5AGZA

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5agzA00
2EWYA 4YD4A 3S2OA 5P3IA 3FNUA 4FE6A 2OHKA 5P5UA 3S54A 1LYBB 3DM6A 5OZ6A 1PPKE 2XYEA 1E5OE 4QJ2A 2WEZA 4YHQA 4KB9A 3CYXA 4FRIA 2NXDA 3UFLA 1F7AA 2J9KA 4J17A 5P03A 5P2UA 1HVCA 5P83A 3OAGA 4K4PA 1IZHA 3ECGA 3OXVA 4J0ZA 4NPTA 5BRYA 5JFPA 2AQUA 4YOAA 4ZLSA 1N49A 3NUOA 3NDUA 1VIJA 8HVPA 4PZXA 1K1TA 3IN4A 5AH9A 5OZTA 3OQAA 1EEDP 2HB2A 2ZJJA 3RSVA 1SMRA 3I7EA 5DGWA 5P7PA 2V0ZC 5P33A 3S85A 3EKXA 3URJA 3GI4A 4Y3PA 5KOQA 3D1XA 3KT2A 5P3DA 3QS1A 3PVKA 3PLDA 3MSLA 1HIVA 1A94A 3EM6A 5OZCA 4J5JA 2JXRA 5P7BA 5P2YA 3NU9A 2BPXA 1K6VA 4EHCA 1FQ6A 3H0BA 2HC0A 4L7HA 4FCOA 1U8GA 2QP8A 1PROA 3NDTA 5BS4A 4Y41A 2B8VA 3CKTA 1EPOE 4Y57A 2BB9A 4JPEA 4L1AB 3JVWA 5P5TA 2FMBA 1YTGA 3T7QA 2IGYA 1ZTZA 5EZXA 3SA6A 5P1EA 1GVUA 1PSNA 4CPXA 4EWOA 5P78A 4OD9B 5P7GA 1HSHA 1ZSFA 2FS4A 1META 3Q6YA 3K1WA 2O4LA 4DJQA 4WY1A 1XL2A 5P39A 1HWRA 1HPXA 5P6JA 1LYWB 4JOOA 3GGAA 4DQGA 5P72A 2MIPA 1TW7A 5P4SA 1YG9A 5P57A 2BPYA 3K4VC 5P1XA 3TOGA 1SBGA 1MSMA 5OZGA 3EM3A 5P3TA 2VIYA 4Y3LA 4J1HA 3LITA 5P27A 4QJ8A 2QI5A 1FQXA 5HU1A 5P59A 5I3YA 3CMSA 1HVSA 5OZXA 3O9DA 1IVQA 5P8KA 1A8KA 4FRSA 3O9LB 2P8HA 3QRSA 5P45A 1VIKA 2NNPA 4CP7A 4PYVA 5P2WA 2QMPA 3S56A 3FKTA 4QJAA 5OZSA 3S7MA 1AJXA 5P2OA 5P4IA 5HDXA 5P4QA 3GI0A 3ZKMA 4IVSA 5P13A 4Y4TA 2Q63A 4Y4JA 1NH0A 2PC0A 3FV3A 4FRKA 2G24A 2R8NA 5DQ4A 3G6ZA 3VV6A 1HEGE 2Q54A 3L38A 1LS5A 3QBHA 5P8NA 2OHSA 4Y50A 5ER1E 5P34A 3BVAA 2QNQA 3HLOA 5P4NA 5P0SA 3TH9A 5P2KA 1MUIA 3QAAA 5P7CA 2G69A 2OHMA 4XX3A 5P0AA 1B5FB 3OOTA 5P0MA 4I0IA 3PRSA 5P6SA 2Q5KA 2VJ9A 2FNSA 2PK6A 3PCWA 3PMYA 4Y3WA 5P2FA 2QK5A 2XYFA 1M43A 3AIDA 3EKQA 5P2ZA 1E80E 1IDAA 5P2VA 3BGCA 3T3CA 4J1FA 3OQFA 2G22A 1XE6A 4LXKA 5P40A 4DQEA 3D1YA 2AIDA 2IS0A 4J0TA 3SA8A 3ZKGA 4OBHA 5P2AA 1ZBGA 4XXSA 1BXOA 5OYZA 1BV9A 4Y9WA 5OZ1A 3INDA 5P38A 4EJKA 1HPOA 3DUYA 1PSOE 4HVPA 5KR0A 1B6PA 1ZSRA 5P4HA 4M8YA 4I1CA 6UPJA 