5AH6A

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ah6A00
3BUHA 5P2NA 5P69A 1CPIA 4MC1A 5P23A 1F7AA 1BV7A 1RNEA 3MXDA 4GJ6A 2PYMA 4Y45A 4ER1E 5P4JA 2V12C 3BVAA 5P11A 4J5JA 4RGHA 4DPFA 4GZFA 1D4YA 1BV9A 3BUGA 5P2VA 1C70A 1XE5A 4EXGA 4B05A 2UXZA 3D91A 5P3UA 2AOIA 3NU3A 3PJ6A 3S7LA 5P64A 2ER7E 4Y4JA 4YCKA 4YHQA 5P6GA 2I4WA 3VSWA 5P1CA 2O4KA 5B18A 5P77A 2QD7A 2ZHVA 5P79A 3ZKGA 5HU1A 4Y54A 5I3XA 4RCDA 4DQCA 3PI0A 5ER2E 5OZNA 5P1OA 3LPIA 1A8KA 5P51A 1WKRA 4J1FA 4DH6A 1VIKA 1WBMA 3SA5A 4GJ9A 5OZAA 3LITA 3PCWA 1DP5A 5P5RA 2PH6A 4EQ0A 2FDEA 5JFPA 1W50A 3IN4A 2WEAA 4CPWA 4Q1YA 3VV7A 5P0BA 5P6VA 3Q3TA 4U7VA 3DV5A 5P1BA 1G6LA 2I4UA 5P36A 3PWMA 2QMGA 5P31A 5P7PA 3QRSA 5DQCA 1HVLA 1ZBGA 5OZ6A 3OUDA 5P85A 3NWXA 1MSMA 1NPWA 5P3SA 3IXOA 5P0PA 5P8HA 1BDQA 2FGVA 4H3GA 3DUYA 2HIZA 3EKVA 5OZVA 5P5AA 5KOQA 3FV3A 3DJKA 5APRE 2QMFA 5KR1A 5P3BA 5P7CA 3TH9A 4FE6A 5I3WA 4I0JA 1MVPA 4K4QA 4BFDA 2F3FA 3JVWA 3ZPTA 2EWYA 1W5XA 5ISKA 1T7KA 4DUSA 5P34A 5OZZA 5P20A 4DPIA 3EL4A 5P8EA 4E43A 1SIPA 5C9FA 3O9LA 2Q64A 2RKFA 3GGVA 3BGCA 5OZHA 4A4QA 4AA8A 3INHA 2QD6A 3S85A 5KOSA 3KFRA 3S53A 1IZIA 3KDBA 3GGXA 5P1TA 3UQRA 3UFLA 5P0QA 1B6LA 3B80A 2R43A 4DJUA 3H0BA 4ZSMA 4YDFA 5P8MA 1FB7A 1LZQA 3UQPA 3DCRA 2QCIA 5P5EA 4Y4AA 4F75A 1FQ6A 3BUFA 5P40A 2Q11A 4ACXA 5P3NA 4QJ2A 1MESA 2F81A 2F3EA 1LYBA 5P45A 5P2MA 5P2XA 5P07A 5P28A 1OHRA 3GGAA 2P3CA 3TOFA 4J0TA 4Y48A 1FMUA 4HDFA 3UDHA 2P3BA 1ZAPA 1YTJA 5P3MA 3LZYA 2RKGA 3SKGA 4L7HA 4YCTA 5OZUA 1EPNE 4HVPA 5OYQA 2BPWA 5HDZA 3HAUA 4TRWA 1D4JA 5P60A 3OTYA 5P0DA 3I8WA 5EZXA 4EYRA 5P4GA 4Y51A 3O9DA 4Y3JA 1IZEA 5P8FA 3PRSA 5E5KA 3AUPA 1FQ8A 2AOFA 5P81A 4ZPFA 1CMSA 5F00A 2Q5KA 4L1AB 2WF4A 2P8HA 3SA6A 1D4IA 5P1GA 