5AHCA

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ahcA00
3Q6YA 2WEBA 3OQ7A 1MSMA 3O9BA 5OZ8A 5F01A 5P1HA 4NJUA 1PROA 2XYEA 4HDBA 3OTYA 3EL5A 2FMBA 5I3WA 1F34A 2G94A 5E5JA 4U7VA 5P26A 1OEXA 4XKXA 5EZXA 1T7KA 5P60A 2PQZA 5P4WA 3UDMA 5P13A 4ZPEA 5I70A 5COPA 5P3OA 5COOA 5DR1A 4Y4GA 4D85A 3TKWA 4RGHA 5P46A 3EL1A 4XX3A 4DJOA 3PEPA 1ZPAA 5P6TA 3QP0A 4KB9A 1EBWA 1ODYA 5P84A 4QJ9A 4ZPGA 5OZDA 4DPFA 5P42A 3HDKA 1SH9A 1SDUA 5OZQA 2QHCA 3HD8A 3LPKA 1EPQE 3SA6A 4JOOA 1KJ4A 3D1ZA 4Y3NA 5P4NA 3INHA 5P1DA 5KR8A 4I8ZA 3I7EA 1F7AA 4OBZB 4CPWA 3BXSA 1XE5A 1IZDA 3ZKIA 1BWBA 4Y5LA 1ZLFA 5P1IA 5P4YA 3KMXA 5P6AA 3Q3TA 4B00A 2WF3A 3SABA 5P0TA 2I4UA 2QMPA 3TOGA 4Y47A 1PSNA 4IVSA 1D4IA 2I1AA 2BPXA 3ZKXA 1XN2A 4A6CA 2HC0A 3LIYA 3IVIA 2FGVA 2PYMA 4I12A 5CLMA 5P02A 4FM8A 3OOZA 3URJA 5P0VA 5P19A 5P8BA 2FXDA 4HLAA 5P1FA 5P69A 1RNEA 2ZDZA 3PMYA 3KM4A 4TRWA 3PCWA 4RRNA 2WEDA 5IVTA 9HVPA 4QJ8A 3FSMA 5P55A 4YD6A 5P7DA 3LIVA 3LZVA 3OGQA 2AOIA 2CENA 4J0ZA 4GJ8A 2HPEA 5P6UA 1E5OE 3DV1A 2ZGAA 3PBDA 3S45A 1BDQA 3O9GA 2F3KA 5OZ1A 1K6PA 4GJDA 3EL9A 5ER2E 4HDPA 3CYWA 3GW5A 5P6ZA 2F80A 3IXKA 4GJAA 5P0YA 5P56A 1Q9PA 1B5FA 4DQFA 4Y3MA 3UFLA 5P11A 3H5BA 2APRA 4OBJA 5P5NA 1XDHA 5ER1E 2VIYA 5P0PA 3N4LA 5P29A 1IDBA 2VJ9A 3JVWA 5P38A 1T3RA 1HEGE 2FGUA 2Q11A 5P3QA 2FNSA 4ZSMA 5P6CA 1IZEA 3TH9A 1FQ4A 5AHCA 5P5RA 4LBTA 2MIPA 3NU6A 5P4VA 4YE3A 2IKOA 3URIA 5OZPA 5P6GA 4EP3A 4EP2A 5P5PA 2O4PA 1PSAA 3KMYA 3SKGA 2ZHTA 1TZSA 4ZPFA 2AVSA 2VJ6A 2PYNA 3ZKMA 5P6NA 3INEA 3VYDA 2IDWA 5P2IA 5P35A 1ZBGA 3O9LB 1YM2A 4GB2A 3AIDA 5P1GA 2G1SA 2VNNA 5P2EA 4EQ0A 3OHHA 5P1VA 4RROA 4DJXA 1FF0C 1IZHA 4Y43A 1YX9A 2ZJJA 5OZAA 5P3HA 5P1TA 4Y35A 5P2SA 2VA7A 4Y48A 5P6HA 3JW2A 3O9HA 