5BRYA

Hiv-1 wild type protease with grl-011-11a (a methylamine bis-tetrahydrofuran p2-ligand, sulfonamide isostere derivate)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Design of HIV-1 Protease Inhibitors with Amino-bis-tetrahydrofuran Derivatives as P2-Ligands to Enhance Backbone-Binding Interactions: Synthesis, Biological Evaluation, and Protein-Ligand X-ray Studies.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 bh10
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5bryA00
5P2SA 1GVTA 5OZRA 3LIVA 2G69A 2R3WA 5P06A 5P6RA 1OHRA 5P0SA 3L58A 3LHGA 3S54A 4YBFA 1W5YA 3FNUA 5P1KA 4OBJA 3HAWA 4FAEA 5OYXA 2ZHTA 4RCEA 2BQVA 5P41A 4DH6A 2AZCA 2AZBA 4Z50A 5P5DA 5P0NA 5P5LA 1MESA 8HVPA 5P0RA 2FNSA 5P81A 5P85A 1DW6C 3O9CA 5OZIA 1TQFA 1Q9PA 5HD0A 3WB5A 5AH8A 3L5FA 2PYNA 2CEJA 4YD3A 4EYRA 1Z8CA 2NR6A 3FKTA 5KR0A 1D4JA 4Y44A 3S2OA 2PK5A 1BWBA 5OZ2A 5P71A 3TOFA 5P6EA 4Z2ZA 3L3AA 2QP8A 4JECA 5DQ2A 3OAGA 5P15A 4B77A 5P78A 3UQWA 5P3DA 5OZHA 5P5XA 3LITA 3K5FA 4Y5GA 5P4PA 2FDPA 3INDA 2G94A 5P68A 3ZPUA 1PSNA 2HPEA 5P13A 5HE7A 3T7PA 2WF1A 2AVVA 2ZJMA 1ZAPA 5P6UA 3FNTA 2I4VA 1BVGA 4NJVA 5P8HA 5OZ7A 5OZ8A 2NMYA 4HZTA 4YBIA 1IVQA 4DQFA 2ZHVA 4H1EA 4J0VA 3NXEA 4HDBA 5P2EA 3KA2A 4RGHA 5P4NA 4CPUA 5PEPA 1B6MA 5DPZA 5P5YA 3FV3A 5KR1A 3KFNA 3OGPA 4Y3SA 2HS1A 3EKQA 3ZPTA 5P7HA 5OZLA 3UDJA 5P4XA 3NU5A 2J9KA 1MT7A 2RMPA 5OZJA 4B70A 5I3VA 3PM4A 5P19A 2OHNA 3HZCA 4HEGA 4RRSA 2P3DA 3PGIA 5OZ3A 4NJUA 4MC2A 5P27A 4Y3AA 4A6BA 5P05A 1SGZA 2HPFA 2HM1A 5P0TA 2VA6A 5OZQA 3N3IA 2J9JA 4YDFA 5P0HA 4EQJA 3OTSA 2PSVA 3UFLA 3VG1A 2QI6A 4APRE 5SY3A 1OD1A 5IVTA 2AOFA 5OYSA 5P6DA 5KOSA 3FSMA 3HD8A 5OZAA 5TOLA 3SABA 2QI7A 1QBUA 3L5CA 1KJ7A 3NUJA 1J71A 1APTE 5P55A 3ZKXA 4RROA 1A9MA 3NU6A 4U8WA 2I4WA 3NUOA 2PC0A 5P4MA 3VEUA 4CPXA 