5AH6A

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ah6A00
5P5BA 3EKXA 1D4YA 1BDLA 5P4LA 2P4JA 4DJQA 2V00A 2NXLA 5KR1A 2VKMA 5P5TA 4Y5NA 3PVKA 5OZGA 4YBFA 5P2RA 3SA4A 5OZJA 4Y3PA 5P3CA 5P89A 5P1TA 5P3KA 3R0WA 2IENA 4L1AB 3G6ZA 2HAHA 2XFKA 2XYFA 4Y4BA 3WB4A 5IVRA 5P8TA 3CIDA 4Y5LA 1YTIA 1HWRA 1AIDA 4J1IA 4PYVA 3K5GA 2SAMA 5P4PA 5P74A 4DJUA 4Y3AA 3UCBA 5P88A 1PSOE 2FNTA 4J0ZA 4Y43A 4Y35A 5AHCA 4B1CA 5P7HA 1BAIA 5P06A 4CPQA 5P5IA 3CICA 3I7EA 1XN2A 3CYWA 2PSUA 5P4TA 4Y44A 5ENMA 2HB3A 3LZYA 1IZDA 3LHGA 1ZTZA 1SP5A 5P6HA 5P1JA 5P5HA 3TPLA 5P0HA 3ER5E 5P4RA 5P1PA 4EP3A 4A6CA 4Y38A 3DV1A 5HCOA 2QMFA 2V0ZC 5OZQA 1J71A 3PI5A 5P4FA 4KUPA 4GJAA 4YD4A 3ZPSA 5P50A 3SA8A 1HIIA 2QI3A 3RTNA 1ZSFA 5P6RA 1APUE 3KDCA 5P5XA 2VA6A 2V11C 4EXGA 5P0IA 5TOLA 3NWQA 4Y4ZA 5OZPA 3QRVA 4Y6MA 5KR0A 2QZKA 5AH6A 5P1KA 3TNEA 3S7MA 4ER4E 3AUPA 3EKVA 4DPFA 5P00A 1ZPKA 3PJ6A 5P47A 3VFBA 3PWWA 3F9QA 5P7LA 3G72A 3EKQA 5P5FA 3LIZA 1TSQA 5OZLA 5P5WA 3SABA 5P29A 3ZL7A 1G35A 5IS4A 3L5BA 5P60A 1PPLE 2IKOA 4R5NA 5DGWA 2AOCA 5P79A 4NPUA 1SIVA 1BWBA 5P77A 4FS4A 4MC9A 3URIA 4Y4EA 4I0IA 3PSGA 4GJ8A 4J55A 1W5WA 2AQUA 2ER9E 5P17A 3EC0A 1HVLA 5P8LA 2B8LA 1GVUA 5P6ZA 3A2OA 3S85A 4HA5A 2O4NA 5HE5A 2PWCA 2BPXA 4OBJA 5P1MA 5P5NA 5OZSA 4FM7A 4OBHA 3VF3A 4Y3WA 1GNOA 1U8GA 3UFLA 3O9CA 4QJ7A 5AH8A 2G26A 4TRWA 5P7BA 3INFA 1PROA 3VYDA 2AOFA 5P0VA 3BVBA 2V12C 5P55A 1A30A 2PC0A 1QS8A 5P68A 1EBKC 1HRNA 4RYGA 3FNUA 5OZXA 4Y3YA 3PBZA 3KT5A 1OHRA 3PSUA 1FQ8A 4HZTA 1EPQE 3MXDA 5P1SA 1DAZC 4XXSA 5APRE 5OYVA 5P86A 3PI0A 2VJ9A 1C70A 3OUDB 5P0AA 1A94A 3O9AA 3LIVA 2HIZA 5P30A 5P40A 3KFRA 2Z54A 2F3KA 5DQ1A 5JG1A 2AVSA 3NWXA 1F7AA 3GI0A 1ODXA 3UDYA 5P4SA 4FCOA 1QBUA 5P1FA 4APRE 5P5AA 3Q6YA 5P51A 2RMPA 3TOFA 3OUCA 1D4HA 5P8AA 2QMGA 1MPPA 5P09A 