1W6IA 4Y51A 3SO9A 4DUSA 2PSUA 4CPQA 3Q70A 4R95A 5P5HA 5P3EA 1MT7A 4EHCA 2HM1A 4YCYA 1B5FB 5OZ6A 4Q1YA 5P2RA 4ER2E 1B6PA 3WZ7A 1W6HA 5P2ZA 4S1GA 5P57A 2PMAA 5P8HA 4DJVA 4YBFA 3KFNA 2OHKA 5P4JA 4RVIA 5P7VA 2Q63A 4Y4WA 3NUJA 2AIDA 5P20A 3HZCA 5P4EA 2NMYA 1E82E 3L5FA 5P34A 5P6LA 5IE1A 4I11A 3A2OA 5P3YA 5P4GA 5DQ1A 3LIXA 4Y4BA 2JYSA 5P4IA 2FDDA 2AOHA 2R3TA 3UDNA 4EPJA 5P23A 5P33A 5P76A 3UF3A 1M43A 4NJVA 2SAMA 5P3DA 5P67A 1ZAPA 1NH0A 5P5YA 5P7ZA 4Y3QA 1MSNA 1CPIA 5IVSA 3EKXA 1NSOA 4YBIA 3OTSA 3K1WA 4B78A 3QVIA 2P3AA 3PRSA 1YTHA 3VYFA 4WY6A 3QI1A 3D20A 5OYTA 2IS0A 5P12A 2I0AA 4Q5MA 4EJKA 1WBKA 4APRE 3VSXA 2G1NA 4DQCA 5P7WA 3SLZA 1BDLA 2ZJNA 4D89A 2QP8A 1IDAA 1FFIC 5APRE 4B1CA 4LXKA 4R91A 4Y5GA 1FEJC 4I1CA 1MESA 2V16C 4YD7A 4Y50A 5P6XA 2ZHVA 5OZ4A 4WTUA 3WZ8A 3WSJA 3SACA 4QJ2A 3OU3A 1W5VA 3ZL7A 3ZLQA 5P16A 5P25A 4Y5NA 4ZIPA 5P5OA 3BUHA 5P72A 3L59A 1EBYA 3K5CA 3VFAA 1AZ5A 5P8UA 5P79A 3L5BA 3SPKA 3TLHA 4Y44A 2V13A 1SDTA 3KDDA 5P0AA 5P4OA 3DCKA 3IVHA 5DPZA 5OZIA 2G1RA 1K2BA 2WL0A 3NWXA 5P6EA 3PHVA 5P31A 4I0DA 2QMGA 4FRIA 4Y3ZA 2IGYA 1FGCC 2QNPA 3OQDA 5P0UA 5P4DA 4HEGA 4Y3EA 1BXOA 4U8WA 4YOBA 4LXMA 4Q1NA 4OBHA 3UPJA 3URLA 3UDYA 3OUAA 3SA9A 4Y56A 3PI0A 1GVUA 4Y5MA 4I0ZA 5P32A 4JECA 5P65A 3S53A 4L7GA 4I0HA 2BJUA 1BDRA 1QDMA 2FIVA 5P5UA 3DUYA 4Y5PA 1A94A 2BPWA 4CPSA 4J0VA 1G0VA 1C6ZA 5P1KA 1KJ7A 3SFCA 2I4WA 3VFBA 4D8CA 5P1NA 4KUPA 4J1FA 5OZFA 4X2LA 4Y57A 2R5PA 4H1EA 3SA8A 5JFUA 2QD7A 3K4VA 1HSHA 1UH7A 3FNSA 1W5WA 5P6OA 2P8HA 3PCZA 5P6WA 5P0FA 3SM1A 4I8WA 4Y4DA 1LV1A 5P1UA 2HS2A 4CPTA 2I4VA 2AVOA 2QZXA 5OYQA 5P1MA 4PPHA 3VV6A 2IL2A 1BWAA 1MVPA 5P2CA 3TPPA 4I10A 3OXVA 3QIHA 4Y4EA 5DQ4A 2QI6A 5P1ZA 2AODA 1AJVA 5P5QA 5C9DA 5P49A 