5B18A

Crystal structure of a darunavir resistant hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWQRPIITIKIGGQLKEAILNTGADDTIFEEMNLPGRWKPKIVGGVGGLVKVREYEQIPIEICGRKVISTVLIGPTPFNIIGRNVMTQLGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Unique Flap Conformation in an HIV-1 Protease with High-Level Darunavir Resistance
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5b18A00
5P68A 2BKTA 2QK5A 4NJUA 3SA4A 5P5IA 5P76A 3NDUA 3DOXA 1BVGA 3DM6A 5P11A 4GJ6A 3I2LA 5IE1A 1KJ4A 5P6TA 3QP0A 4WTUA 1FQXA 5E5KA 2ZHTA 3QBHA 4ER4E 5BS4A 3OQFA 4YD7A 3UDJA 2O4KA 1Z1HA 2JXRA 3R1GB 5P1PA 3WSJA 1W6HA 4JPCA 3EC0A 4FRJA 4MC6A 3QRSA 1HPOA 5DQ5A 5P4BA 2G21A 3NXEA 2FLEA 3TOHA 2IL2A 3OUCA 3LIQA 2IDWA 1RPIA 4J1HA 1AXAA 1LYAA 3UDPA 3INFA 4YD4A 4Y5AA 5P8GA 5P5FA 3VV8A 1MT7A 4DJYA 1XL2A 4ZEAA 5AH7A 4APEA 4YDGA 3ZPUA 3ST5A 2H6SA 4FRIA 3EL0A 3WZ7A 4Y3DA 5P1CA 3EKYA 1FG8C 3KDDA 2JE4A 1HSIA 1YTJA 3D1XA 1HOSA 3IXJA 4OBFA 4LXAA 5P1QA 1LF3A 4CKUA 2WEAA 3Q5HA 5P63A 4F76A 1U8GA 3IN3A 1B6MA 3HD8A 5P19A 5P85A 5P7UA 3OK9A 1APTE 5P1UA 1ZJ7A 4Y47A 1LS5A 5HCTA 4HLAA 1D4IA 1W51A 2QZXA 2IGXA 3L3AA 3EM4A 1B6PA 5P1OA 2V16C 5P0CA 5HCOA 5KR1A 1HXBA 3OU1A 3SM1A 3QVCA 3O9CA 1LF4A 3TOFA 2XYFA 5P5WA 5P6VA 2WJOA 1HVRA 5I3VA 3LIVA 4YCYA 4GJ8A 5OZNA 5P3KA 3TKGA 3VF3A 4K4PA 4PEPA 1EPPE 2VS2A 1C6ZA 4MC1A 2RENA 4J0TA 3OU1B 1GVVA 3KT2A 3BGCA 5P8TA 5OZUA 4HA5A 3OWNA 5ENKA 1AIDA 3NU9A 5P8FA 4CPRA 3KYRA 2RKFA 4Q1XA 2I1AA 1HIIA 4B0QA 5P8UA 3UQUA 3NU4A 4YD6A 5P0XA 2V10C 5P2QA 3VYDA 3PBZA 3BUFA 1K1UA 2PSGA 5P1JA 2PWRA 1GKTA 3KDCA 3AIDA 5HE5A 5B18A 3B7VA 3FNSA 3GI6A 2BPYA 3OOTA 5OZ9A 1IZDA 6FIVA 4Y38A 4Y5EA 2HAHA 3ECGA 5P7IA 2R8NA 4CPQA 4Q5MA 5DQCA 4L7HA 4H1EA 5SY3A 4XXSA 5P73A 5P4NA 5P36A 5OYUA 2R5QA 1HIHA 4R5NA 3UHLA 3ZKMA 3ZKQA 3L58A 4Y51A 1RV7A 4XKXA 1M0BA 1META 4Y5MA 5OZSA 5P7PA 4Y4BA 1N49A 2WF4A 