5AHAA

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
molecule keywords PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ahaA00
5P75A 3PSGA 3ZL7A 3QN8A 5P5YA 1RPIA 2OHLA 3PWMA 5P65A 4H1EA 1B6JA 5P7BA 1MTRA 1F7AA 1YT9A 3GGXA 5P26A 5P7CA 2G69A 5P5UA 3IGBA 1RV7A 4D83A 2A4FA 3VYDA 5P0OA 1FQ5A 2ZHTA 1LV1A 1AVFA 3SAAA 6APRE 4Q1NA 4B1CA 4L1AA 5HTZA 4CPWA 1QBSA 4TVGA 5P01A 3BUFA 3FSMA 1RQ9A 2P3CA 3K4VA 3EM4A 3INHA 4DQFA 3HZCA 5OZUA 4Y36A 1TSQA 5P4RA 3QS1A 5P7MA 5ENMA 3JW2A 3D1YA 5P3FA 2BPWA 5P5QA 5P2LA 5P4DA 2ZJHA 5P0NA 3TL9A 4A6BA 4EXHA 3OQ7A 1AIDA 3LZUA 1YM2A 3VV8A 5P85A 5P12A 3EM3A 2G21A 4HZTA 3LIYA 5DR0A 5OYUA 3S8IA 2HPEA 5FIVA 5P1YA 2QMDA 3JVYA 1FQ7A 5KR2A 5P7UA 5P06A 1HVJA 4FLGA 4NJTA 5I3YA 2P3DA 3OUAA 1YTIA 1HPSA 3GGVA 4CPSA 3LZYA 4Q1YA 3PB5A 2B8LA 5P5BA 2J9JA 1W5VA 2NMYA 2XFIA 3IN4A 4UPJA 1EPLE 4Y37A 1SMEA 1GKTA 5P7JA 3DV1A 1HWRA 1APTE 5P1XA 1HTFA 5P63A 3SA6A 5P6GA 1HSGA 3EL4A 2R3WA 3K4VC 2O4LA 5P1WA 3OQDA 4J55A 1W51A 5P1LA 1BIMA 1D4SA 4ZPEA 4QJ2A 4FM7A 3UQXA 1DP5A 3JVWA 3IVHA 5OZHA 3OXXA 1M4HA 3EC0A 3QP0A 2JJIA 5AH6A 3MSJA 2WF4A 3CKPA 2BJUA 3DV5A 5P5GA 1EBWA 3SM1A 5P3LA 3URJA 2F3EA 3H5BA 5P8TA 5DQCA 4CPXA 3S54A 1T7IA 2P3AA 5DR7A 3HAUA 3PI0A 1HVLA 5I70A 2QHYA 2G1NA 3UHLA 1FMUA 5P4GA 3HVGA 5P0SA 1BVGA 5DQ1A 3DUYA 4Y43A 2IS0A 4R5NA 5OZVA 5P56A 3TKGA 3VFBA 5P2MA 4KUPA 1GVWA 5P5TA 3MXDA 4RCEA 5P4LA 3QVIA 3ZKXA 4ER1E 2PWRA 2F3FA 5P80A 1MPPA 4Y4DA 5P0WA 5P09A 5P2ZA 5P59A 1ZP8A 1PSNA 5I3WA 5CLMA 5OYYA 3VV7A 3PCZA 5DR1A 2JXRA 5P1IA 2ZJLA 4FM6A 5P5WA 3WB4A 5P8GA 4F74A 3URIA 5P7YA 5P0FA 5P4FA 2O4PA 4Y5CA 2NXLA 5OZLA 5COOA 3NDXA 5HE7A 3ER5E 5P1PA 5T4SA 5HE4A 2NPHA 3T7XA 2IL2A 3VLBA 5P2QA 5P38A 3NU9A 5OZOA 5P2HA 5P30A 5P6AA 3TH9A 3S43B 1AJVA 4GJ9A 5P87A 5P47A 4GJCA 3VF5A 2Q11A 2QD7A 5KR0A 1T6GA 5P8HA 1TSUA 5DGUA 3S7MA 2OHUA 4RYGA 5P61A 5P4YA 5P1QA 3NWXA 3ZKGA 2VJ9A 4I0HA 5AH9A 5P73A 3BUGA 1MERA 4Z22A 1TCWA 2QI4A 4YCKA 4J1FA 