5P5MA 3O9IA 4Y48A 5P0DA 3TKGA 2XFIA 5P4KA 5P0FA 2QHYA 3UDQA 5F01A 4Q5MA 2AIDA 2AVQA 1FQ6A 5P16A 5P7RA 4RLDA 4FRKA 1EPLE 3BVAA 5P1NA 2PK6A 3Q4BA 4FSLA 1EC3A 1YG9A 4TVHA 3LZUA 3EL9A 2AZBA 5JFUA 2I0DA 1UPJA 3DOXA 2ER6E 2ZJJA 4Y4DA 2R5QA 5P0RA 4FL8A 2HPEA 3BC4A 4J1HA 3OGQA 4RCFA 1KJHA 3I2LA 4Y3XA 3KMXA 6FIVA 2P3AA 5P32A 5P39A 5P0ZA 1LYAA 3IN4A 5P2CA 1HTFA 5P4GA 5I70A 1W6IA 1EPNE 1AZ5A 3KFNA 3I6OA 1FQXA 2FXEA 2QI5A 4TRYA 5P5JA 1C6YA 5P4IA 3D91A 3SO9A 1EEDP 1HEGE 5OYRA 4Y5EA 5P2MA 1EBZA 5P4YA 1HPVA 3K1WA 2IS0A 2QI4A 2OHLA 5P33A 6APRE 2BJUA 1UH9A 2QD7A 5P7EA 5P2AA 1AVFA 4EJDA 5FIVA 5P10A 5KQZA 4LHHA 4BEKA 1OD1A 5P24A 1W5YA 2NXDA 1AJXA 5P0PA 5P58A 1XE6A 3SA5A 4CPUA 5P7VA 3EL4A 5P8MA 5P8PA 1LF2A 3KA2A 2NR6A 5P1GA 1EC0A 1IDBA 5P8GA 4CP7A 2VJ7A 1LYWA 3OADB 3BUHA 3OQFA 5P5VA 4B05A 4H3IA 3URLA 2O40A 5P7JA 3BXSA 5OYZA 3TPRA 4OC6A 4Y4WA 1RL8A 4U8WA 4CMSA 3H0BA 1LS5A 4OBKA 4QJ6A 4YHQA 5P49A 4HEGA 3G70A 4Y3ZA 2Z4OA 1W51A 1XL5A 4XX4A 3SA6A 2ZHTA 5HU0A 2OAHA 3QP0A 4I8ZA 5P1IA 2VIEA 4F75A 5P5KA 5P75A 4A6BA 4R92A 2HB2A 5P13A 2ZJLA 4Y39A 5P05A 4D88A 1BDRA 5SZ9A 1RPIA 1WKRA 1IZEA 3MXEA 5I3VA 5HCTA 3UQWA 1GVTA 1META 3HD8A 1C6XA 5P7UA 2I4VA 1EPME 2I4QA 1PSNA 5OZKA 3OU4A 3T7PA 1SDTA 3U6AA 3DV5A 1SGZA 4NJSA 5P5RA 1G2KA 5P4BA 3S56A 2FMBA 3ZKSA 1IZHA 5P03A 2B60A 1QBSA 4YE3A 5HU1A 2G1YA 5HE4A 1RQ9A 5P57A 1APVE 1G6LA 1NH0A 5P87A 2G21A 4RROA 3S45A 3ZLQA 5OZWA 1LZQA 5P5DA 5COPA 4DJVA 2JE4A 1ZBGA 4Y4UA 5P6FA 5BS4A 3NXEA 3FV3A 3VEUA 3ZKGA 5HVPA 5P6PA 1F34A 2Q63A 2ZJIA 1XL2A 3PHVA 4GZFA 4Y41A 5KOQA 4FAEA 5P43A 3NXNA 1LYBB 2ANLA 4I11A 3OXXA 4I1CA 4RVXA 5P11A 3VLAA 3EL0A 5P6BA 3BUFA 3T11A 5HTZA 1FGCC 2WEBA 2QMDA 5OZ7A 2G20A 4JECA 5DR1A 3TOGA 4DJPA 1BWAA 2G22A 3LPJA 3U7SA 5P7XA 5P6WA 3O9FA 4AZYA 4APEA 4FLGA 