5AHCA

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ahcA00
2WF2A 3KM4A 5P7OA 5CONA 4Y5EA 4L7JA 4L1AB 5P05A 4B05A 1HVRA 5P45A 5P0IA 2JE4A 4DQCA 5P2NA 5OZHA 2PH6A 4APEA 5HDUA 5P0VA 3VSXA 4FIVA 5HCTA 2VNMA 4B78A 3OUAA 3RVIA 5P5YA 5P49A 3UDJA 3OUCA 4Y3ZA 1NSOA 2NPHA 4GIDA 2QD8A 5P5UA 3RTMA 3BVAA 2AVMA 2QMPA 3TPRA 4Y5BA 5P23A 2WF4A 3G72A 2O4SA 4EXHA 2O4KA 1MTRA 2R8NA 4LC7A 4WY1A 5P2TA 4EP2A 1HSHA 4K4PA 3SA8A 2R5QA 1MERA 4GJ6A 5OZCA 5P7NA 3OUDA 1SMRA 1QBTA 5P73A 4LAPA 3L5FA 5DR0A 1W5YA 5P88A 2BB9A 5P3XA 1FG6C 3SM2A 3O9EA 3QRSA 4Y50A 1ZAPA 3T7XA 4HE9A 5P33A 1HPOA 3CKPA 4TVGA 4EQJA 1C6ZA 3UDQA 5P4MA 2VIYA 1KZKA 5AH6A 1PSOE 5P5NA 3K4VC 5F01A 1FIVA 4AMTA 1EPLE 3L5DA 3SM1A 1HVKA 1XL5A 3MSKA 5P1FA 3S56A 3OGPA 1HHPA 4I0ZA 4TRZA 5P5ZA 3ZKIA 1YTJA 1EPPE 3BHEA 5KQFA 2VJ6A 4LXAA 3B80A 3PSUA 3RU1A 4RLDA 4ZSQA 5P60A 5P3AA 3CKRA 3WZ7A 5P46A 3LINA 2H6SA 4I8ZA 3OU1A 5P3EA 4OBDA 2OHMA 4I12A 1SH9A 5P8BA 5P0PA 2QI1A 1LYBB 2AOGA 3U71A 4OC6A 3GW5A 5P2LA 2PK5A 4PHVA 5J25A 5AHCA 3UPJA 2PH8A 2B8VA 4H3FA 2ZE1A 3R0YA 3LHGA 5P0CA 3OXCA 1ZBGA 1JLDA 3SKGA 2JJIA 1IZDA 4Y3HA 5BS4A 3NXNA 5BWYA 2AOEA 3K4VA 4AA8A 2PQZA 5DQ2A 3GGXA 5P2VA 5OZ5A 4GMIA 1QBUA 2BJUA 3PMUA 1GKTA 3OADA 5EZZA 3R4BA 5P1BA 5HTZA 3U6AA 4F75A 4DQBA 5P6DA 4L1AA 3MSJA 1BBSA 2PWCA 2B42A 4PPHA 4HDBA 3EKVA 4H3JA 4K9HA 2G21A 1MIQA 5P1ZA 2IDWA 5P5AA 4Y4WA 5P7MA 4YBIA 4A6CA 3PSGA 5P3PA 5P5PA 3NLSA 5P77A 4WY6A 4A6BA 3I7EA 4F73A 1QRPE 2NR6A 3NU6A 5P5XA 3DCKA 1C70A 1RL8A 2OHKA 3CMSA 4A4QA 5OZ3A 5OZMA 3D1XA 5APRE 3LZUA 3DK1A 4Y3RA 7HVPA 1EEDP 1MUIA 5P09A 3EKYA 4I11A 1SIPA 2BPXA 3S43B 3OQ7A 5P7BA 1XS7D 1ZTZA 2FNTA 4I8WA 1E81E 5P6HA 2IQGA 1UH7A 4Y3QA 3DCRA 1D4YA 2PYNA 1AXAA 5AH7A 1ER8E 