3PRSA 4R93A 2V12C 4S1GA 4Y3MA 3OUBA 3JVWA 4I0ZA 1EAGA 3HAUA 5P5EA 4Y5EA 5OYYA 5P8JA 3SPKA 4K8SA 3BUHA 5HCOA 4Z22A 5OYQA 5BS4A 4J1FA 4DJVA 1ZBGA 5P62A 4Y37A 1KJGA 5P6XA 4GJ7A 5F01A 1FKNA 1FF0C 1XS7D 3OQDA 2R5PA 4Y3JA 4FE6A 5P7DA 2NXDA 3CICA 2G1SA 4CMSA 3AIDA 3OXWA 2QNPA 4YD4A 3EBZA 3SO9A 4X2LA 1AAQA 3I2LA 5KR2A 4WY6A 4PEPA 5P53A 5OZ0A 3OQ7A 3QAAA 5P45A 5P23A 5P4RA 1RV7A 1GVUA 1NSOA 3SAAA 1FG8C 4ZE6A 5KQYA 5P14A 1ODYA 5P6LA 4EJKA 5DR4A 1TZSA 1W5VA 2OAHA 4Y50A 3DCKA 2AOCA 3IVIA 5P49A 3TKWA 4Y39A 3GW5A 4AUCA 3KFPA 4I0JA 3OK9A 4HA5A 3GI4A 5P4JA 5ISJA 5P4LA 4J1KA 5P5AA 5P5FA 2P3BB 3OU4B 3CIDA 1M0BA 3VV8A 2I4XA 1AVFA 5P8OA 5OZFA 4LAPA 1TCWA 4B1DA 5P3FA 3UQUA 4J17A 1IZIA 3APPA 3DUYA 1ZPKA 3EM3A 5P8UA 1E5OE 5P42A 4PZXA 5P38A 5P56A 1NH0A 2O4LA 2RKGA 2VIJA 5P2WA 4GJ9A 3OU1B 1LYAA 4J1IA 4L7GA 2P8HA 4K9HA 5OZEA 5P3ZA 5OZ1A 2XFKA 2QI4A 2UY0A 4EP2A 1HVJA 2ER6E 1IIQA 3OU3A 5P4YA 3WB4A 5P5MA 3OY4A 1EBYA 1XL5A 4ZPFA 2QZKA 3DOXA 5P3JA 4OBFA 5P04A 3BVBA 5P4HA 4ER1E 2V16C 2I4QA 2QHZA 3Q5HA 2I0DA 5P8CA 5P4UA 3BC4A 5DR0A 1G35A 5P7YA 2PH6A 1YM2A 3EKXA 1MT8A 1FGCC 4RYCA 1ZP8A 3OADB 3WZ8A 5APRE 5P4WA 1ODXA 2P83A 5OYTA 3KF0A 5P1IA 5P0MA 1C70A 2V13A 5I3XA 5P4ZA 4JPCA 2F81A 5AHBA 1LF3A 3PEPA 2NXMA 4R95A 5P1BA 5P5TA 4YA8A 3ST5A 4FIVA 5P2GA 3TL9A 2BPWA 3PWWA 3GI5A 3QPJA 1RQ9A 2BKSA 3K4VA 2AOIA 1HPVA 2QHYA 1FQ8A 5OZUA 5P3EA 4I10A 1SGUA 4HVPA 1A94A 5P3KA 1MRWA 1AJVA 1C6ZA 3S43A 5EZZA 5OZXA 5P4FA 4RVIA 5P7AA 1HVIA 1PPKE 3O9LA 2AOGA 1TCXA 4I0FA 2CENA 1Z1RA 3PLDA 4Y53A 5P2CA 2V10C 4YOAA 1MSMA 5P7LA 4H3GA 1LYBB 4YD6A 4ZSMA 1CPIA 2UXZA 1SBGA 1Z1HA 4FRIA 5P6FA 3QROA 4HE9A 3DK1A 3NR6A 5P76A 5P79A 1U8GA 3Q3TA 4DJYA 3IXOA 3A2OA 3FX5A 4JP9A 5P0AA 4X7IA 5HTZA 2VNNA 3UQXA 3L5BA 3QBHA 4FM6A 4AA9A 4DJXA 2JJJA 5P5BA 1HBVA 4J1HA 4OBKA 3ER3E 3Q70A 