3UDNA 6APRE 2B7FA 1D4KA 2V12C 3DCRA 3UPJA 1FG8C 2QMDA 1KZKA 1GNMA 1ZLFA 4OC6A 3DK1A 3EL4A 4FS4A 3G70A 5P1JA 5P8RA 4I0EA 4RGHA 2I4XA 3KDCA 5P4PA 1DAZC 1MERA 4BFDA 5P44A 4YD3A 4I11A 2A1EA 5P0TA 2QI3A 1EPRE 5P3KA 3KT5A 2QMGA 1T6EX 3KFRA 1ZAPA 1M4HA 2HB4A 3PCZA 2WEAA 2ZHTA 1B6JA 5OZ2A 2QHYA 4Y38A 3VEUA 5P6YA 1HVHA 3SPKA 4X2LA 4EPJA 5HE7A 3RVIA 5P42A 1ME6A 5P0ZA 5P7UA 2APRA 5I3WA 1AJVA 5P53A 5IS4A 4OBDA 3TNEA 2PSGA 2PSUA 1HVRA 3NSHA 3EM4A 5P66A 5P5PA 4OBFA 5P5WA 5P4FA 4HLAA 5DR4A 5P5CA 1BVGA 3HAUA 5P6TA 2VJ7A 5P1LA 3CIDA 4DJUA 3TOHA 2VJ6A 5OZDA 1B6MA 3EKWA 2VIEA 4DVFA 4EP2A 4I0FA 4ZIPA 2WKZA 3QN8A 2Z54A 5HDVA 1KJ7A 3O9GA 2NXLA 4GJBA 4GMIA 2QI4A 5OZLA 5P2GA 7UPJA 2NNKA 3BGBA 3OUAA 3SA9A 2B7ZA 5KOSA 1T3RA 2ZJNA 1KJGA 5P2SA 5P6IA 2CENA 5P1AA 4Z4XA 3OXCA 3VF3A 4OBJA 4JECA 2V16C 2JJIA 1D4YA 1LYAB 5P6GA 1BWBA 3G72A 4RVJA 3U6AA 1EPPE 5P0KA 3VYDA 4FM7A 3HVPA 1BIMA 2VA7A 4Q1XA 2HB3A 5P3RA 2BPVA 2I0DA 3RSXA 2Q3KA 1MSNA 2F3EA 2PQZA 4RCDA 3VF5A 1BWAA 5P8UA 1BBSA 3LNKA 1HPSA 5P4DA 3OU1A 3SM2A 5OZEA 2QI7A 2WF1A 2OHNA 1ODXA 3OUDB 1MTBA 4TVGA 5P70A 4DJVA 5P8HA 3APRE 5P0OA 5P4LA 2AVQA 5P0DA 5JODA 5OZNA 2P3CA 2P3AA 1HIIA 4I0HA 5E5KA 3PHVA 5P5HA 4Y4GA 4Y3NA 5P24A 3O9HA 3K5CA 2ZYEA 1PPME 5P73A 5P6VA 1UH9A 3OHHA 1HVIA 1D4LA 5P37A 3OQ7A 3VSXA 1K6PA 4FIVA 4LP9A 3TTPA 3UDYA 5OZPA 5AH8A 4X7IA 5DR3A 3NLSA 5P28A 5P6KA 2P83A 3BVBA 4I0GA 3WZ7A 3FX5A 1SGUA 5P5SA 5IVRA 1FMXA 1GVVA 2FNTA 5OZ0A 3O9CA 5OZQA 5P6CA 1W51A 2Q55A 4Y3TA 4Y5PA 4YDFA 4XKXA 5P62A 4Y44A 3UQXA 1HVKA 5P5VA 5FIVA 4Y3AA 5P14A 3QRMA 5P01A 4QJ9A 5P2CA 1W5XA 3LIZA 4LAPA 4GZFA 4Y3EA 2I4VA 3OU4B 2BPWA 5P7ZA 3TKGA 5F01A 4E43A 4GJ6A 2PWRA 4KE0A 3UDHA 4Y3JA 4OBGA 3N4LA 1XL5A 4NJSA 4I8WA 5KQYA 2QD6A 5P19A 1ODWA 2OHLA 5DR1A 3U71A 3VLBA 3R0WA 4A6CA 5P1FA 5JG1A 3SKGA 4RRSA 1A30A 3FNTA 5P0CA 4FSEA 4B1EA 3OTSA 4R91A 4MC1A 5P1UA 2BPZA 1EAGA 4J1CA 3IVHA 5P25A 5P4WA 4DQBA 4PEPA 5P7SA 4EJLA 2ER6E 