5AH7A 5HU1A 4GIDA 2PK6A 2CEJA 4EQJA 2NXDA 3UDRA 2WECA 1PSOE 3KDBA 4XXSA 1Z1HA 3GGAA 1D4KA 4FLGA 5HCOA 4Z22A 2OAHA 5P5CA 1EBZA 4RCFA 1HSIA 2HB3A 1EC2A 5P2WA 2WJOA 1EBKC 4D88A 1BV9A 1GKTA 1HBVA 5P1RA 4TRZA 3EXOA 5P39A 5P70A 1YT9A 4RCDA 3SA7A 1HTEA 2G1YA 4L7JA 3VEUA 3HAWA 5P83A 2WF4A 4Y3YA 3IXOA 4Y5AA 5P4HA 4K4PA 2WHHA 4A4QA 4PYVA 4YA8A 2PSGA 3F9QA 1HRNA 5P1AA 5P61A 3DOXA 5P07A 5P5JA 5P6KA 3ER3E 2ZJIA 5OZXA 5IVRA 1HIVA 2G1OA 2QZWA 5P01A 2Q54A 3CKRA 3BRAA 4B72A 2WEZA 2VJ7A 3PSUA 2J9JB 1DAZC 5P2AA 4L6BA 5P1OA 4LC7A 4OBGA 1BVGA 3EKQA 1UPJA 3NWQA 1MTRA 3EL0A 2O4SA 5ENKA 5P52A 4MC2A 3VF7A 3MSKA 3S8IA 5P7JA 3Q4BA 4GZFA 4J0YA 1FQ5A 3EKPA 5KOQA 4DQGA 1XE6A 1GVVA 5P04A 2ER0E 3PI5A 4Y5CA 5P88A 2OHTA 4L1AA 4XX4A 2NXMA 2UXZA 5P68A 1B11A 3PWRA 2NR6A 1ZPKA 3PWWA 4FL8A 4ZSQA 1E80E 1Z1RA 3OXWA 2JE4A 5P8EA 3O9IA 2WKZA 1K1UA 3RSVA 3T3CA 3S85A 4YHQA 1BIMA 2F81A 2NPHA 2RMPA 1LYWB 2WF1A 1ENTE 5P2VA 3OOTA 3I6OA 5P2NA 4Y3GA 5P5TA 3L58A 3IAWA 3MWSA 5P8VA 2V00A 5AH9A 3S2OA 4J1CA 4TVGA 2QD8A 5P1JA 5I3YA 2Q64A 2ER7E 4KE1A 3LPJA 2QNQA 1EAGA 3VSWA 3NU4A 3K5DA 4I0EA 5SXNA 2R9BA 1LYAA 4FRSA 5P86A 2HB4A 3PLDA 4YD5A 2ZYEA 4J1EA 3PLLA 4LXAA 1EPME 4DJRA 3SA4A 5P0KA 5HDZA 3G70A 3O9DA 1VIJA 1B6JA 2BPVA 1T6EX 1FQ6A 2NTRA 1QBRA 3KN0A 5P4CA 5P08A 5P58A 3QBHA 3OHFA 1DMPA 3KFPA 3BUGA 2NNPA 5HTZA 3KDCA 5OZ5A 2XYFA 5P50A 3TOFA 1HPOA 3T7XA 3VLBA 3R4BA 4Y3FA 1XL2A 4L1AB 4N00A 5P8SA 3QRVA 5P5WA 2PSVA 1HPVA 4DJYA 2AZ8A 2JXRA 2OHLA 2P3BB 3PWMA 4GYEA 2AOFA 4K8SA 5P8GA 5P3GA 2ER9E 3EKWA 3O9LA 4GJCA 1LF4A 3OY4A 3VG1A 3EBZA 4FM6A 4DI2A 4AMTA 1ODWA 5DGUA 5P8IA 3N3IA 1SMEA 5P09A 5KR1A 1FG6C 3RSXA 3VV7A 5P30A 3PM4A 5P2HA 3KYRA 3AUPA 5P3WA 4OBDA 5P8AA 2IQGA 5P17A 2ANLA 1W5YA 