3L58A 4JPCA 4I10A 4DQGA 5OZVA 4JP9A 3JVWA 2ZJHA 2B7FA 4K4RA 3URJA 2Q15A 1APTE 3LPIA 5P19A 5OZNA 2OHPA 5P37A 3SA9A 4YOAA 3TPJA 5P0QA 1FLHA 4K9HA 1JLDA 4ZSMA 5P3PA 3JW2A 5KQFA 5OZYA 1EPOE 2QNQA 4RGHA 5P1OA 4J0YA 3PM4A 5P7AA 3PMYA 2PWRA 2VNMA 3FSMA 4KB9A 5OYSA 5P7KA 2BPYA 5AGZA 5UPJA 4CPRA 2EWYA 1HVKA 2OHNA 3OTSA 5OZ4A 5P18A 5P7TA 4S1GA 3IXJA 4RCEA 2FLEA 5P59A 4YBIA 5P4MA 4E43A 2J9JB 4Y56A 5E5KA 5P3XA 4QJ8A 1YM4A 1W5XA 4YD7A 1MERA 4YOBA 5P80A 4EXHA 2R9BA 1MRWA 3FX5A 4OBZB 4YA8A 4RCDA 3CKTA 1MESA 5P0LA 4Y57A 5DQCA 5P6KA 1TQFA 5KQXA 4I0ZA 2APRA 5P5QA 3TL9A 4DJRA 3DM6A 3MSKA 3L5CA 4I12A 2FIVA 3WZ6A 4AMTA 4UPJA 4GJ5A 5P6IA 4L1AA 4ZPFA 2ZJKA 1GNMA 5P3EA 1ZAPA 4GJDA 3IGBA 3FNSA 5P3RA 4F74A 5P0XA 5JODA 5OZ1A 4M8YA 3PCWA 4R93A 2AZ9A 4ZIPA 5B18A 4NPTA 3M9FA 1E5OE 3D1XA 1RNEA 4L6BA 2VIZA 1MTBA 5OZMA 5I3XA 3D20A 5P4QA 4YDGA 1IBQA 5P3LA 4CPSA 1SDVA 1ER8E 4Q1NA 3OOZA 3RTHA 3PLLA 4WY1A 3EL5A 5P5ZA 1VIJA 1HTRB 5P3IA 5P8OA 3NR6A 1A9MA 5P04A 3ZKIA 5P2JA 3QVIA 3QN8A 3EKTA 3ZPTA 1FMBA 1Z1RA 1SH9A 1NPAA 5P6CA 5P85A 2VJ6A 3MWSA 5P2ZA 1W5VA 1KZKA 1K1UA 3PMUA 5DQ5A 2R3TA 5IE1A 2ZE1A 2IDWA 3CKPA 3C9XA 2CEJA 2P3BB 4Y3EA 5P6NA 5P6LA 1QDMA 3PWMA 4Z2ZA 4KE0A 1EBWA 5P0NA 1QBTA 2O4PA 3TTPA 5P1HA 3VUCA 4DJXA 4Y51A 3OUAA 3OY4A 1M43A 3CKRA 3KFPA 1T7IA 5P3FA 3NDTA 1RV7A 1GKTA 5P44A 5P1ZA 5P0EA 1FG6C 3ER3E 2Q5KA 3OQKA 3OQDA 3QVCA 5P7DA 5P25A 2PQZA 1WBMA 4ER2E 1GVXA 1ENTE 1E82E 3INHA 3OU3A 3VFAA 4HVPA 2AOGA 5P3ZA 2BPVA 4YCYA 4EHCA 3SAAA 2AOEA 3BXRA 5OZ8A 5P4ZA 5P1RA 5OZBA 5P5EA 1HVIA 3TPPA 5P8CA 5C9FA 2WEDA 4I0FA 4PZWA 4Y3MA 5P53A 4LAPA 3QRMA 5P8HA 2ZHRA 2NXMA 5P4WA 4B78A 1YTGA 5ISJA 4GIDA 4Y4JA 5P2TA 1ZLFA 3VF5A 1SMEA 5PEPA 3LIXA 3KT2A 3RSXA 4K4QA 2RKFA 1W6HA 1FG8C 3IN3A 2ZJMA 1CZIE 5P38A 4B0QA 4TVGA 5P69A 4LL3A 