5APRE

Structures of complexes of rhizopuspepsin with pepstatin and other statine-containing inhibitors
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
AGVGTVPMTDYGNDIEYYGQVTIGTPGKKFNLDFDTGSSDLWIASTLCTNCGSGQTKYDPNQSSTYQADGRTWSISYGDGSSASGILAKDNVNLGGLLIKGQTIELAKREAASFASGPNDGLLGLGFDTITTVRGVKTPMDNLISQGLISRPIFGVYLGKAKNGGGGEYIFGGYDSTKFKGSLTTVPIDNSRGWWGITVDRATVGTSTVASSFDGILDTGTTLLILPNNIAASVARAYGASDNGDGTYTISCDTSAFKPLVFSINGASFQVSPDSLVFEEFQGQCIAGFGYGNWGFAIIGDTFLKNNYVVFNQGVPEVQIAPVAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of complexes of rhizopuspepsin with pepstatin and other statine-containing inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Rhizopus chinensis
molecule keywords RHIZOPUSPEPSIN
total genus 89
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 3.4.23.21: Rhizopuspepsin.
pdb deposition date 1989-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5aprE01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5aprE02
4JOOA 5P73A 2PWCA 1B6PA 2B7FA 4YD4A 3F9QA 1HIVA 1PSNA 3EM3A 3D1ZA 5P2TA 5P52A 2P4JA 5P66A 2P3AA 5P01A 5OZCA 5OYYA 2RENA 2AVOA 4I0JA 4Z22A 4Y58A 1BBSA 5P5KA 1ZSRA 2R43A 4I0ZA 4GIDA 4I0DA 1BWBA 3MSJA 4Y47A 1IVPA 4EXGA 1QBUA 3LPIA 4L1AA 2HS2A 1IVQA 5P36A 1IZEA 2BKSA 5P2RA 4QGIA 4RLDA 5P55A 5P2MA 5P81A 3UPJA 4GJ9A 1HSHA 3PEPA 5P1AA 4J1CA 1IZIA 2CEJA 4FRSA 5P7NA 5P3QA 1FG6C 5DGUA 1E81E 4J0PA 8HVPA 3KFRA 3EC0A 5P2SA 1MPPA 2ZJKA 5P7GA 3SA4A 3VG1A 3SO9A 3D91A 3S54A 5P22A 4HVPA 5OZ2A 2VJ9A 5AH6A 5P8FA 5P43A 3TL9A 3VSXA 3VFBA 3FNSA 5P4RA 5P69A 1OEWA 2Z54A 3CKRA 2AVSA 5P5SA 2B8LA 5P4NA 5F00A 5P47A 4DQEA 5P4KA 4NJUA 5JG1A 5P42A 5C9FA 3PHVA 5P1VA 3TPLA 5OZAA 5P6RA 1HVHA 5OZOA 1AJVA 2O4KA 1KJHA 5P7FA 2P8HA 3QI1A 3O9FA 1FMXA 5OZDA 1RPIA 3EKPA 4Y3YA 5OZ1A 1UPJA 5P3RA 2QMDA 3PSUA 5KAOA 4DVFA 2OHKA 1BV7A 3OUBA 5P0YA 1HPVA 2CEMA 2QZLA 4AMTA 3KA2A 4J54A 2IKUA 2APRA 2HB3A 1MT7A 4DJVA 3APPA 2Q54A 2BQVA 1D4YA 2PWRA 3UQXA 5P25A 4HEGA 5P0KA 1APVE 2IGXA 1KJ4A 4H1EA 5DPZA 1SMEA 4GYEA 5P8NA 2WF4A 1HIHA 2CENA 4YOBA 3EKVA 1MSNA 4R8YA 4ZLSA 1ENTE 4FL8A 5P5UA 3ZKXA 3KMYA 1DW6C 