3KN0A 4B77A 5P07A 5P4UA 3OOZA 5P2KA 5P7HA 5OZYA 5P3WA 3SKFA 4QJAA 3OTYA 3EXOA 4J0YA 2A1EA 2O4NA 2HS1A 3SACA 3R4BA 4R93A 3FNTA 4D89A 5OZTA 5OZNA 4JOOA 2PH8A 4GIDA 3PBDA 1RNEA 4HDFA 5P3CA 4H3GA 4NJVA 1FG8C 3WB5A 4Y48A 1K2BA 4HVPA 4YCYA 5P6RA 3Q4BA 4NPTA 3M9FA 2QZXA 4AUCA 5P74A 2QHCA 1JLDA 4DI2A 1KJFA 1YTGA 1FF0C 1MEUA 5ISKA 5P1JA 2B8VA 4OBFA 5COKA 5P0PA 2R8NA 5P7IA 3KF0A 3O9GA 1HTEA 5P0BA 1SDUA 5P0KA 2JJJA 1HTGA 2PSUA 4FM8A 2F81A 4QJ8A 1QDMA 4FSEA 1DW6C 5P8SA 4M8XA 3OXCA 2I4UA 5P3BA 5P20A 3VYFA 5P4HA 4I8WA 3VYEA 2ZJNA 4D8CA 4OC6A 4EQJA 1HPVA 1EC2A 1BILA 5P6TA 3VV6A 4I0JA 1WKRA 3OUCA 1MIQA 3RTNA 3MSLA 3UTLA 2OHTA 2R5PA 4Y3NA 5P2UA 1IVQA 4WY6A 4IVTA 3PI5A 5P6QA 3TOFA 5P6MA 5P1OA 2G24A 4R95A 2AVSA 3VFAA 5P0LA 2B42A 2ER7E 5P76A 1YX9A 3PBZA 5P17A 3OADB 4ZSPA 4B1EA 3QROA 5P4IA 4Y4BA 1FQ4A 4K4RA 3CKTA 2HS2A 4DJOA 5F01A 2IRZA 5P4BA 4DFGA 3UQUA 3LHGA 1AZ5A 3C9XA 5COPA 4B1DA 1IZIA 4Y3DA 2R43A 5P5IA 3Q6YA 2VS2A 3IVIA 5UPJA 4QJ7A 1MESA 3F9QA 3OGPA 5P1HA 4CP7A 5P8MA 4GB2A 4QLHA 2BB9A 5P4SA 4Y4JA 4M8YA 1BDLA 5P7PA 5OZ3A 2PWCA 4J0TA 4OBZB 5P0GA 4GYEA 4Y4EA 5P5KA 1NPAA 3MXEA 4OBKA 3OU1B 2VA7A 2ZHUA 3FKTA 5AH7A 5P2YA 5P8IA 2I0DA 4Y4AA 4TRWA 2ZYEA 2Q3KA 3QRVA 1HEFE 5P22A 4CPQA 5P72A 1IZDA 1B5FA 1PPME 1EEDP 5P5DA 4GJBA 5IE1A 5P4EA 1EPQE 1LF4A 5P6XA 1LYBB 1W5YA 2FDEA 1IVPA 4ZSMA 4XXSA 5P86A 4I0GA 5P2AA 5APRE 1AAQA 4ER4E 3NLSA 1PPKE 2V13A 4QJ6A 5P70A 3NU5A 4GJ8A 5P2NA 4Y3QA 4Y4WA 4IVSA 2WF2A 5P4CA 3WZ8A 1ZAPA 5P8KA 7UPJA 4JPCA 1DAZC 4J0PA 5P6JA 3U7SA 3S56A 1B11A 4MC1A 3MSKA 5P2SA 5PEPA 2PK5A 3RTMA 5P13A 5HD0A 1T3RA 5P8JA 2FGUA 3O9AA 2PC0A 2ZE1A 5P8QA 5P3HA 3SA8A 5P4VA 2VIJA 1HIHA 2HM1A 5P7DA 2H6SA 4EJDA 3U71A 4F73A 3ZLQA 5IS4A 2WHHA 5P00A 3L5FA 4TVHA 3QI1A 1HXBA 1FG6C 5P1DA 5AGZA 3APRE 4OBDA 2WEZA 3GI6A 1HVCA 3OUBA 4Z4XA 2ER6E 1EBYA 4I12A 4YBFA 3EL1A 2R5QA 4HEGA 4NPUA 3VSXA 4I1CA 1ZPKA 4CPRA 3O9LB 4CPTA 5IVTA 5ER2E 4FGXA 3NXEA 5OYXA 5OZ4A 1K6TA 