5P4NA 5ISKA 2RENA 4PEPA 1D4JA 4RVIA 4LXMA 4GJBA 5P0JA 2UPJA 3O9GA 1B6LA 1DIFA 1B5FB 1WBKA 2Q64A 3WB5A 2WF3A 2OHTA 3OUDA 5P4OA 5P01A 3SFCA 4GJCA 3D3TA 4FRJA 4AA8A 5P63A 2AVVA 4J0TA 3LPKA 2WF1A 2WEAA 1E81E 2UY0A 3LZSA 5DR8A 4JOOA 1D4SA 1HPOA 4EJLA 3GGXA 1UH7A 5P3GA 3SA7A 2G1OA 5P7OA 2PH6A 1DPJA 4XX3A 4OBFA 5OZ2A 2FGUA 1TSUA 2QU2A 3R0YA 5P1UA 3NYGA 1M4HA 2QP8A 3WZ8A 2XFJA 4Y36A 3OXCA 2ZHSA 3O9LB 5P27A 4CPXA 1QBRA 2WL0A 2NPHA 1YX9A 2NNKA 4YCTA 5DR7A 5OZ3A 1FMXA 3OGPA 1T3RA 2F80A 4BFBA 3KDBA 4DQHA 2R38A 4L7GA 4K8SA 4KE1A 2QMPA 1YTHA 5P64A 1FMUA 5P2NA 3SKFA 5I3YA 5P8KA 1YM2A 3OAGB 2QAKA 2R8NA 3UQRA 3NUOA 4Y3DA 4CPTA 4M8XA 4TRZA 4J0PA 3HLOA 3EMYA 3KYRA 5DQ2A 3SACA 4Y9WA 2HS2A 5P66A 3S8IA 5P0WA 5P35A 1HVSA 2AODA 5OYWA 4BFDA 1EPPE 2B7ZA 3HVGA 5P2DA 2V10C 2QD8A 4B1EA 4IVSA 5OZZA 3GI6A 2AVOA 3D1ZA 5P5LA 3OQAA 3ECGA 4EQ0A 5P3WA 1HEFE 4HDFA 1GNNA 3OADA 2IGXA 3DCRA 2FNSA 5HDZA 4Z50A 4Q1WA 1N49A 4PPHA 2CEMA 5P8VA 3T7XA 3LIYA 5HDUA 4ZPGA 4OBGA 2ZJNA 5P4XA 5P0SA 1ME6A 5COKA 5J25A 5P3HA 2G24A 4HLAA 5DQ4A 5P1AA 2OHRA 1MTRA 5AHAA 5HDXA 3S53A 4ACUA 5P34A 3QI1A 5P0UA 3AIDA 3HVPA 5P15A 3Q3TA 3DUYA 5DGUA 4PHVA 1CPIA 3NU4A 5KOSA 5P5GA 1TZSA 3OOTA 4OD9B 5SY3A 2FDPA 2J9KA 3O9HA 5P82A 4B77A 1LF3A 2NMYA 5P07A 5OZCA 1CMSA 4Y5KA 1MRXA 3OU1B 3CMSA 1HXWA 2QZXA 1B6JA 1HPXA 2F3EA 4Y4GA 5P02A 3JVYA 5DR0A 1HSGA 3K5FA 3KFSA 1BV9A 3Q5HA 4EYRA 5DR4A 5P6JA 1Z8CA 3VV7A 2HM1A 5P2IA 7HVPA 3VCMA 2AVMA 4Y47A 2QZWA 5P0OA 5P4UA 3ST5A 1B11A 4NJUA 5P3MA 5P67A 2R3WA 5P7WA 2JJIA 1KJGA 2PYNA 2QD6A 3QROA 5P41A 5P2WA 5OZIA 3S43B 3ZKNA 1HPSA 2I4UA 4I0GA 5ENKA 4Y5BA 4DVFA 3LITA 1MIQA 5OZOA 5P84A 1IZIA 1E80E 1LYBA 5P1YA 2NNPA 5P3NA 5C9BA 3EKYA 5HE7A 5P6OA 3VF7A 3RU1A 2BQVA 2H6TA 4ZE6A 5EZZA 4FM6A 5P3OA 5OZHA 4QGIA 4GJ6A 4EQJA 1HTEA 