3S8IA 2PMAA 2Q11A 3KMYA 2UPJA 3BGCA 2G27A 3OWNA 3L5DA 5P5YA 2P8HA 5DR3A 4Y58A 5BS4A 5P3XA 3EKTA 1J71A 1OEWA 5P0RA 4J1EA 2QI0A 3NSHA 4ZIPA 3NU6A 5P7WA 4B00A 5P1GA 2QI3A 4B1CA 1DAZC 2Q64A 5P2XA 5P33A 1ER8E 3VV7A 3ZKXA 3TL9A 1SIVA 5KOSA 1QBRA 4FM7A 2BJUA 1HTFA 2OF0A 4GJBA 2QD7A 3NDXA 5P2RA 3KDDA 3SA8A 2OHKA 4QJ2A 1YG9A 2G20A 1T7IA 3EKWA 4CPWA 2AOFA 3O9LA 5P5XA 3VF3A 3OU4B 3FIVA 3GGVA 3SA3A 2AOEA 5P7XA 2OHQA 4FM6A 4JPCA 3LIYA 1KJGA 5P2WA 5P36A 3UPJA 5P70A 2BPWA 3FKTA 3INFA 5P0WA 5P4FA 3IVIA 1BVGA 5P0CA 1B6MA 4GB2A 4Y3RA 1BXQA 3BGBA 5T4SA 5SXNA 4FRKA 5AH7A 2NTRA 5P6JA 5P13A 3NDUA 5P5PA 3PBZA 2AVSA 4RZ1A 4ZSPA 5P11A 4DJWA 4XKXA 3S53A 4K9HA 5OYQA 5P60A 5P3UA 3GGAA 5JFUA 2IQGA 4QJ7A 3JW2A 5P3EA 5P40A 3CIBA 3L5EA 4DPIA 3U6AA 1B6JA 5P57A 1DP5A 5P8KA 2Q15A 1PSOE 3NWQA 3ZKMA 5P09A 5P1LA 5OZYA 3ZKGA 5P5HA 5P2QA 5OZNA 4GJAA 4NJUA 2IENA 4BEKA 4N00A 3T6IA 4E43A 1HVSA 2Q54A 4ZSMA 2G1YA 4PYVA 2Z54A 4UPJA 1GNNA 3K5DA 4Y5AA 2F81A 1AVFA 5P5FA 2O4NA 4Y45A 4Y3XA 4OBKA 4HDBA 3OU4A 3TOGA 1HPSA 4Y4JA 3U7SA 2IGYA 3WB4A 5P67A 2H6TA 5P3TA 3OAGA 2JJIA 4J1KA 5E5KA 2BPYA 3NXEA 5OZ4A 5P7VA 5P1BA 4HDPA 3T3CA 1BV7A 5P3DA 1Z8CA 3TPPA 4J1FA 1SDUA 3LITA 5C9BA 2B8LA 2OHUA 3PCWA 5P0MA 3EC0A 1FMXA 3F9QA 5P7SA 4CKUA 2JXRA 4ZSRA 5P1EA 5OZ3A 3T7PA 1FG8C 1EC3A 1U8GA 1EBZA 3H5BA 1HPOA 2I4XA 1K1UA 3PB5A 3QIHA 3KDBA 4DJRA 5P2FA 2WEAA 4PHVA 1MRXA 4DH6A 5P16A 4BELA 2G1RA 5P7KA 5P19A 2ZJNA 3LINA 2ZE1A 3IAWA 3HVPA 5P1VA 1OEXA 3QRSA 5OZ9A 1XN2A 4Y5KA 4Y47A 4OC6B 4QLHA 4Y57A 4EQ0A 4Y3AA 5P89A 3CKTA 3LIZA 5P6NA 6UPJA 3ER3E 4RVIA 2WF0A 4Z2ZA 2QU3A 2PSGA 2ZHVA 1HEFE 5IVSA 5P0OA 5P82A 5DQ2A 4Y4EA 3FNSA 4CPXA 1C6YA 1BILA 4Y4TA 2JJJA 2HM1A 2FS4A 4Y5LA 5IVTA 1HTEA 1APWE 4I0IA 1HRNA 4Y4GA 1BAIA 2P3CA 1OHRA 1PSNA 3IXKA 5P7CA 5OZSA 2QI4A 5P17A 5F00A 4MC1A 5P0BA 2QZWA 4QJ8A 2B8VA 3TOFA 5P5LA 3QROA 5P87A 4YBFA 5DPZA 3HDKA 2R3TA 2ER7E 4Y44A 3UCBA 1TZSA 1PPKE 1APTE 3EKVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1ZBG A;  4I0F A;  5P7Q A;  4FRI A;  4ER4 E;  1TSQ A;  1WKR A;  5OZI A;  5P65 A;  3OY4 A;  5P6C A;  2QHY A;  5P45 A;  4B72 A;  5P8G A;  2V11 C;  4Y4D A;  5P7H A;  5P05 A;  3INH A;  2SAM A;  2WJO A;  1HVC A;  5P71 A;  1MRW A;  1AJV A;  4HZT A;  5P2D A;  4I0H A;  3WZ7 A;  5AH9 A;  1HSH A;  4D88 A;  4EJ8 A;  3DUY A;  1GKT A;  3DCR A;  5P7I A;  3EL5 A;  5P5V A;  4LL3 A;  3ZL7 A;  5BWY A;  2VIE A;  3KDC A;  1G6L A;  4HE9 A;  5P4L A;  5P56 A;  3PWR A;  1B11 A;  3MSJ A;  1IBQ A;  4KE1 A;  5P5J A;  2F80 A;  1OD1 A;  1ZSF A;  4RRS A;  3S43 A;  4COE A;  4RVJ A;  1D4J A;  4U7V A;  5ER1 E;  5P1Z A;  1SBG A;  4R8Y A;  5P2E A;  3SFC A;  5OYY A;  1PSA A;  1D4I A;  5P7L A;  5P5Q A;  1HEG E;  2NNP A;  3TPL A;  1T6E X;  5P2V A;  5P4N A;  1W5X A;  5ISJ A;  5P4Y A;  3VYF A;  4EQJ A;  3R1G B;  5P1Q A;  3DCK A;  5P30 A;  5OYV A;  4J0T A;  3KM4 A;  5P6M A;  5P72 A;  2P4J A;  1D4L A;  3PMU A;  3FNT A;  2XFK A;  3ZKQ A;  3D3T A;  2V10 C;  5P1M A;  2AZB A;  2PH8 A;  1FMU A;  1HSG A;  1ZLF A;  1FEJ C;  5IE1 A;  5P0P A; 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5UPJA

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