5P0GA 5P52A 5OZMA 2HAHA 2PWCA 4EJ8A 1TQFA 5AHBA 4HA5A 1D4IA 5COKA 4FLGA 5P2NA 5P4JA 5P6NA 5P7LA 2QAKA 1BILA 4PPHA 4YCTA 5P5QA 1RL8A 4HZTA 5P1TA 5P5DA 5P56A 1HVJA 3OHFA 2NR6A 3IGBA 4DFGA 3UDKA 2B60A 5P7OA 4RROA 2AOFA 2QI0A 5KR1A 4BELA 4RYGA 5C9FA 3F9QA 5OZJA 5P2DA 5P82A 3Q3TA 4ER2E 1BV7A 3UHLA 4R8YA 2WF3A 1BDRA 3VG1A 5DR8A 4Y37A 1K6TA 5P41A 3KMYA 5P55A 1MT8A 3NXEA 5OYWA 4EP3A 3TL9A 5OZHA 5ER2E 2P3BA 1NPWA 3K5DA 2WJOA 5F00A 4FSLA 5P3WA 2OHRA 3RTHA 1K1UA 5P0IA 5OZKA 4L6BA 1E81E 2ZJMA 2AOGA 3QVCA 2IGXA 3PSGA 4Y3MA 4ZE6A 5P8MA 5P3EA 4DQFA 1W6HA 1XDHA 2OF0A 2FXDA 1WBMA 4EXGA 3K4VA 1QBRA 5OZAA 2BKSA 4Z50A 3DOXA 5P4AA 5OYTA 4YOBA 3SA3A 4ZPEA 5P30A 4Y5CA 4ER1E 1G6LA 1YM4A 5P2BA 1RV7A 4A4QA 1C6YA 1AXAA 2J9JB 4NJVA 2JJJA 4Q1YA 2HIZA 5CLMA 5P3XA 4Y5KA 4JP9A 4QJ7A 4NJTA 1ENTE 1MPPA 4Y4DA 2V00A 3L3AA 2QI1A 3KN0A 5P65A 1B11A 4Y4ZA 2ZJIA 3K5FA 4MC9A 2ANLA 2PK5A 5OZFA 2ZHVA 3RTNA 1XE5A 5P6LA 1BVEA 5P8PA 4K4RA 4DJYA 3OADB 2ZHSA 3LIYA 3S43A 3EXOA 5P5NA 1D4HA 1WBKA 4RCEA 5P7RA 1FB7A 4DI2A 4BEKA 3QROA 2Q64A 4J54A 3JW2A 3NUJA 2H6SA 4QJ6A 5P87A 1HTEA 4Q1WA 2ER7E 5EZZA 2ZJKA 5P5LA 5P1RA 2WF0A 2QD7A 5P10A 4Y3RA 3QPJA 4GJDA 4Y5EA 2O4SA 5HE4A 5P49A 3TPPA 3ZPTA 2QI6A 1FIVA 2R3TA 3ER3E 1DP5A 1SMEA 1HEFE 5P8EA 1AM5A 3B7VA 3O9FA 4Y54A 5P3SA 5P7WA 2G1SA 1MT7A 3MXDA 1E82E 3AUPA 3T7XA 5P4BA 5P6MA 5P23A 5P26A 1TSUA 3NU5A 1BDQA 3NWQA 4N00A 4MC2A 1C6ZA 5P0YA 4YCKA 5P1HA 5P6BA 5HD0A 1KJ4A 2O4PA 3L58A 3OAGB 1A8GA 5P7DA 2WF2A 5P46A 3GGXA 1FMUA 1YM2A 2HPEA 3LINA 3NR6A 3MWSA 5P7IA 3LHGA 1EBZA 5P5ZA 3SA7A 3HD8A 5P7YA 3DV1A 5P35A 5P0VA 4RVIA 1APTE 4CPWA 3SABA 4DJPA 4R92A 4RYCA 5P51A 5P8GA 4FAEA 5P85A 4HDBA 5P1ZA 5P5YA 3UDMA 1FFFC 3ZPUA 4Y3FA 4GJAA 2A4FA 3QBFA 4RVXA 3VFBA 5P4YA 1SGZA 3IN3A 4FRJA 1FF0C 3KFSA 3UDRA 5P1WA 4Y4EA 5P84A 3PBDA 5P7FA 1SP5A 3OXWA 5P74A 4FL8A 5P22A 1G0VA 2JYSA 5P1CA 1SDTA 5P0LA 4D88A 5P1BA 1APVE 5P8DA 5DQ5A 5P5MA 4D85A 5P75A 