5P6TA 2ANLA 4Y5AA 4PPHA 4Y3QA 3O9HA 3EL1A 2ZJNA 5P2XA 3EKWA 1BXOA 3CMSA 3M9FA 5P0PA 1GVVA 5OYVA 4DQBA 2OHRA 1HPOA 4I8ZA 3NU3A 4FS4A 5P6ZA 4FRJA 3NDTA 3EC0A 4Y43A 1EC1A 3QIHA 3NU4A 5P0BA 4HLAA 3KT2A 5P58A 4EPJA 1W50A 5P4QA 5P64A 3BXSA 3EKYA 5DR3A 5KOQA 3O9EA 1EBKC 4LL3A 2MIPA 4PZWA 3G6ZA 1HWRA 4E43A 1LS5A 3I6OA 3PJ6A 4BEKA 5P3RA 1WKRA 5P1ZA 5P2BA 3PBZA 3UQRA 4YCKA 1AM5A 4B0QA 1F7AA 5E5KA 1HIIA 3EL0A 3SA8A 5P28A 2R5QA 5P5ZA 5P1VA 5P46A 2APRA 2ZJLA 1SDVA 2AOHA 5P7JA 4Y54A 4I0HA 5P5VA 5I70A 5OYWA 3VCMA 1QBTA 1RNEA 5ISKA 2IRZA 1EC0A 5P2FA 4QJ9A 1FIVA 5OZGA 5P44A 1PPME 5P1SA 5P5UA 3C9XA 1EPQE 4Z4XA 2QI1A 3D1YA 2AOJA 1ZSFA 4IVTA 5OZZA 2VKMA 5P7IA 1HTFA 5P33A 4FCOA 4DQHA 5KQFA 3QVIA 5P2IA 2SAMA 2QK5A 3WZ7A 5P6HA 3PHVA 3KFSA 4NJTA 5P2OA 5P3LA 5P6GA 5P2ZA 1HIHA 3VLAA 5P1RA 1D4LA 6UPJA 3O9AA 1C6YA 1FQ6A 4RVJA 4QGIA 5ENMA 1HVHA 1E80E 2WJOA 4EHCA 5P43A 5DR1A 4EJ8A 5I3WA 5P0KA 5P8GA 4J5JA 3DCRA 4QJ2A 2VJ6A 3R4BA 5P8QA 2R9BA 3UDYA 1YTJA 2OHUA 1MRXA 1BDLA 5OZ9A 3INHA 4Y4TA 3QRSA 1K6CA 5UPJA 3SM2A 4CPRA 4H3JA 2IEOA 3OQAA 3DV1A 1MERA 4EJLA 1W6IA 5P1TA 1HOSA 5P3PA 3BRAA 4OD9B 5P0FA 5COKA 2NNPA 3F9QA 2QMDA 1DPJA 4Q1WA 4FM8A 5P88A 3NWXA 1HVKA 3PVKA 4OBZB 5AGZA 2FNTA 2IL2A 2ZHUA 4D88A 2BPXA 1UH8A 4Y35A 5HDUA 5HDZA 2PK6A 2IENA 2AZ8A 5OZBA 5P8IA 1K6PA 1FQ7A 5P1MA 5P3QA 3PSYA 4Y4JA 3BUFA 4RVXA 3LZYA 3IVHA 4Y45A 5OZPA 4CPTA 2OHSA 4ZSRA 3ZKNA 4L1AA 4OC6A 2ZHRA 3DM6A 5P77A 5P67A 2HB3A 4YOBA 2G1NA 1PPLE 2QD6A 5AHAA 5P0GA 4Y3EA 4J1EA 4GZFA 3EXOA 1M43A 2ZE1A 4F76A 5ER2E 1HEGE 5P24A 5OZSA 2O4SA 5P34A 1OEXA 4TVGA 3K5DA 2R8NA 3UDMA 2G20A 4L7JA 5P0UA 5IS4A 2Z4OA 4NJSA 1PSOE 1CZIE 3SA9A 1RL8A 2B8VA 3OXCA 5I3YA 5HU1A 3OAGB 4Y47A 2QMPA 4RLDA 3OUCA 3R2FA 1HXWA 3LIYA 3NYGA 4GB2A 1BV9A 4B05A 1FB7A 3PSUA 5P8EA 2FS4A 2HIZA 5P6KA 3GI0A 1PFZA 