1K6CA 1ME6A 5P15A 3T7PA 5FIVA 3ZKQA 4OBZB 5P11A 5P5JA 2Q63A 3EKQA 3RVIA 4DQBA 5P32A 3O9LB 5P7OA 1IZHA 3IN4A 4Y57A 3PWRA 3IXKA 1PSAA 4MC2A 1Z8CA 1E5OE 5KOSA 1AXAA 2F3FA 2VIZA 2AZBA 3TH9A 1W5WA 4LXMA 4NJVA 5IVSA 3FV3A 2ZDZA 5HE4A 4GZFA 1AJXA 1G2KA 3PLDA 1BDQA 4FCOA 4Y5EA 3CYXA 2ER9E 4CP7A 5P4ZA 1A8KA 3LHGA 5P5TA 5P4YA 1EBYA 3FKTA 6FIVA 4QJ6A 3LNKA 1K6PA 5OYZA 4TVHA 5DGWA 5OZFA 4I0HA 3PRSA 4RVXA 4RVJA 5BWYA 1FB7A 3TKGA 1HXWA 2I4WA 2ZJLA 5P6CA 5P7IA 1HEFE 5P4MA 5P4OA 4Y4UA 2ZJNA 2ER0E 5P1YA 5P2WA 4HDPA 4Y3JA 3PWMA 3QRVA 3URIA 5P50A 5P5VA 1SDUA 5DR3A 3IA9A 5P49A 3NDUA 4GB2A 3PBZA 5P5LA 4PPHA 4NPTA 4I12A 2HPFA 2AVMA 3UQWA 5P12A 5P1GA 5P0DA 5P7RA 2G20A 1EC1A 2R5PA 3BUHA 4OBFA 5P0FA 5P6TA 5P1SA 5HTZA 3S43A 3MSLA 3OQ7A 2BKTA 3K5FA 5OZIA 4DFGA 2PH6A 2B8VA 3ST5A 2XFIA 2O4PA 3ZLQA 2AOCA 1GVWA 3Q4BA 3U71A 4J55A 5P7EA 5P1CA 4Y3AA 1T3RA 4Y48A 5P0JA 2VA5A 4EJDA 3R4BA 1HWRA 1TCWA 2HPEA 5CONA 3Q6YA 5P62A 5P8IA 2Q11A 1HRNA 3NSHA 4DH6A 1CZIE 3LITA 3UQPA 4RCEA 2QMFA 2R3WA 1SGZA 1EC0A 5P5WA 5AGZA 3SA7A 1N49A 4Y4EA 2I4DA 4H3GA 3ZPUA 4OC6A 2R5QA 1U8GA 2R8NA 4DPIA 3GW5A 3EKXA 4YDFA 3ZPTA 4Y5KA 4Y4AA 3ZPSA 5JODA 5F01A 2IS0A 2UY0A 1K1TA 2OHPA 3ZKSA 1LV1A 2BJUA 3QN8A 4I11A 2P3BA 5I3VA 3JVWA 1BWAA 5P1KA 1DPJA 4AUCA 3HLOA 2G24A 5HDVA 1VIJA 5P77A 1B11A 5HDXA 5ER2E 1VIKA 2WKZA 5P03A 2WF3A 4Y5LA 2G1OA 3BGCA 3K5CA 4Y54A 3OU3A 4OBHA 1LZQA 3UDYA 1EPRE 3KDCA 5P1ZA 5P07A 5P4JA 1MESA 5P35A 2NXMA 4Y3HA 4ZPEA 3GGVA 1W5YA 2B42A 5P2FA 5P8PA 4BELA 3KM4A 5IVQA 4PEPA 1NPAA 5P06A 5ENKA 5P0NA 3MXEA 2OHRA 5P23A 1HPSA 4RYGA 1C6YA 5P2IA 3D1XA 1HPXA 1BAIA 4PYVA 5P71A 5P67A 2B7ZA 3HVGA 2NXDA 1K1UA 3S85A 2AIDA 1FKNA 2FNTA 2RSPA 3IXJA 3OUDA 1BXOA 3MSKA 1YM4A 2BPXA 2V16C 2IGYA 3APRE 5P4PA 4K4QA 1J71A 4DQGA 4RGHA 2BB9A 4DJWA 1FIVA 5AHAA 2I4QA 4Y4DA 1EPOE 2F3KA 2G1YA 4U7QA 2FS4A 4EQ0A 5P04A 1YTHA 4J0YA 3QIHA 1E80E 2V00A 1HTGA 2JYSA 5OZ3A 4WY6A 4F74A 2F8GA 5OZHA 5SY2A 2QZKA 5OYWA 3WZ6A 5P2OA 3VV8A 5P3YA 2HC0A 3LZSA 2VNMA 5P61A 1A9MA 4I1CA 3TOGA 5P4UA 2AOFA 3G70A 5P3VA 4QLHA 6UPJA 5P1QA 3PBDA 3OQFA 4Y3XA 5P4VA 4M8XA 5I3WA 3BXSA 4JECA 3OXWA 