5P13A 4ZSPA 3B7VA 3L5DA 5P3XA 5P6LA 3WB5A 3O9AA 1EBZA 4I10A 2QNPA 3DM6A 1HTRB 4WTUA 4RZ1A 3FNTA 3PHVA 5P71A 5P3KA 5P8RA 1HIIA 2IRZA 3QVCA 5P67A 3RVIA 5P4TA 5SY3A 1ZSFA 2QI3A 5OYUA 5P0YA 5P52A 5BWYA 2NMYA 5P5MA 1Z1HA 2B7ZA 5OZGA 2O40A 3O9CA 1ZTZA 4DJRA 3OHFA 2OHNA 6UPJA 5P12A 1B11A 3OOTA 4Y47A 5HDXA 2VNMA 5P14A 3KFNA 5P5CA 5P5DA 1EC3A 3T3CA 5P0EA 2WHHA 4Y5EA 1QBTA 1Z1RA 5PEPA 4QLHA 3Q5HA 3UDJA 5P7MA 5OYSA 1HVRA 1J71A 2HPFA 5P3OA 1MT7A 3OXXA 5P1ZA 3LNKA 4NKKA 5P1KA 4Z4XA 2H6TA 5OZYA 5P48A 3G70A 1G35A 4J0YA 3RSXA 2VJ7A 1K1TA 4Z22A 1FG6C 1XN2A 2G1OA 3LPKA 4HE9A 5P4OA 2G69A 2J9JB 5OZ3A 5P87A 1DPJA 1EPOE 1EPME 2G1RA 5EZZA 5HE7A 5IVSA 3VFAA 3APRE 1EPRE 3HBOA 4S1GA 3OUBA 2ER9E 3LINA 1MTBA 1OD1A 4CP7A 3SACA 4R95A 1E82E 4FM6A 2CENA 5DR8A 3OY4A 5P84A 2WECA 3N4LA 1MT8A 1FF0C 2FDDA 4OBDA 5P2TA 5P2ZA 4L6BA 5P5XA 8HVPA 4FRJA 5P44A 5OYYA 2FXDA 5COPA 1MRXA 4ZPGA 3L59A 4RRSA 3IXJA 5P30A 2ZHUA 5P88A 1LF3A 2NXLA 3IA9A 2JE4A 5P65A 1AXAA 1EPLE 4B1DA 4GJCA 4Y36A 5P24A 5SY2A 3O99A 4K9HA 3UPJA 3UFNA 2OHUA 3I6OA 4ZLSA 4AMTA 5AH6A 3R4BA 1BVGA 2OF0A 2V00A 5P1AA 3LPJA 2QMPA 5P7IA 4B78A 2HC0A 3LZVA 1LYAA 4GJ5A 5P3VA 5P89A 1D4KA 1PSOE 4EP2A 3CIBA 4AA9A 1FMBA 4OC6B 1HPOA 3NR6A 1E81E 5KR8A 5P5UA 1HTGA 5P7TA 1GVXA 5P0IA 1TCWA 2I0AA 5JODA 1SMEA 5P0UA 5P7QA 5P39A 3OHHA 3EC0A 4Y3AA 1FQXA 3LZUA 1EC1A 1HPVA 4LHHA 2R3TA 1G0VA 5P50A 3U71A 4IVSA 5P0SA 3KA2A 3R1GB 1PSNA 3GW5A 5OZCA 2PWCA 5P7VA 5P03A 3UTLA 1PPKE 2Z4OA 2O4NA 5IVQA 1EC2A 4Y5GA 1BBSA 3PMUA 3OU4B 5P8PA 5AGZA 4YD4A 5DPZA 3TTPA 5C9BA 1FQ4A 3EXOA 5P08A 2XFIA 1BDRA 1C6XA 3F9QA 4LXAA 3L5CA 2WEZA 4QJ7A 5P2UA 3LHGA 5P1XA 4GYEA 3INDA 1MUIA 1T3RA 2AQUA 3LZSA 5P27A 3BGBA 4QGIA 1EBYA 4LXMA 2IGYA 1SP5A 