3FSMA 3PLLA 2V00A 2QD8A 3GI5A 3INEA 3OU3A 3ZKXA 1APVE 2FXEA 3MWSA 3I8WA 4ZPFA 4NJTA 1Z8CA 5P24A 3DCKA 3PMUA 5P8BA 3QS1A 3OOZA 5P3BA 5P84A 3OXWA 3OGPA 5P3CA 4CPSA 2IKOA 5P1NA 5P7OA 5IVTA 5KQFA 5P2HA 4DJVA 4LXKA 3NU6A 5DR1A 3NDTA 4RZ1A 2NNPA 4XX4A 3UDKA 5P58A 2P3DA 3S54A 2NMZA 3Q4BA 4DUSA 4IVTA 2AODA 2B7FA 4Y3XA 4Y4EA 5P8VA 5P80A 5HDUA 2FIVA 4J1EA 3MSJA 4HEGA 5P1IA 4LBTA 4DI2A 1ME6A 4L7JA 4L1AA 3HVPA 2PQZA 4F73A 3FKTA 2ZDZA 2B42A 1SIVA 5P8AA 3KN0A 4D88A 4NJSA 5P5LA 4M8XA 2QHCA 3UQPA 1QBRA 2AOHA 2PWCA 5P7HA 1MT9A 3KF0A 1PSAA 3OXCA 3TKWA 5P82A 3FNUA 5P1WA 1Z1RA 3SACA 2VIJA 5IS4A 2OHQA 3L5FA 4CP7A 4L1AB 1HTEA 5P2WA 2QU2A 5P7TA 5P04A 1FMXA 1HPVA 2FDPA 3G72A 5P5UA 5IVQA 5AH8A 1SGZA 1KJFA 1IVPA 3Q3TA 1E81E 1HIVA 5FIVA 2ZJIA 3SQFA 1K6VA 5SZ9A 1W5XA 3LIYA 4GIDA 5P2EA 2J9KA 5OZIA 5P5PA 2AOIA 5P4FA 4RYCA 1T7JA 5P8PA 5P3PA 1XN2A 5P2MA 1EC1A 3ZKIA 4Y3QA 3PCZA 4DPFA 3KMXA 3UDHA 3U6AA 1SDTA 5P5TA 3QN8A 4DFGA 4CPXA 4DVFA 2QI6A 2F8GA 3NU3A 1K2BA 2V11C 5P2DA 5P6DA 5P6QA 1QBUA 5P43A 4Q1WA 2G1NA 5P3FA 1TSUA 1MRXA 5OZWA 1HXWA 3GGVA 1TSQA 1KJGA 2V13A 5P44A 5P6HA 5AHAA 5P7AA 4RROA 3S53A 2QCIA 1XL5A 3EKQA 1EBYA 2WF2A 5OZ1A 5HU0A 5I70A 4Y3LA 2IEOA 5P7CA 1FMBA 3IXKA 3D1ZA 4UPJA 4EHCA 1K2CA 1RQ9A 5P66A 3I7EA 5OYRA 5P1KA 5OZJA 5P39A 5OZ7A 4DJPA 3D20A 4Y45A 3MXEA 3UFNA 2MIPA 5P5EA 1LZQA 1EAGA 4L6BA 2AOCA 2NXLA 2QHYA 5P4CA 1NSOA 2RKGA 1FQ4A 2G26A 3DCRA 3LNKA 3RTMA 5DPZA 2O4LA 1EPNE 5P12A 8HVPA 2P3AA 1EBWA 5P0TA 4Y5BA 5OZ5A 1GNMA 5P4HA 4ACXA 4Q1YA 1YG9A 1K6PA 3TLHA 1VIJA 4Y3YA 2VIYA 2QMGA 2Z54A 4U8WA 3S8IA 3VLAA 2RSPA 4Y53A 5P3RA 4LAPA 3VEUA 4Y3PA 1ZP8A 2QZLA 2HB4A 2HB3A 4I0FA 5P67A 3EMYA 2AVMA 3OQAA 3VF5A 5P5GA 4DQGA 5COPA 6APRE 3OQDA 4Y48A 2NMYA 5KAOA 5P7RA 2APRA 1G0VA 4X7IA 2OHUA 4I8WA 4CPWA 4Z22A 3S7LA 2NXDA 1CMSA 2QNPA 4J5JA 5P3EA 5P3DA 2Q54A 4I11A 5P72A 4FRKA 4Y5KA 