4CKUA 4GJ7A 5P09A 4Y5GA 5P0EA 1SDVA 1RPIA 5P1GA 1LV1A 2FGUA 1ODYA 2ZHRA 3UCBA 3KDBA 3T6IA 4EJDA 1BXQA 5P4VA 2SAMA 2FDDA 2V13A 3EMYA 4CPTA 1IZDA 4Q5MA 3GW5A 1AVFA 1EBKC 4TRYA 5P20A 1F34A 2AVMA 3T11A 4Z22A 3S45A 2NXMA 1CMSA 1W5YA 2CEMA 5I3XA 5KR2A 5P60A 5IE1A 3VV7A 3BC4A 2QZLA 3EL9A 5P32A 1IZEA 2ZJHA 3SAAA 1JLDA 5DQ1A 2AOIA 3KDDA 2RKGA 5ENMA 1FGCC 3PMUA 2FGVA 5P8CA 4H3IA 1T7KA 4HE9A 1MTRA 3KMXA 5P3GA 5P0XA 1A9MA 4I0ZA 4ZSQA 4CPUA 3INHA 3IVIA 5OYQA 5P8AA 4Y3GA 3LZSA 3NYGA 5OZBA 5UPJA 1EBWA 5OZZA 1C6XA 3EL1A 4Y3QA 4EYRA 5P36A 1QS8A 5KQXA 1FEJC 4NPUA 1GNOA 4LXMA 4Y48A 5P6DA 5HCOA 5P7VA 1KJFA 3KM4A 5SXNA 4PHVA 5P6OA 3OUCA 2HPFA 3UDPA 2G1NA 5P58A 1DW6C 3LIVA 3GGVA 4HEGA 1ER8E 4ER4E 4Y3SA 3C9XA 5OZ7A 2QHCA 3OGQA 1BDLA 5OYRA 2O40A 5P8BA 1SIVA 1IVPA 4B78A 5P1PA 1MT9A 3KYRA 4CPSA 4K4QA 4J1KA 5DR7A 3EBZA 2IRZA 1D4SA 3I2LA 3QVIA 4L7JA 2QNNA 2XFKA 2G21A 4WY6A 4H3JA 3NDXA 3HDKA 3EL5A 4K9HA 1EPME 2BJUA 5BWYA 5P11A 4J0YA 4YD6A 2QZXA 4D8CA 5P69A 3HZCA 4OBZA 5P79A 1UPJA 1EPQE 4UPJA 5KAOA 5P2LA 3FSMA 5OYYA 5P1QA 4J0PA 3R1GB 1GVXA 1QBTA 3TPLA 3IA9A 2O4NA 5P1IA 3L5CA 1DMPA 5P5EA 5OYXA 4DJWA 2V11C 3R0YA 5KQZA 5P43A 3IXJA 3B80A 3N3IA 7HVPA 3SFCA 1Z1HA 4YA8A 2WHHA 3UDQA 5P7MA 4YBFA 3RU1A 4DPFA 1DIFA 3TOFA 5P07A 3OK9A 1FQ8A 2HM1A 4AZYA 3PWMA 1XN2A 1PSAA 1LYBA 4OC6B 3DCKA 5P1DA 5SY2A 2QD8A 5P0BA 4EXHA 3Q5HA 1ZJ7A 3PSYA 5OZ3A 4CPQA 4DUSA 1Z8CA 1QBSA 3I8WA 2IKUA 4R95A 2FXEA 4H3GA 3KA2A 5P6ZA 2WF4A 4HDPA 2F3KA 5P6AA 1EC2A 5P0UA 2JE4A 5SY3A 5P4CA 1HOSA 5P2EA 5P4GA 5P02A 3Q70A 3ZKSA 4GIDA 2AZ9A 4J1EA 5P4OA 2IEOA 5P5IA 5P3CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2EWY A;  4YD4 A;  3S2O A;  5P3I A;  3FNU A;  4FE6 A;  2OHK A;  5P5U A;  3S54 A;  1LYB B;  3DM6 A;  5OZ6 A;  1PPK E;  2XYE A;  1E5O E;  4QJ2 A;  2WEZ A;  4YHQ A;  4KB9 A;  3CYX A;  4FRI A;  2NXD A;  3UFL A;  1F7A A;  2J9K A;  4J17 A;  5P03 A;  5P2U A;  1HVC A;  5P83 A;  3OAG