4FM6A 1T7JA 5P4QA 3BGBA 3DJKA 2QHYA 4DI2A 2BPWA 2JJJA 1EC3A 3QROA 1UH7A 5DR0A 3G6ZA 5HCOA 4FIVA 5P7QA 3OWNA 2R9BA 4H3JA 3GGAA 5P7YA 4Q1YA 4ZIPA 2VJ7A 5P59A 2QHZA 4YD6A 3UQUA 5OZQA 3C9XA 4Y3MA 3TTPA 4J0ZA 1M0BA 5IVRA 5P24A 5B18A 1IBQA 5P1IA 2ZYEA 3INFA 5P2EA 2NPHA 2VKMA 2NR6A 4J1IA 5KQFA 5P30A 5P8BA 4FRIA 4BFDA 2RKFA 1ODWA 5P3CA 3SFCA 3GI0A 5P7XA 2WECA 1MEUA 3O9DA 3S43B 2PQZA 5P3OA 2A4FA 5P4BA 5P2VA 4Y6MA 2ZGAA 5DQ1A 2RMPA 5HCTA 5P05A 5P7JA 5OZGA 2FGUA 5COKA 1MRXA 5P3ZA 3UQRA 3OAGA 5P7UA 3TOHA 4TRYA 3TPJA 4KUPA 4Y35A 2NTRA 1D4HA 3HD8A 5P7ZA 4B1CA 2AODA 3D3TA 1W5VA 5OZ8A 5HVPA 5P7PA 3OHHA 2FDPA 5P89A 1META 3DCRA 1APTE 1EC2A 5P0BA 4Z50A 5P8KA 5P0GA 4RROA 3HZCA 5P3BA 3L5BA 4RCFA 5P88A 1TSQA 1UH9A 1ZBGA 1CMSA 2HM1A 5P0EA 1G6LA 5P0UA 2AOIA 5P2AA 1C6XA 5OZEA 3URLA 4MC1A 4QJ7A 5P6WA 1BV9A 1BVGA 4OC6B 4ZSPA 5P2QA 1MT8A 3CMSA 5P2BA 4ZPGA 3OOTA 5ENMA 4GJ5A 1EAGA 5IVTA 4FRKA 3WB5A 2P3BB 3HAWA 1C6ZA 1RNEA 4AA9A 4B00A 5APRE 4FSEA 5OZJA 2JJIA 4ZE6A 3QVCA 5DQ2A 3QP0A 5P4FA 1HVJA 2PYNA 5OZ4A 5P2YA 2QI5A 1EBKC 4Y3DA 2I4UA 4Y3RA 5P8JA 4DJYA 3L5EA 5P6XA 1EPQE 3OUCA 2P3DA 1PPME 3VFAA 5P8TA 5P4GA 2OHUA 3TLHA 5P86A 1BDLA 4YBIA 2V13A 4B72A 5P6VA 3ZKIA 1FQ8A 1YTIA 5KR8A 4TRZA 1LYWA 4Y53A 3HVPA 4D83A 3T7QA 5DR1A 1HPOA 3N3IA 4DJPA 3BXRA 5C9BA 1UH8A 3QAAA 5P5PA 1APWE 3AIDA 3GI6A 3UDNA 2G94A 3OADA 3EL0A 2WHHA 3K5GA 4FRJA 2ZJJA 2J9KA 3S7LA 1BXQA 2HIZA 5P58A 2VS2A 5P79A 2JE4A 4L6BA 4MC9A 4Y4ZA 5EZXA 4IVTA 3GI5A 3A2OA 5P37A 5P0CA 3OUDB 5P76A 4I10A 5P0TA 4COEA 4NKKA 5P16A 5P44A 3VYFA 1HBVA 4APRE 3L5DA 1EPNE 1HVKA 5OZLA 2VA6A 4TVGA 3L3AA 2QNNA 1F34A 3VYDA 5P29A 3Q3TA 4GMIA 1K6TA 2PSUA 1D4SA 1ODXA 1FMBA 3SM2A 1HVCA 3EXOA 3ZMGA 5KQYA 2I0AA 5P7VA 1KZKA 2ZJIA 3INDA 5P1RA 1QBTA 5P51A 1DIFA 2H6TA 4R95A 3UFNA 1W51A 1FQ6A 5OZVA 5AHBA 5P2UA 4NJTA 4CKUA 1XN2A 3OU1B 2NNKA 3EKWA 4Y3GA 5P1XA 3BVBA 5IS4A 5KOQA 5P6YA 5TOLA 2FGVA 3LIVA 1SP5A 2WF1A 3K4VA 4PHVA 4FLGA 1D4KA 2XFKA 5OZZA 2IQGA 1EBWA 3S45A 4KE1A 2QCIA 2OHSA 5P5YA 5P6UA 5P3JA 4ZSRA 4HZTA 5P8LA 1GNOA 3CIBA 4HA5A 5P7LA 1ZP8A 1ZLFA 1HXBA 1JLDA 4ACUA 4OBJA 3WB4A 3LZUA 4J5JA 5P3AA 