5P47A 5P5ZA 5P7SA 2WF3A 5OZRA 3O9EA 5P5QA 2I0DA 4TVGA 4OD9B 4B1DA 5P4MA 5I3WA 5JODA 5P7QA 4NPTA 3NUJA 5ISKA 2I4VA 1MTRA 1YM2A 5P62A 1SIPA 1BXOA 3OAGA 4Y5LA 3VSXA 5OZMA 3UTLA 3VV6A 5P1TA 2OHPA 4PYVA 5P2XA 5P64A 2HIZA 2R3WA 1LV1A 4MC9A 2I4UA 5P6EA 3ZOVA 1HHPA 4J17A 3OAGB 5P61A 5P56A 3SKFA 5OZGA 5P4ZA 1UPJA 5P0MA 4Y36A 3L5EA 5P6OA 5F00A 2FDDA 5BWYA 5P7FA 1E80E 5P8RA 2I0AA 4JOOA 1FGCC 3IVIA 5UPJA 3JVYA 1K6TA 2PC0A 1ODWA 5OYWA 2B8VA 3K5DA 5OZZA 4EWOA 2IGYA 5ER2E 2VJ7A 4KE1A 2QNQA 3MSKA 4NPUA 3IA9A 3WZ8A 1B6KA 4I1CA 4FAEA 1D4JA 1HEGE 1KJHA 3OXXA 3T7QA 3DV1A 4FM6A 4ACUA 5EZXA 2ZJHA 4YBFA 4DPIA 2IQGA 1PFZA 3PEPA 4TRZA 4BFDA 3EKVA 5KQYA 2ZJJA 1IZEA 5P01A 5P0KA 3UDQA 5P86A 3R0YA 3QRVA 5P16A 4J0ZA 4OBHA 4I0IA 5P08A 5P77A 4Y3MA 2G1SA 3DK1A 2BPZA 2OHSA 3URIA 4OBJA 5P4KA 1LYWA 4JP9A 3S56A 2CENA 3D91A 1PPKE 5P0VA 5P5MA 4JPEA 3HDKA 4L7GA 4DJRA 4TRYA 1ER8E 4I0GA 4R93A 4FRSA 1JLDA 3HBOA 4N00A 4AMTA 2QHZA 3B80A 1YTIA 2IKUA 4HZTA 2WEZA 5P78A 2G69A 3K4VC 2Q55A 4Z50A 1LYWB 4QJ7A 5P3VA 1APWE 5P0DA 1HTFA 4Y4UA 3KFSA 5P0SA 3QBFA 5P2NA 5P8CA 1LYAB 1Q9PA 2HM1A 4QLHA 1XN3A 3GW5A 4RVJA 2VA7A 5P69A 4FE6A 1G35A 2CEJA 2QMDA 3MSLA 3TOGA 5OZYA 4LL3A 3TNEA 5P7KA 4QJ6A 4I0HA 3A2OA 1FIVA 2VA6A 5P0NA 5COOA 5P2FA 4LC7A 5P6IA 4K9HA 2P8HA 4J1KA 3BHEA 1MTBA 2VIEA 4B72A 2ER0E 1J71A 5P3MA 3G6ZA 5P54A 3OHFA 5AH9A 5P8QA 5P59A 4WY6A 4J1IA 5OYSA 1ZAPA 2BPWA 4EXGA 3RVIA 3RTHA 4FM7A 1YT9A 1FQ7A 4ZSMA 2ZHRA 4DJXA 5P1HA 2Q5KA 1UH7A 3T6IA 3SAAA 5OZHA 3HAUA 3O9BA 5P3NA 5P6JA 1A9MA 4RVIA 3JVWA 4KE0A 2OF0A 5P5HA 2XFKA 1WBMA 1KZKA 4HDBA 4NJVA 2NR6A 4Z4XA 1CZIE 5P7VA 5AGZA 4EPJA 5P4PA 4Y4AA 3CKRA 1OD1A 1BVEA 5P40A 2ZHVA 4Y3JA 2R5PA 5J25A 4I10A 3PVKA 5HE7A 5P2SA 4GMIA 3CYXA 2I4WA 5P50A 5P0JA 2NXMA 1SGUA 1AZ5A 3VYFA 5P1MA 4PZXA 4J0YA 3UPJA 4CMSA 1BXQA 3TL9A 5DR3A 1MSNA 4J1CA 1G6LA 3OY4A 5P88A 2ER6E 2O40A 