2FXDA 5P8FA 2HPFA 4MC9A 3KF0A 5P4OA 5P4EA 5P2RA 4CP7A 5COKA 3OHHA 2P3DA 5P3GA 3T11A 3RSVA 5P08A 2ER9E 4Y53A 3LITA 4QGIA 2FDDA 2HM1A 2FDEA 2QMFA 3A2OA 4J0PA 1Z1HA 2CENA 1DP5A 5P70A 1W6HA 5KR2A 3G6ZA 4DJPA 3OQDA 5UPJA 5P3FA 2ZJLA 2VA7A 5P5FA 4CPTA 2AZ8A 5P0FA 1PPME 4OD9A 2VA6A 3T6IA 3ST5A 4AUCA 5COOA 5P2DA 3DJKA 1SP5A 5SY3A 1G0VA 5P6NA 1MT7A 4Y5NA 5P01A 3EM3A 1EPRE 2HAHA 5P8EA 4R95A 1A9MA 4B77A 3PLLA 4APRE 4GJ9A 3UDPA 2WF3A 4J1EA 3PCWA 2H6TA 4Y56A 4I0EA 5P8MA 1RV7A 1B11A 2Q3KA 5P7UA 3SA5A 4DUSA 2QD7A 3OAGB 4J1CA 5P6TA 5KQZA 5P39A 5ER2E 4QJ2A 2XFIA 5P5QA 5P82A 2OHPA 1UH9A 3LZSA 4Q1NA 4Y3DA 3QRMA 1YTHA 3UF3A 5P7IA 1AIDA 5PEPA 3VEUA 1APWE 1FEJC 3BRAA 5DQCA 2I4DA 5OZJA 2WL0A 5P5IA 4Y3NA 2HC0A 4Q1YA 4FRIA 4CPWA 4EP3A 2RENA 1HOSA 4OBKA 4HDFA 2QHYA 4R91A 5P7VA 4ER1E 4DJWA 3CIDA 5P5KA 5P0DA 1HVLA 4JECA 5P7YA 5KR1A 5P0UA 4DQFA 5SXNA 4H3IA 2VIZA 4MC2A 5P6JA 5P6WA 4FSLA 4B70A 3KYRA 5OZOA 5DGUA 5P54A 5P1CA 5P1JA 2V13A 3B7VA 4HA5A 4RYCA 3KFNA 4GZFA 4QJ6A 4LXKA 4FCOA 1TZSA 3I2LA 3S43A 3HAWA 1EC2A 4K8SA 4RCEA 5OZXA 5P2EA 5P6ZA 3N3IA 3NYGA 1SGUA 3O9AA 4CPSA 4L6BA 1GNNA 1FMUA 1KJHA 5P8PA 3MXEA 5P1XA 4Y45A 2I4XA 5P8OA 4LHHA 2IKOA 1GNOA 1ZP8A 5P62A 1G35A 2QZWA 4JP9A 1IDBA 3S7MA 3EKQA 3K1WA 3PBZA 1QDMA 3U7SA 3SA9A 1W5XA 5AGZA 1FFIC 1EC1A 5P7TA 2A1EA 5P6YA 5OYWA 4TRWA 3H5BA 5P13A 4KE1A 2V00A 5OZSA 1EPME 5P7SA 2R5PA 3QBHA 3NU9A 5P2AA 2J9KA 3FV3A 2QP8A 2R38A 3NUJA 5P2SA 5SY2A 5P22A 3VV7A 4X2LA 5P5WA 4DJXA 5P71A 3PM4A 4DJVA 4FGXA 5P1KA 1WKRA 3HAUA 5P4IA 4I1CA 4RYGA 5P31A 1EBZA 3JVWA 1WBMA 1K1TA 4FLGA 1FMBA 3EKXA 3QRVA 4HEGA 2UPJA 3D1ZA 5OYRA 1IDAA 4Y4EA 2P4JA 3LIVA 2NTRA 3R2FA 2NNKA 4YDFA 1ODXA 4ZSPA 4Y57A 5P3CA 4J0ZA 3OXWA 5OYXA 3TPPA 