1N49A 1MT9A 3BXSA 2PSUA 4F76A 2PMAA 3ZMGA 2IKOA 4DQGA 5OYRA 5P5KA 5OZFA 1GVWA 3S56A 5OZRA 2AVMA 5P1YA 4QJ6A 1AJXA 1VIJA 2J9KA 4B0QA 5P6CA 3QROA 1HTFA 4Y3LA 5DR1A 3NU9A 3OU1B 3ZKXA 3MSJA 5P3AA 5OZWA 3VCMA 1EC0A 1AAQA 4XX3A 5P16A 4J0PA 3SQFA 4GJDA 3EKPA 3NSHA 5P4WA 2PSVA 1Z8CA 2ANLA 4GMIA 3S2OA 5OZOA 4RVJA 4H3JA 2G94A 5P4HA 1YT9A 3QVIA 1LF4A 5P73A 1FLHA 5P0TA 3VEUA 3RTNA 5P63A 3UQXA 5OZ5A 4GJ8A 4D8CA 4APEA 3OTSA 5P3HA 1A94A 5HE5A 4TRZA 3ZKIA 4NJTA 1KJ4A 3UDPA 2BPXA 4FAEA 3SFCA 4KUPA 2OHQA 4YD3A 3R0YA 3NU4A 4CPUA 5IVRA 4FGXA 3WZ6A 1HPSA 1YG9A 2IENA 4X2LA 3BHEA 5DQ5A 1TZSA 4J54A 5AHAA 1OEWA 2Z54A 5OZ7A 3URJA 2BPYA 5P7YA 1BXQA 5I70A 3FKTA 1W51A 3DV1A 2APRA 4Y5MA 3BRAA 5P6BA 5P59A 1QBUA 3D1YA 5P4NA 1A8GA 2PWRA 5P29A 5OZ1A 1MPPA 3I7EA 4I8WA 3Q70A 2QNNA 3UQUA 2G24A 3ER3E 4H3FA 3PLDA 4RVIA 5P43A 3IN3A 4EHCA 3EL5A 2ZJNA 5P7LA 3KFPA 5P4ZA 1BWAA 2I4XA 3G6ZA 3PSUA 5P8IA 4D88A 2B42A 3S43A 3OADB 5AHBA 3KYRA 4BFBA 3KMYA 5P2EA 3CKRA 1HHPA 4Y3XA 2BQVA 3GI4A 3VF5A 3VG1A 1MTRA 3NLSA 5I3YA 2IDWA 5P01A 1TQFA 2QU2A 4I12A 5P7XA 4Y4BA 4JECA 1UPJA 4LAPA 4R93A 5P7BA 4D89A 1ODWA 2HB2A 4Y41A 4QJAA 4B70A 2ZJMA 2AZ9A 3UCBA 4X7IA 1HVJA 3OXWA 3L5EA 3INEA 4RYCA 5P0RA 3VLAA 4FM7A 4B1EA 5P0KA 5P86A 2AVQA 1XE6A 2WEBA 5OYZA 1W5YA 5P8LA 2WF1A 4Y4GA 5P1PA 1EEDP 2NXMA 1PSAA 5OZQA 5P3YA 4Y5CA 5P6MA 2PK5A 5P2CA 3LIXA 4ER4E 1APUE 5P2DA 5P1RA 4ZIPA 2I1AA 3TNEA 5P8AA 4D85A 1KJFA 2QI6A 5P06A 2NPHA 5P3EA 3UQWA 2HB3A 7UPJA 2V11C 4FSEA 3EKTA 4HDBA 1LYWB 1RL8A 1ZJ7A 2Q3KA 3NDUA 5P1EA 2OHMA 2IEOA 2VJ9A 5P5SA 5DQ4A 4N00A 4OBZB 4Y58A 1EBWA 5P49A 3SPKA 5CLMA 5P6DA 4FRSA 2QNQA 3LIVA 3TKWA 5P46A 2XFJA 5IS4A 3CICA 4J0VA 4NJUA 2R38A 5OZEA 4OBHA 5P76A 2VKMA 1SH9A 5P7WA 1QRPE 