5AH8A

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ah8A00
5P3IA 1KZKA 2AQUA 2B8VA 1LYAA 3PSGA 4EJDA 3L38A 1HVKA 1OHRA 4Y45A 5OZNA 3VF5A 2O4SA 3PMYA 1GNMA 3RTHA 5P6YA 3OHHA 5P85A 1B6PA 3RTNA 4Y4DA 2VS2A 2ZHVA 5EZXA 3QN8A 4YD6A 3UDYA 2FNSA 5OZYA 5P4FA 4OBDA 2QU2A 5C9BA 3KFRA 4OBHA 3TOFA 2NNKA 1SBGA 3NXEA 4FS4A 5P3DA 1IZEA 3VV8A 5P0PA 3OQFA 4EQ0A 2FDEA 1ENTE 3LNKA 5P82A 4D83A 3FNUA 4Y4UA 4DQEA 4H3GA 5P4EA 3KA2A 3QRMA 5P5OA 6APRE 3LZVA 4ZE6A 2F81A 1C6XA 5JODA 3AIDA 3DOXA 2AZ9A 3T11A 1ZSRA 5DGUA 1AJXA 1WBKA 5P80A 3G6ZA 5P83A 5ER1E 5P8NA 1LYWA 3DV5A 5P67A 4NKKA 2F80A 1HBVA 5I70A 2QD7A 3OAGB 1LF3A 4TVHA 5AH9A 5P34A 1M4HA 1MT9A 5OZBA 5P30A 3VF3A 3UDJA 3NDUA 5P3KA 5P6OA 1XN3A 5P4RA 4LXMA 1NPAA 3S45A 3QPJA 4CPWA 5P52A 2G27A 3FV3A 4J0YA 2WF3A 4OBZA 4A6BA 1FKNA 3EC0A 5P0NA 5P6NA 3GW5A 5P4OA 5P7GA 5HD0A 4H1EA 5P1YA 5P4YA 3KDCA 3MSJA 1D4YA 4L1AA 4QLHA 2ZJLA 5P8MA 5P2EA 4DUSA 5P8TA 5P32A 2WF2A 5P5HA 1SDTA 2VIZA 3OY4A 3EM3A 2OF0A 5OZMA 4FM8A 4Q5MA 2RKGA 1W6HA 4R91A 5P1FA 2APRA 1APVE 2HIZA 3EL5A 5AH8A 5P3LA 2IGXA 3SA7A 1AJVA 1K1TA 5P5QA 3BXRA 4GJ6A 2I4VA 3HDKA 4NJTA 3WB5A 5I3XA 1FQ5A 5P15A 4OBFA 3PI5A 4BELA 4I8ZA 2VIJA 2IENA 2VA5A 5P6FA 3O9GA 5HDXA 3EKXA 5HTZA 4Y36A 5P4UA 2AOHA 3NUOA 5JG1A 1BDQA 4J0VA 3QS1A 2ZDZA 3I6OA 5P3YA 5OZIA 5P5TA 3PEPA 5P0GA 3LIYA 4J1IA 5P0AA 3UPJA 2I4QA 4YBIA 1GVXA 7UPJA 4J1EA 4CPXA 5UPJA 3H5BA 5E5JA 2G22A 5BWYA 4XKXA 5P3WA 5P6EA 2P3CA 3IXOA 5OZ6A 5OYSA 5P78A 1GVTA 3UTLA 3ER3E 5P7BA 3CKRA 3KFSA 3INDA 1RQ9A 3O9EA 4MC2A 4Y53A 4FGXA 4I0IA 5P74A 5IVSA 1CPIA 1LZQA 1U8GA 3SA8A 4X2LA 4GJCA 4Y3HA 3Q4BA 3LIZA 3R0WA 3IA9A 5P6XA 1IZDA 2PQZA 5HE5A 5P33A 5P6TA 3DM6A 3BRAA 3LZUA 4K9HA 3S2OA 3DCRA 1TCWA 1HVHA 