4Y4AA 3S7LA 2IKUA 4M8YA 1JLDA 3PWMA 1VIKA 3H5BA 1K6VA 2V0ZC 1B6KA 1LZQA 5FIVA 2B60A 4M8XA 5COPA 5P1OA 5P7EA 3RTNA 4TRYA 4TRWA 3CKPA 5AH7A 5P6AA 5P7FA 1ZPAA 4L6BA 2B7FA 1DP5A 1HSIA 3I7EA 5P3YA 5OZ6A 4Y4DA 2Q63A 4EP3A 2BPVA 2OHKA 4J55A 5P1FA 1G6LA 1FG6C 5P6MA 2OHMA 3MXDA 6APRE 5P3MA 4RRNA 1YTHA 4DJQA 3IXKA 5P2RA 4B78A 4OBHA 3NDUA 4B72A 2QI3A 3VFAA 2F3EA 4J0YA 4DPIA 5P5WA 4Y4UA 3PI0A 5P4VA 5HVPA 2G1RA 4DJUA 2VJ7A 4Y4EA 5P3HA 5BRYA 2JXRA 3ZKGA 5P3TA 1BAIA 2NMZA 3D3TA 5P0WA 5P1XA 5P8BA 3SLZA 3UQPA 4WY1A 5P6JA 5P6QA 1LF2A 2P3BA 2H6TA 4D85A 2JJIA 4Y38A 5P0XA 3O9DA 1UH9A 2BPZA 1SH9A 4F75A 3OUAA 3LZSA 5OZVA 4AMTA 4CKUA 2G24A 3LZUA 4MC9A 3D1ZA 1HTGA 4XX3A 1ZJ7A 2IQGA 5OZYA 1A30A 3TPJA 4D89A 2QU2A 3EM6A 1ER8E 3VF3A 1QS8A 2VS2A 1IDAA 1YM4A 1K1TA 3EM4A 5DGUA 4Y5LA 3IGBA 2HAHA 2Q3KA 5P30A 1PSAA 1EPME 1QRPE 3BVAA 5HDVA 3VV7A 2ER9E 3URLA 5P26A 5P7OA 5JG1A 2QAKA 1BDRA 1EPRE 5SY2A 5P7RA 9HVPA 2HB4A 3OHHA 4APEA 1KJHA 5OZ4A 1W5WA 4Y3HA 5P3XA 4Y5BA 2O4PA 5P7SA 4Y9WA 4LXAA 5P80A 2WKZA 5P83A 5P8TA 5P7KA 2IDWA 2JE4A 5P2TA 3WZ6A 4DJOA 3OADA 1WBKA 3LIZA 3VF5A 4YHQA 5JFUA 3OXXA 1WBMA 5OZ5A 3OGQA 3IA9A 5IE1A 2VIZA 4ZSPA 5P3WA 1MIQA 4YCYA 5HCTA 5P6WA 3UCBA 5P87A 1HPXA 1HXBA 4ZLSA 3L38A 5P72A 1KJ4A 4Q5MA 2WEAA 4Y41A 2VJ9A 1ZSRA 4QLHA 5OYRA 3RTMA 3R0YA 1D4KA 2WF0A 4ZSQA 2G26A 3ER5E 4YD5A 1BVEA 3NDWA 1RPIA 5P03A 3NDXA 1B5FB 4J54A 4FSLA 4A6CA 5P3SA 3SA7A 1DIFA 3IN4A 3K1WA 5AH9A 3UHLA 1FQXA 4BFBA 1IVPA 3I25A 4Q1YA 1W51A 5KR8A 3ECGA 1M4HA 2NNKA 3R1GB 5P7ZA 1TSQA 4HDFA 1B11A 3L59A 1EC3A 3SA6A 2BKTA 2FDEA 5P7TA 3LINA 1T6GA 2PYMA 4ER2E 2I4DA 4L7HA 5P52A 5P7WA 4FL8A 2UPJA 2FXEA 3OQKA 4Q1XA 3QBFA 3S85A 4NKKA 1HSGA 2F8GA 2PSGA 3OUDA 3TNEA 1K2BA 1LYWB 3MSKA 5P69A 2G27A 4GMIA 3GGVA 3S56A 4F73A 5P2JA 3QRVA 2G1OA 2PMAA 5JODA 2Q5KA 5P89A 