1FQ5A 1K6CA 3T7QA 4D8CA 1MT7A 2RSPA 1W50A 4NJTA 5OZ6A 1T7KA 3SA3A 5P2HA 4RVJA 3INDA 4DUSA 4Y3LA 5P5YA 5OZUA 2VS2A 2B8VA 4B00A 3ZKXA 2HB4A 5IVTA 1MSMA 3R4BA 5P0TA 2QI0A 5OYUA 5P0YA 1K6VA 4ZSPA 1AAQA 3QAAA 5P46A 2QI1A 5P5PA 4DJOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5B A;  3EKX A;  1D4Y A;  1BDL A;  5P4L A;  2P4J A;  4DJQ A;  2V00 A;  2NXL A;  5KR1 A;  2VKM A;  5P5T A;  4Y5N A;  3PVK A;  5OZG A;  4YBF A;  5P2R A;  3SA4 A;  5OZJ A;  4Y3P A;  5P3C A;  5P89 A;  5P1T A;  5P3K A;  3R0W A;  2IEN A;  4L1A B;  3G6Z A;  2HAH A;  2XFK A;  2XYF A;  4Y4B A;  3WB4 A;  5IVR A;  5P8T A;  3CID A;  4Y5L A;  1YTI A;  1HWR A;  1AID A;  4J1I A;  4PYV A;  3K5G A;  2SAM A;  5P4P A;  5P74 A;  4DJU A;  4Y3A A;  3UCB A;  5P88 A;  1PSO E;  2FNT A;  4J0Z A;  4Y43 A;  4Y35 A;  5AHC A;  4B1C A;  5P7H A;  1BAI A;  5P06 A;  4CPQ A;  5P5I A;  3CIC A;  3I7E A;  1XN2 A;  3CYW A;  2PSU A;  5P4T A;  4Y44 A;  5ENM A;  2HB3 A;  3LZY A;  1IZD A;  3LHG A;  1ZTZ A;  1SP5 A;  5P6H A;  5P1J A;  5P5H A;  3TPL A;  5P0H A;  3ER5 E;  5P4R A;  5P1P A;  4EP3 A;  4A6C A;  4Y38 A;  3DV1 A;  5HCO A;  2QMF A;  2V0Z C;  5OZQ A;  1J71 A;  3PI5 A;  5P4F A;  4KUP A;  4GJA A;  4YD4 A;  3ZPS A;  5P50 A;  3SA8 A;  1HII A;  2QI3 A;  3RTN A;  1ZSF A;  5P6R A;  1APU E;  3KDC A;  5P5X A;  2VA6 A;  2V11 C;  4EXG A;  5P0I A;  5TOL A;  3NWQ A;  4Y4Z A;  5OZP A;  3QRV A;  4Y6M A;  5KR0 A;  2QZK A;  5AH6 A;  5P1K A;  3TNE A;  3S7M A;  4ER4 E;  3AUP A;  3EKV A;  4DPF A;  5P00 A;  1ZPK A;  3PJ6 A;  5P47 A;  3VFB A;  3PWW A;  3F9Q A;  5P7L A;  3G72 A;  3EKQ A;  5P5F A;  3LIZ A;  1TSQ A;  5OZL A;  5P5W A;  3SAB A;  5P29 A;  3ZL7 A;  1G35 A;  5IS4 A;  3L5B A;  5P60 A;  1PPL E;  2IKO A;  4R5N A;  5DGW A;  2AOC A;  5P79 A;  4NPU A;  