3VG1A 5P59A 5P2BA 4YOBA 5P8GA 2FS4A 2QZXA 3I25A 3IGBA 2AZBA 3HLOA 4Y4AA 4Y41A 2XFKA 2B8LA 2XFJA 1FQ8A 3FNTA 3CYWA 4Y3XA 3HD8A 5P0RA 4B72A 1HWRA 5OZRA 3D3TA 2QNQA 2ZJKA 4OC6B 4Y37A 3QP0A 2OHQA 3QBFA 3TLHA 1HVSA 2AZ9A 5P2YA 4RVXA 2BQVA 5KQYA 1B6MA 3VF5A 5P47A 5P1RA 2QZKA 5P1QA 5P2ZA 1W50A 5DGWA 2AVQA 1ODYA 3OTSA 5P4VA 2AOHA 1KJGA 2QI0A 4EJLA 4YD3A 5P24A 5P29A 5P58A 3PCZA 2QU3A 5P5DA 2QAKA 4J1FA 4MC6A 1A30A 4Y3MA 4I0JA 3L5CA 5P0NA 3OADB 4J17A 1EBKC 1AJXA 1PROA 5P0SA 4CMSA 3LPIA 2PC0A 5P5JA 3EL1A 4NJUA 3UQPA 3EL5A 2PSVA 1HBVA 1QS8A 2HIZA 2Q64A 1XE5A 3BUGA 4RZ1A 5P44A 1G6LA 2ZHTA 3ZL7A 3QROA 5P75A 5OZWA 3PRSA 4Y3TA 4QJ8A 5I3VA 5HDZA 5P02A 4DVFA 5DR8A 5DQ1A 4Y35A 4HVPA 5OYUA 5P3HA 3DUYA 3FX5A 4YD6A 1G2KA 1F34A 5P1IA 1VIJA 2G24A 4AA9A 4OBZA 2AOCA 2HPEA 2G20A 3QAAA 5OZ2A 5P1NA 3NDTA 1BV9A 5P1LA 4GJDA 1KJ4A 3KFRA 2NXMA 4NPTA 5OZPA 4YD4A 5T4SA 1EC3A 4N00A 2HS2A 1MRWA 4ZEAA 1E82E 2BPZA 1FG8C 2P3BA 4Y4XA 3TOFA 2ZJNA 5JG1A 5I3YA 5P8JA 5P55A 4GB2A 3IVIA 5P6QA 1LF3A 4I0GA 5P57A 2AOJA 4XX3A 1HIHA 4DFGA 5OZFA 1HTGA 5DR4A 4I0DA 2I4QA 2VIJA 1FQ5A 4KB9A 5P6EA 3LZVA 3TL9A 5P89A 4OD9B 6APRE 5P8SA 1RNEA 1IIQA 2B7ZA 4ZPEA 1CMSA 2PSGA 5P50A 4MC1A 3LZYA 3OU3A 3SPKA 4BFDA 3D91A 5P4ZA 3SACA 5P2XA 1RQ9A 1MT8A 4FRSA 5P6BA 3L5BA 3QPJA 5HE7A 5P42A 5JODA 3HZCA 5IVQA 2VIEA 3UCBA 1EPNE 5P86A 2WEDA 5P6XA 5P8KA 1UH8A 1TSQA 5P4TA 4FM6A 1D4KA 4FSEA 1HVIA 5P4GA 1GVTA 5P0BA 2B60A 2ZHVA 1T6GA 2ER7E 3ZPTA 5P4AA 4J0TA 4Q1XA 1NPWA 5COPA 1Q9PA 3ZKQA 4B00A 3T3CA 5P4SA 1M4HA 2JYSA 2QI4A 1U8GA 3K5FA 3IXKA 5OZ9A 1IZIA 4DI2A 2I4VA 3PEPA 5P3IA 2PSUA 2BPYA 1HTRB 4Y5MA 4EHCA 2G1RA 2FGVA 3HW1A 4L7HA 3UQRA 4R93A 1K6VA 3HVGA 4ZIPA 4B1DA 3SA3A 5P6CA 3VFBA 3EL9A 1B6LA 1HSIA 