3OXVA 4Q1NA 5P0LA 3BRAA 3IN4A 1BIMA 3O9DA 3HAWA 3PBDA 3NR6A 1FKNA 1DIFA 3HZCA 3TPJA 2HS1A 1FLHA 4B77A 4ER1E 1FB7A 2SAMA 1AJXA 1GVUA 1F7AA 4EP2A 3RSXA 4YD5A 5P3IA 2Q15A 3EL4A 5P6WA 2VIZA 2ZGAA 3R0WA 3I25A 1EC2A 2JYSA 5P1FA 5P55A 3S85A 3RU1A 4YA8A 1EBZA 1EC3A 5E5JA 5JFPA 3HVGA 5P4JA 1MSMA 4I0JA 5P4GA 2VJ9A 4FGXA 1MUIA 5OZTA 1YTHA 3NWQA 2OHRA 5P5VA 1NPWA 3EKWA 3VV7A 2QI7A 4HDPA 1MERA 1EPOE 1B11A 2AOJA 3S2OA 4Y3SA 1OEXA 5P65A 1EPLE 5HD0A 2QI3A 4J0VA 2HPFA 5C9BA 3CIBA 3OQKA 2OHKA 3ER5E 4GJCA 5P6AA 3R4BA 2ZJMA 1IZIA 2FNTA 4Y4DA 2F3KA 5P8KA 4FL8A 5P2BA 3U71A 4A6BA 5P0HA 4Y3EA 3SA3A 1AAQA 5P2GA 3UDYA 4D83A 3L38A 4Y44A 3URLA 5P0GA 5P2CA 2QD7A 1HVCA 5P3YA 2R3TA 4FS4A 5P2UA 5P49A 2Q64A 2JJJA 5DQ1A 5P3WA 5I3YA 1NPVA 1MEUA 4KUPA 1BWAA 3H5BA 5DQ4A 5P18A 5P7BA 4S1GA 4Z2ZA 5KR0A 5P0YA 4PZWA 4DJUA 5P8EA 1FQ6A 5P0FA 5P4LA 1BDQA 4IVSA 5P7MA 5P3GA 3O9IA 5P26A 5SY2A 2BQVA 5P8NA 3LZYA 3QPJA 5P4XA 5P48A 3BC4A 3NSHA 3DUYA 1AM5A 1BDLA 5P6BA 1ZPKA 4Y41A 2NTRA 5P1GA 5OZQA 5C9DA 5P3SA 5P07A 3BVAA 4DQHA 2HS2A 5OZ4A 4DV9A 2G1RA 3Q70A 5DQ2A 3L5CA 5P6YA 2NNKA 4Y5GA 4Y3NA 5P34A 1HWRA 4YOBA 4PPHA 5DR7A 2I4DA 4QGIA 1QDMA 3WB4A 5P2IA 4D8CA 4ZIPA 1T7KA 5P8OA 4Y58A 4LHHA 5OZKA 5P5YA 3QVIA 2XYEA 3BUGA 2JJIA 4GJ9A 2VNNA 2O4PA 5P1LA 2OAHA 1RL8A 4Y3AA 1XE5A 2QMPA 1EPRE 2Q63A 2PYMA 3EM3A 1W6IA 5P0QA 3DJKA 1HVSA 5P1YA 4YE3A 5P1SA 5P8LA 5OYYA 5P5DA 1NPAA 2WF0A 4Y4TA 5KR2A 5P3AA 2R38A 1ODYA 4Y4ZA 5P7EA 2QI5A 1GNOA 5OZ8A 3LZSA 5JFUA 1HVJA 4K8SA 5PEPA 1ODXA 2OHTA 5P1ZA 5ISJA 1TZSA 5P15A 2O4NA 5P83A 2G24A 2ZHUA 5P1AA 2FXDA 2A1EA 3JW2A 1IDBA 3O9LA 5AH6A 3O99A 1MVPA 4R91A 5HVPA 3H0BA 1A8GA 3VLBA 4Y9WA 1UH8A 4U7QA 5P7NA 3VFAA 3EM6A 4YOAA 4Y4JA 4TRWA 3EBZA 2BPVA 2HB2A 4DJWA 5P6MA 5P3UA 4R8YA 1W5VA 2WL0A 5P1XA 2FMBA 3KA2A 3APPA 2WHHA 4X2LA 3O9LB 4CPTA 2B7ZA 5KR8A 4NKKA 4E43A 3PWWA 4Y3GA 3UDNA 