1SIV A;  1BWB A;  5P77 A;  4FS4 A;  4MC9 A;  3URI A;  4Y4E A;  4I0I A;  3PSG A;  4GJ8 A;  4J55 A;  1W5W A;  2AQU A;  2ER9 E;  5P17 A;  3EC0 A;  1HVL A;  5P8L A;  2B8L A;  1GVU A;  5P6Z A;  3A2O A;  3S85 A;  4HA5 A;  2O4N A;  5HE5 A;  2PWC A;  2BPX A;  4OBJ A;  5P1M A;  5P5N A;  5OZS A;  4FM7 A;  4OBH A;  3VF3 A;  4Y3W A;  1GNO A;  1U8G A;  3UFL A;  3O9C A;  4QJ7 A;  5AH8 A;  2G26 A;  4TRW A;  5P7B A;  3INF A;  1PRO A;  3VYD A;  2AOF A;  5P0V A;  3BVB A;  2V12 C;  5P55 A;  1A30 A;  2PC0 A;  1QS8 A;  5P68 A;  1EBK C;  1HRN A;  4RYG A;  3FNU A;  5OZX A;  4Y3Y A;  3PBZ A;  3KT5 A;  1OHR A;  3PSU A;  1FQ8 A;  4HZT A;  1EPQ E;  3MXD A;  5P1S A;  1DAZ C;  4XXS A;  5APR E;  5OYV A;  5P86 A;  3PI0 A;  2VJ9 A;  1C70 A;  3OUD B;  5P0A A;  1A94 A;  3O9A A;  3LIV A;  2HIZ A;  5P30 A;  5P40 A;  3KFR A;  2Z54 A;  2F3K A;  5DQ1 A;  5JG1 A;  2AVS A;  3NWX A;  1F7A A;  3GI0 A;  1ODX A;  3UDY A;  5P4S A;  4FCO A;  1QBU A;  5P1F A;  4APR E;  5P5A A;  3Q6Y A;  5P51 A;  2RMP A;  3TOF A;  3OUC A;  1D4H A;  5P8A A;  2QMG A;  1MPP A;  5P09 A;  5P5M A;  3O9I A;  4Y48 A;  5P0D A;  3TKG A;  2XFI A;  5P4K A;  5P0F A;  2QHY A;  3UDQ A;  5F01 A;  4Q5M A;  2AID A;  2AVQ A;  1FQ6 A;  5P16 A;  5P7R A;  4RLD A;  4FRK A;  1EPL E;  3BVA A;  5P1N A;  2PK6 A;  3Q4B A;  4FSL A;  1EC3 A;  1YG9 A;  4TVH A;  3LZU A;  3EL9 A;  2AZB A;  5JFU A;  2I0D A;  1UPJ A;  3DOX A;  2ER6 E;  2ZJJ A;  4Y4D A;  2R5Q A;  5P0R A;  4FL8 A;  2HPE A;  3BC4 A;  4J1H A;  3OGQ A;  4RCF A;  1KJH A;  3I2L A;  4Y3X A;  3KMX A;  6FIV A;  2P3A A;  5P32 A;  5P39 A;  5P0Z A;  1LYA A;  3IN4 A;  5P2C A;  1HTF A;  5P4G A;  5I70 A;  1W6I A;  1EPN E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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