4DJWA 4Y3XA 1YTIA 5P0LA 1VIJA 3KDDA 2HB2A 2ZJKA 2WEZA 2WECA 4U7VA 2Q55A 5P5CA 5P5KA 1GNNA 1XDHA 5OZTA 4RCDA 2RKFA 1QBRA 2FLEA 3NLSA 3O9LB 2RSPA 1YTGA 5P7GA 5DR7A 2AIDA 2AZ9A 1IZDA 4FM7A 1UH7A 4YDGA 4J0ZA 4Y5KA 5P5JA 2NXLA 4Y4WA 3APRE 1YT9A 4GJBA 4DQGA 2ER0E 4XKXA 1KZKA 3RTHA 3FNSA 5DQ1A 4JOOA 3TPRA 1LEEA 2I1AA 5P4TA 1D4YA 5P18A 4Y3WA 2ZDZA 4Y57A 3DJKA 4MC1A 1TSUA 2NPHA 3QP0A 4CPQA 4EWOA 5P4SA 4R91A 2QNNA 3G72A 5AH6A 4KE0A 5HU0A 4FLGA 3VSXA 5ENKA 5C9FA 7UPJA 5P48A 5OYZA 2G22A 3HBOA 4AA8A 5P08A 1HHPA 1OEWA 3BGBA 5P1WA 4AZYA 3PLLA 5P6SA 1HRNA 3VLBA 5P57A 2FDDA 5P29A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2S A;  1GVT A;  5OZR A;  3LIV A;  2G69 A;  2R3W A;  5P06 A;  5P6R A;  1OHR A;  5P0S A;  3L58 A;  3LHG A;  3S54 A;  4YBF A;  1W5Y A;  3FNU A;  5P1K A;  4OBJ A;  3HAW A;  4FAE A;  5OYX A;  2ZHT A;  4RCE A;  2BQV A;  5P41 A;  4DH6 A;  2AZC A;  2AZB A;  4Z50 A;  5P5D A;  5P0N A;  5P5L A;  1MES A;  8HVP A;  5P0R A;  2FNS A;  5P81 A;  5P85 A;  1DW6 C;  3O9C A;  5OZI A;  1TQF A;  1Q9P A;  5HD0 A;  3WB5 A;  5AH8 A;  3L5F A;  2PYN A;  2CEJ A;  4YD3 A;  4EYR A;  1Z8C A;  2NR6 A;  3FKT A;  5KR0 A;  1D4J A;  4Y44 A;  3S2O A;  2PK5 A;  1BWB A;  5OZ2 A;  5P71 A;  3TOF A;  5P6E A;  4Z2Z A;  3L3A A;  2QP8 A;  4JEC A;  5DQ2 A;  3OAG A;  5P15 A;  4B77 A;  5P78 A;  3UQW A;  5P3D A;  5OZH A;  5P5X A;  3LIT A;  3K5F A;  4Y5G A;  5P4P A;  2FDP A;  3IND A;  2G94 A;  5P68 A;  3ZPU A;  1PSN A;  2HPE A;  5P13 A;  5HE7 A;  3T7P A;  2WF1 A;  2AVV A;  2ZJM A;  1ZAP A;  5P6U A;  3FNT A;  2I4V A;  1BVG A;  4NJV A;  5P8H A;  5OZ7 A;  5OZ8 A;  2NMY A;  4HZT A;  4YBI A;  1IVQ A;  4DQF A;  2ZHV A;  4H1E A;  4J0V A;  3NXE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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