3INHA 5P14A 4B70A 3BXSA 3LINA 1HEFE 5T4SA 5P4SA 5P35A 1DAZC 5DGUA 1IBQA 1UH9A 2ZJKA 1ZBGA 2G22A 1HTRB 5OZVA 3EKXA 3PI5A 3NUOA 4A4QA 3AUPA 3OADA 2FGVA 2A4FA 3UDMA 2B60A 5P57A 3SPKA 1QRPE 3PB5A 3PJ6A 1BBSA 5P6XA 5P28A 1D4KA 3SA7A 1HPXA 2QI4A 2AVOA 1B5FA 2PMAA 1LEEA 4I12A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P68 A;  2BKT A;  2QK5 A;  4NJU A;  3SA4 A;  5P5I A;  5P76 A;  3NDU A;  3DOX A;  1BVG A;  3DM6 A;  5P11 A;  4GJ6 A;  3I2L A;  5IE1 A;  1KJ4 A;  5P6T A;  3QP0 A;  4WTU A;  1FQX A;  5E5K A;  2ZHT A;  3QBH A;  4ER4 E;  5BS4 A;  3OQF A;  4YD7 A;  3UDJ A;  2O4K A;  1Z1H A;  2JXR A;  3R1G B;  5P1P A;  3WSJ A;  1W6H A;  4JPC A;  3EC0 A;  4FRJ A;  4MC6 A;  3QRS A;  1HPO A;  5DQ5 A;  5P4B A;  2G21 A;  3NXE A;  2FLE A;  3TOH A;  2IL2 A;  3OUC A;  3LIQ A;  2IDW A;  1RPI A;  4J1H A;  1AXA A;  1LYA A;  3UDP A;  3INF A;  4YD4 A;  4Y5A A;  5P8G A;  5P5F A;  3VV8 A;  1MT7 A;  4DJY A;  1XL2 A;  4ZEA A;  5AH7 A;  4APE A;  4YDG A;  3ZPU A;  3ST5 A;  2H6S A;  4FRI A;  3EL0 A;  3WZ7 A;  4Y3D A;  5P1C A;  3EKY A;  1FG8 C;  3KDD A;  2JE4 A;  1HSI A;  1YTJ A;  3D1X A;  1HOS A;  3IXJ A;  4OBF A;  4LXA A;  5P1Q A;  1LF3 A;  4CKU A;  2WEA A;  3Q5H A;  5P63 A;  4F76 A;  1U8G A;  3IN3 A;  1B6M A;  3HD8 A;  5P19 A;  5P85 A;  5P7U A;  3OK9 A;  1APT E;  5P1U A;  1ZJ7 A;  4Y47 A;  1LS5 A;  5HCT A;  4HLA A;  1D4I A;  1W51 A; 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 1MET A;  4Y5M A;  5OZS A;  5P7P A;  4Y4B A;  1N49 A;  2WF4 A;  3FSM A;  3PLL A;  2V00 A;  2QD8 A;  3GI5 A;  3INE A;  3OU3 A;  3ZKX A;  1APV E;  2FXE A;  3MWS A;  3I8W A;  4ZPF A;  4NJT A;  1Z8C A;  5P24 A;  3DCK A;  3PMU A;  5P8B A;  3QS1 A;  3OOZ A;  5P3B A;  5P84 A;  3OXW A;  3OGP A;  5P3C A;  4CPS A;  2IKO A;  5P1N A;  5P7O A;  5IVT A;  5KQF A;  5P2H A;  4DJV A;  4LXK A;  3NU6 A;  5DR1 