1LF3A 5P7AA 1B6MA 1RQ9A 2UPJA 3QVIA 1XE6A 5P1PA 1WBKA 3IVIA 3IVHA 5P1OA 5P2XA 5P5XA 5SY3A 1SBGA 4YE3A 4EHCA 4Y4BA 4B70A 5P1BA 4Y50A 1FLHA 5DQ4A 2G1SA 4GJDA 5KR1A 4CPXA 5OZ9A 3OXXA 5AH9A 4YA8A 4QJ8A 5P54A 5P3FA 3QBHA 5P1WA 3EL4A 5P4SA 3PLLA 2I1AA 1IDBA 1W50A 5P2JA 3OK9A 4YD5A 5P28A 2AOGA 3NXEA 2QI7A 3S8IA 1BDRA 1T7KA 5OYRA 5OZWA 2AQUA 4A6CA 3OAGB 3SQFA 1XS7D 2FXEA 3PMYA 1GVVA 3UDRA 2FXDA 1HTEA 2ZHRA 2IRZA 5P5QA 4DJUA 3PSGA 4QJ2A 5P4TA 4Y39A 3INEA 3TOFA 5P4DA 4A6BA 2Q3KA 5P2LA 4L7HA 4FE6A 5KQXA 3EL9A 1AVFA 5SZ9A 3UDQA 1HTRB 3K4VC 3SM1A 4L1AB 2HS1A 3OQKA 1KJ7A 2O4SA 5P00A 1B5FA 1ZPAA 3QPJA 2H6SA 4DJRA 2NXLA 5P8EA 4EPJA 5P3PA 1QDMA 1LYAA 2IDWA 5P3TA 1IZDA 4Q1NA 4Y5BA 1SGUA 4FM8A 3WZ7A 2QI0A 2RKGA 4I0IA 4EWOA 5HE7A 4J1EA 3UF3A 2Q5KA 4GJ6A 1TQFA 3PVKA 1FF0C 2PYMA 5P65A 5OYSA 4DQHA 4I8WA 3K5DA 3ER3E 3I8WA 5P1DA 2Q15A 5AH8A 1A8GA 4F73A 3FX5A 5P83A 5IE1A 1OEXA 3FIVA 4E43A 3BC4A 3DM6A 2F3EA 2WEAA 3EL5A 2AZ8A 4NPUA 5P8AA 4EXHA 3QBFA 9HVPA 5P1UA 1SDVA 7UPJA 5AH7A 1LYWB 5P3LA 1T6EX 5HU1A 4CPRA 2V0ZC 4XX3A 4AZYA 3PI0A 4WY1A 5OZUA 4B77A 3NUOA 5OZRA 2SAMA 2BBBA 5DQCA 1A94A 5P6EA 2ZHSA 3IAWA 3CKTA 3VLBA 5P6NA 4Y3SA 3VSWA 2XYFA 2QP8A 3ECGA 1HSGA 5I3XA 3NDTA 2G69A 3HDKA 4LL3A 5P5MA 3FNTA 3R0WA 2NMZA 4YD3A 3OU4A 2QU3A 1W6HA 3T6IA 2I4VA 5HU0A 3SKFA 5P48A 4N00A 3VF3A 2O4LA 5P57A 4Y43A 3O9EA 5P46A 5P19A 5P20A 2J9JA 5P31A 5P5GA 3CKPA 3OGPA 3SABA 3LPKA 3RTHA 1SH9A 4Y4GA 2G1RA 1AAQA 4Y5MA 2QI6A 1QS8A 4OBKA 3UDPA 5P6QA 4Y3ZA 4Y3QA 5P34A 4QJAA 3RTMA 2ZJMA 3UDJA 5OZKA 5P17A 2V10C 2AOJA 5P63A 2ZHTA 5P75A 3NU9A 5P7MA 3GI4A 4RCDA 5P6SA 5P7TA 1EPLE 5P70A 5P0RA 2WJOA 1FQ4A 2JXRA 2IEOA 4CPUA 3RSVA 1HSIA 2R3TA 5HDZA 5BRYA 3UDKA 3URJA 4M8YA 5OZSA 3CYWA 3UFLA 3OGQA 5P4WA 4GJ8A 3PB5A 1NPWA 2Z4OA 4GJCA 1QBRA 3I2LA 1RL8A 3SACA 4CPTA 3FNUA 2QNPA 3S7MA 4D89A 5P38A 5P6GA 3OTSA 3ZKMA 4YCTA 3HBOA 3INHA 5P8HA 3O9AA 3O9GA 5P0HA 3OOZA 4OBZA 5COOA 2F81A 3VV7A 3HW1A 4IVSA 5P8UA 5P3XA 1ZJ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JOO A;  5P73 A;  2PWC A;  1B6P A;  2B7F A;  4YD4 A;  3F9Q A;  1HIV A;  1PSN A;  3EM3 A;  3D1Z A;  