A;  4K4P A;  1IZH A;  3ECG A;  3OXV A;  4J0Z A;  4NPT A;  5BRY A;  5JFP A;  2AQU A;  4YOA A;  4ZLS A;  1N49 A;  3NUO A;  3NDU A;  1VIJ A;  8HVP A;  4PZX A;  1K1T A;  3IN4 A;  5AH9 A;  5OZT A;  3OQA A;  1EED P;  2HB2 A;  2ZJJ A;  3RSV A;  1SMR A;  3I7E A;  5DGW A;  5P7P A;  2V0Z C;  5P33 A;  3S85 A;  3EKX A;  3URJ A;  3GI4 A;  4Y3P A;  5KOQ A;  3D1X A;  3KT2 A;  5P3D A;  3QS1 A;  3PVK A;  3PLD A;  3MSL A;  1HIV A;  1A94 A;  3EM6 A;  5OZC A;  4J5J A;  2JXR A;  5P7B A;  5P2Y A;  3NU9 A;  2BPX A;  1K6V A;  4EHC A;  1FQ6 A;  3H0B A;  2HC0 A;  4L7H A;  4FCO A;  1U8G A;  2QP8 A;  1PRO A;  3NDT A;  5BS4 A;  4Y41 A;  2B8V A;  3CKT A;  1EPO E;  4Y57 A;  2BB9 A;  4JPE A;  4L1A B;  3JVW A;  5P5T A;  2FMB A;  1YTG A;  3T7Q A;  2IGY A;  1ZTZ A;  5EZX A;  3SA6 A;  5P1E A;  1GVU A;  1PSN A;  4CPX A;  4EWO A;  5P78 A;  4OD9 B;  5P7G A;  1HSH A;  1ZSF A;  2FS4 A;  1MET A;  3Q6Y A;  3K1W A;  2O4L A;  4DJQ A;  4WY1 A;  1XL2 A;  5P39 A;  1HWR A;  1HPX A;  5P6J A;  1LYW B;  4JOO A;  3GGA A;  4DQG A;  5P72 A;  2MIP A;  1TW7 A;  5P4S A;  1YG9 A;  5P57 A;  2BPY A;  3K4V C;  5P1X A;  3TOG A;  1SBG A;  1MSM A;  5OZG A;  3EM3 A;  5P3T A;  2VIY A;  4Y3L A;  4J1H A;  3LIT A;  5P27 A;  4QJ8 A;  2QI5 A;  1FQX A;  5HU1 A;  5P59 A;  5I3Y A;  3CMS A;  1HVS A;  5OZX A;  3O9D A;  1IVQ A;  5P8K A;  1A8K A;  4FRS A;  3O9L B;  2P8H A;  3QRS A;  5P45 A;  1VIK A;  2NNP A;  4CP7 A;  4PYV A;  5P2W A;  2QMP A;  3S56 A;  3FKT A;  4QJA A;  5OZS A;  3S7M A;  1AJX A;  5P2O A;  5P4I A;  5HDX A;  5P4Q A;  3GI0 A;  3ZKM A;  4IVS A;  5P13 A;  4Y4T A;  2Q63 A;  4Y4J A;  1NH0 A;  2PC0 A;  3FV3 A;  4FRK A;  2G24 A;  2R8N A;  5DQ4 A;  3G6Z A;  3VV6 A;  1HEG E;  2Q54 A;  3L38 A;  1LS5 A;  3QBH A;  5P8N A;  2OHS A;  4Y50 A;  5ER1 E;  5P34 A;  3BVA A;  2QNQ A;  3HLO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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