2Q63A 3NWXA 1NPVA 2R3TA 4NJSA 5P6FA 2G1OA 1AJVA 2AVVA 2P3CA 5OYQA 3OHFA 2WJOA 4Y5LA 3IXOA 5P3QA 1HXBA 2G1SA 2G69A 5P7CA 2V12C 3OU4B 1OEWA 5P8UA 5P1HA 3GGUA 5KQXA 5OZKA 5P2JA 4BELA 4COEA 1SIVA 1LEEA 3Q6YA 2WEAA 9HVPA 1MSMA 1IVPA 5P5LA 4YCYA 3CKTA 3O9DA 3QS1A 5P40A 5OZ4A 4YCTA 5P14A 3UDYA 3GI4A 3O9CA 1EPOE 3TNEA 1XDHA 4Y4ZA 5P53A 5HD0A 3UDMA 2IRZA 1ZSFA 2Q11A 4ER4E 2I0AA 4X7IA 1EBYA 1KJFA 1M0BA 4Y3YA 5P7ZA 5P3UA 4XXSA 4DV9A 1NPAA 5P0AA 2FLEA 3H0BA 1TSUA 1GNMA 1EAGA 1K6CA 5P0YA 1APTE 1BWAA 3FNSA 3RTNA 5P7RA 1M43A 1MT9A 2WECA 1HVHA 5P1GA 1DPJA 4Y4BA 4DJYA 5OYVA 5OYTA 5P11A 5P5HA 2IENA 5P43A 1B5FA 2ANLA 2EWYA 1B6JA 5P16A 1IZHA 1T7IA 4DJRA 4Y3SA 2CEMA 6UPJA 2ZDZA 2OHSA 5P6AA 4TVHA 1OHRA 2NMZA 1YG9A 4OBFA 2G94A 2G26A 5P5TA 3INFA 5P1AA 3OXVA 1HEGE 5P3ZA 5P4PA 4Y39A 4RGHA 1ENTE 2F3FA 5P69A 5ENKA 4Y44A 3VYFA 5P4LA 3HVPA 5P5SA 3PHVA 1BDRA 5P4CA 3SO9A 2PMAA 1GVWA 4DJOA 3KMXA 5P2QA 5DQ4A 5ENMA 1K1UA 5P3YA 2B7FA 1OD1A 1XN3A 1YT9A 1PPKE 1HVCA 4L7GA 1Z8CA 4F76A 4DH6A 5P8TA 1B6PA 1CPIA 3PGIA 3R0WA 3IN4A 2QHZA 4JPEA 5ER1E 4CPXA 5P4FA 3NU4A 2ZHSA 5P17A 3VF7A 3EC0A 5P3BA 3OY4A 1ZSRA 4I0FA 5P7GA 3TOHA 2O4PA 5OZLA 1SDVA 3OU4A 2I1AA 4UPJA 3QIHA 5P1UA 5P32A 5P0ZA 1AM5A 5P2UA 5P0EA 5FIVA 3EM6A 3OXXA 2J9JB 4DJQA 5P12A 1FFFC 2Q5KA 3PMYA 4ZSRA 4EQ0A 5P0HA 2JXRA 3KDBA 3INHA 4ACXA 5JFUA 3L5EA 2Z4OA 1BDLA 3MSLA 4EXGA 2Q55A 3URIA 1HEFE 3S45A 2VNNA 4GJ8A 5P7PA 3SA4A 3NDUA 2I0DA 4KE0A 3DOXA 3LIXA 1EBWA 5P7FA 5P0KA 4RVIA 5P6RA 2R9BA 2AQUA 5P1EA 2RKGA 1LYAA 3VLAA 5P5MA 4PZWA 4Y4TA 2F3KA 1AZ5A 1D4SA 4TRYA 5P3SA 4R8YA 5P0GA 4E43A 3URJA 4I0HA 5P5EA 4Y48A 5P0XA 1FQ6A 2P83A 2WEBA 2QD6A 4OBZB 5P72A 4OBJA 5JFPA 1D4HA 1FKNA 1PFZA 5P52A 3RSXA 3ZKXA 5P8HA 