3KDDA 5P0MA 5DR7A 5P4GA 2Q11A 3U71A 3Q3TA 4DQCA 5P7LA 3Q6YA 1FQXA 4DVFA 3PSUA 5OYTA 2PH8A 1GNNA 2A4FA 5P6GA 3D1ZA 1BBSA 2QHZA 1HVRA 4IVSA 4H3JA 4K4RA 3NWQA 3ZKNA 2ZJKA 2QNPA 4BFBA 5OZZA 4Y5EA 5P4WA 5P7IA 2QZKA 5P6MA 1Z8CA 1VIJA 2G1OA 5P0HA 5P5PA 2R9BA 5OZ3A 1YTIA 3EKTA 3GI0A 5P29A 1SMRA 4Y44A 1EPQE 1TSUA 5OZ1A 3HAWA 3GI6A 5P45A 5P62A 4RVIA 5COOA 1AM5A 4YHQA 4YBFA 1LF2A 4YOBA 4I0HA 5P25A 3ZKIA 3NU6A 5APRE 3K1WA 3K5FA 3KN0A 1IZHA 2RENA 5HE7A 5P14A 4QJ8A 2ZE1A 2F3KA 5P5VA 4EJ8A 4RYCA 1T6GA 5OZLA 1AVFA 4YE3A 4HE9A 4B1DA 3VSWA 5P6HA 3OAGA 3SABA 4HDFA 3NYGA 4YDGA 4GYEA 1EC0A 5OZAA 5P1GA 4HA5A 5P7ZA 5HDVA 4CPRA 2Q55A 5P7UA 5P5XA 5P20A 3O9FA 4OBKA 1HRNA 2BJUA 3WB4A 3LIQA 5P0IA 4X7IA 5P31A 4MC6A 5P1OA 3UDNA 4F76A 5HCTA 1HEFE 3L5DA 1SDUA 5P5JA 2FS4A 3L59A 5OZOA 5P3XA 5P72A 3UQXA 4ER1E 4F74A 2H6SA 3GGXA 2Q15A 4Y38A 1SGZA 5P8BA 3TKWA 2WHHA 1KJ7A 1D4HA 4JP9A 2F8GA 1ZJ7A 5OZXA 2J9JA 1HSIA 3SACA 4HEGA 3EKVA 1QBRA 1TQFA 4DI2A 1K2BA 4J1CA 4Y35A 5HU0A 2Q63A 3CYXA 2FGUA 3FX5A 5OZDA 5KAOA 5COPA 1FMXA 3OHFA 2QK5A 3OU3A 5P2DA 1D4SA 3PBZA 4HZTA 4RRSA 5P81A 1OEXA 3DUYA 1HWRA 4I0GA 1LS5A 2ZGAA 5CONA 5P16A 5P2FA 3SA5A 4ZSMA 3BVAA 3WZ7A 2IQGA 3VFAA 1BAIA 5OZEA 4M8YA 5P5DA 5P4VA 3APRE 1MRXA 4BFDA 1HTGA 5P24A 4NPUA 2AZBA 5P49A 4DH6A 2IDWA 4EP3A 4YD5A 1C6ZA 4B1CA 3MSLA 1META 3BXSA 2WEBA 2P3AA 3UFLA 2I4XA 5DQ2A 5P1AA 2ZJNA 3QI1A 5P2QA 1W50A 5P2SA 4RVXA 4LC7A 2NPHA 1NPVA 3PBDA 4R93A 4RCFA 1MT7A 2WEZA 3PRSA 2Q5KA 5P08A 2CENA 4J1KA 5HCOA 5P1JA 5DQ1A 3ZOVA 5P56A 2HS2A 5P4AA 2PSUA 4WTUA 3UDHA 1B6JA 3SA4A 5P2XA 3OOTA 5P3GA 1K6TA 1FIVA 5P0KA 3QRSA 5IVTA 3OU1B 3DCKA 1HHPA 4Z2ZA 3VUCA 4CPUA 4KUPA 2OHRA 3ZKMA 5P3RA 4FL8A 2JE4A 2NTRA 1G2KA 4Y3DA 4Y3XA 