4APEA 1DMPA 4L1AB 2IKUA 1M0BA 4Y3SA 3LNKA 3I2LA 5OZ7A 3QBFA 5OYZA 5P4MA 3QBHA 4Y3EA 2V12C 4PEPA 4EJLA 5P1ZA 4ACXA 3ECGA 3NSHA 3O9IA 5P3UA 5P24A 2HIZA 1G0VA 5P6OA 3T11A 3HDKA 5KOSA 4Y39A 1LEEA 2QMFA 5P4PA 4YOAA 3IA9A 5P77A 1E80E 2B7FA 2I4XA 2OHRA 3OAGB 3PVKA 1T7KA 5OZWA 3RVIA 2Q15A 4S1GA 1CPIA 3IN3A 1FIVA 1LYWA 5P57A 4B70A 4Y3ZA 5BS4A 5P16A 3KMYA 2CEMA 2WF0A 5DQ5A 1ZSFA 5P3XA 1ODWA 5P32A 2BPYA 2AOHA 2BKSA 5P7SA 7HVPA 1W5XA 4K8SA 3RSXA 3G72A 3I7EA 5P55A 3INEA 4LP9A 1GVTA 3DCRA 3Q70A 5OZRA 3SFCA 3OHFA 1HXWA 1ENTE 2OHSA 4YD5A 2B60A 3HVPA 2AODA 2BPVA 3OTSA 5OZCA 4JPEA 5HCOA 4PHVA 3BXSA 5KOQA 3S85A 5P7WA 3HW1A 2RKFA 4X7IA 2HPFA 3L58A 4Y5MA 4DJVA 1FQ6A 4B05A 4EHCA 4YOBA 1EAGA 4EP2A 4MC6A 3RSVA 1QRPE 5P37A 1BV7A 5P5FA 5P1CA 3EL0A 4MC2A 4Y5NA 4DPIA 1YTHA 1FLHA 3SA5A 1G35A 5P54A 3OUDA 5P8DA 4DPFA 2VIEA 1BXQA 5P8CA 3PRSA 2CEJA 3LPKA 4Q5MA 1HIIA 3SPKA 3CYXA 1U8GA 3UDPA 1SGUA 1OD1A 5P5SA 1XN3A 2QNQA 2Z4OA 3OHHA 1QBRA 5P8EA 4RLDA 3GW5A 5E5JA 1IIQA 3LINA 1XDHA 3TNEA 5BWYA 1BDRA 3OU4B 2ZDZA 1BDQA 5P25A 5P43A 1XS7D 1GVXA 3NWQA 5P10A 2OHPA 2BQVA 3UDHA 2AZBA 4D85A 3UDMA 2OHMA 3EKVA 1VIJA 2QP8A 5P0RA 1FQXA 5P4AA 2HAHA 3UFNA 3TPJA 4Y3FA 4FRSA 1AJXA 1K6PA 5KR8A 4RROA 1XL5A 1GNNA 4Y58A 5P3QA 1B6KA 3S7LA 2FLEA 4EQ0A 5P1UA 1OEXA 4D88A 1A94A 4FL8A 4FCOA 1CMSA 2AVVA 3B7VA 4HDBA 4Y4UA 3T3CA 1PFZA 5P0JA 1EPME 2BBBA 2I4WA 3NUOA 4KE1A 2SAMA 3NU4A 5OZGA 3BVAA 5P31A 3CKRA 2MIPA 3IAWA 5KAOA 5OZZA 2G1RA 3BRAA 5OYVA 2QHZA 1MRWA 3BGCA 5OZQA 1HVHA 1D4KA 3PWWA 1EBKC 2QMPA 5P0ZA 4LXAA 5P5CA 2WKZA 2NNPA 2AVQA 1SDTA 5P67A 5P4OA 5P4ZA 1EBZA 3SKGA 4Y5PA 1NSOA 3ZMGA 5P4JA 5P78A 3UDNA 3GGAA 3PGIA 4Y44A 2QI5A 3K5CA 1N49A 4DH6A 3OXVA 5OZSA 4I10A 5P1VA 4FE6A 2AQUA 5P8NA 2IGXA 1SBGA 1LYAB 2RSPA 4GJDA 3KM4A 2NMZA 2WECA 3O9BA 3B80A 4RCDA 2QZWA 4DJUA 3QVCA 1SP5A 2IQGA 2HB2A 2H6TA 3KA2A 4YD3A 5P6DA 1W6HA 4Y5LA 3KDBA 2QD6A 1PPLE 4A4QA 4ZPFA 3O9HA 5P2VA 5C9DA 5P3RA 3L5BA 3N3IA 4AA8A 