A;  3NDT A;  4RZ1 A;  2NNP A;  4XX4 A;  3UDK A;  5P58 A;  2P3D A;  3S54 A;  2NMZ A;  3Q4B A;  4DUS A;  4IVT A;  2AOD A;  2B7F A;  4Y3X A;  4Y4E A;  5P8V A;  5P80 A;  5HDU A;  2FIV A;  4J1E A;  3MSJ A;  4HEG A;  5P1I A;  4LBT A;  4DI2 A;  1ME6 A;  4L7J A;  4L1A A;  3HVP A;  2PQZ A;  4F73 A;  3FKT A;  2ZDZ A;  2B42 A;  1SIV A;  5P8A A;  3KN0 A;  4D88 A;  4NJS A;  5P5L A;  4M8X A;  2QHC A;  3UQP A;  1QBR A;  2AOH A;  2PWC A;  5P7H A;  1MT9 A;  3KF0 A;  1PSA A;  3OXC A;  3TKW A;  5P82 A;  3FNU A;  5P1W A;  1Z1R A;  3SAC A;  2VIJ A;  5IS4 A;  2OHQ A;  3L5F A;  4CP7 A;  4L1A B;  1HTE A;  5P2W A;  2QU2 A;  5P7T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CID A;  5P10 A;  3F9Q A;  4Y4G A;  2UY0 A;  2QU3 A;  1MPP A;  5P37 A;  2QZW A;  5P81 A;  1OEW A;  4Y4W A;  2R9B A;  5P7L A;  4BEK A;  4GYE A;  3IXO A;  5DGW A;  5P7J A;  1APU E;  2PK5 A;  1W50 A;  5DR0 A;  2OHM A;  3OU4 A;  3PRS A;  4PHV A;  5OZO A;  3VYE A;  5P8I A;  3UQR A;  2F3E A;  3UCB A;  5P32 A;  1FF0 C;  5P53 A;  3TPP A;  4YCT A;  1K1T A;  3PSU A;  3R2F A;  5P2J A;  5P8J A;  5P7Z A;  1FQ8 A;  3BUH A;  4Y5N A;  3FV3 A;  1SP5 A;  3QRM A;  5P4I A;  5P2L A;  3OU4 B;  2BKS A;  4EP3 A;  4GB2 A;  3SFC A;  4J0P A;  5P89 A;  9HVP A;  4Y3W A;  3OTS A;  4GZF A;  5P06 A;  1MES A;  2AVQ A;  4OD9 A;  1FQ5 A;  3FIV A;  1XS7 D;  2PH8 A;  1NH0 A;  3VSW A;  3BGB A;  2UPJ A;  3OAD B;  3PWM A;  5IVS A;  5P20 A;  2ZJN A;  2P4J A;  1IIQ A;  3EXO A;  4ZSQ A;  1HRN A;  5P1E A;  3I6O A;  5P02 A;  4F75 A;  5OZL A;  4FM8 A;  1PRO A;  1GNN A;  5OYZ A;  5P05 A;  3SO9 A;  3K5F A;  5AHC A;  5P79 A;  4H3J A;  1ENT E;  4BEL A;  5P75 A;  1B5F B;  5P70 A;  4FSL A;  3ZKN A;  5P5J A;  3ZKS A;  4OBD A;  2Q3K A;  1M43 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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