2CEMA 5KOSA 1C6YA 2BKSA 3QVIA 3DV1A 2BPZA 5P5AA 3M9FA 4GJBA 5P8JA 4AUCA 3OXWA 3SM1A 4Y4TA 1BXOA 4I0DA 2SAMA 4RYGA 5P0BA 2HB2A 4HDBA 1BWBA 2ER9E 5P64A 1MERA 3S56A 5P2NA 5P4MA 4Y3FA 4EJLA 5HE4A 2Q64A 3RSVA 5P1ZA 5AH7A 3IXJA 5P79A 2I4DA 5P7SA 4Y54A 9HVPA 4R5NA 3UDKA 5OZ5A 1K6PA 2P83A 4ER2E 5OZ4A 5P1UA 3TTPA 5P28A 4FRSA 1WBMA 4JOOA 4Y5CA 5P2HA 5P63A 3IN4A 1MSMA 3N3IA 3OTSA 3Q5HA 4A6CA 3QBFA 5P88A 5P38A 1KJ4A 2QZXA 5P8HA 1GVWA 3HW1A 4Y58A 5P1EA 1BDRA 3HBOA 4GJAA 3CYWA 1YTJA 2IL2A 4FAEA 2WEDA 2HB4A 2ZHRA 3EL1A 5P1LA 3D1YA 2PMAA 4EJKA 2V0ZC 4FIVA 4JPEA 1AAQA 5P0TA 3TPLA 3KF0A 1KJFA 3VLBA 1BILA 5P2RA 4Y5KA 5P5SA 3TPRA 5P7NA 4Y39A 5P60A 4Y3PA 2BPYA 4ZSRA 5OYRA 5AH6A 3SA9A 5DR8A 5P17A 1WKRA 1HTFA 5P04A 3QRVA 5BS4A 1XL5A 5P0EA 4EPJA 4I0ZA 5P39A 2FIVA 1KJHA 4GJ9A 4EP2A 3NWXA 2QHYA 3S85A 2A1EA 2QI7A 1HVLA 5OYUA 3ER5E 3ZPTA 3L5FA 1ZPAA 2ZJIA 3TOGA 3TPPA 4LBTA 5P2TA 2R38A 4DQFA 2UXZA 1GVVA 5P00A 2PSVA 3KT2A 4RCDA 5P7DA 5P8RA 3MXDA 4GZFA 5OZHA 3SFCA 5OZPA 1E80E 1IBQA 5P37A 3TOHA 1N49A 2WEAA 5P07A 2AZ8A 5P2WA 4AZYA 5SZ9A 4EXHA 1T7JA 6FIVA 1HPOA 4BEKA 1PROA 2UPJA 1IDAA 3PVKA 5HDUA 3L3AA 3I25A 3CMSA 3VYEA 2XYEA 3R1GB 4XX3A 4DJQA 3IVHA 4XX4A 4L7JA 2OHKA 3ZLQA 2QI1A 2JJJA 2J9JB 1PPKE 4KB9A 5P22A 5SXNA 5P7VA 1A94A 1OEWA 5P3NA 2P3BB 4TRZA 1QBSA 4Y3SA 3BGBA 5P2UA 4B70A 3S7MA 4XXSA 5P0RA 3EBZA 5P3PA 4AA8A 1DAZC 2G1RA 4HLAA 5OYYA 5P7EA 5P73A 5P5UA 5OZQA 5P5NA 4Y3NA 2BB9A 2QD8A 1YT9A 3OXVA 3SQFA 1QS8A 1BWAA 3G70A 5KQFA 3VSXA 3LIXA 4J0TA 3L5CA 5P47A 4B78A 1IZIA 5P4CA 4DJRA 1BVGA 4CPQA 4FLGA 3PCWA 5P7WA 5P5RA 4ZLSA 1NH0A 2NXLA 3BHEA 3EM6A 1GNOA 1F7AA 5P05A 4QJ7A 3RTMA 2ER6E 4DJOA 2B42A 4GJ5A 1OD1A 5P42A 3OOZA 4Q1YA 3ZMGA 2BQVA 5OZFA 2Z54A 5P0VA 