5OZEA 1KJ7A 4ZE6A 5P8LA 1BXOA 4RRSA 5EZXA 1OEWA 5P46A 3G6ZA 1KJHA 3R0YA 3LIXA 2ANLA 4DJXA 3EBZA 5I3XA 1C6YA 1ER8E 4Y35A 4NKKA 5P2EA 1SH9A 5OYSA 2ZHSA 4I8ZA 2XYFA 3EKWA 1D4JA 2XYEA 3PM4A 5P2XA 1EC1A 4RZ1A 1UH9A 3KYRA 4RVJA 5P33A 3URLA 1D4LA 5P2IA 1MUIA 4Y38A 2QI1A 1ME6A 5P2RA 3S43A 2UPJA 2VKMA 3WZ6A 2NXMA 5KQXA 3VSWA 5P7QA 1MT7A 2F3KA 2OHNA 4DQCA 1Q9PA 3D91A 3VF3A 4LAPA 5P04A 3K5FA 5P27A 3SABA 2OHQA 4CMSA 3RTHA 4J1HA 1W5WA 2I1AA 5P3PA 2Q63A 4EPJA 3OXWA 4RVIA 4Y41A 5P60A 5P3NA 5IVRA 4Y4ZA 2O4SA 5P3AA 3L5DA 2Q55A 3OOTA 5DQ2A 2QAKA 3NUJA 2QCIA 1BV9A 5OZ1A 5JODA 5JG1A 4J1KA 5P7LA 2ZJMA 3K1WA 2FGVA 2PSVA 5P1BA 3K5GA 4Y5AA 2AOGA 4L6BA 4PPHA 1IZEA 2FDDA 3SA3A 4OBHA 2UY0A 5P6KA 4Y47A 2EWYA 2WF3A 5P6UA 5P1TA 5OZ8A 1J71A 5P18A 2ASIA 5OZ2A 5HE5A 4Y3JA 4J1IA 1OHRA 3KFSA 1DPJA 1MSMA 2FXDA 5P83A 3PWRA 3VUCA 3DK1A 5OZJA 5P0IA 3INFA 4J0ZA 5AHCA 5P1MA 5P3IA 4KE0A 3K5DA 4YBIA 1NPWA 5P4WA 1AXAA 5P7NA 1TZSA 4L7GA 3TOGA 3BGBA 4J17A 4Y3GA 2P83A 4H3FA 5P51A 5P8RA 2XFJA 3PSYA 3ZKIA 3NU3A 4ZSQA 5P68A 2IKOA 2ZGAA 5P3TA 2RKGA 5OZ0A 3SLZA 4Y45A 2V16C 4H3JA 5P5EA 4Y5KA 5P29A 2BKTA 2P3BB 4J5JA 5P62A 3FIVA 4Y3LA 5OZKA 5SY3A 2R3TA 5P0VA 3LIVA 4FRKA 1EPPE 1MSNA 1FFIC 4Y9WA 1PSAA 3OADA 3H0BA 5SXNA 5P1SA 3GI4A 1TCXA 1APVE 5P7GA 2BPXA 5P8FA 1FFFC 2B7ZA 1A9MA 1G2KA 5P88A 2QNNA 1FB7A 5P89A 3UPJA 1K2CA 1K1UA 4DV9A 2FMBA 5P1EA 5HDVA 3VLAA 3QPJA 1UPJA 3O9FA 4OBJA 5JFUA 3CICA 5P2FA 5P48A 3ER3E 5P7EA 1IDAA 1UH8A 2QI0A 5P5MA 4OBZA 4I11A 3EM6A 1HOSA 2G1SA 3KMXA 5OZ6A 4LHHA 4EP3A 3OU1A 4OBGA 1SIPA 5P5AA 2PK6A 3BC4A 3L5EA 4NJUA 3HAWA 2V00A 4E43A 3S2OA 5P4XA 2F8GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P75 A;  3PSG A;  3ZL7 A;  3QN8 A;  5P5Y A;  1RPI A;  2OHL A;  3PWM A;  5P65 A;  4H1E A;  1B6J A;  5P7B A;  1MTR A;  1F7A A;  1YT9 A;  3GGX A;  5P26 A;  5P7C A;  2G69 A;  5P5U A;  3IGB A;  1RV7 A;  4D83 A;  2A4F A;  3VYD A;  5P0O A;  1FQ5 A;  2ZHT A;  1LV1 A;  