5P22A 2PYNA 3QAAA 5P26A 5P68A 2JXRA 1RV7A 1FMXA 3T7XA 4NPUA 5DR3A 3GGUA 5P0ZA 1HVHA 2I4QA 3FX5A 1RQ9A 5P4AA 5P72A 2FXEA 5P6WA 4RRNA 3IXKA 2AOJA 4DI2A 1QBSA 5P8VA 3D20A 3BVBA 1WBKA 1META 3GI6A 3QP0A 3K4VA 3SLZA 2IKUA 3QS1A 2AOHA 4BEKA 4DQBA 2QHZA 5P53A 3OAGB 3ZKMA 2F3KA 3OU4A 5P0FA 5P56A 3TPPA 5AH7A 1SIVA 3TPRA 3BC4A 5P2HA 4EPJA 2BJUA 5OZIA 5OZ4A 3NDWA 5P3IA 3RTMA 3TLHA 4Y3YA 3EM6A 5P04A 5P19A 4DJPA 5SXNA 3EL1A 5P42A 4Y6MA 4DJVA 1GNMA 3R0WA 3G72A 3TOGA 5P1JA 5OZ9A 1KZKA 5P8UA 5OZXA 5P7DA 3PLLA 2WF3A 1TSUA 4Y3PA 5P3JA 1B6PA 4FAFA 1PROA 5P6TA 1EAGA 5P7AA 2AOCA 3O9BA 2FNTA 1FGCC 5P0NA 2IL2A 3CYXA 3OQDA 3QBFA 2VA6A 2NNPA 4J1EA 4R8YA 1HOSA 3OU1A 5P0VA 2PC0A 2VIYA 4I0HA 5HVPA 1APWE 5BS4A 4NPTA 5P5GA 1EPPE 4DJOA 3VFBA 3EKXA 5P6RA 2RMPA 3MWSA 1G2KA 4MC6A 4LBTA 4DQEA 1HSHA 3PWWA 1B6KA 1HVIA 6APRE 5P5QA 1GNOA 1T6GA 5P1LA 4Q1XA 5P5NA 1T7JA 4Y43A 1U8GA 2ZHSA 5P5YA 4Z50A 5P37A 4LC7A 4GIDA 4JPEA 4DV9A 1IVQA 1YX9A 3S7MA 2HAHA 3OXCA 3D3TA 5P2OA 5P5LA 3FNSA 3PI5A 4BELA 2AVOA 3ZOVA 4YOBA 4OBKA 2OHLA 1FQ5A 4FSLA 1YTHA 1MERA 4DFGA 3ECGA 3NYGA 4TVHA 3PEPA 3UDKA 5P1MA 3PSGA 2FGUA 2Q54A 3OQAA 1A9MA 5P0HA 1HEGE 2I4DA 3CKPA 5P6NA 3FSMA 1XL2A 3S8IA 4EWOA 1UH9A 5P4XA 1IDBA 3N3IA 2NR6A 1BILA 4CKUA 2CEMA 5P4KA 3U7SA 3HZCA 2VA5A 5P6UA 5P32A 1QDMA 1C6YA 1FKNA 4RCEA 1F34A 1HXBA 2SAMA 1KJ7A 4FRKA 5P6AA 1FFIC 5P1UA 4ZEAA 5P0OA 1YTIA 5DR7A 5P3TA 4R91A 4CPTA 2BKSA 3ZLQA 4Y5BA 4LXKA 4MC9A 1PPME 5P09A 2PQZA 5P8CA 1IZDA 1K1UA 4WY6A 3SA4A 1QS8A 3UDRA 3O9GA 4M8YA 2AZ8A 3FIVA 4KE0A 4FL8A 3RU1A 5P4RA 4D83A 4I0IA 5P75A 1YTGA 1KJHA 5P6EA 5P7FA 5KQZA 3ST5A 1E5OE 5P2AA 5P0AA 3O9EA 4Y3HA 4F74A 4NJVA 4FCOA 5BRYA 5P8NA 5P1IA 4RVXA 3UDQA 3VF3A 4PYVA 5P17A 1XDHA 