3O9IA 4IVTA 2AZCA 5P7LA 5P56A 3FKTA 5P67A 3BC4A 4RCFA 5B18A 5I3XA 1E80E 5EZXA 1BDQA 2P3BB 5E5KA 5P6GA 2NNPA 2ZJJA 2AOFA 1TCWA 1Z1RA 2G1NA 1GVVA 4DQEA 5P38A 2NXDA 4Y4DA 2IS0A 5OZ6A 2ZGAA 5IVSA 3GGVA 3UDHA 4Y5PA 1BVEA 1MTBA 3F9QA 3LNKA 5P2CA 5OZVA 4YBFA 5P5RA 3OQAA 5OZTA 3NSHA 1LF2A 4DQGA 3FNUA 4J54A 3SAAA 3HDKA 2NMYA 5OZ1A 4EPJA 1DIFA 4ZE6A 4WTUA 5P3KA 2ZYEA 5P3LA 4J0VA 3QVCA 1LF4A 5P1TA 3DM6A 2OHTA 1W5WA 1YX9A 5P4BA 2G27A 4LL3A 5P4UA 2XYFA 1TQFA 3LIYA 5HDVA 4DQHA 2JJJA 3INDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WF2 A;  3KM4 A;  5P7O A;  5CON A;  4Y5E A;  4L7J A;  4L1A B;  5P05 A;  4B05 A;  1HVR A;  5P45 A;  5P0I A;  2JE4 A;  4DQC A;  5P2N A;  5OZH A;  2PH6 A;  4APE A;  5HDU A;  5P0V A;  3VSX A;  4FIV A;  5HCT A;  2VNM A;  4B78 A;  3OUA A;  3RVI A;  5P5Y A;  5P49 A;  3UDJ A;  3OUC A;  4Y3Z A;  1NSO A;  2NPH A;  4GID A;  2QD8 A;  5P5U A;  3RTM A;  3BVA A;  2AVM A;  2QMP A;  3TPR A;  4Y5B A;  5P23 A;  2WF4 A;  3G72 A;  2O4S A;  4EXH A;  2O4K A;  1MTR A;  2R8N A;  4LC7 A;  4WY1 A;  5P2T A;  4EP2 A;  1HSH A;  4K4P A;  3SA8 A;  2R5Q A;  1MER A;  4GJ6 A;  5OZC A;  5P7N A;  3OUD A;  1SMR A;  1QBT A;  5P73 A;  4LAP A;  3L5F A;  5DR0 A;  1W5Y A;  5P88 A;  2BB9 A;  5P3X A;  1FG6 C;  3SM2 A;  3O9E A;  3QRS A;  4Y50 A;  1ZAP A;  3T7X A;  4HE9 A;  5P33 A;  1HPO A;  3CKP A;  4TVG A;  4EQJ A;  1C6Z A;  3UDQ A;  5P4M A;  2VIY A;  1KZK A;  5AH6 A;  1PSO E;  5P5N A;  3K4V C;  5F01 A;  1FIV A;  4AMT A;  1EPL E;  3L5D A;  3SM1 A;  1HVK A;  1XL5 A;  3MSK A;  5P1F A;  3S56 A;  3OGP A;  1HHP A;  4I0Z A;  4TRZ A;  5P5Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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