5P2T A;  5P52 A;  2P4J A;  5P66 A;  2P3A A;  5P01 A;  5OZC A;  5OYY A;  2REN A;  2AVO A;  4I0J A;  4Z22 A;  4Y58 A;  1BBS A;  5P5K A;  1ZSR A;  2R43 A;  4I0Z A;  4GID A;  4I0D A;  1BWB A;  3MSJ A;  4Y47 A;  1IVP A;  4EXG A;  1QBU A;  3LPI A;  4L1A A;  2HS2 A;  1IVQ A;  5P36 A;  1IZE A;  2BKS A;  5P2R A;  4QGI A;  4RLD A;  5P55 A;  5P2M A;  5P81 A;  3UPJ A;  4GJ9 A;  1HSH A;  3PEP A;  5P1A A;  4J1C A;  1IZI A;  2CEJ A;  4FRS A;  5P7N A;  5P3Q A;  1FG6 C;  5DGU A;  1E81 E;  4J0P A;  8HVP A;  3KFR A;  3EC0 A;  5P2S A;  1MPP A;  2ZJK A;  5P7G A;  3SA4 A;  3VG1 A;  3SO9 A;  3D91 A;  3S54 A;  5P22 A;  4HVP A;  5OZ2 A;  2VJ9 A;  5AH6 A;  5P8F A;  5P43 A;  3TL9 A;  3VSX A;  3VFB A;  3FNS A;  5P4R A;  5P69 A;  1OEW A;  2Z54 A;  3CKR A;  2AVS A;  5P5S A;  2B8L A;  5P4N A;  5F00 A;  5P47 A;  4DQE A;  5P4K A;  4NJU A;  5JG1 A;  5P42 A;  5C9F A;  3PHV A;  5P1V A;  3TPL A;  5OZA A;  5P6R A;  1HVH A;  5OZO A;  1AJV A;  2O4K A;  1KJH A;  5P7F A;  2P8H A;  3QI1 A;  3O9F A;  1FMX A;  5OZD A;  1RPI A;  3EKP A;  4Y3Y A;  5OZ1 A;  1UPJ A;  5P3R A;  2QMD A;  3PSU A;  5KAO A;  4DVF A;  2OHK A;  1BV7 A;  3OUB A;  5P0Y A;  1HPV A;  2CEM A;  2QZL A;  4AMT A;  3KA2 A;  4J54 A;  2IKU A;  2APR A;  2HB3 A;  1MT7 A;  4DJV A;  3APP A;  2Q54 A;  2BQV A;  1D4Y A;  2PWR A;  3UQX A;  5P25 A;  4HEG A;  5P0K A;  1APV E;  2IGX A;  1KJ4 A;  4H1E A;  5DPZ A;  1SME A;  4GYE A;  5P8N A;  2WF4 A;  1HIH A;  2CEN A;  4YOB A;  3EKV A;  1MSN A;  4R8Y A;  4ZLS A;  1ENT E;  4FL8 A;  5P5U A;  3ZKX A;  3KMY A;  1DW6 C;  1K6C A;  1ME6 A;  5P15 A;  3T7P A;  5FIV A;  3ZKQ A;  4OBZ B;  5P11 A;  5P5J A;  2Q63 A;  3EKQ A;  3RVI A;  4DQB A;  5P32 A;  3O9L B;  5P7O A;  1IZH A;  3IN4 A;  4Y57 A;  3PWR A;  3IXK A;  1PSA A;  4MC2 A;  1Z8C A;  1E5O E;  5KOS A;  1AXA A;  2F3F A;  2VIZ A;  2AZB A;  3TH9 A;  1W5W A;  4LXM A;  4NJV A;  5IVS A;  3FV3 A;  2ZDZ A;  5HE4 A;  4GZF A;  1AJX A;  1G2K A;  3PLD A;  1BDQ A;  4FCO A;  4Y5E A;  3CYX A;  2ER9 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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