4NJSA 2ZHSA 3EL4A 5P7NA 3UDJA 5P6QA 5TOLA 2AVQA 2I4DA 2FDEA 5JFPA 5OZ7A 1LYAB 3BGCA 4Y6MA 5P1BA 3L3AA 3NDXA 4ZSRA 5T4SA 3Q5HA 4M8YA 3KFSA 5P6SA 3BHEA 4J55A 3PSYA 1RPIA 5DR7A 5P8DA 3MSLA 5KQYA 4K4RA 5P7YA 1IBQA 4Y36A 3UQPA 3QN8A 1RV7A 2QU2A 3S54A 3CICA 3OQKA 3OQFA 5OYXA 5P6IA 5P64A 5P0HA 5HE7A 4B0QA 5P6MA 3O99A 1PPLE 4YDFA 3R1GB 2V12C 4NPTA 2B7ZA 5UPJA 2P3DA 2FXEA 2QAKA 2RKGA 3G6ZA 3CIDA 4HZTA 1GNNA 2QI4A 4L7HA 4Y38A 5HDXA 4F73A 1CZIE 1C6XA 1HOSA 1HVJA 4FM7A 5OZZA 2OHNA 3H0BA 1UH8A 3OGPA 3UFNA 3MXDA 2B60A 3NDTA 3OXCA 2QZKA 4BEKA 5P41A 1E81E 4PHVA 1MT9A 5IVQA 3NLSA 3NDWA 3T6IA 3OQAA 2PH6A 5P59A 2H6TA 5P4FA 4J1KA 1M4HA 5P0EA 1K1TA 3HVPA 2V0ZC 2FLEA 4JP9A 6UPJA 4DJPA 1LS5A 4FRKA 5HDUA 5F00A 2J9KA 1WKRA 4MC1A 5P0OA 5P80A 3KT5A 1LYBB 4YDGA 5P8CA 3K5FA 1XN3A 3BXRA 1HVLA 2G26A 4A6BA 4LAPA 4RVJA 5P5VA 3O9AA 1MT8A 4Y4TA 4H3JA 1GVWA 2XFIA 4FSLA 4D83A 1FMUA 1MTBA 3CMSA 5OZSA 5OZWA 1FLHA 1IIQA 3O9FA 3CKTA 5DR3A 5P05A 5P7SA 5OZOA 1AVFA 1LF3A 1LF2A 3TKGA 5OZMA 3LZSA 5P4ZA 5P4KA 5P7PA 3UQUA 5P2LA 1SDVA 5AH8A 3RVIA 1D4JA 5P3RA 1SP5A 1NPVA 5P7TA 2HB2A 4YOAA 5P2GA 1T7IA 1PPME 1KZKA 4F76A 1FQXA 2BKSA 5J25A 4J1HA 5OZ0A 1J71A 7UPJA 2QMFA 5P62A 2IEOA 3B7VA 4FSEA 3VF3A 1SIVA 1HXBA 5HDVA 5P1PA 2HIZA 3NUOA 4M8XA 5OZTA 4CMSA 3VYEA 4BFDA 1ZJ7A 1YTGA 2ZE1A 4TRYA 2WEAA 4ZEAA 1D4HA 1HVSA 2I4QA 4OD9A 5P3BA 4JPCA 5P7MA 2I0DA 1ZSRA 3BVAA 3HW1A 5HVPA 4FGXA 5CONA 5P8RA 5P5GA 2AQUA 2AVMA 5P4TA 4DPIA 1FKNA 4K9HA 2IENA 5P5XA 2QK5A 4BFBA 1GNMA 4RCEA 1XS7D 3INFA 1QBUA 5P7RA 2HAHA 5OYVA 3QRMA 3QVCA 3LZUA 3IGBA 2B7FA 2Z54A 3GGXA 3L5EA 4DQHA 3FIVA 3OK9A 5SY2A 4YCKA 5DQCA 5P6DA 2R3WA 2NXLA 1W5XA 5P3FA 5P7CA 5SZ9A 5BS4A 3MXEA 2AZBA 3DJKA 5OZUA 1BILA 1MERA 