3CMSA 3VYFA 4Y4XA 2BKTA 5IE1A 4FS4A 5P47A 1ZSRA 1K6VA 3S45A 3SM1A 3EM3A 3EL0A 1APTE 4Y5PA 3K4VC 5P0JA 4CPSA 4J1IA 5P6SA 4I0EA 3L38A 1D4LA 3SKFA 2Q63A 2ZHTA 3WZ8A 3OQ7A 5HCTA 4EQJA 2IGXA 2FMBA 3NXEA 4Y5AA 4NJSA 2V10C 5P80A 3I25A 5P1HA 3T7QA 4LL3A 2ZJLA 5P25A 3M9FA 4HA5A 1LYWA 5DR0A 5P5FA 1LS5A 2P3DA 1D4HA 1XN3A 5ISJA 3PVKA 4Y3TA 2BPVA 2AOEA 1UH7A 4PHVA 4OBZA 1B6JA 3UDNA 3EKQA 3LIQA 4WY1A 3PBZA 5P5HA 3QRMA 5OZLA 2B8LA 1XL5A 4UPJA 5P4FA 2JYSA 3OUCA 4PZWA 5AHCA 1BWBA 3DOXA 3PCZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BUH A;  5P2N A;  5P69 A;  1CPI A;  4MC1 A;  5P23 A;  1F7A A;  1BV7 A;  1RNE A;  3MXD A;  4GJ6 A;  2PYM A;  4Y45 A;  4ER1 E;  5P4J A;  2V12 C;  3BVA A;  5P11 A;  4J5J A;  4RGH A;  4DPF A;  4GZF A;  1D4Y A;  1BV9 A;  3BUG A;  5P2V A;  1C70 A;  1XE5 A;  4EXG A;  4B05 A;  2UXZ A;  3D91 A;  5P3U A;  2AOI A;  3NU3 A;  3PJ6 A;  3S7L A;  5P64 A;  2ER7 E;  4Y4J A;  4YCK A;  4YHQ A;  5P6G A;  2I4W A;  3VSW A;  5P1C A;  2O4K A;  5B18 A;  5P77 A;  2QD7 A;  2ZHV A;  5P79 A;  3ZKG A;  5HU1 A;  4Y54 A;  5I3X A;  4RCD A;  4DQC A;  3PI0 A;  5ER2 E;  5OZN A;  5P1O A;  3LPI A;  1A8K A;  5P51 A;  1WKR A;  4J1F A;  4DH6 A;  1VIK A;  1WBM A;  3SA5 A;  4GJ9 A;  5OZA A;  3LIT A;  3PCW A;  1DP5 A;  5P5R A;  2PH6 A;  4EQ0 A;  2FDE A;  5JFP A;  1W50 A;  3IN4 A;  2WEA A;  4CPW A;  4Q1Y A;  3VV7 A;  5P0B A;  5P6V A;  3Q3T A;  4U7V A;  3DV5 A;  5P1B A;  1G6L A;  2I4U A;  5P36 A;  3PWM A;  2QMG A;  5P31 A;  5P7P A;  3QRS A;  5DQC A;  1HVL A;  1ZBG A;  5OZ6 A;  3OUD A;  5P85 A;  3NWX A;  1MSM A;  1NPW A;  5P3S A;  3IXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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