3BC4A 1T3RA 2ER7E 5P75A 3D1XA 2R3TA 3C9XA 5IE1A 5P26A 4OBGA 2MIPA 1B6KA 3RVIA 3OU1A 1EPOE 1UH9A 5P13A 2QI4A 4DJVA 4EWOA 2G26A 5P4PA 1CZIE 5OZCA 4QJAA 2IKUA 5P0QA 2IS0A 3OUBA 3L5BA 5P4HA 3PHVA 3S53A 5B18A 5OZGA 1LF4A 5P54A 1DMPA 1MEUA 5P43A 4R92A 4D88A 5AGZA 2I4UA 5P3OA 1EC1A 5OZTA 3PM4A 2QI5A 3K5CA 3R4BA 3VV7A 5P2AA 1C70A 4R95A 3O9CA 4ACXA 2V16C 4RCEA 2HM1A 1W5VA 3OXXA 1G6LA 2WECA 3S7LA 3O9LB 1NPWA 2EWYA 2V11C 3BUFA 4EXGA 3PCZA 5DQ5A 3R2FA 5P3QA 5P5WA 3H0BA 1B6MA 4Y3QA 2RMPA 2R5PA 4EYRA 1SIVA 2IGYA 5P0DA 1W5XA 1E82E 4IVTA 3S54A 4TVGA 4Y3MA 1FEJC 5P4IA 5P6BA 2AIDA 5J25A 3PB5A 4ER4E 2JXRA 5P0XA 5SY3A 1HSGA 2QAKA 4Y3YA 1EC2A 1HXBA 3OK9A 5TOLA 4DJWA 5P7XA 5P8LA 4Y57A 4Y5LA 5P70A 4B77A 4TRYA 2BBBA 2BPVA 2IKOA 3NU3A 1EBYA 5P61A 3PWWA 4RROA 4Y5PA 5P0OA 3HLOA 4Y47A 4QGIA 2Q54A 2P4JA 3NDXA 1HTEA 5OZUA 4Y4ZA 2ZHSA 4ZPGA 3KT5A 1EPNE 1Q9PA 2PYNA 5P3MA 3I8WA 5KOQA 3EL0A 1MPPA 3IAWA 4YD7A 5KR1A 4I0EA 3UQPA 5OZ9A 2HPFA 5P5GA 5ISKA 3ZKXA 2CEJA 5ISJA 1K6VA 4I8WA 2I1AA 5P1IA 5IVQA 1VIKA 5P4DA 1YX9A 5P0YA 1LEEA 4I11A 2IEOA 2VJ7A 3MWSA 1ODYA 1YTGA 5P8FA 2AVOA 4CKUA 4FE6A 3T3CA 1AXAA 3KFNA 3JVYA 4Y4EA 1G35A 3APPA 3RU1A 1LYBB 4AMTA 4COEA 4U7QA 4M8XA 4FSEA 5P57A 5P53A 1FQ4A 5P0CA 1MUIA 3U7SA 3KM4A 5P10A 3G72A 3UDQA 2PH6A 2I0DA 5P1PA 5P7OA 2B60A 2R3WA 5P4LA 3GGUA 4QJ6A 3K5GA 1HEGE 2VA6A 3OTYA 1FG6C 3OUAA 1BXQA 4D89A 3SO9A 1HIIA 3TKGA 4DV9A 1SIPA 4L7GA 4Y56A 5P0LA 2B7ZA 5P5YA 2JJIA 2AOFA 5I3WA 5P3AA 2H6TA 1GKTA 5DGWA 5P65A 5OZWA 4PPHA 2G1YA 4FRKA 1BV9A 5P4ZA 5F01A 5P4JA 2G21A 5P8VA 1K6CA 5P8IA 5P6WA 3HD8A 3EKQA 2JYSA 5P5CA 4NJUA 2P3BA 3LITA 1HVIA 3TLHA 3EXOA 1XE5A 4I1CA 3OU4B 3SPKA 3OWNA 5ENMA 3URJA 5DR1A 5E5KA 4K8SA 3L58A 1HVCA 3O9AA 