1AVF A;  3SAA A;  6APR E;  4Q1N A;  4B1C A;  4L1A A;  5HTZ A;  4CPW A;  1QBS A;  4TVG A;  5P01 A;  3BUF A;  3FSM A;  1RQ9 A;  2P3C A;  3K4V A;  3EM4 A;  3INH A;  4DQF A;  3HZC A;  5OZU A;  4Y36 A;  1TSQ A;  5P4R A;  3QS1 A;  5P7M A;  5ENM A;  3JW2 A;  3D1Y A;  5P3F A;  2BPW A;  5P5Q A;  5P2L A;  5P4D A;  2ZJH A;  5P0N A;  3TL9 A;  4A6B A;  4EXH A;  3OQ7 A;  1AID A;  3LZU A;  1YM2 A;  3VV8 A;  5P85 A;  5P12 A;  3EM3 A;  2G21 A;  4HZT A;  3LIY A;  5DR0 A;  5OYU A;  3S8I A;  2HPE A;  5FIV A;  5P1Y A;  2QMD A;  3JVY A;  1FQ7 A;  5KR2 A;  5P7U A;  5P06 A;  1HVJ A;  4FLG A;  4NJT A;  5I3Y A;  2P3D A;  3OUA A;  1YTI A;  1HPS A;  3GGV A;  4CPS A;  3LZY A;  4Q1Y A;  3PB5 A;  2B8L A;  5P5B A;  2J9J A;  1W5V A;  2NMY A;  2XFI A;  3IN4 A;  4UPJ A;  1EPL E;  4Y37 A;  1SME A;  1GKT A;  5P7J A;  3DV1 A;  1HWR A;  1APT E;  5P1X A;  1HTF A;  5P63 A;  3SA6 A;  5P6G A;  1HSG A;  3EL4 A;  2R3W A;  3K4V C;  2O4L A;  5P1W A;  3OQD A;  4J55 A;  1W51 A;  5P1L A;  1BIM A;  1D4S A;  4ZPE A;  4QJ2 A;  4FM7 A;  3UQX A;  1DP5 A;  3JVW A;  3IVH A;  5OZH A;  3OXX A;  1M4H A;  3EC0 A;  3QP0 A;  2JJI A;  5AH6 A;  3MSJ A;  2WF4 A;  3CKP A;  2BJU A;  3DV5 A;  5P5G A;  1EBW A;  3SM1 A;  5P3L A;  3URJ A;  2F3E A;  3H5B A;  5P8T A;  5DQC A;  4CPX A;  3S54 A;  1T7I A;  2P3A A;  5DR7 A;  3HAU A;  3PI0 A;  1HVL A;  5I70 A;  2QHY A;  2G1N A;  3UHL A;  1FMU A;  5P4G A;  3HVG A;  5P0S A;  1BVG A;  5DQ1 A;  3DUY A;  4Y43 A;  2IS0 A;  4R5N A;  5OZV A;  5P56 A;  3TKG A;  3VFB A;  5P2M A;  4KUP A;  1GVW A;  5P5T A;  3MXD A;  4RCE A;  5P4L A;  3QVI A;  3ZKX A;  4ER1 E;  2PWR A;  2F3F A;  5P80 A;  1MPP A;  4Y4D A;  5P0W A;  5P09 A;  5P2Z A;  5P59 A;  1ZP8 A;  1PSN A;  5I3W A;  5CLM A;  5OYY A;  3VV7 A;  3PCZ A;  5DR1 A;  2JXR A;  5P1I A;  2ZJL A;  4FM6 A;  5P5W A;  3WB4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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