3BVBA 3PBZA 5P5LA 5P8TA 2R43A 3R0WA 6FIVA 2O4KA 4Y3LA 3T11A 4EJDA 4Y3AA 5P0RA 5P87A 4EXHA 2VS2A 1HVHA 1XL5A 3UHLA 2ZJKA 1ZTZA 2XFJA 4J1IA 2R5QA 5P4UA 2I4XA 3B80A 4Y45A 5OZJA 4B1DA 3ZPTA 3JVYA 1HPXA 4OD9B 5KQXA 1HEFE 1OHRA 1T7JA 2J9JA 3NYGA 2Z4OA 5P24A 3WZ6A 4DQEA 1SMRA 4DJUA 5P0CA 3TNEA 4Y5KA 5AH6A 5OYRA 4HVPA 3K4VC 1HVRA 2G24A 2AOCA 5P43A 1PPKE 2HPFA 4KE0A 1HIIA 5OYZA 5P8NA 1A8GA 3OUDB 4APEA 5P2BA 2B42A 3KFRA 5P27A 2ZJHA 1MUIA 5P8JA 5P74A 5P37A 2VKMA 2B8LA 4Y53A 1W51A 1QRPE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3Q6Y A;  2WEB A;  3OQ7 A;  1MSM A;  3O9B A;  5OZ8 A;  5F01 A;  5P1H A;  4NJU A;  1PRO A;  2XYE A;  4HDB A;  3OTY A;  3EL5 A;  2FMB A;  5I3W A;  1F34 A;  2G94 A;  5E5J A;  4U7V A;  5P26 A;  1OEX A;  4XKX A;  5EZX A;  1T7K A;  5P60 A;  2PQZ A;  5P4W A;  3UDM A;  5P13 A;  4ZPE A;  5I70 A;  5COP A;  5P3O A;  5COO A;  5DR1 A;  4Y4G A;  4D85 A;  3TKW A;  4RGH A;  5P46 A;  3EL1 A;  4XX3 A;  4DJO A;  3PEP A;  1ZPA A;  5P6T A;  3QP0 A;  4KB9 A;  1EBW A;  1ODY A;  5P84 A;  4QJ9 A;  4ZPG A;  5OZD A;  4DPF A;  5P42 A;  3HDK A;  1SH9 A;  1SDU A;  5OZQ A;  2QHC A;  3HD8 A;  3LPK A;  1EPQ E;  3SA6 A;  4JOO A;  1KJ4 A;  3D1Z A;  4Y3N A;  5P4N A;  3INH A;  5P1D A;  5KR8 A;  4I8Z A;  3I7E A;  1F7A A;  4OBZ B;  4CPW A;  3BXS A;  1XE5 A;  1IZD A;  3ZKI A;  1BWB A;  4Y5L A;  1ZLF A;  5P1I A;  5P4Y A;  3KMX A;  5P6A A;  3Q3T A;  4B00 A;  2WF3 A;  3SAB A;  5P0T A;  2I4U A;  2QMP A;  3TOG A;  4Y47 A;  1PSN A;  4IVS A;  1D4I A;  2I1A A;  2BPX A;  3ZKX A;  1XN2 A;  4A6C A;  2HC0 A;  3LIY A;  3IVI A;  2FGV A;  2PYM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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