3QP0A 4HVPA 4PYVA 5P7YA 3KYRA 1ZPKA 2ZJMA 3KMYA 1M43A 1IDBA 1APWE 2VIYA 2HS1A 5P8QA 2AOEA 4Y5MA 1HPXA 2FXEA 3T7PA 4Y5AA 4YCYA 3NU4A 2NR6A 4DJPA 4YDFA 3PSYA 1MESA 5P87A 3QVCA 3NU9A 5P1KA 3VEUA 5OZVA 3TH9A 4MC1A 3PWRA 4Y50A 4CP7A 5P6KA 5P1RA 4Y5NA 2QU3A 1XN2A 1K1UA 3UQRA 2R43A 5P8KA 3K4VC 1YTHA 4Y3EA 5P4KA 5P27A 2AOIA 2ZYEA 3UF3A 5P48A 5P6QA 1HVJA 5P8OA 5P6VA 3CKTA 5P2JA 4JECA 5P55A 1ZBGA 4NJVA 4OC6B 4PZXA 4F73A 5P1XA 4YCTA 2WJOA 4CPTA 5P7CA 3TPJA 4LP9A 4RGHA 2OHQA 5OYWA 5HDZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3I A;  1KZK A;  2AQU A;  2B8V A;  1LYA A;  3PSG A;  4EJD A;  3L38 A;  1HVK A;  1OHR A;  4Y45 A;  5OZN A;  3VF5 A;  2O4S A;  3PMY A;  1GNM A;  3RTH A;  5P6Y A;  3OHH A;  5P85 A;  1B6P A;  3RTN A;  4Y4D A;  2VS2 A;  2ZHV A;  5EZX A;  3QN8 A;  4YD6 A;  3UDY A;  2FNS A;  5OZY A;  5P4F A;  4OBD A;  2QU2 A;  5C9B A;  3KFR A;  4OBH A;  3TOF A;  2NNK A;  1SBG A;  3NXE A;  4FS4 A;  5P3D A;  1IZE A;  3VV8 A;  5P0P A;  3OQF A;  4EQ0 A;  2FDE A;  1ENT E;  3LNK A;  5P82 A;  4D83 A;  3FNU A;  4Y4U A;  4DQE A;  4H3G A;  5P4E A;  3KA2 A;  3QRM A;  5P5O A;  6APR E;  3LZV A;  4ZE6 A;  2F81 A;  1C6X A;  5JOD A;  3AID A;  3DOX A;  2AZ9 A;  3T11 A;  1ZSR A;  5DGU A;  1AJX A;  1WBK A;  5P80 A;  3G6Z A;  5P83 A;  5ER1 E;  5P8N A;  1LYW A;  3DV5 A;  5P67 A;  4NKK A;  2F80 A;  1HBV A;  5I70 A;  2QD7 A;  3OAG B;  1LF3 A;  4TVH A;  5AH9 A;  5P34 A;  1M4H A;  1MT9 A;  5OZB A;  5P30 A;  3VF3 A;  3UDJ A;  3NDU A;  5P3K A;  5P6O A;  1XN3 A;  5P4R A;  4LXM A;  1NPA A;  3S45 A;  3QPJ A;  4CPW A;  5P52 A;  2G27 A;  3FV3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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